2E0SA

Carbohydrate recognition of c-terminal half of lactoferrin: crystal structure of the complex of c-lobe with rhamnose at 2.15 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Carbohydrate recognition of C-terminal half of lactoferrin: Crystal structure of the complex of C-lobe with rhamnose at 2.15 A resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2e0sA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2e0sA02
4R73A 1CB6A 1UQWA 3PPRA 1LAXA 3OELA 5DVIA 1P1WA 4OXVA 4YMBA 3O6HA 2RF1A 2BJJX 3S9LC 1CE2A 3P7IA 3K4UA 1SW1A 5FHMA 1ZTYA 3EN3A 4ESWA 1HSJA 1SVXB 2A5SA 3HN0A 1SD3A 1WODA 4YB6A 3EPEA 1M5FA 1A99A 5AA4A 2X7PA 3MZ1A 3RTFB 3K01A 4Q5TA 2OBGA 4E0WA 4ZEDA 4LA9A 1MXVA 4OENA 4WKMA 2VHAA 4QFLA 2Q88A 3FATA 3RPWA 2XXUA 3MC2A 4NF8A 3QUJA 3PU5A 2DXYA 3OO9A 4OFLA 4JBZA 1LB8A 1FQAA 4U4XA 1PBPA 4R2BA 4BDNA 2I3WA 4F3SA 3TDJA 3ZKKA 4DXBA 4F3GA 2V93A 1ZLQA 4IB2A 4KYDA 2I0BA 4YKPA 5AA3A 3HHFA 2DP8A 1TXFA 3FJGA 1ZIUA 2PYYA 1PC3A 4GQOA 4FE8A 1A40A 4ZE9A 4H6DA 4R9GA 4WEDA 4GL0A 1DPEA 1M5EA 1VE4A 2Z8FA 4I8CA 2DE4A 2DXRA 2HZKA 2RC7A 2PT1A 4RK9A 1SYIA 3N94A 2Y84A 5ITPA 3TTKA 1DOTA 4XKPA 2B3FA 2PX1A 5H8QA 1IEJA 1UTHA 5A5XA 3OO7A 4PP0A 4YKJA 1XT8A 4NMYA 3TTMA 1H76A 5DVFA 4TQUQ 2HEUA 1XS5A 1F9BA 1M5CA 3MJNA 1D9YA 1NNTA 1VFDA 4Q30B 3IJOB 4ISUA 2GHBA 2I58A 5DT6A 1ZKBA 1B51A 4YB7A 2RINA 3O6IA 4XXUA 4OWDA 1NH8A 1NKXA 1IITA 2E1SA 4RY1A 5BUUA 2UXAA 3VLUA 1QVSA 2FNCA 1UIVA 1RKMA 3RLFE 4Z0IA 2H4IA 5AA2A 3FXQA 3VE1B 1WVJA 1JEUA 3TTNA 4LVQA 3PMVA 5L9OA 1LLSA 1JVXA 1MY1A 4F3BA 3MP6A 5I2KB 2QSXA 4GXAA 4NWDA 4ZZEA 3HSTA 2R6GE 1B1HA 2QS3A 3K1MA 3F11A 1H43A 5I58A 4GFRA 3VVFA 4OESA 4U1ZA 3R26A 1MQIA 3MWBA 3FVGA 2RC9A 1P1QA 5AA4B 3CFLA 2XXVA 3C9HA 1H44A 5DTBA 2QL3A 2UYFA 1MQGA 3HV1A 3IL1B 3EQ1A 4LZ5A 4NF8B 1PB9A 3N6UA 3C31A 3PPPA 2Z8EA 1QW0A 5H8HA 3VXBA 1R9QA 3RN8A 5L8DA 3K6UA 3KBRA 4I62A 1MQJA 1Y1ZA 1MY2A 1H45A 1YCJA 1KWHA 4F29A 1Y3QA 1FQDA 2F78A 