2DP8A

Carbohydrate recognition by lactoferrin: crystal structure of the complex of c-terminal lobe of bovine lactoferrin with trisaccharide at 2.5 a resolution
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Carbohydrate recognition by lactoferrin: Crystal structure of the complex of C-terminal lobe of bovine lactoferrin with trisaccharide at 2.5 A resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 109
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2006-05-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dp8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dp8A02
2B3FA 2H4IA 3GZGA 3CR9A 2ANJA 3OO7A 4RY1A 1PB8A 2OCUA 3KZGA 2PBWA 3KN7A 2OWSA 3TDJA 2M8CA 3H4ZA 2F5XA 4XTCQ 3FXRA 3RT8A 3RY3A 3PUYE 4U1ZA 4QSEA 2PVUA 1Y3NA 1DMBA 3T66A 1B4HA 1B1HA 3H6UA 2YLNA 1AH5A 4F19A 3OO9A 5JK4A 3E9XA 5TP9B 3S9EA 1P1NA 1SYIA 4O3CA 2XHDA 1B5JA 2HZKA 5FHOA 2ZNUA 5HBCA 5H8HB 4NWDA 1Y3PA 3U92A 2Z8EA 5DVJA 2Y84A 2I4BA 1MPCA 1JW5A 2DS9A 1XOCA 5AA4A 2A5TA 3SERA 2H5YA 2XXYA 3TQLA 4JDFA 3OELA 3U1OA 1O7TA 1BKAA 3I5OA 1US4A 4G77A 3DP6A 1B46A 4ZZEA 3FGSA 3H6WA 4ELPA 4X1BA 1PB9A 5CBSA 1TT1A 4U2RA 2OWTA 4YKJA 2XXHA 4GL0A 2BJJX 4ZEBA 3MUQA 5ELVA 3FXQA 1MPBA 4NF5A 4GRKA 5FHNA 1OQGA 4N13A 1KWHA 2PT2A 1FTJA 5CI5A 2OJTA 1YCJA 2DWAA 3KOSA 1IXGA 2ESNA 4G4PA 1POTA 3IB0A 4I9DA 3FJMA 3UP9A 2HXWA 5K2YA 2ABHA 3I3VA 3K02A 1I6AA 3TTLA 4X1DA 3VXCA 2THIA 3RGYA 3OO8A 3FASA 1DTZA 1D3KA 3TCHA 1H45A 2I3VA 4E0XA 2ZMBA 2QS2A 3C33A 2F78A 2QMWA 1TXFA 3UK4A 2XX8A 4YKKA 2Y7IA 3THIA 4XIGQ 4KD5A 4GWOA 2AL4A 2I58A 1LAXA 1B51A 2DXRA 4R9FA 5DEXA 1EZ9A 1B5HA 5H8NB 2ZYKA 5L9OA 4H0WA 3GBBA 4BDNA 5DTBA 3DP8A 1MDP1 4TLMB 2FA7A 1LSTA 4O3AA 1ZKBA 3MVWA 1MQGA 1URGA 1MDQA 3H6VA 5I56A 3MQ9A 3MZBA 5EHSA 