2DWAA

Structure of the complex of lactoferrin c-terminal half with fucose at 2.07 a resolution
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure of the complex of lactoferrin C-terminal half with fucose at 2.07 A resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 110
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dwaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2dwaA02
3FJGA 1H45A 3M3KA 3OO7A 1OVTA 2UVJA 1RKMA 1A99A 1QUIA 2UVGA 5AE4A 4PETA 4IO5A 4KYSA 2D5WA 1N3WA 4OEVA 4R9FA 3D4GA 5CRYA 3IJXB 3O6HA 4THIA 1N3XA 4JB7A 3MP6A 5L8DA 1OVBA 1QVSA 3RTFB 1O7TA 4ND9A 5FHOA 5J1DA 3ILTB 2CZLA 4OERA 2ZYKA 4IO7A 3O9PA 4C1UA 4MF3A 1B32A 4KI0E 3MWBA 4DXCA 4LATA 4XXUA 2FNCA 4YICA 3RTWB 5AA2D 3LSLA 4X9TA 1MS7A 3PMWA 4DCXA 4U1ZA 4YZZA 3H6UA 3OOAA 4NF8A 2XXHA 2OLBA 3O28A 3QUFA 4ZZAA 1LAFE 4ELPA 1JEVA 4U2RA 5BWJA 4F1YA 3EF7A 3MUQA 3UN6A 1D4NA 3PPOA 4EUOA 2Z8FA 3S9EA 3MW0A 4OENA 1JVXA 3C9HA 1RYXA 2VD2A 4YKPA 1XVYA 1AIVA 4G8MA 4G4PA 3TODA 4U21A 4I62A 4BDNA 4PFTA 2VOZA 1MQIA 4YKJA 3VE1B 3T9UA 4H65A 1Y4CA 1LLSA 2DSFA 4K3FA 3SEWA 1B9JA 1O63A 3G3IA 3D4CA 4F22A 1VR5A 5TPAA 4GXAA 1MQGA 4C0RA 2DE3A 3IL1B 1B52A 3VV5A 5AA2A 4OETA 4IGRA 2O69A 3BKIB 4H5FA 2I0BA 4P0GA 4FE8A 1NH8A 5H8NA 3ZKKA 1B0LA 1KWHA 4R2BA 4ZE8A 4ELQA 2DE2A 2HZKA 1EU8A 4QFPA 3LSXA 4IO4A 3ILUB 4LA9A 1NL5A 1B5JA 4RK2A 3K6XA 1US5A 1EH3A 3IAZA 2FA7A 1AH5A 2DWAA 3IOUA 4ECFA 2OCUA 4IB2A 2DYXA 4GRKA 2F35A 1USYH 1GR2A 2YJPA 5ITOA 1Y1ZA 3FV2A 5CM6A 1N76A 3AXFA 1HSEA 2VGQA 3FJ7A 4H6DA 2XX9A 2Y7KA 3KJTA 3U94A 2H5YA 2XXXA 5EHSA 5I57A 4GD5A 1ZU0A 1I69A 4TLLB 3VXBA 1HSJA 1ATGA 3RQTA 2OK2A 1OLCA 4Q5TA 3Q26A 4Z0IA 3PU5A 3ZSFA 2REGA 2NOOA 3MJNA 4R75A 1MXYA 2M8CA 2QS3A 