2LAOA

Three-dimensional structures of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein with and without a ligand
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
238
structure length
238
Chain Sequence
ALPQTVRIGTDTTYAPFSSKDAKGEFIGFDIDLGNEMCKRMQVKCTWVASDFDALIPSLKAKKIDAIISSLSITDKRQQEIAFSDKLYAADSRLIAAKGSPIQPTLESLKGKHVGVLQGSTQEAYANDNWRTKGVDVVAYANQDLIYSDLTAGRLDAALQDEVAASEGFLKQPAGKEYAFAGPSVKDKKYFGDGTGVGLRKDDTELKAAFDKALTELRQDGTYDKMAKKYFDFNVYGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Three-dimensional structures of the periplasmic lysine/arginine/ornithine-binding protein with and without a ligand.
pubmed rcsb
molecule tags Amino-acid binding protein
source organism Salmonella typhimurium
molecule keywords LYSINE, ARGININE, ORNITHINE-BINDING PROTEIN
total genus 80
structure length 238
sequence length 238
ec nomenclature
pdb deposition date 1993-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2laoA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2laoA02
1OVTA 2HAVA 3A3UA 4C0RA 5DEXB 4NF6B 5ICQA 4PQJA 3EHSA 1S7YA 4OQOA 3K1NA 4G68B 1B52A 4IO7A 4BDOA 4OFOA 5I2NB 4U2RA 4LATA 3O9PA 3LSLA 3BKIB 1II5A 1TWYA 3KG2A 4ECFA 3MW0A 2FYIA 3PU5A 3DM0A 4F39A 3O6GA 3SEWA 4NE4A 4ZECA 4Q30B 1MXWA 1LAGE 4Q5TA 2F34A 1B5JA 5F7VA 5ICTA 3H6TA 3QK6A 3SEXA 1M5BA 1XOCA 4G8HA 5FHOA 5FHMA 3VVFA 2H9BA 5L8DA 3C9HA 4NMYA 2YLNA 2XXYA 2Z23A 2H5YA 2O7UA 2Z8EA 4U4SA 4QRZA 3K4UA 3IK6B 4LONB 3SDFA 2DWAA 3PMWA 3W15C 5JEIA 2GH9A 2OJTA 1B3GA 3LBSA 2THIA 5I57A 2XXTA 3OEKA 4YU0A 4IY5A 4WEPA 4F22A 5H8QB 1D4NA 1ZU0A 1H76A 1UTHB 1IITA 3H6VA 3S4UA 5H8NB 4Q8RA 3KN7A 1DOTA 1B9JA 4MH5A 2QMXA 2F78A 4OESA 5AE4A 2P2AA 2VP1A 5I58A 4I8CA 2QJEA 4G77A 3L6GA 1UIUA 2OLBA 4F1UA 3N5LA 1Y20A 3I3VA 2RF1A 4NF4B 3TQWA 1ZKBA 2OBGA 5L9OA 1Y9UA 1LB8A 3KSXA 3FGSA 2QS2A 1L5TA 