2ONRA

Crystal structure of a. fulgidus periplasmic binding protein moda with bound molybdate
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
314
structure length
314
Chain Sequence
GHMNVKLKVFHAGSLTEPMKAFKRAFEEKHPNVEVQTEAAGSAATIRKVTELGRKADVIATADYTLIQKMMYPEFANWTIMFAKNQIVLAYRNDSRYADEINSQNWYEILKRPDVRFGFSNPNDDPCGYRSLMAIQLAELYYNDPTIFDELVAKNSNLRFSEDNGSYVLRMPSSERIEINKSKIMIRSMEMELIHLVESGELDYFFIYKSVAKQHGFNFVELPVEIDLSSPDYAELYSKVKVVLANGKEVTGKPIVYGITIPKNAENRELAVEFVKLVISEEGQEILRELGQEPLVPPRADTAVPSLKAMVEVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Ligand binding protein
molecule keywords UPF0100 protein AF_0094
publication title Structure of an ABC transporter in complex with its binding protein.
pubmed doi rcsb
source organism Archaeoglobus fulgidus dsm 4304
total genus 112
structure length 314
sequence length 314
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2onrA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2onrA02
3CFXA 5HM4B 3PUYE 5EYFA 3N6UA 3TAJA 1TXFA 3H7MA 1NH7A 1B32A 3CG1A 1UQWA 1TFAA 3SDFA 1B7ZA 1NKXA 5ICQA 1D3KA 2DVZA 1IZ1A 1OLCA 4P11A 3KEIA 4PE5B 2UXAA 3WAEA 4F39A 2RC8A 2XXWA 4H65A 1IITA 3UN6A 3PGFA 4PQJA 2V25A 3SESA 1IXGA 3RTFB 1I6AA 2O69A 1HSLA 4F29A 1UTHB 1NFTA 3QAXA 1MH4A 1OQHA 1TWYA 4YKPA 1MXZA 4FATA 3O2AA 2F8DA 1YTVA 3PMVA 3TMGA 1UIVA 2H9BA 3TCHA 3KOSA 4GVOA 2M8CA 2DXRA 5AA2B 1DTZA 2OLBA 1UTHA 3K2DA 1O64A 2X7QA 3MVYA 1LCTA 4FECA 3E4RA 5DT6A 1JEVA 4GQOA 4RPOA 4I8CA 3D4CA 2ONRA 5FTIA 2PBWA 1BTJA 4OWDA 2HZLA 3Q27A 4XKQA 5AA2A 5CBRA 1M5DA 4I9DA 2NUVA 2DQVA 2I58A 1RKMA 1Y1ZA 2ZMBA 4JXIA 4F1UA 4ZEFA 1ELJA 4NF8B 4F1YA 1MY0A 4N07A 3TFLA 4IGRA 1Y9UA 3FASA 4YB6A 5CMBA 1DPEA 1MXYA 1R9QA 3UIFA 4OESA 5TU0A 5B7DA 2DP8A 3I6VA 3UP9A 2DWJA 2KLFA 3MWBA 1MY4A 4F1VA 3PD8A 2ABHA 4RYAA 4NF8A 2VHAA 4Z0IA 5EHMA 