2O84X

Crystal structure of k206e mutant of n-lobe human transferrin
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
Knots found
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
DKTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVEHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of two mutants that probe the role in iron release of the dilysine pair in the N-lobe of human transferrin.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Serotransferrin
molecule tags Metal transport
source organism Homo sapiens
total genus 105
structure length 329
sequence length 329
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
X PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2o84X01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2o84X02
1PEBA 3G3KA 4ZEFA 3BBRA 4Q30B 3E9XA 3G7WA 4ISUA 1ZMGA 4G68A 1P99A 4X1BA 4FORA 2G93A 1YCJA 2ESNA 1IXGA 4KD5A 3VVFA 2OLBA 3MW0A 1H44A 3A09A 5HBCA 3IOUA 3WAFA 1MDP1 4OFOA 1N04A 3O2AA 2F78A 3PPRA 5TU0A 3Q28A 1DTZA 4H5GA 3THIA 4XKNA 1MPDA 4R6HA 2QS4A 4IY5A 4BLAA 5H8HB 1IZ1A 3ZS6A 4YU0A 5AA2B 4LQ5A 2A5SA 2Y7RA 3LSFB 3V89B 4L17A 4ZEDA 2OJTA 3TUSA 1WDNA 4E0XA 4XXUA 1LFIA 1Y3QA 2ZYMA 3KN7A 3KOSA 5CI5A 1NNKA 5I2NA 1B3EA 3SEXA 1B40A 1GVCA 3QUJA 3PUVE 2DVZA 1B6HA 3O9PA 4LVQA 2F6PA 1I6QA 3UN6A 2PBWA 5B70A 2O7IA 4YZZA 4JSDA 4EDPA 1POY1 5B7DA 1J1NA 1MQGA 2R6GE 5DVJA 1Y1MA 3TCFA 3ECRA 1B5IA 2FNCA 2P1SA 2LAOA 4QFPA 1VFDA 3PUXE 4F31B 4POXA 2E0SA 4O3AA 2A5TB 4LONB 1AIVA 2GHBA 2D3IA 3H7MA 1MXUA 1LBBA 1N3XA 4DCXA 2Y7WA 1B7UA 2V3QA 1TWYA 5LOMA 2XXQA 3ZKLA 3MP8A 2ZYOA 2M8CA 3TZAA 1H45A 5CBRA 2F7CA 5I57B 1Y4CA 3LC8A 1OLAA 4QFOA 1FQAA 4G68C 4KI0E 3S2VA 2HXWA 2XXHA 3Q25A 4JSOA 3L6GA 1LAFE 3KJ7A 3U8QA 1S50A 4YKJA 4FEDA 1D4NA 1SW4A 5JTYB 3H06B 3QK6A 2HZKA 1SW2A 4F29A 3OO7A 4EQ7A 2OCUA 4EXLA 1POTA 3CR9A 3HHFA 1MPBA 4G4PA 4R73A 1RKMA 4PFUA 4MBPA 1ATGA 3S4UA 2ZXTA 5KDTA 4ELRA 1MY3A 1GTKA 1MH4A 2VD3A 2DE2A 1ZJLA 2OK2A 3G3FA 5ISUA 1TXFA 4R9GA 5H8FA 4H6DA 4RA1A 1XC1A 