4F1VA 1SYHA 2D3IA 3VLUA 1H76A 2QS4A 5I56B 1JW5A 3K0VA 3THIA 1SD3A 5H8FA 4YAHX 2HEUA 1S7YA 1QUJA 3V89B 1Z7ME 4JDFA 1QW0A 1PDAA 1TWYA 4BDLA 3RN8A 3A3UA 2ONRA 4MH5A 1SQYA 2GFEA 2R71A 3GLBA 2F36A 2VHAA 1P1WA 3FVKA 3TTKA 4C1TA 4F2QA 1IITA 1R1NA 2HAVA 3CI8A 3O2AA 4QFOA 2RCBA 2I4BA 3PGFA 2X7QA 3KOSA 4H8IA 3LSWA 4NTLA 3V83A 1IQ7A 5H8SA 1EZ9A 1YPNA 1DPPA 3TAJA 2REJA 4G2ZA 3BFUA 1MDP1 1UQWA 5F7VA 3HV1A 2R9JA 3U72A 2HFBA 4ZEFA 3PUZE 3TCGA 3B7DA 2QL3A 2H4IA 2I4CA 1EZOA 3QIMA 5CMCA 1SW5A 1BLFA 2NXOA 5CMBA 1M5DA 5I57B 1FTMA 1GTKA 1IXCA 2D21A 4GL8A 3KN3A 1YCJA 1GGGA 3RY3A 1UIUA 4NEDA 4F1UA 4OZ9A 4TOZA 1N84A 4R6YA 4LP2B 3C34A 2XXYA 3IJOB 2HCAA 2DP8A 4R73A 2AYSA 3UGWA 4F3PA 4OTEA 4AB6A 2HXWA 1R9QA 3MPKA 3F11A 1B3HA 5DVIA 3PD8A 1AMFA 1LB8A 4ELOA 1MM7A 3H6VA 2GRVA 1FTKA 3OEMA 4Q30B 4FIMA 3UIFA 3PPNA 3FJMA 3TCFA 4YB7A 4QSDA 2RINA 2YLNA 3R7XA 4U1OA 3SEYA 3VVFA 4OFLA 5I58B 4QSCA 4G77A 4DXUA 3OO8A 2V25A 1FTLA 3H7MA 2B3FA 3MVYA 4OWDA 4ZEBA 1MY2A 4OFOA 2I6EA 1CB6A 4ZECA 2Q88A 5IAIA 3K6VA 3T9VA 3C36A 2E1SA 3M8UA 1Y3PA 2ONSA 1URDA 4QF9A 4X1BA 4G68C 2F34A 2ALUA 3S9MC 1HSLA 1Y1MA 3CG3A 2IA4A 1MQJA 2Z8DA 2QRYA 1A8EA 1B46A 2Q2AA 4R2FA 1ZMGA 2DXYA 1CE2A 3C35A 3G3GA 4NWDA 1MPBA 1P1QA 5JK4A 2CMOA 3LR1A 4ZEKA 4U4XA 4EDPA 5DTBA 5CC2A 2O1MA 3FXQA 3KEIA 2PBWA 3KFMA 3MBPA 4RY1A 4FEDA 4R6HA 4Z7EA 3OMBA 4ELRA 3KBRA 3FD3A 4GFRA 4GVOA 1SVXB 3PV0E 3ONMA 2X7PA 3RUMA 2ZYMA 2ANJA 3H3GA 1P1NA 1LSTA 4ZZEA 4MFIA 1PB9A 3KGCA 2A5TB 4N13A 4KYEA 1GV8A 3CIJA 3H03A 4R6KA 1P99A 4OFJA 3DM0A 2PT2A 3K1NA 1DOTA 4BDRA 4HW8A 1I6BA 3KN7A 3PUVE 4OXVA 1TFAA 3VVEA 1Y9UA 3KZGA 2IEEA 2QSXA 1GVCA 1LCTA 1N04A 4ONYA 4JXIA 3H06B 5HBCA 3I5OA 1MH4A 2Z23A 1LFIA 1B51A 5DT6A 2G93A 2QS2A 