2F78A

Benm effector binding domain with its effector benzoate
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
222
structure length
222
Chain Sequence
SVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPNWLEHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Distinct Effector-binding Sites Enable Synergistic Transcriptional Activation by BenM, a LysR-type Regulator.
pubmed doi rcsb
molecule tags Gene regulation
source organism Acinetobacter baylyi
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
total genus 73
structure length 222
sequence length 222
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f78A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f78A02
4OHNA 3VLUA 3C31A 3VXBA 2F6GA 3CI8A 5L9OA 2V84A 1H43A 3IOTA 3FVGA 1L5TA 4GF8A 4G68C 1AOVA 3BFTA 4YKIA 1SVXB 4KYDA 1JQFA 3UGWA 3LBSA 3KJTA 5F7VA 1N7XA 1PDAA 3K4UA 3U93A 4OEUA 3DELB 5M2VA 3H03A 4QHQA 3W9VA 3DP6A 1PB9A 3FVKA 5KZTA 2PT2A 2O7UA 1AMFA 2RF1A 1B3EA 4JDFA 4FE8A 3CRBA 1XS5A 4LONB 3LC8A 3MW0A 2Y7IA 3TCGA 5CMBA 3PGFA 4OEVA 5FTIA 3MZ1A 2XXWA 2R71A 3SDFA 4QF9A 4KCCA 3SESA 3PMWA 3KFMA 4U21A 3U72A 2I49A 4F3GA 1I6QA 3KN3A 3KBRA 3OMBA 5LOMA 2WKYA 4RNSA 1N76A 2Z8DA 3IB0A 3K02A 1R1NA 3TQLA 1B9JA 3OEKA 1SI1A 3HHFA 1ZLQA 3ECRA 2QJEA 1MS7A 1A7LA 1GVCA 2Z22A 3D4GA 3S9MC 3DP4A 3VV5A 3TPAA 4OERA 3R6UA 5I59B 1OQHA 3TTMA 2XXXA 1IITA 3LSFB 3MP6A 4YZZA 2QS3A 1ZJLA 1II5A 2OWSA 5J1DA 1MY4A 4EXKA 5H8HB 4Q5TA 4AB5A 3O6HA 3DM0A 2PX1A 3B7DA 4R2BA 4MBPA 4G77A 3K6XA 3K6WA 1IXIA 5ELVA 3T66A 2Y7RA 5I2NA 4AQ4A 3FD3A 4H5FA 3RY3A 5H8QB 4MH5A 4XXUA 1ZBMA 3CVGA 1MY0A 4NTLA 1YAEA 5L8DA 2YLNA 4ESWA 2OWTA 2H9BA 3FJMA 2AYSA 3UA8A 3T93B 3OO9A 2UXAA 4IO5A 4I1DA 3RT8A 4ONYA 4F1UA 1NNFA 2GFEA 1PB8A 2IA4A 2D3IA 1H3DA 4PE5B 1MRPA 