2CZLA

Crystal structure of mqnd (ttha1568), a menaquinone biosynthetic enzyme from thermus thermophilus hb8 (cys11 modified with beta-mercaptoethanol)
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
270
structure length
269
Chain Sequence
ALRLGFSPPNDTFIFYALVHGRVESPVPLEPVLEDVETLNRWALEGRLPLTKLSYAAYAQVRDRYVALRSGGALGRGVGPLVVARGPLQALEGLRVAVPGRHTTAYFLLSLYAQGFVPVEVRYDRILPMVAQGEVEAGLIIHESRFTYPRYGLVQVVDLGAWWEERTGLPLPLGAILARRDLGEGLIRALDEAVRRSVAYALAHPEEALDYMRAHAQELSDEVIWAHVHTYVNAFSLDVGEEGERAVARLFAEAEARGLAAPSPRPLFV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of MqnD (TTHA1568), a menaquinone biosynthetic enzyme from Thermus thermophilus HB8.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Thermus thermophilus
molecule keywords hypothetical protein TTHA1568
total genus 94
structure length 269
sequence length 270
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02621 VitK2_biosynth Menaquinone biosynthesis
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2czlA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2czlA02
2QMWA 3B6TA 3PPRA 1MY3A 4ZEBA 4HCYA 1XVXA 1B5IA 3Q28A 3CG3A 1PB8A 5KCJA 3FGSA 4BDLA 4KYEA 5TPAA 4PFWA 1MXVA 4ZEIA 4IGRA 2NWJA 2E1SA 4R9FA 1GR2A 3MZBA 4GXSB 4R6KA 3U1OA 1I6QA 4Z0IA 2NOOA 4NF6A 3SESA 3QAXA 4NMYA 3PMVA 4F29A 3G3HA 3G3GA 2G29A 5FTHA 1EZPA 1DSNA 2Y84A 5L9OA 1BLFA 2DWJA 2ZYOA 1QW0A 2RCAA 4IY5A 4ZZEA 3WAFA 3EHTA 1BKAA 4U1ZA 3E3KA 3MBPA 4C1UA 3TQWA 2VD3A 5H8FB 3U93A 1LLSA 3IOUA 2DE3A 4U4XA 3KZGA 4BDNA 2RINA 5DTBA 3VVFA 4MLVA 3DM0A 4KYSA 5CM6A 1B3HA 3IOWA 1OLCA 4P0GA 3KN3A 3TZAA 3MW0A 3S9MC 1MDP1 4HTGA 4I62A 4YKPA 2XX8A 4EF2A 4PETA 4QHQA 4U2RA 2O6AA 3K2DA 3H4ZA 3TPAA 3HV1A 4IO3A 3G3KA 1XOCA 4FORA 3B7DA 3R26A 2OJTA 1VSOA 2H4IA 4G68A 5IAIA 4GWOA 3FVKA 1UTHB 4RK2A 2VD2A 4U23A 4PE5B 3O29A 1GGGA 4G4PA 2VP1A 