2F6GA

Benm effector binding domain
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
216
structure length
216
Chain Sequence
KTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPNWL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Distinct Effector-binding Sites Enable Synergistic Transcriptional Activation by BenM, a LysR-type Regulator.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter baylyi
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
total genus 65
structure length 216
sequence length 216
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f6gA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f6gA02
3PPRA 3TTKA 1S9TA 3SEWA 2HZKA 3HV1A 4H5GA 4QFLA 4MLQA 4G2ZA 1LCFA 1B5IA 4XKQA 1PB8A 1ZIUA 2ZNTA 1JW4A 2CMOA 4ZZAA 4KR5A 3RT8A 1L5TA 4FE8A 1UTBB 4KCCA 2NOOA 5LOMA 4BDMA 3HCQA 1LBCA 4AQ4A 5AA2B 3V83A 4NTLA 5TU0A 4F22A 3K0VA 4G68B 1H44A 2HFBA 2D5WA 1R6ZA 3N6UA 1MXVA 3EN3A 2M8CA 3O6IA 1EZPA 3RY3A 4ZE8A 1DTZA 2RC9A 5DVFA 3E9XA 4NF6B 4F3PA 1GGGA 3UORA 1LAFE 3LBSA 2Z8EA 5L9OA 4EXKA 2O84X 3OO7A 4YMAA 1PDAA 1DPEA 4IY5A 1URGA 3E13X 3Q27A 1SYHA 3R6UA 3SERA 3CFZA 4G4PA 4IO7A 4ZEDA 4OQOA 2QS3A 1I69A 4GOTA 4F1UA 1NH8A 1LAHE 3CG1A 1O63A 1JVXA 4YKJA 3IB1A 2Q2CA 1OLAA 4F1VA 3QK6A 2X7QA 2F7BA 4F3SA 1B4HA 1MDQA 1PEBA 1QUJA 1B2HA 2DWHA 2X7PA 3IAZA 3LSFB 1D4NA 4H6DA 1P1OA 3K6UA 3MVYA 1IIWA 2FYIA 1NL5A 1SW4A 4P0GA 2PMSA 3MJNA 3K4UA 3H7MA 5DYHA 1JNFA 5H8QA 1DPPA 3UA8A 5I57A 1US5A 4JXIA 5ITPA 2VGQA 2Q89A 5ELVA 1TT1A 4JSOA 3QUJA 4KI0E 4OZ9A 1MY1A 4GD5A 4IO4A 3ZSFA 3C31A 2QL3A 4KPTA 1H43A 5AA4A 4PFWA 4XKRA 4C0RA 4R2BA 4HCWA 2H98A 5KDTB 1LLSA 3LSXA 3T9VA 4KQPA 3PPQA 4QFOA 4EQ7A 3O29A 1N84A 5JK4A 5CBSA 2V3QA 4LUBA 2O51A 1B3FA 4AB6A 4DXBA 2ZYMA 4RJZA 5HBCA 