2DVCA

Structure of the bovine lactoferrin c-lobe complex with sucrose at 3.0 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the bovine lactoferrin C-lobe complex with sucrose at 3.0 A resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dvcA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dvcA02
4R74A 2RC7A 4RA1A 5CC2A 2HXWA 4JXIA 3KZGA 3B7DA 2Y7IA 3JZJA 2Y84A 4X1BA 2XHDA 4XIGQ 3MVYA 4MFIA 1MQGA 4F3PA 3CR9A 2RC9A 4OXVA 3UP9A 4OYVA 2ONKE 3BKIB 5H8HA 4MF3A 4PFWA 4JB7A 2F78A 3TAJA 2QS1A 1QULA 3FJMA 3Q29A 1B51A 1FTJA 3RGYA 3VLUA 3C32A 3RLFE 3PU5A 1JETA 4RYAA 1URSA 2I48A 3TZAA 1OVTA 3KJ7A 5CI5A 2DVCA 1ZJLA 3PPRA 2PBWA 1LFIA 4R2FA 3IK6B 3OO7A 1DPEA 4F3GA 4OZ9A 4RJZA 4NF5A 4U4XA 2PYYA 4U4SA 4LQ5A 4F31B 4MLQA 3IORA 5H8FA 3B6WA 3S9EA 3IL1B 1MY1A 4OHNA 2DQVA 4LZ8A 5AA2D 3F11A 1WODA 5CMMA 5I2KB 1I6BA 1GVCA 1B52A 2D5WA 1F9BA 4R6HA 1WVJA 1OQHA 1RYOA 3VFJA 4QFLA 4H5GA 5DEXA 1AMFA 4GFRA 1ZU0A 4F1YA 3K6WA 4AQ4A 5L8DA 3SDFA 1MPCA 4PE5B 2QS4A 1N3WA 3G3JA 5F7VA 5HPQA 1R6ZA 2G93A 2O1MA 2M8CA 1DOTA 1N76A 1LLSA 1DTZA 3BFUA 1B4HA 1XHYA 1H44A 2I4CA 1DTGA 3CFXA 3BBRA 3QSLA 2I49A 4X9TA 4KPTA 2O68A 1FQAA 2NUVA 4U21A 3PPQA 2PX1A 1B3GA 5JTYB 3TELA 4F18A 1Q1KA 4KQPA 3VVFA 3DLNA 5TP9A 3TTNA 1PB7A 1B5JA 3PD8A 3MUQA 3H06B 2Q89A 2ZNUA 1SBPA 3VLVA 5AA2B 5ICQA 3JYRA 5TPAB 1IIWA 1B3EA 4HTGA 1LAFE 1MQDA 3RY3A 1O7TA 2DE3A 3C9HA 3KOSA 2GRVA 2DWJA 4DIGA 5A5XA 5DYHA 1AIVA 3KGCA 1FCKA 4GIZA 4N6PA 3IO4A 3ZKKA 4LUBA 5DVIA 5FHNA 1OVBA 4EQ7A 2ZYNA 4YU0A 4NF4B 4H8IA 1PBQA 2DSFA 1S9TA 4JWYA 2WKYA 2I6EA 1QKAA 2GHAA 3WAFA 2QPQA 2Q88A 2VHAA 1OMPA 3VE1B 5FHOA 4C1UA 3S9MC 3OMBA 4JWXA 4YMBA 1D9VA 2F7BA 3MVXA 3OSRA 1P1WA 2HFBA 2ONRA 