2F97A

Effector binding domain of benm (crystals generated from high ph conditions)
Total Genus 72
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
72
sequence length
216
structure length
216
Chain Sequence
EKTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKRTLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPNW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Oligomerization of BenM, a LysR-type transcriptional regulator: structural basis for the aggregation of proteins in this family.
pubmed doi rcsb
molecule tags Gene regulation
source organism Acinetobacter baylyi
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
total genus 72
structure length 216
sequence length 216
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f97A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2f97A02
3UK4A 2ESNA 1Y4TA 3MVZA 2F34A 3DM0A 1Y3PA 4GF8A 3OO9A 2FA7A 4G68B 1FTLA 3W9VA 2XD3A 2XXXA 5B70A 2X26A 5CMCA 3G3GA 4YKJA 3G3IA 4F3SA 4ELOA 3S2VA 2H98A 5CC2A 5HM4B 2Y7PA 4IO7A 3SEWA 4OVJA 2ZNUA 4QFOA 4ONYA 4U22A 3S9NC 2XXHA 1XT8A 1Q1KA 3FZVA 3Q26A 3O97A 2NUVA 4F18A 2HEUA 3CSBA 1MDP1 1UIUA 1QW0A 4PE5B 1A8EA 1PDAA 4FEBA 4KFQA 1FW0A 4M1VA 2XHDA 3VVEA 3TPAA 4ZZAA 1MQJA 3A3UA 3Q27A 3S9EA 2ZYKA 1A55A 4OWDA 5CMMA 1YTVA 1MG1A 3O28A 4TQUQ 3M3FA 2KLFA 4U4XA 1UTHA 4YB5A 2AL5A 3I6VA 4RK2A 3VV5A 2B3BA 4LVQA 2ONSA 4C1UA 3IO4A 2DOJA 1I6QA 3V89B 3OMBA 5FTIA 1VFEA 2X7QA 3MBPA 3C36A 1IUDA 5FHNA 4KYEA 3UORA 2VHAA 3PPRA 2D5WA 1N3XA 3PUXE 1IEJA 3S9MC 2CZLA 1J1NA 1SQYA 1A7LA 3Q25A 2ZMBA 1Y3QA 2GFEA 3QIMA 2F97A 4RA1A 5I58B 4TOZA 1PC3A 2PX1A 2OWSA 4E0XA 4F3BA 4HCYA 1F9BA 3PPQA 3UGWA 2QSXA 1RYXA 3TELA 1POY1 1EU8A 4DIGA 5LOMA 2UVHA 2DWIA 4BDNA 3O29A 3KN3A 4H67A 1OIBA 5H8QA 3TTMA 1B3EA 4FEDA 2NOOA 3MC2A 4G8NA 1URSA 