2H25A

Solution structure of maltose binding protein complexed with beta-cyclodextrin
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KTEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A new strategy for structure determination of large proteins in solution without deuteration
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
total genus 70
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h25A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h25A01
4U4XA 3PV0E 4F1UA 4QFLA 4ZDMA 4XKPA 3ZSFA 3PUZE 2ZMBA 4NF5A 1M5DA 3IO6A 4ELPA 3RN8A 1URSA 2REJA 3U92A 2RC9A 2PYYA 4ZZAA 3D4CA 2F7AA 4NF5B 3T9UA 3MW0A 2Z23A 3GBAA 3TCGA 4DXBA 3MVYA 4OETA 5TP9A 1NKXA 4OERA 3W9VA 3G3KA 4YICA 5DVIA 1B0LA 1URGA 4ZE8A 5I56A 1T0KA 1IXIA 1ELJA 5H8FB 4RPNA 3EF7A 5TP9B 2DWIA 1MPDA 2DVCA 3QSLA 3GLBA 4LONB 1DPEA 3B7DA 2THIA 1OMPA 2Z22A 4Q5TA 4R73A 1Y20A 4DIGA 4H8JA 2AL5A 1M5CA 2I48A 3SEXA 3G3JA 2XXUA 3EHSA 3S9LC 1PBPA 3G7WA 2F8DA 4YKPA 3ONMA 1AL3A 1H3DA 3TPAA 3KJ7A 2DWJA 3E9XA 4Q30B 3OO9A 3KN8A 1SW5A 5A5XA 1N7XA 1TXFA 1S7YA 1FW0A 3VVEA 4LZ8A 3RNNA 4I8CA 3RT6B 4IO4A 4RJZA 4PP0A 4WEDA 4H5FA 3MC2A 1LLSA 2DSFA 2DE2A 2O6AA 3Q28A 3N26A 1USYE 5I58A 4G68C 1FQDA 2LAOA 2Q2AA 2I6EA 3OXNA 5L9MA 1ZTYA 2ZNUA 1XC1A 2F7BA 4JXIA 5I58B 4QSDA 3W9WA 4F31B 1LCFA 5EYFA 4AQ4A 1I6AA 1BLFA 3IJXB 3TAJA 4IO5A 4F2QA 2F6GA 1EZ9A 2R9JA 4YZZA 2AYSA 3CFLA 4JB7A 4RA1A 2F5XA 3BFUA 1H44A 3I5OA 4DDDA 1MRPA 3IOTA 3FJ7A 5L8DA 5AA3A 3OEMA 1MPBA 2ESNA 2ZYOA 4OESA 4ZS9A 3H3GA 2O68A 4OWDA 3EQ1A 5EHSA 2XXXA 1XHYA 5CC2A 1MPCA 4I9DA 2XXHA 5I2NA 2GHAA 1Q35A 2REGA 1Q1KA 4TLLB 1PC3A 1FTJA 3BBRA 4QRZA 1MY4A 3S9EA 3VVDA 2P0SA 4XTCQ 2AIXA 4KPTA 1D9VA 5AA2A 1MM7A 3MZ1A 5CRYA 1QW0A 3GXAA 4H67A 3MQ9A 1QUKA 2CMOA 3PPQA 4RK2A 5K2XA 1EZOA 3DP4A 1B7UA 3JV9A 4THIA 3MBPA 1HSJA 4ECFA 4LZ5A 5AA2B 3N6TA 1KWHA 3CR9A 2X7QA 3IB2A 2V25A 2P2AA 3OD7A 4ISUA 1LBBA 3FJGA 1R6ZA 4LZ7A 2H99A 3C31A 1A55A 3TTKA 2BJJX 4KQPA 