2O84X

Crystal structure of k206e mutant of n-lobe human transferrin
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVEHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of two mutants that probe the role in iron release of the dilysine pair in the N-lobe of human transferrin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Serotransferrin
molecule tags Metal transport
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2o84X01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2o84X02
2O51A 2UVIA 1H3DA 3KN3A 4ELPA 3OO7A 2DE4A 5I57A 4JWOA 3LSXA 4YAHX 4JWYA 3FVNA 4YB5A 3B6TA 4ZE8A 2IA4A 4Z7EA 4GXAA 4NF4A 1ELJA 4PETA 3A3UA 2AL5A 3HV1A 3CG3A 3RNNA 5CM6A 4X48A 1A40A 3G3KA 4QFLA 2LAOA 4N13A 1EZPA 4F22A 3T66A 1YCJA 4H1XA 2THIA 1ZMGA 1B51A 1TFDA 3HSTA 3GBAA 3KJ7A 4N07A 3FJ7A 1OQGA 1S9TA 3M8UA 1SW1A 1LFGA 2X7PA 1DPEA 3U72A 3Q28A 3V83A 3MVWA 3TKDA 3G3HA 1PB8A 3CRBA 2DQVA 3ZS6A 4AQ4A 1WVJA 3RT6B 4F3GA 3LBSA 1BTJA 4G77A 1B3GA 2ANJA 4U4SA 3BFTA 2HAUA 3CFXA 4H5FA 1XVYA 1QUIA 4NF6A 3K4UA 4P0GA 2XX8A 3N6UA 3HN0A 3KBRA 2PT1A 2V93A 2QS2A 4FEBA 2F7CA 3VV5A 2NUVA 1QULA 3MJNA 2G93A 1RYOA 3T96B 5JTYA 5LOMA 4EQ9A 2CZLA 4FORA 4F19A 5JK4A 4FAJA 3Q29A 1OMPA 4G8NA 5A5XB 5TPAA 4YKPA 1MQGA 3PUZE 1B52A 3S9MC 1NH8A 4R75A 2DP8A 3OMBA 1HSLA 2Y7RA 3E9XA 4HS7A 5ITPA 1B2HA 1B3FA 4F2OA 4JBZA 2H99A 2O1MA 2V3QA 1MQHA 3IJOB 4X9TA 4R73A 2GRVA 5B7DA 2VOZA 4OETA 4OWDA 3C35A 3PUYE 2A5SA 3THIA 1WDNA 2Z8DA 3T93B 2REJA 3OO8A 4WEDA 3K6XA 3OO6A 1OQHA 1MPDA 3QUJA 3O29A 4ELRA 2F36A 4LQ2A 1TXFA 3PPQA 2FA7A 5I2NA 3IAZA 1SDXA 2R6GE 3O6IA 1GV8A 2I4BA 5EYFA 4EQ7A 3DP4A 1FQCA 1EU8A 5AE4A 5FHOA 4IO4A 4X1BA 3EHSA 4OZ9A 4NMYA 1RYXA 1NFTA 3FGSA 4TLMB 3HPIA 4DXCA 3D4CA 1D3KA 3PPPA 3FUZA 4F1UA 2HCAA 3ILTB 4POXA 2VP1A 5CRYA 2V3UA 3MVXA 2XD2A 3O97A 3PPOA 2ONSA 2OBGA 1N3WA 3QUFA 1GR2A 2GFEA 3V8XB 3ZKLA 3PPNA 3FJMA 4L17A 3E4RA 1TFAA 4FE8A 1VE4A 4GWOA 1T0KA 4N6PA 5ICQA 1LAHE 4DLDA 4EDPA 5H8SA 