2O1MA

Crystal structure of the probable amino-acid abc transporter extracellular-binding protein ytmk from bacillus subtilis. northeast structural genomics consortium target sr572
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
232
structure length
232
Chain Sequence
KVQTITVGTGTQFPNICFIDEKGDLTGYDVELIKELDKRLPHYKFTFKTMEFSNLLVSLGQHKVDIVAHQMEKSKEREKKFLFNKVAYNHFPLKITVLQNNDTIRGIEDLKGKRVITSATSNGALVLKKWNEDNGRPFEIAYEGQGANETANQLKSGRADATISTPFAVDFQNKTSTIKEKTVGNVLSNAKVYFMFNKNEQTLSDDIDKALQEIIDDGTLKRLSLKWLGDDY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of the probable amino-acid ABC transporter extracellular-binding protein ytmK from Bacillus subtilis. Northeast Structural Genomics Consortium target SR572.
rcsb
molecule tags Structural genomics, unknown function
source organism Bacillus subtilis
molecule keywords Probable amino-acid ABC transporter extracellular-binding pr
total genus 71
structure length 232
sequence length 232
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2o1mA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2o1mA01
4EXKA 4H65A 4F3GA 2ZNUA 3IB1A 4XKNA 4Q8RA 4ZE8A 2O1LA 4R9FA 2P0SA 1D4NA 2X7PA 3MVYA 3M3KA 4OZ9A 2H99A 4XKRA 4ELQA 1SQYA 3E9XA 1N3WA 1OLAA 4FEDA 4OQOA 2NWJA 4H5GA 3TTNA 3PUWE 4YKKA 3U92A 4AB5A 1JQFA 1NH7A 2PMSA 2A5TA 1TWYA 4ECFA 1ZU0A 4G68C 3OO9A 1BP5A 5I59B 2DWAA 3UGWA 1LGBC 2G29A 4YZZA 1I6QA 2NUVA 3K02A 1MDP1 1M5FA 4L17A 1OVTA 3BKIB 1LAFE 3SDFA 4Z0IA 3RTFB 3KSJA 4OTEA 5I84A 1EZPA 2AIXA 2QS4A 5EHSA 1N76A 4Q5TA 3OO6A 3MQ9A 3HSTA 1WVJA 4GXSB 3KFMA 4PE5B 4QF9A 5H8FA 1A8EA 1LAHE 2O1MA 4R73A 4U2RA 1UIVA 2AL4A 3WAFA 3FUZA 1SBPA 4IO2A 4I62A 4E0XA 3FJ7A 4POXA 4R9GA 1LFIA 4H67A 4G8NA 5FHNA 3EHTA 1H3DA 3KOSA 3FVNA 4NF6A 3O9PA 4G68B 4P0IA 1DMBA 3CR9A 2Q8JA 3TFLA 4FAJA 1H45A 3M3LA 1M5EA 1IIWA 3T93B 2I58A 1UTBA 