4BDQA 2FYIA 1NNKA 4ECFA 3BFTA 3S9EA 3FVKA 4Z7EA 2GFEA 5CMCA 5IKBA 3IOWA 1JQFA 3O28A 4U22A 1PBQA 3WAFA 3VXBA 4RXLA 3VVFA 1JNFA 4U23A 3C32A 3MPLA 1QVSA 3ZSFA 4PFWA 1RYOA 2DOJA 1DTGA 5I58A 4YMBA 3HHGA 4AB6A 4PP0A 4ZZAA 3K4UA 3ZS6A 2THIA 3OMBA 2B3FA 2Y7WA 3SEVA 4THIA 5K2YA 4POWA 3USDA 1MDQA 4MBPA 4KYEA 5TPAB 4G2ZA 5LOMA 1SBPA 1IEJA 1ZKBA 2OWSA 2O1MA 3FV2A 1PBPA 3VLVA 4JSOA 3MVWA 2H25A 1FQCA 3K0VA 1EZ9A 4XKPA 2HQ0A 2Y7RA 2Q89A 2F6PA 3KJ7A 1IUDA 5TPAA 3QIMA 5K2XA 4G77A 4LZ7A 4U4SA 4IO5A 1SI1A 1A54A 4IO7A 4OMBA 4EQBA 3C35A 1OVTA 4KI0E 2NWJA 4OXVA 3ECRA 3ODBA 2UVIA 2XXRA 2ZYKA 4H8IA 4IY5A 3FVOA 1P99A 1FQAA 3EQ1A 1GGGA 3MP8A 4F3GA 3LSFB 4YMAA 4U1OA 2Q8JA 3FVNA 1LSTA 2DYXA 3RT6B 4LZ8A 4M1VA 2ANJA 2ZXTA 4MLVA 1B46A 1JW5A 1D9VA 3HO7A 2D21A 4I62A 1BKAA 5KCJB 3OO9A 5DVFA 4EDPA 2OBGA 1A99A 4U4XA 1OIBA 3PUZE 4R72A 1BLFA 3SERA 3MZ9A 3C9HA 2X7PA 4E0XA 4OERA 4IO2A 1AL3A 3FATA 4KR5A 5ITPA 3T96B 3H06B 3T9VA 3AXFA 2D3IA 4MFIA 2ZYNA 3ILTB 5KCJA 1R1NA 4ESWA 1FTOA 4ZE9A 2DXYA 1XOCA 3R6UA 1ZBMA 4LATA 2AIXA 5ITOA 5F1QA 1QUJA 4P0IA 2I4CA 4G8HA 4BLAA 1Z7NE 4PFUA 1LB8A 3ZKLA 3K1PA 1Y3NA 1LFHA 1LFIA 5I57B 4TQUQ 2IEEA 2QL3A 1LLSA 1B3FA 1PDAA 4QRZA 1GV8A 2Y84A 5AA4B 4IO6A 3K02A 2H5YA 1F9BA 3H4ZA 2DWHA 2LAOA 4OFLA 3S4UA 3MAMA 1USYE 1J1NA 4OQOA 1US4A 1USYH 2YLNA 4Q8RA 3W15C 3LBSA 4G68A 3T9HB 1CB6A 4IO3A 4HTGA 3E9XA 3PUWE 4H5FA 3T93B 2CMOA 4HCYA 5AA3A 1LBCA 1B5HA 4YKIA 1NNPA 1POTA 3G3KA 1MQIA 2HFBA 2QMWA 3KZGA 3KBRA 2VD2A 3FGSA 3A09A 4KPTA 5KDTB 3TQLA 1P1QA 2HAUA 2R9JA 1MQHA 2PYYA 2E1SA 3GBAA 1IQ7A 3N6TA 4Q30B 1TFDA 1ATGA 4NF6A 4R6KA 3CG3A 4QSEA 4G68C 4IB2A 2PT2A 3Q28A 2Z8DA 3U94A 5I2KB 3V8XB 1B05A 1LAHE 3K00A 2H98A 4IGTA 5KDTA 3OO7A 4ESXA 1XVYA 1FW0A 1XVXA 1R6ZA 1NMUA 3SEWA 1MG1A 1VR5A 4F2OA 1MY2A 1ZLQA 1ZIUA 4R6HA 3OEMA 1MXWA 2XD3A 3MZ1A 5I2KA 2H4IA 