2F5XA

Structure of periplasmic binding protein bugd
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
299
structure length
299
Chain Sequence
YPERPVNMVVPFAAGGPTDNVARSLAESMRPTLGETVVVENKGGAGGTIGTTQVARAQPDGYSILLMHAGFSTAPSLYKNPGYEPYTSFEPIGLVVDVPMTIIARGDFPPNNIKELAEYVKKNADKISLANAGIGAASHLCGTMLVEALGVNLLTIPYKGTAPAMNDLLGKQVDLMCDQTTNTTQQITSGKVKAYAVTSLKRVPTLPDLPTMDESGYKGFEVGIWHGMWAPKGTPKPVVDKLVKSLQAGLADPKFQERMKQLGAEVLTNEANPEALQAKVKQQVPQWAELFKKAGVEKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structure of Bordetella pertussis BugD Solute Receptor Unveils the Basis of Ligand Binding in a New Family of Periplasmic Binding Proteins
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Bordetella pertussis tohama i
molecule keywords BugD
total genus 88
structure length 299
sequence length 299
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03401 TctC Tripartite tricarboxylate transporter family receptor
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f5xA02
3.40.190.150 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 2f5xA01
1GVCA 2OWSA 3V8XB 2I4BA 3S9MC 3QAXA 2I3WA 3R7XA 3RNNA 2F5XA 2F6GA 4H6DA 3G3HA 1JNFA 4U23A 2O84X 4AB6A 1LGBC 5AA3A 3VLVA 4H8IA 3ZKKA 1H76A 1Y9UA 4O3BA 3D4CA 4LONB 1IIWA 3U72A 2W7YA 5ICTA 4YMBA 1ZBMA 2PT1A 4LATA 5I84A 3G3GA 4F29A 5H8QA 2UVIA 3TCHA 1O7TA 1B3GA 5L9OA 1JW5A 2GRVA 2Q89A 3S2VA 1LBCA 4U1ZA 3TCGA 3K00A 1MQDA 4P11A 4F3PA 1ELJA 2QS2A 4LUBA 2HAUA 3RQTA 2QMWA 4YKPA 1Y3QA 5I59B 2RINA 3CG3A 3IOUA 1MY4A 1MS7A 3MPLA 4LP2B 3C33A 5I56B 4E0XA 3IO4A 4IGTA 1XVYA 2Y7IA 4IO2A 3QXMA 2HCAA 1GTKA 3S9LC 3P7IA 5I2NA 5L9SA 3T22A 5CMBA 5I2KA 5J1DA 3W9WA 1UTBA 3MPKA 3HV1A 3C34A 4WEDA 2DWJA 1I6AA 4EXKA 5BUUA 3VXCA 5H8HA 2BJJX 1Q1KA 3QK6A 2ZNSA 2Z8FA 2QSXA 1IXCA 4DLDA 1B3HA 4M4GA 2XD3A 3U1OA 4YB5A 2GFEA 3FXQA 2QS1A 3FJGA 4BDLA 1XVXA 1RKMA 1T0KA 1NFTA 3PPOA 3IOWA 2XXHA 4OTEA 1NNPA 1JETA 1P1NA 4MLQA 1AMFA 3QYTA 2M8CA 3B7DA 3H3GA 4LZ7A 1N84A 2Y7WA 3OEMA 5DT6A 2VGQA 1MRPA 3PPPA 3VDFA 5TP9A 1M5CA 4GD5A 4QFLA 1OLAA 4G68B 3FVGA 1QJMA 4RPNA 