4FAJA 1S50A 1A8EA 4X48A 3PPQA 2UVIA 4G68C 4QSEA 3L6HA 4H0WA 1OQHA 3KFMA 1FQEA 3TKDA 2Y7KA 1HSLA 1A40A 4BDRA 4TOZA 3GBAA 1LGBC 1LBBA 1VSOA 1FW0A 1VFEA 3SEVA 3TTRA 1B0LA 1MH4A 4GLIA 3PUVE 3OO7A 1GGGA 5DTBA 3S2VA 3K00A 4OETA 4OWDA 4NF6A 3OELA 2H4IA 2V3UA 3G3GA 4UA8A 1RKMA 1JW5A 3IB2A 2M8CA 4ZEBA 5H8HA 3U94A 3KJ7A 3FATA 3KGCA 4POXA 4LZ8A 4XKQA 4O3AA 4QFNA 3H03A 3USDA 4YB7A 4F29A 1JW4A 4XKPA 2GRVA 3PGFA 1ZLQA 5AA3A 2Y7WA 1B0HA 1Y4CA 3RNNA 4OXVA 3PUXE 1B7ZA 3O28A 1D9VA 4FORA 3OMBA 1MM7A 4FJPA 3CG3A 3T93B 1XHYA 2G93A 3LSFB 4EXLA 3MVZA 2A5SA 3ZS6A 4YKKA 4ND9A 3TCGA 1OMPA 3SERA 1JW1A 1TT1A 1XVXA 5ITPA 2OWSA 5CMBA 5KDTB 4JWOA 5TPAA 1IXIA 2DXYA 2F7AA 5LOMA 1DTGA 1UIVA 1Q35A 4KHZE 3FJMA 1Y1ZA 4XTCQ 4QFPA 1IUDA 2Q2AA 1JVYA 3R6UA 3MZ9A 3SKPA 3FV1A 3CFXA 2VOZA 2DP8A 4ESXA 3V83A 2ZYNA 4EF2A 2PT2A 5CBRA 4HCWA 1BIYA 1MY4A 3U93A 1MH3A 5HM4B 3T22A 4U21A 1P99A 4YKIA 3CIJA 3IAZA 1MQGA 4MF3A 3E4RA 3C31A 3Q26A 3V5AA 1MQHA 5I2KA 3BBRA 4RK2A 2ZYMA 5JTYA 5AA1A 4DZ1A 4JWXA 4NTLA 1VFDA 2OZZA 1J1NA 1LCTA 4P11A 4AB6A 3Q29A 1Y3QA 5KZTA 3PPNA 5CBSA 3MQ9A 5AA2D 1B32A 3PPOA 2YJPA 4DLDA 4WEDA 2ZNSA 4DDDA 4X1DA 5KCJA 3UP9A 1EZ9A 3SEUA 4RJZA 1Y1MA 3IX1A 2XXXA 2NVUB 4GWOA 3B6QA 2HZLA 3T9VA 2VD3A 3TZAA 4OHNA 1MG1A 1WODA 1TFAA 3H06B 5ITOA 4R6KA 3UGWA 1B5IA 4I9DA 3OSRA 1MY2A 4MFIA 1URDA 4F3BA 4RPNA 2NXOA 3MPKA 1DSNA 4OVJA 3TUSA 3S9LC 1LAHE 3CFLA 2X26A 5KDTA 2I3WA 2V25A 1MPDA 1USYH 4FE8A 1ELJA 1H43A 3HN0A 2Y7RA 2V93A 1FTOA 3TQLA 4LA9A 3GXAA 2I6EA 1D3KA 5ISUA 3C4MA 3ZSFA 3UA8A 1B2HA 1NKXA 4TLMB 2Y7IA 3FVNA 4ELQA 3G3HA 3AXFA 1AIVA 2HCAA 4GQOA 1LFIA 4F2QA 3MVYA 3QUFA 3U72A 3K2DA 3T66A 2UYFA 4FATA 2UXAA 3RLFE 1IZ1A 2VGQA 1IEJA 1USYE 1AMFA 1P1OA 2ZYKA 3B6WA 3IOTA 1EU8A 1US4A 2XX7A 3C36A 5K2YA 2AIXA 1NH7A 4U1OA 1P1UA 1B7HA 1Z7ME 3OENA 4EQ7A 2F36A 4GXAA 1O63A 2ZYOA 5H8HB 4IO6A 