2P0SA 2NOOA 4OENA 2F5XA 3FXQA 4OZ9A 4KFQA 3LSLA 2Y7PA 5DVJA 1M5EA 5CM6A 2UVHA 2V84A 3K6VA 3QUJA 3OSQA 2XX9A 1FTKA 3MC2A 4C0RA 4DXBA 2NVUB 3TPAA 2PVUA 1S7YA 1URSA 2P1SA 4ZEBA 2O1LA 2ZNTA 2XXPA 3O9PA 3UA8A 2O68A 4R2FA 3G3FA 4Q0CA 2HAVA 3U93A 1RYXA 4DDDA 1OVBA 2Z8FA 1MQJA 3ONMA 4GD5A 5L9MA 4KQPA 4IO4A 5FHNA 2AYSA 3H3GA 4L17A 2I0BA 3FXUA 1JEUA 1NL5A 5H8NB 5KZTA 4LONB 1EH3A 5H8SA 4ZZEA 1A40A 2F7CA 5I56B 4HCWA 3Q25A 3Q26A 2XXTA 4KHZE 2FNCA 1URDA 4X48A 4R74A 3N5LA 1P1OA 4QFLA 3OEKA 1B0LA 2IA4A 3IJXB 3H6WA 1L5TA 5L9SA 4FEDA 4FEBA 1TT1A 3W9WA 1IXIA 5H8NA 3K6UA 5F7VA 1B51A 3KOTA 3FVGA 4F3BA 2O51A 2Q88A 5AA2D 5I56A 1P1UA 3MUQA 5ISUA 3B6QA 3VE1B 4FE8A 1MDP1 3MW0A 1QKAA 1SW4A 3V5AA 1B58A 2OWTA 3TTNA 1YPNA 3HSTA 3IR1A 4ONYA 3MVZA 1QJMA 1A8FA 3FZVA 3C31A 1SYIA 5FHOA 5BUUA 4YU0A 3RT8A 4BDNA 3PUXE 2R71A 3O6GA 1WVJA 3O29A 4GF8A 4RK2A 3PU5A 4NWCA 2G93A 2OZZA 4EF2A 4ISUA 3DP6A 3MQ9A 2I3VA 3MJNA 3SETA 3QUFA 3T9XB 4XKNA 3Q29A 3H6TA 1Y4TA 3SEUA 5I58B 4GL0A 4YB7A 1N3XA 3TYHA 3VVEA 4F18A 3MVXA 2QPQA 1MXUA 3M3LA 1VE4A 3GXAA 3K1MA 3PV0E 1PC3A 1LFGA 3KJTA 5I2NA 3TELA 4RNSA 5DVIA 3TTMA 4GIZA 1B40A 3OO6A 3PUVE 1B9JA 4GFRA 5HBCA 1YCJA 3QSLA 4JDFA 1N0TA 4DZ1A 2V3QA 3TDJA 3TTRA 4YKKA 3MZBA 3VDFA 4EF1A 4NMYA 3A3UA 2XXHA 4ZEDA 1AIVA 3KSXA 1GVCA 2RF1A 1JW1A 3V89B 3S9LC 1Y3PA 2GHAA 3I3VA 4LZ5A 5DEXB 1OQGA 2VP1A 4R75A 5IAIA 3PPQA 4C1UA 4ZDMA 1B5IA 1PEBA 4JWYA 3EHUA 3VXCA 1H76A 4NTLA 2P2AA 4QFNA 2QS4A 2A5TB 4R2BA 2GRVA 3T22A 2REGA 2HCAA 1P1WA 1Y3QA 4DXUA 4NE4A 1MRPA 4TLMB 4NEDA 3K01A 3B7DA 1N7WA 5DEXA 2I6EA 2F7AA 3HV1A 5H8HB 3C34A 4LUBA 2RCBA 3OD7A 3IOTA 4O3BA 3QYTA 4JBZA 3DP8A 1MY1A 2O84X 2DE3A 1N76A 3M3KA 2ZNSA 2A5TA 4JB7A 3JV9A 3L6HA 1VSOA 5ICTA 4DXCA 2XXYA 1ZMGA 2RINA 3QXMA 3U92A 5H8HA 1H45A 3N94A 3FJGA 2HZKA 3OOAA 2UYFA 3UGWA 3PPRA 4XXUA 2OK2A 3IAZA 2RKMA 