2PMSA

Crystal structure of the complex of human lactoferrin n-lobe and lactoferrin-binding domain of pneumococcal surface protein a
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
331
structure length
331
Chain Sequence
RRRSVQWCAVSQPEATKCFQWQRNMRRVRGPPVSCIKRDSPIQCIQAIAENRADAVTLDGGFIYEAGLAPYKLRPVAAEVYGTERQPRTHYYAVAVVKKGGSFQLNELQGLKSCHTGLRRTAGWNVPIGTLRPFLNWTGPPEPIEAAVARFFSASCVPGADKGQFPNLCRLCAGTGENKCAFSSQEPYFSYSGAFKCLRDGAGDVAFIRESTVFEDLSDEAERDEYELLCPDNTRKPVDKFKDCHLARVPSHAVVARSVNGKEDAIWNLLRQAQEKFGKDKSPKFQLFGSPSGQKDLLFKDSAIGFSRVPPRIDSGLYLGSGYFTAIQNLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of a Complex of Human Lactoferrin N-lobe with Pneumococcal Surface Protein A Provides Insight into Microbial Defense Mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal transport, hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 102
structure length 331
sequence length 331
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2007-04-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pmsA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2pmsA02
4KYSA 2I48A 1H44A 3K6XA 3LC8A 3CVGA 5AA4B 2THIA 1PB9A 3CFXA 5AA1A 4GF8A 3SEUA 3FJ7A 3SEYA 1NH7A 2DWIA 1VFDA 5J1DA 2REGA 5EHSA 4YU0A 4ZZAA 4C1TA 3QUJA 5CMKA 1ZLQA 3HPIA 4F39A 4AB6A 1CE2A 4ZZEA 2XD3A 2DWAA 1OLCA 4ZDMA 3R26A 2DXYA 1Y3NA 1FQFA 3LSWA 3O66A 1JVXA 3G3IA 4U22A 3V8XB 4ZEBA 1FTKA 4XKNA 1XHYA 4U4SA 3PUZE 5DYHA 1NNFA 2ZXTA 4F3BA 4MH5A 4MBPA 4OEVA 4OFOA 2ABHA 3KFMA 5F1QA 4IB2A 1EZOA 3EQ1A 4F2QA 3K1MA 2ESNA 1QUJA 2REJA 5TPAA 3UGWA 4OFLA 1LGBC 2Y7WA 1LAXA 5BUUA 3OD7A 1USYH 2P0SA 1QJMA 4H0WA 4DCXA 5L9OA 1IXHA 1Y9UA 1SI1A 2V3UA 1FQEA 2UVJA 2Q89A 3CRBA 4ZE8A 3CFZA 3Q25A 2O1MA 5I59A 2NUVA 4ELQA 1B0HA 2Z8FA 1QW0A 4KPTA 5TPAB 4ONYA 4GXAA 4KHZE 1H3DA 3RTWB 5F7VA 5DVIA 3A3CA 3GBAA 4PE5B 3U72A 2XXVA 1MRPA 1A55A 4FEBA 4F1UA 3OO7A 4FEDA 3K4UA 4BDQA 4QHQA 1B7UA 3SESA 2PMSA 4NWCA 1IIWA 1MQDA 1MPBA 4F29A 3O6GA 1S50A 3FVNA 3DP6A 3K6VA 1NFTA 2ZNTA 4DXUA 4LQ5A 3O9PA 1SDXA 1JW4A 1N7XA 4R2BA 2GFEA 2DE2A 4M4GA 2NXOA 