4LP2B 3IOTA 1I6AA 3S4UA 1MH3A 4XKNA 4K3FA 1JVYA 2Q88A 1H76A 1LB8A 1EH3A 4LA9A 2DWIA 4YKIA 4NWDA 3QAXA 1A99A 2OK2A 3IOUA 4O3CA 2XXHA 2ZYOA 2Q8JA 2F36A 4MLVA 3TMGA 1BTJA 1MY3A 4EDPA 1ZBMA 1H3DA 1KWHA 3K1NA 2I3WA 2BJJX 5BUUA 1QUKA 2Z23A 3G3JA 4H1XA 2DE4A 3KFMA 1CE2A 4ZECA 4U2RA 1P1NA 1N0TA 2F5XA 4QFKA 3JZJA 3U92A 4JWXA 3EHTA 2ZYKA 4XKPA 1D9YA 1P1UA 2DYXA 1XC1A 2VHAA 4FECA 4NF4A 3UN6A 3U93A 3I3VA 2OZZA 4F29A 3VFJA 4ONYA 4F39A 1P1WA 1NNKA 1MY4A 1A8EA 3RNNA 4R9GA 3OO9A 1FCKA 1SW5A 5HM4B 1SI0A 3H03A 1ZMGA 4WXJA 4GL0A 4XXUA 3T9XB 1VR5A 4NMYA 2XXTA 3BKIB 4XTCQ 1UTBA 4GXAA 3FJMA 3G3IA 3BFUA 4PFUA 2RCAA 5AA2A 1IXGA 1ZTYA 3EHSA 2P0SA 3VXCA 4ZE9A 1URDA 1MY0A 3DELB 3PMWA 1MDP1 1M5CA 3RUMA 1B40A 1MPCA 5FTIA 2UVJA 3KJTA 2Y84A 2ZMBA 4KYSA 4OVJA 4MBPA 2ESNA 3LC8A 3K01A 3KOSA 4H0WA 2DE2A 2W7YA 2QJEA 4RYAA 2RKMA 1YAEA 4I62A 1YCJA 3KN7A 2DVCA 4LQ5A 5I57B 3EQ1A 1MXYA 2E0SA 4F2OA 1ZKBA 2GHBA 3JYRA 2ONSA 4KHZE 5I2NB 5EYFA 3DM0A 1N7WA 2ABHA 3OXNA 4DDDA 4DCXA 1SW2A 1AMFA 3JV9A 3RTFB 1GVCA 3FJGA 4OFJA 2Y7WA 4BDQA 2I6EA 4ZEKA 1FTOA 1VFEA 1XS5A 3KEIA 3A3CA 5EHMA 3QSLA 3K6VA 4FAJA 1IXIA 1EZ9A 1B32A 4IGRA 3BFTA 2NUVA 4GVOA 4DIGA 5ICTA 2QPQA 4YAHX 1NH7A 2REJA 4OERA 1B0HA 1OVTA 4G8HA 1PBQA 2P1SA 5H8FB 2UVHA 1B3GA 2HCAA 3ILTB 4F3GA 3KBRA 1MXUA 1DMBA 5F7VA 1FQEA 4MH5A 4O3AA 3U1OA 4ZZEA 1DSNA 1M5DA 3A3UA 3ILUB 4WEDA 2ZNUA 2OBGA 1USYH 3OELA 1QVSA 2GFEA 1PC3A 2V3UA 1NFTA 1JEUA 1LFGA 3FVNA 3VXBA 4R6HA 1II5A 3O66A 5AA2D 1D9VA 5KDTA 3H6WA 3OOAA 2AL5A 3MP6A 1OQGA 2NVUB 3MQ9A 2ONRA 3CRBA 3SESA 4F3BA 2FNCA 4POXA 1T0KA 5I58A 1OLCA 1B3EA 2R71A 2UYEA 3H6UA 3PD9A 4Z7EA 3PPOA 2B65A 5B7DA 3SEXA 1NNTA 2PYYA 4M1VA 4TOZA 2D3IA 1MQHA 4U22A 1P99A 4OFOA 3IO6A 3TODA 3IR1A 2Y7RA 1Y4CA 2V25A 4Z0IA 2XXUA 5DEXA 3SEVA 3M3LA 