2QJEA

Crystal structure of the complex of bovine c-lobe with amygdalin at 2.3a resolution
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
344
structure length
340
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the complex of Bovine C-lobe with Amygdalin at 2.3A resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 109
structure length 340
sequence length 344
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2007-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2qjeA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2qjeA02
3SEUA 1AH5A 4EF2A 3T9HB 5CMBA 3MP8A 4U4XA 4Q0CA 4IO7A 4RY1A 3T9UA 1PEBA 2R9JA 4U23A 2X26A 3WAEA 3V8XB 4R2FA 4F29A 2P1SA 2QRYA 3K6VA 4H0WA 3FV1A 1QJMA 4E0XA 1TFDA 3A3UA 4R2BA 1A40A 3EPEA 4RK2A 4TOZA 2E0SA 4LATA 3TCFA 4DE8A 4ELRA 3MC2A 3OMBA 4PFUA 3SKPA 4EDPA 2DWHA 1TWYA 3FGSA 4NF6B 3FD3A 3CFXA 4NMYA 4LQ2A 4M1VA 4YB5A 1SD3A 3MJNA 1CE2A 3FVNA 1GR2A 1JEUA 4FEBA 3C4MA 3TUSA 3CFLA 2V93A 4YB6A 2I0BA 5FHMA 3CG1A 2VOZA 5H8QB 3Q26A 4R72A 3RNNA 2F78A 3O66A 2W7YA 2Y7RA 4DIGA 1UTHB 3TTRA 2XXWA 3LSWA 1M5FA 1ZBMA 3H7MA 4BDRA 5I2KA 2RC9A 5AA2A 3HHGA 3S9LC 1R6ZA 2ZYNA 1IXCA 4U2RA 1TT1A 4OESA 4RA1A 3IB0A 3C31A 4G68C 1MPCA 1XT8A 1LBCA 2DVZA 4FE8A 1DOTA 3CG3A 1BLFA 1MQDA 4N07A 2QL3A 1FCKA 4YKJA 1MQHA 2RCBA 3QSLA 4ZZAA 3RT6B 1KWHA 5DVFA 1URGA 4MLQA 3OO6A 3UIFA 2ZYKA 3CIJA 4WXJA 1ZKBA 1USYH 2RINA 3LSLA 4H1XA 4EQ7A 1MY2A 5KDTA 5H8NA 2XX7A 4POXA 2VGQA 3IB1A 1GV8A 4OZ9A 4OFJA 1B7HA 4YMBA 3GLBA 1Y1MA 2F7BA 1LAGE 1HSJA 3KFMA 3FUZA 1VSOA 2UVGA 5FTIA 3IO6A 2I6EA 3U94A 5L9SA 4GRKA 1JNFA 4H8IA 2XD3A 2XXVA 1M5BA 4Q5TA 1FW0A 5FHOA 4WEDA 1LLSA 5H8FB 3FXQA 4NWDA 5AA2D 5I2NA 3TPAA 1D9VA 4YAHX 1IEJA 3TEPA 1AIVA 5HPQA 5TPAB 4KFQA 3A09A 