3V83A 4WEDA 1B0LA 3ILTB 4Q8RA 1PDAA 4JWOA 3RT6B 3HPIA 3CRBA 3QUFA 2Z23A 3S4UA 5B7DA 1PBPA 5AA3A 4QFPA 2XXYA 4ZE9A 2F97A 2GFEA 1B5IA 2R9JA 1EU8A 3C35A 3ODBA 4BDOA 1N7XA 3LBSA 3WAEA 4LP2B 4G4PA 3TQWA 2RINA 4IO5A 1T0KA 2DE2A 2H98A 3T9HB 2ZYMA 2A5TA 5CMBA 4RK2A 4JSOA 5IKBA 4U22A 1EZOA 2HCAA 3H6WA 4DZ1A 1PC3A 2XX8A 1USYE 3PMWA 3TDJA 3OD7A 4G77A 2F6PA 3M3LA 2E1SA 1FQFA 2Z8DA 4LONB 1M5FA 5CRYA 4LQ2A 4KYEA 1VFEA 1IEJA 4YKKA 1A8FA 1B32A 1CB6A 2W7YA 2DYXA 5AA4A 4NF8B 1BKAA 4OEUA 3SEXA 3VVEA 3FJ7A 4GD5A 5LOMA 3G3FA 4ZDMA 4EDPA 4OWDA 1MRPA 1NNPA 3PGFA 4OESA 4I62A 3UIFA 1P1OA 1GR2A 3IOVA 3I3VA 3H3GA 1A7LA 3FVGA 5KCJB 1OLCA 1GV8A 4YB6A 1Y4TA 1RKMA 3G3GA 3T93B 3O28A 3D4GA 5I59A 3QYTA 5I57A 5H8QA 3K1MA 1MM6A 1B7HA 3N94A 4DXBA 1MQJA 4NEDA 4ISUA 3ZKLA 1WDNA 2REGA 2OWSA 1O64A 2GH9A 1TT1A 1D9YA 4ZE8A 4FJPA 1TFAA 2Y7RA 3IB2A 2F7AA 2PMSA 5I84A 4GQOA 5KDTA 4GOTA 2O51A 4M1VA 2YPNA 1EZPA 3K01A 5BUUA 1MH4A 1PB9A 3K1PA 1AH5A 2KLFA 1B3HA 4KYDA 1JW5A 4UACA 5I56A 3O29A 4NF6B 2YLNA 3FV2A 4I8CA 3FV1A 2PT1A 4NE4A 3M3KA 2RF1A 1USYH 5H8NA 4U2RA 4OETA 2DVZA 4OFLA 1UTBB 1SVXB 2FNCA 1SW1A 5EHMA 3IAZA 3TTRA 2HZLA 3S9LC 3RTWB 1ELJA 3KN7A 1Y1ZA 4THIA 3OENA 3R7XA 4F2OA 4EUOA 3FIRA 3CI8A 1JVXA 2QJEA 3MP8A 2GHBA 3TFLA 1D3KA 2OBGA 2QL3A 4ECFA 1MG1A 4UA8A 1MDP1 2XXRA 3MAMA 3QIMA 4ZS9A 1D4NA 2VOZA 2F36A 4R72A 4R6YA 1JW4A 3SETA 2I0BA 1M5CA 2NVUB 3M8UA 2OK2A 1LBCA 2V25A 4H65A 2H4IA 4QFKA 1MS7A 1Z7ME 3FXUA 3I5OA 1XC1A 2OWTA 2UYFA 1QUJA 3THIA 1B7UA 3VXCA 3O9PA 3D4CA 3SERA 4TQUQ 2I3WA 4TLMB 4F22A 3FVKA 5BWJA 2Y7KA 3HV1A 3P7IA 5IAIA 3T9UA 1MDQA 1S50A 2OCUA 4QHQA 3FXQA 1NFTA 5J1DA 2F34A 3G3KA 1VFDA 4IB2A 1A55A 4XTCQ 2LAOA 4F29A 1XVXA 2NXOA 1B3LA 4OTEA 