2X7PA 4DDDA 4NF8B 1B5IA 4R6KA 4YKIA 4RYAA 2PX1A 3O66A 2QS3A 1MPDA 5B7DA 1UTBB 4QRZA 2DQVA 2I49A 1NNPA 3IORA 2VOZA 1BTJA 4FEBA 5I2KB 1N76A 4LA9A 3FD3A 3KG2A 5I58A 2VHAA 2F7BA 4TOZA 4TLLB 1UIVA 4F39A 4MBPA 3TMGA 4JB7A 1MH3A 4IO5A 1DPPA 2XX9A 4LATA 4ZS9A 3SEXA 4ESWA 2PYYA 2XXIA 4UACA 1OMPA 1B6HA 4H5FA 3DELB 1JVXA 4FJPA 4EQBA 4LZ8A 2HAUA 2Q88A 4JBZA 1N3WA 3EF7A 2DWIA 4BDRA 3IB1A 4BLAA 1H76A 2E1SA 3VXBA 3PD8A 5JTYA 2I0BA 4OWDA 4RK2A 4U23A 1LFIA 3MW0A 3SDFA 1MQJA 1B0HA 4YMBA 1T0KA 3FVKA 1M5CA 2P1SA 5IKBA 3SEYA 2H98A 1MXXA 4EQ9A 1AOVA 2O7UA 4R73A 1UTHB 5JEIA 2RC8A 3V8XB 3FATA 1FQFA 1B05A 1N0TA 2I48A 4LZ7A 5H8FB 4ESXA 5AA2B 5TPAB 2UVJA 2X26A 3O6HA 1LAHE 1F9BA 4U4XA 1Z7ME 2ZXTA 1URSA 5I2NB 3O28A 3KN3A 4MLVA 2ONKE 4ZEIA 2DVZA 1LAFE 5IAIA 3CVGA 1MH4A 3D4CA 4PE5B 3MPKA 4XKNA 2UVIA 1QW0A 4GD5A 4M1VA 3N5LA 1US5A 3G3IA 4YICA 1QUKA 4PFTA 4WKMA 2PMSA 1URDA 1P1WA 1GTKA 3HPIA 4LQ2A 3UORA 3B6QA 2KLFA 1MG1A 5LOMA 1NNFA 4H65A 3H7MA 1OIBA 3AXFA 4F3SA 1JVYA 5BWJA 4ZDMA 3M8UA 3HCQA 3K0VA 1M5EA 1ELJA 4H6DA 5ITOA 3EQ1A 1A99A 1SYHA 1H44A 4GQOA 1XVXA 4DE8A 2RC9A 2O68A 1NKXA 3V5AA 4N6PA 1SW1A 3CFLA 1USYE 1GVCA 2B3BA 3ZSFA 4OHNA 1EZOA 3HV1A 2Z8DA 3E13X 4ELOA 4KYSA 2RC7A 2O51A 2QSXA 4QHQA 2F35A 1PEBA 4KR5A 5DVFA 3TTKA 5I59A 4FORA 3KSJA 1B58A 4YB6A 2F34A 3KOTA 3CSGA 5ISUA 4OERA 1ATGA 4NF6B 2REGA 3OOAA 1ZTYA 1PBQA 1MQIA 3IO6A 4X9TA 2UYEA 5B70A 4Q8RA 4THIA 3USDA 1JNFA 3MPLA 2AIXA 5ICTA 1SVXB 4ZECA 3W9WA 4R74A 4Z0IA 3G7WA 4JSDA 1QVSA 4PFUA 3IL1B 1MY1A 3R26A 4G8HA 4IGRA 4GIZA 3TYHA 1QJMA 1VSOA 4JSOA 4R2FA 4JWYA 3EPEA 4U4SA 3ILTB 1Y4CA 3U93A 2D5WA 5KZTA 1MRPA 1ZJLA 3C34A 3OEKA 4YKPA 1Y20A 3S9MC 1M5DA 2UYFA 3H6TA 4QSCA 3FZVA 3PV0E 2A5TB 4OMBA 4Q30B 1DPEA 5L8DA 1MY0A 3LSLA 2I4CA 4GLIA 