2QPQA

Structure of bug27 from bordetella pertussis
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
PNKPLDIIVTFPPGGGTDMLARLIGNYLTESLGQTAVVENRPGASGNVGARLVADRAPDGYSLLMVNSSFAVNPGVFRNLPFDPKKDFAAVINVAYVPSVFVVPAGSKYKTLGELMAAAKQTNTQVTYGSCGNGTPQHLAGELLNVSAKTHMVHVPYKGCGPALNDVLGSQIGLAVVTASSAIPFIKAGKLQALAVTSKERSALLPEVPTVAEQGVAGYELNQWHGLLVPGATPMAVRQKLYDGIAKVMQRDDVQKKLADLGYSTASDGPEVFQKMVETDIDRFSALTKQIGLKVD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure-based mechanism of ligand binding for periplasmic solute-binding protein of the Bug family.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Bordetella pertussis
molecule keywords protein Bug27
total genus 96
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03401 TctC Tripartite tricarboxylate transporter family receptor
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2qpqA02
3.40.190.150 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 2qpqA01
4BDOA 4KCCA 4H65A 4NWDA 4YU0A 5TP9B 3RPWA 1FTMA 4HCWA 1LGBC 2B65A 4RXLA 1A55A 2RF1A 1AIVA 1A7LA 4U2RA 1PB7A 4OYVA 2Z23A 1LB9A 5L8DA 5I2NA 1MQIA 3IK6B 4LA9A 5TP9A 3IB1A 1LLSA 4U1ZA 4JSDA 3RTWB 2I58A 3VVEA 3UA8A 4XIGQ 3EHSA 3PD9A 3C33A 1FQEA 3P7IA 3KBRA 1O64A 4DXCA 4RK2A 3MPKA 1TXFA 2O7UA 2RC9A 2D5WA 4I9DA 1B58A 3O9PA 1B52A 4JSOA 3MUQA 1SW2A 2HCAA 4JWXA 3G3GA 4JWOA 1KWHA 1FTLA 3U1OA 4FEDA 1B7ZA 5EHSA 1M5BA 1B5IA 3TEPA 3PV0E 4XKRA 3IL1B 1XVYA 3QK6A 4F3SA 1US4A 5ITPA 1HSLA 4IY6A 4IY5A 3OSRA 4G68C 2OLBA 3PMWA 1SW4A 3OMBA 2OK2A 2A5TB 1I69A 3O6GA 4MFIA 1JETA 2XXRA 2QRYA 5DVIA 3MVXA 3RT6B 5LOMA 4P0GA 2O84X 3MP6A 4H6DA 2A5TA 4F3BA 3U93A 3FZVA 4DLDA 3B6WA 3H03A 1OIBA 3LSXA 4GIZA 5JK4A 2Y7RA 3MZ9A 4GFRA 1I6AA 4LATA 4PETA 4M4GA 3SEWA 3HN0A 4G8HA 4ESXA 1FQDA 4BDRA 1A99A 3OO6A 3MVZA 1DPEA 2ABHA 3IB0A 1EU8A 2THIA 4NMYA 2I48A 1MXYA 4R74A 4N07A 2Z22A 2O1MA 1LFGA 4G8NA 4JWYA 2P1SA 3MZ1A 2P2AA 4QFKA 4U23A 2HZKA 3PPNA 3C4MA 4F1VA 1Q35A 3QUFA 4IO3A 4N13A 5H8HB 3FIRA 4F1YA 2GRVA 4KYEA 1EZOA 4HTGA 1UQWA 1FCKA 2I49A 3CSGA 2LAOA 1P1OA 