2RCAA

Crystal structure of the nr3b ligand binding core complex with glycine at 1.58 angstrom resolution
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
282
structure length
282
Chain Sequence
RPKLRVVTLVEHPFVFTRESDEDGQCPAGQLCLDPGTNDSARLDALFAALVNGSVPRTLRRCCYGYCIDLLERLAEDLAFDFELYIVGDGKYGALRDGRWTGLVGDLLAGRAHMAVTSFSINSARSQVVDFTSPFFSTSLGIMVRTRGTELSGIHDPKLHHPSQGFRFGTVWESSAEAYIKASFPEMHAHMRRHSAPTTPHGVAMLTSDPPKLNAFIMDKSLLDYEVSIDADCKLLTVGKPFAIEGYGIGLPQNSPLTSNLSEFISRYKSSGFIDLLHDKWY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Molecular mechanism of ligand recognition by NR3 subtype glutamate receptors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate [NMDA] receptor subunit 3B
total genus 95
structure length 282
sequence length 282
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10613 Lig_chan-Glu_bd Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rcaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rcaA02
2ZXTA 1QJMA 4QHQA 2I3VA 3SKPA 4U4SA 2RC9A 1LSTA 3C35A 4PQJA 5JK4A 5KDTB 3AXFA 4IO4A 3UIFA 1I6QA 5I58B 4U23A 4YAHX 1USYH 3G3IA 1B7UA 2O84X 1QUJA 3IOUA 5FHNA 1LLSA 3A3CA 1ZIUA 2O6AA 5ITOA 3C33A 1B3EA 2Q9TA 2QS3A 1OLCA 1B52A 4JWOA 3PMXA 1B9JA 3TYHA 1Y1MA 2IEEA 2XXPA 1B6HA 4FECA 4NF4B 4GXAA 4QFLA 3PPRA 3MP6A 4JDFA 4POXA 2AIXA 3FASA 2DWIA 4RPOA 4ZEDA 1VR5A 1EZOA 3ECRA 3R7XA 4NF8A 1N7XA 1DPPA 1BIYA 4YMBA 1TT1A 3LSXA 3PUZE 3PPQA 2QMWA 2QL3A 5I57A 3GBAA 3FJ7A 2HFBA 3IB1A 1JVXA 4OFOA 4U1OA 3T96B 3IB2A 1FQDA 4OFJA 4IO5A 1Y1ZA 4OENA 4H1XA 3A3UA 1MXXA 4YB7A 3S9NC 5AA4B 4FATA 3RTWB 2ZYNA 2QS4A 2F5XA 3TUSA 3CG3A 4K3FA 2VHAA 4R2BA 1HSEA 3EF7A 3KG2A 3R26A 3MP1A 3QAXA 2DYXA 3IB0A 1B3LA 4NF6B 3RNNA 4PFUA 4XKNA 4LATA 4JSOA 1FQCA 1P99A 2DE2A 4DLDA 2HAUA 5IKBA 1URSA 3FXUA 3FIRA 1GV8A 4ESXA 4NF5A 1URGA 5A5XB 2ANJA 