4F2QA 1FW0A 5ITPA 4ZE9A 2UXAA 4QSEA 3C4MA 1BIYA 4DZ1A 5DTBA 5H8QB 2A5TA 2DE2A 2IA4A 3K6UA 1OIBA 2O7IA 3C35A 3E13X 3OEKA 2DQVA 2ZYMA 2AYSA 2F35A 2P2AA 5DVIA 4Q30B 1B40A 1FQFA 1TWYA 4G8MA 1BLFA 4POXA 1P1QA 1M5BA 3IB2A 3D4GA 5ISUA 1MXZA 4FECA 3WAFA 4OMBA 1UTHA 5CBSA 2ZXTA 2KLFA 3DP8A 4JBZA 3C36A 1UQWA 3MAMA 3O2AA 1YAEA 3LSLA 2FYIA 4QFNA 4FEDA 3G3IA 1JVYA 5I2NB 1Y3PA 1M5FA 1N7XA 3RT8A 2E0SA 1MXVA 1NH8A 1EZ9A 1OMPA 4MFIA 3C31A 4KI0E 5KCJA 1BP5A 3KEIA 2F7CA 5ELVA 2V3QA 1S50A 3K1PA 3TCFA 4H5GA 1MY0A 4C1UA 2LAOA 4NMYA 3H7MA 3E4RA 4G68C 5DEXB 4GFRA 3ECRA 2I58A 4R2FA 4M1VA 4QF9A 5L9MA 3TPAA 3CFXA 1QUKA 4EDPA 2UYEA 5HM4B 4EQBA 1FCKA 3VLWA 1B3LA 2AL4A 4KYSA 1IEJA 4N07A 4OETA 1QKBA 1IXGA 1POY1 4JWXA 4XKRA 5FHOA 3HHFA 4XKNA 4OESA 3USDA 2REJA 3KN8A 3MP6A 3OOAA 4F3SA 3K0VA 1DTZA 4PQJA 3KG2A 4QSDA 4BDMA 3SEUA 4R75A 4NF5A 3T9UA 4U4SA 4TOZA 4RA1A 1MY1A 1B5IA 2HZKA 3UORA 2R71A 2DOJA 5M2VA 3G3KA 4XKPA 4F31B 2P1SA 2Y7KA 1D4NA 4R2BA 1M5EA 4ZDMA 1S9TA 3FVOA 1AL3A 2I0BA 2QRYA 1FTJA 3UN6A 1NNKA 4EF2A 1AH5A 2V3UA 3L6GA 1H45A 5BWJA 5IKBA 4NE4A 1MM6A 3FV2A 5AE4A 2OK2A 2X7QA 3A3CA 2AIXA 2QMXA 2R9JA 4G8HA 4R74A 3TTMA 2D5WA 1ANFA 1SI0A 3TFLA 1Z7ME 2Y7RA 2XXQA 5DVFA 2O7UA 3CFZA 3H4ZA 1OQGA 3PUXE 4NEDA 1MQGA 4YZZA 5AA2D 1B0HA 3VVFA 4IO4A 5CMCA 5FHNA 4TLMB 3KZGA 1O64A 4R73A 3GXAA 1R9LA 4PFWA 1URDA 3TQWA 2VHAA 3FD3A 1S7YA 3U93A 2XX7A 4EUOA 3H6TA 3U94A 5ICQA 4OENA 4NF8A 2VP1A 5AA1A 3K6XA 1YPNA 4ELOA 1PB7A 1MQIA 3O28A 3DP6A 4YKJA 4KD5A 4OVJA 5JK4A 3PPRA 4G77A 2O6AA 4BLAA 4NWCA 1YTVA 3VVEA 1MQHA 5A5XA 3SESA 3SEXA 1B7ZA 2O68A 2PVUA 3EHUA 5CI5A 4BDRA 1B4HA 3TDJA 1UIUA 2NOOA 1WVJA 1A54A 1P99A 3PUYE 3EN3A 3SKPA 1MXWA 1TFAA 5H8NB 3MVWA 2DXYA 3PMVA 1HSJA 2Q2AA 5B70A 2XXVA 3O6HA 2NXOA 4HW8A 1B4ZA 1N3XA 3H6UA 2HZLA 2Q8JA 1B05A 3IB0A 1QVSA 3MP8A 5H8FA 1JVXA 1P1UA 4U1OA 2NWJA 5H8SA 3M8UA 4OEVA 1JW4A 4KYEA 4PE5B 2ZMBA 1F9BA 1Y3NA 3IJXB 1FTKA 4GVOA 1O63A 3MZ9A 1Y4TA 3B6WA 4R6KA 1II5A 3O29A 4ZS9A 4Q5TA 3IOTA 3K01A 3A09A 3GBAA 3V89B 2OWTA 3JV9A 3Q26A 3KSJA 1BTJA 4XKQA 5CMMA 4KCDA 3FVNA 1LB8A 