2UVGA

Structure of a periplasmic oligogalacturonide binding protein from yersinia enterocolitica
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
403
structure length
401
Chain Sequence
VNLRMSWWGGNGRHEVTLKALEEFHKEHPNINVKAEYTGWDGHLSRLTTQIAGGTEPDVMQTNWNWLPIFSKDGTGFYNLFSVKEQLDLAQFDPKELQQTTVNGKLNGIPISVTARIFYFNDATWAKAGLEYPKTWDELLAAGQVFKEKLGDQYYPVVLEHQDTLALIRSYMTQKYNIPTIDEANKKFAYSPEQWVEFFTMYKTMVDNHVMPSTKYYASFGKSNMYEMKPWNGEWAGTYMWNSTITKYSDNLTKPAKLVLGPYPMLPGAKDAGLFFKPAQMLSIGKSTKHPQESAMLINFLLNSKEGVELGLERGVPLSATAVTQLRASGVIKDEDPSVAGLNMALELPHKMTTSPYFDDPQIVSLFGDAIQYIDYGQKTVQETAEYFNKQGDRILKRAMR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Specific Recognition of Saturated and 4,5-Unsaturated Hexuronate Sugars by a Periplasmic Binding Protein Involved in Pectin Catabolism.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Yersinia enterocolitica
molecule keywords ABC TYPE PERIPLASMIC SUGAR-BINDING PROTEIN
total genus 147
structure length 401
sequence length 403
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2uvgA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2uvgA02
1MXYA 1R6ZA 4F29A 2GHAA 1HSEA 2XXHA 4JDFA 3KG2A 1ELJA 3GXAA 3TTNA 3OD7A 4GIZA 2REJA 1P1UA 5I2NA 5FTIA 4Q0CA 1GR2A 1N84A 1BLFA 4HCWA 3TODA 3K6XA 5F1QA 5J1DA 4QRZA 3VLVA 4NWDA 4F3GA 2PT1A 4IGRA 5K2XA 1NKXA 3IJOB 3K6VA 3ODBA 3RTFB 3T9HB 2PT2A 1Y3QA 3T66A 5CMKA 4F3SA 1LB8A 3EHUA 5CMBA 4M4GA 3M8UA 5B7DA 2GFEA 2DWJA 3FVNA 3KSJA 5I56B 3ILTB 1P1OA 3H6TA 4ZEBA 1I6AA 1M5BA 1LBBA 3OO6A 3CI8A 5DVIA 1B3GA 5ELVA 4F39A 4U1ZA 1XVXA 1NFTA 2O84X 2OWSA 3SEVA 3PUWE 3FXRA 4F3BA 4EDPA 1FTLA 2E1SA 2BJJX 1A55A 1IUDA 2QMXA 2KLFA 3HPIA 4C1TA 1MY2A 4MBPA 1ATGA 3MZ9A 4YKPA 4DE8A 3BFUA 5BWJA 3MWBA 4NMYA 3E4RA 1LAFE 4L17A 2QJEA 4OFOA 4O3BA 3MAMA 2XXRA 2QS4A 1XOCA 1N76A 4R73A 3IO4A 4N13A 4F31B 3VXCA 3FJGA 1MQDA 1LGBC 4LUBA 4KHZE 4IGTA 3TAJA 3R7XA 5IKBA 3LC8A 4HS7A 2Z8EA 