2F7CA

Catm effector binding domain with its effector cis,cis-muconate
Total Genus 61
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
61
sequence length
216
structure length
216
Chain Sequence
SQTLRIGYVSSLLYGLLPEIIYLFRQQNPEIHIELIECGTKDQINALKQGKIDLGFGRLKITDPAIRRIVLHKEQLKLAIHKHHHPNQFAATGVHLSQIIDEPMLLYPVSQKPNFATFIQSLFTELGLVPSKLTEIREIQLALGLVAAGEGVCIVPASAMDIGVKNLLYIPILDDDAYSPISLAVRNMDHSNYIPKILACVQEVFATHHIRPLIES
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Distinct Effector-binding Sites Enable Synergistic Transcriptional Activation by BenM, a LysR-type Regulator.
pubmed doi rcsb
molecule tags Gene regulation
source organism Acinetobacter baylyi
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator catM
total genus 61
structure length 216
sequence length 216
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f7cA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f7cA02
4QSCA 1B1HA 1UTBB 4WXJA 2HAUA 3H6WA 1M5EA 5DEXB 5AA3A 2YLNA 2I58A 1ATGA 3PD9A 3G3FA 4BDQA 5CM6A 1M5DA 2H99A 4NWDA 2Y84A 2F8DA 2QSXA 3CR9A 1Z7ME 3IOVA 3MPKA 2X26A 1EZOA 2DOJA 3QSLA 4YAHX 1SI1A 5FHMA 1TT1A 2DVZA 4E0XA 3KJTA 5CI5A 2O51A 4Q8RA 3ECRA 3P7IA 4G68C 3LC8A 1LAXA 4R9FA 3S9EA 3M3KA 5DYHA 1ZJLA 1B3GA 5ELVA 5TU0A 4F18A 3KOSA 3EQ1A 1POY1 3PUVE 4QFLA 3PPNA 2Q89A 3TAJA 1AMFA 4ZEDA 1LBCA 2QMXA 3FVKA 3G3JA 3A3CA 3MVZA 2F35A 1BKAA 5F7VA 2REJA 5DT6A 2REGA 2Y7KA 4HCYA 1URGA 3GXAA 4O3CA 1HSEA 4QFKA 5L9OA 2I4BA 1JW1A 4PETA 4BDNA 5A5XB 4THIA 3PMVA 1XC1A 1MPDA 4U4SA 3CIJA 3OELA 5CMCA 3T9XB 4IY5A 4BDOA 4PFTA 4M4GA 5I2KB 4F31B 1LFHA 2DVCA 1DPPA 1VSOA 3CSGA 4R6HA 1IZ1A 1SYIA 3SEWA 3S9LC 3EPEA 4GQOA 3QIMA 1S50A 1Y4CA 4AQ4A 3PGFA 4GWOA 3KSJA 3TTNA 4N6PA 3CFXA 1UQWA 2OWSA 5I57B 2XXTA 3THIA 2GRVA 2R6GE 4OMBA 1USYH 5KCJA 3EF7A 4R75A 2Z8FA 1YCJA 3K6XA 2HAVA 4EXKA 3OO6A 4RXLA 5TP9B 2F34A 1OVTA 1ANFA 1H3DA 4U23A 3IL1B 3TEPA 2ZYOA 3K1PA 2Z23A 3U1OA 3C36A 2XXRA 3N26A 1B46A 1NNKA 1PB8A 3E13X 5ISUA 3MW0A 4Q30B 1ZMGA 3E4RA 4QF9A 1GV8A 3T96B 4C1TA 4JSOA 1MQIA 