2QS1A 3FD3A 3T9VA 1NH8A 1XT8A 2XXVA 5H8HA 2Q89A 5ITOA 5IKBA 4F2QA 1VFDA 3QYTA 4RJZA 4YMAA 1H45A 3N5LA 4F39A 3ILUB 3K1MA 3VE1B 4G4PA 4XKQA 4QSCA 3MP8A 1MRPA 2UYFA 1NH7A 1DOTA 2HAVA 3MPLA 5KCJA 3SETA 1LFHA 4FATA 5CMBA 4R6KA 2OZZA 2I0CA 4PFUA 1II5A 3MP1A 1S7YA 3OOAA 4XKPA 5DEXB 1PB9A 4R2BA 4X1DA 3PPPA 4EQ7A 3V89B 4TLLB 4F29A 3RN8A 2DOJA 4C1TA 3IOWA 4NF8B 1N3WA 1ZTYA 4RY1A 3TTMA 4YICA 1VE4A 1US5A 2F7CA 1B7UA 3V5AA 3A3CA 5DEXA 1LB8A 5M2VA 1EZPA 5K2XA 3MVWA 3SEYA 3JV9A 4JXIA 1VR5A 4RYAA 3H7MA 3ZKLA 3VVFA 3U92A 1MY3A 4NF8A 1R9LA 4NTLA 3WAFA 2HFBA 1LAHE 1OQGA 3QXMA 4LP2B 1P1WA 1DMBA 1MY2A 3T9XB 5CMKA 1B9JA 1LAFE 3K6WA 4GQOA 1ZLQA 5KZTA 3U72A 3G3FA 3A09A 4F3PA 1NL5A 4FE8A 2O68A 3PUXE 4QFLA 1UIVA 1XHYA 5CRYA 3R7XA 2VD3A 1B4ZA 4PP0A 3TDJA 1EZ9A 1CB6A 4X9TA 2GFEA 4U4SA 4WXJA 4DXUA 2PT2A 4KPTA 1MXZA 3C34A 1MY1A 3IX1A 5DT6A 3QUJA 2AL4A 2ZNTA 1OQHA 3ODBA 3PU5A 1AH5A 2Z8EA 4ZE9A 1QW0A 3LSWA 3O97A 3VVDA 4ZEKA 3FJGA 1P1NA 3H06B 3FASA 3HCQA 2ONSA 2XXXA 1R9QA 2D3IA 3DP6A 4IGTA 1USYH 2V3QA 4RPNA 3L6HA 3TZAA 3TODA 1GV8A 5L9MA 4AB6A 3H6UA 2UVHA 4TQUQ 2FYIA 3IO4A 4QFNA 2H99A 3KOTA 1XOCA 4R6YA 2FA7A 3M3LA 5AA2D 2G93A 3C9HA 3VDFA 1I6QA 4FJPA 2DWIA 3S9EA 5H8NB 4YKKA 3RUMA 2E0SA 1SVXB 5H8QA 3K6UA 1M5FA 3SKPA 1A54A 4F19A 4C0RA 2DE3A 3FJMA 3LBSA 2QMWA 5H8NA 3K00A 3UORA 4OENA 3FVOA 2OWSA 3CI8A 3E13X 2Y7KA 2PT1A 3OD7A 3H4ZA 2F6GA 2XD3A 4IO7A 2I3WA 2REJA 2ZNUA 3WAEA 1B6HA 1YTVA 3GBBA 1LBBA 3JZJA 1MS7A 1NNFA 2V25A 3W9WA 3KJ7A 2R71A 1JEVA 3I6VA 1MDQA 3KOSA 1HSJA 2ESNA 2HXWA 2UXAA 1JQFA 1QKAA 2XXQA 2ZYMA 4O3AA 1RYOA 1Y3PA 4UA8A 4Q8RA 3GBAA 1B3GA 3LC8A 3B6QA 1RYXA 4M1VA 5ELVA 1IITA 2RC7A 3G3KA 5ICTA 3C36A 4YKJA 3DP8A 2QMXA 5H8FB 3O6HA 2I4CA 3QAXA 5J1DA 1B5HA 4NEDA 1FQCA 3FXQA 2REGA 4EQBA 2DS9A 2IEEA 4OWDA 4I62A 3FJ7A 1SD3A 2XX9A 4MLVA 1GR2A 3SESA 5H8FA 1M5CA 1UTBB 1ZBMA 5A5XB 4IO5A 3IORA 5TPAB 3KN8A 5AA4B 3TTNA 4ZEFA 4R9GA 4L17A 4KYSA 4R2FA 1OLAA 3HHGA 2VP1A 1PBPA 2O51A 3A3UA 4G2ZA 3T9HB 1FTJA 2XXHA 2DE2A 2PX1A 1UTBA 2DE4A 5A5XA 5TPAA 1B4HA 5AA4A 4KI0E 4OEVA 