2F8DA

Benm effector-binding domain crystallized from high ph conditions
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
221
structure length
221
Chain Sequence
EKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPNWLEHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Oligomerization of BenM, a LysR-type transcriptional regulator: structural basis for the aggregation of proteins in this family.
pubmed doi rcsb
molecule tags Gene regulation
source organism Acinetobacter baylyi
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
total genus 70
structure length 221
sequence length 221
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f8dA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f8dA02
3IX1A 1MXWA 4H8JA 5KDTB 4NF8A 4JSOA 4GFRA 1N3WA 4LP2B 1N7XA 5H8HA 1US5A 2I0CA 2OZZA 1M5CA 4YB5A 3HO7A 3FXQA 2R71A 1FTKA 2UYFA 1Y1MA 1HSJA 5M2VA 3FJ7A 2ZYOA 3GLBA 4G4PA 4RY1A 2Y7IA 3VLWA 4RJZA 2XXYA 5I59B 1EU8A 4H1XA 5CMCA 5BUUA 3E4RA 1DPEA 1PB8A 1M5FA 2NVUB 3R7XA 3KSXA 3VV5A 1GGGA 4YICA 1DTGA 1Y1ZA 4Q5TA 4IO5A 3B6TA 1GR2A 1IXHA 4YMBA 4FE8A 4LZ7A 3TCGA 3ZKKA 1A8FA 5JEIA 1NH7A 3MW0A 5L9MA 3MZ9A 3KN8A 5I57A 1B1XA 4OENA 1JNFA 4ZS9A 4NF4B 3MJNA 3LSLA 3KBRA 4R6KA 5H8SA 4QHQA 2HZKA 2PT2A 4HTGA 3I6VA 3SEUA 3KZGA 3E3KA 5H8QB 3RLFE 4ELRA 1MXZA 2UVHA 2VD3A 3H6VA 1UIVA 4R75A 3MZBA 5TP9B 3PD8A 2W7YA 4ZE8A 2ZNUA 3RTFB 4QFNA 4GF8A 4F1UA 4QSEA 2H5YA 1ATGA 3S9MC 1N76A 3PUYE 3DP4A 1MXXA 4FORA 2HQ0A 1B3EA 3H4ZA 2Q8JA 4QSCA 4PP0A 2ABHA 4PE5B 3MP1A 4JBZA 4H5GA 4PFUA 4P0IA 2XXHA 3RT6B 5LOMA 3UORA 3QAXA 4TLLB 3RPWA 1LFGA 1IITA 1P1UA 2H4IA 1QUKA 2OK2A 1WVJA 2F7AA 3SEVA 3L6HA 4DCYA 4R2BA 5AA2D 5ICQA 4F1YA 3PUZE 3C36A 2QS3A 5ELVA 1N3XA 3OO9A 4M1VA 2Z23A 1Y3QA 1B6HA 5ITPA 1P1OA 2O84X 4QF9A 3MPLA 