1TT1A 1ZMGA 4DDDA 1P1NA 2XXVA 4EF1A 1D3KA 2ZYNA 3K2DA 2DP8A 2OK2A 4GRKA 3RT6B 4ZS9A 2QMWA 3G3HA 4YICA 2CZLA 1LAGE 2XD3A 4YKKA 2RINA 4YKPA 2UYFA 2H98A 5F1QA 1GTKA 1CE2A 3TELA 2HAVA 1B32A 3Q29A 4F18A 2Z8FA 4KPTA 4JWOA 4FECA 4OYVA 4U4SA 5CC2A 3RN8A 2M8CA 1DMBA 4XKQA 5DVJA 3GXAA 1FQDA 4R6KA 4F1VA 1QVSA 3O66A 4NF5B 5I57A 3F11A 1ELJA 1FTOA 5TPAA 2F36A 1LGBC 4R73A 2Y7KA 5H8NA 4RA1A 4GWOA 3OO7A 2G93A 3H6VA 1QKAA 1B51A 1I69A 4BDMA 1MQGA 2XXUA 4FEBA 4DIGA 1B6HA 3SEWA 4HCYA 2AL4A 1YCJA 3W15C 1QULA 1LAFE 3QK6A 3BKIB 3CSGA 5DT6A 4IY5A 2XXTA 3MVXA 4BDLA 2B3FA 3IB1A 2V25A 1NNKA 1IXHA 5I2KB 3RUMA 3FXQA 1S7YA 3C35A 5HM4B 2VGQA 1CB6A 1R6ZA 2QS4A 1UIVA 4R9GA 3O29A 4UA8A 1OQGA 2Y7WA 1P99A 2W7YA 3PUWE 3FZVA 3O9PA 4OESA 1QJMA 5EHSA 4LQ2A 3SEXA 4KYEA 3TUSA 3CG3A 2RKMA 2ZNTA 4BDRA 4F2OA 4OMBA 3FJGA 4BDNA 1XOCA 3RGYA 5IKBA 1D9YA 4RK9A 3G3KA 1MXUA 3DLNA 5CMCA 2B3BA 2B65A 4KD5A 3ODBA 4DXBA 1RYOA 3S9NC 1NMUA 4PP0A 3HV1A 3PD8A 3TAJA 1MXZA 5CMKA 4NEDA 4Q0CA 2UVHA 4X1BA 3MC2A 3R26A 5AA4A 3KN7A 4EDPA 3IJOB 3C4MA 4F22A 4RPNA 3OD7A 1QUKA 2E0SA 4OTEA 1XHYA 2HXWA 3QSLA 4JXIA 1Y4TA 4OENA 3PD9A 2OLBA 3O6IA 3OELA 3BBRA 2OBGA 4GLIA 2FA7A 1NH8A 4WKMA 3L6HA 3FASA 3KEIA 1MH4A 3WAFA 3OXNA 1FQEA 3T9VA 2FNCA 3IO6A 3FVOA 1M5DA 1WODA 2UVIA 3TTKA 1N3WA 3O6GA 4X48A 2ZYOA 4DE8A 1HSJA 1RYXA 4LVQA 4GL8A 2LAOA 4YB6A 1O64A 1BKAA 1YTVA 3VLVA 3EN3A 3VVDA 3GZGA 4ELRA 4GXSB 2V3TA 1B5JA 4H6DA 1B5IA 3GBAA 1TXFA 4GFRA 4DLDA 4XKPA 1T0KA 2I6EA 2PT1A 2X7PA 5A5XB 4PFUA 2X26A 1DTZA 2ZYMA 3C36A 3C32A 3T9UA 4ELPA 2XXIA 3H6UA 2O6AA 3TEPA 2NUVA 4E0XA 1F9BA 5AA3A 2F7BA 4EF2A 1AH5A 1S9TA 5AA2D 1MM6A 1EZPA 4YB5A 4EQBA 2F34A 1SYIA 5CI5A 4OFOA 4DCYA 3T9XB 1NKXA 1S50A 1LLSA 1HSEA 4NE4A 2V3UA 3H4ZA 3UK4A 4QFPA 5B7DA 3E9XA 3Q28A 4R2FA 3G3JA 4IY6A 