3T9HB 1R9QA 4F1YA 4G77A 3CFXA 3V83A 1MQGA 3H06B 2DWIA 3N5LA 2ZYKA 1MM7A 4DIGA 2DQVA 2DWHA 3TODA 4ECFA 4EDPA 1FW0A 5HPQA 1M5CA 1PB9A 3IB2A 5B70A 1NNFA 3MVXA 4DCYA 1A8FA 1R1NA 1PC3A 3RGYA 4BDQA 2F6GA 4N07A 1IXIA 2DP8A 5AA2D 1POY1 1JW4A 3EHSA 4OERA 4OYVA 1ZU0A 1PBPA 1JVXA 4DXUA 2IEEA 5I58A 4DCXA 1R9LA 5I2KA 5I59B 4GIZA 1MQDA 1N04A 1ZJLA 4ZECA 4RPNA 3QK6A 4H67A 4KD5A 4IO7A 3IB1A 5DVFA 3M8UA 3KOTA 4GRKA 3VLVA 4G8NA 1RYXA 3T9XB 3MAMA 3ZKKA 5A5XA 1A54A 1NH8A 1WVJA 3HSTA 2VHAA 4IO4A 3ONMA 3MWBA 2RC8A 1FTJA 1OVBA 2BJJX 3K6VA 4NTLA 1AMFA 1LFGA 2XXUA 3LSLA 1MY2A 1ZBMA 1IXHA 4DLDA 4IB2A 4EQ7A 1USYH 1A8EA 1B51A 3P7IA 5I57A 1MH4A 1B5JA 3H6UA 2DE4A 2ONSA 3OEMA 4RNSA 1LBBA 3AXFA 1Y1ZA 3TTNA 1IITA 2UVHA 3PD8A 1HSJA 4KCCA 2CMOA 3RPWA 1VR5A 2X7PA 3LSFB 4EF1A 2O69A 4XTCQ 4RXLA 4THIA 3N6UA 4EQ9A 4ESXA 1DMBA 3PPOA 1OQGA 1QJMA 3FXQA 5JTYA 3R7XA 4LUBA 1ZTYA 1ZIUA 3DP6A 2Y7PA 2RC7A 4KPTA 1R6ZA 5AA2B 2PT2A 1JW5A 1B3LA 1AH5A 1FQBA 2YJPA 3K1NA 3FV1A 1VFDA 4GLIA 3TCGA 3C31A 4YICA 4E0XA 2QS3A 4G8HA 1B6HA 4QRZA 3FIRA 3VXCA 1MY4A 1I6AA 3QXMA 4Q30B 3MC2A 4QFNA 4DE8A 3PV0E 4ISUA 3OMBA 1LAHE 3FASA 1B3EA 4U1OA 3USDA 4U22A 3OSRA 3C9HA 5CBSA 2XXTA 2AL5A 2OWSA 3I3VA 4IO2A 5TP9A 3FJ7A 1I6BA 3IR1A 3ODBA 4ZZAA 3C33A 3KEIA 1TXFA 2HZLA 5CRYA 1FCKA 2NXOA 5ITOA 3H3GA 2GH9A 1Y1MA 3RUMA 3PPNA 4NWCA 3VV5A 4QSCA 4WEDA 4C1TA 1B4ZA 3EQ1A 3DP4A 4YB7A 4O3AA 3TEPA 4EXLA 3TELA 3SEWA 2O68A 2I4CA 2ZYMA 3W9WA 2B3BA 1AL3A 3FJGA 3K0VA 4YKKA 4H1XA 2GRVA 4MLQA 1YTVA 3ECRA 1D3KA 4FEDA 3OENA 1SI0A 4FAJA 3JZJA 3O66A 5ISUA 1N0TA 3IB0A 1LFIA 5B7DA 1MQIA 4LZ5A 4BLAA 4G8MA 3T93B 3BBRA 4MF3A 5AA4A 5AE4A 4F3SA 4X1DA 2PVUA 1MDQA 3QSLA 3IX1A 3Q27A 3ZKLA 3B6WA 3V5AA 1US5A 3FXRA 3SEXA 1Y20A 3IOVA 4LZ8A 3RNNA 3U94A 3O28A 2O51A 1IUDA 3V89B 2YPNA 1RKMA 3KSXA 2Z23A 2H99A 2HXWA 3T66A 4OXVA 3KBRA 4NE4A 4ZEKA 4BDRA 2AL4A 