3RPWA 5I59A 2DWIA 4P0GA 2V3QA 1M5CA 2A5TB 3N94A 2Q2CA 1NNFA 5FTIA 3RN8A 3K6UA 1P1WA 4KYSA 1US5A 1WVJA 3EF7A 4U1ZA 2KLFA 4G8MA 5CMMA 2AL4A 2PMSA 2IA4A 2OK2A 3V89B 4Z7EA 1MQDA 1UQWA 4JWYA 4KD5A 1DMBA 1ZTYA 3IR1A 4PETA 3ODBA 2O1MA 3DELB 4DE8A 3QYTA 4F31B 1N3XA 2AL5A 2XXRA 5A5XB 4PFUA 4O3CA 4E0XA 1WDNA 4HW8A 1B1HA 3JV9A 4ONYA 4XKRA 3CVGA 3W9WA 4KR5A 3MBPA 3ZKLA 1IXGA 1JVXA 4MLQA 2Q8JA 4NWCA 4OFJA 1PB7A 1N76A 2R6GE 5TPAB 2O68A 1T0KA 1ATGA 4EUOA 4FIMA 4I1DA 4F3SA 2HFBA 4X9TA 3OOAA 3D4CA 1QKAA 4YKJA 1A99A 5ELVA 4H8IA 2QS4A 4QSCA 2ZMBA 1B3FA 1Y4TA 2PT1A 3MVWA 2E1SA 3LUYA 4F3PA 4KCDA 1O64A 2RINA 3O97A 4M4GA 1B51A 5JK4A 4F18A 1HSJA 5CM6A 3E13X 3BFUA 1LB9A 1MXUA 2XXUA 1IXCA 1MXZA 3IO4A 1A8FA 1Q1KA 4NEDA 3CFZA 1SI0A 5EHSA 3IB1A 1D9YA 1DTZA 4ZE8A 3K1MA 4EQ9A 5I2KB 3QSLA 2REJA 2R71A 5JTYB 3TCHA 3M3KA 2NWJA 4OENA 2RCAA 2XXQA 4AQ4A 5TP9B 3MZBA 2AYSA 3U92A 3H3GA 5FHNA 3K02A 5HPQA 5DVIA 5CMCA 3HSTA 1MXYA 3RTWB 3P7IA 4ELRA 4DXBA 3G3KA 2F7CA 4KI0E 2DE3A 4H1XA 2A5TA 4DCYA 3O6IA 3H6WA 4YMAA 1URSA 5KCJB 3U8QA 1N7WA 5IAIA 1OQGA 1AOVA 4RPOA 4ZEDA 3OXNA 1FQDA 3MAMA 1DPPA 1O7TA 3M3FA 2GFEA 4K3FA 1MDQA 3ILTB 1MDP1 1FTLA 1MS7A 2RKMA 3G3JA 4GD5A 1MXVA 1QVSA 2XX8A 4KPTA 5IKBA 2QMWA 1PBPA 1B05A 3H4ZA 3O29A 2H25A 4GOTA 5A5XA 5DT6A 2O6AA 2F97A 4ZE9A 4OTEA 3FZVA 3KSJA 2VD2A 2DE2A 5L9MA 2F6PA 1JEVA 1POTA 2WKYA 4PE5B 3WAEA 2CMOA 2PX1A 4GF8A 3FJGA 3I5OA 3DP4A 2I58A 2UVJA 4R6HA 3IL1B 1JEUA 2ALUA 4RYAA 5CMKA 1FTJA 2QPQA 3A3CA 3JYRA 4IGRA 1SW2A 1SDXA 3RT8A 4QFOA 3PD8A 2XXHA 2HAUA 2UVHA 1XC1A 1UTBA 4FEBA 1I6BA 3UORA 4KCCA 1H45A 3K01A 4DIGA 5FTHA 3THIA 4LP2B 3Q25A 1NNKA 4PP0A 4R2BA 4N07A 4YMBA 5M2VA 4F3GA 3Q28A 1PB8A 1A54A 3FIRA 2X7PA 2Z8DA 4RY1A 2I4BA 4LQ2A 1MY0A 3K6XA 1N3WA 4DXCA 1OIBA 4OEVA 2QSXA 1YTVA 4R2FA 3VLUA 2ZXTA 5I84A 1P1QA 4XXUA 2P0SA 1SYHA 3K6WA 2HXWA 