3B6QA 5H8SA 5H8FA 4NF4B 3SERA 4I62A 3LSLA 4QFOA 5DVIA 2DOJA 4LA9A 3N26A 3IOWA 3UN6A 5L9SA 1JW5A 3V89B 4NF8A 1B52A 1B58A 1D9VA 3CIJA 4PETA 1MQIA 4U22A 3RLFE 3KG2A 4ECFA 1UQWA 3U94A 3U8QA 4ELOA 2VHAA 1NNPA 5TP9B 1SYHA 4YB7A 4ZZEA 1URSA 3V8XB 1LB9A 3S9EA 3S4UA 2UVGA 4NWCA 1GR2A 1URDA 4FJPA 4JBZA 5KDTB 4C1TA 1XT8A 2ONRA 3PUYE 1OVTA 2Q2AA 4H0WA 1XVXA 3Q27A 3SETA 4N13A 4GQOA 5I56A 3FV1A 3IOUA 5JEIA 2HFBA 5TU0A 2XXYA 4AB6A 4YMBA 4G8NA 2H5YA 1UTHB 2RC9A 2RC8A 3IX1A 2RCBA 3LUYA 1LBCA 1HSLA 3M8UA 1M5BA 3G3FA 3G3GA 1Z7NE 3H7MA 5ISUA 3N94A 1B3GA 3CR9A 1SQYA 2F7CA 1B46A 1WVJA 4G68A 4EXLA 1P1WA 1GV8A 3VFJA 4ZZAA 3CFXA 3K6UA 4MF3A 2DYXA 3RNNA 4IGTA 1QUIA 2QMXA 1M5CA 2ESNA 1MQDA 1MY3A 3SEUA 3A09A 4G8HA 1B5HA 3T96B 3E13X 1GGGA 2HEUA 3IK6B 1LFGA 1KWHA 4YMAA 4DXCA 2NXOA 4TQUQ 1Y20A 3O97A 4XIGQ 4U1ZA 1VSOA 3TKDA 4OFLA 5CBRA 2NWJA 3O2AA 1BIYA 4QFKA 3AXFA 4ISUA 1B4ZA 2NVUB 4HCWA 4E0WA 1IIWA 5CBSA 5JTYA 1I6BA 3OO8A 3FATA 3PUXE 5ITPA 4JB7A 2E1SA 2O51A 4QSDA 1A55A 4F3PA 1NFTA 4R6HA 1B40A 1SW4A 5I2NB 4GD5A 5CM6A 3FUZA 3SKPA 4JSOA 4F29A 1BP5A 1YPNA 5K2YA 1IQ7A 1MXXA 2ONKE 1NNTA 3OO6A 4JSDA 4NF5A 3ZKLA 3A3UA 2IEEA 3ILUB 3K0VA 3ONMA 2UVJA 2PYYA 1DTGA 4OFJA 1H76A 2DQVA 3MVZA 4H1XA 4RPOA 2I4BA 4KCDA 2XD2A 2O1LA 4ZEIA 3TCFA 1FQBA 2PBWA 3T9HB 3PPQA 3QIMA 4HW8A 4ZE9A 3EF7A 2H99A 5DVFA 3KOSA 4H8JA 3EHSA 1QW0A 5IAIA 4QSCA 3IO4A 5FHMA 1NH7A 1MXWA 3TTLA 1SW5A 4MFIA 3U1OA 3PUVE 1IUDA 2AL5A 1Y1MA 4EQ9A 1JW1A 3HCQA 3USDA 1I6AA 4TOZA 1N04A 1FQAA 1B7ZA 5I57B 4R6YA 4KFQA 1VE4A 5TPAB 1P1OA 1TWYA 1TFAA 1Y1ZA 2P0SA 3CSBA 1B4HA 1Y3QA 3FXRA 3FV2A 3UP9A 1RKMA 1MPDA 1Y4CA 3C34A 2RC7A 1XC1A 1FQCA 1PBPA 3QUFA 5I58A 3S9LC 1PC3A 2QPQA 5DEXA 2BJJX 4XKRA 4P0GA 5HBCA 4FAJA 3KJ7A 4NF6A 4IO6A 1LB8A 2REJA 3D4CA 4BDOA 2R9JA 3EPEA 