3B6TA 3T9UA 1R6ZA 3IOWA 4NTLA 4F22A 4OENA 3FZVA 3TCGA 3G3HA 2R71A 2QS2A 3BFTA 4GD5A 3SEWA 3TYHA 1M5CA 3BBRA 2PBWA 2QS1A 3TTNA 4PFUA 3K1PA 1M5FA 5B7DA 3R7XA 3UA8A 1MY0A 3N6TA 5JK4A 5AA2A 2HZLA 1I69A 4ZE9A 3WAFA 5EHMA 4NF8A 4ZECA 2A5SA 2F7AA 1AOVA 3IOUA 2XX9A 1H43A 4BDLA 2B65A 3OEKA 3MC2A 3C4MA 1NKXA 1TXFA 3O29A 4POWA 3FASA 2DQVA 3B6WA 4NF8B 3CSBA 3TMGA 2DSFA 5H8SA 2AL4A 4TQUQ 4P0IA 3VDFA 5JTYA 2XXTA 2PT1A 1IEJA 1URGA 1SVXB 4XTCQ 3MP8A 1ZTYA 3FV2A 1P1UA 5I2NA 4QFPA 3EHSA 4Q8RA 3KSXA 3IJXB 1H45A 3VVEA 4R6KA 2QPQA 1QUKA 4RNSA 4MFIA 4LATA 3IOVA 3Q26A 2RF1A 3HN0A 4YZZA 4YICA 3TFLA 1SYIA 3T9VA 1FQCA 3T9HB 3MVXA 2UYFA 1J1NA 3E13X 1N7WA 4DXCA 1WVJA 1RYXA 2DVCA 4H1XA 2O51A 2UVIA 1FQAA 5AA2D 1FQBA 1LLSA 1OVBA 4DXBA 4LZ8A 3MBPA 1JEUA 3SETA 5L9SA 3TQWA 5CMBA 3TTLA 1LFGA 2UYEA 4YAHX 1I6AA 3T96B 4R6YA 1VR5A 3Q28A 1FTLA 1DOTA 4FIMA 2VD3A 3U94A 1ZIUA 1MQIA 1LAFE 1XVXA 3C9HA 2QRYA 1OIBA 3CG1A 1AMFA 4RY1A 1B1XA 4N07A 1TT1A 3TDJA 4MF3A 1L5TA 1MXXA 3ZSFA 2WKYA 2O69A 4H65A 2H98A 2CMOA 2H5YA 3MVWA 2VD2A 3O2AA 4P0GA 1O64A 4LZ5A 4PP0A 2GRVA 2FYIA 2F35A 1EH3A 2NVUB 4KD5A 1EZPA 1B46A 1H76A 5KZTA 3DLNA 1Y3QA 1IITA 4QFOA 4NF4B 1OQGA 2Y84A 2HQ0A 4NF5A 5JEIA 5IKBA 1ATGA 2KLFA 2F5XA 2DP8A 2PT2A 2DYXA 5DEXB 2Q2AA 3B7DA 3C34A 1Q35A 1PBQA 1NL5A 2GHBA 4GFRA 3KZGA 1GV8A 2HCAA 3SEXA 4DZ1A 5DT6A 1US5A 4IGRA 2ANJA 1P1WA 1SBPA 4YKKA 3MWBA 4Q5TA 5A5XB 1IXGA 3IR1A 3FXQA 2XXPA 3N26A 3GXAA 3S2VA 4R73A 3L6GA 2I49A 3OO9A 3T66A 3SKPA 5FTIA 1CB6A 4QSCA 1B5IA 3BFUA 4I8CA 3JV9A 4PETA 1TWYA 2ONRA 3N94A 3MZ9A 3KN3A 3E9XA 3FJGA 2I6EA 4R6HA 3ZS6A 5CC2A 4RA1A 1PB8A 1JNFA 1AIVA 4GL0A 4E0XA 1JEVA 3I5OA 1NNPA 3K6UA 3MZ1A 4FECA 4R72A 4FORA 1MPDA 3OEMA 4M1VA 2AL5A 3RT8A 2P2AA 5ITPA 3SDFA 4EDPA 4EQBA 4XKQA 5HBCA 1SD3A 1F9BA 4ELOA 4ZEDA 2Q88A 4F19A 5B70A 4Z7EA 4GVOA 3V83A 5DVJA 2A5TA 4H5FA 1SI0A 3FGSA 4GXSB 4HTGA 4EF1A 4F3SA 1SW1A 3IORA 4R74A 1B3FA 2HZKA 3Q27A 3QUFA 4LQ2A 3K1NA 2ZYNA 1SW2A 3WAEA 3TZAA 3MP1A 2AYSA 3DP4A 3MPLA 2A5TB 2PX1A 2XXWA 3GBBA 2I4CA 5AA3A 1A40A 4F2OA 1A7LA 2ZYKA 4DIGA 3CG3A 3SERA 4RK2A 