2I48A

Crystal structure of bicarbonate transport protein cmpa from synechocystis sp. pcc 6803 in complex with carbonic acid
Total Genus 144
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
144
sequence length
399
structure length
399
Chain Sequence
MMPETANIKLGYIPIVEAAPLIIAQEKGFFAKYGMTGVEVSKQANWASARDNVTIGSQGGGIDGGQWQMPMPHLITEGIITNGNKVPMYVLAQLITQGNGIAVAPMHEGKGVNLDITKAADYIKGFNKTNGRKFKAAHTFPNVNQDFWIRYWFAAGGVDPDTDIDLLAVPPAETVQGMRNGTMDAFSTGDPWPYRIVTENIGYMAGLTAQIWPYHPEEYLAIRADWVDKNPKATKALLKGIMEAQQWIDDPKNRPEVVQIVSGRNYFNVPTTILESPFKGQYTMGDGQPAIDDFQKGPLYWKDGIGNVSYPYKSHDLWFLTESIRWGFHKNAIPDLDTAQKIIDKVNREDLWREAATEAGFTADIPSSTSRGVETFFDGITFDPANPSAYLQSLAIKKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Structure of a Cyanobacterial Bicarbonate Transport Protein, CmpA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Synechocystis sp.
molecule keywords Bicarbonate transporter
total genus 144
structure length 399
sequence length 399
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13379 NMT1_2 NMT1-like family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2i48A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2i48A01
5TP9A 2IA4A 4JWOA 2FNCA 3TCGA 1IUDA 2DWAA 2ZYKA 3LSWA 3IOWA 5H8HB 3SEYA 1A54A 1EZOA 3VLVA 1RKMA 5I57A 2ZYOA 5DEXA 1FQAA 1Y1ZA 1POTA 4NF4B 4BDMA 4FE8A 2XXPA 5BWJA 4XXUA 1R6ZA 4QFOA 3BFTA 4KYSA 4KI0E 4GOTA 3PD9A 4R74A 2DE4A 4ZEKA 3L6GA 1GVCA 3U93A 4Z0IA 3VLUA 5FTHA 3FVGA 3I6VA 1O64A 2F6PA 4YKIA 1SI0A 1Y1MA 3ILUB 3IO4A 2RKMA 4F18A 3FJGA 1SDXA 5I58B 3KN8A 3OXNA 4H5FA 4GRKA 1MY0A 4NEDA 3MWBA 3LR1A 5I59A 3PMVA 1IEJA 4C1TA 4YZZA 1QKBA 4KYDA 4GIZA 2OK2A 4H0WA 4POWA 1TFDA 4U1OA 3G3JA 3I3VA 1Y3NA 4NTLA 2QMWA 4KD5A 2I6EA 5ICTA 1T0KA 3KOTA 1M5DA 5I2NB 1UQWA 1LAXA 1QVSA 2D21A 2DXYA 3FUZA 1PEBA 4RPOA 4ZEBA 5AE4A 3T66A 1MY4A 2X7QA 5IAIA 1FTJA 4LONB 2XXHA 1ANFA 2Y7PA 4TOZA 5EHMA 4U4SA 1FW0A 4OEVA 2Y7WA 3O28A 3TTMA 4U1ZA 3VVDA 1MPCA 2XXRA 4IO6A 1B1HA 2R9JA 3C34A 2QPQA 3T9HB 5F1QA 2Y84A 3GLBA 1WODA 3SESA 1P1QA 4F2QA 1IITA 3ZS6A 3G3GA 4MBPA 4ELRA 1CE2A 4OENA 4U21A 