3UN6A 1DPPA 1LCFA 2RCAA 3C9HA 4ZS9A 1Y3QA 4R74A 2DS9A 4TLLB 2GH9A 1PBPA 3RUMA 3OSQA 2Y84A 4OVJA 5FHMA 2H9BA 1JQFA 2RINA 2VD3A 2XX7A 1GTKA 2DWAA 3UGWA 5KCJA 1TT1A 4KYSA 1M5FA 3VVFA 4OFOA 1BKAA 4R6KA 5AA2A 4QSDA 2QMWA 4NE4A 4RY1A 1B58A 4YMBA 5L9MA 3LUYA 4U22A 1B0HA 2E0SA 4NF5A 1N7XA 3VXBA 2FNCA 2UVGA 2B3FA 2XXXA 1Z7NE 5TU0A 3IO6A 1FCKA 4NF8B 4NWCA 1F9BA 1PBQA 2Z8EA 4X1DA 4ZEBA 1JW1A 3H3GA 4PFYA 3O9PA 3C32A 3MPLA 5TP9A 3EN3A 2GHBA 1GVCA 5H8FA 5DT6A 1B7ZA 5KDTA 4RYAA 4WXJA 3PMXA 5I59B 1JETA 2ABHA 3T9UA 3BBRA 1YTVA 2A5TA 5FTHA 1IQ7A 2ALUA 3OO9A 1DSNA 4GL0A 3KSJA 5EHSA 2ESNA 4PE5B 3IOWA 3CI8A 3K6VA 1XT8A 3TTRA 3SESA 3KOSA 4G68C 1B7UA 4QFPA 3VXCA 1IXHA 1MDP1 3IO4A 4KCCA 4LQ5A 1WODA 3A3CA 3MVZA 1B1HA 1RKMA 4R6HA 3O6GA 1UIVA 4GL8A 1I6BA 1PDAA 2F97A 2O1LA 1NMUA 2YPNA 4EF1A 4IY5A 3MP8A 3HCQA 3CSGA 1ZTYA 3SEYA 5CMBA 2UYFA 3IORA 3Q27A 2XHDA 4DIGA 3EQ1A 3U93A 4ZEDA 2BJJX 1FTOA 2ONRA 1UTBB 4G2ZA 4FEDA 3FXQA 3ZSFA 5IKBA 4OXVA 3ILUB 4HTGA 3M3LA 3H03A 4EXKA 3VVEA 3KSXA 4EUOA 3OENA 5H8NA 1M5CA 4LVQA 4R9FA 4AB5A 3PMWA 4O3AA 3CSBA 3H7MA 3QAXA 1YPNA 4ND9A 4MLQA 1MY4A 3RTFB 1A8EA 3LSWA 1QW0A 4U1ZA 4WEPA 1O7TA 1I69A 3H06B 3TCGA 5ICTA 3KG2A 5DYHA 4YZZA 5L9SA 1FQDA 5IAIA 4PP0A 4NEDA 4RK9A 1Y3PA 4QSEA 3H6UA 2XXVA 1LGBC 1FW0A 3KOTA 4IO6A 3TQWA 3G3FA 3IR1A 1B32A 3VVDA 2F6GA 2HFBA 3KFMA 3TDJA 3SEUA 3RQTA 1OLAA 1R1NA 2QS3A 1FTKA 5FHNA 3H6WA 2F35A 4PFWA 3O6HA 4O3CA 3G7WA 1II5A 3L6HA 5HM4B 4XTCQ 3FD3A 4OHNA 5H8HB 2QRYA 3K01A 2I0BA 5F1QA 1B6HA 4RNSA 2I6EA 2F34A 1JW4A 3EPEA 3MUQA 5K2YA 2H4IA 2ZYMA 1MXYA 5BWJA 3IOUA 2UYEA 4MBPA 1Y20A 3VE1B 3T9XB 1SD3A 1LAXA 1B3EA 4QHQA 4DCXA 1URSA 3IL1B 4JXIA 1PC3A 1Z7ME 3JZJA 3ECRA 1MDQA 2QMXA 4U23A 4P11A 3PD9A 1MXUA 4EXLA 2Y7KA 1N04A 3F11A 4OFLA 3IK6B 3TFLA 1JW5A 3GBBA 3RT8A 5A5XA 3S9LC 3KN7A 3DP8A 4U21A 3RTWB 3MZ9A 4DXBA 3PGFA 3N26A 2AYSA 5DEXB 2W7YA 2P0SA 1LFIA 1LFHA 1SW5A 3MW0A 4YB7A 4DXUA 1XC1A 3MZ1A 3DLNA 3K1NA 4H67A 4I62A 4QSCA 