1QVSA 3U72A 3FATA 3DP8A 4ISUA 3V89B 3T22A 1MXUA 1US4A 1UIVA 2UVHA 4DCYA 4EF1A 3B7DA 4PE5B 1Y3PA 2GHBA 1Y9UA 3VVFA 2B65A 3H4ZA 1SI0A 2Z8FA 1YCJA 4ELQA 3O97A 5DEXA 1DPEA 3VLUA 1B3FA 1P1OA 4GQOA 3ILUB 1WVJA 4JSDA 3N6UA 4ELPA 1UQWA 1FQBA 2AL5A 2XXPA 1HSEA 2PYYA 3LR1A 2Z8DA 3MPKA 2Q8JA 3E4RA 3UP9A 2OLBA 1LGBC 1YTVA 3Q27A 3W9WA 4PFWA 2CZLA 5L9MA 3KJTA 4MLVA 3S2VA 4KHZE 1JVXA 2Q2AA 2O51A 2XXUA 1NL5A 4U4SA 1P1WA 1BKAA 4YU0A 2FYIA 1PBPA 2PX1A 3PUXE 1I6AA 1N3XA 2XXTA 4TLMB 2QJEA 3IOWA 3MQ9A 3PPRA 2IEEA 2AYSA 1I6BA 4YKKA 3JZJA 3RPWA 1LAHE 1QULA 3TODA 4H67A 3O6GA 3G3KA 4R6KA 4QSCA 3SESA 3MVZA 4F31B 2RCAA 2F5XA 2REGA 2H98A 2A5SA 2O1LA 1OIBA 3FASA 2DWJA 2P0SA 1PBQA 3R6UA 4EXKA 3KBRA 3C36A 1Q1KA 1UTBA 2PVUA 1B1HA 3KJ7A 3PMVA 1Z7NE 3IJXB 4G8MA 4QSDA 4OXVA 3JYRA 4QFPA 5KZTA 3IB2A 2NOOA 3EQ1A 1Y3QA 2O7IA 1R1NA 3VXCA 3RN8A 1FQEA 1WODA 1OMPA 1MXYA 5FTHA 4PQJA 1OQHA 1H44A 3K4UA 1B7ZA 4GD5A 5FHNA 3KGCA 5CMCA 2Q89A 5L8DA 3IOUA 1B58A 3LSXA 2QMWA 3TCGA 1JVYA 3RTWB 4KPTA 4XKNA 1FTJA 1B40A 5F1QA 5CI5A 1A7LA 3W9VA 2DXYA 3M3FA 4BLAA 2QS1A 4PFTA 5I59A 4GXAA 1IITA 2AL4A 2Z22A 2F36A 1NNPA 4GLIA 1F9BA 2VHAA 5CMMA 5CBSA 2PMSA 3OOAA 4H8JA 3HSTA 1R9LA 2OCUA 4XKQA 1OVBA 2VD3A 1URDA 1SBPA 3VXBA 4OVJA 3T9XB 2DWAA 3B6TA 5B70A 4LQ5A 3G3GA 5A5XB 5I58B 3TMGA 4ZEBA 3UGWA 1N04A 1ZU0A 1LBBA 2XXRA 4YKPA 5KCJB 3RGYA 1LAFE 4JBZA 2DWIA 3D4GA 5EHMA 5TP9B 4G8NA 3PPNA 4FECA 2R6GE 3QYTA 2NWJA 3TQLA 1FTLA 3MVXA 3H3GA 1MQIA 2F7AA 4U22A 3K6UA 3K00A 2PT2A 2ONRA 3SERA 4YZZA 4LZ5A 4X9TA 1N7XA 3Q25A 5K2YA 3G3FA 3CR9A 4TLLB 2XXQA 3S4UA 1ANFA 2O7UA 3MVYA 5JTYA 4GIZA 3O6HA 2Y7KA 4P11A 1MS7A 2PBWA 2V3QA 4YICA 1MPBA 1N0TA 2O68A 4R9FA 4YMAA 1A54A 3C34A 2YPNA 3OO7A 2F6GA 1XS5A 2XD2A 5BWJA 4ZDMA 4G68B 1LCTA 