2F7AA

Benm effector binding domain with its effector, cis,cis-muconate
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
228
structure length
228
Chain Sequence
RIASVEKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPNWLEHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Distinct Effector-binding Sites Enable Synergistic Transcriptional Activation by BenM, a LysR-type Regulator.
pubmed doi rcsb
molecule tags Gene regulation
source organism Acinetobacter baylyi
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
total genus 71
structure length 228
sequence length 228
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f7aA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f7aA02
4MH5A 1B7ZA 1M5BA 3FD3A 3TUSA 1QKBA 3M3KA 1SI1A 1H3DA 3EHSA 1JEUA 3G7WA 3JZJA 2F7AA 5K2XA 5ELVA 3C4MA 4F1YA 4O3BA 5KCJB 2OCUA 4XKNA 1QVSA 1S50A 1IZ1A 4GLIA 3USDA 4FJPA 1ELJA 1QUKA 2D5WA 3O6HA 4LZ8A 5DEXA 2AYSA 4EQ7A 3PMWA 4BDOA 4MLVA 4PQJA 1WODA 3MZ1A 1RYOA 4FEDA 3K6UA 1SW4A 3IL1B 1LSTA 1SW5A 5HPQA 1B6HA 2DVZA 3CI8A 1LCTA 3QYTA 1J1NA 1B0LA 1YPNA 2OZZA 1IXGA 1B51A 3M3LA 4QRZA 1B3HA 1Y4CA 5DVIA 3L6GA 5I56A 1DTZA 1MXUA 4KYEA 4KD5A 4G68A 1Y3QA 2AIXA 2XD3A 2RCAA 1XOCA 5FTHA 3TCHA 1SVXB 3OELA 3GLBA 3ILTB 3OSRA 1USYH 4XXUA 3E13X 5H8QA 3G3KA 4DZ1A 3E4RA 5KCJA 1EZOA 3UP9A 1N3WA 1MH3A 4R2BA 3FJGA 5ICQA 4IGRA 2AL5A 3KJTA 4U1ZA 2PT1A 2PMSA 2Q8JA 1I6BA 2OWTA 5IKBA 1POY1 1N7WA 5I58B 3ECRA 1P1WA 3KGCA 3VLVA 5IAIA 4I8CA 2F8DA 2IEEA 1O7TA 1GVCA 3OXNA 1OMPA 3T96B 1Y3NA 3QIMA 3OO9A 1QUJA 3HO7A 4Z7EA 4DDDA 4OESA 1A8EA 2ABHA 2QJEA 4GD5A 2PYYA 3BBRA 4RJZA 3GBBA 4OXVA 4EQBA 4ZEIA 2GHAA 2DWIA 1EZPA 4ZEDA 2ONSA 4PETA 3ILUB 2DP8A 3VDFA 2ZMBA 3SEVA 2UVIA 1Z7ME 3O97A 3L6HA 3V8XB 2VD3A 4OHNA 3LSFB 2V93A 4KPTA 