4F1VA 3U72A 5FHNA 2DYXA 3ZS6A 3H03A 3CG1A 5H8NA 2Y7WA 1ANFA 3V8XB 1B4ZA 1Y4CA 5B7DA 4XIGQ 3BBRA 3Q27A 4FORA 2XD2A 3IX1A 2OWTA 1US4A 1YPNA 2CZLA 4N6PA 2ZNUA 2G93A 4OFJA 1MY0A 3BFUA 3H6VA 5H8QB 1XC1A 2CMOA 1UTHB 5A5XB 1I6AA 1OLAA 4WEPA 4QFNA 3SESA 2RCAA 1DTZA 3FV1A 3LSWA 3TCHA 2ALUA 1R6ZA 5EHSA 1EH3A 2GH9A 5CM6A 1BP5A 4DDDA 1B3FA 5CMMA 2HAUA 5CRYA 4X48A 5I84A 4JDFA 4BDMA 1URGA 1B4HA 1OVTA 3IO4A 3QK6A 4G68A 1T0KA 1OLCA 5CBRA 3UK4A 1FTOA 5DVJA 1B3EA 3SDFA 3WAFA 3JYRA 3IJXB 3RGYA 3O29A 2OWSA 5AA2B 4NWCA 3CVGA 1XVXA 2F7BA 5I59A 3GZGA 2REJA 3MAMA 3H06B 2NOOA 1GTKA 2R71A 5F1QA 3G7WA 2H9BA 2DWHA 4EDPA 3K6VA 3TZAA 1XOCA 3FUZA 2VP1A 3MZBA 2HCAA 2UVJA 3LR1A 5I58B 3ODBA 3DP6A 2I4BA 3K0VA 3KSXA 2UVHA 4XKRA 1B6HA 4F3PA 3AXFA 1Q1KA 3MBPA 5JEIA 1A55A 1NMUA 4FEBA 2OJTA 3TKDA 3LC8A 1B2HA 4ZS9A 1Y1MA 4OMBA 3T66A 3I3VA 1BKAA 3TTRA 1B5HA 1SQYA 4NE4A 4IO2A 4MF3A 4ELOA 1POTA 3T9XB 3KGCA 5CC2A 2F7AA 1MG1A 5H8HB 4R2FA 1I69A 5EYFA 4O3CA 3H6WA 4MBPA 3MQ9A 2Q8JA 4WXJA 1TFDA 2F6GA 1P1UA 3QSLA 2F8DA 2GHAA 2F5XA 1ATGA 4DCYA 1FW0A 4H8JA 5H8NB 2I0CA 3M3KA 3SEWA 4DXUA 2O1LA 2NUVA 2P0SA 1MY3A 1S7YA 1D3KA 3FIRA 4F1YA 3T9VA 2GRVA 5DYHA 4X1BA 1IZ1A 1SW4A 3UP9A 2A5TA 1JEVA 3VVEA 3Q25A 4G77A 3B6QA 4KQPA 4PFTA 2XX7A 1URSA 2XXXA 2DQVA 3KJ7A 5FTIA 3K00A 3S9MC 3IOUA 3OSRA 1S50A 3R6UA 3OO6A 1AL3A 2UVIA 1B58A 3PUXE 3QYTA 4MFIA 4FJPA 1MPCA 1UIUA 1GGGA 3BFTA 3EF7A 3OEKA 2DE3A 4X1DA 1GV8A 1B7ZA 1B32A 4G68B 1A8EA 1MDQA 3E13X 4PQJA 2VD2A 2QRYA 1OVBA 4IO4A 4PFWA 4OEUA 1MH3A 2IEEA 2O7UA 4G8HA 4C1UA 1LSTA 1AOVA 3H6TA 1LCTA 4EXKA 3KN7A 4RYAA 2F34A 5EHMA 2QS1A 1J1NA 1N3XA 3IORA 1LAFE 4KCCA 5I59B 5I57A 3CSGA 4H0WA 3FXRA 4G8NA 3UORA 2THIA 4IY6A 3KOTA 4LP2B 4YB5A 1A8FA 4P0GA 4K3FA 4QSEA 2ZXTA 2Q89A 2F7CA 3LSLA 1GVCA 4OERA 3G3IA 4JWXA 3SKPA 1OQGA 1IXHA 3JV9A 3RT6B 2F97A 3OD7A 2NXOA 5FHOA 4IO7A 3KG2A 2YLNA 4U1OA 4GLIA 4H67A 3FVNA 3PPOA 1I6QA 2F36A 1USYH 3C34A 4F18A 1RYOA 1Y9UA 2XX8A 