4OWDA 3HCQA 3Q28A 1NH7A 2GRVA 3CRBA 3G3HA 3E9XA 3DLNA 2Q2CA 4NF5B 4C0RA 1DMBA 3TTMA 5AA4A 4N6PA 3PPOA 3PMXA 3IORA 4YB7A 1B5JA 4IGTA 3T96B 1SDXA 4OEVA 3CFZA 3A3CA 2ZXTA 5JK4A 4H5FA 4JSOA 1OLCA 1QW0A 2GFEA 5H8HA 1B3GA 4DCXA 3FV2A 4XKRA 4R6YA 2OJTA 4DLDA 2H99A 3OELA 4LVQA 3K6WA 4OERA 4F19A 3K01A 2THIA 1JW1A 1ATGA 4R9GA 3TCHA 4F1VA 4P0IA 4OEUA 4LZ7A 1BP5A 3B6QA 3VDFA 1JW4A 4NE4A 4QFOA 2I58A 4IO3A 2I0CA 1MM6A 3TTKA 3TFLA 2X7QA 2DXRA 4I9DA 2XHDA 3FXUA 4UACA 1P1QA 1XHYA 5DVIA 3VE1B 4F1YA 5IKBA 2YLNA 3QXMA 3MPLA 1B32A 1YPNA 3C32A 4HCWA 2AIXA 2X7PA 3OEKA 2H4IA 1T0KA 4ND9A 4ZEKA 5I57A 1GVCA 4N13A 3VV5A 1I6QA 5I84A 5ISUA 1B6HA 2OBGA 3B6WA 2ABHA 1H3DA 3GZGA 4EQBA 1Y4TA 1Z7ME 3TQWA 5IAIA 3KZGA 1HSLA 3E13X 1PB8A 1RYXA 1B4HA 2H25A 4R75A 1EU8A 3S9MC 2DQVA 3VLVA 2DSFA 1D3KA 3KSJA 2DS9A 3TKDA 5I56A 2GHAA 4HTGA 4RXLA 5ELVA 3ZS6A 1B3HA 4QF9A 1M5EA 1PC3A 2VP1A 5I2KB 1JW5A 5AA2B 3H6TA 1EH3A 3GBAA 3L6GA 5HBCA 2DVCA 3PUVE 2Z8EA 5AA3A 3C33A 4Z7EA 3IOVA 4AB5A 2FA7A 4EQ9A 1VFEA 3S9NC 1SYIA 3FVOA 2D5WA 3RTFB 3OEMA 1IIWA 5DVJA 1B0HA 2I49A 2RC8A 1ZMGA 3EHUA 1POTA 3M8UA 3PPPA 4FIMA 3JV9A 1H43A 1PB7A 2NUVA 3O6IA 3CSGA 2QPQA 4ELOA 1S9TA 2OWTA 2V25A 3MP6A 3DP4A 1NNTA 3PV0E 4RJZA 4R6HA 5M2VA 3CI8A 3LBSA 3HHFA 1DTZA 1SW5A 5KDTB 1A55A 5H8NB 2RF1A 3TZAA 4F3PA 3QIMA 1B3LA 3M3LA 3LUYA 4ONYA 2V3UA 4DDDA 2XXYA 3FJGA 2Y7PA 1B46A 1NNKA 2HFBA 4LA9A 3N26A 4JB7A 4H5GA 4QHQA 4UA8A 3MZ1A 4BDLA 4K3FA 4ZEFA 3EF7A 4PP0A 4E0WA 5I2NB 1MQGA 3IX1A 4AQ4A 3FIRA 1POY1 3MP1A 1B1XA 3BFUA 4POWA 3AXFA 3BBRA 4ZECA 4DXBA 4F2QA 4NF8A 1WDNA 3MBPA 2ZYOA 2UVJA 4NF4A 3HO7A 1SI1A 3EN3A 3KOTA 3IJOB 3FJMA 2QS3A 2XXXA 2XX9A 4G77A 5CMKA 4F39A 2WKYA 5F7VA 1LSTA 5HM4B 1IZ1A 2QS4A 1P1UA 3FXRA 2ANJA 2DE4A 4F3BA 1FTKA 2XX8A 