2RINA

Abc-transporter choline binding protein in complex with acetylcholine
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
288
structure length
288
Chain Sequence
ESCGTVRFSDVGWTDITATTATATTILEALGYETDVKVLSVPVTYTSLKNKDIDVFLGNWMPTMEADIAPYREDKSVETVRENLAGAKYTLATNAKGAELGIKDFKDIAAHKDELDGKIYGIEPGNDGNRLIIDMVEKGTFDLKGFEVVESSEQGMLAQVARAEKSGDPIVFLGWEPHPMNANFKLTYLSGGDDVFGPNYGGATVHTNVRAGYTTECPNVDKLLQNLSFSLQMENEIMGKILNDGEDPEKAAAAWLKDNPQSIEPWLSGVATKDGGDGLAAVKAALGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of the choline/acetylcholine substrate-binding protein ChoX from Sinorhizobium meliloti in the liganded and unliganded-closed states.
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein binding
source organism Rhizobium meliloti
molecule keywords PUTATIVE GLYCINE BETAINE-BINDING ABC TRANSPORTER PROTEIN
total genus 88
structure length 288
sequence length 288
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-10-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2rinA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 2rinA02
3MZ1A 2DWAA 4BDNA 4RA1A 3F11A 3TEPA 4P0GA 2A5TB 1FTMA 4GL0A 2M8CA 1POY1 3TQLA 4IB2A 4EQBA 1XVYA 3KSXA 5JTYB 4EQ9A 4NF6A 5JEIA 1A7LA 2O69A 2F34A 4R9FA 3H7MA 5H8NB 3ILUB 2F36A 5M2VA 1D4NA 1WDNA 4O3BA 1SW1A 2R71A 2ZYMA 4R6HA 2YPNA 2XXUA 4H6DA 4I9DA 1FQCA 4YMBA 3P7IA 2FNCA 3IORA 1USYE 4HCWA 1I6QA 2O68A 5DYHA 1N3WA 3TTLA 1H3DA 2I0BA 2ESNA 3OO7A 2DWIA 3FVNA 3B6WA 4R6YA 3IJOB 4ZECA 2V93A 2XX7A 3IO6A 3U72A 3FV1A 2AL4A 4IY5A 1B7UA 3H6VA 3U8QA 1II5A 4RXLA 2ZYOA 4H1XA 4ELRA 1S7YA 3BBRA 3FJGA 4EF1A 4G68C 1VSOA 2PMSA 3SKPA 2F5XA 2H98A 3FUZA 4AB6A 4GF8A 2PT1A 3A3CA 2O7UA 4WEPA 4G4PA 2E0SA 2Q9TA 3OMBA 5CBSA 4MH5A 3RN8A 1B32A 1URGA 3MJNA 4Z7EA 3O66A 3N26A 5EYFA 4EXLA 3MP8A 2D3IA 1LAFE 4O3AA 1RKMA 2HQ0A 1PDAA 4ONYA 4PE5B 5EHSA 3S9MC 3PU5A 1VFEA 3PMXA 4QRZA 1JEUA 1EH3A 3OOAA 1PBPA 3MP1A 4R75A 2F7BA 4I8CA 4FECA 4LVQA 4U23A 4BDOA 2XXVA 4JWYA 3Q25A 4E0XA 1GTKA 4OERA 1OLAA 4LONB 3TKDA 2O51A 3RGYA 1TT1A 2Q2CA 2RF1A 4F3PA 4OXVA 3IK6B 