4R6KA 5CI5A 1B0HA 2XD3A 1DPPA 4RA1A 3U1OA 1B05A 3TPAA 3PUVE 1N0TA 5H8FA 3PMXA 4LQ5A 5HM4B 1M5DA 3CFXA 3MUQA 4OQOA 3L6GA 4ZZAA 2V84A 5TPAA 2QS4A 3K2DA 3MPLA 3OOAA 3MVWA 2I4CA 4IO6A 4E0XA 3H3GA 2O7IA 4OVJA 4LUBA 4U2RA 2AIXA 5AE4A 1LFHA 1MPDA 4OEVA 5TU0A 3PPNA 3MPKA 1Y20A 1N3WA 3IOVA 1BIYA 3V89B 4F31B 5I2NA 1AH5A 1POY1 2O1MA 1WDNA 4EQBA 3MP8A 3SEUA 4GD5A 1PB8A 4NF5A 5F7VA 1I6BA 1N7WA 1R1NA 3ZKLA 4THIA 4F2OA 4UACA 1O64A 1EZPA 2E0SA 2WKYA 3T22A 5CMKA 2OZZA 2W7YA 1B7HA 4TLMB 1ELJA 3K1PA 5DEXA 1B1XA 4KR5A 3PPQA 1B52A 3EHSA 2D3IA 3K1NA 4G2ZA 4QHQA 3M8UA 1VSOA 3OMBA 1NNKA 3UA8A 4F22A 4EF1A 1ZU0A 2VOZA 5KCJA 2AYSA 1GR2A 1NNPA 1FQEA 4FATA 1URDA 1DMBA 4BDQA 1MXWA 1B3HA 5I57B 2F35A 3TCFA 3LBSA 2F6PA 4Q8RA 4FECA 4GF8A 2V3QA 1N76A 2ZNSA 3KFMA 3UIFA 5KZTA 5L9SA 1JW4A 4YZZA 4AQ4A 3WAEA 3M3FA 1US5A 3DP8A 1QUJA 4PE5B 4RXLA 3CI8A 1A7LA 2HXWA 4LATA 2XXRA 2YPNA 1QUKA 4I1DA 4FEDA 3O2AA 3OEMA 1Q35A 4IO5A 2ZMBA 1TFAA 1B5IA 4AB6A 1DSNA 4R74A 3S9EA 1MPBA 3RQTA 4NF4A 2V3UA 4YICA 4ELPA 3O6GA 3DP4A 4U22A 1MS7A 2G29A 1IXCA 3PUZE 4X9TA 3SETA 3HHGA 5H8FB 3IB0A 2ESNA 2UVGA 4NF6A 5IAIA 2OK2A 2RKMA 4EF2A 5AA2D 5TPAB 1IQ7A 1D4NA 5ICQA 2ONKE 3U94A 4F1UA 2NVUB 3T9UA 4GOTA 1NFTA 4QRZA 3IO6A 5IKBA 1QULA 4R75A 1N84A 3T93B 4KI0E 2H5YA 4OFOA 3QXMA 4ZECA 2VGQA 2P2AA 2X26A 4H8IA 1EZ9A 3VV5A 2RC8A 1M5BA 1LGBC 5CMCA 3EHTA 5I2NB 1LFIA 1B5JA 4R6HA 4XTCQ 4ZEFA 4F2QA 2X7QA 3QUFA 4EQ9A 4XKQA 4NF5B 3B6TA 3RNNA 5ELVA 1BLFA 3H4ZA 4H1XA 4PFUA 3VXCA 4LONB 3T96B 5KDTA 4JWYA 1YAEA 3MVXA 1FQFA 3OENA 2XX9A 2ZYOA 4G8MA 2Q9TA 3IAZA 2QJEA 1O63A 2O69A 3S4UA 1SBPA 1SW5A 2XXWA 2VD3A 3CSBA 3ILUB 5DEXB 3H7MA 4ND9A 2AL4A 3DELB 1IXGA 2XXTA 4EQ7A 3N5LA 1R9LA 3Q26A 3SEYA 3MW0A 3C35A 4U23A 3KN3A 5KCJB 4U21A 3USDA 2HAVA 3N6TA 2M8CA 4QSDA 1DTGA 4YKIA 4ELRA 1H3DA 3O9PA 5CMBA 3KZGA 1EU8A 1MH4A 4H65A 5K2YA 1B0LA 2PT2A 3O97A 3C33A 4N13A 1YTVA 2PMSA 3KN8A 4ZE8A 5JTYA 4OYVA 3C32A 5JK4A 4EUOA 3TEPA 2B65A 