2RF1A

Crystal structure of chox in an unliganded closed conformation
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
EPESCGTVRFSDVGWTDITATTATATTILEALGYETDVKVLSVPVTYTSLKNKDIDVFLGNWMPTMEADIAPYREDKSVETVRENLAGAKYTLATNAKGAELGIKDFKDIAAHKDELDGKIYGIEPGNDGNRLIIDMVEKGTFDLKGFEVVESSEQGMLAQVARAEKSGDPIVFLGWEPHPMNANFKLTYLSGGDDVFGPNYGGATVHTNVRAGYTTECPNVDKLLQNLSFSLQMENEIMGKILNDGEDPEKAAAAWLKDNPQSIEPWLSGVATKDGGDGLAAVKAALGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of the choline/acetylcholine substrate-binding protein ChoX from Sinorhizobium meliloti in the liganded and unliganded-closed states.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Rhizobium meliloti
molecule keywords PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN
total genus 86
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rf1A01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 2rf1A02
1MY2A 3C35A 3IOVA 2D21A 1N7XA 3TELA 3I3VA 5I56A 2UXAA 1N3XA 3V89B 3H6VA 2DE2A 5I59A 4JBZA 5CC2A 2ZNUA 1XC1A 3PPRA 3TCFA 4FE8A 4H0WA 2DYXA 4POXA 3MJNA 3OD7A 4YU0A 3KGCA 3K2DA 4Z0IA 4ZZAA 2O68A 4C1UA 4YB5A 1POY1 2IEEA 3SEUA 1MXVA 1N0TA 1DTGA 2Q88A 1F9BA 2YPNA 3DP4A 4ZEIA 4O3BA 4QHQA 1US5A 4F19A 1WODA 1ZKBA 1QULA 4F29A 1ZJLA 2QJEA 3Q26A 5AA4B 4IY5A 4LONB 1LLSA 4FORA 3T9UA 4X1BA 1TFAA 3KJTA 4YZZA 1A99A 5DEXA 4LZ5A 1B3EA 2YLNA 3IB1A 1SDXA 3O29A 3RGYA 5LOMA 1Z7ME 3KN7A 4F3GA 3ECRA 1ZBMA 3IO6A 2LAOA 2RC8A 1H3DA 2O6AA 4FECA 4U23A 3V8XB 4OMBA 4ZE8A 3IB0A 2UVIA 4PFUA 4YKPA 4FIMA 1LAGE 1MM7A 4QRZA 3PV0E 3IOWA 3KG2A 3GXAA 5A5XA 2FYIA 2B65A 3C34A 3O28A 5KDTA 2HEUA 3TZAA 3TTLA 3M8UA 1B32A 3DP8A 3KEIA 1BTJA 3MBPA 2V84A 3FXQA 1ZLQA 1PB7A 3USDA 3O6GA 1B1HA 5JK4A 2FNCA 3IJOB 5F1QA 2XX7A 3VLWA 3P7IA 2VOZA 3W9VA 1B1XA 4XKQA 3MPLA 3IK6B 1B7ZA 2IA4A 3VV5A 5CMKA 