5I56B 3O6HA 5KZTA 3UORA 1B58A 3PUVE 3FVGA 3E3KA 3TTMA 2IEEA 2UVHA 3E13X 4X1DA 3OEMA 3PPOA 5CMKA 4QHQA 3FXUA 2F34A 1XVXA 3LR1A 2OBGA 2VHAA 2UYFA 3R6UA 4JB7A 2GRVA 5AA4B 1B4ZA 1TFDA 5L9MA 1I6BA 1ANFA 4DXCA 3KBRA 2O51A 3CVGA 1PB8A 1LCFA 2Q88A 3SKPA 3K1MA 2R9JA 1EZOA 4LQ2A 1NNKA 4OVJA 3GBAA 4YU0A 1B3HA 2Y7KA 3K00A 1YCJA 1A40A 2IA4A 3C36A 2DWHA 2BJJX 2DQVA 4OFJA 4JDFA 1MPCA 1HSLA 2V84A 3MVZA 2REGA 5KCJB 3ZSFA 4N13A 3PPQA 4LUBA 3RY3A 3K01A 3KZGA 3FVOA 2Q89A 5FHOA 2D21A 4I1DA 4Q0CA 1LCTA 1IXIA 3TPAA 3PUXE 2FA7A 5H8NB 3PPRA 5FHMA 3C33A 4MFIA 5BUUA 4X9TA 2ESNA 2V3QA 2H25A 1NH8A 3GXAA 2PBWA 2ZYMA 1SYHA 4QFPA 1B2HA 4EQ7A 1TT1A 2WKYA 1R6ZA 3U8QA 4K3FA 3B6WA 4R6KA 1PDAA 2F78A 4IY5A 1DPEA 1BKAA 4QFNA 5K2XA 4TLMB 1ZJLA 3PD8A 3PMWA 1MPBA 4M4GA 3QYTA 5H8QA 3MUQA 3VFJA 2V3TA 4GLIA 3QIMA 4RXLA 5AE4A 1NL5A 1JEVA 4OMBA 1XS5A 3H6UA 3G3FA 1A7LA 4F22A 5I2KB 4OENA 1Y3NA 4F39A 5JEIA 3W9VA 4P0GA 2OK2A 5JTYA 1USYH 4FECA 2VGQA 2HEUA 4FJPA 1VE4A 5CMMA 4ZEIA 1D3KA 2ZNSA 4IO6A 1FQAA 1B3GA 1B4HA 1F9BA 2HCAA 4O3CA 2OZZA 2W7YA 4F1YA 3P7IA 2VOZA 1YTVA 2AYSA 1P99A 4LVQA 5ICTA 2DS9A 1P1WA 3H06B 3TKDA 3PGFA 2I4CA 5H8HB 3Q27A 1JW4A 4ZZAA 3OMBA 3QXMA 3OXNA 3HCQA 3TAJA 4NF8A 1MQHA 5DEXB 3D4GA 4BDNA 4DE8A 2FYIA 4DCXA 3WAEA 3IJXB 1QKBA 2KLFA 3EHUA 3KN8A 4MH5A 3TZAA 4BLAA 1VFDA 4U23A 2DWIA 2F5XA 3E4RA 4G77A 1B51A 1ZKBA 4OXVA 2B3FA 2HAUA 3B7DA 3IL1B 5IKBA 3S2VA 1NNPA 2VD3A 2RC7A 3SEVA 4PETA 3TQWA 3FVKA 3O28A 2V25A 4OWDA 3IB0A 2YPNA 1N7XA 1R9QA 2XX8A 4GWOA 5TPAA 3VDFA 3O66A 4OYVA 4ESWA 3TELA 3IO6A 1R9LA 4NWDA 3UN6A 3OSRA 5I59A 4LZ8A 4OHNA 3OD7A 3T9UA 3L6HA 5B7DA 1GVCA 2Y7IA 1Y20A 4GIZA 3CRBA 4I8CA 1Z7ME 3MVXA 2I3VA 4LQ5A 1JNFA 2Y7WA 2HZLA 3KOTA 1XVYA 2LAOA 4NF5A 4F1VA 2HFBA 4NE4A 2XXXA 5KDTB 1FQDA 1AMFA 3I6VA 1JEUA 4X48A 3VVFA 1XHYA 4WEPA 3KEIA 3UK4A 2RF1A 1SDXA 5L8DA 3L6GA 5I58B 1CE2A 1LSTA 