5ISUA 1A8FA 1BIYA 2H25A 1TFAA 3PPPA 4XKRA 1YPNA 1BP5A 2XD2A 2OBGA 3OSQA 5TU0A 3OXNA 2V3QA 5ELVA 4NF6A 4LP2B 4X9TA 4TLLB 2HEUA 3UORA 1Y4TA 3S9MC 1LCTA 1B3EA 1JVYA 4OTEA 2G29A 3FVOA 4KCDA 5I57A 2H99A 3KOTA 3OOAA 4GQOA 4GRKA 1MY3A 1ELJA 3K01A 5H8FA 1B05A 4NF6B 3ODBA 3S9EA 1HSLA 1M5BA 4JWYA 3G3FA 5I59B 2D3IA 2I0CA 1IZ1A 3N6UA 3KEIA 2H9BA 5HPQA 1B3HA 1MM7A 1LB8A 5CMCA 2O7UA 5H8FB 1US4A 1D3KA 3M8UA 1P1QA 5TP9A 2QMWA 1MS7A 3PV0E 3M3LA 3S9LC 1MDQA 4OHNA 5FHMA 4ELRA 2VP1A 1PBPA 1N3XA 3TTMA 4DCYA 3MUQA 4OERA 4H8JA 4QFKA 5BWJA 3TTRA 5K2XA 1Q1KA 4OESA 4KCCA 3TAJA 2XXIA 2YLNA 4YKIA 5TP9B 4WXJA 1B3GA 1QULA 1MXVA 4U2RA 4YKJA 4KI0E 1MPCA 2DWJA 1UTBA 2RKMA 2QS3A 3IL1B 3H4ZA 3SEVA 1PC3A 1XOCA 4YB7A 2XHDA 3ECRA 1A99A 5H8QA 3HSTA 2OWSA 2ZMBA 4N13A 2HAUA 4RJZA 4QRZA 3OO6A 4ZEIA 3H6WA 5AA2B 1MQHA 1NNTA 1UTBB 4YKPA 3EN3A 3RN8A 1A54A 4PFTA 5DVFA 2F6GA 1S7YA 2O7IA 1B40A 3GLBA 1MDP1 1ZU0A 4ESXA 2F36A 3FXUA 4IY6A 2XXHA 3G3JA 2XXUA 1D9YA 1NNKA 3U92A 4AQ4A 1WODA 2QSXA 2ZYMA 2D21A 4RPNA 3MW0A 1N76A 3CSGA 3E3KA 1HSEA 4NWDA 2D5WA 5K2YA 3OENA 1DSNA 4EQ7A 5JTYB 4G68C 5CRYA 4O3AA 3VLWA 2I4BA 5I2NB 2XX7A 4OFJA 1RYOA 2HFBA 3MZBA 1Z7NE 1B32A 1B2HA 4NE4A 3UP9A 4RPOA 4EQ9A 3S9NC 4OYVA 1JQFA 4KR5A 3T93B 1GVCA 1BTJA 2RCBA 2Q8JA 1QKBA 3I6VA 1LAHE 4G8NA 4QFLA 4HS7A 4Q0CA 2GHAA 1VE4A 5EYFA 1QVSA 1LCFA 4HCWA 4U1OA 1NH8A 3UIFA 5H8NA 3KSJA 3RGYA 4YB6A 4MLVA 4U21A 2DXRA 3FJMA 3IAZA 4G4PA 3O6IA 1N3WA 1MXYA 4AB5A 1MQJA 3PUYE 3ILUB 4BDRA 4U23A 3K02A 1XT8A 3VLUA 1B0LA 1SYHA 3KN7A 1MQGA 4K3FA 2F7BA 4EF2A 3JZJA 5H8NB 5FHNA 1FQDA 1AL3A 3VXCA 1XVYA 1LFIA 3C31A 2YPNA 2IEEA 4H5GA 1B1HA 1Y1ZA 1B5JA 1GGGA 2OK2A 1PEBA 1LFHA 4EXLA 2QS4A 4P11A 2ONSA 3TTKA 2P1SA 3OO8A 2GH9A 1FTJA 2F6PA 1UQWA 1B9JA 3LR1A 3B6QA 2DS9A 2XXRA 2OJTA 3MPKA 3H03A 4PFYA 2DWHA 2ALUA 2QJEA 3TKDA 3HHGA 2OZZA 3VXBA 3MVZA 4NF5B 3THIA 1GTKA 4F1YA 4IO5A 1JW1A 4WEDA 1FTOA 3TCHA 5L8DA 1IXCA 1MM6A 4G2ZA 3W15C 4G8MA 1YCJA 4RK9A 2ZYOA 3OMBA 4PQJA 4R9GA 3RQTA 2IA4A 3K2DA 2RC9A 1UIVA 3FVKA 1ZMGA 1B3LA 4BDNA 1HSJA 3K0VA 3MQ9A 1LBBA 4LA9A 3PD8A 3FV1A 4NEDA 