3PV0E 4RA1A 5ITOA 2D21A 3R6UA 2O1MA 3V8XB 3QSLA 5DVJA 1R9QA 4G68C 3KSXA 1M5CA 1UTHA 4R75A 2H4IA 3OO9A 1YPNA 4YMAA 1KWHA 1YCJA 4JXIA 1UIUA 4LATA 3O97A 2R6GE 3U1OA 1MDP1 5DTBA 4OMBA 3VLWA 3CSGA 1ZBMA 1DSNA 1LFGA 1VFDA 5HPQA 3DLNA 4QFPA 3P7IA 4KCDA 3C35A 2V25A 4GF8A 1MM7A 4KYSA 3IB0A 4POXA 2O51A 2PVUA 5AA2A 3H6WA 4IO6A 2R71A 1Y9UA 5CBRA 4JB7A 3ZKLA 1NNFA 3LSLA 1B7UA 2HEUA 1LB9A 1PBQA 2NXOA 1UTBA 2B3FA 3MP6A 4P11A 3K0VA 3MZBA 3OMBA 3FD3A 1QULA 3KOSA 4AB6A 5TU0A 2F36A 3S4UA 4JWOA 1JW5A 4C1UA 5I59A 5K2YA 1O64A 2H99A 1CB6A 2V93A 3IL1B 4EF1A 2HAUA 3F11A 2ONRA 3SEYA 3PPNA 1B32A 2Y7RA 1FQDA 4XTCQ 4R72A 2I3VA 4LA9A 3H6VA 3MC2A 1FCKA 2F7CA 1S7YA 4F19A 1B46A 2OK2A 2OZZA 2F35A 3HHGA 5AA2B 3MVXA 3ZKKA 2DWIA 4OYVA 4ISUA 4Q8RA 3EQ1A 4ND9A 4NF6A 3UIFA 4BDMA 3IORA 3TQLA 1B58A 2HZLA 1XT8A 3A09A 2HQ0A 4U22A 2QS1A 3CG3A 4NF4A 4E0WA 3TTLA 5AE4A 3G3HA 5H8NA 3IK6B 1B3HA 2PBWA 3N6UA 3UN6A 2I3WA 4FAJA 5FHNA 1Q1KA 1HSLA 3K1MA 1EU8A 1MDQA 4OFJA 1QW0A 5I59B 4JWYA 1FTKA 2OLBA 2G93A 1M5DA 4ECFA 3TMGA 3EHSA 2IA4A 5IAIA 1QUKA 4H5GA 3S2VA 1SBPA 2I0BA 4OTEA 4JBZA 4OERA 1IQ7A 1B3LA 1JVXA 1Y1ZA 3R26A 3PGFA 3MUQA 4XKPA 1MH3A 4U1OA 1CE2A 4H0WA 1VFEA 2AL5A 5B70A 2ANJA 3K1PA 2O7IA 3IOUA 2E0SA 4NF6B 3O6HA 4O3CA 4ELOA 5DT6A 2X7QA 3RQTA 4RJZA 2Q2AA 4IO3A 5F7VA 3MP8A 3T96B 4X1BA 1D9YA 5AA4A 4FJPA 1Z7ME 2XXIA 1JW1A 2ONKE 3QUJA 3O28A 5CBSA 4MLVA 1B0LA 3MVWA 1TFAA 1XS5A 2OCUA 1MXVA 4XXUA 5EHMA 3VVEA 3SEXA 1SI0A 1N3WA 4ZZAA 2NVUB 4MLQA 3TDJA 4JSOA 2CMOA 4AB5A 4G2ZA 3FJMA 4H65A 4DXCA 4XIGQ 4YB6A 3RY3A 5CRYA 3D4CA 4OHNA 3PMXA 1S50A 1NL5A 1USYE 4PFWA 3CR9A 4IO4A 1JQFA 2R9JA 3E9XA 3FVGA 1ZU0A 4K3FA 4NF8A 3E3KA 1ZKBA 4U21A 2O7UA 4EUOA 3IR1A 4Q5TA 1LAXA 4OVJA 5AA4B 2XD2A 4LP2B 1GTKA 1GGGA 4NE4A 4RK9A 4TLLB 4BDRA 2X26A 5JTYA 4F22A 3C9HA 3RLFE 2DWAA 3TTMA 3PMWA 2XXQA 3OO7A 5KDTA 1MXXA 2F97A 1NMUA 4LZ8A 1IZ1A 2DE4A 1PB7A 2A5SA 3CSBA 1US4A 3OEMA 2HCAA 1MS7A 3LSFB 3T9UA 3H3GA 