2A5SA 3FUZA 1LFHA 3MWBA 4H5GA 3K02A 5EHMA 2OCUA 5HM4B 2KLFA 4YKPA 4N07A 3FJMA 1XT8A 1M5DA 1TXFA 4F29A 3G3GA 4TLMB 4R74A 1S7YA 1B2HA 4YKIA 4O3BA 1PDAA 3N6UA 5FTHA 1QKBA 3QIMA 3E3KA 3H7MA 1I69A 2X7QA 1B3FA 4Q8RA 1JQFA 3TTLA 3OOAA 2F6PA 2H9BA 3DP6A 3O66A 2ALUA 4QF9A 3EHUA 3PV0E 5H8HA 3MVWA 2ONSA 1D9VA 4RPNA 2XD3A 3VVDA 2O7IA 3IOWA 4YZZA 1AIVA 4R9GA 5LOMA 1FCKA 1SQYA 5H8QB 3TZAA 3IORA 1Q1KA 3DP8A 1VFDA 2HQ0A 5I2NA 3WAEA 4NMYA 3VV5A 4GRKA 2ZYKA 3C36A 5CMCA 5I57B 3N26A 1MXYA 3K01A 4HW8A 1MQJA 3BBRA 1QUIA 3MZ9A 5ICTA 1ZMGA 3SETA 1MDQA 4Z7EA 1RYOA 3HCQA 1P1QA 4RXLA 2XHDA 1PB9A 1QW0A 1A40A 5TU0A 2OJTA 1H45A 2AL4A 4GD5A 1GVCA 1MY3A 4QSEA 3USDA 1DTGA 3O2AA 4QSCA 4LQ5A 3PMWA 4P0GA 1JVYA 2ZYMA 2VOZA 2UXAA 1P1UA 1UTHA 1DOTA 3IJOB 3SEVA 1B1HA 3FVNA 1J1NA 5AA2A 1Z7NE 4I8CA 2NVUB 2Y7RA 3M3FA 3VXBA 3PUVE 3K0VA 2DP8A 3K1NA 3FXQA 3IOTA 3IL1B 1B0HA 4U22A 5B70A 1MS7A 3FJGA 4WEPA 4GOTA 4XKRA 3MVZA 5TPAB 2F97A 1QVSA 3KEIA 1N76A 1JEVA 3B6WA 3BFTA 1IUDA 1N3WA 1MG1A 5FHMA 5KDTA 3G7WA 5H8FB 5I58A 3UP9A 4R6KA 3MC2A 3PMVA 2OWSA 3FVOA 3PD9A 4PFYA 2CZLA 4GXSB 3TTNA 3U8QA 3IR1A 5H8HB 3H3GA 1A54A 3CRBA 4F19A 1Y20A 5H8SA 4AQ4A 4F2OA 2V84A 4EQBA 4DXCA 4GL8A 4LA9A 1B40A 4NF4A 3TTKA 4I62A 4RYAA 3E4RA 4ZEIA 2Z22A 3H6UA 1B3HA 4ZEBA 1EZPA 4RK2A 3THIA 5I2NB 3G3FA 3C32A 5ELVA 2I48A 4MLQA 1LGBC 4YMAA 3CR9A 5I56A 1B4HA 3BFUA 4G77A 3LC8A 3Q26A 1XC1A 4G4PA 4GF8A 2PVUA 4LP2B 2Q2CA 3RY3A 2HZKA 1LAHE 2NOOA 5DT6A 1SD3A 3I3VA 3VVEA 1JW1A 1MM6A 5CM6A 1RYXA 5IAIA 2R6GE 1LAFE 1R9QA 3S9EA 1FQEA 3TCHA 3GZGA 2QMXA 3F11A 1S9TA 4U21A 4JSDA 3T22A 1BLFA 1A8EA 4ELRA 2Y7WA 1UTHB 1ZKBA 3VXCA 1SI0A 4OVJA 1SYIA 5AA2B 1B58A 3K1PA 1WODA 1T0KA 1N04A 1Y4TA 4F22A 3MPLA 4KI0E 3C4MA 3MJNA 1B3GA 3VE1B 4PP0A 1DTZA 4KYDA 2ZNTA 3IK6B 3PUXE 3KOTA 4TLLB 1AH5A 4ELQA 1D3KA 1Q35A 3S9LC 3K6VA 4LONB 4MH5A 