2H99A

Crystal structure of the effector binding domain of a benm variant (r156h,t157s)
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
KTIRIGFVGSLLFGLLPRIIHLYRQAHPNLRIELYEMGTKAQTEALKEGRIDAGFGRLKISDPAIKHSLLRNERLMVAVHASHPLNQMKDKGVHLNDLIDEKILLYPSSPKPNFSTHVMNIFSDHGLEPTKINEVREVQLALGLVAAGEGISLVPASTQSIQLFNLSYVPLLDPDAITPIYIAVRNMEESTYIYSLYETIRQIYAYEGFTEPPNW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Inducer responses of BenM, a LysR-type transcriptional regulator from Acinetobacter baylyi ADP1.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Acinetobacter sp.
molecule keywords HTH-type transcriptional regulator benM
total genus 71
structure length 215
sequence length 215
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h99A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2h99A02
2DVCA 2A5TB 5H8FA 3LC8A 3H6VA 2Q8JA 4RYAA 4G2ZA 1N84A 3G3JA 5H8HA 3S9NC 4U22A 4L17A 5L9MA 4OESA 3IR1A 2F7BA 5IAIA 4XKRA 2UVHA 3RQTA 4C0RA 4NF4B 5FTIA 2W7YA 3BBRA 4NF6A 1TXFA 4P0GA 4MBPA 3CI8A 4OMBA 3H3GA 3IORA 1B46A 2RKMA 2ZYKA 1MPBA 4PE5B 1ZBMA 1FQEA 3ZKKA 4Z7EA 3IJOB 1MY0A 1B05A 2Q88A 3N5LA 1JW4A 3S9LC 3CSGA 2HAUA 1S9TA 2OZZA 3PPNA 3ODBA 4YKJA 2GH9A 2V3TA 5ITPA 2GRVA 3GZGA 4IY5A 1MH4A 1P1NA 4F31B 1ANFA 3IOUA 1UTHA 4ZEFA 1R9LA 1Y9UA 1XT8A 3PPPA 2WKYA 3K2DA 4ZDMA 4EXKA 1B52A 4F3BA 2FNCA 3S4UA 2X7PA 3THIA 1D3KA 3OSQA 3UORA 2Z8EA 3B6TA 1B32A 3HPIA 3K6UA 3LUYA 4UACA 4QSCA 1H43A 2H9BA 2QRYA 2YJPA 3T9HB 1LGBC 2PX1A 3K02A 3TDJA 1MG1A 3MVYA 2CMOA 3OELA 4C1TA 1FTLA 2I49A 4G68C 4M1VA 2O1LA 4R2FA 3CFLA 1NKXA 5DEXB 4GLIA 3F11A 3KSJA 2P2AA 3TEPA 1B7HA 1RYXA 2I6EA 4FE8A 3S9EA 4RXLA 1M5CA 1DTGA 1I6QA 5FHNA 3GXAA 1FQBA 3TTMA 4DZ1A 2P1SA 1YCJA 2G93A 2XXYA 4JDFA 1OIBA 3B6WA 5DYHA 2UYEA 1PDAA 3KFMA 1N3WA 2B65A 1URDA 