1H45A 3QXMA 2DQVA 1N7WA 3U8QA 1N04A 2DVCA 2HZLA 4UACA 1YPNA 4UA8A 2F5XA 4OYVA 4R2FA 2GHBA 3WAEA 2XXIA 3QUJA 3G3HA 2NXOA 1QVSA 4YKPA 3C31A 1B5IA 3VXBA 2QMXA 3FIRA 5H8NB 1M5BA 2VHAA 3MAMA 3S4UA 4KCCA 2XXVA 4R74A 4BDQA 3B6WA 4OEUA 2DYXA 1LAHE 4YU0A 3IORA 2H25A 2P2AA 3B6QA 2ZMBA 2B65A 4MFIA 4LVQA 3OEKA 4IO4A 4R73A 1QUJA 1B58A 5DVIA 1BLFA 2XXWA 2PVUA 5I58B 2XXTA 4NMYA 4IO7A 2LAOA 3BFUA 1QULA 2ZXTA 3TZAA 4EQBA 2XXPA 1VR5A 5CM6A 1PB9A 4F3PA 1IXIA 5FTHA 1PBPA 1RKMA 1LFHA 1UTBB 1TT1A 1MY4A 2ZNSA 4EXKA 1LAXA 3QUFA 2XXRA 4QSDA 3N6UA 2I4CA 4KQPA 3ECRA 3JZJA 2ONSA 3LBSA 3O29A 2UVIA 1FTLA 1MM7A 2I3WA 2XD3A 3VVDA 3IO4A 3FJGA 2X26A 5EHMA 4RPNA 4NE4A 5I2KA 4OTEA 5AA3A 1SYIA 4P0GA 4KCDA 4RPOA 4P11A 4BDMA 4YB7A 5FTIA 1USYE 1TWYA 3SETA 3T9XB 3H6UA 5K2XA 4RYAA 3MBPA 2ESNA 3M3LA 3KN3A 4LUBA 2I6EA 1JVXA 4K3FA 4GD5A 1P1QA 1YAEA 3FJMA 3T9UA 1JEUA 3TODA 4DXUA 5IAIA 3EHSA 3R26A 3TCHA 3FZVA 1SW5A 1VFEA 4F3SA 1IQ7A 3I3VA 4JWYA 1R9QA 4I8CA 3B7DA 1KWHA 1CB6A 2RINA 4G2ZA 2GRVA 2VP1A 1WDNA 2I3VA 4ISUA 3TKDA 4TQUQ 4F19A 3A09A 1YTVA 4IO2A 4OQOA 1MY2A 1JW1A 3G3IA 5TPAB 3DELB 2Z8FA 5DVFA 5JK4A 4GQOA 1O63A 1OVTA 3HSTA 4OESA 1LAFE 3W15C 2QS1A 1OQHA 3CIJA 3FD3A 4N13A 2WKYA 1P99A 1XC1A 4ZDMA 3H06B 4M4GA 2OWTA 1B3FA 4OEVA 5I84A 1SBPA 2DWJA 3IOVA 4LZ8A 2RC7A 2OWSA 2DWIA 2NOOA 4GRKA 2H98A 1R1NA 2D5WA 3HHFA 2F7BA 3ILUB 3CSGA 4GXSB 3VDFA 1Y4CA 4WXJA 1B0LA 4GOTA 5F7VA 5JTYB 4ESWA 2VGQA 2Q89A 2PYYA 1OVBA 3BKIB 2F34A 4DIGA 2O1MA 3IB0A 1Y20A 2V3QA 3LSXA 1MXYA 4OMBA 1M5DA 4GL8A 2QJEA 3BBRA 1SI0A 4PFWA 1NKXA 3K6UA 3HV1A 3ZKLA 1ZBMA 2RCAA 1Z7NE 4TOZA 3JYRA 3TDJA 3PUVE 1DOTA 4FEDA 3HN0A 5FHNA 1XVXA 1NMUA 1MS7A 2DXYA 3PPOA 1MY3A 1IUDA 1NNPA 1EZPA 1R9LA 3LR1A 3T22A 2V84A 3FVNA 3K01A 5A5XB 2O7IA 3KJ7A 2V25A 3IO6A 4ECFA 2ZYNA 3U93A 