3CSBA 4R6HA 4R72A 1MXYA 1CE2A 3IO6A 3TTRA 1SD3A 5AA2B 1Y1ZA 3KN7A 3IOVA 3K02A 3CI8A 4OZ9A 1FQBA 3C32A 3HN0A 3LUYA 4F3BA 2WKYA 1A55A 4GWOA 3O9PA 3OO9A 3TUSA 5HBCA 3SETA 4EQ7A 3FXUA 4MBPA 4L17A 1AIVA 2I48A 3H6WA 3BFUA 4NF4A 2E1SA 3T9HB 3T9VA 1SYHA 4DDDA 3EPEA 2I4CA 2ZNUA 4AQ4A 1LCFA 3UA8A 1EZOA 2HQ0A 5ITOA 1FTOA 3FZVA 3PUVE 4QFOA 3DM0A 5I58B 1A7LA 3FVKA 3M3KA 3O6GA 1D9YA 3T9XB 2F7BA 4IY5A 4H5FA 1US4A 4GXSB 4XXUA 3ZS6A 3GZGA 3PD8A 5I57A 1SBPA 4Z0IA 1HSLA 3M3FA 3ODBA 1EZPA 1R9QA 3LSXA 5KDTA 3KOTA 2P0SA 1B5JA 3L6HA 4RK2A 3CRBA 5CRYA 2DYXA 1LAHE 1N04A 5JTYA 4IO3A 1MPDA 3PV0E 4ZEIA 1QW0A 1SW4A 4ZEFA 3R26A 3OXNA 1PBPA 3H6VA 3VV5A 4KYDA 4U22A 1DSNA 3G3JA 3KOSA 1LFGA 5FHMA 1FQCA 2F7AA 4KFQA 2Y84A 3JZJA 3FV1A 4YB6A 1Y4CA 3U92A 5FTIA 3MZ1A 4RNSA 4I9DA 1P1OA 3OSQA 1N7WA 4PP0A 3DELB 1D9VA 4ISUA 2Z8DA 4C0RA 1RYXA 1IITA 3BBRA 2RC9A 1ZJLA 1D3KA 1B52A 2Z8EA 4YU0A 1MXXA 3V5AA 4DIGA 4OFOA 1I69A 4ZEKA 3SEVA 3G3FA 3IL1B 2QS4A 3SEWA 4NF6A 3BKIB 5TPAA 2DP8A 4F18A 4K3FA 3T66A 1LFIA 4HS7A 3T93B 4ESWA 3FJMA 5AA4A 1SI1A 5I2KB 4IB2A 3N94A 3Q27A 1UTBB 2NUVA 3K6WA 3VXBA 4GXAA 1OQHA 1R6ZA 2Z22A 3TTLA 3K2DA 2ZYNA 3KSXA 5H8HB 1MH3A 1JQFA 4YKKA 1YCJA 5EHSA 3TYHA 2XX8A 3W15C 1URSA 3S9NC 3MVYA 3QUJA 5L8DA 1AOVA 1B2HA 1TXFA 3N26A 3B6QA 3LR1A 1DPPA 3MUQA 3KFMA 3RTWB 3IORA 3OMBA 4ZZAA 4ZEDA 5JEIA 3TAJA 3HO7A 2Z23A 1FQDA 1FQAA 4G8NA 2V3TA 3ONMA 1EU8A 3PGFA 3QIMA 3T96B 5I57B 2ONSA 2G93A 2I49A 4XTCQ 3MWBA 4THIA 3F11A 4IY6A 3I6VA 3CVGA 4Q8RA 3IAZA 4LQ5A 1US5A 2F6PA 4ZEBA 5TP9B 4Z7EA 5FTHA 1DTGA 2HXWA 2F34A 4JSOA 3UP9A 1XC1A 3PU5A 1QUJA 4YB7A 4U4XA 2QJEA 3UGWA 2HAVA 1ZIUA 1B1XA 4ELQA 2A5TB 5LOMA 3OSRA 2XXIA 1OLCA 4DXCA 3N6TA 2DS9A 3PPQA 2XXWA 3LSWA 2DWHA 2XXRA 1PC3A 3TTKA 1N0TA 4ONYA 4JXIA 4LVQA 1B32A 3MC2A 2PYYA 3CSGA 3BFTA 4JDFA 2XXUA 4ESXA 2DWAA 1SW5A 3MVXA 2YPNA 3E9XA 4DCYA 4GOTA 3Q25A 3UIFA 1UTHB 1M5DA 4AB5A 1PBQA 3CFLA 3O6IA 3TELA 4F3GA 5F7VA 1Y1MA 4FAJA 1JW1A 4TQUQ 2XXPA 3IX1A 2ZYOA 1VSOA 4F2OA 4RK9A 2V25A 1VFDA 1URGA 2QL3A 5I56A 4PETA 3K1MA 4FORA 3TZAA 1GR2A 3LC8A 1LSTA 1MDQA 2RKMA 