1Y3NA 3F11A 3HV1A 5I2NA 4I1DA 2PX1A 2I3WA 4IGTA 4R2BA 3O2AA 4PE5B 2ONRA 3OSRA 3RY3A 4R6KA 1IXCA 3VXCA 3HCQA 3SERA 4YMBA 3ZKLA 2DWAA 3VXBA 3H7MA 3CSGA 3LC8A 4BDQA 3PD8A 4QFOA 1DSNA 4GRKA 3FVGA 3MP6A 3SEVA 3EF7A 3U94A 3CFZA 3CFLA 5BWJA 4RPOA 2ZYOA 2O7IA 2D5WA 2O51A 1DTZA 1TFDA 4FJPA 4UA8A 2ZXTA 5B70A 1IITA 3ONMA 5I56B 4NF8A 4ZDMA 1B6HA 2BJJX 2NOOA 4OEVA 5DTBA 3TDJA 1P1QA 3CVGA 3IB2A 5I59B 2I4CA 1JW1A 2QMXA 3T9XB 4FEBA 1FTKA 2QPQA 1URGA 3IJXB 3PPNA 4Q30B 4HW8A 1MPCA 2DS9A 4XTCQ 3KSJA 3FD3A 1NH7A 5CBRA 1MDP1 1T0KA 1NMUA 4EQ7A 1B46A 3SDFA 1M5FA 1HSEA 1JVYA 3CI8A 4MLVA 2GRVA 1PDAA 2XX8A 3FV2A 3KOSA 3W15C 1PEBA 3W9WA 3A09A 5DEXB 4BDLA 2DXRA 4RK9A 1AIVA 3FGSA 3M3KA 4JSOA 1SW2A 4AB6A 5EHMA 4G68C 3PMWA 4YAHX 1SYIA 1B5IA 1N04A 4BDMA 3PUWE 1D4NA 4QF9A 3FVNA 1I6QA 3FV1A 1ELJA 5AA4A 4HCYA 3E3KA 4LUBA 3B6QA 2V93A 3UN6A 5DVIA 3TTMA 1WDNA 4N6PA 1B4ZA 2I48A 5A5XB 4EQBA 3G3JA 1SD3A 5KDTB 2OZZA 1SW1A 3OEKA 5TP9A 1MQHA 2ZNSA 2Q8JA 2AIXA 3PD9A 3PPPA 3PUYE 2GH9A 2HQ0A 1SBPA 3ILTB 4R6YA 3D4CA 3KZGA 1TT1A 3G3HA 4KFQA 1M5EA 1NL5A 1Q1KA 2HAUA 5ICTA 1CB6A 3VVFA 1MG1A 3H06B 4POWA 5I2KB 3KBRA 1GTKA 3WAEA 3OENA 1Y4TA 4TOZA 1MH3A 1AOVA 3LSXA 4ESXA 3UK4A 1IZ1A 1SI1A 2M8CA 2R9JA 4OQOA 3TPAA 1B3FA 2AL5A 4Z7EA 4QSCA 4DZ1A 3PMVA 5AA2A 4MBPA 4F22A 3VVDA 1B7UA 2QS1A 4DXBA 3R6UA 1QW0A 2XXVA 4RPNA 3MP8A 4BDOA 2XXUA 3TTRA 3WAFA 2HCAA 4OEUA 3GBBA 1NNTA 1M5DA 4H8JA 1AMFA 1GV8A 5CRYA 3E4RA 2OWSA 1S50A 4THIA 3CRBA 1FQEA 3LR1A 4PFWA 1NNFA 2QS2A 4GIZA 4GD5A 3K02A 4K3FA 3PGFA 4NF8B 3M3LA 4JWOA 4BDNA 4N13A 3CR9A 2OCUA 1VFDA 4YKIA 4GLIA 1DPPA 1MDQA 5TU0A 2XXQA 4DXUA 1QJMA 4R73A 2O1MA 2O84X 4OVJA 2Q2CA 1YAEA 4I9DA 1P99A 1QKBA 1B4HA 2XXPA 4EXLA 1IXHA 3MC2A 2VHAA 5TPAA 2A5SA 3SETA 1POTA 4G8HA 3S9NC 1MXWA 1R9LA 4RA1A 2OK2A 1II5A 4H6DA 2RCAA 1GGGA 1LCTA 3TQLA 3B6TA 