4U21A 3KSJA 3O6IA 2F6GA 3K02A 4N07A 2NWJA 1MRPA 5K2YA 1I6BA 1MXUA 4G68A 1LLSA 3PPPA 2I58A 1MY0A 1LBBA 4YZZA 3VVEA 3F11A 3G3KA 2QMWA 2XXQA 1DTZA 4ELQA 3ZSFA 4EQ9A 1MDQA 2Q9TA 4GL0A 3VLUA 2QS2A 2XHDA 3V83A 2Y7RA 3GZGA 3IR1A 1SVXB 3MVYA 3MUQA 1ZKBA 2GHAA 1FTOA 2A5TA 4OHNA 2QRYA 2F6PA 3C34A 2HAUA 1XT8A 5AA4A 1A8EA 2DE2A 5DT6A 4X48A 2BJJX 3M8UA 5H8FB 3DP8A 4ZECA 3SERA 1MPCA 1LSTA 4F18A 2I49A 1LCFA 4NF5B 4GWOA 3TUSA 3DLNA 3CI8A 4FIMA 3HCQA 3PPNA 1JW5A 4LQ5A 3SEWA 4YKKA 3IL1B 5ICTA 3FXRA 2DWHA 2HCAA 2RC9A 3TFLA 3MQ9A 2YJPA 1JW4A 3H6WA 4KYEA 1URDA 1VSOA 4X1DA 1Y4TA 3UP9A 3K6VA 4Z0IA 3TTLA 5KCJA 4XKQA 2X7QA 1BTJA 3OOAA 2O51A 2HEUA 1PEBA 4F2QA 5CC2A 4DDDA 4QFKA 5HBCA 3O6HA 5KDTA 3TYHA 1B51A 3PU5A 1H76A 3PGFA 3FASA 2Y7KA 2F78A 3EN3A 1OQGA 4ELOA 1ZLQA 4BDOA 1ANFA 1BKAA 4O3AA 4HCYA 4ZZAA 1PBQA 2Q2CA 3KGCA 5DYHA 5J1DA 3FUZA 4KYSA 2FA7A 3R6UA 1MH4A 4I1DA 4XIGQ 1JQFA 1B4ZA 5I2NB 4U22A 1LB8A 3RT8A 2B3BA 5I59A 1RYOA 4GXAA 1ZU0A 4FATA 4F29A 3RN8A 5AA2B 4EUOA 4F22A 3MWBA 1Y3NA 4THIA 4X9TA 3TMGA 4U1OA 1B9JA 2D21A 2I0BA 2O6AA 4YMAA 1SDXA 1ZMGA 4MF3A 1FTMA 3T66A 2Z8DA 3V8XB 4O3BA 4NF4A 4WEDA 3UGWA 3ZS6A 2REJA 4C0RA 3EHUA 4JSDA 2AL5A 1NFTA 4IY6A 2GFEA 1AH5A 3A3UA 2F36A 1MQDA 3OENA 4NF6B 1N84A 4QRZA 5H8QA 2XXUA 2DE3A 3SKPA 3M3KA 3IAZA 3Q27A 3LC8A 2CZLA 5TP9A 5L8DA 3KFMA 4Z7EA 2PT1A 3TTMA 2O68A 1ELJA 3HPIA 3MVXA 1BIYA 2O7UA 2Q2AA 3IOTA 2QPQA 4RK2A 2FYIA 4ZEFA 4Q8RA 3SEYA 3MVWA 1D4NA 4LONB 5CMMA 1DPPA 4DXBA 4X1BA 2YLNA 1I69A 4XTCQ 1Y3PA 1H3DA 3C4MA 3LSFB 3N26A 3N5LA 3QK6A 4MH5A 1HSLA 2DXRA 2B3FA 4H8IA 5FHOA 4JWOA 3TAJA 3FATA 4GIZA 1D3KA 1SD3A 4OFJA 4R9GA 3W9VA 4ZEDA 2PX1A 1PC3A 3S2VA 3PMWA 3MC2A 1US4A 1JETA 4GVOA 4AB5A 1RYXA 1B05A 3CG1A 2Z22A 4KYDA 1FCKA 3T9HB 4XKRA 5CMKA 4H5FA 5DTBA 2I4BA 1QUIA 1IXGA 