4G68A 1FQAA 3C35A 4UA8A 1MXVA 4FORA 1IZ1A 4N07A 1SYHA 2R9JA 1P99A 1B32A 3PV0E 1MQDA 3FJ7A 3HHFA 3IB0A 1ZU0A 3BFUA 1MXYA 3N94A 3MJNA 3OSQA 1O64A 3THIA 4DCYA 4YMAA 5KZTA 3DP8A 3JYRA 3KJTA 1XVYA 1P1WA 3O9PA 3CVGA 4DXBA 4YAHX 2O7UA 3V5AA 3EN3A 1B40A 5HBCA 4G8HA 4POXA 4ZEDA 5TPAB 5TU0A 3U8QA 3H6VA 1LFHA 1ZKBA 4H8JA 2OWTA 1O7TA 3HN0A 4P0GA 2ZNSA 2ABHA 5DVIA 4QF9A 3H03A 4IO2A 3HHGA 3I5OA 4YKPA 4AQ4A 2ONKE 1SI0A 4FJPA 4PETA 4R73A 2ALUA 3MP8A 3T9HB 4JSDA 4RPOA 3CFXA 2REJA 3TDJA 4Q30B 3FXRA 3IAZA 2Z8FA 5I2KB 4ZECA 1LAGE 1WODA 1FTMA 2ZYNA 1VFDA 3MP1A 5AA1A 2H4IA 2F6GA 3D4GA 4YKKA 4R6KA 4IO5A 4EUOA 2QS4A 2GHAA 2QS1A 3GXAA 1B9JA 5ELVA 1TXFA 4LZ8A 4O3CA 1MM6A 4QFKA 5I58A 4OFJA 5FTHA 3MZ9A 1XS5A 4FE8A 4ZEBA 3W15C 4GXSB 4H65A 2V3TA 2ONRA 3U93A 1PB7A 1B51A 1A99A 3OXNA 2Q88A 3K2DA 2Y7KA 5B7DA 5I84A 3KEIA 1P1QA 3KBRA 4RXLA 4GD5A 4C1TA 3C34A 3HCQA 4ISUA 4OETA 1CE2A 3HPIA 3QSLA 3TQLA 4GOTA 3TZAA 1A54A 5ICTA 3K4UA 1MY4A 1H76A 2YJPA 5KDTB 3EHSA 3N6UA 5EHMA 1BLFA 3UA8A 1MXZA 4IB2A 5I2NB 2F7CA 4OXVA 3PPNA 3MPLA 3IORA 3ODBA 4KD5A 4OEVA 3QUJA 4RYAA 1N3WA 2Q2CA 4KYSA 3VDFA 3DP6A 2UYFA 4XKRA 5F1QA 3TFLA 4GL0A 1N7XA 5TPAA 2F35A 3TTNA 2G29A 3LC8A 5TP9B 4U2RA 2P1SA 1USYE 4BDMA 2H99A 1OVTA 4R74A 2I0CA 1MXUA 3MVXA 4GLIA 2HCAA 4C0RA 1OQHA 4EXKA 1LCTA 4KR5A 1MXXA 1LB8A 3ONMA 2V3QA 2PBWA 1VE4A 4TLLB 4Q5TA 2I6EA 2PVUA 2E1SA 1NNFA 5H8HB 3N6TA 3R26A 3U92A 3H06B 3RLFE 5I2KA 2V25A 1M5EA 4EDPA 5DEXB 4DLDA 3G7WA 4H5FA 4KQPA 3SEXA 5H8QB 1MPBA 2DE3A 3PUWE 2H25A 2RCBA 1H3DA 4BLAA 5DVFA 1AH5A 2OLBA 3T9VA 4BDLA 2BJJX 2P0SA 1Z7NE 2D21A 2RF1A 2V93A 1P1UA 2QPQA 1WVJA 1N84A 5BUUA 2DQVA 2H5YA 4G4PA 2G93A 2IEEA 1MM7A 4I9DA 2Y7RA 1IITA 1B3FA 3T9XB 1N7WA 2M8CA 1VR5A 3B7DA 4IGRA 3N26A 3UIFA 3BFTA 3KSXA 2A5TB 3ECRA 4OENA 4N6PA 3T96B 1XOCA 1MDQA 5KDTA 1AOVA 