4I1DA 4LVQA 2ANJA 2XXRA 4NF4A 4XKNA 2Q2CA 3RLFE 3OO7A 1RYXA 4H6DA 4U22A 1NNKA 5ICTA 4K3FA 3C35A 3PUVE 4NF4B 4GXSB 1D4NA 2H25A 3C36A 1HSLA 1VR5A 4RPOA 3Q27A 4NTLA 4QFNA 4Q8RA 1Y3QA 5AE4A 3TODA 3OEKA 3LUYA 1DSNA 3PMWA 3MVWA 4JWXA 4ESWA 1WVJA 1M5FA 1DMBA 1GV8A 5H8SA 3RPWA 2RKMA 3KFMA 4BDOA 1UQWA 4U2RA 5AA2D 1B5HA 3UP9A 1IXHA 1Y4CA 1BP5A 1JW1A 1J1NA 4RYAA 1LB8A 3ZKLA 3B6WA 3T93B 5J1DA 4ZEBA 2XX9A 3IB0A 1SVXB 4G8MA 4O3AA 1B3EA 2RC8A 5K2YA 3E13X 1MQJA 5DTBA 2HXWA 3MP1A 4GFRA 1S9TA 1JVYA 1M5BA 1EZPA 1NNTA 1QKAA 1JW5A 3FXRA 5F7VA 3FXQA 1YAEA 3ZS6A 1BTJA 3HHGA 3MJNA 1QUIA 3RTWB 1P1QA 3QK6A 4LQ2A 1MXUA 3OSRA 4PE5B 2PT1A 3MPLA 1IXCA 2V3QA 3PPOA 4F18A 3N94A 4TOZA 4JDFA 4NF6A 3OSQA 3UORA 1NNFA 3FIRA 2ABHA 3TCFA 1MXYA 3CI8A 2PT2A 1URDA 2ONKE 5FHMA 1AIVA 1XOCA 1LBCA 4QSEA 4NF6B 3T96B 3LSFB 1I6QA 3PUXE 3IOWA 2B3BA 2A5SA 2VP1A 4JSDA 4NF8A 2G29A 3QIMA 1MXXA 1MXWA 2NWJA 4OQOA 2OCUA 2O84X 4JWYA 4E0XA 3S9NC 3EHUA 4IGTA 5HBCA 3S9MC 4YB5A 3IJOB 1P1UA 3MUQA 3TFLA 2XHDA 5TPAA 3IX1A 1LAGE 3CG3A 1P1NA 2QPQA 3M3LA 1LAFE 3MWBA 4JSOA 5ISUA 2HZLA 4U1ZA 2QRYA 4DCXA 4YAHX 2HEUA 5ELVA 5TPAB 4KD5A 3T9HB 4I62A 1GTKA 3V8XB 2XXYA 1ZKBA 3KSXA 3PPPA 5KZTA 1P99A 4IO3A 3KN7A 3FVOA 3H6WA 4R6YA 1LGBC 1DOTA 3OELA 3FV2A 4FEDA 1D3KA 5AA4A 3EN3A 1AH5A 3B6TA 3SERA 1B7ZA 3A3UA 3VLVA 4QFOA 1USYH 2B3FA 1A40A 1LSTA 1UTHA 2DYXA 3O29A 2UXAA 2OBGA 1N04A 4PFYA 5AA4B 1FQFA 2DXRA 4OEUA 3C32A 3VLUA 2QS1A 5DVFA 1SYHA 2ZYNA 3LC8A 3PMXA 4HW8A 5IKBA 5I56B 2D5WA 3K6UA 3M8UA 4G2ZA 3LR1A 4OFOA 1QULA 2HAVA 3G3FA 2DE3A 4F19A 2HAUA 5FHOA 2Q88A 3FGSA 2F34A 3Q29A 3V5AA 1GR2A 1ZU0A 3FZVA 3TMGA 2XXWA 1XVYA 1ZLQA 1IXGA 1HSEA 4F3SA 4EDPA 2H9BA 1B1XA 3RQTA 4H5GA 1MY2A 2XXTA 4NE4A 3RY3A 2Y7IA 1Y9UA 4ZECA 3F11A 4OHNA 1QJMA 3E3KA 3C9HA 1MM6A 1PBQA 3PMVA 2HFBA 2VD3A 2I4BA 4F3GA 1FQAA 3SEVA 4R6KA 4U4SA 5A5XB 4R6HA 3K2DA 1B3FA 2R6GE 3THIA 4LA9A 2DVZA 1SBPA 4PFUA 1SW2A 2OK2A 3TELA 2Y7WA 1MY3A 4P0IA 1B4ZA 4RK9A 