3RNNA 4F29A 1JEVA 4JWYA 3T9VA 5AA4A 2PBWA 4OXVA 2YJPA 1VFDA 3KZGA 3VXCA 4AQ4A 1B58A 1VE4A 4KCCA 4DDDA 2F5XA 1OLCA 4G68A 2RCBA 1GGGA 3PPOA 1M5FA 3PPRA 2RC7A 1CB6A 3SEXA 5L9MA 3IB2A 2XXQA 4NF5B 3PUZE 4DLDA 2YLNA 1B52A 4EF1A 4I9DA 4R73A 5CMCA 2A5SA 3LBSA 4FORA 4YKJA 4HW8A 4H67A 1DPEA 3K02A 5J1DA 4BDOA 1B05A 2KLFA 2F35A 3QAXA 3WAFA 2I4BA 5H8FB 3PMXA 1Y4CA 4BLAA 4Z7EA 4QFLA 2GFEA 3H7MA 5TPAB 5JTYA 3K4UA 2F34A 3UA8A 4DCYA 3OEKA 3FGSA 2F7AA 3A09A 4KR5A 1P1UA 1FQBA 4RNSA 2XHDA 5KDTB 3IB1A 4YAHX 3OO7A 3KG2A 2REGA 1Q35A 1B3FA 4R2FA 3S9EA 3ONMA 1TWYA 2VOZA 4GWOA 1P1WA 3TTLA 1HSEA 3FJ7A 4G77A 1ZJLA 3KN3A 3G3HA 4IGRA 1EZ9A 3RGYA 4F31B 4YMBA 1A99A 2REJA 4ECFA 1MH3A 4YB6A 3FATA 3OO8A 2ONSA 1MXZA 5A5XA 3H6UA 2PVUA 1ZU0A 4HTGA 3E13X 5AA2B 3PUXE 4JWXA 4EQ9A 4FECA 2IEEA 3OMBA 2HCAA 3TTRA 4F3GA 2HAVA 2DWHA 4UACA 1FQDA 5L8DA 1JW5A 4EXKA 4ZZAA 5ITOA 1N7WA 4GVOA 1DTZA 4GD5A 3K00A 1POY1 1B51A 3KBRA 2HFBA 1B7UA 5FHOA 1B6HA 1VSOA 4RJZA 2OWSA 5CMBA 4PETA 4PP0A 3W9VA 4ZEDA 1MG1A 1DMBA 3FVOA 3RTFB 3MPLA 5CRYA 1A55A 4DCXA 2V84A 5H8QB 2F97A 3U94A 1B5HA 2M8CA 3O9PA 3K6UA 4QFKA 4DZ1A 1B7ZA 4AB6A 1OMPA 4XKQA 2UXAA 1VFEA 3MVYA 2ZMBA 1LBCA 3N94A 2QSXA 1N7XA 4ESXA 1UTHB 1SW4A 3Q25A 2AL5A 4KQPA 1NL5A 4JSDA 3G3KA 2ONKE 1BLFA 4QFPA 4X1DA 4RXLA 4NE4A 3S4UA 3CG1A 1QUJA 4F39A 4H5GA 4QSEA 4XTCQ 5I2KB 2DE3A 2PYYA 3MQ9A 1LAFE 3IR1A 1DPPA 4EXLA 3G7WA 3A3UA 3EHSA 2A5TA 3MP1A 1A7LA 4LZ8A 1XVYA 2ESNA 2FA7A 1SYHA 1Z7ME 2RC9A 3K1MA 2GH9A 2O51A 3PV0E 1MQGA 4OMBA 1Y4TA 3H6VA 4IY5A 3L6HA 4IO2A 3UP9A 2ANJA 3W15C 2QS3A 4GXAA 2DS9A 3TCHA 4OFLA 3EHTA 3FV2A 5ELVA 3RUMA 3V5AA 4KYEA 3DELB 4EF2A 4NWCA 3PU5A 1NNPA 3N6TA 3LSLA 4ZS9A 1B5IA 4IY6A 4GXSB 4LUBA 2H9BA 2OBGA 3KSJA 2THIA 4FATA 2NXOA 4JXIA 5EYFA 3V89B 1YPNA 1PDAA 4UA8A 4F3PA 4IB2A 1O7TA 1S9TA 3TZAA 3VVEA 1MXWA 2PT2A 2Z8EA 2F8DA 3KEIA 3QXMA 5LOMA 2ONRA 1B2HA 3B6WA 4ELQA 3HV1A 1M5EA 1JNFA 2XD2A 3PMWA 1LAHE 2HEUA 3HHFA 4NF8B 2O1LA 5CBSA 3MC2A 4H8IA 4WXJA 4DE8A 1B9JA 1UIUA 1XT8A 4LVQA 1JW4A 5ITPA 2HZLA 4KPTA 3FXUA 1H76A 4C0RA 4NMYA 3U8QA 1B5JA 4R9FA 1R1NA 4QSDA 3CI8A 