4DCXA 1N3XA 3JZJA 1GR2A 2HEUA 3K6XA 3CFZA 1PC3A 1PBQA 3B6TA 2NUVA 2ZNSA 1M5EA 3OMBA 1FTLA 2DE3A 3VDFA 1ZU0A 2UVHA 4ZZEA 4NF6A 4GIZA 2NWJA 3K00A 2REGA 2Q88A 1LBCA 4R72A 2I58A 2RC7A 1ZTYA 4KD5A 4OTEA 5KZTA 3LSFB 4JWXA 3I6VA 2Z8FA 2PT1A 1B7ZA 3QXMA 1MQIA 4RY1A 5A5XA 2F7BA 3GLBA 2DOJA 3MVXA 2E0SA 2UVGA 3Q28A 3BKIB 3MZBA 1P1WA 3PPNA 1CE2A 1B51A 4G8NA 3TCGA 1UTBB 1AMFA 4U4XA 4IGRA 4KCCA 2DXYA 1ATGA 4KFQA 1NKXA 1URDA 4X1DA 1KWHA 5I56B 1VFEA 1M5BA 1DPEA 5K2XA 4FIMA 5H8QA 2X7PA 3QSLA 3U92A 4MBPA 2D21A 1RKMA 1S50A 3V83A 1AL3A 3GBBA 2QPQA 2VGQA 3VVFA 4JBZA 3FD3A 4U1ZA 2X26A 4XXUA 1MDP1 2I6EA 4C0RA 4YKJA 3MQ9A 4EUOA 2XX9A 2V3UA 3PD8A 3RLFE 5L9SA 4YU0A 4KR5A 2OLBA 2Y84A 3U72A 2V3TA 3UORA 4M4GA 2DSFA 3HV1A 3K1MA 4DXUA 3O29A 1LB8A 3CIJA 1ZBMA 1A99A 2Y7PA 1B5JA 4C1TA 1IITA 1JETA 1I6BA 4OXVA 2O68A 1EH3A 3KFMA 3MVYA 3IO6A 1NNKA 3VLVA 3GXAA 3T93B 2RCBA 1SYHA 2XX8A 2H4IA 3SDFA 2XXUA 3T9HB 2LAOA 2Y7KA 3RT6B 5ITPA 2ZNUA 1P1OA 3D4GA 4Q0CA 1ZLQA 1Y3NA 3S4UA 3WAFA 3TDJA 5TPAA 1MRPA 5H8NB 5BWJA 1MXZA 4C1UA 2B65A 1D9YA 1N0TA 3CSBA 4GWOA 4X9TA 2PT2A 5H8FA 1SW1A 4EXKA 3N94A 1TFDA 3SERA 1FTOA 5CRYA 1YCJA 4BDQA 2R71A 4NTLA 3H03A 2I0CA 4HS7A 1DMBA 4O3CA 5DEXA 2FYIA 4DE8A 2QJEA 5BUUA 4OQOA 1FW0A 3T9UA 1IQ7A 3Q25A 3OXNA 1OQHA 2O69A 1BKAA 3CSGA 4I1DA 4MFIA 1SI1A 3U94A 4OETA 5DVJA 1M5CA 3UN6A 4BDLA 1SW5A 4ELPA 3H6TA 3LUYA 3ZKKA 1LCFA 4U2RA 1TFAA 3M3LA 1ANFA 2XXHA 1D4NA 3Q27A 4QRZA 3U1OA 1PBPA 1SVXB 2Q89A 1WVJA 5EHSA 2ONRA 5CMMA 3UK4A 4EQ9A 2Z8EA 1BTJA 4H5FA 3OO7A 4ZEFA 3TQLA 2ABHA 2I4BA 2PBWA 3VLWA 1AOVA 1B5HA 2O7UA 1A8FA 4R6HA 5AE4A 2PX1A 1O7TA 3W15C 1R6ZA 3V5AA 3H6WA 4PETA 4EQ7A 3UGWA 4MF3A 2UYFA 3K6UA 1MXWA 4IO2A 4UACA 3FXRA 3JV9A 5B7DA 1BP5A 2QS2A 3RQTA 3D4CA 2QS1A 3LSWA 4ND9A 1VSOA 3KOSA 4POWA 3KSJA 3SESA 4LVQA 4FEDA 4G8MA 3OENA 3S9MC 3RUMA 3V8XB 