5KDTB 5TP9A 3O6GA 4M4GA 4FATA 4OETA 3SEVA 3SEWA 3K6VA 1SI0A 1IIWA 3T9XB 5H8HA 5FHMA 2GHBA 3IOWA 3BFTA 2VP1A 4KQPA 3G3GA 1MQHA 2V3UA 1D9VA 1CE2A 4ISUA 2I3WA 1FTMA 1IXIA 4ONYA 4F18A 4NF5B 4IY6A 3O2AA 1I6QA 4GF8A 2FNCA 5HM4B 1NNTA 4AB6A 5AE4A 2AL5A 2XXVA 4ZZAA 3FXUA 2HEUA 3PMXA 4HW8A 4U21A 2HFBA 4ZEFA 2DWHA 4EF1A 4G68C 1SW2A 1II5A 1LAGE 4YMAA 2F36A 3UA8A 2QPQA 2W7YA 4IO3A 1ZBMA 1B9JA 3TZAA 3ILUB 4IO6A 4X48A 1B3HA 3A3CA 2Y7RA 2E0SA 2RKMA 4QFKA 3RT6B 4BDQA 3U8QA 3T9VA 4OEUA 4ELQA 3PUWE 3U94A 2F7CA 2Z8FA 4DXUA 2RCAA 4R6HA 2PT1A 2ALUA 2Q9TA 3Q25A 1JETA 1NH8A 4P11A 4EUOA 5HPQA 4I8CA 1NNKA 1IQ7A 1B1XA 3M3LA 1O64A 3R7XA 1BLFA 1QUIA 2RF1A 3FVOA 4FAJA 5DEXB 4HCWA 3TTMA 4DIGA 3Q27A 4EDPA 5AA3A 3LR1A 2FYIA 3IR1A 3L6GA 4YB5A 5FTHA 2H9BA 4I62A 3FJGA 4H8IA 1JW1A 4KI0E 3TEPA 4U1OA 2VD2A 5CM6A 5I84A 1R9LA 4GL8A 1MY3A 4LZ5A 1A54A 3TAJA 2AYSA 4ZEKA 1JW4A 5I58B 4LONB 1MXVA 4OENA 4IO2A 4R6YA 3RPWA 3OXNA 4DCXA 1USYH 1ZU0A 1TFDA 2O1LA 5EYFA 3IJOB 3E4RA 3MP8A 1S50A 4XXUA 2ZNSA 5CMBA 4EF2A 4H1XA 4NMYA 4TQUQ 1AL3A 2QS4A 3P7IA 2Z23A 5CBRA 1LCFA 5TU0A 4POXA 3C32A 3EHTA 2XXRA 2DP8A 1A40A 2ZYOA 1VE4A 2R9JA 1ANFA 3CG3A 3TODA 5JTYB 2OBGA 3FV1A 3C9HA 3FJ7A 3IOUA 3IOTA 3EHSA 2GHAA 4G8MA 1J1NA 1P1UA 3G3FA 2ZYMA 3QUFA 1DTGA 3BFUA 4GVOA 4IGTA 1N04A 3TQWA 1XHYA 4RK9A 4Q0CA 2DE4A 3S9NC 1I69A 2F7AA 1LFGA 2D21A 3IB2A 2V93A 2XXWA 4LVQA 1VFEA 1SW4A 1Q35A 3LSXA 4WEPA 4YU0A 3FVGA 4QFLA 3A3UA 3C4MA 1MXYA 4NE4A 2D3IA 3HHGA 5A5XA 1LLSA 2OK2A 3IO4A 1POY1 1UQWA 3C35A 3N26A 3C31A 1MXWA 4MLQA 4R75A 1SD3A 2I6EA 4P0GA 2HCAA 2DWJA 5DT6A 4WEDA 3UGWA 5H8FA 1LBCA 3IOVA 4E0WA 2XD3A 5TPAA 1MXZA 2Y7WA 3PPPA 1N84A 3CFXA 4JWXA 4G68A 4OFOA 4U22A 3RUMA 4EXKA 3PPQA 3RTFB 2Q8JA 3N94A 3PMVA 3MJNA 3GXAA 2V3QA 3ZS6A 4LP2B 