4YU0A 3SDFA 2F8DA 2QMXA 3RTFB 1USYH 3O6HA 1MXWA 1ZLQA 3C34A 4DIGA 5I57B 4DDDA 2H5YA 5HBCA 4R6HA 3R26A 1SD3A 1BP5A 3QYTA 1B58A 4G68A 5I2KA 3RPWA 3VLVA 3MP1A 1ZKBA 4P0IA 2AYSA 3EN3A 4RPOA 3FXQA 2V84A 2VHAA 2H98A 4LZ8A 2DOJA 4ZEIA 1JVXA 2PBWA 3K00A 5DTBA 3H03A 4KHZE 1H44A 5CI5A 4YICA 4YMBA 1FTOA 5I59A 5L8DA 3RY3A 4O3CA 3KN8A 3ILUB 1LBCA 2Z23A 5TP9A 2OK2A 1Z7NE 3VVEA 1JETA 1ZJLA 3K6XA 2NWJA 3SETA 4DLDA 3KJTA 4U4SA 4OFOA 5H8NA 1M5FA 4YB5A 4JB7A 4LQ2A 3PD9A 3UGWA 1SI0A 4ELRA 3FUZA 1NNFA 2A5SA 4U1OA 2F6PA 3RTWB 5I58A 1TT1A 3FD3A 2ANJA 1FQCA 2OLBA 2DVZA 3CR9A 1R1NA 3KBRA 1MY4A 4DCXA 1URGA 5FHMA 3KN3A 4FEBA 2F34A 2AL4A 3K0VA 2H25A 3U94A 1MDP1 1LAHE 2REJA 2HZKA 4AB6A 3U1OA 1AH5A 2NUVA 2O6AA 4LA9A 1QUKA 4KQPA 3FJ7A 2O7UA 3IO4A 3CIJA 1MXZA 1M5BA 2XXTA 1Z7ME 5KDTB 5CMBA 3Q29A 5FHOA 5JTYB 4I8CA 3E4RA 1Q1KA 2P0SA 3KZGA 4OYVA 3TTNA 4BDRA 4XTCQ 3LSLA 1URSA 1A7LA 3OENA 4ELQA 4KR5A 4FEDA 3MPLA 2F5XA 2ONKE 2RC8A 1A40A 2VP1A 3QUFA 1FTKA 5BUUA 1MH3A 2UVGA 4EXLA 1I69A 3O6IA 4XXUA 4OEUA 1EZOA 4RA1A 4K3FA 4DXBA 1L5TA 2PYYA 2F36A 2Z8DA 1O63A 5I56A 4M4GA 3FZVA 2O51A 1XC1A 1R9QA 1NFTA 4NF8B 2FYIA 2OCUA 4OWDA 4NF5A 4OENA 1MRPA 5F1QA 4WEPA 1ZMGA 4G77A 2RCBA 3KOSA 5F7VA 4GOTA 5DT6A 4PFYA 3A3UA 4QSEA 4F29A 1B5IA 1DOTA 1IUDA 1JNFA 4JBZA 1I6BA 2I4CA 1UIUA 2GHAA 4H6DA 2Z22A 3PPQA 1DTZA 4GQOA 4Z0IA 1XS5A 3CG1A 4MFIA 4RK9A 1NH8A 1O64A 3HN0A 1Y3QA 3RGYA 2G29A 2QS4A 4WKMA 1QKBA 3EQ1A 3VFJA 4ELOA 1VFDA 1GGGA 1POY1 5FTHA 3IK6B 2PT2A 3E13X 3C31A 4QFKA 3O97A 3V83A 4KPTA 3K6WA 3PPOA 2IA4A 4KI0E 3KEIA 3G3GA 1LBBA 2HEUA 4DCYA 1P1QA 3T66A 1EH3A 5H8SA 1JVYA 4PETA 3EHUA 4H0WA 3T22A 1S7YA 1MQHA 3M3FA 4G8MA 2I3VA 2H4IA 3K4UA 5EHSA 1MXUA 3HHFA 4ZECA 2AL5A 4N13A 1I6AA 3H6UA 1DPPA 3IOWA 2DYXA 3MZBA 1B4ZA 3T9UA 4GL8A 1B0HA 1UIVA 4LUBA 4JWYA 3VE1B 