2PMSA 3OSQA 1Y9UA 5ICQA 1Y4CA 3B7DA 2GH9A 4GVOA 1NH7A 3TAJA 4GQOA 3O6GA 1B1XA 4GL0A 4EDPA 5KCJB 3QYTA 3R6UA 3P7IA 1ELJA 2F78A 5FTIA 3HO7A 1USYE 5DEXB 3I5OA 1US5A 4DCYA 2XXTA 3TQWA 1B32A 5ISUA 4FORA 2A5TB 2O1MA 3DP4A 2XXQA 4R2FA 2HCAA 2O1LA 1N84A 4XTCQ 1UTBA 4H0WA 1CB6A 4G8HA 3HN0A 2VD3A 2WKYA 4H6DA 1TWYA 2F35A 2F8DA 1A7LA 4KQPA 3SEYA 1Z7ME 1SDXA 3HHFA 3TKDA 4THIA 4IY5A 4DXBA 3TMGA 1LAGE 1H76A 4XKQA 3U93A 4LZ5A 2XXIA 3FVGA 3Q29A 1DSNA 2I49A 1OQGA 3FV2A 4OZ9A 3IX1A 3TPAA 3EQ1A 4O3AA 3O97A 2D3IA 1POY1 1IXHA 2RCAA 3TTRA 4YB5A 2G93A 3RN8A 3VFJA 2D5WA 4NE4A 3G3HA 3C34A 1R1NA 2DVCA 3KBRA 2DWAA 4RNSA 2OK2A 5F7VA 3HSTA 4KCDA 1JNFA 4OYVA 2REJA 4WXJA 1NNFA 1B4ZA 3RT8A 5J1DA 4PFWA 4OWDA 3KJ7A 4ZE9A 1NNTA 2UVJA 3MW0A 4XIGQ 1HSJA 1OIBA 4BDOA 3ONMA 4RK9A 3A09A 3C31A 3T9XB 4IO6A 1OMPA 5DVFA 3KN8A 1Y3PA 5JTYA 3FATA 4OESA 3PPPA 3KGCA 1UIVA 1PEBA 1IXCA 3K4UA 5H8NA 1QKAA 4M1VA 2YJPA 1B7HA 4KYEA 2W7YA 2I3WA 3H6VA 2F34A 1QUKA 4NWDA 3E9XA 3DLNA 5FHOA 2ZYOA 4N13A 4LZ7A 1MPCA 3TCFA 4R9FA 4F1YA 3LBSA 1H43A 2XX7A 4F3PA 4ZS9A 4BLAA 4F3GA 1IXGA 3KN7A 1LCTA 4JXIA 1MY0A 5I59B 4OEVA 4IB2A 5I2KB 3KSXA 2FNCA 5EYFA 1PB7A 4ELOA 4AB5A 1IXIA 2OWTA 3SEXA 4TQUQ 1XOCA 3CFXA 2E1SA 3CI8A 2DWJA 4YKKA 5K2YA 2DQVA 2B3FA 1YAEA 4QSDA 4OEUA 2VD2A 4NEDA 4DIGA 4P0IA 4H67A 3SEWA 3ILTB 3M8UA 4QFPA 4EXLA 1MY2A 3QUFA 1OVBA 5L9MA 1Y3QA 2Q8JA 5L8DA 3MPKA 4G68B 4QFNA 2P2AA 4L17A 1OLAA 1H44A 3IJXB 4JWYA 3OD7A 2DWHA 2QRYA 3K6WA 3CG1A 2M8CA 4KYSA 4HCWA 4DZ1A 4X48A 2V3QA 1WDNA 2DE4A 2H98A 2YLNA 4KPTA 2B3BA 2F6GA 4QFKA 4E0XA 3TEPA 2O51A 4GFRA 3MBPA 4F3BA 1SBPA 1P1NA 4BDRA 3HHGA 1FQAA 3L6HA 5JTYB 3MUQA 2F7AA 4NWCA 4FE8A 1M5FA 3B6QA 1B05A 2P0SA 3PUYE 1XVYA 3MZ1A 4IY6A 1FQFA 3T66A 4X1BA 1HSLA 2H99A 4EF2A 1LFIA 1JW4A 4HTGA 1ZJLA 4H8IA 3W9VA 5KCJA 3CFLA 2NXOA 3W9WA 1EZ9A 1SW2A 3G3JA 