1R6ZA 4KYDA 4IY5A 1QKBA 1BIYA 4YB7A 3K6WA 4F3GA 3PGFA 4I1DA 3MZ9A 3V89B 5I57A 2V84A 2ZYNA 4ZEDA 2IEEA 2DSFA 2B65A 3KGCA 2VD3A 3VLWA 4HCYA 4DXCA 2IA4A 5AA2D 1RYXA 4KHZE 3K6UA 3MVXA 2V25A 4JWOA 5KCJB 4OZ9A 4NF4A 5I59B 3GBAA 1IZ1A 1LCTA 3B6WA 4DZ1A 4BDMA 1B7UA 2DE2A 4KFQA 3CG1A 3SETA 4ELRA 3H03A 4GXSB 3DLNA 1XC1A 3LBSA 1YPNA 1NL5A 3LUYA 5H8QB 1HSLA 2GRVA 2XXXA 4F22A 3S4UA 2O7IA 1O63A 2O1MA 4KPTA 4PFWA 1L5TA 5ICQA 4OESA 4P0IA 3MVZA 4H8JA 2Z22A 2DYXA 5CC2A 3OSRA 1B2HA 3T9UA 3VVDA 3WAEA 1XVYA 3CRBA 4F1VA 3M3KA 1B7HA 2ONRA 1ZMGA 1R9QA 2R71A 4AQ4A 5F1QA 1Y9UA 2NXOA 2Q89A 4NF6A 2NOOA 2REJA 3A09A 2HZLA 1MS7A 2OZZA 1EZPA 1P1QA 3HSTA 3UN6A 3IX1A 1NMUA 1FW0A 1FQAA 3QK6A 3K2DA 3KN8A 3I6VA 4UA8A 4IB2A 2HQ0A 1NH7A 4WXJA 3GLBA 4F2OA 1B4ZA 2ONSA 1AIVA 3D4GA 4DCYA 5AA1A 3H06B 3CI8A 1SW5A 3LSFB 5AA4B 4F2QA 3PUVE 4GXAA 4OQOA 1OLCA 2XX7A 1Y3QA 1OLAA 1FQCA 2XD2A 3K1MA 2Q2CA 1UIUA 2DE3A 4KCCA 2Q2AA 2LAOA 5DYHA 4FIMA 2G93A 3PU5A 4F1YA 4QF9A 2DVCA 2XXPA 1BP5A 1Y4TA 1B3LA 3W9VA 2XXUA 5L9SA 2UVHA 1QKAA 5KDTA 3KEIA 4HTGA 3RLFE 1FTKA 1FCKA 1MXUA 3EN3A 1WODA 3PPRA 3O97A 4MH5A 1B0LA 1MQDA 3Q26A 3DM0A 4ZE8A 5EHMA 3KJ7A 1HSEA 3VVEA 3VLVA 2NUVA 2Y7PA 3KBRA 5F7VA 4H67A 1VFDA 4AB5A 1N7XA 4C0RA 3O29A 1LGBC 4POWA 2XXTA 1N3XA 1PB7A 3VV5A 2ZNTA 4RJZA 3TCGA 3CSBA 2NWJA 4O3BA 3IJXB 1A55A 5H8SA 3ZKLA 4C1TA 2QJEA 3JV9A 3LC8A 3JZJA 4F31B 1VR5A 3G3KA 4PP0A 3TFLA 1PBPA 2GFEA 2R6GE 1EH3A 4OYVA 1SI1A 4PFYA 1S7YA 1FQDA 2QMXA 4K3FA 2P2AA 2F6PA 4OVJA 3R6UA 3T9HB 5CMKA 1M5BA 3LSWA 1FTLA 1OVTA 1B3FA 2QS1A 3JYRA 3MP6A 3ZKKA 5I56B 3VVFA 1B3GA 3PUXE 3BBRA 3KFMA 4NTLA 3TTNA 3K4UA 1LB9A 1Y1ZA 2UXAA 3QAXA 1A8EA 3F11A 2X7QA 5H8NA 3WAFA 4F29A 3O6IA 3V83A 5M2VA 4BDLA 3QSLA 3KJTA 4L17A 1LB8A 3FIRA 4OFLA 3S9LC 4F3BA 