1OIBA 1IUDA 3ONMA 3W9VA 3V5AA 3B6QA 4HCWA 4QFNA 1SQYA 1MXWA 2D21A 1Y4TA 5AA3A 3L6GA 3VFJA 3K6UA 4IGRA 1ZLQA 5CBSA 1Y1MA 4H5GA 3TTKA 2F7AA 2PX1A 4F3BA 4H0WA 2QSXA 1B05A 3R6UA 5CMMA 1D4NA 4JSDA 4LP2B 4GQOA 2HEUA 3VDFA 4OEUA 3MAMA 2RF1A 4E0WA 2V3TA 4GRKA 1OVBA 2ZMBA 5I2KB 1D9VA 4YKIA 4LONB 1MXVA 1R9LA 5I84A 4YKKA 4UA8A 3S9EA 3E3KA 4ZZEA 3GZGA 4G68A 3K1MA 1XOCA 5CMCA 3SEWA 1LBCA 3IX1A 3QK6A 4ZE9A 1NNKA 4OESA 4JWXA 3IB0A 2DVZA 1D9YA 3S4UA 4KD5A 1PEBA 2O7IA 3E13X 1FTJA 4ZZAA 3DM0A 4I1DA 3Q26A 1QJMA 3K0VA 1S50A 2CMOA 1MY1A 2OJTA 4XKNA 3TCHA 3R7XA 4KI0E 4LATA 4BDLA 3IB1A 2ZYOA 1FTLA 3FVKA 5I2NB 1XS5A 1QKAA 2O69A 4PQJA 3TTMA 4TOZA 1IIWA 2VD2A 3TAJA 4R9GA 1FQEA 5AA4B 2V84A 3QIMA 4GFRA 2I3WA 4DZ1A 2O68A 2I49A 3BKIB 1P99A 3VLWA 3USDA 1VFEA 4KHZE 1Y3NA 1POTA 1YAEA 3TTLA 1ZIUA 3MP6A 4NF8A 1I6QA 3FJGA 1B40A 4ECFA 3LC8A 4IGTA 4RXLA 5L8DA 3W9WA 1VFDA 4U2RA 1FQAA 1IITA 2Y7PA 4I9DA 2OWSA 3RLFE 3U1OA 1B5HA 2RCBA 3KGCA 4UACA 4BLAA 2Z22A 1MM7A 5BUUA 4ELOA 2IEEA 1A7LA 4RPOA 5I59A 1GGGA 1PB7A 4BDMA 1MY3A 1Q1KA 3N94A 2XD3A 4ZECA 2YJPA 3OEKA 3CG1A 5DVJA 3K00A 3OELA 4XIGQ 1XVXA 1N0TA 2OZZA 4F3PA 1UTHB 5AA1A 1B4HA 3LSFB 3TMGA 4FIMA 2PBWA 1NNTA 1JVYA 2Q2AA 1Y9UA 2X26A 3MPKA 3TYHA 3T22A 2F8DA 3TEPA 1LB9A 3CVGA 1FTMA 4C1TA 4RJZA 4RK2A 2H98A 4QFKA 4JSOA 1B3HA 3O28A 3N5LA 2DSFA 3O2AA 4RPNA 3IJXB 5CMKA 2Z23A 4M4GA 2O84X 1FQBA 1ZBMA 2UVJA 1N84A 5L9OA 3TUSA 3V89B 1B5IA 2D5WA 4C1UA 4XXUA 3PPRA 2R71A 2YLNA 3EF7A 4GXSB 4H8IA 4G4PA 1AH5A 1MY0A 2ZYKA 3CR9A 4ZEIA 3EHUA 3VLUA 5I58B 1R9QA 3SEVA 3RY3A 1NNFA 4OQOA 1FQFA 5F7VA 1N7WA 1JEVA 2PVUA 4U1OA 4H8JA 2UXAA 1JVXA 4LZ5A 1MM6A 3QYTA 4POWA 2NXOA 4IB2A 2NWJA 1UIUA 1JEUA 2Q89A 1B7HA 3SERA 4ESXA 4EF2A 3O66A 1JNFA 2XXRA 4H65A 1P1NA 3LSLA 3SEXA 4Q30B 1A99A 2HQ0A 4OYVA 5ITOA 1MY2A 4DCYA 2HAVA 5H8QB 3SETA 1KWHA 3JV9A 3TCFA 4OEVA 1AIVA 3OD7A 1HSEA 3K1PA 2O7UA 2Q9TA 4ELQA 4GLIA 3FASA 1US5A 2D3IA 2FYIA 5DVFA 3FV2A 3K2DA 3U8QA 3QSLA 3S2VA 1LBBA 