2RKMA 5DYHA 2XXPA 4YB5A 4FE8A 2Q8JA 1NL5A 4NF5B 3DP8A 4F2OA 4R73A 1MXUA 3FUZA 1SW2A 3OSQA 1P1OA 1UTBB 3MZ9A 2B3FA 4E0WA 4GL8A 1SQYA 5CMKA 3S4UA 4ZE9A 4F19A 1ATGA 2XD3A 4XKQA 2P1SA 1EZOA 2Q88A 1MH3A 4F3PA 4LONB 3TTRA 2DS9A 2I0BA 3PPPA 2OLBA 3KJTA 3PD9A 2H9BA 1CB6A 3FVGA 4ESWA 1ZMGA 1JVYA 1QUKA 3SDFA 2REJA 3ZSFA 4AB5A 4AB6A 1M5BA 5A5XB 3Q26A 1B7UA 4JDFA 5F1QA 1S50A 3RY3A 2WKYA 4FJPA 5DEXA 1FQAA 4RK9A 1AIVA 1P1UA 2IA4A 5FHMA 2GHBA 1US4A 1LAXA 3G3JA 3H03A 3KGCA 3EPEA 4TLMB 4F2QA 2PYYA 3UGWA 4XXUA 4FECA 2F35A 1ZLQA 1NFTA 3TUSA 1SW4A 2G93A 4YB6A 3K6WA 3KG2A 2A5TA 4BDMA 2E0SA 3T9VA 1H3DA 3S2VA 2D3IA 5KDTA 1HSEA 1UIUA 3O6IA 3PPQA 1XHYA 2QPQA 1YPNA 2Y7KA 4R2BA 5H8SA 1NNTA 4NF4A 4YKIA 4KQPA 4OEVA 3QIMA 1OMPA 2DXRA 1TWYA 1QVSA 2AIXA 5F7VA 2R9JA 4RJZA 3OO6A 3EF7A 3OO8A 4F1UA 4M4GA 1B2HA 1NKXA 4FATA 2Q89A 2Z8DA 3VLWA 1F9BA 2Z8FA 1B0HA 1POTA 4OESA 1D4NA 5H8NA 1QUJA 3HCQA 3RT6B 5HBCA 1URSA 3U72A 5I2NA 4IO6A 2XXVA 2F7CA 5AA3A 3Q25A 4ONYA 2I6EA 4RYAA 2DYXA 1FTOA 3L6GA 2CZLA 5FHOA 1XT8A 2DWAA 4YZZA 3UP9A 1AOVA 2HCAA 1BIYA 3RTFB 3O2AA 3RLFE 1A55A 5FHNA 5H8HB 3VDFA 1BTJA 2Q2CA 3I6VA 1WDNA 1I69A 1ZKBA 1HSLA 1EU8A 2F5XA 5CMBA 1ANFA 1URGA 5EHMA 2VGQA 4NWDA 5TP9B 4DXBA 2RCBA 1LCTA 2V25A 3E13X 5FTIA 4LQ5A 1PDAA 3T22A 3RTWB 3OO9A 3TYHA 2H98A 4HCWA 5ELVA 1NNKA 3OELA 4GD5A 5H8FA 5I56B 2M8CA 4R72A 1B32A 1O64A 4X1BA 1MG1A 1Z7ME 4ELQA 4Z7EA 4IO5A 1N3WA 1QKBA 4YMBA 1A7LA 3MPLA 3K1MA 4U21A 4Q8RA 2Y7WA 2HFBA 2DVCA 4XKRA 4JWXA 3K4UA 2GHAA 3KSJA 1N3XA 3K6UA 2ZNUA 2OZZA 4GL0A 3SEVA 2F36A 2XXHA 3G3IA 3PUWE 1UQWA 4N13A 4YAHX 1MXWA 4MBPA 1Y4TA 2I4BA 2RC9A 1MXXA 4O3CA 1B40A 1OQHA 2ESNA 1FQEA 1XS5A 1JQFA 5H8QB 2QS1A 4KYDA 2V84A 5L8DA 3O9PA 1SD3A 4XKPA 4AQ4A 1FTLA 3C36A 1B4HA 4OFOA 3GZGA 3FVOA 3WAEA 5L9SA 3N94A 3TMGA 3F11A 3Q29A 5EHSA 4KI0E 4ZE8A 1NNPA 1Y9UA 4H6DA 2XXIA 2X7QA 2QSXA 