1GTKA 5CBRA 3OEMA 1UIUA 4RJZA 2UYEA 4H8JA 4LQ2A 4ZE8A 4P11A 3EN3A 3OSRA 2RC8A 3KZGA 3O9PA 1F9BA 1A55A 4MLVA 2A5TA 4G2ZA 3PU5A 2AL5A 4GLIA 1IIWA 1MPDA 4OHNA 1JEUA 1R9LA 4IO7A 4WEDA 1QULA 3ODBA 4F1VA 1PB8A 3TODA 4R75A 1H3DA 1MH4A 3E13X 2I0BA 1US4A 1MXVA 3QUJA 1OVTA 4NF8B 3EHTA 1L5TA 4TOZA 3G3KA 3OO8A 4ZECA 3FGSA 2I4CA 1B46A 4AB6A 2HXWA 2XXRA 2THIA 1B0LA 3FVKA 5DTBA 2DVZA 5L9OA 2F7CA 1XS5A 2GHAA 2XXVA 2OBGA 4F31B 1SW4A 1NFTA 2HZLA 4PE5B 2UVIA 1MY1A 2PYYA 1NH8A 1MQGA 2HAVA 3S2VA 5JEIA 4DDDA 4HCYA 1FTKA 3LR1A 1MXUA 2VP1A 3ILUB 2XXXA 3RGYA 3DELB 1JW5A 3MAMA 2DS9A 3V89B 4EF1A 4ZDMA 2XXYA 3H06B 4ONYA 3DM0A 3FV1A 5HPQA 1MH3A 3N5LA 4R6YA 1NL5A 1POTA 4ECFA 2ESNA 4Z0IA 4N6PA 5TP9A 2AYSA 3T9VA 3ZS6A 2XXWA 5CMKA 5DVIA 4OMBA 4QFOA 1MQDA 4RA1A 4Q5TA 1FTJA 3IOVA 3ZSFA 3OEKA 4NF5B 3CVGA 4IGTA 2Y7IA 5AA3A 3MP8A 3OO9A 2G29A 4YB6A 3EHSA 4F18A 2GHBA 3IAZA 4OFLA 3HPIA 5CC2A 1VE4A 3K2DA 3N6TA 4OERA 4ZEKA 3O6HA 5HBCA 3EPEA 5F1QA 1MY4A 2QSXA 1NMUA 4WKMA 1NNPA 1LFGA 2ONKE 1LB9A 3OELA 1YTVA 1O64A 4F39A 3ZKLA 5M2VA 1B5IA 3RTFB 3TFLA 3PUWE 2GFEA 2Z8DA 1LBBA 4E0WA 4FAJA 3H4ZA 1MPBA 4LZ8A 3TTMA 4H65A 3C9HA 4G68C 5I59A 2FA7A 3L6GA 1FQBA 4I9DA 3O6IA 5I2KA 2RINA 1EU8A 1LAXA 3LSLA 2DXRA 3VLUA 2P1SA 4R73A 3FZVA 2YPNA 4PFTA 1XVXA 2XD2A 4F3SA 3JYRA 1IEJA 2F36A 2OZZA 4IO3A 4ZZAA 4KHZE 1FTMA 1MQHA 4XKPA 5AA1A 3PGFA 1UQWA 4F2QA 2H5YA 4FJPA 4Q30B 4ESWA 5CI5A 4JB7A 4F1UA 2CMOA 3RPWA 1YPNA 1MM7A 3O28A 1O63A 3KJTA 4G68A 4LUBA 1II5A 2Z23A 4ISUA 2V93A 5DYHA 1N7WA 4BDNA 1XHYA 5AA2D 5CBSA 2BJJX 4FEBA 2H25A 5TP9B 1I6AA 3PPOA 3UA8A 3SEUA 2RF1A 4YICA 3IO4A 2ZMBA 2R9JA 5I84A 2RKMA 2Q2AA 2GRVA 2V25A 4UA8A 5AA4A 5CMBA 3OO6A 3KN3A 2IA4A 4BDMA 1GGGA 3M3KA 1IZ1A 3TELA 3QK6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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