2I6EA

Crystal structure of protein dr0370 from deinococcus radiodurans, pfam duf178
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
272
structure length
272
Chain Sequence
PYRAGWIHFTNVAPILDSLELPPGVTAITGVPTQMNAALLSGEVDIANVSAVEFIRHADTLAALPDFSVAVLGPVYSVNLFHTCPLPELRRVALTSQSAMSVALLEVLLRQKGLSPVLERAEGTAESLLAAGYDGVLRIGDDALREWYGVVGPLTPERTMTSLPHTGRGITVTDLAQEWFDLTGHPFTFAVWAYRKDNPPPAALLQAMREARRRGIGHLAEVSQRHAEKLGLPERVVQHYLWNFRYHLEAPDRLGLREFADLAVPGHAELTF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray structures of two proteins belonging to Pfam DUF178 revealed unexpected structural similarity to the DUF191 Pfam family.
pubmed doi rcsb
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Deinococcus radiodurans
molecule keywords Hypothetical protein
total genus 82
structure length 272
sequence length 272
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02621 VitK2_biosynth Menaquinone biosynthesis
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2i6eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2i6eA02
3MP6A 4R9GA 3A3UA 4PFUA 3P7IA 3C33A 3MW0A 4KYSA 1N84A 2HXWA 4G8HA 2ZNSA 3UIFA 1B40A 4H5GA 2F35A 3S9LC 3ODBA 1URSA 5H8HA 3FJ7A 4KI0E 4OERA 3EHTA 2Z23A 1MXZA 4OYVA 3U72A 3K6WA 3I3VA 4PP0A 1D3KA 3FV1A 3PMXA 3U8QA 4HS7A 3LUYA 3QUJA 4FEBA 2E0SA 4DXBA 4JB7A 4JWYA 4MLVA 2DXYA 2RCAA 2QPQA 2ZMBA 3DM0A 3B6QA 4O3AA 4FECA 4BDRA 2ZNTA 1JW5A 4BDQA 4FAJA 5H8FA 1ZMGA 3TTKA 3K6UA 3EHSA 2W7YA 1XVYA 4F29A 3TTRA 4U4SA 1DPPA 1A8FA 2RCBA 1B4HA 3CI8A 4NWCA 4GFRA 2FNCA 2F7CA 3OO8A 3V83A 3GXAA 2GH9A 1IITA 5I59A 5JTYB 1FTOA 1DOTA 1O64A 4N07A 4OZ9A 4OXVA 5I2NB 2E1SA 1M5EA 4OFOA 4G68C 1TFDA 2ONRA 1POY1 2X7PA 2PBWA 2FYIA 4YKPA 3N6TA 2HZLA 2R6GE 4F3SA 2H9BA 4OENA 1JNFA 1JW4A 1XT8A 1M5CA 4PE5B 3HO7A 4QHQA 4DCYA 4FE8A 2R71A 4LQ5A 1IIWA 1B51A 4LONB 1Y9UA 