3LSXA 5ICTA 1FW0A 3IOVA 1LB9A 3TCGA 3GLBA 3E9XA 1FQFA 3SEYA 4BDLA 5EHMA 5I2NA 3N94A 3M3KA 4R72A 3E3KA 2OWSA 2HZLA 1OVTA 4GRKA 4IY6A 4G8NA 4ELPA 3IL1B 4G68B 2F7AA 4R6KA 4ONYA 5TPAA 4ZE9A 4OVJA 5CMMA 1J1NA 1B0LA 1B7UA 4AQ4A 4F39A 2UXAA 2NOOA 2D21A 4GVOA 2B3BA 3RN8A 2Y7IA 3K1NA 4OQOA 3Q28A 1QVSA 3Q26A 3IB2A 2E0SA 2LAOA 3FV1A 1RKMA 3R7XA 4OETA 4F19A 5A5XA 4I1DA 2XXIA 5B7DA 3C36A 3W15C 4HTGA 2REGA 1NNPA 3FATA 3FASA 1D4NA 2PMSA 5CBRA 1QULA 1SW5A 2OWTA 3PUYE 2ZXTA 5ISUA 5AA2B 1GR2A 4LZ7A 5K2XA 4F3SA 2DWAA 1BKAA 3QIMA 5EYFA 4U2RA 2F6GA 2QJEA 1B2HA 5H8QA 4XKQA 4LVQA 2O84X 4FJPA 3N26A 2QMWA 4TLLB 1USYE 1YTVA 5J1DA 3FVOA 4OEVA 2HXWA 1CB6A 1SQYA 1UTBA 4F3GA 4EUOA 4F22A 4X48A 5KCJA 4GFRA 1FCKA 1P1WA 4RJZA 1XVXA 3VVDA 3FJGA 1KWHA 2QS3A 2A5TA 2OJTA 4C1UA 3RLFE 2VD2A 4EQBA 1IEJA 4GXSB 4IO7A 4GL0A 3UA8A 4LONB 4DE8A 1MQGA 3P7IA 5AA4B 2XHDA 2UVJA 4NF4A 1MY3A 3PUZE 3IO6A 4TLMB 2DE3A 4BDOA 2Y7WA 3A09A 4F3PA 5L9OA 2RF1A 2B3FA 3TMGA 1II5A 4ESWA 4R6YA 4YKPA 3OO9A 3MAMA 2X7QA 2XXVA 1MXXA 3SKPA 5ICQA 3HSTA 3D4GA 1GV8A 4Q0CA 3TQWA 1EU8A 3CVGA 3FXUA 4OFJA 2PVUA 4KCCA 1FQAA 1IXHA 3OMBA 3I5OA 3U72A 4TQUQ 4JSOA 4R2BA 2GHBA 3TCHA 4WEDA 4Q30B 1Q35A 2F7CA 3PMWA 3A3CA 4E0WA 3OXNA 3G3IA 2FA7A 2R6GE 2Q2CA 1LFGA 4NMYA 3RT6B 2I48A 3WAFA 3KGCA 3MVXA 3FJMA 4I62A 2XX8A 4GF8A 1Y1MA 2RINA 4OTEA 2DQVA 3EF7A 2DS9A 4ZZEA 1GVCA 1N7WA 3V5AA 4ZEDA 2Y84A 1M5DA 3IX1A 1P1UA 1WVJA 2XX7A 4IO5A 4X9TA 2F97A 4X1BA 2H99A 3K1MA 2XXPA 1US4A 3T9VA 3B7DA 1MM6A 4IO2A 3MVZA 5ELVA 4HCYA 2THIA 3OO6A 3S9MC 5LOMA 1PB9A 1HSLA 3U93A 2RC7A 1B4HA 5BWJA 3W9VA 5DEXA 4EF2A 4YAHX 4POXA 1XOCA 4QFOA 1HSJA 1IXCA 4R73A 1PC3A 1POTA 1B1XA 3TTRA 3CSBA 1B5JA 3CFZA 1HSEA 4QSDA 1MY2A 3FGSA 5TU0A 1LAGE 1B5HA 3G7WA 3TYHA 3MPKA 3B6QA 5H8FB 3TTKA 1SYHA 5H8HB 4LP2B 4LQ5A 5CMCA 2I4BA 