3T96B 5DT6A 4H5GA 1FQFA 5I2NB 2P1SA 2DE3A 5CMMA 2GFEA 2IA4A 2G29A 1EZOA 1P1OA 2H99A 3V5AA 5HBCA 1ELJA 3HCQA 1B3LA 4NWDA 2HAVA 3FATA 2QMXA 3WAEA 2OBGA 3TTRA 3FVGA 3C32A 1PC3A 1B3GA 2DWJA 3OXNA 4N07A 4RNSA 2THIA 2Z22A 3O6GA 4THIA 2DE4A 1B4HA 1R1NA 4IY6A 1R9QA 1OQHA 4H8JA 1FTLA 1QVSA 3D4CA 1VR5A 5BUUA 3EPEA 1PBQA 2LAOA 2OK2A 4G68B 1WVJA 4OTEA 1Z7NE 3TZAA 1FQBA 2AYSA 4LA9A 3TELA 2Q89A 3ZKLA 3DM0A 1B52A 4NF8A 2I58A 4TLLB 4M4GA 5JK4A 3TCFA 3PGFA 2ANJA 1UTBB 3TPAA 4IO2A 5AA4B 1DPEA 4YU0A 3PPPA 1LAHE 2DWHA 3S2VA 3RTFB 5HPQA 4RPNA 2ZNUA 3JZJA 2I49A 4DXUA 3HO7A 4MLQA 2X26A 3K02A 1PB9A 4UA8A 1YPNA 3AXFA 1JW4A 1MXUA 3PV0E 2GHAA 2F7AA 1JETA 3U93A 1JQFA 3K6WA 5ICTA 1P1QA 2I48A 1J1NA 1FQDA 1P1UA 3HSTA 1Y20A 2D5WA 1OQGA 1N7WA 2DYXA 2PT2A 2F7CA 1N7XA 3C36A 1LLSA 3K1PA 3SEUA 4JXIA 3K1NA 1LBBA 2RC9A 1ZKBA 4EF2A 3OO9A 4FJPA 2UYFA 2X7PA 2GH9A 4DIGA 4EUOA 1ZBMA 1R9LA 3I5OA 4ZEBA 1B9JA 3TTKA 1A54A 2FA7A 3N6UA 1N3XA 1M5FA 3KJTA 3GBBA 1Y3NA 4I1DA 3HHGA 1N04A 4GOTA 1MPCA 2RC8A 3TTNA 3QUJA 2ZNSA 4NF4B 2ZXTA 5I58A 4YB6A 1LFGA 1DOTA 4YZZA 3FJMA 4DZ1A 4KYDA 3FGSA 1NL5A 3FJ7A 5H8FB 1NMUA 5TPAA 3KOSA 1SI1A 4H0WA 5H8QB 3SEWA 3H06B 2CMOA 4JWOA 3CG3A 2AIXA 4XTCQ 5AA2B 1A8FA 4PFUA 5J1DA 1B0LA 3IAZA 3CSGA 1M5EA 4FEBA 4PP0A 2P2AA 4N13A 1GVCA 4KCCA 3PD8A 2XX8A 3K6XA 4OMBA 4G77A 3EQ1A 3ZS6A 3S4UA 1RYOA 3FXRA 4KD5A 4OFOA 4LZ7A 4QFPA 1S9TA 1MXYA 1EZPA 2DE2A 2VHAA 4NF5A 2ZMBA 1Z7ME 5ELVA 1B1XA 3K4UA 1SDXA 2I4BA 4C1TA 2ZNTA 4QF9A 4R6KA 4YB5A 1MQGA 2OCUA 5H8SA 2PYYA 3PPOA 5I2KB 3QSLA 3EF7A 3DP4A 4HS7A 2QJEA 1N84A 4POWA 3CI8A 1JNFA 1L5TA 3UGWA 2Y7WA 2HCAA 5DVFA 3VXBA 3USDA 1NFTA 3HPIA 4XKPA 5I59B 1QJMA 4I62A 4DCYA 1P1NA 3M3FA 2HAUA 3N6TA 3OEKA 3GXAA 4IO3A 5I84A 3TFLA 1MDP1 4ZZEA 4KHZE 3W9WA 3UP9A 1P99A 4GL8A 1ZLQA 3KBRA 1AH5A 1AMFA 3KN8A 1BLFA 4GXSB 1ZTYA 4WXJA 1ZMGA 2ZYKA 4N6PA 1OLCA 1ZU0A 4R73A 1SW2A 4IO5A 1A40A 5CC2A 5KDTB 4G2ZA 4RY1A 5IAIA 1MDQA 4H67A 3U94A 1OIBA 1QULA 1UTHA 4U1ZA 1US4A 4NTLA 1M5DA 5H8HB 4QFLA 4U22A 5TPAB 3HHFA 1T0KA 3ODBA 5I57B 2REGA 2AL5A 1D3KA 3T9XB 3CG1A 4GRKA 3MP6A 