4LQ2A 1LAHE 2Z8EA 4DE8A 3JZJA 3FXQA 4XKQA 3OEKA 4EF1A 5I2NA 4I62A 2F7AA 3TUSA 1FQDA 1NH7A 4JWYA 4I1DA 1Y3NA 2THIA 4QFNA 2XXRA 3C32A 1NNTA 3RY3A 3TCGA 4F31B 3QUFA 3ZSFA 3S4UA 4GIZA 5TP9A 1S50A 4H6DA 4JXIA 4NF5B 5CBRA 1MQIA 4U4SA 5M2VA 2Q2AA 1MPDA 2Y7IA 2HXWA 4ECFA 2Z22A 2DSFA 2VP1A 3LSFB 2NWJA 4X1DA 1CB6A 4RY1A 2NXOA 4NTLA 4XIGQ 1R9LA 3AXFA 4LQ5A 3MAMA 5CMKA 1A40A 1JQFA 4HW8A 5H8HA 4KCDA 3H6UA 2V84A 2DE2A 3PMWA 3TTLA 5H8SA 3EHTA 2GHBA 1NKXA 1T0KA 5DEXA 2O51A 1GTKA 1FTJA 4MF3A 3OD7A 2XX7A 2O6AA 3CIJA 1JVXA 2DVZA 2XD2A 1D3KA 1L5TA 1XVXA 2VD3A 3KG2A 1US5A 3GLBA 3VLVA 5JK4A 3K1NA 4EQ7A 5I59B 4R2BA 3H3GA 1NH8A 3O6GA 3MZ1A 2VGQA 1UTBB 4L17A 1SW5A 4XTCQ 4UACA 4LA9A 5H8FB 4O3AA 2XXTA 3LSXA 3HSTA 2P2AA 3PGFA 2Y84A 1N0TA 2OZZA 2F36A 1DSNA 4R75A 1B46A 4F2OA 1RKMA 2HZLA 2Q9TA 4OMBA 2A5TA 1Y4CA 3T22A 3V8XB 1LGBC 1SDXA 4PFWA 2Y7WA 2O69A 1JEUA 1SW4A 4IY5A 2HZKA 4PP0A 3L6HA 1MS7A 1JVYA 1QUKA 3G3FA 3MPKA 1FCKA 2PYYA 1B05A 1FQEA 5FHMA 3KFMA 1JNFA 1HSJA 4KI0E 3PPOA 1DTZA 1JW5A 3U94A 3MP6A 5AA2B 3M8UA 4WKMA 1Y1ZA 4MLQA 3CG1A 4MFIA 1B2HA 5ITOA 1GVCA 4E0WA 5I57B 2RKMA 4BDRA 3F11A 4BDQA 3OO7A 4EQBA 4MLVA 4NF5A 3K1MA 3TMGA 3SETA 4ESXA 2E0SA 3LBSA 4YB7A 5L9OA 3USDA 1UIVA 2F6PA 1SBPA 5IAIA 4G8MA 1QKAA 4R9GA 1DPPA 5L9MA 5FHOA 1OVBA 4KYDA 2XXWA 2WKYA 3C9HA 4IY6A 3CRBA 1BKAA 1NNKA 4NF6B 5HPQA 2F8DA 3MUQA 1ATGA 3LR1A 4F1VA 3MQ9A 3TTRA 3EHUA 3RTFB 2W7YA 4LP2B 1H44A 3TAJA 1LLSA 4DXCA 4QSDA 2Z8DA 1GR2A 4YU0A 2YLNA 3FVNA 3VVDA 1IXCA 1B0LA 3SERA 4LUBA 5AA3A 4JB7A 4QHQA 4HCWA 4DDDA 1B1HA 1LFIA 2AYSA 3G3JA 5I59A 3HV1A 2RINA 1UTBA 4PFTA 5H8NB 3IOWA 1ZJLA 5H8FA 5BWJA 4ZDMA 1OQGA 2R6GE 4IO6A 4ZE9A 3LSLA 3P7IA 3VE1B 2F78A 4JBZA 3WAEA 4FAJA 2A5SA 3K6VA 3S9LC 2I3VA 1US4A 3HO7A 1HSLA 2OJTA 3SKPA 2XXIA 2I4CA 4NF8B 1OMPA 2YPNA 5JEIA 1FQBA 