3EHSA 2Q2CA 4NF8A 3C31A 2REJA 3CRBA 5DTBA 2RKMA 3CI8A 2CZLA 4ZEBA 5I56A 4G77A 3T9VA 3FGSA 1Y4TA 4U2RA 3M3LA 1DMBA 4EXKA 4FATA 1QJMA 1UTBB 3TTRA 2PYYA 1NL5A 3IB0A 4OEUA 3M3FA 3CVGA 3U92A 1Y9UA 5CM6A 5ITOA 3TCHA 4H0WA 2Z22A 4YB6A 5H8SA 3O6IA 2I58A 5AA3A 3RGYA 1QUKA 1AH5A 3CFZA 3ONMA 3S9MC 3K1PA 1A8EA 3MJNA 1LAHE 2Z8DA 2I48A 4KCCA 2I4BA 4YAHX 1MXWA 1UQWA 5I84A 2Z8FA 3IO6A 3I5OA 2Q2AA 2GHAA 3CSGA 1N84A 4POWA 4ZS9A 2B3BA 3GBAA 4ZECA 3TKDA 2XXTA 4KYDA 3C35A 1MQDA 2AL4A 4O3CA 2RINA 1B9JA 4R2FA 3TAJA 3IX1A 3KFMA 4X1DA 4PFWA 4QSEA 1QULA 4DCYA 3JZJA 4R6KA 3IOVA 5DVIA 3MQ9A 4ESXA 3N26A 3G3GA 4F3GA 1IXCA 1A7LA 5I2KB 4F3BA 1H3DA 1MXXA 3K6UA 2VGQA 5TPAB 3L6HA 2GRVA 3M8UA 2XD3A 1L5TA 4NEDA 3SEWA 5ELVA 4F1YA 5KCJB 1SDXA 3TEPA 3RY3A 3SEYA 4QHQA 3U93A 1S7YA 2XXYA 1A55A 3PGFA 5EHSA 2OWSA 5FHNA 3PU5A 4ZEIA 4Q8RA 4QSDA 5H8HA 2D21A 4G8HA 2XX9A 2DE3A 1WVJA 3KN3A 5AA2A 2ANJA 3HN0A 3N6UA 1FQFA 4M4GA 3MP1A 3VFJA 1IUDA 2QPQA 1O63A 1UIVA 3RUMA 4R6YA 3KGCA 1EZOA 2Y7PA 3T96B 5IKBA 2IA4A 4OENA 4EQBA 2XXPA 4QF9A 3FVNA 4F2OA 1NMUA 3Q26A 3H6WA 3MPKA 2UVIA 3N5LA 3VXCA 1VR5A 3UK4A 4U1OA 2A5TA 4IO5A 3VLVA 2NUVA 2H99A 5I59B 1O7TA 5BUUA 4TQUQ 1SVXB 3JV9A 2UXAA 4NWCA 2F35A 3D4CA 4BDOA 3FD3A 3FVOA 3MP6A 3C4MA 4ESWA 5I57A 5DT6A 1URDA 4DLDA 1SQYA 1NFTA 4LZ8A 2KLFA 3C9HA 3MZBA 2ALUA 5CMMA 3GZGA 2DYXA 4ZZEA 4DIGA 3LR1A 5JTYA 2R9JA 1Y20A 1AOVA 2B3FA 3OEMA 4Q5TA 3ILUB 5CMKA 1N0TA 3QYTA 4KR5A 1LAGE 3IOTA 5L9OA 3O97A 5DYHA 3SERA 3KOTA 2DVCA 1PDAA 1B32A 4RK2A 4BDQA 1VE4A 3QXMA 1QW0A 2CMOA 1IXIA 5CMCA 1LAXA 1VSOA 4FIMA 2X26A 4PETA 3TTKA 3ZSFA 1MY0A 3IJXB 3PPQA 4OZ9A 4YKPA 4HCYA 2HCAA 4XKQA 5CRYA 3WAEA 4R9FA 2DSFA 1MY2A 1NNTA 1GV8A 1JW5A 1HSJA 1B58A 4PQJA 1OLCA 2DXRA 1UTBA 3K6VA 5AE4A 4FAJA 4ZDMA 2NXOA 1JEVA 4JWYA 2ZNUA 2P2AA 3C33A 4NF4B 4IO2A 3LSWA 1LBCA 2RF1A 2H4IA 4H8JA 5EHMA 3AXFA 3PPNA 2RC8A 4LZ5A 4FJPA 3FATA 4IO7A 2DWHA 2NWJA 1B7HA 3CFXA 1JNFA 3PMVA 4GFRA 1XT8A 4XTCQ 3E13X 1Y3NA 1B4HA 3SEUA 3VLWA 1ZIUA 3T9UA 2I0BA 3H03A 3T22A 4IB2A 