3VVDA 4WEPA 3MPKA 4F2QA 4FATA 4P11A 5I2KA 4G8MA 4F1VA 3EQ1A 1SI0A 4U23A 3OSQA 3B6TA 2XD3A 4YAHX 4AB6A 4G68B 3K00A 4KI0E 2H99A 4FIMA 1RYXA 3PPPA 4X1DA 1A54A 3OELA 1OIBA 3TTKA 2OZZA 3FATA 4FECA 3RN8A 1H45A 4IO7A 1BTJA 3DM0A 5M2VA 2ZNSA 3ZSFA 4G2ZA 1LB9A 1MXZA 2O6AA 3MC2A 4OFJA 2E0SA 1IXCA 2Q2AA 1QUKA 4DXUA 5CMCA 3H6TA 1ZMGA 1CE2A 4HS7A 3T9XB 3MZ1A 1HSLA 1US5A 4ONYA 1SI1A 4G68C 1II5A 1UIVA 4F39A 5EHSA 3O6IA 5F1QA 5HM4B 1H76A 1LAXA 1L5TA 3PMXA 1LGBC 2A5SA 3C4MA 1FTLA 3H6VA 4U1OA 4PQJA 5HBCA 5JTYA 5JK4A 3TTLA 3SEUA 5ITPA 3SEYA 3TMGA 3N6UA 5AA1A 4GL8A 4EQ9A 3DELB 3UA8A 2V3TA 4FAJA 1NH7A 3SEVA 5AA2A 3A09A 2VD2A 5TPAA 1MH3A 2F6GA 3G3HA 3TKDA 4DCYA 3HHGA 5ELVA 1MY3A 2F35A 4BDNA 1P1NA 2ZYOA 3CFLA 1GTKA 1FTMA 4IY5A 2P1SA 4YZZA 4DLDA 3CFZA 3KG2A 4XKRA 2ANJA 4EXLA 2UVJA 2DWHA 1Y9UA 2O7UA 3DP6A 3N6TA 3MP1A 1FQBA 3EPEA 3H4ZA 4NF4A 1QVSA 3U1OA 5B70A 3ONMA 3A3CA 4RY1A 3IJXB 5AE4A 1AOVA 1VE4A 1YAEA 3FZVA 3O6HA 4RPNA 2NOOA 4TOZA 1B46A 4QSEA 3SKPA 3E13X 1ZKBA 3PUYE 4ND9A 1UIUA 3RTFB 1Z7NE 2O7IA 4GL0A 2G29A 3IR1A 4YICA 5FTHA 1M5EA 3C31A 4OEVA 1Q35A 1UTHB 3FJGA 4N07A 1NNTA 2DWAA 3PD9A 1JEUA 3FD3A 2XXTA 1UQWA 2V84A 4R73A 4C1TA 2PT2A 3RT8A 3L6HA 3USDA 4XKQA 3VDFA 3IOUA 1MY4A 3FASA 2FA7A 4ELPA 4Q5TA 2DP8A 3KN8A 1VR5A 2ABHA 1HSEA 1Y3PA 4FEBA 1TWYA 5I2NB 3IJOB 4POWA 2UVHA 2X26A 4EQBA 4QF9A 4E0XA 4NTLA 1IXHA 3LSFB 3IB1A 2DXRA 4EF2A 4HCYA 1I6QA 3GBBA 1FQDA 1FTKA 2DOJA 4PFYA 4G8NA 3G7WA 5ICTA 3O66A 3VXBA 4RPOA 3W9VA 3AXFA 1NH8A 4NF8A 1MXYA 2ZMBA 2ALUA 1B1XA 2XX9A 4BDMA 3MVWA 4XXUA 1Y3QA 4KYSA 2B3BA 1SQYA 5I58B 3ZS6A 3IO6A 4XKNA 1EZ9A 1N3XA 3C33A 2V93A 2HEUA 4KFQA 2ZXTA 2THIA 3HO7A 3OO6A 3K6VA 4R9FA 2H25A 1XOCA 3CIJA 3TPAA 