1DMBA 4RPOA 4IGRA 3AXFA 2Q89A 3ZKLA 4RY1A 1IXIA 1MG1A 4R6KA 4WEDA 1ZTYA 2ESNA 1P1UA 2QRYA 2QMWA 3MPKA 3IJXB 5BUUA 2DVCA 3LSXA 4IY5A 2V25A 1EZ9A 4G68A 1M5FA 2I3VA 5CC2A 4OEVA 1MPCA 4YU0A 4GXAA 5I84A 5KCJA 3D4CA 3I5OA 3T9VA 3OEMA 2XXUA 3MWBA 5CMMA 4N6PA 1VFEA 2XXHA 2HAVA 4F1YA 2I4BA 1A40A 1MXXA 2HQ0A 3LSFB 3PU5A 3U94A 2ONSA 4F2OA 4KR5A 2VOZA 4YICA 3IJOB 1JEVA 2PYYA 2Y7PA 3VV5A 4IO4A 3OMBA 4ELPA 1XS5A 3IOVA 2DE3A 4QFKA 4KYDA 3FXUA 5I56B 4PFWA 1S50A 1YAEA 3EHUA 3WAFA 4HTGA 2I0BA 3T9UA 1BTJA 4NF6A 3RT8A 3U1OA 4JXIA 5AA2B 3PUYE 3IB1A 3V5AA 4G8MA 4XKRA 4XXUA 3BBRA 5KDTB 4LZ7A 2NVUB 1D9YA 1URGA 4KYEA 4NMYA 3K2DA 3GBAA 3CFXA 4OQOA 5AE4A 3W15C 4OETA 3SEYA 1MY0A 4F1UA 1EU8A 1O7TA 3PMVA 2DE4A 2Y7KA 1B4ZA 1FTKA 3PD8A 2XXPA 5L8DA 2F36A 3IR1A 2HFBA 4DXCA 1XC1A 3IOWA 4HCYA 3MPLA 5CRYA 1FTLA 1B32A 3T22A 1SYHA 3N94A 2VD2A 3N6UA 5I57A 3UGWA 1ZU0A 4I9DA 3H06B 2H25A 3S9EA 1YTVA 1I6QA 4LATA 2PT2A 1D4NA 4L17A 4POWA 1MDP1 3S4UA 1GVCA 3GZGA 4FATA 2GHBA 4ZEDA 5FHMA 5EHSA 1O63A 2HEUA 5FTIA 2F5XA 1Z7ME 5DVJA 3ILUB 3FVNA 3ZS6A 2R9JA 4X9TA 2F6PA 2RC7A 2OCUA 4ISUA 1LLSA 4ND9A 3FATA 4F19A 2DVZA 3VLUA 1Y3NA 3K02A 2ZNUA 3VVDA 2Q8JA 3PGFA 2XX7A 1B46A 3K1MA 3O29A 2ZYOA 1PB7A 1FW0A 3U92A 2XXRA 3PV0E 1OMPA 3QUFA 1XHYA 4QSDA 4KFQA 1US5A 1QVSA 4XIGQ 4JWOA 1Y4TA 1I6AA 5LOMA 1XVXA 3FJMA 2DQVA 1ZJLA 5H8NB 1ELJA 1P1QA 1CE2A 2P2AA 4HW8A 5AA4A 3VLVA 4M4GA 1Y20A 3T96B 3UN6A 1N76A 4U22A 1B3FA 4H1XA 1MY1A 3IORA 1F9BA 2UVGA 2XXWA 4P0IA 1SQYA 2H5YA 4IO6A 3OOAA 3KZGA 2DXRA 3C34A 1LFGA 4JSDA 2YJPA 4RNSA 1NH8A 2YPNA 4NTLA 4R2FA 1USYE 3R26A 3IX1A 2DS9A 5TP9A 1AMFA 3O2AA 3A09A 2B3BA 3D4GA 4IB2A 1Y3PA 1WODA 2A5SA 5BWJA 4NWDA 3WAEA 1SYIA 1B52A 3U93A 1N7XA 3MVYA 1P99A 3M3LA 4KCDA 2OJTA 1LAFE 1LB9A 4RA1A 3C36A 3M8UA 2PX1A 1IQ7A 1S7YA 4H65A 4R2BA 1ANFA 1SD3A 5H8QB 3RTFB 3ECRA 4NF5A 1FCKA 1MQIA 