4EQ7A 1EU8A 4R2BA 3JZJA 2DSFA 1YCJA 1FTMA 5L9OA 1F9BA 1MXYA 3P7IA 3HO7A 3D4CA 3E4RA 3VFJA 2Q89A 2HXWA 5I56A 4P11A 4NF6B 1LB8A 3MPKA 2B3FA 1IIWA 1OQHA 5HPQA 4BDRA 4DXUA 2Q88A 4OETA 1MS7A 5KCJA 2UYFA 3C32A 3IO6A 1PB9A 2AYSA 1LCTA 4OTEA 1N04A 5B7DA 3CRBA 1IZ1A 3M8UA 5HBCA 1ATGA 1B3LA 3TKDA 3IAZA 1VR5A 2I49A 1GTKA 1P1NA 1MM6A 2Z23A 3ILTB 3C33A 5M2VA 4QRZA 2XXIA 1N3WA 1R9QA 1UTBB 3IOVA 4U2RA 3CSBA 4E0WA 1FQFA 2Y7RA 2G93A 2XXWA 1BTJA 5H8HA 4G8NA 5JK4A 4YKKA 2NVUB 3O6HA 2D3IA 1AMFA 2Z8DA 4PFWA 5H8NB 4I8CA 4NF4A 4L17A 1MQJA 1USYH 4O3BA 4WEDA 3EPEA 1DOTA 2VGQA 4GFRA 4ONYA 4LQ5A 5AA1A 3EN3A 2UYEA 3FIRA 4O3CA 4U4XA 3Q26A 4G4PA 2X26A 3LUYA 3FASA 3IORA 2XX7A 1EH3A 2ZNTA 3MZBA 3K0VA 2GHBA 1AIVA 4RY1A 1D9VA 3GZGA 3M3KA 1SW2A 4PFUA 3RLFE 3K2DA 1US5A 3KFMA 5DVJA 4OZ9A 3SDFA 3VXBA 2NUVA 3IK6B 3K1PA 1SBPA 3HPIA 3QIMA 3ODBA 1XHYA 3E3KA 3ZKKA 4OFOA 5K2XA 4R75A 5I58A 2ZNUA 2O69A 4YU0A 2I58A 3ZSFA 3VLWA 5BUUA 1MY3A 1LBBA 3UGWA 3MVXA 1B4ZA 1MPDA 4BDNA 4O3AA 1OVBA 2V3QA 2O6AA 4TLLB 3ZKLA 2OJTA 1B3GA 3OD7A 3T22A 3CFZA 3TELA 1MQHA 3S2VA 4E0XA 1NNKA 3FVKA 5I2NA 2Q2AA 1B3HA 2LAOA 1MDQA 1PBQA 2NWJA 4WEPA 3DP4A 2H5YA 3IL1B 2AL4A 3N5LA 1URGA 3D4GA 3CR9A 3KJ7A 3CFXA 3O2AA 2AIXA 1L5TA 1MY2A 3V83A 1LCFA 1D4NA 1LFHA 2DVZA 3T93B 3MUQA 1Z7NE 2OZZA 4M4GA 3K1NA 1B7HA 4OERA 3SKPA 5I84A 1URDA 4ELOA 3GXAA 4U23A 5TP9B 1R9LA 2H98A 3RT6B 3G3FA 5K2YA 1MM7A 3HN0A 1US4A 4R6YA 5CMKA 2RINA 1ZTYA 3H06B 4GF8A 5CM6A 1SYIA 1QKAA 4RK9A 4YB7A 4MLVA 4DIGA 5I57B 1J1NA 3IB0A 1JQFA 2V93A 5DEXB 5F7VA 4F2OA 2VD3A 1NKXA 5AA2D 5JEIA 2UVHA 3TAJA 2GHAA 1LB9A 1B32A 1I6QA 1MY1A 4IO7A 4I62A 3C31A 2I0CA 3O6IA 2OCUA 4FAJA 1H43A 4G68C 2RC8A 3OELA 1JW1A 1MDP1 3O97A 1H44A 3TTKA 2X7PA 3UN6A 3QK6A 1QW0A 2I0BA 4X9TA 1HSLA 3SEVA 5DTBA 5FHMA 3VV5A 3CG3A 3FXQA 4NF5A 3K01A 1D3KA 4R6HA 3UIFA 2E0SA 2QS1A 5CBRA 3MVZA 1LFGA 2Q2CA 1PB8A 3KJTA 5ISUA 1B3EA 3DM0A 1I69A 1NH8A 5ICQA 4FEDA 5I59B 2W7YA 3M3FA 4DXBA 2I3WA 4H8JA 3H6TA 3TFLA 2WKYA 4HS7A 3F11A 3CFLA 1MXVA 3OO6A 5H8FA 1XOCA 3GBAA 4ZECA 1JVXA 2I4CA 4IO5A 4OVJA 3M3LA 5CC2A 1ZBMA 4K3FA 2QRYA 2XXTA 