4EXLA 1R6ZA 3MW0A 1B3LA 3W9WA 2REGA 5CRYA 3C4MA 4GWOA 3VLWA 1NMUA 3CSGA 1SW2A 2XX9A 4PFUA 1B1XA 4DXUA 3O2AA 2HFBA 1NFTA 3R6UA 1OLAA 3IOUA 5K2XA 4QSCA 3VXBA 3FATA 4LZ5A 5K2YA 4F1UA 3OELA 2DXYA 1A8FA 3BKIB 3KN8A 4EF2A 2DWAA 3I3VA 5ICQA 1USYH 4HS7A 3IL1B 5EHSA 5AA2A 3N5LA 3VFJA 2IA4A 1O63A 3FVOA 5DVJA 5I57A 4FECA 2QL3A 4ND9A 4HTGA 3T9UA 3TEPA 2XXVA 1D9YA 4H8IA 1S9TA 2UVJA 1JW1A 4ESWA 4YB6A 4YKIA 1XC1A 2DS9A 5AA4B 5J1DA 3G3HA 3QXMA 4ZZEA 3QK6A 2UVIA 3H6WA 1Q35A 3M3LA 4KCCA 1I6BA 1QUIA 2HAUA 2DWJA 2QS2A 4LATA 1Y9UA 3PMXA 4WXJA 4GVOA 5I56B 1SI1A 3KJ7A 3PD8A 2QJEA 1PB8A 3V83A 3GBAA 1GGGA 2HQ0A 4NF6A 5CI5A 3KN7A 1JEVA 4M4GA 3DLNA 4NWDA 4Z7EA 2OK2A 3B6TA 1MRPA 1DOTA 2AL4A 2FYIA 2ZXTA 3MWBA 3T93B 2LAOA 3RT8A 1LCFA 1M5BA 4R6HA 2O68A 1PEBA 2H9BA 1Y20A 5ISUA 1MH4A 4NEDA 3O66A 1MY1A 2I4BA 2XXUA 4OZ9A 1B58A 1SYIA 2DYXA 4XKPA 1Y1MA 3TCFA 2UVGA 3FD3A 1ZIUA 1SW1A 3KZGA 4X1BA 1IQ7A 4AB5A 2I3WA 5DT6A 1QULA 4H1XA 1PBPA 5H8NA 4RNSA 1LAXA 3FASA 1GV8A 2F7BA 1IXGA 4GXAA 4OEUA 3EF7A 3GZGA 3C33A 3H4ZA 3OO8A 3CI8A 5KCJB 3B6QA 4R9FA 4U1OA 1UQWA 1AL3A 1QKBA 5DYHA 1WDNA 1S7YA 4NF8A 2I49A 3U1OA 2OCUA 3IJXB 1B3HA 1B5IA 3CR9A 1H45A 3E3KA 1FQCA 4IGTA 1YCJA 3IR1A 1HSEA 3CFZA 2R71A 2Z23A 3PPPA 5L8DA 4YICA 3K0VA 4LZ7A 5F7VA 1EZ9A 3CG3A 5EYFA 4GL8A 2O1LA 4G2ZA 3MVWA 3QYTA 2OBGA 2UXAA 3RQTA 3A09A 2XXYA 3G3KA 3OENA 4RK9A 3PMVA 3RN8A 2PT1A 2RCAA 1Z7ME 4QFLA 1QUJA 3RTWB 1VSOA 4OHNA 3IJOB 1EH3A 5L9SA 1TWYA 3Q28A 5AA4A 3RPWA 3IOVA 2F5XA 1II5A 4OFLA 3ZKLA 4ELPA 2PMSA 2QMWA 2FNCA 2RC8A 1D4NA 3DP4A 5I56A 4P11A 3BBRA 2DXRA 2NVUB 3E13X 4F29A 1LBBA 4BDOA 5AE4A 2V3UA 4RJZA 3CFLA 4FIMA 1B4ZA 1P1NA 4FATA 4IO3A 1OLCA 4YMBA 1B5JA 1FQFA 3T66A 3TODA 3FUZA 4DCXA 4ZEFA 1JW4A 2I48A 1IXHA 4JDFA 3SESA 1NNPA 5AA2D 1URDA 2ZYMA 3TQWA 3UN6A 2DVCA 3RUMA 1EZOA 