3IJOB 4BDOA 1N0TA 2QMXA 2HXWA 3USDA 1B51A 1EZ9A 1S9TA 3IB1A 3PPNA 3DP8A 4IY5A 1II5A 4HW8A 1T0KA 5H8HA 1SW4A 1O63A 3O28A 4LZ7A 4C0RA 4DE8A 3ZKKA 5I2KA 4KYDA 4XIGQ 1Y20A 2DE4A 3C36A 5ICQA 1B5HA 2RC7A 3IOTA 1VSOA 3TPAA 3RTFB 1B6HA 4XXUA 5AA4A 4TOZA 3LSFB 3K6WA 2F78A 3H6VA 3LBSA 3RUMA 3GZGA 5DTBA 3IB0A 3UK4A 3PPOA 3HV1A 4OZ9A 4PFWA 4R9FA 3Q29A 1N84A 3L6HA 3H06B 2LAOA 4BLAA 2XXXA 3E4RA 4JWOA 4EXKA 3MVYA 4X48A 3ZKLA 2R9JA 4NMYA 1P99A 2PYYA 3VVFA 2R6GE 3U1OA 5KDTA 4X1BA 4YMBA 4ELPA 4QFNA 3EHUA 3CIJA 3C32A 4ZEKA 3HHFA 3HO7A 2DVZA 5AE4A 1M5EA 4FATA 5KDTB 2YJPA 1ZJLA 4RYAA 3TUSA 5I84A 1USYE 1VFEA 3KGCA 1B58A 4FJPA 4OWDA 3CFLA 2O1LA 4UACA 2W7YA 4DLDA 4JSDA 3RY3A 4QF9A 4R2FA 1SQYA 3EPEA 1XC1A 2BJJX 3UN6A 1D9VA 2I3VA 4GL8A 2ZNUA 2PVUA 1ZBMA 4G77A 1B7ZA 3EHTA 4IO7A 4ECFA 1PB7A 1ANFA 3M3FA 1FTMA 4C1UA 5HM4B 1MY2A 2UXAA 3W9WA 3W9VA 3H7MA 2B3BA 3A3UA 5KCJA 2X7PA 1I6QA 1JETA 1BKAA 3IX1A 1EU8A 2V25A 2VHAA 5I57B 1NMUA 3C33A 1OMPA 2Y7KA 3JYRA 4GLIA 2NOOA 3FUZA 1Y4CA 5KCJB 2DE3A 4OEUA 3C35A 2Z22A 1R9QA 2Q2CA 3DM0A 3G7WA 2DOJA 2O6AA 1MH3A 5M2VA 3KBRA 1LB9A 4H8IA 3QAXA 4KYEA 4R75A 1R9LA 3QK6A 4IO3A 1ZKBA 3VV5A 3PU5A 4Z0IA 4HCYA 3PUWE 3K00A 2G93A 2X7QA 1AH5A 1B52A 4GWOA 4JXIA 4N6PA 3MP6A 5ICTA 3ILTB 4U4XA 3KJ7A 4OVJA 4TLMB 1POTA 3N5LA 3PPQA 3TELA 4O3BA 1A8EA 4LUBA 4JWXA 1LSTA 4QSEA 4E0WA 2RC8A 4FAJA 3PMVA 1LAGE 1B7HA 1OQHA 3LSXA 5CBSA 1MY4A 3PD9A 1DPPA 3D4GA 3PMXA 3MJNA 3HCQA 3IB2A 4IO6A 2E1SA 4FE8A 5H8QB 4MLQA 2F34A 3U93A 4H6DA 5CBRA 3G3KA 4UA8A 3R6UA 1WDNA 2F8DA 2RINA 2OLBA 2O68A 3EF7A 2V84A 1FW0A 4ISUA 4I62A 4F3PA 2ONKE 3PUXE 2VGQA 3P7IA 2X26A 1O7TA 1MG1A 3F11A 2NWJA 2Q9TA 3M3KA 1BLFA 2UVGA 5FHOA 1OVTA 5I56A 3G3GA 4QSDA 3QXMA 4OXVA 4YMAA 4ND9A 1QKAA 1DTZA 3S4UA 5CM6A 4X1DA 2B3FA 2Z8EA 1D4NA 2XXYA 4ZEFA 5IAIA 4OETA 2CZLA 1DTGA 3QSLA 1FCKA 2M8CA 2HAVA 2Y7PA 1YAEA 5I56B 2Z23A 4JB7A 2XX8A 4F3GA 4LVQA 1P1OA 1Y3PA 2VOZA 3QYTA 1Z7ME 3CR9A 1IQ7A 3VLVA 4IO4A 2Y7RA 1P1NA 3OSRA 3IO6A 3FD3A 5L9MA 3V89B 2QL3A 4XKPA 5CI5A 4GIZA 3V5AA 1R1NA 2I58A 3PMWA 3VE1B 1MXWA 3RT6B 1B4ZA 3QIMA 