3VE1B 3E3KA 5KCJB 3Q29A 3AXFA 1A40A 1ZU0A 4OEUA 3N5LA 4X1DA 1HSEA 3RTFB 2H9BA 2NVUB 4F22A 3TKDA 1SDXA 4ZZEA 2H5YA 1MPCA 2I0CA 3K1NA 2DWIA 2ANJA 1RYOA 2I6EA 2FNCA 1IXHA 5F1QA 4C1TA 3RN8A 5IAIA 1LAFE 2F8DA 2DVCA 2VD2A 4OXVA 4MLVA 4H0WA 1B58A 1XS5A 2B65A 3V83A 2OJTA 2D3IA 4QSCA 2B3FA 1TFDA 3FASA 3S9EA 5EYFA 4FJPA 1SW2A 4HCWA 4OFJA 2VOZA 2HEUA 4FATA 4I8CA 4X48A 3ZSFA 3RY3A 1B7HA 1LFHA 4POWA 2ONKE 4I1DA 4E0WA 1A8EA 2F97A 2PX1A 4F19A 2CMOA 4NF5B 3G7WA 4YMAA 3U8QA 1B1HA 5K2YA 3PUZE 2H4IA 2ESNA 4G68A 1R1NA 3HSTA 3DLNA 4FEBA 3LBSA 3RT6B 5K2XA 4R9FA 4GRKA 1POTA 1A8FA 4NWDA 1TT1A 2AL5A 2R6GE 1WDNA 1B9JA 1DPEA 2DE3A 4JB7A 4GLIA 3TTNA 3VLUA 1CB6A 1L5TA 4I62A 4N13A 3IJOB 3MZBA 4YICA 3EQ1A 1GV8A 2O1LA 4OERA 4NTLA 2UVGA 3LSFB 2Y7PA 1B5HA 3HHGA 4R9GA 1GGGA 3IR1A 4EQ9A 1IUDA 3RUMA 1Y20A 1A99A 1MDP1 4LZ8A 1N76A 2XXTA 2DXRA 1QULA 1H44A 4QFPA 1PB8A 2PBWA 1SYIA 3CG1A 4HCYA 4MH5A 1IXIA 1VFEA 4FE8A 2XD2A 5DVJA 2UVJA 4RJZA 5CM6A 1PDAA 1NNFA 4G4PA 1SW1A 3O66A 4NF8B 3RGYA 1EH3A 3SDFA 5DYHA 4HTGA 1UIVA 3MP1A 2I3VA 2CZLA 2Q2CA 2O69A 1NL5A 2Q88A 3ZKLA 4GIZA 5DEXA 2H99A 3CR9A 1JEUA 1MH4A 2DVZA 4GF8A 5A5XB 4WXJA 1PEBA 3GLBA 4LQ2A 4YKIA 4KPTA 2XX9A 1H43A 4H8JA 2YLNA 1B7UA 1PB9A 4KCCA 4OWDA 4QRZA 4H1XA 3FIRA 5TU0A 4O3AA 4QHQA 2GHAA 3CIJA 5H8FB 1B6HA 4F1YA 4PFUA 4F39A 3OENA 4WEPA 4ZE8A 2H25A 1ZLQA 2ALUA 2X7PA 1P1WA 3GBBA 4BDOA 3N6UA 4IGRA 3UK4A 2O1MA 4H65A 3I5OA 1VE4A 5HPQA 1FTLA 4P0IA 2G29A 1FQEA 3ILUB 2F78A 4U2RA 1WODA 1ZTYA 1OVTA 1B3FA 4ELRA 3OELA 1Q35A 3DP4A 2PMSA 2THIA 2XXXA 4DXBA 4EXLA 1IQ7A 1BKAA 2RC8A 4DXUA 4JSDA 4IO6A 4H67A 3OO7A 3TEPA 3TQLA 4FIMA 2ZYKA 1DMBA 1ATGA 3QSLA 2PT2A 4OHNA 5CC2A 3H03A 1B46A 3JYRA 3OO6A 1SVXB 2DE4A 2F36A 3KJ7A 4ECFA 3B6TA 4IO5A 5CMKA 4U21A 1DOTA 1NKXA 1N3WA 3Q28A 4X1BA 4NF4B 3EF7A 2D21A 4Q0CA 4ZECA 3EHTA 2XXYA 4DCXA 1MY3A 1LLSA 3FUZA 3PMXA 3PMWA 4RXLA 3MW0A 3PD9A 2OCUA 2V93A 4OQOA 2FA7A 3O97A 4XIGQ 3MJNA 3K6VA 4GL8A 3IB1A 4IO7A 1MPBA 4G2ZA 4X9TA 1I6BA 3SERA 3OD7A 1Z7NE 1J1NA 4R6YA 1MG1A 3RPWA 5KDTB 3S4UA 4TLLB 1KWHA 4GQOA 4GL0A 3PPNA 1XHYA 5JTYB 