4U21A 4U1ZA 1B32A 2R71A 4ELPA 2H9BA 3O2AA 3FJGA 1SI0A 2P2AA 3LSLA 3FVNA 2OBGA 3T9HB 4BLAA 4IO5A 3K2DA 3PV0E 1HSJA 1IIWA 4QSEA 4G8HA 1FW0A 1UTHB 1MY1A 4FATA 4OENA 1B1XA 1H45A 1WVJA 1MY2A 2NOOA 1QKAA 2XX8A 3CFZA 4R2FA 3GBBA 1J1NA 2RC8A 2H4IA 2UYEA 1B9JA 1Z7NE 4ZEIA 5ICTA 1LB8A 3UGWA 3PUWE 2I3VA 4OVJA 1IXCA 2PYYA 2DWHA 1TXFA 2VP1A 3G3KA 1LB9A 1JEUA 3BKIB 2RC9A 2XD3A 4IO6A 2ZMBA 3RN8A 1NH8A 2D3IA 4RYAA 3VV5A 3V5AA 3LR1A 1A7LA 2F7BA 1N3XA 1VFDA 3IB0A 1FCKA 3Q28A 4YICA 1MXZA 2ZNTA 3KN7A 2NXOA 2FYIA 4DDDA 5AA2B 4LQ2A 4GL0A 5FTIA 4EF2A 3OXNA 4F2QA 4RK2A 1H43A 4NF8B 3OMBA 1IQ7A 3K1NA 4QSDA 4H65A 4OWDA 1PB9A 5AE4A 5AA4A 4NTLA 4GVOA 4IO4A 2X7PA 1BIYA 3FASA 2HXWA 3CVGA 4JXIA 5HM4B 5DVIA 4ONYA 4ECFA 4ESXA 1NFTA 1DMBA 2CMOA 4KHZE 2HZLA 3JZJA 3R26A 5H8HA 1A40A 1I6BA 2QS2A 3PPOA 4XTCQ 3D4CA 4KYSA 2B3FA 4KI0E 3MZBA 4TLLB 2HZKA 4KCDA 3Q25A 4KR5A 4RA1A 1JW5A 5AA1A 4XXUA 2GH9A 3DELB 5J1DA 1TWYA 2O1LA 3K6VA 3PPQA 5I2NA 3K02A 1LCTA 3FJ7A 1N7WA 1Q1KA 1B3HA 3SETA 1DTGA 4MH5A 1P1QA 3L6HA 4ELRA 1FQDA 3C32A 2XHDA 1MY3A 4PFWA 1RKMA 2ANJA 3A3UA 1BLFA 2O7UA 4N13A 2V93A 4RY1A 1B5IA 2M8CA 2P0SA 4KPTA 4EQBA 4G8MA 4R74A 3ILTB 3T9UA 2Q2AA 4Z0IA 4G68A 1A8EA 2RCAA 1FTMA 3C9HA 3QYTA 4G2ZA 3FVOA 4OFLA 1XVYA 2XD2A 4FJPA 4H67A 1R1NA 3HPIA 5KZTA 3VVDA 4UACA 3TYHA 5CRYA 1HSLA 5TPAA 3SERA 3TUSA 4IO3A 1FQFA 4GFRA 3IO6A 3LUYA 4R9GA 3O28A 3SEVA 3EHTA 1WDNA 2R9JA 3VVFA 5I58B 1VFEA 2DQVA 1LAGE 4RPNA 2F6GA 4JBZA 1UTBA 3OENA 1B40A 3PUZE 2O6AA 4JWYA 4OFOA 2DWAA 1VR5A 5I56B 1B0LA 1UIUA 3PD8A 4KFQA 4IO7A 1US5A 2UXAA 2I6EA 1OIBA 1US4A 2PMSA 3RTFB 3T66A 5H8NB 1OLCA 3TELA 4GLIA 3TTMA 1Y3PA 4RNSA 4ZZEA 4EUOA 4F3BA 2QJEA 1ZTYA 2F5XA 5M2VA 4OEVA 4I62A 3H7MA 1MDP1 4GXAA 2E0SA 1R9QA 4KCCA 1ZLQA 3IB2A 3MUQA 4TLMB 3H6UA 3V83A 1JW4A 2O68A 1YTVA 3WAFA 1PB7A 2DS9A 1FQCA 1SW2A 3H4ZA 1MG1A 2E1SA 3TCHA 1F9BA 5H8QB 4GOTA 1FQAA 2V84A 3IO4A 4KQPA 3ILUB 3FXRA 1MH3A 4U1OA 5LOMA 3GLBA 4EXLA 3PMWA 5CMMA 4NF4A 2I0BA 1B6HA 5K2YA 3MBPA 4OETA 4HTGA 2Z8DA 3VLUA 2ZNUA 3TCGA 3CSBA 3W15C 2XXXA 3OSQA 