1SBPA 4YU0A 4ND9A 1LB8A 2VHAA 3SESA 2G93A 2QRYA 1OIBA 3FJ7A 1TFDA 5I58A 3MPLA 3U72A 4C0RA 2H9BA 4F22A 5KZTA 2D21A 5L9OA 2RINA 4X1DA 3G3FA 4QFOA 3RT6B 3CG1A 4F3GA 1LFGA 4RNSA 1DMBA 4ESWA 2REJA 3K1PA 1N84A 4ESXA 1NNTA 2DYXA 1B2HA 4OTEA 3GBAA 5EYFA 4GFRA 1LAGE 4FEBA 3TELA 3VXCA 5JK4A 1ZBMA 3V89B 4R6YA 4X9TA 5J1DA 2ZYNA 4IO2A 3W9VA 4ZS9A 1Q35A 2R9JA 1B4HA 4EQ9A 3RNNA 3MW0A 1USYE 4F1UA 3OENA 1XT8A 1US5A 1LAXA 3RT8A 3G3HA 2F7CA 3K4UA 4QFNA 4ELQA 4JSOA 2Y84A 3TZAA 3RY3A 3VV5A 4I1DA 5JTYB 2PT2A 5FHOA 4N6PA 5CI5A 3V5AA 3A09A 1Q1KA 1LB9A 1UQWA 2PVUA 4I62A 1FQFA 5TU0A 3MWBA 4XKQA 2ALUA 1XHYA 5CBSA 2IA4A 3IR1A 4H0WA 1RKMA 3N5LA 3OO7A 4OZ9A 3TMGA 2Y7RA 2H25A 2H4IA 5I2KB 1URSA 2VP1A 4R73A 4UACA 3SEXA 3MVYA 4F39A 3M8UA 4NTLA 3MP6A 1P1OA 2OLBA 2F6PA 4BDMA 4MFIA 1MY3A 1O64A 3KN8A 4NF6B 3H6WA 5ISUA 3AXFA 4RPNA 5AE4A 2ANJA 1CE2A 3IAZA 3VLUA 4NF5B 1EU8A 2F36A 4G8MA 4GVOA 4HTGA 1FTKA 3MUQA 1DTGA 2XXRA 4ZEKA 4BLAA 3RPWA 2YJPA 2QMXA 2PBWA 3B6TA 3S9NC 4IO3A 3DM0A 4KCCA 3O66A 3SEUA 4R6HA 3KG2A 2H98A 2ZNUA 1UIVA 1SDXA 1LAFE 4LVQA 2VD2A 2XXHA 2RCBA 2DOJA 3VVFA 3RUMA 2Z8DA 4H65A 4IY6A 3TCFA 1B3LA 5TPAB 4ZEBA 1NMUA 4LZ7A 4M1VA 2F5XA 2HZLA 4OENA 2HAVA 4JBZA 4UA8A 3PUZE 3FV1A 1QUIA 3FXUA 3ZSFA 4YB7A 5I2KA 4U21A 1VFEA 3IB1A 1A54A 3MC2A 2PX1A 1JETA 2XX7A 3MVZA 3E3KA 1P1UA 1MXXA 3EQ1A 3CG3A 4F3BA 2OK2A 5I59A 4K3FA 4NF6A 3W9WA 4DXCA 3OEKA 1JNFA 3C31A 4P11A 4ZZAA 4NF5A 2I58A 3T9HB 2P1SA 1MPBA 1LBCA 5FTIA 4POXA 3KSJA 2R6GE 3MPKA 2UXAA 5H8SA 3S9MC 4QSDA 1UTBA 5JEIA 5H8HB 5HM4B 4FORA 4OERA 3QUJA 4RPOA 1B32A 3O28A 5DT6A 4H5FA 2DQVA 3B6QA 1MPCA 2QPQA 1H44A 4G77A 4TLMB 4YMBA 4ZZEA 3KFMA 3K1MA 1B5IA 1LFHA 3VXBA 3HPIA 3KJ7A 1MXZA 4R2FA 5CMBA 4EDPA 1AL3A 4F31B 1M5DA 4JWYA 2YLNA 4KFQA 2QSXA 5L8DA 1M5FA 4DLDA 3KN3A 