3V89B 1XS5A 5CMCA 3MPKA 4EQBA 1UIVA 4AB5A 1YTVA 4BLAA 2Y7RA 3T9VA 1PEBA 2O1LA 4GF8A 4HCYA 3DELB 4KHZE 5HM4B 2XXVA 3MP6A 1B32A 2XX7A 4F3PA 3C4MA 3SKPA 3K0VA 1L5TA 1LFGA 4E0WA 4G68A 2IEEA 4ZEDA 4BDQA 2Z8DA 1N76A 4F29A 3WAEA 4QF9A 1OQHA 2PBWA 3TQWA 4JWOA 1RYOA 1MY0A 2XXQA 4IO7A 2O51A 4Z7EA 4DXUA 3TTRA 3FVKA 3IR1A 4C1UA 1NFTA 2O1MA 4YMBA 1MG1A 4XXUA 3SEWA 4ZEKA 4HCWA 1WODA 4R2FA 1N3WA 2QS2A 2XX8A 3O6HA 5I2NB 3DLNA 4ELOA 1FTLA 4GL0A 4OVJA 2A5TA 4EQ9A 4ZZEA 2RCAA 4HS7A 1SYIA 3HHFA 4EQ7A 4OTEA 3U8QA 2H5YA 4P0GA 2O7UA 4IGRA 4WXJA 3LSLA 1O7TA 4F22A 2A5TB 2ONSA 1BIYA 4BDLA 4ZE9A 4ELRA 1PB7A 5ITPA 3O9PA 3S4UA 2I4CA 4R9FA 5CMBA 3C33A 4IY6A 3Q26A 5I57A 1FCKA 1B4HA 1JQFA 3FATA 1OVTA 1LAHE 2F7CA 3JZJA 3ZKKA 4BDNA 2UVHA 5AA1A 2PX1A 3SEYA 3PPRA 5I57B 5CMMA 3QAXA 3IB1A 3MP8A 3A09A 3BKIB 5B7DA 2H98A 3H6UA 4GWOA 2VOZA 1POY1 4FORA 4RXLA 1VFEA 3FV1A 3UIFA 1B3GA 4ZEFA 4H65A 4G8HA 1TT1A 4H1XA 2O7IA 3C34A 1Z7ME 4XIGQ 3TQLA 1FTOA 1OLAA 4IO2A 2V84A 1Y4TA 1JEVA 5ITOA 2M8CA 2Y7PA 3RTFB 1YCJA 4EUOA 1H43A 4ND9A 5H8HA 5I2KA 3H06B 3W15C 4GXAA 4LATA 1B52A 1MQIA 1SI1A 3A3CA 2PVUA 5I2KB 1TFAA 4OFJA 5DVJA 1LFHA 4AB6A 3P7IA 4ESXA 5CBRA 2FYIA 4UACA 4EF2A 3DP8A 3Q25A 4BDRA 1ATGA 3KBRA 3MZBA 4U21A 1MQGA 3VLWA 4OFLA 3OENA 4TLMB 2RC7A 2GH9A 1SDXA 2NXOA 1S50A 1EH3A 1XT8A 4F1YA 4GQOA 4YU0A 2DE4A 4YKJA 4KCCA 4OEVA 5TU0A 3FVGA 2ZNTA 4R72A 1B7HA 2P1SA 2V3TA 3PUYE 3FVNA 3K1MA 3O6IA 3EHTA 4F2OA 1JNFA 1II5A 2H4IA 4GIZA 4IO6A 2NUVA 4KR5A 4O3CA 5I84A 4IY5A 2VD2A 3QXMA 3TKDA 4YKIA 4YMAA 1SQYA 2XXPA 2QMWA 1US5A 4QHQA 2DP8A 2IA4A 1LB9A 3K6WA 4MLVA 2VHAA 3KOTA 4KI0E 3QYTA 2E1SA 1OQGA 3EPEA 4U1OA 4ZEIA 1A7LA 3I3VA 3H03A 2X26A 1YPNA 3D4GA 3CSBA 5LOMA 1MXZA 3R7XA 1LCTA 4NF8B 3L6HA 3GBBA 3CG1A 2QS4A 4C0RA 2AL4A 2QMXA 3CFZA 1VFDA 1BKAA 1ZBMA 2FA7A 3SDFA 4EF1A 1PB8A 4EXKA 1FQBA 2HZKA 3RGYA 5F1QA 3HN0A 2DWHA 1DTGA 3PU5A 5FTHA 1US4A 1POTA 2XXIA 5H8QA 1MH3A 3PGFA 3BFTA 3KZGA 2F97A 4KYSA 3K6XA 4FECA 