3TCGA 3ILTB 5FHMA 3LSLA 3LSFB 1IXGA 4EXKA 4ELRA 3OO9A 4E0XA 4ZZEA 3T9UA 1MXVA 2PMSA 3OO7A 3EN3A 1N04A 2I0BA 2NVUB 5DVFA 2F34A 1CE2A 1MPCA 2ALUA 5DYHA 1QUKA 1BLFA 3K1NA 2WKYA 3IR1A 3TCFA 5FHNA 1B46A 4YB7A 3T93B 3OEMA 1YAEA 2Q8JA 2GH9A 3UP9A 5L9OA 3KEIA 1MH4A 1SDXA 2ZYNA 2UYEA 3K0VA 4BDMA 4BDQA 4PQJA 2ZYKA 3RLFE 3D4CA 3C35A 3HSTA 1FQFA 1GTKA 3GLBA 4DCXA 1I6BA 2PVUA 2HAUA 4IO6A 2RCAA 2XD2A 4Z0IA 1IZ1A 3CG3A 1MY0A 4E0WA 3K02A 2ANJA 3R26A 2X7PA 3FGSA 5F7VA 1B0HA 4ZZAA 2UVIA 4FIMA 2HEUA 4R6HA 2X26A 4GLIA 1SQYA 4BDNA 1FQAA 3MZBA 4QSEA 3HHFA 2Y7PA 5CMMA 2FNCA 2PBWA 3MAMA 3KFMA 3EF7A 1MY4A 2W7YA 3C32A 1N7XA 2VD2A 3LR1A 4AQ4A 1UTHB 1JEUA 1MDP1 4IGRA 1B1HA 1N84A 1XC1A 3ZKKA 3B7DA 4YB6A 3RTFB 1JVXA 1UTHA 3TUSA 1PEBA 3Q29A 3I3VA 4OESA 2GHBA 5FTIA 3CFXA 3VLUA 3M3KA 4DIGA 2UVGA 2Z8DA 1YCJA 1YPNA 3UIFA 3FV1A 1URGA 3S9MC 3PUYE 1MPDA 1TFDA 3H6TA 1OVTA 4POWA 1P1UA 1B3HA 1LBCA 2H9BA 1B2HA 3KN7A 2O6AA 1QJMA 2ZNSA 3THIA 2QPQA 1WVJA 2ZMBA 4KD5A 3G3IA 4LQ5A 4GRKA 3OEKA 2DVCA 2RINA 1LCTA 5TU0A 3KN3A 2F78A 5CBSA 3D4GA 4X1BA 4F3GA 1SW1A 1PB8A 3O28A 4OQOA 1ZJLA 1Y20A 2BJJX 2V93A 2I6EA 1GVCA 1FQBA 4F2OA 2DQVA 2B3FA 4U1OA 2Y84A 1BTJA 1MH3A 3KSXA 3RT8A 4MF3A 2XXTA 4N6PA 3ONMA 2GHAA 1ANFA 2F8DA 3EHTA 3ECRA 4XTCQ 3T96B 2NOOA 1JVYA 2CZLA 2XXWA 5HBCA 1B51A 3PPRA 4Q0CA 4JB7A 4PFTA 3IB2A 3E9XA 1J1NA 4KCDA 5I84A 2QS2A 4F22A 3MJNA 4GXSB 4OEUA 3IJOB 2V84A 2H4IA 2A5SA 2O69A 4LUBA 4YAHX 1ZKBA 3OELA 1S9TA 1URDA 3LUYA 1M5EA 1B32A 2AL5A 1XVXA 5F1QA 4EQ9A 3TTRA 3TCHA 4OTEA 1AL3A 1DTGA 5B7DA 4ZS9A 1IXHA 4WKMA 1D4NA 3O66A 3KSJA 4DXBA 3SEUA 3N6UA 3JYRA 3GZGA 1N76A 1SYIA 4LVQA 2NXOA 2DYXA 5BUUA 1PDAA 1Z7ME 2ONKE 3RGYA 4POXA 1MPBA 5FHOA 4MBPA 1B5JA 4KYDA 2PYYA 1N7WA 1QULA 1R6ZA 1F9BA 1UIUA 3AXFA 3KJTA 3PMVA 1B0LA 3HV1A 4P0IA 4EF2A 4F18A 4YZZA 1PBQA 4O3CA 1Y4CA 3ZSFA 1DSNA 1AOVA 4ND9A 3Q28A 1IUDA 3DLNA 1B7HA 2R6GE 2B3BA 2H98A 4ZE8A 1POTA 3FATA 1IXCA 4F1UA 2XX7A 4H5GA 4U22A 4DCYA 4RPOA 3DP4A 4R9FA 3OO8A 3M3FA 2DSFA 1DTZA 5AA2B 1BKAA 4UACA 3HO7A 2ZXTA 1Y1ZA 2F7BA 1ELJA 3SEXA 