3MP8A 3BFTA 4PFYA 1PDAA 3KSXA 1N76A 3C4MA 2V25A 1MXVA 1NNFA 3FVGA 1MM7A 4ESWA 3K6UA 3K4UA 5EHMA 3M8UA 4OHNA 2DWIA 5H8FB 3G3GA 2O1MA 4IGTA 4YKKA 4TOZA 3W9VA 5I57A 2XXUA 3KEIA 2XXHA 5I59A 1SDXA 3CI8A 2F36A 1FTKA 2RF1A 4M1VA 3WAEA 2Q88A 4EDPA 2H98A 3VVEA 3VXCA 1GVCA 3IOWA 4NEDA 1OQGA 4QFOA 4KYDA 4IGRA 3H03A 4PP0A 3CG3A 1B0HA 4L17A 3D4GA 2Q8JA 4RK9A 1B05A 2RCBA 4ELQA 4YB6A 1II5A 3U93A 1H76A 2W7YA 3JYRA 2ONRA 2DXYA 1T0KA 5ICQA 1DTZA 3LSFB 4ISUA 1GR2A 4P0IA 4ND9A 3SEXA 4F1YA 4F2OA 3FJMA 3EHUA 4DXBA 1YAEA 5JEIA 2Y7RA 1QW0A 3TTKA 3B6TA 2B3BA 2I0CA 3O97A 1MQHA 1LFIA 3MZ9A 1FQEA 1A99A 1MXWA 3T9VA 3FUZA 4DCYA 4NF5A 1UTHA 2O69A 3MP6A 1B3LA 1GTKA 3PPRA 2IA4A 4H1XA 3TCFA 4U22A 4DXCA 1PEBA 4F29A 4O3AA 2UVIA 3LSWA 1SW4A 1QUJA 5I84A 1B4ZA 2ZXTA 1JNFA 4QFNA 2HFBA 3H06B 3M3FA 4JSDA 3ZSFA 5IKBA 3TFLA 1XVXA 3B6WA 3HN0A 3N5LA 4R6YA 4YB5A 1SW1A 3KBRA 1XOCA 3U72A 3SDFA 3OOAA 1NNPA 2I48A 3KFMA 4P11A 1LCFA 2XXPA 1YPNA 3HCQA 1SVXB 3GBAA 4H5FA 4H6DA 4JB7A 5AA2A 2F6PA 3E3KA 4TQUQ 4WEPA 1IXIA 4X48A 1A8FA 1URDA 4FE8A 1IITA 2DE3A 2OK2A 3IOTA 4HS7A 1MRPA 4WEDA 1EU8A 4F3GA 3MWBA 1EZ9A 3ODBA 1FQBA 1SBPA 2CZLA 4XKNA 4Q0CA 1VE4A 4GXSB 3DLNA 3M3LA 2DP8A 4BDMA 4ELOA 1L5TA 3RY3A 2HEUA 2ONKE 3HSTA 3K00A 4F39A 4GD5A 1Y1MA 2QMWA 1SQYA 3F11A 4X9TA 5DTBA 4U4XA 3I3VA 1FTLA 3EHSA 3T93B 3KJ7A 1I6AA 4YU0A 4N07A 2DWJA 2VD2A 1P99A 4MF3A 2X7QA 3W9WA 1EH3A 2D21A 2GHBA 4FECA 2Q2CA 1URSA 4E0WA 3USDA 3MPLA 4FEBA 3KOTA 2D5WA 1Q35A 3T22A 1AL3A 4EF1A 4NF6A 3ZKLA 4MLQA 1NMUA 4XKRA 3K6WA 3OEMA 1EZPA 4BDLA 3ZKKA 3MJNA 3QUFA 4HCWA 4H8IA 3TKDA 3O6IA 3SEUA 3LBSA 4I9DA 3HO7A 3GZGA 3FIRA 5AA4B 1POTA 3TODA 4FAJA 1AIVA 2Y7WA 2OWTA 3IB1A 3V8XB 1R6ZA 2UVHA 3ONMA 3B7DA 2DE4A 3IJXB 5L8DA 2I4CA 1SW5A 1D3KA 5F1QA 3TTRA 5I58A 3OSRA 1QUKA 2AL5A 3KG2A 2A5TB 1N84A 3CRBA 4R6KA 3MAMA 2F7AA 2Q9TA 1JVXA 4DLDA 3TPAA 5JTYA 3UA8A 1JVYA 5CMBA 5I56A 4OQOA 2OCUA 2LAOA 4Q5TA 1JQFA 3FD3A 5BUUA 4F22A 5K2XA 3H6TA 4P0GA 3K01A 4LZ8A 3Q26A 3K0VA 2OZZA 1PBPA 2QPQA 2XXYA 1FTOA 4ZDMA 4NMYA 4RJZA 4R73A 2UVGA 