2UYEA 5KCJA 4L17A 1NNKA 2Z8FA 5L9SA 1SDXA 5DTBA 3OO8A 3MQ9A 4F19A 2UXAA 3CSGA 2O1LA 1LCFA 3MVZA 1ATGA 3CG3A 4IO2A 1SYHA 1M5BA 1P1UA 4QFNA 2D3IA 2Y7WA 4Z7EA 4I9DA 3O97A 4QFOA 3Q25A 1Y3NA 5H8SA 3T22A 2UVIA 2XXPA 1LSTA 4OFOA 1QJMA 3QUJA 1LBBA 1IUDA 3C34A 2QRYA 4OENA 2I3VA 1R9LA 3BFTA 1B0HA 2XD2A 4BDLA 1H43A 3S2VA 1URGA 3RPWA 4O3AA 3TCGA 3B6QA 3HCQA 3OO9A 2XXVA 2CMOA 3MJNA 3UK4A 2HAUA 3MZ9A 4IO3A 1EH3A 4HCWA 2XXIA 1MPDA 1I69A 3EHSA 2PVUA 4NF6A 3TODA 4U1ZA 3L6GA 1MPBA 1N7WA 4H5FA 5JEIA 4MLVA 5H8HB 4KHZE 1B5HA 5CBSA 1SD3A 1UTBA 4FEDA 1B2HA 3K02A 4JSDA 2B3FA 3GXAA 2ONSA 3KBRA 4MH5A 4H67A 4H0WA 3H03A 4DE8A 2IA4A 1A40A 1Y1MA 1B3FA 1N04A 5TU0A 1NMUA 1ZIUA 1B05A 1MXVA 4JDFA 4ELOA 1A8EA 4ZEFA 4YMAA 3VV5A 4DDDA 4NF5B 1O63A 1QUIA 2I58A 3EHTA 2ZYKA 3K2DA 1XVYA 4ZECA 1IXGA 3KSJA 3JV9A 5H8FB 3LSXA 1MXUA 4GWOA 2YJPA 3PUZE 1URDA 2XXXA 4OMBA 3T9VA 3QK6A 3UGWA 3PUWE 3IX1A 4PFTA 3C36A 3H6UA 1MY2A 5CBRA 4IY6A 3FUZA 4LA9A 3KSXA 2F8DA 4YKPA 4IO6A 4P0GA 2X7PA 5CM6A 5DEXB 4POXA 2O84X 3TCFA 3ILUB 3MWBA 1QKBA 1LAGE 3E9XA 4X48A 4ZEDA 4EXKA 3CVGA 2DXYA 2VGQA 2DWIA 1BIYA 2I4BA 3LR1A 2Z8EA 3EHUA 4ZEBA 4LVQA 3TTMA 4I1DA 3FXRA 1LB8A 4Q30B 3S9NC 1B9JA 1MQHA 4GF8A 2QS3A 1FW0A 3PPNA 1B58A 2HAVA 1DSNA 3PUVE 3OEMA 4KD5A 3KEIA 3K4UA 2QS2A 3R6UA 3GZGA 3T66A 3V8XB 3K1NA 3T96B 2AL4A 4G68A 3O2AA 1S7YA 4RNSA 3DP4A 3PUXE 4ELRA 1N84A 2IEEA 3GLBA 4NMYA 3TYHA 3KN3A 3RQTA 4GVOA 4Z0IA 5DT6A 3Q26A 3OOAA 1J1NA 4HW8A 5L9OA 5TP9B 1B7ZA 2Y7PA 1MXXA 4ZZAA 2H9BA 1IZ1A 4LZ7A 2XXHA 1BLFA 1JW1A 2BJJX 4KCDA 4M4GA 3HN0A 3TQLA 5DVJA 4H8JA 4N13A 3SESA 1AL3A 3EN3A 1MXWA 1IITA 5A5XB 4R9GA 4WXJA 4EF1A 2F5XA 2XXWA 3IB0A 2OLBA 2RKMA 4F3BA 2ZNTA 2R6GE 3RUMA 1P99A 