4MBPA 1YCJA 2DYXA 5BWJA 5I59B 1DPEA 5TP9A 4ZS9A 4ZZEA 3LC8A 3HHFA 4KFQA 3E3KA 2QRYA 4BDNA 2UYEA 1OLAA 3EQ1A 4IY6A 4ELPA 1PBQA 3N26A 2NUVA 1B3HA 1M5FA 2XD2A 3RT6B 1N0TA 3CSBA 2Y84A 4THIA 3H7MA 3O2AA 4O3BA 2HZKA 4JSDA 5CRYA 3LR1A 2V3TA 3TYHA 1MY3A 2DSFA 1SI1A 1POY1 3FVGA 4OFLA 3HV1A 4X1BA 1RYOA 3QUJA 2DVCA 1B7UA 3C35A 5AA2A 3MC2A 2R9JA 2OCUA 4JSOA 2PBWA 1FTMA 1YAEA 1TFDA 4H5FA 4U4XA 3IJXB 2F5XA 1SBPA 1FQAA 2Q88A 4R9FA 1VR5A 1MPCA 3VXBA 3UN6A 3EHUA 4LZ7A 4RXLA 1MPBA 4HCYA 3IOWA 3H6UA 3FXQA 2ABHA 2HQ0A 2DWJA 1MRPA 3PUWE 2V84A 1QW0A 2E0SA 3W9VA 2YPNA 1R1NA 4EF1A 4MLVA 1B1XA 3KBRA 3ZKKA 4JDFA 1FQBA 2H98A 3K6VA 2GHBA 1SW4A 4GVOA 1P1NA 2I3VA 4OYVA 2PYYA 5AA4A 3KEIA 4YB6A 1Y3NA 3HHGA 3E9XA 3CG1A 3RUMA 1R9LA 2XXWA 3RTFB 3QXMA 3IO6A 3VV5A 1N7XA 3O6HA 1LBCA 1AH5A 4H8JA 2BJJX 3TELA 4KQPA 2B3FA 2F7BA 1I69A 4OERA 4HTGA 3T9XB 2REGA 3PMXA 1B3EA 3V8XB 1PDAA 1N84A 4YB5A 3FUZA 3TEPA 3GLBA 1PC3A 3MP1A 2I0BA 3T9UA 5H8FB 2OWTA 3TAJA 3T96B 3CSGA 1Y3PA 4IO4A 4YZZA 4R72A 3D4GA 2DVZA 5DVFA 4F1YA 1KWHA 1LAFE 3PV0E 3OO9A 3TFLA 3HPIA 4C1TA 3VLWA 2O1LA 1RYXA 2GHAA 4RNSA 2FNCA 5I56A 4G2ZA 3LSXA 1H3DA 3MVXA 1LAXA 1XS5A 3KOSA 4BDQA 3G7WA 3OO8A 3TTMA 1LFGA 1Z7NE 3PUZE 4FEDA 4JXIA 4NF5A 2RC7A 2RCBA 3PPPA 1LFHA 1BTJA 3CR9A 3FXUA 3SEYA 3O66A 4EDPA 1B5HA 1LSTA 3TTLA 1AL3A 2ZNTA 3EPEA 1GTKA 3VLVA 2G29A 4GIZA 3S9EA 3LSWA 3C33A 3TTKA 1B58A 4YICA 1B4ZA 3FASA 1NFTA 4OEUA 3IOUA 4G8NA 2O69A 3MJNA 3KOTA 4QFLA 4GFRA 2I49A 1UTBB 1N04A 2DQVA 3HO7A 4YAHX 2D21A 3DP8A 4IO3A 4LQ5A 1R9QA 1I6QA 4NF8B 3G3FA 3S9MC 5K2XA 1B6HA 4DXUA 3N6TA 4TLLB 5B70A 4ISUA 3QAXA 1NNTA 5EYFA 1I6AA 1CB6A 1BP5A 2DE4A 3UIFA 3KN3A 3Q27A 2RC8A 4POWA 3B7DA 3I6VA 5L9SA 3FJ7A 2QS1A 2XD3A 2ONKE 1SW1A 4QSDA 3VXCA 1ZIUA 1FCKA 1QJMA 3FD3A 1TXFA 1NH8A 1IQ7A 2FA7A 2IEEA 3QIMA 1B3LA 4HS7A 2D3IA 4LZ5A 4R75A 4EXKA 4BDMA 