3U8QA 4F31B 1DMBA 1I6BA 5CMMA 3FATA 4NF4A 1YTVA 3I3VA 4F1VA 3TEPA 2O84X 3PUVE 3TODA 2I0BA 3KN8A 4ESWA 5DEXA 1MXUA 1UTHA 3RPWA 2FNCA 2XXQA 4IO2A 4BDMA 2F7CA 2H4IA 1OLAA 3BKIB 3T22A 1XS5A 3MAMA 1DPEA 2UVHA 4G68A 3IK6B 1MXZA 4JSOA 3TCFA 3H6UA 1N04A 4I9DA 3AXFA 4WKMA 1UIUA 4LONB 1URDA 3LUYA 5A5XA 4L17A 4WEPA 4KFQA 3ONMA 1MY1A 3VVDA 1IXIA 1MH4A 1UTHB 4F18A 1SW5A 2V93A 3D4CA 5FTHA 3IO4A 1LBCA 4H67A 3O97A 5LOMA 2I3WA 4YB5A 1B4HA 4G68B 3KG2A 2E0SA 5I58A 3O6HA 1GR2A 3TQLA 4I1DA 2V3TA 1JW5A 3H3GA 3H6TA 1TFDA 3VFJA 4U1ZA 4Q30B 1KWHA 3OELA 2F97A 2AIXA 4POXA 5ITOA 4EUOA 4JBZA 3FIRA 5I58B 4THIA 3CI8A 3PGFA 1POY1 3PPRA 4ZS9A 1QUIA 4O3CA 4RXLA 4IGTA 3RLFE 4KQPA 4G8HA 2OWTA 3FVGA 4OQOA 4GOTA 1Y1MA 1PDAA 3KOSA 1IUDA 3A09A 4JDFA 3T9XB 2RCAA 2ZNSA 4OMBA 3KJTA 3DELB 1M5DA 3LSLA 3FXRA 3RNNA 4DDDA 5H8HB 1RKMA 2OCUA 2Y7IA 2Z8DA 5I2KB 2FA7A 1URSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IFCA 1YYZA 4KYSA 2I48A 1H44A 1IMEA 1SPIA 3K6XA 1DCUA 3LC8A 3CVGA 4PAKA 5I3SA 4KXPA 5AA4B 2THIA 1NV1A 1YZ0A 1PB9A 3CFXA 2VPNA 5AA1A 4GF8A 3SEUA 3FJ7A 3SEYA 1NH7A 2DWIA 1VFDA 5J1DA 2REGA 5EHSA 4YU0A 4ZZAA 2CEYA 4C1TA 1NV3A 3QUJA 4X8RA 5CMKA 1ZLQA 3HPIA 4F39A 4AB6A 1CE2A 5EYHA 4ZZEA 1DBZA 2XD3A 2DWAA 1OLCA 4ZDMA 3R26A 2DXYA 1Y3NA 2Y5LA 1FQFA 3LSWA 3O66A 1JVXA 3G3IA 4U22A 3V8XB 4ZEBA 1FTKA 4XKNA 1FBGA 4NGUA 1XHYA 4U4SA 3PUZE 1IMBA 5DYHA 1NNFA 2ZXTA 1FJ9A 4I3YA 4F3BA 4AS5A 4MH5A 4MBPA 4OEVA 4OFOA 2ABHA 3KFMA 5F1QA 4P47A 4IB2A 1EZOA 3EQ1A 4F2QA 2QVVA 3K1MA 2ESNA 1QUJA 1EYIA 3D1RA 2REJA 5TPAA 2MKZA 3UGWA 4OFLA 1LGBC 2Y7WA 2XWIA 1LAXA 5BUUA 3OD7A 1NV6A 1USYH 2P0SA 1QJMA 2CZIA 4H0WA 4DCXA 5L9OA 1IXHA 1Y9UA 1SI1A 2V3UA 1FQEA 2UVJA 2Q89A 3CRBA 4ZE8A 3CFZA 3Q25A 2O1MA 5I59A 2NUVA 4ELQA 1YXIA 4AS4A 5I5PA 2QVUA 1B0HA 2Z8FA 1QW0A 4KPTA 5TPAB 4ONYA 4GXAA 4KHZE 1H3DA 2Y5KA 3RTWB 5F7VA 5DVIA 3A3CA 2Q8MA 3GBAA 4PE5B 3U72A 4I3EA 2XXVA 1MRPA 1A55A 4FEBA 4F1UA 3OO7A 4FEDA 3K4UA 2CEXA 4BDQA 4QHQA 1B7UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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