2F7AA 2OJTA 2F6PA 1HSEA 3TKDA 2M8CA 1OMPA 3K1PA 2ZYOA 4QF9A 3G7WA 1GGGA 4YB5A 2DP8A 2UVJA 4GD5A 4EDPA 2DWAA 5AA2A 3PUWE 1Y4TA 4H1XA 2Q2AA 3MW0A 1Z7NE 3TTLA 4U4XA 1AMFA 3EHUA 4O3BA 1OVBA 4DZ1A 1ZMGA 3SEVA 1B3FA 4KFQA 2CMOA 2AYSA 5I2NB 5EHMA 3GXAA 3CG1A 5B70A 2XXIA 2H25A 3EQ1A 4OXVA 2XHDA 3E3KA 2E1SA 1JNFA 1BIYA 3CIJA 4R73A 1JW1A 5JEIA 1B3EA 4Q30B 1TFAA 3BBRA 4X48A 3G3HA 3MVYA 3S2VA 3CR9A 1IXIA 4ISUA 4YKIA 4LZ5A 4OZ9A 4MH5A 4ZDMA 2DWHA 1T0KA 1IIWA 1JW4A 1NKXA 3TTKA 3FXRA 2XX8A 3Q26A 3TAJA 4ECFA 2YLNA 4FAJA 1H43A 3CVGA 3PPOA 4QHQA 5KDTB 3TELA 1Y1MA 3N6TA 2XXPA 4HCYA 4KR5A 1JW5A 3FVNA 3M8UA 3MC2A 1NNKA 2I3VA 1FW0A 4IO4A 1MQJA 5AE4A 2XXUA 5KDTA 3W15C 2QS3A 4MLQA 3DELB 3V8XB 4PE5B 1M5DA 5DVJA 3KG2A 5I56B 4OETA 1ATGA 1H76A 3QIMA 2QL3A 2QJEA 4WEPA 2XXYA 2IA4A 4RA1A 1B05A 2OCUA 4EUOA 2Q88A 1MQDA 4HS7A 4OHNA 4FORA 3TYHA 2HQ0A 3IJXB 1MM7A 5I56A 4ZEIA 3IOUA 3TQWA 3T22A 1B1XA 1VFEA 3R6UA 5CMCA 1B40A 5EYFA 2QSXA 4DE8A 1MM6A 3CFZA 1VSOA 2Z8FA 3I5OA 1QVSA 3UN6A 1D9YA 2QS4A 1LFIA 4LQ2A 2G29A 3VLVA 4ZECA 3MQ9A 4JDFA 1WDNA 1P1QA 5K2YA 3FUZA 5CBRA 3Q25A 3PUVE 4THIA 3IOVA 3MWBA 4NF4B 3IOTA 3TFLA 1Y3QA 2OWTA 3K01A 1IEJA 3HPIA 4GVOA 3L6GA 4KHZE 5CM6A 1RKMA 2I4BA 4NWCA 1MXWA 4FEBA 3T66A 2Y7WA 3W9VA 4NF4A 2O7IA 4I1DA 4OERA 4GWOA 3S9NC 3N94A 3IO6A 3IAZA 3TMGA 2O1LA 1USYE 5ICQA 4ELQA 3BKIB 4Z7EA 5KCJB 4H5FA 1QKBA 1QUJA 4RNSA 5IAIA 4IB2A 4NF5B 3FXUA 4OMBA 4R75A 3OENA 2HZLA 1D9VA 1SI0A 3DM0A 3S9LC 3KGCA 1A8EA 4QFPA 2KLFA 4GL0A 1SW5A 4QFOA 3O2AA 4XXUA 3S4UA 2RC8A 4NF5A 5CI5A 4FECA 4EF1A 1D3KA 3H6WA 1P99A 5CC2A 3CSBA 3H3GA 1IQ7A 4K3FA 2DXRA 2RKMA 5FTHA 1MXXA 3VV5A 1Q1KA 3RY3A 3OSQA 4KQPA 2YPNA 4ZEBA 1TT1A 1O63A 4IO2A 3H6VA 4G8MA 4DDDA 1EH3A 4WEDA 4JBZA 1R1NA 1QUIA 1N0TA 3UGWA 3BFTA 3MBPA 3F11A 4RK9A 3FVKA 1SYHA 2V3UA 4XKNA 3E4RA 4OFJA 1H3DA 3U8QA 4ZEDA 2Q2CA 3RNNA 3ZS6A 2R9JA 5L9SA 2Y7IA 4NF6B 4LZ8A 1TWYA 1URSA 4QSDA 2OBGA 4QRZA 4U21A 1SI1A 1Y3NA 4BDLA 4ELOA 1O7TA 3CFLA 3FVGA 3O29A 2DVZA 2NWJA 5AA3A 2F35A 5I57B 4OFLA 1XS5A 4NF6A 4ELPA 2VOZA 1BP5A 