3KN3A 3EHSA 1XOCA 2UVHA 3FGSA 1XT8A 1VR5A 1QUIA 2HFBA 1MM7A 5CBRA 3K4UA 4ND9A 3TODA 3KJTA 4JWOA 1B0LA 2RF1A 1LB9A 5H8NA 4RY1A 4DE8A 3WAEA 2OLBA 2QS3A 2GHBA 5B7DA 2UYFA 3SEYA 2OBGA 2ZNTA 4F1UA 1B51A 3ILTB 4BDQA 3KBRA 2GH9A 3C9HA 4RYAA 1LCTA 4UA8A 4OYVA 4YAHX 2Q9TA 3RLFE 2VD3A 3IK6B 3HPIA 3HCQA 1B3EA 3MBPA 4NF6B 5TPAB 1NMUA 4RPOA 4WKMA 2B3BA 5I59A 1ZMGA 1LAXA 2RCBA 2IEEA 1I6QA 3THIA 5AA4B 3I3VA 4JWYA 4LZ5A 3W9VA 1USYE 3MVZA 3PUWE 4F1VA 2REGA 1JEVA 3H06B 4KHZE 5AA2A 1H3DA 2A5SA 2ONRA 2QPQA 4UACA 3VFJA 1LAGE 1MY2A 3M3LA 3FATA 2O51A 2RC7A 4OFLA 3A3UA 3KGCA 2X26A 1FTMA 2ABHA 1SQYA 3TMGA 4ELPA 1IZ1A 3MQ9A 4LA9A 1MQJA 3FXRA 2YJPA 4P0GA 1LBBA 1MXUA 1ZKBA 4PFYA 2V84A 2OZZA 4MF3A 1OVBA 2H98A 3R6UA 5EHMA 1NH7A 2RCAA 2DSFA 1NNTA 4O3CA 2XHDA 4PFTA 4QFKA 1QKAA 5I58A 5KZTA 3QUFA 3FJ7A 4N6PA 4KR5A 4KQPA 3VVDA 4EF1A 3OO8A 1USYH 4BDNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2XXHA 4PFIA 4OTEA 5J16A 1NNPA 1JETA 1P1NA 4MLQA 1AMFA 3FXBA 3QYTA 2M8CA 3B7DA 3H3GA 4LZ7A 1N84A 2Y7WA 3OEMA 4PE3A 5DT6A 2VGQA 1MRPA 3QMFA 3PPPA 1NUWA 3VDFA 5TP9A 1NV7A 1M5CA 4GD5A 4OVQA 4QFLA 1OLAA 4G68B 3FVGA 4NN3A 1QJMA 4RPNA 3RPLA 2CZIA 4G61A 4F2QA 1FW0A 5ITPA 4ZE9A 4GWXA 2UXAA 4QSEA 3C4MA 1BIYA 5H8QB 5DTBA 4DZ1A 2A5TA 2DE2A 2IA4A 4P1EA 3K6UA 1OIBA 2O7IA 3C35A 4O94A 3E13X 4PAIA 3OEKA 2DQVA 2ZYMA 2AYSA 2HHMA 2F35A 2P2AA 5I3SA 5DVIA 4Q30B 1B40A 1FQFA 1TWYA 4G8MA 1BLFA 4POXA 1P1QA 5EYGA 1M5BA 3IB2A 3D4GA 2OWZA 5ISUA 1MXZA 4FECA 3WAFA 4OMBA 1UTHA 5CBSA 2ZXTA 4OA4A 2KLFA 4AS5A 1FPBA 1NV1A 3DP8A 4JBZA 3C36A 5DW8A 1UQWA 4PGNA 3MAMA 3O2AA 1YAEA 3LSLA 2FYIA 1SPIA 4QFNA 4FEDA 3G3IA 1JVYA 5I2NB 1Y3PA 1M5FA 1N7XA 3RT8A 2E0SA 1MXVA 1NH8A 1EZ9A 1OMPA 4NG7A 4MFIA 3ISPA 2PCRA 3C31A 4KI0E 1IMDA 5KCJA 1BP5A 3KEIA 2QFLA 2F7CA 5ELVA 2V3QA 1S50A 3CHGA 3K1PA 4PTKA 3TCFA 4H5GA 1MY0A 5LDZA 4C1UA 2LAOA 4NMYA 3H7MA 3E4RA 4G68C 4P56A 5DEXB 4GFRA 3ECRA 2I58A 4R2FA 4M1VA 1FTAA 4QF9A 5L9MA 3TPAA 3CFXA 4NAPA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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