2HEUA

Atomic resolution structure of apo-form of rafe from streptococcus pneumoniae
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
391
structure length
390
Chain Sequence
LFQGPSSTVTIEYFNQKKEMTKTLEEITRDFEKENPKIVKVVNVPNAGEVLKTRVLAGDVPDVVNIYPQSIELQEWAKAGVFEDLSNKDYLKRVKNGYAEKYAVNEKVYNVPFTANAYGIYYNKDKFEELGLKVPETWDEFEQLVKDIVAKGQTPFGIAGADAWTLNGYNQLAFATATGGGKEANQYLRYSQPNAIKLSDPIMKDDIKVMDILRINGSKQKNWEGAGYTDVIGAFARGDVLMTPNGSWAITAINEQKPNFKIGTFMIPGKEKGQSLTVGAGDLAWSISATTKHPKEANAFVEYMTRPEVMQKYYDVDGSPTAIEGVKQAGEDSPLAGMTEYAFTDRHLVWLQQYWTSEADFHTLTMNYVLTGDKQGMVNDLNAFFNPMKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High resolution crystal structures of RafE from Streptococcus pneumoniae.
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Streptococcus pneumoniae
molecule keywords Sugar ABC transporter, sugar-binding protein
total genus 134
structure length 390
sequence length 391
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2heuA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2heuA02
1UTHB 3MBPA 1UTBA 2UXAA 5I56A 3A3CA 4OHNA 2Q8JA 4U1ZA 4FE8A 4ELPA 4GF8A 4U23A 3EHSA 4MFIA 3JV9A 1LB8A 3EF7A 2UVJA 4G77A 4EUOA 1A55A 2VGQA 4NWDA 3MW0A 1TWYA 2AYSA 4P11A 3HO7A 2F7CA 2HQ0A 2F97A 3QYTA 1P99A 3K2DA 1MY4A 1Z7NE 3RN8A 4NWCA 1ZMGA 3CI8A 5F1QA 1NNTA 5EHSA 1YPNA 1TFDA 2H98A 2O7IA 4GXSB 1N84A 4RYAA 3QUJA 3FV1A 2Z8DA 4R73A 4NF4B 2AL4A 4F1VA 4Z7EA 1GV8A 1B32A 5J1DA 2OLBA 2B3BA 3I6VA 1FTMA 3JYRA 2DVCA 5AA3A 2RC9A 2PMSA 3MVWA 2ANJA 1LGBC 1WVJA 5HPQA 1DPPA 3C9HA 4IY5A 1Y3NA 5LOMA 2XXTA 3FVKA 3IB2A 3FXRA 4IGRA 4QSCA 2I0CA 4YKKA 4G68B 4YU0A 2DXRA 3TODA 1PC3A 4KCDA 3VLVA 4BDLA 3HV1A 4IY6A 2F7BA 4KCCA 3FXUA 3N6UA 1NNPA 1M5CA 2UYFA 3GBAA 3CFZA 5ICTA 2IA4A 3LC8A 1N7WA 3S9NC 4F29A 2H4IA 3FUZA 1B7UA 3TCHA 3TDJA 4I9DA 2Q2AA 2VP1A 1NNKA 1ZKBA 4MBPA 1FQCA 5CMMA 4THIA 4EDPA 1BP5A 1MRPA 2V84A 5JTYB 2DWJA 5TP9A 2HAVA 1QW0A 1I69A 5KCJB 5BWJA 3MQ9A 4LVQA 3TAJA 3IOTA 1DMBA 1SW4A 3QXMA 4OERA 2Y7KA 3SEWA 1HSLA 1MY2A 4KD5A 4BDRA 1MM7A 3IJOB 4O3BA 4DZ1A 4F2OA 5TPAB 