1N3XA 3KZGA 3EPEA 4BLAA 3TQLA 4R72A 3U94A 3VLWA 4OFOA 5BWJA 1LCFA 4G68B 1SBPA 4ESWA 4GL8A 2P0SA 4G77A 1PC3A 4P11A 5I57A 5I59B 3SERA 4HW8A 2H5YA 3PUZE 1LSTA 1FTOA 5AA1A 1ZU0A 4GOTA 1S50A 4GF8A 3B6TA 1MQGA 1NFTA 1NNTA 4G68A 2DWJA 4LONB 1OLCA 4I8CA 1L5TA 4H67A 5I59A 3SDFA 1MQHA 1NMUA 1MXUA 3VXCA 1POY1 5I58B 4TOZA 3QSLA 1B3LA 2NUVA 2F97A 1Y9UA 4OVJA 4AB5A 2YJPA 2V3TA 2RCBA 3G3JA 3FV2A 2X7QA 3VFJA 2DXYA 5ISUA 1WODA 5H8QB 4C1UA 1ZIUA 5I58A 3K2DA 4LZ7A 4TLMB 2AIXA 2D21A 1DPPA 4PFWA 5HPQA 4ONYA 5JTYB 2VHAA 3PMXA 3OXNA 2Q9TA 3C31A 4H8IA 1FTKA 3N26A 3RQTA 4YKPA 4PFYA 1A40A 3VXBA 5H8SA 3V83A 5JTYA 3TPAA 4H0WA 4GXAA 2VGQA 2F36A 1MG1A 1LAGE 2ONRA 3PPQA 5DTBA 3K4UA 5I2KB 2F5XA 1NNPA 3CRBA 4NE4A 4F31B 4Q5TA 4YMBA 5HM4B 3K6XA 1LAXA 3Q27A 4H8JA 3PGFA 3PD8A 3UK4A 5I2KA 4EXLA 3USDA 1H44A 3O6IA 3BFUA 3K6VA 1A8FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4GWWA 4BDOA 4KCCA 4H65A 4NWDA 4YU0A 5TP9B 3RPWA 2CEYA 1FTMA 4HCWA 1LGBC 4MAGA 2B65A 4RXLA 1A55A 2RF1A 1AIVA 5EQ8A 1A7LA 1IMFA 4U2RA 1PB7A 4OYVA 2Z23A 1LB9A 4OVSA 5L8DA 5I2NA 4JVIA 1MQIA 3IK6B 4LA9A 5TP9A 3IB1A 1LLSA 4U1ZA 4JSDA 1G0IA 3RTWB 2I58A 3VVEA 3UA8A 4XIGQ 5IZZA 3EHSA 3PD9A 3C33A 1FQEA 3P7IA 3KBRA 1O64A 4DXCA 4RK2A 3MPKA 1TXFA 2WBDA 2O7UA 2RC9A 2D5WA 4I9DA 1D9QA 1B58A 3O9PA 1B52A 4JSOA 3MUQA 4HE0A 1SW2A 2HCAA 4JWXA 3G3GA 4JWOA 1KWHA 1LBWA 1FTLA 3U1OA 4FEDA 1B7ZA 5EHSA 1M5BA 1B5IA 3TEPA 3LV0A 3PV0E 4XKRA 3IL1B 1XVYA 3QK6A 1FBGA 4F3SA 1US4A 5ITPA 1HSLA 4IY6A 3QMFA 4IY5A 3OSRA 4G68C 2OLBA 3PMWA 2HHMA 1SW4A 3OMBA 2OK2A 2A5TB 1I69A 3O6GA 4MFIA 1JETA 2XXRA 1DCUA 2QRYA 5DVIA 2PFZA 4N17A 3T1BA 4P3LA 2R8TA 3MVXA 3RT6B 5LOMA 4P0GA 2O84X 3MP6A 4H6DA 2A5TA 4F3BA 3U93A 3FZVA 4DLDA 3B6WA 3H03A 3KBZA 1OIBA 3LSXA 4GIZA 5JK4A 2Y7RA 3MZ9A 4GFRA 1I6AA 4LATA 4PAIA 4PETA 1LBZA 4M4GA 3SEWA 5LTCA 3HN0A 4G8HA 4ESXA 1FQDA 4BDRA 1A99A 3OO6A 3MVZA 1DPEA 2ABHA 3IB0A 1EU8A 2THIA 4NMYA 2I48A 3ISPA 1MXYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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