5DEXB 4RPNA 1MXWA 1MH3A 4X1BA 2B3BA 4KYDA 1I69A 4KD5A 3VFJA 2H5YA 5J1DA 4NWCA 4HW8A 3HV1A 1JETA 3V83A 3KEIA 4MH5A 1XVYA 2ZMBA 3N6TA 3THIA 4G8HA 3SDFA 2D21A 3TTLA 4GWOA 3U93A 3M3KA 3U8QA 3QUFA 1JQFA 1SQYA 3KOSA 4QFKA 1MM7A 4ZS9A 3K6XA 4XXUA 2I4CA 3IR1A 1J1NA 1GGGA 3SEYA 1A99A 4EUOA 1FQFA 4NF6A 1B4ZA 1MY0A 3ZKKA 1NH8A 4IY6A 4I62A 3G3IA 1LB8A 4AB6A 1AL3A 3O9PA 3Q29A 1O63A 1B05A 3RLFE 4HS7A 4LUBA 4C1UA 5H8QA 4KI0E 2HZLA 3RY3A 1RYOA 4IY5A 4NEDA 4FORA 5ITOA 3K1NA 4PFYA 4RYAA 2YJPA 1UTHA 4NTLA 4NF8B 3T93B 4BDNA 1JEVA 2ONKE 1N3WA 1A8FA 5K2XA 2I48A 1GTKA 1UTBB 1EZOA 1USYE 4JWOA 2CMOA 4FEDA 4GL8A 2O1MA 3PU5A 3K02A 1H76A 2QMXA 2R71A 3MWBA 3O2AA 3KN3A 1L5TA 2FNCA 3HN0A 2A5TA 4F2OA 1IXHA 1YAEA 3K1MA 2IA4A 1AMFA 1MXXA 3O29A 2ZNUA 1D9YA 1FQCA 4OFOA 2HAUA 5CC2A 3K2DA 1SVXB 1BIYA 4IO6A 3D4CA 2ESNA 2HEUA 3OO8A 4G4PA 3MZ9A 3RT8A 3U1OA 3T66A 3QUJA 3CVGA 2UXAA 5BUUA 1DSNA 5I59B 1RKMA 4Z0IA 2V3TA 2DE3A 1O7TA 1SW1A 4QFLA 3QK6A 1R9QA 3KN7A 3V5AA 4OETA 3I3VA 2O69A 3W15C 3GBBA 3BFTA 3IO4A 1MH4A 1MY1A 2XXHA 1UIUA 2OK2A 1ELJA 3R26A 1S7YA 3K1PA 5DTBA 5H8FA 2V84A 3C9HA 4U21A 3SEXA 5TPAA 4TQUQ 1LFHA 4DZ1A 1M5DA 3EHSA 1B3EA 3KN8A 1OLAA 1MPDA 4O3BA 3OO9A 3CSBA 4L17A 3TDJA 2NVUB 3DELB 4OFLA 4XIGQ 1B52A 3UA8A 4Q30B 3T9VA 3QAXA 2O84X 4KR5A 3O28A 1II5A 4GF8A 3G7WA 2LAOA 2ONSA 1FQAA 5AE4A 3RQTA 5ICTA 3PUZE 1MDQA 5CBRA 1FTOA 4ZZEA 2Q9TA 1P1NA 4RNSA 4LZ8A 2A5TB 4GL0A 5JTYB 1B5IA 4G2ZA 2I3WA 3SEWA 3H6UA 1TXFA 3IAZA 3R7XA 2VD2A 2F7CA 1LAXA 3MUQA 4KCCA 1QUKA 3I5OA 3VVDA 2REJA 3H06B 1Y20A 4F3SA 1PDAA 4U1OA 1B5HA 2PT1A 1SW4A 1URSA 1N76A 2BJJX 5L9OA 3OXNA 5AA1A 3KG2A 5AA4B 4ZE9A 5TU0A 1NFTA 4DXCA 1DPPA 3UORA 2QSXA 3S9EA 3GXAA 3IOTA 4M4GA 3PMWA 4BDOA 4IGRA 3F11A 1NMUA 2DE2A 2Y7IA 4GOTA 