3TDJA 4R6KA 4KCDA 3TAJA 3IL1B 4BDLA 3G3KA 2KLFA 4LVQA 2XXQA 4ECFA 3B6TA 4ELRA 4YMBA 4BDRA 4BDNA 3CR9A 3M3KA 5KZTA 3TTRA 1IXHA 2Y7IA 2AL4A 3PUZE 4PE5B 3FV1A 4IB2A 1D3KA 5BWJA 5A5XA 3TQLA 3CFXA 3MPKA 1OQHA 4H67A 3MWBA 1VSOA 4F31B 2PBWA 1TFAA 4EUOA 3FJ7A 1M5FA 3B7DA 3M8UA 2XXRA 3FVGA 1N3XA 3HHFA 3TYHA 1A55A 2F78A 3C32A 4U1OA 3ZKKA 4QFNA 1QUIA 2ZYNA 1QKAA 1R9LA 4NF5A 1LSTA 4ISUA 1SVXB 2RF1A 5CMMA 5I56A 4OMBA 1R9QA 2F7CA 3MVZA 3V8XB 4R2FA 5L9MA 1VFDA 3KOTA 2O1LA 4I1DA 3D4GA 1I6BA 2HZLA 3LSWA 3AXFA 3DP8A 4TLMB 4R75A 5I2NA 3PUVE 4RPNA 3U8QA 3S9MC 4QSCA 2AIXA 3IOWA 1XHYA 1IXCA 3W9WA 5AA3A 5L9SA 3PD8A 4C1TA 2B3FA 3G7WA 3KG2A 4UACA 3O6HA 4O3BA 3TEPA 5H8NA 2DP8A 3E4RA 2O7IA 4QHQA 3ZS6A 4GXSB 1I6QA 1SI1A 1MG1A 3VE1B 5M2VA 3TFLA 1LFIA 2H5YA 3B6WA 1PBPA 4LZ8A 2XXPA 4KYDA 3K2DA 1YTVA 3ONMA 2VD3A 2R6GE 4OXVA 1SYIA 4Q30B 3VVDA 4YU0A 4FATA 5CBRA 1WDNA 5I58B 4OFLA 2GHAA 1FQAA 1MQJA 5H8SA 5ITOA 4FJPA 1MXZA 2HXWA 5H8FA 4FEDA 2OWTA 4F19A 4IO3A 4QRZA 3Q29A 3P7IA 1ZJLA 3UGWA 2RC8A 4YZZA 4UA8A 1RYOA 2HAUA 2THIA 1B9JA 4OEVA 4OESA 4ELQA 1FQCA 3MZ1A 3IJXB 1MQDA 3T22A 3PGFA 3T96B 1NNPA 5DEXB 2OJTA 4YKKA 1B52A 3C35A 4X48A 4X9TA 3USDA 3WAEA 5I84A 5FHNA 2P2AA 4IY6A 2I49A 3ZKLA 5KCJB 1MQIA 2UVIA 3GLBA 2ANJA 1B1HA 4H5FA 2F97A 5CM6A 3KSJA 5TPAB 2CZLA 5K2YA 5TP9B 4HCYA 5CMKA 3T9HB 4N6PA 2DS9A 5A5XB 1FTLA 4OEUA 2XX7A 1M5BA 1MXXA 4P11A 4U21A 1TWYA 1EZOA 1B1XA 2Z8DA 2ZNSA 5H8HA 1MQGA 2I48A 3WAFA 3IB0A 1Q1KA 1SDXA 2GH9A 4OETA 2I0BA 3MVXA 3IX1A 4ND9A 5CMCA 1N04A 3K02A 2XHDA 4LQ2A 3LR1A 3K00A 3N94A 5JTYB 2G29A 2UVGA 3KGCA 1BIYA 2G93A 1Y4TA 2O69A 3OENA 4NF5B 4F1YA 1AIVA 3TCHA 1A54A 1GV8A 3RQTA 3OSRA 1FQBA 5I56B 5I2KA 4X1BA 1Z7ME 3FXQA 4EQ9A 2XXYA 4LATA 5J1DA 1LFHA 2H9BA 3H6TA 5FTHA 5L8DA 5I59A 3TCFA 