1T0KA 4NWDA 3T9XB 4IGRA 1B1XA 4ELQA 1USYE 3E3KA 1PBQA 4XIGQ 4ELOA 3IR1A 4K3FA 3O28A 4GL0A 1XVYA 5CC2A 1MDQA 3OO9A 4XKRA 4I62A 1EU8A 3SKPA 1B3GA 2NOOA 3PUWE 1MQIA 2QRYA 5I2KA 3VVDA 1MXYA 5K2YA 3M3KA 1IEJA 5TPAA 3OO6A 4MFIA 4FEBA 5A5XB 3FV1A 3G3HA 5KCJA 1R6ZA 2DWAA 4KQPA 3TFLA 3MWBA 3Q27A 4RPNA 1MH3A 4JDFA 5ICQA 1FW0A 4C0RA 2H25A 3O29A 2THIA 3A3UA 4ZEKA 1PC3A 3LSXA 1EZPA 1R1NA 4LZ7A 2VD2A 1I6AA 4U1ZA 4C1TA 3LBSA 2O6AA 1XHYA 1AL3A 3PD9A 2F5XA 3PUYE 4C1UA 1NNPA 1ZTYA 3S9EA 2F36A 5F1QA 1MY4A 3B6TA 4OYVA 1US5A 1CE2A 4YB5A 3SEVA 4U4SA 1B3LA 1YTVA 4KPTA 3QAXA 4TOZA 4PP0A 1MQHA 1BTJA 4GL8A 1RYXA 2RCBA 1P1OA 4LA9A 3KZGA 3ILTB 5I59A 5DEXB 4ND9A 4P11A 4YKKA 2DQVA 3K00A 1B0HA 4H5FA 3HHGA 4NF5B 4RYAA 2B65A 2Q8JA 5ICTA 3G3IA 1OVBA 2UVHA 4ECFA 1FQDA 2F7BA 3H3GA 3IJOB 1FTLA 3LSLA 1LB8A 1ANFA 3R7XA 4WEPA 5TP9B 4G8NA 3FV2A 2YPNA 2HFBA 2PT2A 2RC7A 1B5HA 3FUZA 2VOZA 4JWXA 1D9VA 3CG1A 2Y7KA 3PPOA 2ONRA 3OELA 3KSXA 4OERA 2Q88A 4DXUA 4WKMA 3TQLA 1USYH 3DP6A 1NNFA 3FJ7A 2Y84A 4OXVA 1MM6A 1B3FA 2V3TA 3OSRA 4OMBA 1MPCA 1KWHA 2QL3A 1TFAA 4JB7A 4MH5A 1H76A 2H5YA 3K6WA 3V8XB 3H6UA 4OEVA 2XHDA 1ZBMA 1FTJA 5K2XA 3IORA 2I4CA 3CG3A 3TYHA 3A3CA 1JW4A 2V84A 4DXBA 4F3SA 4NF4A 2ZYNA 2DE4A 2QS1A 4F3PA 2QSXA 4GXSB 3HCQA 2AIXA 1DOTA 2XXUA 4P0IA 3DP8A 2PVUA 2E1SA 1ZU0A 4GF8A 3VXBA 3PMWA 3BFTA 1M5EA 4QFKA 1RYOA 3FVKA 1LSTA 1XVXA 3MC2A 4WXJA 2XXRA 3IK6B 1IITA 1QUJA 4PE5B 3RTWB 1PB8A 5CMBA 1OQHA 4UACA 4OFJA 1B3HA 1HSLA 2ABHA 2I3VA 2OWTA 3K6XA 4KFQA 3UA8A 2PT1A 2P0SA 1M5CA 3O66A 2VP1A 1EZ9A 4JXIA 5AA4B 1A40A 4EF1A 2AYSA 4ONYA 3K1NA 5A5XA 1I6BA 3EPEA 3S9LC 3U94A 2ZNSA 3TODA 2O84X 3MPLA 3LUYA 5BWJA 1VFEA 2XX8A 3TTMA 2F8DA 1GR2A 1B7ZA 1PB7A 1UTHB 3I6VA 4QFLA 1LCTA 3O6GA 3P7IA 2RC9A 1R9LA 2O1LA 4F39A 1SYHA 2QS2A 1B05A 2V3UA 2I0CA 3MVWA 4BDRA 4IO4A 2Q9TA 1SW5A 3U72A 5HPQA 4BDNA 1YPNA 1I69A 5I58B 3VLUA 4GQOA 4H65A 1URGA 1LFGA 4NTLA 3MVYA 3QSLA 4GD5A 3S9NC 1JW1A 1R9QA 1CB6A 3C32A 5FTIA 3PUZE 2XXVA 4ZZAA 4OVJA 3GLBA 2GH9A 4YMAA 3QUFA 3PPPA 3W15C 