3IO4A 1XS5A 3H6TA 5DVJA 3DELB 4P0IA 4LVQA 3G3IA 4GWOA 3FVKA 2H5YA 2HAVA 5DT6A 1JEVA 4ECFA 1RYXA 1Y9UA 2I58A 4F3PA 2O1LA 1B3GA 2H4IA 1B5HA 4GFRA 3DP6A 1R1NA 3EHSA 1IQ7A 3A3CA 4KR5A 3H3GA 3K6WA 5CM6A 1PBPA 5TP9B 2F6PA 2I49A 2H98A 2X26A 3PU5A 4XIGQ 1M5BA 1MY1A 5H8QA 3L6HA 1I69A 3C4MA 2V3UA 1VSOA 1N7WA 4BLAA 3MVWA 3JV9A 4KI0E 3FJGA 1Y1MA 2Z22A 3CIJA 1R6ZA 2F6GA 2XXRA 1XVYA 2V25A 4LA9A 1JNFA 1LGBC 4H1XA 2RF1A 3B7DA 3ODBA 4QFLA 5K2XA 3SKPA 3C36A 3OMBA 5ISUA 4EQ9A 4WEPA 4DE8A 5I2KA 1SYHA 3A3UA 4IB2A 1OQGA 3EHUA 3BFUA 1P1OA 1Z7NE 1LBCA 3TYHA 1MXYA 1FTOA 3O6IA 1JEUA 1JW5A 4P0GA 5AA2B 4GXAA 1EZOA 4F1UA 5JEIA 2Q89A 1Y4CA 2NVUB 4DDDA 3PMXA 2HXWA 3G3GA 3DM0A 2ONSA 5HM4B 4F3BA 4G4PA 4HCWA 1LAFE 3OO6A 4QSEA 3SEYA 3Q28A 4OWDA 1SQYA 2Y7IA 3TEPA 1FQBA 3IOTA 4ZEBA 4Q5TA 3VE1B 3UIFA 3MAMA 2DSFA 1QUJA 2XXIA 3RPWA 3MZBA 3BKIB 2B3FA 3PUZE 4WEDA 3B6WA 1URDA 4YKJA 2HFBA 3PUXE 3RQTA 4JSDA 3PPQA 4NF5A 3UP9A 2X7PA 1Y3QA 3AXFA 4R9GA 4X1DA 3MW0A 4F1YA 4BDRA 5FHMA 2RCBA 4GVOA 1B58A 4DXCA 5M2VA 3K1PA 1JVXA 4ND9A 3CFXA 4OYVA 3MVZA 2DE4A 3THIA 2DVCA 3FASA 1A8FA 1LB8A 4F39A 3OO8A 1B3LA 1UTHA 5TPAB 2UVJA 3IORA 4E0WA 5L9OA 1H76A 5HPQA 1FQFA 5L9MA 2ZNTA 1LFGA 4TLLB 1N76A 3VLUA 5EYFA 4M4GA 4NEDA 2XXHA 3MZ9A 2F78A 4RK2A 5IAIA 4L17A 5I58A 4F31B 1FTLA 4EXKA 2UVGA 1OLCA 3U92A 2DOJA 2DQVA 1A7LA 4RNSA 1S7YA 2Y7WA 3IAZA 3QYTA 4AB5A 3SEXA 4KYSA 1MY4A 3TQWA 1QUIA 1B7HA 5DYHA 1MQDA 3O66A 4DCXA 5L9SA 3MZ1A 1MRPA 1ATGA 4NTLA 2H25A 3RUMA 1N3WA 4G8MA 3T9HB 4FAJA 1MH4A 2O7UA 4P11A 1TWYA 2FA7A 2F5XA 4U2RA 1SW5A 4NWCA 1MQGA 5I84A 1B5JA 5F7VA 3C33A 3K6VA 1AH5A 1OVBA 2REGA 2NXOA 5H8QB 4QFNA 4PFYA 1LCFA 3CG3A 2R6GE 1SI0A 5AA1A 2P0SA 4GXSB 1URSA 4KD5A 3V5AA 3VVEA 3RLFE 5FHNA 1FQAA 1VFEA 2ALUA 1O64A 1UIUA 5B7DA 1UTBA 3TCHA 3TMGA 1XT8A 1B40A 3FJ7A 3ILUB 4OFOA 3U72A 