4BDLA 5TPAA 2O7UA 1LSTA 4LA9A 1UIVA 3R26A 4BDQA 3TTNA 3UORA 3EHUA 3LSXA 1A8EA 1AH5A 3QSLA 4R72A 5KDTA 4F1VA 1II5A 3MZ9A 1PBPA 4TLMB 3PPPA 1JEUA 3FV1A 2P2AA 4OQOA 2D5WA 3CVGA 2UVJA 1USYE 2CMOA 1N0TA 1M5CA 4R6KA 1BP5A 3PPQA 4U22A 4OESA 4YMAA 1O63A 4X1BA 3B6QA 2P0SA 2XXVA 1LAGE 2H25A 2F6GA 3MVWA 3MW0A 1JVYA 2XXXA 1MRPA 2DP8A 1DSNA 1XS5A 1BIYA 2ZYMA 3H4ZA 1PB7A 1OQGA 1XVXA 1N76A 5CMMA 5AA2A 2V3TA 3TCFA 3EF7A 2VHAA 3E9XA 5AA4B 4F3SA 1H3DA 4F1YA 3TUSA 3C4MA 2CZLA 2E1SA 4RK2A 4P0GA 3RTWB 1URSA 1Y9UA 3RQTA 2DYXA 3JV9A 5B70A 5L9SA 1IQ7A 2O7IA 3N6UA 4G68B 1ZIUA 3HHGA 1ZKBA 3W9WA 4Q5TA 1N3XA 4JSOA 3OSQA 1NFTA 2PX1A 4RYAA 4EUOA 2Y7IA 1AOVA 2B3BA 3TQLA 4DXCA 5DVIA 4Q8RA 4ND9A 1SI1A 3B6TA 1IXGA 1SVXB 1QUIA 4PFYA 1OIBA 3IJXB 4WKMA 5H8QA 4TQUQ 4NWDA 4MLQA 2XXYA 4XKNA 1A40A 2V3UA 3DP8A 3T96B 3TEPA 1LGBC 2ALUA 4KFQA 5EHSA 5AA3A 3FXRA 1UTHA 4Q30B 5KZTA 2OLBA 2GRVA 3O66A 2QL3A 3B7DA 2G29A 4KCDA 3QUJA 4PQJA 1IXHA 5JTYB 2XX8A 5I2KA 2B65A 3KN7A 4ZE8A 3S9NC 3FJMA 4AB5A 3H3GA 2ZYNA 3BKIB 3AXFA 2P1SA 4FIMA 3MBPA 3H6WA 3VE1B 2I3VA 3C36A 1FTKA 3S9MC 1TT1A 4LP2B 1LFIA 3N26A 4H65A 3HCQA 4M1VA 3IJOB 4G8MA 3U1OA 4G2ZA 1TXFA 2QMXA 1MPBA 2UVGA 4ZEIA 3I5OA 3RPWA 5DT6A 3KOSA 1H45A 4QFNA 3PUWE 3VDFA 4ZDMA 3O29A 5A5XB 2YPNA 3R7XA 3A3CA 4POXA 5CI5A 3TMGA 1ZLQA 3OOAA 3PUVE 3JYRA 3C9HA 3SERA 3MJNA 4XKPA 4YB5A 2Q9TA 3LC8A 1A8FA 1QJMA 4RPNA 3QUFA 1YTVA 2VP1A 4F1UA 3TDJA 5IKBA 3PPNA 2HAUA 2R71A 2DOJA 3O6GA 2Z8FA 5DYHA 1MQIA 3H03A 4MFIA 1JETA 4NF8A 1ELJA 1WVJA 1MXUA 2XXUA 3RY3A 3PGFA 3T9UA 1FTLA 2QJEA 1QULA 3G3IA 4XIGQ 1LLSA 4OWDA 2VD2A 3CSGA 3Q29A 3V8XB 5TU0A 1S7YA 4LZ5A 3PUYE 4F19A 1B0HA 1NMUA 3MP6A 2DWJA 4Q0CA 2O1MA 3HSTA 1OVTA 4FJPA 2DWIA 3SETA 4NF6A 3VVFA 4ISUA 1SQYA 4ZE9A 2Z22A 4ZZEA 4IO4A 1P1OA 3S9LC 3OEMA 2A5TB 2O68A 1Q1KA 1GV8A 1B1XA 4N07A 2NOOA 2H99A 4R9GA 1IXCA 3C35A 3TPAA 3TYHA 1HSJA 4QF9A 4LZ7A 2FYIA 4P0IA 3U92A 3MAMA 1YAEA 3OO9A 3IOTA 3FZVA 4IGTA 4HCWA 1SW1A 1UTBA 1QUKA 4FEBA 1I6AA 3MP8A 3USDA 3WAEA 2XD3A 1FCKA 1ZMGA 2QS2A 1TFAA 4YKPA 3THIA 3BBRA 3Q28A 1D9YA 2F7BA 4HCYA 1FQEA 2UVIA 4RA1A 4LATA 