1IXHA 4O3AA 3R7XA 4PE5B 1I69A 3K2DA 2M8CA 1MS7A 3PUYE 3TFLA 4LZ5A 1YTVA 4Q8RA 3U93A 3H6UA 4RY1A 3U94A 2RC9A 4IB2A 2GHBA 2OJTA 1B3GA 1QW0A 3C34A 3IO4A 4YKJA 3CSBA 3SDFA 2UYFA 1D9VA 2NVUB 2I4CA 2X7PA 1LAHE 4H67A 1MY2A 2XD2A 3CVGA 1P1NA 5H8HA 3G3JA 5FHNA 5FHMA 4C1TA 4LATA 1HSLA 5F1QA 1FW0A 4F3SA 2HQ0A 4NF8B 2Q2AA 2DWJA 1IXIA 1BP5A 4DCYA 1ANFA 2YPNA 1FQAA 3Q28A 4E0WA 1M5CA 5LOMA 5DVJA 3KBRA 3ONMA 1B0HA 4MBPA 4P0IA 1JVYA 4G8HA 1A40A 3S4UA 1LGBC 1DPPA 2V3UA 1I6QA 3G3IA 2F78A 4H6DA 1LBBA 2V3QA 5B70A 2A5TB 4OYVA 3RQTA 3ZKKA 2Y7KA 1VE4A 2XXVA 1IIWA 1GGGA 1IXCA 3OMBA 1NNPA 3S9EA 2I6EA 1A8FA 2VOZA 2O1LA 4QFLA 2NWJA 3SKPA 4LQ2A 1SI0A 2F34A 4FECA 1ZMGA 1QKAA 4OFOA 3SERA 3VVEA 2XHDA 1GV8A 1JW4A 2XXWA 3TTKA 4GXSB 3DP4A 2O51A 1FTOA 3PUXE 1I6AA 1MDP1 2Z22A 4NF8A 3H4ZA 3K6WA 3QK6A 1L5TA 2ZNTA 1QULA 2B3BA 3SETA 4OMBA 2D3IA 3FATA 2X26A 1SW1A 3FXQA 2E0SA 2GH9A 2O1MA 3OO8A 2HXWA 3FGSA 4F2QA 4ZECA 4O3CA 2OWSA 1B52A 4JB7A 2F6GA 2O6AA 3IJOB 4PFUA 3LSWA 1POTA 3VE1B 1FQDA 5I84A 1OQHA 3H3GA 1B7UA 5CC2A 1SD3A 4OEVA 3KEIA 5ICTA 4HCYA 2DXRA 4THIA 2DVCA 3QXMA 1S7YA 2UVHA 3KOTA 2RKMA 3TPAA 1IEJA 3G3GA 3UGWA 4PP0A 3FVOA 2I3WA 1MY1A 1MQDA 4HS7A 4HCWA 5M2VA 1NH8A 2ZYOA 2HZKA 4OQOA 4DE8A 5I2NB 4RK2A 4C1UA 2DWAA 3T93B 3T9VA 4NF4B 4F2OA 1WVJA 2Q89A 2Z23A 4NWDA 3H7MA 3TDJA 4KQPA 4ELOA 1OVTA 3K02A 1NNFA 2UVJA 2W7YA 3O6GA 2Q9TA 1BIYA 3FASA 1P1QA 4X48A 4GWOA 2I0CA 2QS4A 4YMAA 1NH7A 1B3FA 3OSQA 2R71A 1BLFA 4YKKA 3PGFA 4QSEA 4KI0E 4EXKA 3PPRA 3EF7A 4YB5A 3LUYA 3HHFA 1AIVA 5AA2D 1LCFA 3DELB 2CZLA 3ODBA 3RTFB 1TFAA 5L9MA 3HHGA 4I9DA 4F3PA 4BDRA 5AA4B 3TQLA 4JDFA 3K6VA 1D4NA 4POWA 1N7XA 4YB6A 3ZKLA 1IITA 3JV9A 3T9UA 3HCQA 2Z8FA 1T0KA 4R9GA 1MQGA 3QAXA 4Z0IA 1XC1A 4WEPA 1H76A 3B7DA 1JEVA 1D9YA 2I3VA 3PD9A 1MY4A 5H8FB 3MP1A 