3LSLA 4H8IA 4MLVA 4IO6A 3SEXA 3HCQA 4KHZE 2DWAA 5H8NB 4ELQA 4RA1A 4X1BA 3CRBA 2DSFA 2XXIA 3VXBA 4ZEBA 4AB6A 1UTHA 3QUFA 2O1MA 1D4NA 1MS7A 2GRVA 2FYIA 3PUXE 3OOAA 1B6HA 2X26A 1PBQA 2FA7A 3U1OA 3MVZA 2RC8A 2G29A 3RT8A 1OLAA 2M8CA 2ZNUA 1M5DA 1NH7A 4EQ7A 4OEVA 5K2XA 1B7ZA 4OFJA 3FZVA 5CRYA 1KWHA 3MAMA 2O68A 4ELOA 4C1TA 1LAXA 2E1SA 4Q5TA 4RPNA 1D3KA 2ZNTA 2OK2A 1LFGA 2QJEA 4G68C 4ESXA 1UQWA 3CSGA 3VVDA 3K01A 4F1UA 2DWIA 4NF4A 4HTGA 1H45A 1UIVA 5FTIA 4R2FA 5DYHA 1AIVA 4GRKA 5ICQA 2YLNA 1ZIUA 2OJTA 2ONKE 4R6YA 1LAFE 5KDTB 4E0WA 4QFPA 2DOJA 3IJXB 5ITOA 4H65A 5IKBA 4PE5B 4QFKA 3UA8A 2QS3A 2HZKA 4H8JA 3FVNA 4BDQA 2XXWA 3K4UA 2X7PA 4ESWA 4O3AA 3K6WA 4JSOA 1RYXA 4YZZA 1JEVA 4ZEKA 1URSA 2XHDA 4JWXA 2GFEA 3Q26A 1N76A 1B46A 2QMWA 3BFTA 1CE2A 3UN6A 3GXAA 5AE4A 3K1MA 4F3BA 4KYDA 1A8FA 2V3UA 4IO7A 3Q29A 3UK4A 3N94A 1DSNA 1TXFA 1JEUA 3H7MA 4P0IA 1GVCA 2DS9A 4P0GA 1P1WA 1VR5A 2REJA 1L5TA 5DEXA 3R6UA 5JTYA 2AIXA 2PVUA 1B3LA 1OLCA 2I49A 4JB7A 4QFOA 1FW0A 1FTKA 4QRZA 5B7DA 2DXYA 3PD8A 3VLWA 2DVZA 4N6PA 1XS5A 1RYOA 2D21A 3D4GA 4MH5A 4XKQA 5TPAA 3C35A 2BJJX 3FASA 5H8FB 1ZBMA 5I59B 2DE2A 2ZMBA 3VVFA 5JK4A 1QKBA 3W15C 3PUVE 5ITPA 2XXUA 4RPOA 4ZE8A 1B3HA 1F9BA 1IIWA 4PFTA 3VXCA 1OIBA 3T22A 3MP1A 3IOUA 4RK2A 2ZYNA 5KZTA 1OQHA 3HPIA 1N04A 4OYVA 2Z23A 2R9JA 4JXIA 4YMAA 4I8CA 3LR1A 2XD2A 2DE4A 4NF6B 4G2ZA 1MQDA 5H8HA 2RKMA 1IITA 3R26A 4ZZEA 3JZJA 4F39A 1PEBA 3MZ9A 5BUUA 4DCYA 3LSFB 1B3EA 2DP8A 3E4RA 3SEUA 5HM4B 1NL5A 4ZEFA 4Q0CA 5AA1A 3KN3A 1MXWA 4ZS9A 4KYSA 3V89B 4DXCA 2PX1A 3ONMA 3KN7A 2RINA 3U72A 4KQPA 3KEIA 2PBWA 2F6PA 4JBZA 2Q2CA 4YAHX 3HHGA 2B3FA 2KLFA 4R75A 1Y1ZA 2VHAA 4N07A 3PPOA 4AB5A 1MXVA 1MY3A 4YKJA 3OO7A 4NF8B 3O29A 2Z8FA 3G3FA 4R9GA 2GHAA 2I4BA 4N13A 1IXCA 5DT6A 2XXRA 2VD3A 4U1OA 1LFIA 4YKIA 1GGGA 1OQGA 3K0VA 3S4UA 5AA2D 2P2AA 4TQUQ 4OZ9A 1ZLQA 4XKNA 4E0XA 4DCXA 4Q30B 3O97A 5AA2B 2ZYKA 1MH4A 1B1XA 2O7UA 4HCWA 3ODBA 2OCUA 4LP2B 4LATA 3TCGA 1JVYA 3L6GA 4M1VA 1H43A 3MZBA 5A5XB 1DOTA 1R6ZA 1MM6A 1LCTA 5IAIA 1OVBA 4H6DA 3SETA 5I58B 1B52A 3C31A 2HZLA 5AA4A 