2GFEA 5IAIA 1B5JA 1B6HA 2I0BA 1Y3PA 5H8QB 3T66A 1WDNA 4QFPA 1UTHB 4DLDA 3ILTB 5H8FA 1MQDA 3B6QA 3VDFA 2ONRA 4RY1A 4L17A 2R71A 2GHBA 4ONYA 3SETA 1JVXA 3DM0A 3V83A 3I6VA 3IK6B 1DPPA 3AXFA 1IZ1A 2YJPA 4U23A 5CMKA 1ANFA 2OZZA 2ALUA 3N6UA 3UK4A 2F36A 2D3IA 1MQHA 2Y7KA 1B3HA 3G3GA 5L9OA 4QFKA 5CBSA 2QSXA 1I69A 1TWYA 4R75A 2QS3A 4WEPA 3KN3A 1SD3A 1FTMA 1ZJLA 5HPQA 3VXCA 2OWSA 2YLNA 1B3LA 4MH5A 3OO6A 3HO7A 5L9SA 2DWAA 5DYHA 1SW1A 5FHNA 3K1PA 2VGQA 3GZGA 4WKMA 5DT6A 3K02A 1QUJA 3IL1B 5FTIA 5JK4A 4LUBA 1NNPA 3O97A 1CE2A 5CI5A 2V93A 3FASA 1Y3NA 2I0CA 1B5IA 4NWCA 1LAXA 1QVSA 4GLIA 1RKMA 2NOOA 4N6PA 4XKQA 4GVOA 3CFXA 3RUMA 3TTLA 1NH8A 2Y84A 2CZLA 5B70A 1B0HA 4G4PA 2YPNA 1IEJA 1VSOA 4KFQA 2PMSA 2NVUB 1FQEA 1MDP1 4XKRA 2DS9A 3KGCA 5KDTA 3M3FA 2G93A 2X7PA 3VXBA 2KLFA 3SEUA 2DOJA 1B51A 2Z8EA 2Q8JA 2Z8FA 5KDTB 1ZIUA 4G68B 1F9BA 3H4ZA 4POWA 2RCBA 3T22A 1MY1A 1Y1MA 1ZMGA 4KCDA 1B58A 1SI0A 5ICQA 4GL8A 3TYHA 3H7MA 4N13A 3IOVA 4KYDA 3KG2A 3MVXA 2I3VA 3PPNA 3K4UA 1P1OA 4Q0CA 2XD3A 3G3HA 4R2BA 1JEUA 4YB6A 1Z7NE 4IB2A 4BDMA 3TEPA 5EHMA 3S2VA 2V3UA 1N3XA 2D21A 4M1VA 3ECRA 1DTZA 3N5LA 4OMBA 3TTNA 4FIMA 4JBZA 3FXUA 4MFIA 3QUFA 1O64A 4UA8A 3M3KA 3CIJA 1SW4A 2E0SA 3TDJA 3G3IA 1MS7A 4X1BA 1H76A 3K1NA 1AMFA 4PQJA 3L6GA 4G8NA 4G77A 4NMYA 4X9TA 1CB6A 1AOVA 1Y1ZA 3DP6A 3ODBA 4EXLA 1A8EA 1I6BA 3VVFA 1XVXA 4OXVA 3HCQA 3OO8A 2DXYA 1R1NA 3U94A 4X1DA 2W7YA 1N84A 2RF1A 4MBPA 3IO4A 4YB7A 4N07A 1OIBA 3O2AA 3U1OA 3QUJA 2UYFA 2UVJA 2OWTA 2RINA 3H6VA 1OVBA 2Q89A 3CSGA 2GRVA 3PUWE 3U72A 4TQUQ 2FNCA 5DEXA 4F39A 1LFIA 3LBSA 3KSJA 1VE4A 3MAMA 1IQ7A 1B46A 4FE8A 3K00A 3MZ9A 5DEXB 3CVGA 2F78A 1NMUA 3HV1A 1JETA 3OMBA 4DZ1A 1NH7A 1D9YA 2OLBA 5I59A 1B2HA 2QJEA 5H8HB 1N7WA 5BUUA 2XD2A 1MH4A 2DQVA 4MLQA 3TZAA 2UVIA 3HSTA 4M4GA 4FAJA 1MDQA 2ZYKA 4YKKA 3TUSA 4OENA 5I59B 4H8IA 4GRKA 4C1TA 2I58A 2UVGA 3FJMA 3JYRA 2ZNSA 3UN6A 3KJTA 2F35A 3O6GA 3OOAA 4H0WA 5BWJA 3PD9A 4POXA 4DCYA 4R74A 5KCJA 