2HXWA 4F1UA 2UVIA 1B7ZA 1O63A 3I3VA 1H44A 1NH8A 1BTJA 3EHUA 4RPOA 3K0VA 4F19A 4OWDA 1B0HA 2REJA 3IB0A 4F3SA 3B6QA 4X1BA 1B7HA 2F97A 1QUJA 1BIYA 1IXIA 3TMGA 4R72A 2A5SA 1SQYA 2B3FA 1MPBA 4YKKA 4IGRA 1NNKA 3TUSA 3PPQA 4OEVA 1H45A 3SEVA 5ITOA 5CM6A 4QSCA 3FV2A 3SESA 1CE2A 2I6EA 1NNFA 2QRYA 3LR1A 1OMPA 1BKAA 4QSEA 2OLBA 2XXWA 2UXAA 1RYXA 3RT6B 1B2HA 4TLMB 1MY3A 1LFIA 2DXRA 5CBRA 4KPTA 5A5XA 1HSLA 3PMWA 3C35A 3IB1A 3H6TA 3U1OA 3TQWA 4NF6B 1ZJLA 1MXXA 2R6GE 3M8UA 1JW1A 2DS9A 5BWJA 4XKNA 4QFOA 3FIRA 1DMBA 4XIGQ 3VDFA 1SYIA 1AIVA 5I56A 2H5YA 3T9VA 3QK6A 4G8NA 1LSTA 1I69A 3UORA 4IO6A 3RLFE 2VD3A 2DVZA 1M5CA 3G3GA 2O1LA 4RYAA 2DVCA 4MFIA 2PBWA 3G7WA 2G93A 4F18A 2Y7RA 2VP1A 2Q88A 4XKQA 3OD7A 4FEDA 2O6AA 3H3GA 5F7VA 3Q26A 3MVXA 2YJPA 3VVDA 1LBCA 3RTWB 2UVJA 3CR9A 2XXTA 3R7XA 4PFWA 2UVHA 4ZEKA 2H25A 3U92A 1SD3A 5TP9A 2XD2A 3IOUA 3C4MA 2V3TA 3LSWA 1N76A 2XXXA 3G3FA 4OVJA 1ZIUA 3PPRA 2QL3A 3DELB 1IEJA 3CIJA 3KFMA 4OZ9A 3H6UA 4XXUA 4DDDA 4PQJA 3KSJA 3MVYA 4YKPA 2F35A 2QS2A 3G3JA 2F8DA 2XXIA 1MH3A 1POTA 3BFTA 4JSDA 4NMYA 1MQJA 5AA1A 1A8EA 2F78A 3FVOA 3ONMA 1VE4A 1YAEA 2V84A 3LSXA 4YICA 5F1QA 2XX9A 1GGGA 3IB2A 2NUVA 3E9XA 4FE8A 3H6WA 2Q8JA 3Q29A 3EHSA 3RPWA 1USYH 2B3BA 2P0SA 3E3KA 3QXMA 3OEMA 4KYSA 5KCJA 1CB6A 4U1OA 4HTGA 2Y7IA 2XHDA 3KN7A 3R26A 1SVXB 3G3KA 3VV5A 2E1SA 4LQ2A 3QUFA 4FATA 2A5TA 1FW0A 4YMAA 3TAJA 4L17A 3VVFA 2VD2A 4JBZA 3LSLA 3L6GA 1MRPA 1DTGA 2YLNA 3PUZE 4EXKA 5JTYA 3EHTA 3ILTB 3C34A 1PB7A 4U4XA 1OVTA 4HCYA 4P0IA 3DP6A 1A55A 2HFBA 5H8NA 4IGTA 3C31A 1FQEA 3Q27A 1VFDA 2QS3A 2ALUA 2RC7A 4RK9A 3V83A 3OSRA 2I3WA 2OJTA 5AA3A 2HEUA 4DE8A 3MWBA 3FASA 1US5A 1JEVA 2H9BA 1OVBA 4G8HA 5I56B 1MG1A 3IO4A 5K2XA 3MW0A 4M1VA 5CMKA 4WKMA 1MY4A 1LFHA 4NEDA 3A3UA 4QFKA 3S9LC 3SEXA 1MXWA 1MY0A 2DQVA 4ZE8A 3OO8A 2NXOA 3VVEA 3HN0A 1PB8A 5DVIA 1MPDA 3CFXA 1LGBC 4ELPA 3K6UA 5TU0A 1B3FA 5HM4B 1XC1A 4NF8B 2HZLA 3MZ9A 4OEUA 1URDA 4F22A 3PUXE 5L8DA 3E13X 1MM6A 1MM7A 5AA2D 1XOCA 1MY1A 3TCHA 1Q1KA 1MXZA 2DOJA 3UIFA 4OETA 4POXA 4JSOA 3VLUA 4R2FA 5CI5A 4U2RA 1SW5A 2NOOA 4GQOA 1QUKA 