3BKIB 2G29A 1ZKBA 1N3WA 2HAVA 5FHOA 1UIUA 5DEXA 3HV1A 4YKIA 1FTMA 4WEDA 4EF2A 3RQTA 4KHZE 4G2ZA 4GOTA 4ZE8A 2ZYKA 4HW8A 4OFLA 4NF5A 4QRZA 4MF3A 4GIZA 2OBGA 4O3BA 5H8QB 1JQFA 4BDLA 2XX7A 4N6PA 3TELA 3SETA 3F11A 1B1HA 4F22A 4R72A 4U21A 5L8DA 2HEUA 3VE1B 5TP9A 2DXYA 1EH3A 3K4UA 4TLLB 3EQ1A 1Z7NE 2DS9A 1D9YA 4G8MA 1PBPA 3BFUA 3EHTA 5DVFA 3R6UA 1H43A 2FYIA 3EHUA 3OD7A 3UORA 3RNNA 3HO7A 4YB7A 2QMXA 4LQ2A 2DWIA 1TFDA 2O69A 5CBSA 3TPAA 1LCFA 1B5JA 4PFYA 1LFHA 5L9SA 3OMBA 1O64A 4PFTA 1B0LA 2UYFA 4KYSA 2ZMBA 3DLNA 3GBBA 4YICA 4IY6A 3QIMA 3CIJA 1IIWA 1LB9A 4FE8A 5F7VA 4Z7EA 4FECA 4Q0CA 4LUBA 4THIA 1B52A 4AB6A 3DM0A 4OTEA 1QKAA 3TDJA 1HSEA 4TLMB 1QVSA 2BJJX 1FQCA 1FQBA 1P1QA 1SW1A 3TTNA 2UYEA 1PB9A 4QSCA 1JVXA 3MVZA 1II5A 1OIBA 2FA7A 3DP4A 4H8IA 1OQGA 4OHNA 5H8NB 1IXHA 3TTLA 4RY1A 4IO3A 1YAEA 4DE8A 1P1UA 2IEEA 2D5WA 1XOCA 3Q29A 3DELB 3K01A 4N07A 1BIYA 4X9TA 1US4A 2O68A 3N6TA 4RPOA 1SI0A 4RJZA 4U23A 1XS5A 3FXQA 3OOAA 3MUQA 2F34A 5AA4A 2XXWA 1URSA 5AA2D 2XD2A 1OMPA 4HS7A 1N7XA 5FHMA 4R74A 3G3JA 4KYEA 2Y7IA 4H1XA 1JEUA 2UVGA 4U22A 4LATA 3FASA 3KSJA 3KBRA 4I8CA 5FTHA 1GGGA 1MXZA 4IGTA 2X7PA 4ZE9A 3OSQA 3T93B 1UTHA 1P1NA 2WKYA 1M5BA 2Q89A 3GXAA 3RT6B 4NF6B 4BDMA 1MM7A 3K1MA 2H9BA 1NH8A 2DP8A 1Q1KA 1LGBC 2QJEA 3FJMA 2F7AA 3FVGA 3TMGA 4RXLA 1MQJA 3KEIA 1ELJA 2I3WA 3CFLA 3RPWA 4XKPA 4IO6A 5I58A 1P1WA 1QUIA 2DWJA 4OWDA 4X48A 3TCGA 3VDFA 2O7UA 3OXNA 3W9VA 2XXXA 1MS7A 3IAZA 3UP9A 2AL5A 2YLNA 3PD8A 1TT1A 2I49A 4G68B 5JEIA 4F1VA 1DTGA 1Y1ZA 4NE4A 4EQ9A 3RLFE 4HTGA 2ZNTA 5JK4A 4R2BA 3EF7A 4F2QA 3VV5A 2OZZA 3MVXA 1DSNA 1B4ZA 1B51A 2REGA 3C34A 1S9TA 3U1OA 5EYFA 2F97A 4GRKA 3H4ZA 4U4XA 5H8QA 1D3KA 4DZ1A 2V25A 1IQ7A 3OENA 4F19A 3B6WA 5HM4B 2ONKE 1F9BA 4DXCA 2YJPA 4ELPA 1Q35A 5I2NB 1A54A 3MZ1A 2DOJA 1SD3A 3HSTA 3OO8A 4N13A 4I1DA 4KCDA 4Z0IA 3PMXA 1DPEA 1SBPA 1Y3PA 1MXVA 4EUOA 1FQEA 2UVJA 2F6GA 2O51A 3OEKA 2O1MA 2Z8EA 1FCKA 5ITPA 3D4GA 1M5FA 4NMYA 3KG2A 3W9WA 3UIFA 5KZTA 4OESA 1Z7ME 1B2HA 2Z23A 3T66A 2NVUB 2GFEA 3FXRA 