2Y84A 1M5FA 3K1MA 4U1OA 4FORA 1A40A 1ZU0A 4WXJA 3PMVA 4L17A 5FHNA 1JEVA 1LFHA 3BFUA 2F8DA 1J1NA 4GIZA 4ELQA 1AIVA 3FVNA 4LZ7A 2YPNA 5BUUA 4F1YA 1Y3PA 5KCJA 4OZ9A 4DZ1A 2A5TA 1EZOA 1B3HA 3H06B 2Z8EA 2REGA 3R7XA 2Q89A 2GHAA 4IO4A 3H3GA 4KHZE 2HQ0A 3MAMA 3PU5A 5EHMA 2HZLA 4LATA 1B3LA 3U92A 2F97A 3VVEA 3Q25A 3I3VA 1OMPA 2Q88A 4G8MA 2GHBA 2DSFA 3LR1A 2P1SA 1LCTA 3MP1A 1DSNA 4C1UA 3TDJA 5AA4B 1LFIA 2THIA 1N7WA 4FATA 1ZTYA 2H25A 4ND9A 2HCAA 3E4RA 1MH3A 3OSRA 4QFLA 4LZ8A 4RY1A 4KI0E 1LAXA 4X1DA 3V83A 3MWBA 4X9TA 1EH3A 3M3LA 2ZXTA 1FQFA 1MPCA 2XXQA 1VFEA 1SDXA 2VD3A 1MPBA 1UTBA 1MY1A 2F7AA 5DYHA 4ZEDA 2DXYA 1B7UA 4ZEFA 4NMYA 2ONSA 2R6GE 1LAHE 4N6PA 3P7IA 3MBPA 1B2HA 4M1VA 4ZEKA 4H8IA 1TFDA 4QSEA 3I5OA 1ANFA 2Y7PA 4F3BA 3MPKA 3VDFA 3EHTA 1A8FA 5AA2A 3DP8A 2DVZA 5BWJA 4NWDA 3IL1B 3H6WA 1MQHA 3OEMA 1B0LA 5ITOA 4ZE8A 3LSXA 3KSJA 2ANJA 3KSXA 2FYIA 4EQ7A 2F35A 1MXVA 4FEDA 2I4CA 4OVJA 4U2RA 4Q30B 3IOVA 1Z7ME 1WDNA 2PVUA 3QYTA 1LCFA 4XTCQ 3UIFA 1B7HA 3Q26A 1US5A 3FIRA 2XXPA 3JV9A 4PFYA 4I9DA 4KQPA 2DE3A 3MUQA 3M3KA 4M4GA 2XHDA 1MY2A 2VOZA 4R75A 3PV0E 1EZ9A 1P1QA 1QUJA 1B3FA 2OZZA 3FGSA 5ICQA 5H8FB 5DTBA 2H4IA 2A5SA 1UTHA 4P11A 4P0IA 1USYE 2I3WA 2QSXA 1Q1KA 3SEYA 4NF8B 1MQJA 2ZNUA 4QRZA 1MG1A 3MVYA 1QKBA 4Q8RA 3MZ9A 2YJPA 4F2QA 4OETA 1LBBA 1MXYA 1Y9UA 4O3AA 1JEUA 4F19A 4U4XA 2Z23A 5I59A 3ZKKA 5HPQA 1JW4A 1N3XA 1H44A 3MZBA 3K1PA 3QAXA 5I56B 4R9FA 3MQ9A 3IB2A 5H8HA 4KYSA 3VE1B 2DE4A 5CRYA 4G4PA 3JYRA 4TLLB 1JVYA 4HS7A 1EU8A 3MVWA 3TQWA 3PMXA 5H8QA 1FTJA 3A3CA 4BDQA 4LUBA 2X7QA 4BLAA 2O84X 3K01A 1R9QA 3TFLA 4G68B 4FIMA 4PFTA 3C9HA 3SEVA 1Q35A 4O3BA 2Q9TA 1JETA 3JZJA 3HN0A 4MLQA 3VVFA 2QS2A 3C33A 3OOAA 3G3IA 3HHGA 4TLMB 2XXHA 4F39A 5AE4A 2DWHA 2F6PA 3TYHA 3TMGA 2VD2A 2OCUA 2V3QA 5JK4A 