1SDXA 2XXXA 2Y7WA 3T9HB 1R6ZA 4C0RA 4NF4B 1B5HA 5TPAA 3L6HA 1IXHA 5I58B 2O7UA 3MZ9A 4YB7A 3FVGA 4ECFA 2M8CA 1MH3A 3FZVA 1SBPA 4RJZA 3ZSFA 4FORA 3FV2A 2RINA 4R73A 3PPPA 1H44A 4OTEA 4U1ZA 2HAUA 3TMGA 3PUWE 2I58A 4F3GA 1IXCA 2O51A 2QJEA 1TT1A 2XD3A 2QS2A 3VVFA 3VLWA 1B2HA 4H67A 4EQ9A 2RC8A 3G7WA 2YLNA 4EXLA 1H76A 4E0WA 1ATGA 5ISUA 4DIGA 3Q25A 2Y84A 5ITOA 2F7AA 3N26A 2CMOA 2QMXA 1B6HA 5I2KA 3TCHA 3O6GA 4KPTA 1NKXA 4FJPA 1AIVA 3QAXA 3FD3A 5B70A 1H3DA 1EH3A 3UA8A 2ANJA 3TZAA 2V84A 1USYH 2FA7A 1B58A 2DOJA 3S2VA 1A99A 1QULA 1Z7NE 1PBQA 4MH5A 4ZS9A 3T66A 3K0VA 4GL0A 3IL1B 3K6XA 5H8FB 5DVFA 3TPAA 3G3HA 4TLLB 2PT1A 4QFNA 2Z8FA 4Q5TA 4GD5A 3EF7A 4PQJA 4H8JA 3K4UA 1DTZA 3MZ1A 1QW0A 1AOVA 4H5FA 5DYHA 4OWDA 5I2NA 3BFTA 4EF1A 3VXCA 3G3IA 2O69A 5I59B 1YPNA 1B1XA 1NNFA 1QJMA 4EXKA 2O1MA 3TUSA 4YKJA 2V3TA 4RPNA 1EZPA 1I6BA 3KBRA 3MVXA 1TXFA 1JW1A 2Q2AA 2B65A 5TU0A 3W9VA 3CRBA 4OHNA 3IOUA 4ELOA 2NXOA 3T9XB 1R1NA 1BP5A 2B3FA 1LAGE 4LQ2A 1I69A 1FQFA 3DP8A 3TEPA 2ZYMA 3SEWA 4Q30B 4QFLA 4H6DA 3OXNA 4OESA 2QS4A 1FQDA 3DP6A 3M3KA 3O28A 1B05A 3KN7A 3JYRA 1QKBA 3IB2A 4YB6A 3ILTB 3CIJA 4ESXA 1GR2A 3KEIA 4YMBA 1MPDA 2HZKA 3HPIA 4FEDA 3ZKKA 4LZ5A 3E9XA 2NOOA 4NF8B 3FJGA 1PEBA 1J1NA 2H98A 5IKBA 5KCJB 3MAMA 4I1DA 3EN3A 1A55A 4LP2B 3KSXA 5K2XA 5FHNA 3THIA 4KCCA 3VE1B 1ZBMA 2XXYA 3TTNA 2QS1A 4PFYA 3DELB 4RK9A 4ZEKA 1FQAA 1MY3A 5I56A 4F22A 3MP1A 4ZECA 3HCQA 3Q26A 1GTKA 4ZZAA 3SKPA 4GLIA 1MM7A 2ZYKA 1SW5A 2X7QA 5AA2A 4EQBA 3OSQA 2NUVA 3O66A 1JETA 3Q29A 4F39A 3S9MC 3BKIB 4X48A 4U21A 3A3CA 1LB8A 1WDNA 4NF6B 4FIMA 2OBGA 1OLCA 4TLMB 1Y1MA 1P1NA 1B5JA 3TFLA 1BLFA 3IO6A 1MM6A 2OLBA 4PFTA 1LCFA 5DEXB 5A5XA 2A5TB 4QFOA 2I0CA 4I8CA 4ESWA 1OQHA 3G3KA 2DSFA 4JSOA 1MXYA 3KJ7A 3JZJA 5M2VA 2XXTA 4OFLA 2ABHA 3FUZA 1PDAA 5I57B 2G93A 1B3GA 3PPNA 5F7VA 3FXRA 2IEEA 4KHZE 2F34A 3RY3A 1Y3QA 1UQWA 