2QMWA 5AA1A 3FXUA 2HAUA 1OVTA 1MG1A 3KN8A 4GVOA 4OETA 3JYRA 1LLSA 4MLVA 1N7WA 3RN8A 1M5DA 2X7QA 2XXIA 4R75A 5M2VA 4JBZA 2RCAA 3H6TA 3E4RA 3FIRA 3IL1B 1A99A 2H98A 4P0GA 1AMFA 3EN3A 3IB2A 4I9DA 1A8FA 5IAIA 1MRPA 4E0WA 3T9HB 3CSBA 4JWOA 1N76A 4AB5A 3V83A 5J1DA 3IB1A 4MLQA 4M1VA 3RTFB 3B6QA 3MAMA 3MZ9A 3O6HA 3IOWA 1NKXA 3ZKKA 5KDTB 3ODBA 4RK9A 3SDFA 5H8NA 3TQWA 1BP5A 2ONSA 4F18A 1JVYA 4F1UA 3FJGA 3K0VA 3PV0E 5H8FB 4GXAA 4RNSA 2PMSA 2HZLA 4QFNA 1FTOA 1WODA 3UGWA 4NF8B 2PX1A 5L9MA 4LP2B 3N94A 4GWOA 4DDDA 3B7DA 3K2DA 1BLFA 2I6EA 5I56B 4H67A 4OQOA 2W7YA 4YMBA 4AQ4A 1SYIA 2QS3A 1JETA 4HCWA 3MBPA 1DPPA 1NH7A 3H6VA 3VVEA 1ZLQA 2HQ0A 3FZVA 3IO4A 1B46A 1SI1A 3USDA 3C36A 1FTKA 4NF6A 3SESA 3RT8A 2VHAA 4UA8A 3V5AA 1BKAA 3KJTA 4GLIA 1MY1A 1QKBA 3HPIA 3R26A 2V93A 2R71A 3I3VA 3K02A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1PEBA 3G3KA 4JVCA 4ZEFA 3BBRA 4Q30B 3E9XA 3G7WA 4ISUA 2F3DA 4MMPA 1ZMGA 4G68A 1P99A 4X1BA 4FORA 2G93A 1YCJA 2ESNA 4GX6A 1IXGA 4KD5A 3VVFA 2OLBA 3MW0A 1IMDA 1H44A 3A09A 5HBCA 3IOUA 3WAFA 1MDP1 4OFOA 1N04A 3O2AA 2F78A 3E79A 3PPRA 5TU0A 3Q28A 2QFLA 1DTZA 3IFCA 4H5GA 3THIA 4XKNA 1MPDA 4R6HA 2QS4A 4P9KA 4IY5A 4BLAA 5H8HB 5T3JA 1IZ1A 4O8MA 3ZS6A 4YU0A 5AA2B 4LQ5A 2A5SA 2Y7RA 3LSFB 3V89B 4L17A 4ZEDA 2OJTA 3TUSA 1WDNA 1SPIA 4E0XA 4XXUA 1LFIA 1Y3QA 2ZYMA 3KN7A 3KOSA 4MNCA 1YXIA 5CI5A 1NNKA 5I2NA 1B3EA 3SEXA 1B40A 1GVCA 3QUJA 3D1RA 3PUVE 2DVZA 1B6HA 3O9PA 4LVQA 2F6PA 1I6QA 3UN6A 2PBWA 5B70A 3A29A 2O7IA 1DK4A 4YZZA 4JSDA 4EDPA 1POY1 5B7DA 1J1NA 1MQGA 2R6GE 5DVJA 1Y1MA 4PBHA 3BIHA 3TCFA 3ECRA 1B5IA 2FNCA 2P1SA 2LAOA 4DI4B 1IMBA 4QFPA 1VFDA 3PUXE 4F31B 4POXA 1D9QA 2E0SA 4O3AA 2A5TB 1FBFA 4LONB 4PCDA 4N8GA 1AIVA 2GHBA 2D3IA 3H7MA 1MXUA 4PF6A 1LBBA 1N3XA 4DCXA 4P1LA 2Y7WA 4FBPA 3U65A 1B7UA 3BIGA 2V3QA 4N4UA 1TWYA 1EYIA 5LOMA 2XXQA 3ZKLA 3MP8A 2ZYOA 2M8CA 3QMFA 3TZAA 1H45A 5CBRA 2F7CA 5I57B 1Y4CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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