2I0CA 4R9GA 2XX8A 3KN8A 2G29A 3O97A 3IORA 1B2HA 2XXQA 4DCXA 2B3BA 1JVXA 4R9FA 4TOZA 3K1NA 5CMKA 2V93A 2Z8EA 1B3EA 3UORA 1VFEA 3LSWA 1D9YA 2ZYOA 3V83A 1P1NA 3CRBA 1B5JA 3CFLA 3MBPA 2AL5A 4XKRA 4I1DA 4OVJA 3VVDA 2XXVA 2OJTA 1JVYA 4QSCA 4FIMA 3RLFE 3OO8A 2QS1A 5CI5A 5L9OA 4NWDA 1AMFA 2B65A 4ND9A 4G68B 1JW4A 3TTKA 3HCQA 2QJEA 2GH9A 2ALUA 1SDXA 3PMWA 3U1OA 2ONSA 3RNNA 2D5WA 4OFJA 1PB9A 1B7UA 5CC2A 1Q35A 3G3GA 2F35A 1JETA 1NH8A 2H99A 1B7HA 1EZPA 4U1ZA 4IY6A 4JWXA 1H43A 3MPKA 2XXXA 4NF6B 2HEUA 1O7TA 1AH5A 1FQEA 1N7XA 4F31B 3LC8A 1N84A 2UVGA 4ELOA 3RUMA 2DE2A 3G7WA 2XXIA 4GRKA 4BDRA 1B3LA 3T66A 3G3JA 3VLWA 3KFMA 4WXJA 1LAGE 4LA9A 1XS5A 1B3HA 1M5BA 4KCCA 1SQYA 2UVJA 4OHNA 3CVGA 4YZZA 4MH5A 1N04A 3E3KA 2DVCA 3O6HA 2AL4A 3FUZA 4E0WA 4RPNA 3B6WA 1A7LA 3M8UA 4EQ9A 1WDNA 3K6WA 3S9NC 2ESNA 1US5A 4WEDA 4LQ5A 3OSRA 5DTBA 3S9MC 4EXKA 2DWAA 4YICA 3IB2A 4ZEKA 1OMPA 4F22A 2HXWA 2UYEA 3VLUA 4TLLB 4RJZA 4F2QA 3R26A 1UTBB 1O63A 2XXUA 4LVQA 3THIA 1BIYA 4YB5A 5FHMA 2Y7IA 4ZEIA 4M4GA 2DE4A 1ZU0A 3C33A 1BP5A 1EU8A 3LSXA 4GOTA 4KCDA 1YAEA 1NNTA 4MLQA 1AOVA 4BDLA 1A8EA 2YJPA 1MPBA 4RY1A 5HPQA 4BDMA 1UTBA 1S50A 5TP9B 3RN8A 4NF4B 3EHTA 3FJ7A 1B0HA 4ELPA 4QHQA 4EUOA 5JK4A 1FTLA 2DWIA 4AB5A 4G4PA 1SW1A 4PETA 3GBBA 2NXOA 5I59B 1CE2A 2XHDA 4GWOA 4HS7A 2QS2A 3IJOB 1Y1MA 3TZAA 3PPNA 5TP9A 4WEPA 4NF4A 3IL1B 1MXXA 4ZS9A 4KD5A 4R73A 3D4GA 5I59A 3O6IA 4OETA 3C36A 2I4BA 1HSEA 1MM6A 3IK6B 4QF9A 5CBSA 2ZNUA 1FCKA 4DCYA 1N3WA 3EF7A 3LR1A 1IIWA 3A3CA 3EN3A 2QS3A 4G8NA 3VV5A 4G8MA 4ZECA 2E0SA 1ANFA 4N13A 2X26A 3K6XA 3TEPA 3SEYA 4FAJA 4X1BA 1R9LA 2F36A 3VFJA 3R7XA 4BDOA 4ELQA 3IOVA 2XD2A 4WKMA 4POXA 1H3DA 3HN0A 5AA1A 4OYVA 5I2NB 3UK4A 4P0GA 1B4HA 1MXVA 3HHFA 1ZJLA 1QW0A 4OEVA 3U8QA 3KG2A 3LUYA 2O7IA 2ONKE 3S2VA 1XT8A 2FA7A 1XHYA 4OEUA 3TKDA 4H0WA 1B1HA 2A5SA 2ZYMA 