3QAXA 3H4ZA 2I3VA 3MPKA 5L9MA 1B46A 3KEIA 3KJ7A 1P1WA 1SW4A 2D21A 2ONKE 3E4RA 1NNTA 3KN3A 3TCGA 4F2OA 3UA8A 1B4ZA 3KGCA 4ZZAA 1NNPA 3EN3A 1JVYA 3JYRA 3VE1B 2GHBA 1HSJA 4H5FA 3K6VA 3SETA 4KR5A 2UYEA 1KWHA 2W7YA 2Z8EA 4EDPA 4PFYA 2RINA 3K2DA 1D9YA 4KYEA 2B65A 3SDFA 5FHNA 2O7IA 1URSA 1JVXA 4F31B 3TDJA 1Y1MA 1B1HA 1AL3A 1TFDA 5I2NA 2OWSA 4G8MA 4MBPA 2R9JA 1R6ZA 5ISUA 1B51A 4ECFA 3CVGA 2OZZA 3THIA 3GLBA 3TODA 3PUYE 4GIZA 1WODA 4OESA 4OYVA 3H03A 4X1DA 5K2YA 5DTBA 3MBPA 4JWXA 2FYIA 1I6BA 5I58B 2BJJX 2Z8DA 4BDRA 2XXRA 1Y4CA 4LQ5A 3LUYA 1IIWA 4F39A 3KG2A 3MQ9A 1SYHA 1LAGE 5B70A 3CRBA 4G68A 3V8XB 1IXCA 2I0CA 1TFAA 3LC8A 1IITA 1BP5A 1MXVA 3VXCA 3CFLA 1FQAA 4O3CA 5FHMA 1UTBA 5AA4A 5ITPA 1JW5A 4Q0CA 3R6UA 2XXHA 3DP8A 1TWYA 2Z23A 4TQUQ 4X48A 4XKRA 1O7TA 1EU8A 4C1UA 2DXYA 4NF5B 4YAHX 1MH4A 3T22A 1B5IA 5EHMA 4ZE9A 1LB8A 1QKAA 2IEEA 1FCKA 2I4CA 5DVJA 2PX1A 5CMCA 3TYHA 4F3GA 3GZGA 3T66A 2O84X 3IL1B 1IUDA 1DPPA 4F1VA 4ELQA 3IX1A 1MQHA 3RNNA 2V3QA 3KZGA 3QIMA 1B5JA 3L6HA 3RT8A 4JDFA 3C9HA 1GV8A 1ANFA 3W9VA 1LCFA 4OENA 4C0RA 4PFTA 1QKBA 1NKXA 2DP8A 4UACA 2PVUA 3PPNA 3RUMA 3SEYA 1B3HA 4ESWA 3CSBA 3JV9A 3MVZA 4U4SA 3O28A 2XXQA 3WAFA 4OFLA 3C33A 5CMBA 1YCJA 2Y7PA 4YKIA 1XVXA 1XS5A 2Z8FA 1QW0A 4F2QA 3PUWE 1Y3QA 4WEDA 4NF4A 4DXBA 1B5HA 4HW8A 4YB7A 5FHOA 1B05A 1FTKA 1Y9UA 4BLAA 3O2AA 5H8FA 1IQ7A 5H8QA 4F29A 5CRYA 1B58A 2XXPA 1SI0A 1UTHB 5ICQA 5AA2A 1MS7A 1DTZA 4Q30B 4RK2A 3MPLA 2XXYA 4LP2B 4GWOA 2Y84A 4MLVA 4OFJA 4H8IA 2ONSA 3MC2A 1I6AA 3LBSA 1FTOA 1A99A 2UVGA 4Z0IA 3FZVA 3BKIB 3M3LA 1QUIA 1UQWA 1MY2A 3PD9A 2NWJA 4Q8RA 4E0WA 2WKYA 4LZ8A 2O1MA 3K1MA 4ND9A 2VGQA 4H65A 3FXUA 3FXQA 3RQTA 3SERA 1B40A 3MVWA 3Q28A 3VLWA 3OELA 4FORA 4YKJA 2QS4A 3B7DA 4AQ4A 3D4GA 4BDQA 2QSXA 3FVKA 4P11A 3VFJA 3ZKKA 4GLIA 4ZEDA 5LOMA 1Y4TA 3LSFB 4DXCA 4ISUA 5I2KA 3UN6A 4FAJA 4KFQA 4GXAA 4PETA 4NWCA 4MF3A 3UK4A 4LZ5A 4EQ7A 2RKMA 4QSDA 5B7DA 1NH7A 4OQOA 1F9BA 2F6GA 1O64A 4KI0E 3K00A 3FD3A 2Y7KA 2H4IA 1Y3PA 5DEXA 2F6PA 5I59A 1PEBA 1SBPA 4K3FA 2RCBA 2V25A 4ZDMA 3O6IA 5L9SA 5IKBA 3ECRA 3VLVA 4ESXA 1IXHA 