5IAIA 3FZVA 4XKPA 5DVJA 5AA2D 1Y3NA 3IK6B 1S9TA 3UIFA 5DEXA 1D9YA 3U8QA 1N04A 3CG1A 1B58A 3H3GA 3UK4A 3N6UA 1MQJA 3EN3A 3FV1A 4I1DA 3FV2A 3O6HA 2RC7A 2DE2A 1B5HA 1MDQA 1IEJA 2V3TA 2XX9A 4R72A 5H8QA 1DOTA 2F7CA 2I49A 5FHOA 3MC2A 1B7HA 2PVUA 1NH7A 4IY6A 1AOVA 3K1MA 4DCXA 4O3BA 4OERA 5B7DA 5KDTB 3G3HA 3RT6B 3MP1A 2BJJX 3OD7A 1JEVA 3O9PA 3RUMA 1MY4A 2GFEA 2Z22A 4LVQA 4YKJA 3I6VA 3R7XA 4DXUA 2PT2A 2NVUB 2HCAA 1LAFE 1B2HA 1MM6A 1B4HA 1SD3A 5H8FA 5A5XA 3IX1A 4AB6A 4FEDA 1LSTA 3FATA 1MXUA 4LUBA 2G93A 2V3UA 1I6QA 3B6QA 1A55A 5I2KA 3TZAA 4GL8A 1M5BA 2G29A 4XKQA 3U94A 1KWHA 4MLVA 1H44A 2P1SA 4IO2A 4NE4A 1AH5A 3FXQA 1GGGA 1O64A 1Y20A 4ZEFA 1Y4TA 2KLFA 2OLBA 2F78A 3C33A 1QULA 2XXVA 1B52A 4PE5B 1NL5A 4KD5A 4QHQA 1OMPA 1BP5A 4NF4B 4OXVA 1LFGA 2FNCA 1QKBA 3PUYE 4C0RA 1CE2A 1P1UA 3ZS6A 5TP9A 4DZ1A 3Q29A 2UYFA 1RYXA 5EYFA 3BBRA 4Z7EA 2ZYMA 1S7YA 3G7WA 3IR1A 2GHAA 2YJPA 2UVJA 4QFPA 1NKXA 4PFUA 4YB7A 1Y1ZA 1B5JA 3KN8A 3E9XA 3MVWA 1MH4A 4EQ7A 4OFJA 4YMAA 3HHGA 4YMBA 3C34A 1MXYA 3SKPA 4OEUA 2QRYA 3RTWB 4QRZA 4PQJA 5I59B 3TQWA 2Y7IA 1R9LA 3OO7A 3RNNA 2XXIA 4G8NA 3DP6A 1XHYA 4F1VA 4YKPA 1CB6A 5EHSA 4UA8A 1LBBA 3VLVA 2THIA 2A5SA 2RINA 3MZ1A 3H6VA 2ONSA 1A54A 2WKYA 4AB5A 4KYEA 3VDFA 4NWCA 2B65A 2ZYKA 1D4NA 2HQ0A 5KCJB 1SYHA 4EQ9A 1OVBA 1USYE 5ITPA 5HPQA 1OQHA 3LSXA 3BFUA 3O6GA 2VOZA 4FIMA 1ZBMA 3C35A 2ABHA 4H8JA 3DP4A 1DSNA 4LP2B 3RLFE 3IAZA 3HV1A 1PBQA 1O63A 3TMGA 3RGYA 5CMKA 3DM0A 4ZZAA 3QAXA 1Y3QA 3G3IA 2OJTA 4LZ7A 4R2BA 4ZEBA 4NF5B 3IORA 4JDFA 3VXBA 1QUIA 1D9VA 2ZYNA 3S9NC 4GRKA 3S4UA 1NNTA 2VGQA 4OESA 4LATA 1ZKBA 4JWXA 4NF8A 4LA9A 1O7TA 2DSFA 5DVFA 4H5GA 2XX7A 4G77A 5HBCA 1M5FA 2VD3A 2VHAA 3MVYA 1ZIUA 4YKIA 1LAHE 3KGCA 1B51A 4ZS9A 3A09A 4F1UA 3O66A 1WODA 5FHNA 3FGSA 3S2VA 3JV9A 3IJOB 1MXXA 1BTJA 3MVXA 2ZNSA 4ZECA 3KZGA 5ITOA 2ALUA 1Y9UA 4DIGA 3SEYA 4H0WA 1FTJA 1N0TA 2DXRA 3TQLA 2NWJA 1B7UA 4XIGQ 2F97A 3UN6A 1MQGA 3V89B 4HW8A 1QVSA 4U2RA 3OO9A 2Y7PA 4OYVA 4RPOA 1I69A 3PPPA 2NUVA 2H5YA 2AYSA 3SESA 1IXHA 2DYXA 1UIVA 4BDRA 1MPBA 4OTEA 1MY0A 