4YKIA 3LSLA 4NF4A 5A5XB 2X7QA 5JTYA 3K6XA 4ONYA 3MVWA 1VR5A 5EHMA 4XKPA 4KYDA 4AB6A 3TTRA 2QL3A 1B5JA 2Y7WA 2HAUA 3U92A 1ZLQA 4IY5A 2DE4A 3FVGA 4IO7A 1M5EA 4BDNA 3RGYA 3VFJA 3EHUA 1SW2A 5CRYA 2LAOA 3PMXA 2XX8A 3Q27A 3U1OA 4G4PA 3PUVE 4EXLA 1RYXA 3K1NA 4QF9A 3WAFA 2F97A 4XIGQ 2BJJX 4G68C 5DEXB 1YCJA 1MXWA 1ZIUA 5AA4A 3PPQA 1FTMA 2F7BA 5ITPA 2UVGA 3PMVA 3Q26A 1ZU0A 2V25A 2QMWA 1BTJA 1FTJA 2XXPA 3H6TA 1OLCA 1FQBA 1PBPA 2UYEA 3IOTA 5CBRA 1Z7NE 2F35A 3WAEA 4EF2A 3D4CA 5I56B 1II5A 5H8FA 1WDNA 5BUUA 3IB2A 2Q88A 4ZDMA 5A5XA 3LR1A 3HV1A 2DXYA 5DYHA 2Z8EA 1MY0A 1A99A 3IJXB 5TPAA 4M4GA 2I48A 1UTHB 4LP2B 4R75A 1B1XA 1R9QA 1R6ZA 2QS3A 4IGTA 5H8QB 1MM6A 4DIGA 2WKYA 3TTMA 4EF1A 4LQ5A 4OVJA 1BKAA 5CM6A 3A3CA 3I6VA 4QFPA 2FA7A 3TAJA 1MQIA 2I49A 1DPEA 2Q2CA 4GOTA 3IOUA 3Q25A 4N07A 2CMOA 1NNKA 1MQJA 1B9JA 1N76A 1VFDA 1A7LA 4LA9A 5TP9B 4QHQA 1AH5A 3PUWE 3PPOA 1XVXA 2Y7IA 4OEUA 4LUBA 4FE8A 3RTWB 3K0VA 4GL8A 3H03A 1MG1A 5K2YA 3VLWA 1MQHA 3P7IA 1ZKBA 3FUZA 4PFTA 3BFUA 3KSXA 4BDQA 5CMCA 4XTCQ 4PFWA 1FQEA 5L9SA 3O9PA 3MVXA 3UA8A 3MZBA 3T9XB 4ZEFA 2P0SA 4AQ4A 3PV0E 1B7HA 2I0BA 3THIA 3SEWA 3PPPA 2XXXA 4KHZE 4F18A 1IQ7A 2KLFA 3UIFA 1UTHA 3DP8A 4JWOA 3IX1A 2ZNSA 4G2ZA 4L17A 4X1BA 3HSTA 3TTLA 1TT1A 3N26A 1B1HA 2ONKE 1OLAA 2RC8A 1PB7A 3W15C 1ZJLA 4NE4A 3JYRA 1LLSA 4ISUA 1PDAA 4H8IA 3I3VA 3KZGA 4RK9A 4TLLB 3R26A 3TQWA 2QS1A 5TP9A 1EZ9A 3GZGA 3FVKA 3DP6A 4NMYA 2O68A 1S9TA 1US4A 3PD8A 1N3XA 2H5YA 1VSOA 3RN8A 3H06B 2O84X 1EH3A 1B5HA 2H99A 2FNCA 3CIJA 1UIUA 3C33A 4JXIA 3T66A 1Y4TA 3F11A 3B6WA 2O7IA 4JSDA 4KYSA 2NOOA 1P99A 1D3KA 3MP8A 1N04A 4YZZA 3N6UA 2DE2A 4FAJA 2FYIA 3UK4A 2A5SA 2ZXTA 2NUVA 1MPDA 4TOZA 1IUDA 3BKIB 1O63A 5KDTB 3U8QA 3TTNA 3MAMA 3I5OA 4BDLA 3FVNA 3QUFA 1PC3A 3C35A 3LC8A 4JWXA 4U2RA 1PB8A 