2F34A 3TYHA 2Y7WA 5H8HB 4XKPA 1XVXA 2O6AA 2E1SA 3HPIA 1MQJA 4O3CA 3TELA 1QUIA 3KSXA 2KLFA 4LONB 1US5A 3DM0A 1B51A 1LFGA 1VE4A 2QS2A 1EZPA 3MAMA 3OD7A 2OZZA 1VFDA 1NKXA 4R73A 4ZEIA 1S50A 4P0GA 1IXGA 3SEVA 3LSFB 4DXUA 3MZBA 4H65A 1MXZA 2G29A 3RUMA 3E3KA 4JXIA 1AOVA 1B0LA 3H6VA 4OTEA 2F8DA 5EYFA 4IO4A 3U92A 1B2HA 2F97A 3H6WA 1XC1A 4OYVA 1Y4CA 4RPOA 1Y1ZA 1QKBA 2DP8A 4O3AA 4X48A 1ZIUA 2HAVA 1QKAA 1OQGA 2ALUA 2RC7A 2HQ0A 1M5CA 5I57B 1B9JA 1MY4A 1O64A 4WEPA 1SW2A 4IB2A 3UN6A 3BKIB 3VVEA 4WKMA 3ZSFA 4I8CA 1VR5A 1OVTA 4RK9A 1A8EA 3SETA 4EXLA 1NNFA 1EZ9A 4YKIA 4OQOA 4ESXA 1TFAA 4IO5A 4BDQA 3H03A 4R74A 4Q8RA 4MBPA 3ZKLA 5B7DA 4JDFA 3ECRA 1FQDA 5I56B 1LFIA 3OSRA 3TAJA 4XTCQ 3TTNA 3EHTA 4H6DA 2H9BA 2ZNSA 4GVOA 4I1DA 1SYHA 1B7UA 5A5XA 2DOJA 5I58A 2P2AA 2ZYMA 3G3JA 1ZTYA 3PD8A 1ZLQA 4ZEDA 4FATA 4OHNA 1MY3A 5KCJA 1LCFA 4X1DA 5ITPA 4THIA 1CB6A 3ODBA 3FVGA 1D4NA 2NXOA 5TP9A 4F18A 4JWXA 2DYXA 5JEIA 1MXVA 2D3IA 3OENA 4OMBA 1IQ7A 4QRZA 1QUJA 1Q35A 3IK6B 4KYSA 3ILTB 5CM6A 3PPQA 2XXIA 1IUDA 1ZJLA 4FAJA 1DTGA 3FJ7A 4ESWA 2M8CA 3ONMA 4F3GA 2UYFA 2F35A 2F6PA 4GXSB 4IO2A 1N7WA 3I6VA 3PUWE 4KQPA 3DP6A 1PB9A 3N5LA 1MDP1 2G93A 2Z23A 3PD9A 2OWSA 3MW0A 4KCDA 3L6HA 3N94A 2I3VA 1IXIA 4OENA 5ICQA 3VLWA 3K0VA 3USDA 4BDMA 3IL1B 3MVWA 3P7IA 4G68A 4ZE8A 5LOMA 4FJPA 1LB9A 4ECFA 4KYEA 4MFIA 4NF5A 5DT6A 2UYEA 2Q88A 4F1UA 2HZKA 4GFRA 2HCAA 4JWYA 3LC8A 3OSQA 3PUYE 5CRYA 3C35A 1H45A 1XOCA 4U1ZA 1MRPA 4QFNA 3FVKA 2Y84A 1FTMA 5DYHA 1BTJA 4NF4B 3FZVA 2I4BA 1MG1A 1Y3NA 4C1TA 3UK4A 2HXWA 1N84A 2B3FA 2ZNTA 3PGFA 3WAFA 4PETA 5EHSA 1P99A 4MF3A 2RKMA 2UVIA 4HCYA 5H8SA 4F22A 2GH9A 4QSEA 4LP2B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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