2Z22A 3PUXE 1HSEA 2RCBA 3OMBA 2LAOA 1RYXA 4IO6A 5IKBA 4RA1A 4DLDA 5AE4A 3PMXA 4JWOA 3K6XA 3ODBA 4OENA 1DTGA 2F6PA 4G77A 2F6GA 1MY2A 4R73A 4H65A 3RTWB 5FHOA 4LZ7A 4GIZA 3KSXA 1Y3PA 5H8NB 4AB5A 2QS1A 4U1ZA 3VLWA 1B4ZA 2R9JA 3W9VA 4DE8A 4HTGA 3VV5A 1ZU0A 3ECRA 1LCTA 1Q35A 2O1MA 2HQ0A 1B7ZA 4P0IA 4DCYA 4U23A 3T9UA 1NMUA 3FGSA 3BBRA 5ISUA 4PQJA 3W15C 2I0CA 1Z7NE 1PB9A 4YB6A 2I4BA 1MM6A 4POWA 2GRVA 4XIGQ 1JW1A 4DZ1A 3RPWA 2XX9A 3CSGA 3O97A 1UTHA 1SD3A 3VVFA 1TFDA 2WKYA 4GWOA 3GBAA 5DTBA 4TLLB 4H8JA 2DVZA 5DVJA 4F18A 2XXWA 3K6WA 2O6AA 2F35A 1JW5A 2REGA 2DXRA 1B7HA 4NF8A 3SETA 5ICQA 2QMXA 4YB5A 4JSDA 3S2VA 3VDFA 3C9HA 3KZGA 3S9NC 1BP5A 5CRYA 3S9EA 2XX8A 2I4CA 3IB2A 2XD2A 1B3LA 1LBBA 2Y7KA 3C36A 3N26A 3FIRA 2B3BA 1FQDA 5DT6A 2QMWA 3V89B 1OVBA 3T93B 1Y3NA 4EQBA 1AL3A 4ZEIA 1OMPA 3UIFA 4THIA 3LSLA 1O64A 1B46A 1EU8A 4RY1A 3FUZA 3C34A 4QSEA 5H8HB 2RC7A 1S50A 4ZEBA 4RPOA 3HHGA 2X26A 4E0WA 3CG3A 3OEMA 2DSFA 3FXRA 3I5OA 5F1QA 2E1SA 4RNSA 5K2XA 1USYE 2IEEA 2NXOA 3HO7A 4HS7A 3Q25A 3O28A 5HPQA 1QULA 4LONB 5FHMA 4G8MA 1XVXA 2I58A 2V93A 2FA7A 3CVGA 4OHNA 3TUSA 5KCJA 2VD2A 2V84A 5I2KB 1UIUA 1P1QA 3QYTA 1A7LA 1JEVA 2XXIA 4ZS9A 2YJPA 4Q0CA 2H25A 3FZVA 5IAIA 5TPAA 5I59B 5TP9A 4WKMA 5EHSA 1HSLA 3Q28A 1ANFA 3OO8A 1H45A 5AA1A 3PUYE 3L6GA 4Q5TA 1B3HA 1MPDA 3TPAA 4JWYA 1FW0A 3H06B 3TTMA 3CSBA 3QIMA 3O6GA 3DLNA 3R26A 2F34A 5JTYA 4R9FA 4ELOA 1IEJA 1SBPA 4IGTA 1IUDA 4QFPA 2UYFA 3SDFA 3H3GA 2NWJA 4G8NA 3CI8A 1UQWA 4GL8A 2Z8FA 2PVUA 1B05A 3MP1A 3MUQA 4RXLA 3U94A 3UP9A 1WODA 1N76A 3EPEA 3IK6B 3M3FA 2V3TA 1ATGA 4EXLA 1UTHB 4JB7A 3IOVA 3L6HA 2DOJA 3O2AA 3OO6A 2Y7PA 1B5HA 1POY1 1GR2A 4MF3A 2ONKE 3KJ7A 3V5AA 1CB6A 3THIA 3HSTA 2OLBA 4GQOA 1MM7A 1MXWA 3FVKA 1B58A 1O7TA 4NF8B 1S7YA 1QKBA 1QJMA 3UK4A 