5H8QB 4I1DA 2G29A 1D3KA 3SDFA 3TDJA 4TLMB 3TQLA 5I56A 2PVUA 1Z7NE 4GXSB 5FHNA 2ZYOA 1DMBA 4H0WA 3R6UA 4KQPA 2Y7IA 4M4GA 1TT1A 2NVUB 1ELJA 1LAHE 1B58A 3TUSA 1FQDA 3K00A 4BDOA 3KN8A 2DWJA 1NFTA 2O7IA 1B1XA 4EQ7A 2DS9A 1LFHA 4KD5A 3U8QA 3MAMA 3HPIA 3K6UA 4YKKA 3RGYA 3KSXA 2Z22A 2DQVA 3G3HA 3T96B 4UA8A 4N07A 5FTHA 1MY3A 4AQ4A 2HQ0A 4XKNA 1MM6A 3CFXA 3FIRA 4OVJA 1MQDA 1POTA 3IR1A 1BKAA 2NWJA 5CBRA 4X1DA 1JETA 4HCWA 1Y20A 4POWA 2RC7A 2Y7PA 4KYDA 5I59A 3JYRA 3FGSA 3G3JA 4ZEIA 4IGTA 1USYE 3MQ9A 5L9MA 2B3BA 1QUKA 2F7BA 4PE5B 1SW1A 5IKBA 3TYHA 4DLDA 4F29A 2QMXA 1PBPA 3TQWA 3USDA 4U22A 3ECRA 3JV9A 2ZXTA 4OHNA 4POXA 3N6TA 3PMVA 5FHMA 3VXCA 3MVXA 4LQ5A 3V8XB 1PC3A 3EHSA 4PP0A 2O68A 4BDMA 4F39A 1QULA 4NMYA 4WEDA 4JWXA 3TCHA 3PMXA 3E3KA 4NWCA 1OIBA 1MRPA 5HPQA 1J1NA 3CR9A 4GF8A 1JW1A 3DP6A 2DE4A 5DEXB 4WKMA 3U93A 2ABHA 4ZEDA 2ESNA 3FVOA 4U23A 2GHBA 4EF2A 3CSBA 2F5XA 3OD7A 1N0TA 1DTZA 1A7LA 2XX8A 4IO3A 4G68A 3A09A 5DYHA 1D9YA 5CI5A 2UXAA 4G8NA 3IX1A 1MPCA 3L6GA 3LBSA 2YPNA 2I49A 4RPNA 3W9VA 3RNNA 2E0SA 3IO4A 5BUUA 1II5A 1JNFA 2LAOA 5I58A 3OENA 4YMBA 1ZIUA 1JEUA 3A3CA 3QK6A 4FJPA 1D9VA 1XC1A 3Q29A 3E9XA 1JW4A 2XX7A 3C33A 4KCCA 3RPWA 2I58A 4JWOA 5CMKA 2RCAA 3VFJA 1URGA 1FQFA 4NF4A 1FTJA 1ZBMA 1LBCA 3V5AA 4LVQA 1RYOA 4PFYA 2RF1A 1UIVA 1PB7A 2I3WA 3FATA 2Y7RA 5I59B 4E0XA 1MXWA 3O97A 2Z8EA 2PYYA 4NF5B 2X26A 4HCYA 4GOTA 2AL4A 2F78A 1B7UA 2P1SA 3FXRA 1MXZA 2XXTA 3SKPA 3HCQA 1JVYA 1OLAA 2QS1A 1DSNA 4RJZA 2BJJX 4O3AA 3SESA 3EHUA 1XOCA 3OO6A 1B1HA 1MXUA 2OWSA 5ELVA 1OQGA 4ZE9A 4PFWA 1ZJLA 2HZLA 1NKXA 2UYEA 4EQBA 1IZ1A 4HTGA 1B3GA 1H3DA 3Q25A 3FVGA 1B4ZA 3TZAA 4IY6A 4PFUA 2A5TA 3RT6B 5EHMA 3PPQA 1M5FA 4F3SA 3SEVA 1LAXA 3QAXA 1B6HA 3PUXE 