5EYFA 4AQ4A 3JZJA 3PUVE 4NEDA 3OOAA 2Q2CA 4QFOA 4G8NA 3EF7A 1USYH 3MW0A 5H8HA 4R2FA 4H8IA 3ONMA 5TP9B 3KZGA 4QFLA 4G77A 3GBBA 3M3LA 1MG1A 3SESA 3SEWA 3RT6B 4GFRA 4NF8B 3KN8A 4RY1A 2O1LA 3WAEA 3B6TA 4EQBA 5KCJA 3L6HA 2QRYA 4YKKA 3W9VA 1IEJA 4FEBA 1R1NA 4KYEA 5I57A 2YJPA 2RC8A 2DP8A 3Q26A 3CFXA 1MPCA 1FQCA 5KDTB 5I2NB 3TCFA 3FV1A 2DXYA 4I1DA 3S9MC 3CG1A 4DIGA 3K00A 4IO7A 1OQGA 4ESXA 3K01A 4X9TA 1FQEA 4KI0E 4MF3A 2RF1A 4R9FA 1N7WA 1SQYA 3CVGA 5H8HB 3TKDA 4GOTA 1B0HA 4WEDA 2Q89A 3MP1A 5LOMA 3G3FA 4XKRA 2DOJA 4ZEIA 5FHMA 2PMSA 4FE8A 4KQPA 5CC2A 1QVSA 3M3FA 3S9EA 1N7XA 2F5XA 5TPAA 1JVYA 2CZLA 4WEPA 5HBCA 1O63A 2P2AA 4UA8A 3QAXA 3FV2A 3HV1A 3IOWA 3K02A 4FIMA 3MVZA 5H8QA 1SDXA 1JEVA 4DXUA 3K4UA 3PD8A 3IOVA 4TLMB 1B5HA 4PETA 2I0CA 2HAVA 1FQFA 1OVTA 5DYHA 4YB7A 1ZJLA 2F78A 3EHTA 5CMMA 4QSDA 2Z23A 3O66A 3IJXB 3O9PA 4DCXA 5L8DA 5EHSA 1LFHA 2XX9A 2I58A 3VDFA 2YPNA 3PPOA 5I58A 3KBRA 3VXBA 2GHBA 2W7YA 1H45A 3LR1A 4GQOA 3RT8A 4QHQA 3H03A 2QMWA 1POTA 4QSEA 3RN8A 1Z7NE 1T0KA 5TPAB 4DXBA 2XXUA 1POY1 3UORA 3OO8A 5A5XA 2H5YA 1I69A 1MPBA 2Q9TA 5H8QB 3A3CA 3G3IA 4BDQA 1JETA 3RPWA 1WDNA 2Z8FA 3U92A 1M5FA 3I6VA 4WXJA 2XX7A 2REGA 1F9BA 4ZEKA 3O6GA 3TUSA 3GBAA 4IY5A 2NWJA 3WAFA 2RCAA 2DSFA 3T22A 1UTHB 3IX1A 2FYIA 3Q28A 1ZTYA 2UYEA 3H6UA 4LZ5A 2Q88A 4ZE8A 4GXSB 5L9MA 4OQOA 2UVHA 4PP0A 1Y1MA 4ZS9A 4F1VA 3G3KA 4X48A 1IXHA 5FTHA 1BTJA 1Y20A 3DELB 3IB1A 2VGQA 1MY0A 4TOZA 1GV8A 5A5XB 3IAZA 2V84A 3FXUA 4F3PA 1LAHE 3B6QA 1B1HA 4U4XA 3U94A 3A3UA 3KN3A 3JYRA 4Z7EA 1PDAA 4R9GA 2I48A 3OXNA 4E0XA 1UTBB 3T9XB 4QF9A 4YAHX 1A8EA 2QS2A 1B7ZA 1B51A 1IXGA 2DS9A 1SI1A 3O2AA 4BLAA 3GLBA 5H8FA 1NNPA 3EPEA 2AL4A 1O7TA 1PB9A 4H1XA 5DVFA 3K1NA 1B5JA 1EZOA 3S9NC 3VVFA 3TELA 3K6WA 2XXWA 4ZDMA 2YLNA 1XC1A 4IY6A 1XHYA 5CI5A 2DE2A 1MQHA 2ZNUA 1UIVA 2O68A 3UK4A 4I62A 1US5A 1B1XA 3IB2A 4EQ9A 3ILUB 1EH3A 4ZECA 4WKMA 3H4ZA 3DM0A 3BBRA 2RKMA 2NUVA 1MXWA 3KN7A 3LUYA 2RC7A 