1MQDA 4F3PA 3U72A 3CIJA 1EZOA 4QFKA 1IXHA 3DELB 3RY3A 4GLIA 1XC1A 1M5FA 1Q1KA 4QSDA 3IB1A 2PMSA 2W7YA 3KGCA 2VOZA 1LCFA 4OTEA 2Q9TA 1POY1 3CSGA 1QKBA 2QSXA 1SI0A 3SEXA 4QFPA 4OFOA 2V3TA 4C1TA 1Z7ME 1LGBC 2F7BA 3MP6A 5B70A 3C4MA 1ZTYA 2F97A 2O6AA 5M2VA 1M5CA 2QRYA 3I5OA 3PD9A 1SW2A 2YPNA 2PT1A 3T9UA 5CMMA 5JEIA 4DE8A 1H44A 4ELRA 3FV1A 3JYRA 1I69A 3OENA 3PPOA 4U2RA 3PMXA 3H03A 2GHBA 4EQ7A 1A55A 1DMBA 3GLBA 1OLAA 4GL8A 4YAHX 4F3SA 1FQBA 1GTKA 4K3FA 2R6GE 4PFYA 3B6TA 4ZE8A 2Q2CA 4LP2B 3FJMA 4H6DA 3FD3A 1LAFE 1PB8A 5JTYB 3QK6A 1HSJA 3ILUB 4RK9A 4FORA 1LBBA 3TCFA 1MPDA 1T0KA 3W9VA 3FXRA 1QUIA 3F11A 1SD3A 5I84A 4HW8A 4H8JA 3CSBA 1Y20A 4JWOA 4JSDA 1DOTA 3KN3A 5JTYA 1MM7A 3RPWA 3H6VA 1MY3A 3L6GA 3OXNA 2DS9A 4DIGA 1QULA 2Z23A 2I48A 3GZGA 1I6QA 4DLDA 1B6HA 3O66A 1GR2A 3TODA 2F78A 3RQTA 3TCGA 2DSFA 4KYSA 3G3IA 1I6BA 2O7UA 3HPIA 1KWHA 4O3CA 1IXCA 2BJJX 5BWJA 4N6PA 1NNFA 2Y7KA 3IOUA 1SW5A 5A5XB 4UACA 3DLNA 1B3GA 3JZJA 1SYHA 3M3FA 1LAXA 3DP4A 5CRYA 1II5A 2RCAA 1SVXB 3TQWA 1DPPA 3IX1A 2VD3A 1PB7A 3KSJA 3CFZA 4GXAA 4H67A 4X9TA 5ELVA 4XTCQ 3G3HA 5H8FB 2V3UA 2XX7A 3E13X 2PX1A 4LQ2A 2F6GA 5J1DA 5A5XA 1UIUA 3RTWB 5H8QB 5L8DA 2RC7A 3OELA 1LB9A 1FQFA 5I57A 4R6YA 1URGA 4NF5B 4F19A 3BBRA 3MP1A 3CR9A 4FJPA 4O3AA 5H8FA 3FIRA 2F34A 2I3WA 5AA4A 3ZKKA 2CZLA 3IO6A 2QMXA 3N26A 5H8QA 3BFUA 3IB0A 1QUKA 1MQGA 3SKPA 1D4NA 3EHSA 3RGYA 4H1XA 2Z22A 4NF5A 1B52A 4YKJA 3BKIB 2RC9A 1MH3A 3P7IA 5DYHA 1B4ZA 4GXSB 4X1DA 3EPEA 4UA8A 1MPCA 4H5GA 3TUSA 1WODA 3DM0A 4RA1A 2REJA 3PPPA 1FTMA 4XIGQ 1Y4CA 4U21A 1DSNA 5AE4A 2WKYA 4Q5TA 1B1XA 3CI8A 4KYDA 1MS7A 1S9TA 2VGQA 3H6UA 5EHSA 4PFTA 1FQDA 2OCUA 4MF3A 1FTJA 2Q2AA 3IO4A 4AQ4A 4QFOA 4EXLA 3KN7A 3TTLA 1VFDA 5FTHA 2I49A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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