1SBPA 1P99A 3SESA 1RYOA 3G3JA 2OLBA 3FVNA 2G29A 4NWCA 3K6XA 4OTEA 1YTVA 1FQEA 3DP4A 3OSQA 4NF8A 4LUBA 1HSJA 4F1UA 3QXMA 4DXBA 1XS5A 4RNSA 1UTBA 3IK6B 2UVGA 3K00A 3M3FA 4KCDA 2YJPA 4H5GA 5I2KA 4GOTA 3VFJA 2GH9A 2P0SA 1MM7A 4XKRA 1Q1KA 4R9GA 4LQ5A 1WVJA 4XKPA 3PUZE 1B3EA 1TWYA 2YPNA 5DVIA 4G2ZA 2DOJA 3MZ1A 3T22A 1S9TA 1IITA 3B6TA 2XXQA 4QFPA 1M5FA 3TUSA 3T96B 4ZE9A 3BKIB 2V3TA 4Z7EA 4FE8A 2O6AA 2Y7KA 3KSXA 2CZLA 3SEUA 3L6HA 4G8NA 1B52A 1A7LA 4RPNA 2HAVA 1YAEA 4FEDA 3OEMA 2O84X 1D4NA 4PQJA 1FQBA 1R1NA 1N7WA 3PPOA 4RA1A 1GV8A 4ECFA 2CMOA 3RTWB 3ONMA 1B40A 2H25A 5A5XB 4OEVA 4IO7A 4XKQA 4PETA 3RQTA 3ECRA 3FUZA 3N6UA 3MAMA 3K01A 2WKYA 1DSNA 1B32A 3MWBA 1B7ZA 3CFZA 3UIFA 3U72A 3N6TA 3W15C 3OENA 2VGQA 1UTHA 1MY4A 4OXVA 1OQHA 5J1DA 2RINA 1QUJA 4G68B 3Q29A 4RXLA 4N07A 4NEDA 5AA2A 4YAHX 3OD7A 1P1OA 3CIJA 2I0CA 3HN0A 1CB6A 5I2NA 3TKDA 3HHFA 4IO4A 1LBBA 5BUUA 3PPNA 1GGGA 3E3KA 5FTIA 4C1UA 5L9MA 3C36A 3MP1A 4R2BA 4MF3A 3ODBA 1JQFA 3QUJA 5I57B 5CMMA 4YZZA 1IXHA 3EHUA 2F97A 3VLUA 1ZLQA 1MM6A 4EXLA 3OMBA 5CMCA 1IEJA 5K2XA 3PMWA 2RCBA 3T93B 3B7DA 1PC3A 4NF4B 3G3HA 1FTOA 3MC2A 3TCFA 3TPAA 4EQ7A 1RKMA 3VDFA 2O69A 3K1PA 1I6BA 1PDAA 4HS7A 2DXYA 3IAZA 4OFJA 3O9PA 3RNNA 1EU8A 1XT8A 1GR2A 4QFNA 4GFRA 1A8FA 3PD9A 1QULA 4QSDA 4ND9A 2F8DA 3H3GA 4KYEA 1JEVA 3QYTA 5CRYA 5KCJA 1MY2A 1LFHA 3TTRA 1OVBA 4JXIA 2F6GA 1IUDA 1TFAA 2QL3A 3VE1B 1Z7NE 2QRYA 1NFTA 3OO6A 4FECA 2H99A 1SDXA 3MBPA 1Y1MA 1WDNA 3QIMA 3MVYA 3Q28A 1IXCA 3S2VA 2A5SA 4F3PA 1ZIUA 4DLDA 1D9YA 5ITPA 1AMFA 1SQYA 5H8QA 3HO7A 4R72A 3K1NA 1DOTA 1H3DA 1JEUA 4RPOA 4Q5TA 2NVUB 3RN8A 3FV2A 4QFOA 1H43A 3TELA 4MFIA 4BDOA 3SKPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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