4NTLA 4IGRA 1TT1A 3K6WA 4KFQA 3IOTA 2OLBA 3VLVA 4GIZA 4F19A 2O6AA 3PD9A 5AA1A 2ZYMA 4DCXA 1IUDA 2O68A 1LAHE 4NF4B 1XHYA 3Q29A 3RY3A 3FZVA 3PV0E 2DE2A 4EXLA 1B40A 4NF6B 1P1OA 3U93A 4Q0CA 2RCBA 4BLAA 3MVYA 3HCQA 3T9HB 5HBCA 4IO3A 4OZ9A 3W9WA 1JW5A 3KSJA 2HFBA 3N26A 5K2XA 3LSFB 1OMPA 4N07A 4HCWA 4LQ2A 4I9DA 2ANJA 4KD5A 4HS7A 2XXHA 3FVKA 1LAGE 3K02A 4U4SA 5HPQA 4HW8A 1LBCA 1FTMA 3IB1A 1JNFA 4QFPA 3FGSA 4YKKA 1MQHA 2REGA 5CBSA 3MZ9A 4YAHX 4GWOA 4ESXA 3FVOA 1MQDA 1FCKA 4KYEA 1S9TA 3I6VA 4IGTA 5KDTB 1SI1A 5TP9A 2QMXA 4HCYA 4FAJA 3CFZA 3GBAA 2QPQA 4O3BA 4ECFA 1SW2A 5ICTA 3OO8A 1MY4A 4JSDA 1MRPA 1OQHA 3B6WA 4RNSA 2Z8DA 3E3KA 4JXIA 2XXQA 4DXCA 4POWA 4LZ8A 4MLQA 4IY5A 2DOJA 4TLLB 4PETA 3PUWE 4PFYA 1RYXA 2ONSA 2ONRA 4H5FA 2D21A 4MLVA 4RPNA 1NL5A 1PBQA 3O28A 4F39A 3PD8A 3DM0A 4GVOA 3MP1A 2AL5A 4OHNA 3OSQA 3TTLA 2HZLA 3K6XA 1MXYA 1B7UA 3PUYE 1JETA 3IR1A 1Z7NE 2NWJA 3IB2A 4P0IA 4RK2A 5JTYB 5FTHA 4G68C 4L17A 1TWYA 1MXUA 3HPIA 3IK6B 4JWOA 1PEBA 2A5TB 1FQBA 3FASA 3SEXA 2DWJA 5J1DA 4P11A 3TMGA 3U8QA 3C36A 2GFEA 4ELQA 4KCDA 1SI0A 1L5TA 3G3KA 4H5GA 1QKBA 3VDFA 1QUIA 4DE8A 3S9NC 3RTWB 2FA7A 4OETA 2H25A 2ZNTA 2LAOA 1PB7A 3ECRA 3TAJA 3E4RA 2UYEA 3BKIB 3HO7A 3GLBA 1LB9A 3R7XA 3EHUA 2I6EA 1UTBA 3A09A 1ZJLA 1VR5A 2Y7KA 3TCGA 3UN6A 2DWAA 2I48A 1SYHA 3LUYA 1B3GA 3G3HA 2DS9A 4G4PA 3FD3A 3SERA 4ONYA 3W9VA 2DVCA 3L6HA 4LZ7A 2XHDA 3CR9A 2DSFA 3B7DA 2Q2AA 4JB7A 3ZSFA 4MH5A 1P99A 3TYHA 3PMWA 2FYIA 3CG3A 3ONMA 4Z7EA 3S2VA 3TQLA 1LFGA 3TODA 3GXAA 1N04A 1PDAA 4C1TA 1JQFA 4AB5A 1FTJA 2Z23A 3ILTB 5M2VA 4HTGA 1P1NA 1SDXA 5TP9B 4QSCA 4O3AA 3D4CA 3TQWA 3FJ7A 4BDLA 3CRBA 2XXPA 5I56A 1VFEA 2ZYNA 1USYE 2B3BA 3TELA 1ZMGA 2PVUA 1OIBA 4BDRA 1JVYA 3FXUA 4KYSA 1B46A 4ZEKA 3W15C 3TFLA 3OXNA 1Y3NA 1FQCA 3QAXA 3V5AA 1BTJA 4UA8A 1FTKA 1MXZA 3Q28A 4R6YA 2H99A 4YU0A 3O66A 2HQ0A 1Y4TA 2V3TA 2KLFA 1ZBMA 5L9MA 1B3LA 1N7XA 2O51A 1QKAA 2DWIA 2I3VA 3THIA 2DVZA 1IXIA 1Z7ME 2R9JA 1EZOA 3I5OA 