1A8EA 3TCFA 4JBZA 3PPQA 4ZE8A 4O3CA 1SI0A 4DDDA 2UVHA 4YB5A 5HPQA 4THIA 4GOTA 5CM6A 3RTWB 5CMKA 2UYEA 4OFJA 3OSRA 1OLAA 1XOCA 3H03A 5FTHA 1HSLA 4XKPA 1NNPA 1T0KA 3LSLA 2VP1A 3B6TA 3N5LA 3CG1A 1Q1KA 1BKAA 3MVZA 4XKQA 4U2RA 4EQ7A 3RT6B 1HSEA 4AB5A 1A54A 3MVWA 1NL5A 4YKIA 1PB9A 3TODA 1B5IA 3M3FA 4IO5A 1ZLQA 3JV9A 1VR5A 1A7LA 5JK4A 2VHAA 3TYHA 4R72A 2DWJA 4GXSB 3G3GA 1JEUA 1RYXA 3TQLA 2BJJX 4O3BA 4ZZEA 4WXJA 4UA8A 1LFIA 4DLDA 3RN8A 4ZE9A 1LFHA 1UTBA 3KN8A 4MLQA 4NE4A 4ZDMA 4GQOA 1N0TA 4AB6A 2LAOA 4M1VA 1LCTA 3C32A 4JWXA 1H45A 3C4MA 4ONYA 2UVIA 3MZBA 4G4PA 3MBPA 4YAHX 4F1VA 1BIYA 1N7WA 4BDNA 3PUXE 1B0HA 1POTA 3W9WA 2Y7RA 1PBPA 2D3IA 4ZEIA 4EF2A 4IGTA 1B9JA 1MDQA 3SEUA 2Q9TA 2ZYNA 3FVOA 1ZIUA 2XX8A 5TP9B 1UTHA 3IAZA 2THIA 3KOSA 5L9SA 1S9TA 3DP4A 4I62A 3FVKA 2H4IA 2P0SA 1SVXB 1SW2A 1RKMA 3IO4A 2H99A 5H8SA 3GBBA 3K1PA 1Y1ZA 3RUMA 2DP8A 4Z0IA 1ZKBA 4H0WA 3TDJA 2I49A 5JEIA 3S9NC 2PMSA 3CFLA 2Z8DA 1DPEA 2F78A 1EZOA 2Z8EA 3B7DA 3LBSA 3E13X 3PUZE 3PPRA 3CR9A 3FGSA 5TPAB 4OEUA 2DE2A 1B0LA 4E0XA 3KGCA 1YCJA 3HHGA 1MRPA 4BDMA 2I6EA 4F3BA 3C31A 1NH7A 5H8HB 4QSEA 4WEPA 5DVIA 3CSGA 3R6UA 3MQ9A 3TAJA 3OO6A 2RF1A 4H8IA 4R6YA 1AL3A 4XKNA 3KG2A 5ICQA 2DWAA 4F18A 1UIVA 5AA1A 4OMBA 4EUOA 2F97A 4GL8A 3OENA 1IZ1A 4LA9A 5I2KB 3CG3A 4R74A 2OWTA 2CZLA 1LGBC 1GGGA 1NMUA 1LAXA 4F31B 4Q0CA 2Y7IA 1MXVA 1MQHA 2F8DA 4QFPA 2ZXTA 3O9PA 2ALUA 1TWYA 2HCAA 4GVOA 4P0GA 1B7UA 3RGYA 3K00A 5JTYA 4YZZA 2UXAA 1SW4A 2Q88A 1LAHE 4DXUA 4X1DA 3H6TA 3PUVE 4HCWA 1D9VA 1URDA 1L5TA 1VSOA 1JVYA 4KD5A 2XX9A 3H6WA 4F2QA 2KLFA 4N13A 1M5DA 3H4ZA 3TTMA 4U1OA 5DT6A 2RKMA 2REGA 5CMBA 2O84X 3LSWA 3QK6A 3GLBA 1LBBA 4XTCQ 4QSCA 1VE4A 4ELRA 1SI1A 2AL5A 1HSJA 3Q27A 3UORA 2QL3A 3RPWA 4BDOA 1Y4CA 1MY4A 4MFIA 1WVJA 4ZEFA 3TQWA 2I3WA 2QSXA 2I48A 1PB8A 2GRVA 2X26A 3TELA 4MF3A 1MQGA 1AH5A 1KWHA 4G77A 3BFUA 