2ALUA 2F97A 1FQDA 1B0LA 3CI8A 4MH5A 4GQOA 1FTKA 3D4CA 3MP1A 4RA1A 2THIA 5IKBA 3PUVE 1FQCA 1QUIA 1OIBA 3KN7A 5KCJB 5TPAB 1S9TA 3LSXA 1MXYA 2ZNTA 3M3LA 2RF1A 3W15C 2XX9A 2A5SA 1B3FA 4GFRA 3H6WA 3VFJA 2V3UA 4QFKA 3VVEA 1J1NA 5CMMA 4XIGQ 3W9VA 3CR9A 4JSOA 4NF6B 3VVDA 3OOAA 3PUXE 5K2YA 4LZ7A 1H76A 4KCDA 4QSEA 2ZYNA 2F6PA 5I59A 4HW8A 1LAFE 2UVIA 4QFPA 3E4RA 1B7HA 1H44A 5CC2A 4Q5TA 5CI5A 3MUQA 2FNCA 3UK4A 2HQ0A 2P2AA 3GBBA 1WODA 4LATA 4ELRA 1QULA 4OFLA 1M5DA 1B05A 4F3GA 3IJXB 3IORA 4R9GA 1N7XA 1N76A 3C34A 2O7UA 5DT6A 4F1VA 1LAGE 4I8CA 1IXGA 4LA9A 5CMCA 4JWOA 3SEYA 2QL3A 3MJNA 3M3KA 4POWA 4EUOA 1LGBC 3PMWA 4JB7A 2UVJA 1JNFA 2H25A 3FZVA 2OBGA 3OO7A 1JETA 4PQJA 3MQ9A 4NF8A 5HM4B 2UYFA 3PGFA 4X48A 3LC8A 3G7WA 4G68B 4NF4B 4POXA 3CSBA 1B1HA 3H6TA 3S9EA 2QS4A 2XXRA 1MY1A 3RQTA 4RPOA 1D9YA 2PT1A 5DVIA 4TQUQ 4OEUA 3PMXA 3OEKA 2I3WA 4ZEFA 2DOJA 5KZTA 3C35A 4C0RA 3KOSA 1MRPA 4QFOA 2FYIA 3PU5A 3IJOB 2HAUA 3BKIB 4F31B 2Y7RA 4JWYA 1IZ1A 1SYIA 5I2NB 1LB8A 2ZMBA 3CG1A 1NH7A 1YAEA 3B6QA 5AA2A 2XXXA 1DPEA 1S7YA 4JSDA 1MPCA 5DVJA 3RT8A 2P0SA 2LAOA 1SYHA 2O84X 2Z8EA 1USYE 3KJ7A 1LB9A 1GV8A 1Y3NA 3K00A 2UYEA 5I58B 3DELB 3TTMA 1SW5A 3KFMA 5I2KB 3O6HA 2NUVA 1UIVA 1Q35A 2XXQA 4PFYA 3T96B 3KN8A 1SI1A 2V3TA 2REGA 3MP6A 1MY0A 4K3FA 4R74A 1VFEA 1XC1A 4ZEDA 2F34A 1LSTA 2I3VA 3A3CA 3R6UA 4ELOA 4OZ9A 3TCFA 3MVYA 4P11A 3QUFA 2I48A 3VLUA 2DXYA 1Z7NE 1TFDA 1M5FA 1SW1A 4GVOA 4KFQA 1A99A 2UXAA 3SERA 4DZ1A 4PP0A 3U92A 1JEVA 1D9VA 2YLNA 4Q0CA 4L17A 2F7AA 1MQJA 1BP5A 3N6TA 3D4GA 3TCHA 3OXNA 3MP8A 1IEJA 1LBCA 3K1PA 3IOTA 1II5A 1N84A 3MZ1A 4OTEA 4YKJA 5I57B 4PFTA 2I0CA 1EZ9A 4TLLB 1SVXB 1P1QA 4G2ZA 3MPKA 3HHFA 3FATA 4DDDA 2ONKE 5L9MA 3CIJA 4ND9A 2D5WA 2V93A 2PBWA 5J1DA 1NMUA 4I1DA 1TT1A 1TFAA 3GBAA 1Y3QA 1B52A 1DOTA 4BDOA 1LFHA 2NVUB 3G3FA 2OWTA 2DSFA 2FA7A 5JTYB 5AA1A 4F22A 3VE1B 3IO6A 