4U4XA 4F1VA 2ZYMA 1URDA 1R1NA 1B46A 3IK6B 5B7DA 2RC7A 3FXRA 3N94A 5CMMA 3QSLA 2A5TA 3E9XA 4YICA 3O29A 3K00A 1PEBA 4ZE8A 2XXQA 2XXTA 5DVFA 1MXVA 4GXAA 2HFBA 1B05A 3S9LC 2ESNA 4IO5A 4AB5A 3IOWA 4F19A 1MH4A 3CR9A 4FIMA 4ZE9A 4RXLA 1TXFA 1MXYA 4NEDA 4ELRA 4Q0CA 3CSGA 3TKDA 3OOAA 3IO6A 3LBSA 1JVXA 5H8NB 3KOSA 5DTBA 3S2VA 2O7UA 3IOVA 3H6VA 4ECFA 2HCAA 2P2AA 2GFEA 3C36A 3C32A 2DWHA 1NFTA 4IO4A 5KDTA 1B3EA 3KN7A 1MM7A 5ITOA 2ONRA 2G29A 1URGA 3EHTA 1ATGA 3CFLA 3FIRA 3IORA 2HEUA 2REGA 1YAEA 1LFIA 4QSCA 1SQYA 3FV2A 1N0TA 1JW1A 4QFKA 1B4ZA 1HSJA 4GRKA 4H8JA 4U4SA 4WEDA 3M3FA 3TODA 1FCKA 4LONB 5AA2B 1GR2A 1DSNA 1Y1ZA 1AOVA 3SEYA 3MJNA 2E1SA 1OVBA 3R6UA 3PPNA 4MF3A 2THIA 4RA1A 2I4BA 4KCDA 3D4GA 4WXJA 3UN6A 4PFYA 1QJMA 4R72A 1NL5A 2DSFA 4OETA 4GIZA 5I59B 3Q29A 5AA3A 2XX9A 4WKMA 4FATA 4G8NA 1Y1MA 1GTKA 3C9HA 3A3UA 3MQ9A 3T22A 5I2NA 2VGQA 3FJMA 2GRVA 1H45A 1Y20A 4DCXA 5H8NA 1ZTYA 3O6IA 3TCGA 4Q30B 1A55A 3CFZA 3IB0A 4H5GA 5I57B 4ELPA 3V83A 3RLFE 4N13A 5BWJA 1UTBB 4RYAA 2NXOA 4OFLA 3OEMA 1TWYA 1MRPA 5F7VA 4R74A 2ZYKA 3MZ9A 4NWCA 4Q5TA 2OBGA 4MLQA 1SYIA 4IO6A 3GXAA 3CRBA 4E0XA 1NKXA 4GL0A 4U22A 4P0GA 4GQOA 2Y7PA 1KWHA 3K01A 3CFXA 2XXYA 1CB6A 3FZVA 2DS9A 3UORA 1PB9A 1B40A 2QS2A 4XKRA 1DOTA 1R9LA 1F9BA 5AA2A 4OFJA 1PBQA 3OO6A 2B65A 1SYHA 1HSEA 1OQGA 3LSXA 3EN3A 1AMFA 4H1XA 1XVYA 1JQFA 2XXIA 3BFTA 2B3FA 1XS5A 3MBPA 4HW8A 4TQUQ 1Y3PA 1B58A 2V84A 1MDQA 4F29A 4GF8A 3PU5A 2XXUA 4EUOA 3DLNA 3N6TA 4U1OA 5HBCA 2O69A 2V3TA 3EPEA 3TYHA 1FTLA 3OD7A 4U23A 3TEPA 2AL4A 4YKPA 4OWDA 5AA1A 4G68B 2RF1A 1JW5A 4R9FA 3ZS6A 4KR5A 3O2AA 4YAHX 4DXBA 5I57A 1H43A 5CMKA 1FQCA 4DXUA 1Y9UA 5EHSA 4R6KA 2DE3A 3VVDA 3HN0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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