5CBSA 3HN0A 3ONMA 5ITPA 4K3FA 1IXGA 4G68B 4RXLA 1MS7A 1MY2A 2GHAA 3TKDA 3H7MA 1B7ZA 3SESA 4P11A 4DCXA 2O68A 1B1HA 4NF8A 2GFEA 5DTBA 3KN3A 3TCGA 4F3PA 4GIZA 5ELVA 2D5WA 3HHFA 1DTGA 3OELA 5CI5A 4PETA 4IO3A 1FTMA 4BDLA 4MBPA 3MC2A 4IY6A 3KSJA 5AA2D 1QKAA 4UACA 3V8XB 4X1BA 3SEVA 4IO7A 1RYOA 1N3WA 4Q8RA 2O1LA 2DWHA 2AL4A 1NNTA 2OWSA 3SERA 2ONKE 5F1QA 5KDTA 3MUQA 3RNNA 1IEJA 2REJA 3IOTA 4WKMA 5HM4B 3G3FA 2VGQA 3EQ1A 5L9OA 4RYAA 5J1DA 2UYFA 4R6HA 3MJNA 1US4A 3C9HA 3OD7A 5DEXA 4G8NA 2A5TA 1B7HA 4LUBA 4C1TA 3RLFE 4GF8A 1OVTA 2V3QA 5HBCA 5K2YA 3VXBA 3LR1A 3O97A 5B7DA 3QXMA 4OVJA 3EPEA 5EYFA 5A5XB 1OQGA 4DE8A 4JDFA 3IB0A 2Z22A 3PMWA 2AYSA 3L6GA 3FASA 3F11A 1FTJA 3QIMA 4U4XA 3OO9A 4R9FA 3UK4A 1LSTA 3KOTA 4QF9A 1P1OA 2PVUA 1SW1A 1H43A 3G3JA 1FQEA 3IK6B 4BLAA 1MXUA 1NFTA 1MQDA 1GV8A 3K1NA 3O6HA 3FIRA 3T93B 1FQBA 3CFZA 3SETA 1MXWA 4NEDA 2V3UA 1QUIA 3PPOA 3CVGA 4DZ1A 2DWIA 1R9QA 1QUKA 3RQTA 4ZEBA 3KFMA 2XXQA 3I6VA 1P1WA 2XHDA 3OEKA 2NWJA 3LC8A 2Q2CA 4RK2A 2XXVA 1CB6A 4GRKA 3Q28A 3TTLA 3E4RA 1B3EA 3CSBA 3H6VA 3B6WA 1PC3A 5AA3A 2G29A 1TFAA 3V89B 2V93A 4ELQA 5H8NA 4KQPA 1MH4A 1OIBA 3SDFA 1FQCA 3E3KA 2O7IA 2WKYA 3UP9A 1VFDA 1Q35A 5ICTA 5L9MA 2RC9A 2F7BA 4YMAA 5AA4B 3SEXA 1JVXA 2QS3A 4C1UA 2AIXA 1JQFA 1B3LA 3QYTA 1UTBB 2O6AA 1N3XA 4U23A 2OK2A 4LZ8A 3HV1A 1IUDA 1UIUA 1N04A 3K01A 3O6IA 5KZTA 4TQUQ 4Z7EA 3R7XA 4TOZA 4LVQA 3KJTA 3H3GA 1LBCA 3QSLA 3USDA 3OO7A 4QRZA 3VVEA 1II5A 1B3HA 2P1SA 3DLNA 4R75A 3VFJA 4EDPA 2XXIA 4AQ4A 5H8QA 3C35A 3HSTA 2XD2A 1UTHB 2D21A 1MQJA 4YKKA 3PD9A 2UVJA 4G2ZA 2IA4A 2DYXA 2OZZA 5IAIA 3H6UA 4NF4A 2I4CA 5CBRA 1M5BA 5I58A 5EHMA 1NNKA 1QUJA 2VD3A 4NF5B 1OVBA 2F6GA 4POXA 1MPBA 3MP8A 5CMCA 3K6VA 4GWOA 1DSNA 1R9LA 4IO2A 3VDFA 3FXQA 5FHOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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