3PUZE 3PU5A 1MG1A 3WAFA 3T66A 1ATGA 1B3FA 3I3VA 4FORA 2DWHA 4R6KA 4BDNA 3IO4A 1LLSA 3O6HA 5I84A 1EH3A 4ZDMA 3T96B 4U4XA 3DP4A 2O6AA 1T0KA 5CMBA 1MY0A 2XX8A 4EQ9A 2Q89A 3RPWA 3L6HA 4QSEA 1IZ1A 1I6BA 3FVOA 1QUJA 3KZGA 1AMFA 4U2RA 4XXUA 1M5BA 3MZ1A 3SEYA 5I2NA 2QL3A 4WKMA 4FIMA 1I6QA 3GZGA 5L9OA 3D4CA 2YPNA 1N0TA 2FNCA 4GIZA 2HAUA 2XXPA 3UP9A 1LFHA 3OO6A 4NF6A 3U92A 1NNFA 2YJPA 4FEBA 3THIA 2QS2A 2RCAA 2CMOA 3G3IA 2CZLA 1II5A 3FGSA 4IO4A 5CM6A 2RC7A 2F35A 4KI0E 5DTBA 3U8QA 3T9HB 3V8XB 4IO3A 3OSRA 3MP6A 4L17A 1MQJA 3MPLA 4F2QA 3PMXA 3TMGA 4LZ5A 1Q1KA 4DXUA 4TLLB 3FVGA 4XIGQ 3I5OA 2V3TA 2I3WA 4TLMB 1MPCA 4NF5B 4BLAA 1A8EA 2QS4A 4O3CA 4GVOA 3ZKKA 4LA9A 1JETA 4GOTA 1SI1A 1JNFA 3ECRA 4POWA 3FJ7A 3FATA 1HSJA 1VE4A 2HXWA 3EN3A 4F22A 1SDXA 2A5SA 4F18A 1MQGA 3VE1B 5H8QB 3B6TA 4DXBA 3U93A 2NXOA 1I6AA 4K3FA 5AA2A 1PBPA 3C36A 2X7QA 3EHUA 2E0SA 1O63A 4IO5A 1AOVA 1Y1MA 2XD3A 3CSBA 3VV5A 4MF3A 4EXLA 4OXVA 3CIJA 1Y4CA 1S50A 5A5XA 2I0BA 1GTKA 1A54A 1JW5A 3V83A 3UORA 3QAXA 1NFTA 1XHYA 1M5FA 3IOVA 2ALUA 4QSDA 2RCBA 2IEEA 3PPPA 4X9TA 4JDFA 1O64A 2DE3A 1US5A 1SYIA 2HCAA 2V25A 3FV2A 4F19A 1BKAA 1NKXA 4HS7A 1SW2A 2A5TB 3TYHA 3MP8A 5M2VA 3IO6A 3V5AA 3Q25A 2UVGA 3VDFA 2B65A 2Q88A 4F3PA 3E3KA 5CBRA 2QSXA 2VOZA 3B6WA 3VLUA 2F5XA 4G68A 3MPKA 3K1PA 1UIUA 1JVXA 4DDDA 1EZ9A 4OFLA 2ZYOA 4R74A 1MXZA 2VD2A 2R6GE 2OWTA 1UTBB 2V3QA 1BTJA 3KJ7A 3KSJA 5I56B 3C4MA 4Z0IA 1D9YA 1FQFA 3RLFE 4WXJA 3O2AA 3PMWA 2I4CA 1SD3A 3CR9A 3OSQA 3LUYA 3WAEA 2OBGA 4R6HA 4LUBA 3H6UA 3FJMA 3IAZA 3G3JA 3C34A 3CFXA 4RNSA 5KCJA 2NUVA 3OO8A 4PQJA 5TU0A 3VVEA 3FD3A 1P1NA 4WEPA 4ZZAA 4WEDA 1LCFA 4OVJA 2THIA 3O6IA 4KPTA 3IB1A 1WODA 3PUWE 2I58A 4U21A 3A09A 1PDAA 3CFLA 5CMCA 3C32A 4NF5A 2ONSA 5H8NA 3S2VA 4H67A 2Q9TA 3KG2A 2XX7A 2W7YA 1TT1A 2GHBA 5HBCA 4OESA 3S9MC 1YTVA 1QVSA 2O1LA 2Y7WA 2P0SA 3HHFA 1J1NA 3PGFA 3HSTA 1GR2A 1NH8A 4F1YA 3N26A 3H6WA 1B51A 2R71A 2QRYA 4OETA 3W9WA 2UYEA 1FQAA 4NEDA 3FJGA 1ANFA 3RY3A 2NWJA 1LAHE 3R7XA 1QUIA 1O7TA 4QF9A 2ZXTA 4X1DA 3ZSFA 3TQWA 5I57B 3OO9A 3A3UA 1N3XA 3VFJA 2PYYA 4C1UA 