4NWDA 5B70A 1VR5A 2DE4A 4IB2A 5IKBA 1SW2A 2ONSA 3O2AA 1AIVA 4H8IA 4H1XA 4NF6B 3H7MA 4OERA 3HV1A 1N76A 1VFEA 1N04A 1OQGA 4N6PA 3LSWA 1MS7A 2DWHA 4OHNA 3QUJA 4QHQA 4IO3A 3TTLA 4AB5A 3DP8A 1ZU0A 3SESA 2IEEA 1LCTA 2I0CA 2ZNUA 1Y1ZA 1A55A 1QJMA 3BFTA 3TZAA 4RY1A 1D9VA 1B3EA 1F9BA 3ECRA 3MZ1A 3N6UA 1PB8A 3MVWA 4H8JA 1B7ZA 3H6TA 4EF1A 3JZJA 1XHYA 1Y3NA 5HM4B 1B3FA 1MQJA 5CBSA 1ZTYA 4GXAA 4IGRA 1UTHB 4U4XA 1B3HA 1S50A 3UIFA 2I58A 2V93A 1IXGA 2XXRA 4ND9A 3PV0E 4ZS9A 2BJJX 4ZE8A 1VSOA 3MQ9A 4THIA 4YKIA 2UVIA 3MP6A 1SBPA 1UQWA 1IQ7A 2HFBA 4FIMA 2AIXA 1A8FA 3C35A 4NWCA 5JEIA 4IO6A 1BTJA 4G8HA 1QW0A 2RCAA 4YB7A 3PMVA 3O28A 3C33A 3PUXE 2XXXA 3EPEA 3Q25A 2XX9A 3U8QA 3R6UA 4F2OA 1ATGA 2KLFA 3EHSA 3L6HA 1MXVA 3DLNA 1RYOA 1MPCA 4RK2A 2V3QA 3OEMA 5KDTA 2V3UA 3TCFA 1B6HA 3MP8A 3O66A 4OZ9A 5JTYA 3VXCA 4RPNA 1MY1A 1OLAA 4FATA 1DSNA 1LSTA 3M3LA 4ZEBA 4XKNA 3LSFB 4G4PA 2QPQA 4E0XA 4NTLA 2O1MA 1N3XA 3I3VA 2YLNA 1TWYA 4KCDA 5I2KB 4BLAA 3VVFA 4YZZA 4EQ7A 1LFHA 1MPDA 1A54A 4PFUA 3TPAA 4R74A 1MDQA 4OXVA 4NF8A 3W9WA 2ZMBA 4F2QA 1DPEA 4ZZAA 2DSFA 4U21A 5I59B 3MZ9A 3MUQA 3K6VA 2CZLA 2XXUA 4F1UA 3PPRA 2ZNSA 3IB0A 1WDNA 3WAEA 4F1YA 5HPQA 5AA3A 3AXFA 4PP0A 4Q5TA 3VXBA 5TP9B 2VGQA 5K2YA 3S2VA 2Z8FA 1Y20A 5H8NB 1QKAA 5AA2D 1LB8A 3KJ7A 4GIZA 1JW1A 1Y3PA 4HS7A 4BDNA 2I3WA 3PU5A 4R9GA 1B9JA 2V25A 4YMAA 4WXJA 1NMUA 3QSLA 1MQDA 1TFAA 3C9HA 3HO7A 3RNNA 1QUIA 5JK4A 3OO8A 3TFLA 5DVIA 1VE4A 5I58B 4MLVA 4MF3A 3LR1A 3KSXA 2R9JA 3FV2A 2HAVA 3SEUA 1Y4CA 4R75A 4QF9A 4MH5A 3H06B 1PB7A 2VD3A 4TOZA 3PD8A 1IZ1A 4I9DA 3SEWA 3ONMA 3BKIB 4ZEKA 3TUSA 2DXYA 1JEVA 3DELB 4JWOA 3TELA 1IITA 2ZNTA 4QFLA 3UK4A 4N07A 1AL3A 1SI1A 1B51A 1SYIA 5CMKA 3V8XB 1NH7A 2Q9TA 2D5WA 3VLUA 1YAEA 4Q8RA 1ZIUA 3JYRA 4FECA 3ILTB 3FVGA 1IIWA 1JEUA 1B3GA 3OO7A 5ITOA 2DWIA 