1ZIUA 3EQ1A 2Y7WA 5DEXB 3K00A 4KR5A 1JEVA 4U4XA 5H8NA 1JVYA 2ZYMA 4NF8B 3U92A 2Y7PA 3IB1A 5H8HB 2ALUA 1OIBA 1XOCA 1LFIA 1H43A 2V3TA 5TU0A 3K6XA 1S50A 3IJOB 2ZYKA 3PUXE 4U4SA 1FQAA 2DSFA 1NH8A 1Q1KA 4DLDA 3TELA 3TQLA 4R6HA 1Z7ME 1B52A 2IA4A 5I58A 1B32A 3V89B 3O28A 4QFOA 4YAHX 2AL4A 2XD2A 1B40A 5B70A 2RKMA 4I9DA 3IK6B 3K1PA 2ONKE 3RQTA 1UTBA 3D4CA 5CMBA 4IY5A 1PDAA 3QYTA 2F35A 5I57B 2QS4A 3K2DA 1B3GA 5CBRA 4YKIA 3CVGA 5I56B 3K6WA 1O7TA 2H99A 4ZEIA 3O2AA 4FJPA 2RCBA 1MH3A 2R9JA 3D4GA 4IGTA 4DE8A 2Q88A 1POY1 3EPEA 1GVCA 4R72A 3TCFA 1FTJA 1ZJLA 1A54A 2D3IA 1O64A 2DWAA 3OXNA 3G7WA 1B2HA 1UTHB 3IB2A 1P1NA 3GBBA 3W9WA 5DVJA 1N0TA 3UA8A 1IEJA 2UXAA 3ILTB 4F3BA 3IJXB 1IZ1A 3WAFA 3S9NC 1FQCA 4YKJA 5B7DA 2P0SA 1VFDA 3LUYA 5AE4A 3K4UA 4MBPA 4G8MA 4POXA 1MPBA 4MLVA 3ONMA 4G8HA 3PMXA 3S9EA 1B7ZA 1M5EA 3ODBA 4R9FA 1OLCA 4LATA 2HXWA 5HM4B 1LGBC 4NEDA 4PFYA 2Y84A 5EYFA 4PQJA 1SI1A 3EF7A 3UK4A 5IKBA 1DSNA 1OMPA 5TPAA 3KG2A 3V5AA 4R6YA 4FEBA 1LBCA 3A3CA 3Q26A 2QL3A 4AB6A 4EDPA 4E0XA 5KZTA 4U23A 4PFTA 2REGA 1MQHA 1ZTYA 3SEXA 1NNFA 4BLAA 3U1OA 2H9BA 3K1MA 4JWXA 1NNKA 3KEIA 3FVKA 4OETA 3T93B 1D9VA 3HHGA 1PB7A 4OERA 3IOUA 4HW8A 2X7PA 3C9HA 3MPKA 1DMBA 4U2RA 3O9PA 2AYSA 5I56A 5CI5A 5L9OA 3H03A 3JV9A 4F1VA 1J1NA 3CSBA 2PBWA 3EHTA 1S9TA 5JTYA 1QW0A 1TFAA 4XXUA 4RXLA 3GXAA 1Y9UA 3UIFA 2G29A 4LZ5A 2HAVA 3RGYA 2R6GE 1XHYA 3G3JA 4H67A 4TLMB 1A99A 1FQBA 1UTHA 3MVZA 2P1SA 3E9XA 3K1NA 3N6TA 2OJTA 4I62A 1B5JA 3VLVA 1B4HA 4BDNA 4WEPA 3G3FA 4JDFA 1B0HA 5L9SA 2UYEA 1MQJA 1MM6A 4YB6A 3THIA 2DS9A 3FGSA 4ESXA 4IO3A 2RF1A 1EZ9A 1IIWA 4ZEBA 2KLFA 4KFQA 1B7HA 3FXUA 3CFXA 4BDRA 4Q30B 3TPAA 3QIMA 5A5XA 2DOJA 4XKNA 3OMBA 4ELPA 4QFLA 3C33A 2O69A 5I2KB 3L6GA 2E1SA 3OD7A 3FV2A 3OELA 4HCWA 4DXCA 1P1WA 4KD5A 4BDLA 2F7CA 