1Y9UA 2OZZA 2ABHA 4I62A 3ILTB 5FTHA 4IGTA 3PV0E 1MXXA 5TP9B 1H3DA 1VSOA 1B58A 1B1HA 2ZNSA 1SW1A 1B5JA 1FQBA 3GBBA 1HSEA 3M3FA 3RGYA 4TOZA 3HN0A 1POTA 1Y3PA 1XVXA 1ZJLA 3CVGA 1ZU0A 1S7YA 2Y7RA 4R2BA 1MH3A 4NE4A 3U94A 2ZYMA 5EYFA 5KDTA 2XXQA 3K6UA 2QMXA 5F7VA 3MC2A 4GQOA 1YCJA 4M4GA 3RT6B 3PMVA 1A7LA 3T93B 3T9VA 4EF2A 3H06B 3H3GA 3M3LA 3LSWA 3TELA 2F36A 3K6VA 3SDFA 3KJTA 3TUSA 2O69A 3N6TA 3G3HA 1USYH 4G8MA 3OD7A 1IQ7A 4I1DA 4GL0A 3S9EA 2REGA 3H4ZA 1JQFA 3G7WA 4HW8A 3KSXA 4IB2A 4YB7A 4HCYA 2GH9A 4GXAA 1B4HA 4H5FA 2QS1A 1SQYA 4QFNA 4U4SA 5ISUA 3TTMA 4YB6A 3E13X 3TTRA 2AL5A 4QFLA 4RJZA 4GL8A 3LBSA 3DELB 3TTKA 1CB6A 5H8FA 1P1QA 3OXNA 5I59A 4R72A 3TQLA 3TZAA 3SKPA 4FAJA 2PT2A 1PB8A 2I3VA 1M5EA 4X48A 2I48A 1Y20A 4H0WA 3BFUA 4NTLA 1AL3A 5L9MA 5JEIA 1N7XA 3QK6A 1MDQA 3P7IA 4FECA 1JW1A 4ZE9A 3H03A 4ZECA 3KOSA 4H1XA 4KR5A 4FJPA 1ELJA 2XXHA 3MWBA 3MVYA 3KGCA 2HFBA 1B05A 1B0LA 3MVXA 3RNNA 4GD5A 1IXHA 1LSTA 3M8UA 3T9UA 2D3IA 3DM0A 3ILUB 3K00A 3K1NA 4DLDA 1IXGA 1H44A 4G4PA 1RKMA 3RQTA 1IUDA 2XXXA 3KOTA 1MPBA 1SYHA 4JSDA 5I57A 3PPNA 2WKYA 3W9VA 2D5WA 3PD9A 1SVXB 3O9PA 1B7HA 3BBRA 1FTOA 1PB7A 5DEXB 2HEUA 4DE8A 3Q27A 3H6TA 1B0HA 2XXVA 3UIFA 4OMBA 3O66A 1R1NA 1WDNA 3TCFA 1LB9A 1FTLA 2I6EA 4NF8A 3EPEA 5ELVA 3TTLA 4RK9A 2NVUB 2O84X 2UVHA 2ESNA 1QJMA 1BLFA 5DVJA 3PPRA 4OFOA 3E9XA 1MDP1 1LAGE 4DIGA 2F7AA 3USDA 1XOCA 1JW4A 4FEDA 4OTEA 3F11A 1B5IA 4AQ4A 1FQDA 3TKDA 1Y3QA 1NMUA 3G3KA 2O51A 1B4ZA 4R9FA 4JWYA 1EZPA 5FHMA 3LSXA 3MJNA 1QKAA 1LBBA 4OQOA 3UGWA 2G93A 1URGA 2F8DA 2P1SA 5H8HB 3SESA 5L8DA 5I58A 3IL1B 4C0RA 4F3SA 2Y84A 4XKPA 4UACA 1B2HA 3OEMA 1FTJA 3IOWA 4ECFA 3IX1A 3ZS6A 3OMBA 4PFYA 5DVIA 1URDA 4BDOA 1B9JA 2XX9A 1A40A 3FXQA 3B6QA 1R9LA 1D9VA 1DPEA 4EXKA 1MXYA 3RTWB 2UVIA 1MQHA 1FQEA 5I2KB 1PB9A 3OEKA 4EQBA 4ISUA 2F34A 4YICA 3TEPA 1B5HA 2H5YA 4IO2A 1N3WA 3M3KA 3EQ1A 3KBRA 3PPQA 1SW5A 4NMYA 3RTFB 4QHQA 2H9BA 2V93A 3ZKLA 3G3GA 3IORA 1AH5A 3H6VA 4ZEIA 1SI0A 5CBSA 4LQ5A 1DTZA 3O6GA 1VFDA 3FIRA 3K6XA 5CI5A 1H76A 5FHOA 1TFAA 4ND9A 4F3GA 4MLQA 1US4A 3T9XB 4RXLA 1A99A 