1NMUA 4U22A 4IB2A 2QL3A 4DCXA 4R9GA 1OVBA 4BDLA 1YPNA 2Q9TA 5H8FA 4UACA 3MWBA 5DEXA 4Z0IA 2H99A 2I4CA 3U1OA 4TQUQ 4R73A 4F1VA 1CE2A 3MP6A 1R6ZA 3TDJA 4G68A 1JQFA 5I2NA 3RQTA 2P1SA 2F8DA 4I62A 4ELOA 2I48A 2ZNUA 2D5WA 1QULA 5AA2B 4FECA 3DP6A 4ZEFA 5DYHA 2DXRA 1EH3A 1B40A 1SQYA 1NNPA 1FQFA 1SW5A 3RY3A 3BFTA 1MQJA 2O51A 1QUIA 4JB7A 2DS9A 3N6UA 3UK4A 4ZZAA 3IB0A 3WAFA 4QF9A 2VHAA 3KN8A 3IORA 2ONRA 2B3BA 5CC2A 3VVEA 4PFWA 3K1PA 4ESWA 4G4PA 1NL5A 4N13A 3M3LA 3KJTA 5H8QA 3FV2A 1QKBA 4E0WA 1M5DA 1UTHA 5H8NA 1EZOA 5DVJA 4IO5A 1ZMGA 4NF8A 3TPAA 5AA4B 4Q0CA 3R7XA 2X7QA 3R26A 3TCFA 2XHDA 3PMVA 3OD7A 3K0VA 1B46A 2Q89A 1SD3A 3MPLA 4GL0A 1A7LA 3OEMA 2XX9A 4NF4A 4LVQA 4H67A 3KZGA 1MQIA 1VE4A 3EHTA 3VVDA 1QUJA 1S9TA 3EN3A 4QFKA 1HSEA 3HCQA 5CI5A 1F9BA 1SVXB 4NWDA 3IOVA 4ZEIA 1IXHA 3VFJA 2RC9A 2HEUA 1GR2A 2ESNA 2NOOA 1XT8A 2F35A 3M8UA 3SETA 1FTKA 1SYIA 4KYEA 4PFTA 3TTNA 2XXIA 4L17A 4GXSB 1JNFA 4IO2A 3TMGA 2Y7PA 1ANFA 3GBBA 2UVGA 3DLNA 1MY1A 3S9NC 5I56B 2DWHA 3MUQA 3MP8A 5TU0A 2PVUA 4BLAA 2O7IA 3FVOA 3FXRA 3PD9A 4ZEKA 2Z8FA 4F2OA 2ONSA 1PEBA 4LUBA 4NF5B 4YKPA 3IJOB 1LCFA 1M5EA 1JETA 5J1DA 3ILUB 1MXXA 3VDFA 1H44A 3C34A 4R6YA 4AB5A 4GL8A 1MM6A 3RGYA 3JZJA 3T9HB 4EQBA 5I57B 3A09A 2LAOA 4PFYA 5H8SA 1FQCA 5EHMA 4H5GA 5HBCA 1QUKA 4XKNA 4U23A 3CRBA 5B7DA 2XXPA 4P0IA 3CI8A 3FVKA 1A55A 4JBZA 4N6PA 3VE1B 2B65A 4IGTA 2O84X 5I58B 3SESA 4WKMA 1B4HA 3GZGA 1XVYA 3ECRA 5BUUA 2F6GA 2Z22A 3F11A 2DOJA 3C32A 4R74A 1GV8A 3MZ1A 4F19A 3TODA 2W7YA 4RA1A 3OO6A 1PB9A 4RK9A 2I0CA 3ONMA 4OMBA 4H65A 2CZLA 1LLSA 2QS3A 5F1QA 2ANJA 4OZ9A 3PPRA 4GRKA 3PUYE 1ZJLA 4WXJA 4H6DA 1URGA 4ZDMA 2XXVA 1EZPA 1BLFA 3OSQA 4QHQA 4KYDA 1GVCA 4XIGQ 3B6TA 1ZBMA 4M1VA 3G3IA 1OLCA 1IIWA 4C1UA 1BKAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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