2ANJA 1MQGA 3CFLA 3CG3A 2E0SA 2FNCA 4XKPA 2CMOA 3KOTA 4G68C 1HSEA 4F31B 1CE2A 3QSLA 3O97A 1OLAA 3H7MA 3OO8A 4POWA 4EF2A 3SESA 1MXVA 1SW1A 3VVFA 5H8FA 3I5OA 4U1ZA 3OSQA 3CFZA 1EH3A 2VD2A 1WODA 3TEPA 4NF5A 2UVJA 3MP8A 1MPDA 2OCUA 1SQYA 4C1TA 4OVJA 4IGRA 2XXXA 4Q0CA 4LA9A 3CRBA 2XX7A 3LSWA 4N6PA 4F39A 2PMSA 3OSRA 4F3GA 1I6QA 3T96B 3GBAA 3P7IA 2AIXA 1IXCA 4GLIA 1SW4A 3IOWA 3PMVA 4OZ9A 1MG1A 4OWDA 4OXVA 3AXFA 4G77A 2GH9A 1URGA 3TTNA 3SDFA 1GTKA 3DM0A 3MZ1A 1I6AA 1LAGE 5EHSA 1TXFA 2IEEA 3G3GA 2V3UA 4F2OA 4EQ7A 3RNNA 1BP5A 4WKMA 1SW2A 1FQDA 2NUVA 5ITOA 4E0WA 2RC8A 1LB9A 1R6ZA 4LQ2A 5I2NA 2V93A 4HS7A 3DP6A 1NNTA 3TQWA 3TTRA 1MDP1 2DVZA 5FHMA 1TFDA 3OEMA 5AA2A 4G8NA 2DP8A 3PV0E 3S9LC 4KHZE 3VFJA 1A55A 4ND9A 1B3LA 1B7UA 4L17A 4FECA 3K0VA 5AA1A 2A5SA 2Z8EA 4RA1A 3H3GA 1H44A 2HFBA 5BWJA 3PD9A 1QJMA 1D9YA 3BFTA 3O66A 1MY1A 1GV8A 3USDA 4ONYA 2I48A 3CR9A 1MQIA 1USYH 4KPTA 4FAJA 1FW0A 4IO6A 4KI0E 1B5HA 3FVOA 4IB2A 4NF6A 4NWDA 4JB7A 1A40A 5CBSA 1UIUA 1EZOA 2G93A 3PPQA 3PUWE 2ONRA 3MP6A 4EXLA 1AIVA 4RK9A 3H6TA 1YCJA 1S7YA 2F8DA 3VE1B 4ZEKA 1FQEA 4G68B 4NTLA 2F97A 2THIA 1L5TA 2M8CA 2YPNA 3FVGA 1II5A 3RUMA 1SYHA 1FQFA 2O1LA 3Q28A 5HPQA 2VOZA 1UQWA 3RY3A 3VXCA 3PPRA 1NL5A 2A5TB 4O3CA 4PETA 3KN7A 1QKBA 5AA4B 3RTWB 3Q29A 2OBGA 3KOSA 1F9BA 5CRYA 4MLQA 1B1HA 3FV1A 4QFPA 4DCXA 5ISUA 2OLBA 1T0KA 3KJTA 3O6GA 4RNSA 3U94A 4H65A 1XS5A 1XVYA 3C35A 4H0WA 4JXIA 2QSXA 1AMFA 3UN6A 1A7LA 1URSA 4NWCA 3U72A 3C32A 2XX9A 2UVGA 1B46A 5F1QA 3Q25A 1B3HA 3OO7A 4OFLA 4DZ1A 2ZNTA 4C1UA 4ZE9A 4OFOA 1AL3A 5KCJB 4EF1A 3N94A 4ZZEA 3T9VA 4AQ4A 1LCTA 4H6DA 1Q35A 1QKAA 5DEXA 2DE4A 3OO6A 1POTA 3M3FA 1AOVA 1VE4A 2XX8A 3E13X 3TTKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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