2LAOA 1YAEA 3N5LA 3Q28A 3GLBA 4GLIA 4XKRA 2Z22A 1Z7ME 1Q35A 1MQIA 4OEUA 2Y7PA 1MY1A 5AA4B 2DQVA 3IK6B 4ONYA 1QULA 1OVTA 1S9TA 3QSLA 4GFRA 1MPDA 2ONRA 3RUMA 4PP0A 1FCKA 1BIYA 3C33A 4FATA 3DP6A 1QUKA 2Y7IA 4PFUA 4ELRA 3MUQA 1SBPA 2RF1A 4EF1A 5EHMA 4GWOA 1B3GA 4ZEDA 5CMKA 3IR1A 4KFQA 2OWSA 3CG1A 3BKIB 3KFMA 3TFLA 4BDMA 3SERA 5H8QA 2H25A 4H5GA 5B70A 4LONB 3EHTA 2XXYA 4F31B 1B40A 5I2NB 4LQ2A 3CG3A 4OWDA 3QIMA 1DTGA 1POY1 2QPQA 4OENA 3PUYE 3K02A 4YB5A 1R9QA 5K2YA 5L9SA 2F78A 4YMBA 3O28A 1EZOA 3S9LC 3KN8A 2PT1A 4PETA 3TTNA 1OMPA 5DVFA 3TPAA 3DLNA 3OELA 2NOOA 3B7DA 4RY1A 4YKPA 3IB0A 1ZTYA 3DP8A 2Z8EA 4PFWA 4LZ8A 1Y4TA 4POXA 1P1UA 3AXFA 4G8NA 2DYXA 1XC1A 4JWOA 4UA8A 1VFEA 1XT8A 1MXUA 2A5TA 1P1OA 1LBCA 5H8SA 1EU8A 2H99A 2F6GA 3SEVA 5FHNA 4KYEA 5I2KA 4U22A 1XVYA 1IXIA 4XTCQ 4G8HA 4Q8RA 4LZ7A 5CC2A 1USYE 1IEJA 3OENA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1UTHB 3MBPA 1UTBA 2UXAA 5I56A 3A3CA 2P3VA 4OHNA 2Q8JA 4U1ZA 4FE8A 4ELPA 4GF8A 4U23A 3EHSA 4MFIA 3JV9A 1LB8A 2CEXA 4PFBA 3EF7A 2UVJA 3NOHA 4G77A 4EUOA 1A55A 2VGQA 1NUZA 4NWDA 3MW0A 1TWYA 2AYSA 4P11A 4P8BA 3HO7A 2F7CA 2HQ0A 2F97A 5IZ3A 2XXKA 3QYTA 1P99A 3K2DA 1MY4A 1NV0A 1Z7NE 3RN8A 4NWCA 1ZMGA 3CI8A 5F1QA 4NQ8A 1NNTA 1NUWA 2VPNA 5EHSA 1YPNA 1TFDA 2H98A 2O7IA 4GXSB 3KC1A 1N84A 2WYKA 4RYAA 3QUJA 4PDDA 3FV1A 2Z8DA 1XI6A 4NF4B 2AL4A 4R73A 4F1VA 4Z7EA 1GV8A 1B32A 5J1DA 2OLBA 2B3BA 3I6VA 1FTMA 3JYRA 2DVCA 5AA3A 2RC9A 2PMSA 3MVWA 2ANJA 1LGBC 1WVJA 5HPQA 1DPPA 3C9HA 4GX6A 4IY5A 1Y3NA 4NGUA 5LOMA 2XXTA 3FVKA 3IB2A 3FXRA 4IGRA 4MMPA 4QSCA 2I0CA 4YKKA 4G68B 4NAPA 4YU0A 2DXRA 3TODA 1PC3A 4KCDA 3VLVA 3CHGA 4BDLA 3HV1A 4IY6A 1DK4A 2F7BA 4KCCA 3FXUA 3N6UA 1NNPA 1M5CA 1FBDA 2UYFA 3GBAA 3CFZA 5ICTA 5EYHA 2IA4A 1LBVA 3LC8A 1N7WA 2XWKA 1FBEA 3S9NC 4F29A 2H4IA 1RDZA 3FUZA 4P1EA 1B7UA 3TCHA 4N91A 3TDJA 4I9DA 2Q2AA 2VP1A 1NNKA 1ZKBA 4MBPA 1FQCA 5CMMA 2PCRA 4THIA 1K9ZA 4EDPA 1BP5A 1MRPA 2V84A 5JTYB 2DWJA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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