1POY1 3I3VA 1Y4CA 2I48A 4XKQA 1LAGE 3H6VA 3UA8A 4E0XA 4F29A 5CBRA 4IO5A 4MLVA 1ZJLA 1TWYA 4KR5A 5JEIA 2VGQA 4F18A 1ATGA 3G3JA 5H8HA 1SBPA 3K02A 3FVOA 3IB2A 1NNPA 4ONYA 4HW8A 4DDDA 3FVGA 2QS4A 4GOTA 4OFJA 3K6WA 1URGA 4KFQA 4R6YA 4BDQA 1CB6A 4ESWA 4KYDA 5I56B 2ZYNA 1B1XA 1LB8A 3C33A 3TODA 1EZ9A 1LAFE 4DE8A 1USYE 2ZNTA 4KQPA 1ZU0A 5I57B 1MXZA 3AXFA 3TELA 3U94A 4YICA 2QS1A 3JYRA 2I58A 1BIYA 2Q88A 3RGYA 2DOJA 3KJTA 3KN8A 4KYEA 3FXRA 3U92A 4NF4B 1SW2A 2R9JA 4OERA 5DEXA 3UORA 4YB6A 3TZAA 3OEMA 1LLSA 4R2BA 2XXWA 2F7BA 4MF3A 3QXMA 2OWTA 2UVHA 1IEJA 2Y7WA 2P1SA 4JDFA 2I0CA 1O63A 1XHYA 4HCYA 3C4MA 4PFUA 2I3VA 2DVCA 5ISUA 1O64A 4BDNA 3RPWA 3DP6A 2DXRA 4G8HA 5HBCA 1DMBA 4FECA 1R6ZA 5I2KA 4F39A 3VLVA 2XXUA 3H6TA 1N76A 3HHGA 4NF6B 3SKPA 3MWBA 4XKRA 1QVSA 3PU5A 3MC2A 4KCDA 2I4CA 3OOAA 1PB9A 3UIFA 2OK2A 2F6PA 4LZ7A 1LCTA 1BP5A 2WKYA 3UK4A 5JTYB 1IXIA 2V25A 3PUVE 2DE3A 1M5BA 3H4ZA 2HZLA 3N6TA 4F31B 1BLFA 3DELB 2ZNUA 5KZTA 1MQJA 5TPAB 1MPCA 3IOVA 2B3BA 5DTBA 3PMVA 3PUWE 1QUKA 3GLBA 1DTGA 3FZVA 3PV0E 1P1WA 1L5TA 3W15C 2DE2A 4ZDMA 2QJEA 4K3FA 4Z0IA 4LUBA 4OENA 1MG1A 2XXYA 4F1VA 1SI1A 1US4A 1I6AA 2XXQA 1MXXA 2PMSA 5AA4A 2VHAA 2H25A 1MQDA 3CIJA 4PFTA 3FIRA 4RA1A 2OLBA 1P1QA 2H5YA 1B46A 2OCUA 1NKXA 3GXAA 3OXNA 3C31A 2Z8FA 1SVXB 4G68B 3I5OA 2DWIA 5HPQA 1SYIA 3B6WA 2XXPA 1SI0A 3IOTA 3PUXE 3ZKKA 4IO7A 4GIZA 2XX9A 1B5JA 1VR5A 1MRPA 4Q5TA 3D4GA 4NTLA 3G3GA 3TTNA 2ZXTA 1QKBA 2ONKE 5ELVA 5B70A 4M1VA 1H44A 4EQBA 4ZEFA 4XKPA 3HO7A 1J1NA 2X7QA 3MQ9A 4AB6A 1UTHA 1B0LA 1AMFA 2DWJA 4ZEKA 2QL3A 1A54A 3FV1A 3WAFA 2F5XA 3G3IA 1B3LA 3KEIA 4YMAA 4KPTA 4MH5A 4LZ8A 1VSOA 3CFLA 3EHTA 3I6VA 1MH3A 4MFIA 1B4ZA 3TQLA 4OMBA 1S7YA 5J1DA 1SW4A 4YU0A 3CFZA 5KCJB 1Y1ZA 1QUJA 2E1SA 5AA2B 2XXHA 2REGA 2NVUB 1IXCA 2AIXA 5M2VA 3C36A 2DYXA 4IY6A 2HZKA 3OSRA 4GD5A 1EH3A 4NF5B 4NWDA 3R26A 4BDRA 2Y7IA 4JB7A 1H43A 3MBPA 1AOVA 2RC8A 5FTIA 4F1YA 1UQWA 1AL3A 2PYYA 5I58A 4H6DA 2PT2A 4QRZA 4WKMA 3P7IA 