3IOWA 4MBPA 2AL5A 1BP5A 5L9SA 4G68B 2O7UA 4BDQA 5K2YA 3MZ1A 3C4MA 4R74A 2Q8JA 4DDDA 1IXGA 3PUWE 3SEUA 4DE8A 4F31B 3TTMA 1Y3NA 1B3FA 5KCJA 3TPAA 1ZTYA 5H8QA 3TFLA 1VE4A 1SI0A 4F2OA 3ODBA 1P1UA 4E0WA 4NF4B 4KHZE 3IOTA 3T93B 4QFLA 2XXIA 2DVCA 4DIGA 3I6VA 1MXVA 2O6AA 1PB8A 3B6TA 5L9OA 1ZKBA 5HM4B 1PBQA 4EXLA 1EZPA 3DLNA 2I3VA 4YB6A 3GZGA 3N94A 3U1OA 3T66A 3TMGA 1I6AA 3BFTA 4EF1A 3MZ9A 1L5TA 5H8HA 2ZNSA 3K01A 5FTIA 3S4UA 3T22A 3EPEA 2VD3A 1FCKA 2UVIA 1M5CA 4GQOA 4P0IA 4GL0A 2V93A 1A8FA 1BTJA 2F97A 2I0CA 3M3LA 1MY0A 4KPTA 5ISUA 4RA1A 2QJEA 4IO6A 4H1XA 1S50A 1S9TA 3HO7A 3CVGA 3EHTA 2W7YA 2VP1A 2OWTA 4GLIA 3VLWA 1VFDA 3OEKA 3HSTA 4OYVA 1VFEA 3UP9A 4LZ8A 2R6GE 2NUVA 5ITPA 5LOMA 4RPOA 3K02A 4L17A 4WXJA 2V3QA 4EQ9A 2H98A 2QMWA 1B3EA 3OO9A 4XTCQ 1SBPA 3G3KA 1O64A 5I2NB 5A5XB 4R9GA 2DWHA 5I2KB 3FASA 2PX1A 4DCYA 1Y3QA 4JWYA 4P11A 1H43A 1MY4A 3OSRA 4ISUA 1IXIA 1LCFA 3PUYE 4O3CA 3LUYA 3Q27A 2XXVA 2V3UA 2Q9TA 4RNSA 1B5HA 3T9XB 1P1OA 1NNFA 1XHYA 4JBZA 4MLQA 5KCJB 1Q1KA 2Y7WA 1JQFA 3DELB 2I48A 1B2HA 3TELA 2XXRA 5F1QA 5DEXA 5JEIA 3S9LC 3I3VA 1BIYA 1LGBC 3H4ZA 4GWOA 3JZJA 3O66A 3QXMA 3W9WA 3UORA 2XXQA 1LBBA 4U4SA 3RLFE 5AA4A 4Q0CA 3IB0A 2FYIA 4F3BA 1LFGA 1NH7A 3OXNA 1LAGE 3TTRA 4LQ2A 5TP9A 3OELA 1NNTA 5H8HB 3K2DA 2OJTA 3CRBA 2XHDA 1B0HA 3OSQA 1ZLQA 2F6GA 3IORA 3E13X 4X48A 1IUDA 1FQCA 4ZDMA 1TFDA 4OMBA 4OEUA 1M5BA 1LB9A 4JSOA 1Y4TA 3GXAA 5CMMA 1FQBA 3QSLA 3DP8A 2O1LA 2Q2CA 4EXKA 3SEXA 1MPDA 2ZMBA 3QYTA 4HS7A 4XKQA 4QFNA 5DVFA 3TEPA 2ZYNA 1TXFA 1YAEA 3Q28A 4NF5A 1T0KA 1FQAA 2HAUA 4M1VA 4WEPA 3B6QA 4I9DA 1N7WA 2ONKE 2V3TA 3MVWA 1FW0A 1FQEA 3K1PA 1IEJA 4LONB 2B65A 2OZZA 3HHGA 5JTYA 3FV1A 2XD2A 4ESWA 4YMAA 2RKMA 1XVXA 3MVZA 2P0SA 4XKPA 