3QXMA 2UYFA 4F1VA 3QK6A 5CM6A 1D9YA 1R6ZA 4F18A 1JW5A 3OOAA 3TODA 1B1HA 2HQ0A 1OQHA 4U1ZA 2XXQA 3G3FA 3SEVA 4HCWA 2XXHA 1XVYA 3ZSFA 4ECFA 3OD7A 2Y7KA 1CE2A 2ZYMA 4GWOA 3MW0A 3DP6A 3MJNA 5I56B 2QL3A 1EZPA 4FAJA 3VV5A 5AE4A 4KD5A 1NL5A 2F78A 1AOVA 3RT8A 2ALUA 4NF5B 2XD2A 2ESNA 2NVUB 3O9PA 3DM0A 4H67A 3OEKA 4KFQA 4O3BA 1SVXB 2ZYOA 2DE2A 1MXYA 3H4ZA 3PUVE 4H5GA 3USDA 3KN7A 3FXRA 3HCQA 2DP8A 1ELJA 3C4MA 2M8CA 4P11A 4POWA 5DVFA 1LFIA 3FIRA 3D4CA 4DXCA 5AA2A 1FTMA 3I6VA 5AA1A 1FTJA 3IB1A 5CC2A 3K1PA 2ABHA 1T0KA 4QFNA 5DVJA 3EHTA 3T96B 3V89B 3N6TA 3L6GA 2RC9A 4GD5A 3C32A 2OBGA 3IJXB 3MWBA 2DXRA 3VDFA 3UN6A 2X26A 3DP4A 3CFXA 1LAFE 4PFTA 2ONRA 3KOTA 3T9XB 1M5EA 1LCFA 4IGTA 4HW8A 4IO4A 3FVKA 3CRBA 3T93B 2R71A 4U23A 2Y7RA 1WODA 3HHGA 4H5FA 3FVNA 5AA4A 5I57A 2QS1A 4EDPA 1MQIA 4JXIA 1O7TA 1BIYA 1B3LA 1NNKA 4NE4A 1EZ9A 3MBPA 2XXWA 1PBQA 2GFEA 1H3DA 5I2NB 1OVBA 2YPNA 3PMXA 4H65A 2XD3A 2D3IA 3ZKLA 4KYDA 4UA8A 3PUWE 1IXIA 2E1SA 4QFPA 5KZTA 2O68A 3QAXA 4NEDA 4R9FA 3VLWA 2QSXA 3G3KA 3JV9A 1YPNA 4O3AA 5TPAB 3BFUA 3Q27A 3ZS6A 2VOZA 4JWXA 3RUMA 4ESXA 3K01A 2Q2AA 1A8EA 2Q89A 1DMBA 1PBPA 1N7XA 4BDMA 3PGFA 3TAJA 3SERA 1A99A 4JSDA 4YKKA 4BDQA 3TKDA 5I84A 3G3HA 3GBBA 1BLFA 4QRZA 5M2VA 3O6GA 1FQDA 1OMPA 4PQJA 1AMFA 4DXUA 1TFDA 4XIGQ 3MC2A 5A5XB 4LATA 2PT1A 4KYEA 2Y7PA 1LLSA 3SEXA 3H6WA 4EQ9A 4RNSA 1SW4A 4FORA 4X1DA 1PEBA 1OLCA 3CG3A 4ISUA 5CRYA 2ZYNA 1Y4TA 1SW1A 1LAXA 3O29A 4XKPA 1B40A 3M8UA 3UP9A 1GTKA 2QS2A 4MLQA 4LZ5A 4YB6A 2NXOA 2I0BA 2F35A 3LBSA 4KYSA 1MM7A 4OFLA 1JQFA 3IAZA 5L9SA 1P99A 2DWJA 5H8QB 3U92A 2O7IA 1QUJA 1SDXA 3TQLA 3OSRA 3GBAA 1H45A 3KG2A 1UTBB 4PFWA 1US5A 1P1OA 5KCJB 2O69A 1NNTA 3IOTA 1H76A 1N0TA 2HCAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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