3KEIA 3LSWA 1GGGA 4MF3A 1GVCA 3IOUA 5JTYA 1FQCA 4OZ9A 1H45A 3U93A 2WKYA 3HPIA 3CRBA 3MVZA 3VE1B 4O3BA 1FTKA 2ZYMA 1PB9A 4RNSA 3WAFA 4NEDA 5KCJB 3UA8A 1B05A 3T9XB 1A54A 4F1VA 5JTYB 1P1WA 2ZXTA 4P11A 1NL5A 2UYEA 3R6UA 3FD3A 3KOSA 4F3BA 4FJPA 1QKBA 5CM6A 5M2VA 3O66A 3ILUB 3TCHA 3O28A 4PETA 4GOTA 3K01A 2HCAA 2Q9TA 1R9QA 2QL3A 1UIUA 1B1HA 3E4RA 1JW4A 2OJTA 3IAZA 4PFTA 2I3WA 4PFWA 4LP2B 4ELQA 3PD8A 3FUZA 4KYEA 4X48A 5JEIA 1A99A 4QSCA 4DE8A 2HQ0A 4OYVA 1B9JA 1A8FA 4R9GA 1O63A 1IIWA 4NWDA 2I49A 4FEBA 1N0TA 2O69A 3RT8A 3H6TA 3K6VA 1M5EA 3IORA 1UTBA 3R26A 2B65A 4HTGA 3SESA 3UGWA 1R9LA 1TFDA 1MXVA 1IITA 2F6PA 5H8NA 3USDA 4FATA 4LQ5A 4Z0IA 3VFJA 1IUDA 4GD5A 4DXCA 3VV5A 1UTBB 3TTMA 1OLCA 5H8NB 1B40A 3LSXA 1PDAA 1EU8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4U4XA 3PV0E 4F1UA 4QFLA 4ZDMA 4XKPA 3ZSFA 3PUZE 2ZMBA 4NF5A 1M5DA 1SPIA 3IO6A 2V4CA 4ELPA 3RN8A 1URSA 2GQ1A 2REJA 3U92A 2RC9A 2PYYA 4ZZAA 3D4CA 2F7AA 4NF5B 4GX3A 3T9UA 4HXVA 3MW0A 2CZHA 2Z23A 1CNQA 4KXPA 5IGAA 3E79A 3GBAA 3TCGA 4DXBA 3MVYA 4OETA 1KA0A 5TP9A 1LBYA 1NKXA 4OERA 3W9VA 3G3KA 4YICA 5DVIA 1B0LA 1URGA 4ZE8A 5I56A 1T0KA 1IXIA 5ET8A 1ELJA 5H8FB 4RPNA 3EF7A 5TP9B 2DWIA 1MPDA 2DVCA 3QSLA 3GLBA 4LONB 1DPEA 3B7DA 2THIA 1OMPA 2Z22A 1G0IA 4Q5TA 4R73A 5I5PA 1Y20A 4DIGA 2HPGA 1QGXA 4H8JA 2AL5A 1M5CA 2I48A 3SEXA 3G3JA 2XXUA 4DI3D 3EHSA 4NG7A 3S9LC 1PBPA 2CEYA 3G7WA 2F8DA 4YKPA 3ONMA 1AL3A 1H3DA 3TPAA 3KJ7A 4QXDA 2DWJA 3E9XA 4Q30B 5LDZA 3OO9A 3KN8A 1SW5A 5A5XA 1D9QA 1N7XA 1TXFA 1S7YA 1FW0A 3VVEA 4LZ8A 3RNNA 4I8CA 4O7MA 3RT6B 4IO4A 1FBHA 4RJZA 4H46A 4PP0A 4WEDA 4H5FA 3MC2A 1LLSA 2DSFA 1EYIA 4MMPA 2DE2A 2O6AA 3Q28A 3N26A 1USYE 5I58A 2L5VA 2ZZXA 4G68C 4NAPA 1FQDA 2LAOA 2Q2AA 4N17A 2I6EA 3OXNA 5L9MA 1ZTYA 2ZNUA 1XC1A 2F7BA 4JXIA 1FSAA 5I58B 4QSDA 3W9WA 4F31B 4OANA 1LCFA 5EYFA 4AQ4A 1I6AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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