4TOZA 4ZEFA 3W15C 1H76A 4R9GA 2RCAA 3OENA 2OWTA 4KCDA 4F3BA 1GR2A 2XD3A 1IZ1A 2QS1A 4LATA 3O9PA 5A5XB 1XT8A 1LAXA 3S9EA 3KOTA 3I6VA 4BDLA 2ONRA 2QPQA 4Q5TA 4BDMA 3M3KA 3MZBA 3T9HB 1TXFA 2VOZA 3BFUA 4R2BA 4JB7A 3O97A 1AOVA 1M5BA 5L9OA 4ELOA 1YTVA 4AB5A 5KDTA 1FTJA 5FTHA 3PUVE 3V89B 4X9TA 4QFNA 1XHYA 1Q35A 3IOTA 5FTIA 2Q2AA 1B3EA 3O6HA 2ZYNA 1H43A 4IO7A 5H8HA 5AE4A 3G3HA 3O29A 1LCTA 2GRVA 1HSEA 4GVOA 1D9VA 5I57A 4ZEIA 3IOWA 3S9NC 4OHNA 1S50A 3DLNA 3B6TA 4ZS9A 4DLDA 4NE4A 3HV1A 3CFZA 3A09A 1IXGA 5TP9B 3MUQA 1MQIA 1Y1ZA 3QYTA 2KLFA 1N0TA 1UIUA 1LB9A 4QHQA 1EZ9A 2HZKA 2ABHA 4LUBA 2NVUB 3MAMA 3T93B 2QMWA 1ATGA 4F1YA 2CZLA 3OO6A 1UIVA 3GBAA 1B6HA 4IO4A 3OSQA 4RJZA 4KQPA 3PMVA 3T9UA 4GD5A 4DCXA 4R74A 1DSNA 4GFRA 3N94A 1MQDA 2V3UA 5KCJB 3TTMA 3ZSFA 3RY3A 2X7QA 4FIMA 3G3IA 5KZTA 5DEXB 3IJXB 3IOVA 3K01A 2DSFA 3N5LA 3IR1A 4U21A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MZ1A 2DWAA 4BDNA 4RA1A 3F11A 1NUZA 3TEPA 4P0GA 2A5TB 1FTMA 4GL0A 2CZHA 1YZ0A 2M8CA 1POY1 3TQLA 4IB2A 4EQBA 4DI4B 1XVYA 3KSXA 5JTYB 4EQ9A 4NF6A 5I5PA 5JEIA 1A7LA 2O69A 4PC9A 2F34A 4R9FA 2PFYA 3H7MA 2Q74A 5H8NB 2PCRA 3ILUB 5EYHA 2F36A 5M2VA 1D4NA 1WDNA 4O3BA 1SW1A 4GWYA 2R71A 2ZYMA 1NI9A 4R6HA 2YPNA 2XXUA 1SPIA 4H6DA 4I9DA 1FQCA 4YMBA 3P7IA 2FNCA 4HXVA 1FBGA 3IORA 1USYE 4HCWA 4MJOA 4GWZA 1I6QA 2O68A 1FBDA 5DYHA 1N3WA 3TTLA 1H3DA 2I0BA 4NHBA 2ESNA 3OO7A 5ESYA 2DWIA 3FVNA 3B6WA 2FVZA 4R6YA 3IJOB 4ZECA 2V93A 2XX7A 3IO6A 3U72A 3FV1A 2AL4A 4IY5A 1B7UA 3NOHA 3H6VA 3U8QA 1II5A 4RXLA 2ZYOA 4H1XA 4ELRA 1S7YA 3BBRA 3FJGA 1KA1A 4EF1A 4G68C 1EYJA 1VSOA 2PMSA 3SKPA 2F5XA 1LBVA 2H98A 3FUZA 4AB6A 4GF8A 3T1BA 2PT1A 3A3CA 2O7UA 4WEPA 1INPA 4G4PA 2E0SA 2Q9TA 3OMBA 5CBSA 4MH5A 3RN8A 1B32A 1URGA 2OWZA 2JJKA 4JVIA 3MJNA 4Z7EA 3O66A 3N26A 5EYFA 4EXLA 3MP8A 1LBYA 4PF8A 1VDWA 5FBPA 2D3IA 3LV0A 3BIGA 1LAFE 4O3AA 4I3YA 1RKMA 5IZ3A 2HQ0A 4N6KA 1PDAA 4ONYA 4PE5B 5EHSA 3S9MC 3PU5A 1VFEA 3PMXA 4QRZA 1JEUA 2GQ1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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