2DP8A 3EQ1A 2RC9A 3A3CA 3K01A 4F3PA 4NF4B 1QJMA 4F3GA 4ZEKA 3FXUA 3K1PA 5A5XB 3O6IA 3TYHA 1B7HA 5JTYB 1LSTA 2HAVA 2PT2A 5KCJA 1MH3A 1P1OA 4KPTA 1MXWA 4U23A 1DMBA 1B52A 4POWA 1TFDA 4ZE8A 3B6WA 3LUYA 1I69A 4WEDA 2O1MA 4F1YA 2QRYA 4F39A 2X7PA 4GQOA 3K6XA 1N76A 3FJMA 5CBSA 2AIXA 1NL5A 1R9QA 1YAEA 1BTJA 3MVYA 1ZMGA 4GRKA 2GRVA 2DE4A 3PUVE 4TLMB 5CMBA 1ZBMA 3MZBA 3VVFA 4XKNA 3E9XA 4ELRA 3FIRA 1LB9A 3IK6B 1BIYA 2CMOA 5ITPA 3E4RA 5DTBA 1MY2A 4R2FA 3OOAA 3K00A 1MQHA 1R1NA 3D4CA 4OERA 1SD3A 4XXUA 2B3FA 2Q89A 2D3IA 4AB6A 4G68C 4OYVA 3FJGA 1TFAA 1JETA 4MBPA 1M5FA 5IKBA 3ILTB 4NE4A 4IO4A 4K3FA 4GFRA 1ELJA 3OEMA 3KSJA 3PUYE 2VD2A 1B4HA 1B3GA 2ZNTA 3K6WA 4Q8RA 1IXIA 1DTGA 3GBBA 1MPCA 3KOTA 1B7ZA 5CM6A 3SEYA 4OTEA 2QMXA 3VXCA 4QSEA 1MY3A 3C31A 1ZTYA 3FV1A 4WEPA 3WAFA 4QRZA 4X9TA 1PB9A 1FTKA 1AIVA 3LSWA 1XHYA 4P0IA 3SDFA 2B65A 2XX8A 1QVSA 3OSRA 4H5GA 3FVGA 4N13A 4DZ1A 2DWHA 3H6TA 3SEVA 3QAXA 3RT6B 2XXPA 3JV9A 3R7XA 1B6HA 4O3BA 4YZZA 4X48A 4F2QA 2QS3A 4EQ9A 2I0BA 3L6GA 3ZKKA 3RNNA 3SEUA 4QFPA 4JSOA 3KGCA 1RYOA 3TCHA 2XXQA 1M5CA 1D9VA 4I8CA 4Q0CA 4U21A 3FV2A 4THIA 1B5HA 3IOTA 4G77A 2ANJA 4OQOA 3PU5A 4JWXA 3ILUB 4JWOA 1POTA 1I6AA 4NF4A 3M3KA 1LBCA 3ZS6A 3O6HA 4NWCA 1UTHB 3FVKA 4PQJA 2I58A 1EZPA 5A5XA 1ANFA 3K6UA 1N04A 5JTYA 4ZS9A 1KWHA 1URGA 3IO6A 3TTKA 3RGYA 3OO6A 2GH9A 4LONB 3DELB 3PUZE 4NMYA 3IB1A 1IIWA 3EPEA 3IX1A 4RPNA 3TKDA 1TT1A 1SVXB 1MY0A 1PBQA 4U1ZA 4ZEIA 3Q29A 2Q8JA 4KHZE 4R72A 1M5DA 4PFYA 1MQGA 4OFOA 1B7UA 2RC7A 4OESA 1AMFA 2O7IA 4ELQA 4MH5A 1LAFE 3U72A 4Z0IA 4R6YA 2VOZA 3VLUA 2O84X 1ZLQA 4H0WA 1H43A 2ZYOA 1LFGA 3UP9A 1YPNA 4F19A 3H7MA 3IB2A 3KOSA 4F22A 1DPEA 2UYEA 1BP5A 1B0HA 3PD9A 1FTOA 3K02A 3FGSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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