1FW0A 4ZEKA 3Q27A 4F1VA 3H03A 4ONYA 2Q9TA 1B0LA 2VD3A 1A54A 4MF3A 3T96B 3VLVA 5HBCA 4IO2A 1JQFA 4F18A 1JETA 1B3HA 1IUDA 5AA2D 4ELQA 4TLMB 1OQHA 4G2ZA 2Q2AA 1LAHE 2Z8FA 3TAJA 2F97A 1FCKA 3G3FA 4OTEA 1BLFA 2AL4A 1MXUA 4H8IA 3S9MC 2HZLA 2H99A 3U1OA 1D9YA 3SEWA 5KZTA 4XKPA 4KYDA 1LFHA 2QRYA 1O7TA 2DP8A 2PVUA 4EUOA 5CMBA 1UQWA 1FQDA 4ELPA 1MQIA 2NUVA 4GL8A 4OETA 2XXYA 1VR5A 4MH5A 4R6HA 2F8DA 5CBSA 2DWJA 4RY1A 3C32A 3MWBA 4YMAA 1Y3PA 3FATA 1UIVA 1Y20A 4R75A 1OVTA 4NF5B 3KN3A 4EF2A 5ITOA 1DPEA 3IR1A 2QSXA 1NNPA 1CE2A 3JYRA 1PBQA 2G29A 4G68B 3H4ZA 2RC9A 3G7WA 5L8DA 4IY6A 1US4A 2W7YA 5H8NB 5EHSA 3UGWA 5AA3A 1TXFA 4O3AA 3IOUA 1PB8A 2I0BA 2CZLA 3IL1B 3MVYA 1YPNA 2DXYA 4U21A 4U1ZA 3TKDA 2VP1A 4F2QA 1UTHB 1OLAA 1EH3A 3K1MA 5KCJB 4IO6A 3OOAA 2I4BA 1M5CA 3L6GA 2O69A 4OFJA 1EZPA 5CMCA 4OXVA 2UVHA 3QAXA 5FHOA 2H9BA 1BKAA 1H44A 4ZZEA 2A5TB 1P1WA 4KCDA 2PT2A 3TTKA 5ELVA 3GLBA 3N6UA 3EQ1A 3OEMA 2ABHA 4R9FA 3RN8A 1D9VA 4UACA 5I58B 1MY0A 2GHBA 1FTJA 2XXWA 1A55A 4U4SA 2ZYMA 3T93B 3HN0A 1MPDA 2ZYNA 4NWDA 3S9EA 1S9TA 4HS7A 2Z8EA 2PMSA 3VFJA 4OHNA 1QUKA 3K4UA 2E1SA 1USYH 3T66A 1MS7A 4WXJA 1BP5A 1HSJA 4GQOA 2ESNA 3K0VA 5H8HA 4N07A 2QMWA 2ZMBA 5AE4A 4F2OA 2VD2A 1B52A 4X48A 4H5FA 3U93A 3HHGA 5JTYA 1ANFA 1GVCA 5CMMA 3E9XA 3N94A 3IX1A 2GFEA 2F7BA 1UTBB 4LQ5A 1H45A 3LBSA 3RT6B 5H8FA 4JXIA 3QK6A 3SESA 3Q29A 1B0HA 4ZEDA 4IO5A 4GL0A 2UYEA 2P1SA 4X9TA 3OELA 4NE4A 3CSBA 1NNKA 3VDFA 1B2HA 2DWIA 3FIRA 1R9QA 2NWJA 3HPIA 2YJPA 3JZJA 3I6VA 3RTFB 4RXLA 1D3KA 3MP1A 3QUFA 3UA8A 1IIWA 4PQJA 3MVXA 4LQ2A 1N84A 4NF6B 3GBAA 3O9PA 5H8SA 3OSQA 4GF8A 4ISUA 2ZYKA 3KSXA 4XKNA 1LBBA 2X7QA 1Q35A 2XXXA 3ZKKA 4ZEFA 4Q0CA 4OFLA 1PC3A 1IXGA 1EU8A 1PB9A 2VGQA 1LB9A 1DOTA 3BFTA 4G8NA 3KFMA 4HTGA 4QFPA 4WKMA 1QVSA 4I62A 1I6AA 2R71A 2B3BA 2REJA 2Y7RA 4JWXA 3MPKA 1RKMA 