3QXMA 4JWOA 3OO8A 3UORA 1PC3A 1P1NA 3S9MC 2PX1A 2A5TA 5BWJA 4MBPA 1N3WA 3FXUA 4YZZA 3KN3A 2V3QA 4POXA 2QL3A 1ELJA 3R6UA 5CBSA 3N94A 4OZ9A 4LQ5A 5H8SA 4FORA 5H8HB 3AXFA 3I5OA 1B3FA 5CC2A 3Q27A 4C1UA 3PU5A 1MQDA 3C31A 2FA7A 4DE8A 1P1WA 4NF6B 2QS3A 3L6GA 1TFDA 3VE1B 4X1BA 2AIXA 5FTHA 4F3PA 1XT8A 5I2NB 3VLWA 4POWA 1TFAA 2I3WA 2RKMA 3VFJA 3TTLA 1ZU0A 4I8CA 3RT8A 3HHFA 2XXQA 5H8NA 4F3SA 4K3FA 1LLSA 3IOUA 1P1OA 3RPWA 4X1DA 3CFLA 1IUDA 4WKMA 3O29A 2PBWA 4IB2A 1N7XA 5JK4A 4ZE9A 1MS7A 2QS1A 2ESNA 1IXGA 1OLAA 1LGBC 3MQ9A 1MPCA 1M5CA 3U92A 4G68B 3PUXE 1B3EA 2IEEA 4LONB 2YPNA 5JTYB 5KDTA 5L9SA 4F19A 4ZEKA 2AL4A 5L9MA 3TDJA 3OEKA 4GIZA 3QK6A 4G4PA 3UP9A 1B7ZA 4GF8A 2O84X 2QS4A 1XS5A 5TPAB 3QUJA 2O7IA 3DP8A 1JETA 1RYOA 4MFIA 5B70A 1DPEA 4LZ5A 2XXWA 4ZE8A 1QJMA 3N6TA 2H25A 3RQTA 5CBRA 2PT1A 2Z8EA 3PMXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QSCA 1B1HA 1UTBB 4WXJA 2HAUA 3H6WA 1M5EA 1KA1A 4PCDA 5DEXB 5AA3A 2YLNA 2I58A 1ATGA 3PD9A 3G3FA 4BDQA 5CM6A 1M5DA 2H99A 4NWDA 2Y84A 2F8DA 2QSXA 3CR9A 5IGAA 1Z7ME 3IOVA 1FPBA 3MPKA 2X26A 1EZOA 2DOJA 3QSLA 4YAHX 1FPGA 1SI1A 5FHMA 1TT1A 2DVZA 4E0XA 3KJTA 5CI5A 2O51A 4Q8RA 3ECRA 3P7IA 1IMDA 4G68C 3LC8A 4O7MA 1LAXA 1NUYA 4R9FA 3S9EA 3M3KA 5DYHA 1ZJLA 1B3GA 1FPFA 5ELVA 5TU0A 4F18A 3KOSA 3EQ1A 4P9KA 1POY1 3PUVE 4QFLA 3PPNA 2Q89A 3TAJA 1AMFA 4ZEDA 1LBCA 2QMXA 3FVKA 3G3JA 3A3CA 3MVZA 2F35A 1BKAA 5F7VA 2REJA 5DT6A 2REGA 2Y7KA 4HCYA 1FPDA 1URGA 3GXAA 4O3CA 3ROJA 1HSEA 4QFKA 5L9OA 2I4BA 1JW1A 4PETA 4BDNA 1YZ0A 5A5XB 4THIA 3PMVA 1XC1A 1MPDA 4U4SA 3CIJA 3OELA 5CMCA 4PDHA 3T9XB 4IY5A 4BDOA 1BK4A 4M4GA 4PFTA 4OVRA 5I2KB 4F31B 1LFHA 2DVCA 1DPPA 1VSOA 1YYZA 3CSGA 4R6HA 1IZ1A 1SYIA 3SEWA 3S9LC 3EPEA 4GQOA 1IMFA 3QIMA 1S50A 1Y4CA 4AQ4A 3PGFA 4GWOA 3KSJA 3TTNA 3CFXA 4N6PA 1UQWA 2OWSA 4I3YA 2XXTA 5I57B 2HHMA 3THIA 2GRVA 2R6GE 4OMBA 1Q9DA 4AS5A 1USYH 5KCJA 3EF7A 4R75A 1LBYA 2Z8FA 1YCJA 3K6XA 2HAVA 4MJOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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