2Y7IA 4YMAA 3H6UA 4OTEA 1HSLA 4XKNA 5H8SA 2ABHA 2Z22A 2Y7PA 3E9XA 4DLDA 1A54A 3A3UA 4DIGA 4GXSB 1QJMA 5LOMA 4KPTA 3VFJA 3C4MA 1LCFA 3KOSA 3QIMA 3UGWA 3SEVA 1FTLA 5BWJA 4POXA 3MVZA 1LBBA 4DZ1A 2V25A 4KHZE 1JW1A 3RT8A 1MM6A 2XXIA 3LSXA 2ZYKA 3RUMA 2P1SA 1HSEA 4M1VA 4TOZA 4GL8A 3VVDA 4R9FA 4FIMA 1UTBB 4NEDA 1NNFA 1Y3PA 1NH7A 2OCUA 4C0RA 3IOWA 4ZEBA 2QS2A 3JZJA 1AMFA 3VLWA 3GBBA 4QFKA 1D9VA 3TUSA 4RJZA 3CIJA 4QF9A 3KJTA 5ITOA 4ZDMA 3DLNA 1AIVA 2IA4A 3KEIA 2I49A 4ZEIA 4RPOA 3G3GA 3U92A 5ISUA 2H98A 3FJMA 4R72A 4GRKA 3M3LA 3G3FA 1MXXA 4M4GA 1XVYA 2PBWA 2D5WA 2QMWA 3A3CA 1O7TA 4BDOA 2YJPA 5I56B 1B9JA 3FV2A 2Y7RA 3V83A 3D4GA 1IIWA 3PGFA 2XXYA 5B70A 4JSOA 1MM7A 3G3JA 2O84X 5I2KA 2Q2CA 1MDP1 4QFOA 1II5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4R73A 1CB6A 1UQWA 3PPRA 1LAXA 3OELA 5DVIA 1P1WA 4OXVA 4YMBA 3O6HA 2RF1A 2BJJX 3S9LC 1CE2A 4OA4A 3P7IA 3K4UA 3U65A 4DI4B 1SW1A 5FHMA 4P8BA 1ZTYA 3EN3A 4ESWA 1HSJA 1SVXB 2A5SA 3HN0A 1SD3A 1WODA 4YB6A 3EPEA 1M5FA 4MNIA 1A99A 5AA4A 5EQ7A 2X7PA 3ROJA 3MZ1A 3RTFB 3K01A 4Q5TA 2OBGA 4P47A 4E0WA 4ZEDA 4LA9A 1NUXA 3ISPA 1MXVA 4OENA 3HFUA 4WKMA 2VHAA 4QFLA 2Q88A 3FATA 3RPWA 2XXUA 3MC2A 2Q74A 3QUJA 4NF8A 3PU5A 2DXYA 3OO9A 4OFLA 4JBZA 1LB8A 1FQAA 4U4XA 1PBPA 4R2BA 4BDNA 2I3WA 4F3SA 3TDJA 3B50A 3ZKKA 4DXBA 4F3GA 1NUYA 3SZPA 2V93A 1ZLQA 4IB2A 3LV0A 4KYDA 5IZ1A 2I0BA 4YKPA 5AA3A 3HHFA 2DP8A 1TXFA 3FJGA 1ZIUA 2CEYA 2PYYA 1PC3A 4GQOA 4FE8A 1A40A 4PE3A 4ZE9A 1FBPA 4H6DA 4R9GA 4WEDA 4GL0A 1DPEA 1M5EA 1NV3A 1VE4A 1G0HA 2Z8FA 4I8CA 2DE4A 2DXRA 2HZKA 2RC7A 2PT1A 4RK9A 1IMCA 1EYJA 1SYIA 3N94A 2Y84A 5ITPA 3TTKA 1DOTA 4XKPA 2B3FA 2PX1A 5H8QA 1IEJA 4DI3D 1UTHA 2WBBA 5A5XA 4HE0A 3OO7A 4PP0A 4YKJA 2Q8MA 4NGUA 4P9KA 1XT8A 4NX1A 4H46A 4NMYA 3TTMA 1H76A 5DVFA 4TQUQ 2HEUA 1XS5A 1F9BA 1M5CA 2KQZA 3MJNA 1D9YA 1NNTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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