1B1XA 2ANJA 1MXYA 4RJZA 3W9WA 2Z22A 4G68A 3A09A 3H6VA 3B6TA 3IOWA 3T22A 3FXRA 1P1NA 4UACA 5I56A 2X7QA 3AXFA 1MXWA 4YAHX 5I2NB 3MWBA 3K6WA 3OO8A 4ISUA 3C34A 3LSLA 1POY1 5AA2D 1B6HA 3N26A 4DZ1A 4H5FA 3K6XA 1FQCA 4HCYA 1FW0A 5A5XB 3U94A 1Y4TA 3TMGA 4KHZE 1B0LA 1IQ7A 1A8FA 3BFTA 3V89B 1MQGA 3TTLA 5CMCA 4IGTA 1NMUA 4QFKA 3RNNA 3H3GA 4GD5A 3Q26A 4KCDA 3IOUA 3IORA 4U4SA 1YPNA 1O7TA 3CG3A 3H4ZA 5HBCA 1MXXA 4YICA 1J1NA 3TCGA 1VFEA 2H98A 2DE4A 3DLNA 5EYFA 5KCJA 3BFUA 2HAVA 2QS3A 4FATA 2XXRA 4GRKA 2NOOA 4YKJA 4OFLA 4RPNA 5LOMA 3TCFA 4N07A 5H8NA 4RYAA 3V83A 4PFWA 3OEKA 3IR1A 4XKPA 4EUOA 4WEDA 1Y3QA 3MP6A 4ZEDA 3DP8A 3SEWA 1IEJA 2QS1A 2O7IA 3PV0E 4LA9A 2ZYKA 4RNSA 2I6EA 2ZMBA 2F35A 3UIFA 1EZ9A 4GXAA 3B6QA 5ICQA 1MM7A 4R75A 2F7BA 4IO7A 2PT2A 2NXOA 4BDMA 4HCWA 1FTMA 4JWOA 3H7MA 1YAEA 1ZMGA 1OQGA 1DPPA 1B3FA 1ATGA 3V8XB 3C32A 3VE1B 3GBBA 4AB6A 3ODBA 5ITPA 4TOZA 5DTBA 4HS7A 4NMYA 4RK9A 4OETA 2ZYOA 1PB7A 4MLVA 2DVZA 1URGA 1QKAA 2F7AA 4IO3A 1OVBA 5J1DA 2ZYNA 2G93A 5I57B 4HTGA 1B5HA 1SD3A 3LSFB 1IZ1A 2YJPA 2OWSA 1VSOA 1DTGA 3F11A 4KYDA 2RCBA 1QW0A 1OMPA 1MQJA 4C1UA 1FCKA 4H0WA 4PQJA 1URSA 1SI1A 1Q1KA 5H8HA 3D4CA 1GGGA 1MDQA 3K4UA 1Y9UA 2RCAA 4GQOA 5DEXA 1MY1A 5DYHA 2OCUA 4P11A 2ABHA 3VVEA 1XC1A 2B65A 4GF8A 4LATA 3FATA 3U93A 3LC8A 2DVCA 4ELPA 1I6AA 3IOVA 2F7CA 3C9HA 1OLCA 4IO5A 4U4XA 4F3BA 4GL8A 5H8SA 3IB2A 1QUIA 4OEVA 1S9TA 4Z7EA 2XD2A 3TQLA 4OFOA 5BWJA 3T9VA 1FTLA 3SERA 4NF4B 4KFQA 3EN3A 4NWCA 3R7XA 1B9JA 2A5SA 3H6TA 2HXWA 3LBSA 1FQEA 1LFGA 2XXTA 1SW5A 1IXGA 1B5JA 3ZKLA 1MY0A 1IXHA 5F7VA 4U21A 5H8FB 3SEUA 4I9DA 1JW5A 4JSOA 4QRZA 5CMBA 1DTZA 3TYHA 4OESA 1URDA 1AOVA 1MY2A 3RUMA 3PUYE 4F2QA 1RYXA 3I3VA 5HM4B 1JVYA 4NTLA 5KDTA 1B7UA 4LZ5A 1WDNA 2F8DA 3PU5A 1MG1A 1B32A 4G8MA 3S4UA 5ELVA 4U1ZA 3TDJA 1ZBMA 1IXCA 5I58A 1AIVA 1USYE 1MY4A 2ONSA 1GR2A 3USDA 3IJOB 3KN7A 