2IA4A 1BKAA 3EF7A 3TQWA 4I8CA 1B6HA 1JETA 3PPNA 3TTLA 3Q26A 4OWDA 3F11A 1NNFA 3U72A 2OWSA 1LB9A 4C1UA 4JBZA 4KFQA 2DE3A 3G3FA 4YKPA 2YPNA 3N5LA 1XOCA 2H4IA 4R72A 4ZDMA 3PPPA 4PFTA 1J1NA 1POTA 1LAXA 4BDOA 3CIJA 4M4GA 1HSJA 2DQVA 2DWAA 3PUWE 4U4SA 1ZLQA 4DXUA 1FTKA 4G68C 2DXYA 3GBBA 1B0LA 3MAMA 2Q9TA 3LUYA 3CFLA 3MZ9A 3FD3A 4DXCA 3VVEA 4JDFA 2VOZA 1AOVA 1XVYA 4NE4A 3TELA 1MRPA 3I6VA 2O7UA 2AYSA 2Q2AA 2A5TA 4R6YA 5CC2A 4I9DA 4QSDA 4PFYA 3FATA 3IORA 3DP6A 2VP1A 1SW1A 2D21A 2F8DA 3HPIA 5CMBA 2QRYA 4GF8A 3TCGA 2DWJA 5B70A 2H99A 1M5EA 1PB7A 4GRKA 1MPBA 3H4ZA 4RK2A 4KYEA 4YICA 1WVJA 2ALUA 1JQFA 2PX1A 1N3WA 1Y3QA 3G3HA 3TZAA 3RLFE 1N7XA 4HW8A 2QS2A 3RN8A 1BLFA 3PV0E 3H6VA 1Y20A 1XT8A 2HEUA 1AH5A 3IJOB 1LAGE 4L17A 4KD5A 4PP0A 3TKDA 1FQFA 3QUFA 3PU5A 3O9PA 1ELJA 3FXUA 4IO5A 1R1NA 4H8IA 4G68A 1VE4A 3TTNA 3KN3A 4R74A 2F7AA 3OEKA 4GLIA 1OIBA 3N6TA 4NEDA 1MH4A 3MW0A 2PT1A 3OD7A 5JEIA 4ESXA 4OTEA 2HAVA 2XD3A 3K1MA 1QW0A 4NWCA 1TXFA 4NF6A 5DVIA 3B6QA 3C33A 3DP4A 5H8QB 4E0XA 3GZGA 4IO2A 1IQ7A 3OSQA 2XXVA 1FTJA 1MS7A 1Y9UA 3KN8A 4Q8RA 4X1DA 3EHUA 2QS4A 2XXXA 3T66A 4TQUQ 2O68A 3MVWA 3FV2A 3MP8A 3C4MA 1LGBC 4PETA 1B51A 3RT6B 1IZ1A 1F9BA 2I3VA 4QF9A 1GTKA 5AA4B 2OCUA 2ZXTA 2PT2A 1RKMA 4ZEFA 3SKPA 1A40A 1NKXA 2UXAA 1UIVA 3PMVA 5CI5A 3G3GA 4BLAA 4RK9A 1URSA 1A8FA 3MC2A 4EF1A 3FASA 4LZ5A 3K1PA 3HN0A 4WEPA 4N13A 1US4A 1Y1ZA 4FEBA 3MZBA 3MBPA 3S9LC 2YLNA 3QXMA 3FVOA 4ESWA 4F2QA 1B5JA 4OYVA 3SEYA 1Y1MA 2QSXA 3A09A 4MFIA 3R7XA 4FIMA 3VLVA 3GXAA 2A5SA 3IO4A 2RINA 4U4XA 1B7UA 3D4CA 2A5TB 4GFRA 3RGYA 1FTMA 4EF2A 1DOTA 3E3KA 4FORA 4YB7A 3MPLA 1YPNA 4ELPA 3VLUA 4NF4B 1SQYA 1IITA 3SEUA 4N07A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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