4JDFA 2ZNSA 1FTOA 2F7CA 4G8HA 4H6DA 3TODA 5HM4B 1EZPA 2DXRA 5H8NA 2DQVA 1WDNA 1SW5A 2QS4A 4IO3A 3U72A 2HQ0A 4QHQA 1B0LA 4ZEFA 2ZXTA 4JB7A 3TQWA 1NNTA 4OFJA 4PE5B 3OENA 3Q27A 3RT8A 1M5BA 2R6GE 2RCAA 2H4IA 5H8SA 1MXXA 3IX1A 3DP6A 1RYOA 4OHNA 4H1XA 4XKRA 4PFTA 3GBBA 1SD3A 4EQBA 3R6UA 1Y20A 1IXIA 4I1DA 4GLIA 4MF3A 1NNFA 2RF1A 3PD8A 1Y3QA 1N84A 3K6VA 1GR2A 4EDPA 3QYTA 4C1UA 4ESWA 1P99A 2O84X 1KWHA 1XC1A 3KSXA 3UK4A 3K6XA 3ECRA 4OEUA 4KHZE 4N13A 2Y7KA 3KGCA 3EQ1A 3IOUA 1B46A 2BJJX 1MQDA 3LSFB 3SEWA 1PC3A 2ABHA 4MH5A 3T9XB 1I6BA 2V25A 4LQ2A 2DE2A 1Y3PA 3FD3A 1NH7A 4OYVA 3K6WA 4THIA 5FHNA 3MZ1A 5I56B 4N6PA 2OWTA 2PMSA 4JBZA 1AL3A 4X48A 1MH4A 1BKAA 3OSRA 2XX9A 2F78A 5FTIA 1OLAA 2DVCA 2I48A 2Q8JA 1RYXA 4GL8A 5KCJB 1B40A 3SEUA 2PT1A 1DTGA 1S50A 3BFUA 3RN8A 4ELPA 4QSCA 5DVFA 2HZKA 4GQOA 1FQCA 4F3BA 1B4HA 3CIJA 3FVNA 4GL0A 4F22A 3DLNA 4YICA 2F36A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5TP9A 4GWWA 1FBPA 2IA4A 4JWOA 2FNCA 3TCGA 1IUDA 1NUYA 2DWAA 2ZYKA 3LSWA 3IOWA 1LBYA 5H8HB 3SEYA 1A54A 1EZOA 2XXKA 2Y5LA 3VLVA 1RKMA 5I57A 2ZYOA 5DEXA 1FQAA 1Y1ZA 1POTA 4NF4B 4X04A 3E78A 3E79A 4BDMA 4FE8A 1KA0A 2XXPA 5BWJA 4XXUA 1R6ZA 4QFOA 4OA4A 3BFTA 4KYSA 4KI0E 4GOTA 3PD9A 4NF0A 4R74A 2DE4A 4PDHA 1YZ0A 4IR8A 4ZEKA 4PAFA 2DDKA 3L6GA 1GVCA 3U93A 4Z0IA 3VLUA 4HE2A 5FTHA 3FVGA 3I6VA 1O64A 2F6PA 3T1BA 4YKIA 1SI0A 1Y1MA 3ILUB 3IO4A 2RKMA 3LUZA 4F18A 3FJGA 1SDXA 5I58B 1EYIA 3KN8A 3OXNA 5ESYA 4H5FA 4GRKA 1MY0A 4NEDA 3MWBA 3LR1A 4NG7A 5I59A 3PMVA 1IEJA 4JVCA 4C1TA 4YZZA 1QKBA 4KYDA 4GIZA 2OK2A 4H0WA 4POWA 1SPIA 4PBQA 2XWVA 1TFDA 4U1OA 3G3JA 3I3VA 1Y3NA 4NTLA 4P1LA 2QMWA 4KD5A 2I6EA 5ICTA 1T0KA 3KOTA 1M5DA 2WBDA 5I2NB 1UQWA 1LAXA 1QVSA 2D21A 2DXYA 3FUZA 1PEBA 4RPOA 4ZEBA 5AE4A 1XI6A 3T66A 1MY4A 2X7QA 1FBGA 5IAIA 3BIGA 1FTJA 2FBPA 1D9QA 4LONB 2XWIA 4GWSA 2XXHA 1ANFA 2Y7PA 4TOZA 5FBPA 4NGUA 5EHMA 4U4SA 1FW0A 4OEVA 2Y7WA 1QGXA 3O28A 3TTMA 4U1ZA 2ZZVA 2OX3A 3VVDA 4FBPA 1MPCA 2XXRA 4IO6A 2WX9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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