2R6GE 5ICQA 1EH3A 4O3BA 4P0IA 4OWDA 3EN3A 2W7YA 4R2FA 3TKDA 4FEBA 1DTGA 1MQHA 4RY1A 3CFZA 1Y3PA 3E9XA 3C32A 1LCFA 2O7IA 5ICTA 3SKPA 2F8DA 4NF5A 4QSDA 4OHNA 4OMBA 3TTLA 5K2XA 4KHZE 3BFUA 3CSGA 2ZNSA 4WKMA 1UTBA 3QYTA 3S9LC 3OD7A 2XHDA 2UVGA 4U4SA 3A09A 2OK2A 2QS2A 5JEIA 2I49A 1H45A 4YU0A 1B3GA 5ITPA 5M2VA 3MVWA 3UA8A 2D21A 3IAZA 1P1NA 3LBSA 4H0WA 1T0KA 4LVQA 4NEDA 3RN8A 1SDXA 4M1VA 1A40A 1MXZA 2V3QA 2QRYA 4G68C 3I5OA 1O7TA 5I84A 3V8XB 4FIMA 4OVJA 3CFLA 3K02A 2ONRA 3IK6B 2F7BA 3ILUB 3SEUA 2R71A 1L5TA 3H7MA 1FTMA 4JXIA 4ZS9A 2Q2AA 3UN6A 2X26A 1DPPA 3LUYA 1Y4CA 1Q1KA 4F39A 3CRBA 4QFLA 3A3UA 3HHGA 1KWHA 1VE4A 4R6HA 4OETA 4DXCA 1B5HA 3T9UA 2Q9TA 3GXAA 4LQ2A 1RYOA 4R75A 3JYRA 1URDA 4H8JA 2ABHA 2H5YA 1FQFA 4OFJA 4R6YA 4NF8B 4UACA 3EHUA 4PFUA 3U8QA 5AA4B 1H43A 1PB7A 5TU0A 3FV2A 1UTHA 4H65A 2PMSA 4LP2B 1MM6A 3TDJA 3LR1A 4GOTA 4TOZA 3TFLA 2KLFA 3BFTA 1B46A 2GFEA 5BUUA 2DVZA 1N7WA 3UIFA 1P99A 2Z22A 3HN0A 3O97A 3S9NC 3IO4A 4OENA 2XX7A 2I58A 1GVCA 2VOZA 4ZDMA 2QJEA 1MPBA 4EXKA 3HPIA 3UORA 1MPDA 2XXWA 4MFIA 4QF9A 2Y7IA 1OVTA 1PBQA 3K6XA 1B58A 2PX1A 3DLNA 3IL1B 2B65A 1B1XA 3FJMA 1P1WA 1OLAA 1ELJA 1XVYA 3PUYE 4F3BA 5H8HA 1JW1A 4H5GA 1B7ZA 3JV9A 5CBRA 1O63A 3HO7A 3LSWA 2DE2A 4WEPA 4H5FA 3CVGA 2OCUA 3TTKA 4H8IA 3O6GA 2ZXTA 2ANJA 3QUJA 4KR5A 4X9TA 5JK4A 4I9DA 5DEXB 1PEBA 1IXCA 4IGTA 1YCJA 4ELPA 2XXYA 3H6VA 1JEUA 1M5EA 3N26A 5I56A 3GLBA 3PUZE 4N6PA 1B9JA 2O1MA 5EYFA 4GF8A 4WXJA 3L6HA 2O1LA 4XKNA 1IQ7A 2A5TB 3THIA 5KDTB 2HAVA 4HS7A 1SBPA 5LOMA 3M3FA 3TQLA 4JBZA 4EQBA 2HZKA 4GXAA 3C4MA 3K01A 1QKAA 4IY6A 3TAJA 3FVNA 1GTKA 5BWJA 1IIWA 5H8QA 2F78A 4OQOA 4YMAA 1CE2A 2XD2A 2QMXA 2AYSA 3FD3A 3VXBA 3FXUA 2HEUA 3SETA 4UA8A 1MS7A 3ILTB 1DTZA 4F18A 3ZS6A 5H8NB 3MVZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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