4WKMA 3JYRA 3HV1A 4ELOA 3FIRA 1HSEA 4BDOA 4ZDMA 1MM6A 1UQWA 3EHSA 3ZKKA 4C1TA 3N6UA 3FD3A 1UTHB 4AQ4A 2I0CA 2R71A 1MPDA 1B46A 2E0SA 4QSCA 3RT8A 3TUSA 2M8CA 1EU8A 1Y1ZA 5A5XA 3G7WA 4U1OA 3O29A 3SEXA 1ZIUA 3SESA 4HW8A 2O84X 2QSXA 4NEDA 2OLBA 4DIGA 4F18A 3QUFA 3DM0A 1OQHA 3C31A 4R6YA 2UYEA 1KWHA 4EQ9A 1LAXA 1MS7A 2DSFA 4ZECA 2H9BA 1A54A 3S9NC 3FGSA 2UVIA 1R1NA 3MPLA 1M5BA 3N94A 3IX1A 1GTKA 3K6VA 4UA8A 1B7HA 3O6GA 3MJNA 3FV1A 3VVDA 4THIA 2E1SA 1O63A 4IB2A 1LB8A 4YB6A 2XXWA 5EHMA 2HZKA 5TU0A 1AH5A 2F6GA 3IK6B 3RLFE 3IO4A 3K1PA 2DE3A 2VP1A 4R6HA 3HPIA 3TCHA 1MH4A 2XXVA 1N04A 3VXBA 1LBCA 1DOTA 5CBRA 3UP9A 3OENA 3DP4A 4LZ7A 2Z8EA 3A3CA 3RQTA 2QPQA 1MRPA 3G3GA 3QUJA 4ZS9A 4DCYA 3M3FA 4F31B 4G4PA 3DELB 4XIGQ 1BIYA 5AA2B 2VD2A 2XXHA 3VLUA 4RY1A 4FEBA 4G2ZA 2UXAA 4TLLB 2RC9A 3OO7A 3KSXA 2F36A 4KD5A 4C0RA 2XXQA 4KCCA 1WODA 2I4BA 3R26A 4XKQA 1JVXA 2O68A 3VLWA 3OELA 3K0VA 3K1NA 1IUDA 3FJGA 3VLVA 1RYOA 2YLNA 1NFTA 2XX7A 2Q2CA 4F19A 2ZNTA 4NF8B 5L9OA 4OEUA 5AA4A 2XXPA 1B40A 2XXUA 1O64A 1B1HA 2QMWA 2Y84A 4QFLA 2P1SA 5HPQA 4PFTA 3MP1A 2Z8DA 3K6UA 3PPNA 3T66A 1BTJA 4U22A 2OWTA 3MP8A 1NNTA 3RGYA 5CRYA 2ONRA 1ZLQA 4EXLA 1FTJA 3FV2A 3A3UA 2DOJA 2GHBA 3H6WA 5IAIA 1SW2A 3O2AA 5TPAB 4YB5A 3TODA 4F2OA 3CG1A 2CMOA 3ONMA 1MQDA 3MVWA 2O69A 3EQ1A 1SW1A 4DXUA 5L9SA 4BDQA 1I69A 3IAZA 4NF4A 4GVOA 2ONKE 4NF5B 4JXIA 4DXBA 3LSXA 1TXFA 1RKMA 4QSDA 5CC2A 1SVXB 3M8UA 3PMXA 3V5AA 4YKIA 3ILUB 3OOAA 3JZJA 4YMBA 4X1BA 1MH3A 4R72A 3MZ1A 1SYIA 2ZXTA 4R74A 1MQIA 4KR5A 5I2KA 4PP0A 4EF1A 1T0KA 4BDLA 2Z23A 2O6AA 5TP9B 1CB6A 2XXIA 5FTIA 4G8HA 3BBRA 1PC3A 3FJMA 5K2YA 2RINA 1S7YA 4ZZEA 4Q30B 3G3IA 4N6PA 3HN0A 1N0TA 4BDRA 1GV8A 3G3KA 3PPPA 4GL0A 4KYSA 3KG2A 1P1QA 4EF2A 3N5LA 4ND9A 3G3HA 2GHAA 3CSBA 3CI8A 2D5WA 3C4MA 2PT1A 1UTHA 1Y3PA 1FTKA 4DDDA 3Q28A 2H4IA 1A99A 5FTHA 4MLQA 2Z8FA 1EH3A 3T9HB 