3VVDA 4NF8B 3H6WA 1Q35A 4AB5A 4YKIA 4QRZA 1I6QA 5KZTA 4LZ5A 4QSEA 3MZBA 1MXXA 4G8HA 4RXLA 2UVHA 2O51A 1B40A 5B7DA 3PPRA 5AA1A 1UTHA 5ICTA 3BBRA 4OESA 4DXBA 4R72A 1OMPA 4NF6A 1SW2A 3TKDA 1SYIA 4I8CA 5EYFA 1B3LA 1XS5A 4KCDA 3PD9A 1YTVA 2Y84A 3TTNA 4OQOA 5AA4B 3MPLA 4Q8RA 1QKAA 5KDTA 4XKRA 1MH3A 3CG1A 4YU0A 3GBAA 4BLAA 4H5GA 2AIXA 3S9NC 3P7IA 4FATA 5TP9B 4RYAA 3C32A 3IO6A 4QFKA 3SETA 2O84X 3FVNA 5TPAB 1QKBA 2THIA 2XXUA 4IY5A 5TU0A 3EN3A 4F3GA 1H44A 1NNKA 1N7XA 1WODA 3IOVA 4XIGQ 4ESXA 3M3FA 3U92A 4JSDA 1A40A 5AA2B 3FZVA 2XXWA 4KR5A 3VDFA 1UTBA 4IO2A 3MC2A 1F9BA 1B7ZA 5H8NB 2DXRA 3K1MA 3S2VA 3KSJA 5B70A 1XT8A 3CFZA 3KG2A 2OBGA 1FTOA 3MP8A 3KJ7A 1ANFA 4FAJA 2KLFA 3IK6B 5JTYB 2RC8A 3E4RA 1MDQA 2ZNTA 1OQHA 4QHQA 3K4UA 3QUJA 1NNPA 1A55A 4KFQA 5DVJA 2F7CA 1SI1A 1SW4A 4LZ7A 3N26A 3H6TA 1AOVA 3UA8A 1MG1A 2Q89A 1UTHB 4F19A 2PT1A 4H8JA 4H67A 3LSFB 1M5EA 4NF6B 4FORA 2DWIA 3R26A 3CSGA 4GIZA 3UK4A 3LC8A 4N6PA 2XD3A 1B7HA 3RT8A 1MY1A 3MP1A 2DOJA 2F6PA 2H25A 2V84A 3O6GA 5I2NA 3DP4A 5A5XA 3IB2A 5KDTB 3TTLA 5I2KA 3O6IA 3PPPA 2XXPA 2H99A 5AA3A 3WAFA 5ICQA 1MQHA 2F7AA 2ZNUA 2GHAA 3W15C 4DZ1A 1DPEA 5H8FB 2RC9A 1B4HA 3CFLA 3G7WA 3ZKLA 1POY1 2QPQA 1IIWA 2A5SA 3VLVA 1VSOA 3HN0A 3C31A 3GBBA 4NE4A 3IB1A 4ZS9A 3T9HB 3WAEA 1UTBB 2UYFA 1B05A 1R9LA 2F8DA 2PMSA 1QJMA 5CBSA 4YB5A 1AL3A 4LUBA 4MLVA 3B6WA 4PQJA 3N6UA 3O29A 3EQ1A 1US4A 3KOTA 4O3BA 5M2VA 1B5IA 1IXHA 4TQUQ 1R6ZA 2DVZA 2H9BA 1SDXA 3N5LA 3K6WA 1URSA 2WKYA 4FECA 1WVJA 1WDNA 3ZS6A 1PEBA 4RK9A 2P2AA 5I84A 1NMUA 3L6HA 3G3FA 4F18A 4UACA 4FEBA 3SERA 1A54A 1DTGA 3FUZA 2GH9A 3HHFA 5K2XA 3FXUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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