4RJZA 4GXAA 1OIBA 3LSWA 2F5XA 5CMMA 3L6GA 2O7IA 5EYFA 2Q2CA 3PPNA 1IXCA 4IGRA 3GBBA 3IAZA 4OXVA 1O7TA 4ZDMA 3THIA 1URGA 4JWYA 5JTYB 3S2VA 4GVOA 1M5EA 4PFWA 4ESXA 3CG1A 1IZ1A 1ZIUA 3ZS6A 1D4NA 2ALUA 5K2XA 3K6VA 1DOTA 2XX8A 2ZMBA 2DWIA 2F78A 1POY1 1SD3A 3B6TA 3CFLA 4WEDA 1BLFA 1MDQA 3EHUA 1XVYA 1A54A 2VP1A 1PEBA 4K3FA 4IO7A 4JWXA 2KLFA 5I2KA 1MM7A 1FTLA 4UACA 1MDP1 1OLCA 3PUZE 3HO7A 5ICTA 5FHOA 1LSTA 3M3FA 1DPPA 2ZNSA 5H8NB 3B6WA 3KN8A 1SBPA 4QFNA 2PMSA 2QL3A 1A8EA 3OSQA 1AL3A 3VXCA 3HSTA 2XX9A 1FTMA 3ZSFA 3PPOA 4IO2A 3UORA 3KZGA 1Y3NA 4RK2A 1H45A 3PPPA 4KR5A 2CMOA 3ILTB 4RYAA 3TTRA 1B1HA 3PPRA 4OWDA 3K00A 4RXLA 1R9LA 3HPIA 3RPWA 2I58A 2I0CA 4F31B 2RCAA 2ZYKA 1N0TA 2DE2A 4THIA 3MP8A 5I58B 2O68A 2DXRA 2P2AA 5DEXB 2UYEA 4LZ5A 4U23A 1DPEA 3MPLA 3W9WA 3KOTA 4G2ZA 1NL5A 4I8CA 1ZKBA 4YKJA 3EQ1A 2GRVA 4NF6B 3CFZA 1VR5A 2DVCA 1A99A 4YAHX 3I6VA 3V5AA 3VLWA 2XX7A 4GOTA 4LQ5A 4N07A 1JNFA 1UIUA 4ZEBA 4IB2A 4XKNA 1B05A 2OJTA 3MJNA 4WEPA 4R74A 1N84A 4C0RA 3IJXB 2QS1A 4MLVA 4DCXA 3KGCA 4DXUA 4YU0A 2D21A 3IR1A 4EUOA 5KCJB 3RQTA 2I0BA 2A5TB 3OENA 5B70A 3N5LA 4GL0A 1PBQA 1JVXA 1OVBA 4Z7EA 2O69A 2QRYA 4H67A 4POXA 3O28A 1OLAA 5A5XA 4HTGA 4F3SA 5I84A 4H5GA 1O63A 1B1XA 1VFDA 4IO3A 3T22A 3K1NA 3FJ7A 3N6UA 2V93A 4ZECA 2D5WA 1FW0A 1POTA 1ATGA 1IXGA 3G7WA 4OQOA 3QUJA 3FXUA 3TCHA 1USYH 2O1MA 1US4A 2DWAA 1IEJA 1PB7A 2G29A 2HZKA 2DWJA 2Q8JA 3RTFB 1SI0A 3TTNA 2GH9A 4LP2B 4NF4A 1FTKA 3IORA 2I3VA 2DS9A 2ABHA 1FCKA 3TODA 3WAEA 1UTBB 1P1UA 1SW2A 2XXRA 3RTWB 3GLBA 4Z0IA 4O3CA 3H6TA 3E3KA 4PQJA 1B0HA 3TZAA 5TP9A 5FTHA 4R72A 4POWA 3QXMA 4H65A 5L9MA 1SW1A 5AA1A 5KDTA 3N6TA 2I48A 5AA2B 1BTJA 2NOOA 2AIXA 2HAUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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