3UP9A 3SDFA 2F78A 2QPQA 1HSJA 1NL5A 3M3FA 5TP9B 3Q25A 1LSTA 4O3BA 2RKMA 4FATA 5H8FB 4ISUA 4F3SA 1Q35A 1SYHA 3FXUA 2XXIA 5DVIA 4TQUQ 5KDTB 4BDOA 4Q8RA 5K2XA 4GVOA 1H76A 2A5TB 2P2AA 4G8MA 2ZNSA 1MPBA 2DWHA 1DOTA 3BFUA 3B7DA 4FJPA 3KZGA 1M5EA 2Q2CA 3HHFA 4GF8A 1H45A 1UTBA 4LA9A 1OVTA 1URDA 1CE2A 4QFOA 4YKJA 2GHAA 5H8QA 4R2FA 1P1OA 3S9NC 2B65A 4Q0CA 2M8CA 4THIA 2Q8JA 1P1UA 1N3XA 1IXGA 1MH4A 4R72A 2DXYA 4I8CA 1ZKBA 4P0IA 1A55A 1B9JA 4QF9A 3C34A 2XXTA 1DTZA 3LR1A 5CC2A 1NH7A 2KLFA 2AL4A 2G29A 1EZOA 4C0RA 2RC9A 5CI5A 3PD8A 4OTEA 5AA2D 4F2QA 3A09A 4U4XA 3MZBA 3T9HB 3MP1A 4IO3A 2O6AA 3M3KA 1ANFA 2NOOA 3FATA 1M5DA 3WAEA 3TPAA 3ODBA 1A8FA 4IO2A 1OLCA 1USYH 5I56A 2RC7A 3T9VA 3MVYA 5EHMA 3RN8A 1IZ1A 2HXWA 5H8NB 1MS7A 1MQIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2O51A 2UVIA 2XWOA 1H3DA 3KN3A 4ELPA 3OO7A 2DE4A 5I57A 2FIEA 4JWOA 3LSXA 4YAHX 4JWYA 3IFAA 3FVNA 4YB5A 3B6TA 4ZE8A 2IA4A 5J16A 4Z7EA 4GXAA 4NF4A 2B4LA 1ELJA 4PETA 3A3UA 2AL5A 3HV1A 3CG3A 5F24A 3RNNA 5CM6A 4X48A 4HE1A 1A40A 3G3KA 4QFLA 1FPEA 2LAOA 4N13A 1EZPA 4N8GA 4F22A 3T66A 1YCJA 4H1XA 2THIA 1ZMGA 1B51A 1TFDA 3KC1A 3HSTA 3GBAA 3KJ7A 4N07A 3FJ7A 1OQGA 2HHMA 1S9TA 3M8UA 1SW1A 1LFGA 2X7PA 1DPEA 1KA0A 3U72A 3Q28A 3V83A 3MVWA 3TKDA 3G3HA 1PB8A 3CRBA 2DQVA 3ZS6A 4AQ4A 1WVJA 3RT6B 4OVTA 3LBSA 4F3GA 1BTJA 4G77A 1B3GA 4XFEA 2ANJA 4U4SA 3BFTA 2HAUA 3FBPA 3T1BA 3CFXA 4H5FA 1XVYA 2FBPA 1QUIA 4NF6A 3K4UA 4P0GA 2XX8A 3N6UA 3HN0A 3KBRA 2PT1A 2V93A 2QS2A 2FHYA 2F7CA 4FEBA 3VV5A 2NUVA 1QULA 3MJNA 2G93A 1RYOA 3T96B 5JTYA 5LOMA 4EQ9A 2CZLA 4FORA 4F19A 5JK4A 2XA5A 4GWSA 4FAJA 1FBCA 3Q29A 1OMPA 4G8NA 5A5XB 5TPAA 1K9ZA 4YKPA 1MQGA 3PUZE 1B52A 3S9MC 1NH8A 4R75A 2DP8A 3OMBA 1HSLA 1YZ0A 2Y7RA 3E9XA 4HS7A 5ITPA 1B2HA 1B3FA 4F2OA 4JBZA 2H99A 2O1MA 2V3QA 1MQHA 3IJOB 4X9TA 4R73A 4MIJA 2GRVA 5B7DA 2VOZA 4OETA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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