2QL3A 1LBBA 2XD3A 3ILTB 1AL3A 1PBPA 3FXQA 2QRYA 1FQFA 4R2FA 4KI0E 1TFAA 2A5TB 3PD9A 1PB9A 1QUJA 4XTCQ 4XXUA 3Q25A 2I0BA 2NVUB 5B70A 3JV9A 3O6IA 3KJ7A 2HQ0A 3G3JA 1NKXA 1FQBA 2THIA 1M5DA 3MAMA 4YB7A 2DXRA 4PFYA 1DSNA 1L5TA 1Y4CA 2Q2AA 3EF7A 3KN3A 5ITOA 1US5A 1D9VA 3W15C 4ZE9A 4QFOA 1A55A 4GFRA 2OJTA 1B3EA 1ZTYA 3RT6B 4IO4A 2ALUA 4MBPA 3RPWA 5CM6A 4KQPA 1BLFA 3K2DA 1UIUA 4KYEA 4NF6B 4FIMA 3DP6A 3GLBA 4MF3A 1PBQA 4ELRA 1POTA 4M1VA 3FZVA 1UTBB 3HO7A 3UA8A 2QS2A 4YKPA 1MY3A 3MZBA 2D3IA 4GOTA 4JWXA 1QULA 2F97A 1FTOA 3ZS6A 1B52A 4WXJA 1N84A 5CBSA 3RN8A 3VV5A 1QVSA 4F3PA 4H6DA 3QK6A 1H44A 1MXZA 4IGRA 5DVIA 4OERA 4RK2A 4TQUQ 2V93A 1B0HA 1P1OA 3GZGA 5AA2A 4LONB 3SEYA 2Y7RA 3S9LC 1N7WA 4PFUA 4H8IA 5I2NA 4ZEKA 5ISUA 3ECRA 3HHFA 1US4A 4KPTA 4FORA 4DLDA 2Y7PA 1MXUA 2CZLA 1JW1A 1VR5A 3MPKA 2PX1A 5AA3A 2DXYA 3MC2A 4E0WA 2I48A 2F6PA 4F29A 4YMAA 3QSLA 1H43A 5JK4A 2I49A 1LB9A 4ESXA 2RC8A 4H8JA 4POWA 1QUKA 3CSGA 1D9YA 3FASA 3N6TA 1B3LA 1LAGE 1N3XA 2GH9A 2DP8A 2DYXA 4ZEBA 2XXYA 3QAXA 5AA1A 2QJEA 4EQBA 2QMXA 4R2BA 2O7UA 1HSJA 5DT6A 4RPOA 3H03A 1B05A 3I5OA 4FE8A 2DE2A 1Q35A 3EPEA 2REJA 3OSQA 1XOCA 3PMVA 2PVUA 5M2VA 2B3BA 1Y1MA 3CFXA 3MZ9A 4JWYA 4H1XA 4IY6A 3Q29A 1LFHA 3CIJA 1SI0A 2Q9TA 5DVJA 2I3WA 3KJTA 3IOTA 2XX9A 1IITA 3TEPA 1S50A 2V3UA 2R6GE 3S9EA 5F1QA 3KGCA 4JSDA 4F3SA 2PYYA 5H8QB 1ELJA 3U72A 1NNFA 2X26A 2XHDA 3T96B 1P1UA 1M5CA 2P2AA 1PEBA 3CFZA 3PUZE 5JTYB 2GFEA 2AL5A 3C35A 1JETA 2RKMA 3TTKA 3U1OA 3RTWB 5CI5A 1II5A 1XT8A 2FNCA 3MW0A 3S9MC 2UVGA 3O97A 3SETA 4QSEA 3THIA 3LUYA 1SW4A 2H5YA 4JBZA 2DWJA 1H76A 3T9XB 4O3AA 5DVFA 4RA1A 1LLSA 5TP9A 4F1UA 3MBPA 1MXVA 4LP2B 1B5IA 1QJMA 4ZEFA 1B7ZA 1OIBA 4O3BA 1Z7NE 4ONYA 3CFLA 5I57A 3HHGA 4EDPA 3VXCA 3TTRA 3LSWA 2UVJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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