1VE4A 3FZVA 5FTHA 5I57A 3C9HA 3TCGA 1LFIA 1I6BA 4IO4A 1LAXA 5IKBA 3BBRA 1MXZA 5BUUA 2HZKA 4G68A 2PT1A 4JWYA 3R26A 4E0XA 1LSTA 3S2VA 5ICQA 3FXRA 1NKXA 4IGRA 5H8NA 2QS4A 2XD2A 4OESA 3QSLA 4PETA 4R72A 3FXUA 4ZS9A 2RC7A 4R74A 4PP0A 5CI5A 4DCYA 1ZU0A 2DWHA 2Z8DA 3O97A 4ZE9A 5ITPA 5KCJA 2QL3A 4NF4A 4LZ7A 2I6EA 1MY3A 2F34A 2XHDA 4QFKA 2A5TA 2XD3A 3N26A 2DE3A 4YB6A 3D4GA 1ZIUA 4C0RA 2V3TA 4XKRA 2OJTA 4JDFA 2AYSA 5J1DA 1YCJA 1BIYA 2CMOA 1B9JA 2F7CA 3M3FA 4H67A 4MFIA 3PUVE 1YTVA 3FUZA 1OIBA 1MXXA 3TFLA 3ZS6A 2Z23A 4IO3A 1O63A 1Y1ZA 4XXUA 3R7XA 5H8HB 1RYOA 3GZGA 2OLBA 2QS3A 3DLNA 1MPBA 4ESWA 1JW4A 1IXIA 5JTYB 3LUYA 1SW4A 2PYYA 4I8CA 3EPEA 4ELOA 2Y7PA 4GOTA 2OBGA 2F7AA 4KCCA 2Y84A 3I5OA 4AQ4A 4TQUQ 2F35A 5H8FB 3RNNA 1XVXA 4ZECA 3QIMA 3QUJA 1XHYA 4YICA 3OO7A 1A40A 1P1UA 1HSLA 1MM6A 1IEJA 1NH8A 4LZ8A 3HSTA 3HO7A 4MLQA 2WKYA 1L5TA 3OXNA 4C1TA 1EZ9A 3U8QA 2ANJA 1A8EA 4R2FA 2UYFA 4M1VA 3K00A 4RYAA 2D3IA 4YKKA 1NFTA 4G77A 1GR2A 1J1NA 1H43A 3MUQA 3H6UA 3TODA 3T9VA 3FVOA 1XOCA 2P2AA 3MQ9A 4OZ9A 4LP2B 1WVJA 4RJZA 4NMYA 3TTNA 4DLDA 3ZSFA 1B05A 4NF6A 3KN8A 3PPOA 4U4XA 3E13X 1FQCA 3CG1A 3LSLA 1B51A 1ZTYA 3K01A 3QXMA 3FJMA 4Q8RA 1AL3A 1SVXB 3K6XA 5I2NB 4KQPA 2V3QA 2PBWA 1KWHA 2G93A 4EF1A 2RKMA 4OENA 1USYE 2E0SA 2I0CA 3OO9A 4DIGA 4U1OA 4H65A 2GHAA 3S4UA 4JB7A 2OWTA 2KLFA 3EN3A 2DVZA 5I57B 3K6UA 3LSWA 3LSFB 3O6HA 1QKAA 4ELRA 3T22A 1MQJA 4H5GA 2THIA 3UORA 1DMBA 2F36A 5K2YA 5DVFA 4QSDA 4YB7A 5FTIA 4PFTA 3RT8A 4LATA 3S9LC 4FEDA 1OMPA 4OERA 3C31A 3N5LA 4KPTA 3V83A 3N6TA 2XX9A 1P1NA 3RTWB 1FTMA 4KYEA 4KHZE 3K1NA 3TUSA 4EDPA 2RINA 4U22A 2Y7KA 3H6WA 4F3SA 3KOTA 4IO7A 2I3VA 4NF4B 2XXTA 4O3CA 3G3KA 2ONKE 1ZMGA 3Q25A 4FATA 3HHFA 3EHTA 3KJ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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