3R26A 1XT8A 3W15C 4H6DA 4ESWA 3RNNA 3DP8A 3N26A 5K2YA 2V3QA 2Q2CA 4GLIA 1ZLQA 2HZKA 2VP1A 3W9WA 1ZBMA 3TUSA 4IGTA 4DCXA 1QW0A 3H7MA 4YKIA 4ZEKA 2B65A 1POTA 3HHFA 2RCAA 3KJTA 2AL5A 1FQCA 3QAXA 1MQIA 3PV0E 5K2XA 3QXMA 1TXFA 4ZZEA 1LAHE 1B6HA 4O3BA 2NWJA 2AIXA 1IXIA 3MBPA 2XXUA 3Q28A 5L9MA 3FVOA 3G3IA 4Q0CA 1B1HA 1PB8A 3OXNA 1XS5A 4R75A 2DE4A 4K3FA 2A5TB 4GXAA 1MY0A 1OQGA 2H5YA 1H3DA 4OQOA 4ESXA 1A99A 1Y4CA 3MZBA 1KWHA 3OEKA 3IOWA 2F7CA 1US4A 3MPLA 4F1UA 1LFHA 1NL5A 4LZ5A 3MW0A 1SW4A 2XXQA 3Q27A 3TEPA 3MP6A 4QRZA 4JBZA 4RK9A 2Q9TA 1UTHA 1POY1 2CZLA 3U72A 3V5AA 1M5DA 3A3UA 4E0WA 2Z22A 2DS9A 1YPNA 3U94A 1GGGA 3M3FA 4P0IA 4PFUA 4BLAA 3K6XA 1LFGA 3UN6A 3PMVA 2RCBA 4PP0A 3VLWA 5AA4B 1VSOA 4O3CA 4FE8A 3E3KA 3E4RA 5FTIA 1B4ZA 1LCTA 4ELQA 1TFDA 1NKXA 4QSCA 4R2BA 5I2NA 4PETA 2Q8JA 4OERA 1DPPA 3LC8A 3LUYA 4RXLA 5DVFA 1N0TA 4FORA 2HQ0A 4H1XA 1ZTYA 4YB5A 4GXSB 2QMWA 3KFMA 2O69A 4DXCA 3FVNA 2UVGA 5I59B 4GRKA 1FTOA 3SEWA 4ZEIA 3O6GA 3PPOA 5I57B 4BDQA 5EYFA 1IQ7A 5H8QB 1FQEA 3K6UA 2ESNA 4C0RA 4G8HA 1NNFA 4MBPA 2VD3A 1OLAA 4R6KA 1MM7A 4F3SA 4XKPA 3IOTA 3I6VA 2P2AA 3U8QA 4QSDA 1Y20A 2AYSA 5I58A 2V3UA 3TCHA 1YTVA 5KDTB 4OVJA 3CSBA 5ITOA 4WKMA 5ISUA 4KR5A 1I6AA 2FYIA 3LSWA 1R1NA 3V89B 4IGRA 2OJTA 4AB5A 5I56B 3CG1A 4IO4A 5H8NB 1B40A 1JNFA 3HSTA 2QSXA 2RC8A 2P0SA 1R9QA 4KCCA 3GBAA 3FGSA 1SW5A 2R71A 1P1QA 1BP5A 2XX7A 4YB7A 5KZTA 2D21A 3U92A 2QMXA 4NWDA 4NWCA 3KOTA 1HSJA 2REJA 3UORA 4LATA 4BDRA 1DMBA 3U93A 1JQFA 3N5LA 1ANFA 1JEVA 2I0CA 3ECRA 3K0VA 4TLLB 5FHMA 1YCJA 5CMKA 3EF7A 1PEBA 1SW2A 4YKJA 1JVYA 3LSLA 2X7QA 1SYIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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