4GVOA 3AXFA 4RPOA 1I6QA 2DYXA 1WODA 5ICQA 3KFMA 4RXLA 2UVIA 4NF4B 4Z0IA 4GRKA 3IO6A 5H8FB 2QL3A 2HFBA 1H76A 2PX1A 5H8NB 1ZMGA 4F2OA 3W15C 2B65A 4ZEDA 3KOTA 4P0GA 3B7DA 3CIJA 1FQBA 1Y3PA 2IEEA 4EQ7A 3JV9A 1AH5A 4LONB 4LZ7A 4OEUA 4YKJA 4ELRA 1LCTA 4FATA 3RUMA 1MY3A 2FNCA 2ZYKA 5CM6A 2XXTA 3OELA 1J1NA 1MPDA 4BDOA 4H67A 3SETA 3FJ7A 4GL8A 5CMCA 4DCYA 1OIBA 2H9BA 1ANFA 1TXFA 4ZEFA 1PEBA 2FA7A 4GWOA 2QS3A 2AIXA 2F8DA 3PD9A 3TTRA 4U4SA 2F7AA 3Q27A 2I49A 1QKAA 1D3KA 2VHAA 3T93B 3QXMA 1MM6A 2UXAA 1H43A 3HCQA 1BKAA 3I3VA 1RYOA 2VD3A 2V3QA 2DQVA 3B6WA 1OVBA 3UA8A 2O69A 4FEDA 4H5FA 4OENA 4OWDA 3OSQA 3ZS6A 4X1DA 1B4ZA 3OEKA 2Q8JA 1Y4CA 3G3JA 3TYHA 1FTOA 5I56A 2VD2A 1FW0A 1OQHA 4F18A 4N07A 2AYSA 5I2KA 3PU5A 3TCHA 1ZLQA 1DPEA 3VVDA 5L9OA 4IO5A 4RNSA 4KFQA 3C31A 3MPLA 2LAOA 4RYAA 1HSJA 4YKIA 5JEIA 3KJ7A 4THIA 2XXYA 4R6YA 3RNNA 1MY1A 1B7HA 3U93A 1P1NA 1B9JA 3TEPA 3PUYE 4IO2A 4QSCA 1R9LA 3HO7A 4LVQA 1S9TA 4IB2A 2ZMBA 2P0SA 2UYFA 1AOVA 3LSWA 1TWYA 2B3BA 3C4MA 5M2VA 5JTYB 3TCGA 3MPKA 3T9VA 1NNKA 2Y7PA 4NTLA 2ABHA 1B2HA 4R2BA 4YB5A 4I8CA 2QSXA 1H3DA 5AA2D 1SYHA 1TFDA 1VR5A 5I2KB 2D3IA 1H44A 2VOZA 1II5A 2DVCA 4FORA 1B3EA 2UVJA 1Q35A 4ESWA 5BUUA 1PBPA 4U2RA 2ALUA 3OENA 1NNTA 4RPNA 5AA3A 1EZPA 2ZNTA 4BDNA 4HW8A 3EN3A 1IIWA 4MH5A 3FVOA 2DVZA 5L9SA 2ESNA 3TFLA 5KCJB 1Y3NA 1ZIUA 1N3XA 5I84A 4M1VA 2THIA 2F6GA 5I57B 1Y4TA 4GD5A 3Q29A 1MQGA 2XXXA 1QUIA 5ITPA 4R74A 2XHDA 4OFLA 1B6HA 1YAEA 4EXKA 4ZE9A 1EZ9A 1NH8A 3N6TA 4G4PA 2DE3A 1SW5A 1LSTA 1URGA 2ZYNA 1MH4A 3VE1B 2Y7KA 4G8MA 4QFNA 2UVGA 4G68A 2ONSA 3ECRA 3O29A 3FGSA 2GH9A 2V3UA 1IXCA 3SDFA 3KEIA 4KCCA 1PC3A 2I6EA 4POWA 5ISUA 4PE5B 1I6BA 1XVYA 2X7PA 2P1SA 1A40A 4HTGA 1B52A 1P1WA 3C32A 1VSOA 4BDLA 1MQIA 1IXIA 1LAGE 2I4CA 1M5EA 3N94A 3C33A 3S9LC 4H6DA 3RTWB 2V3TA 3RGYA 2M8CA 4OESA 4HCYA 3KJTA 3FVKA 3TQWA 3UP9A 4EF2A 1NH7A 2DXRA 3ZSFA 1URSA 1RKMA 3LSXA 2XXPA 1SW1A 3L6GA 2Y7IA 2H98A 2A5TA 1FTJA 3BKIB 1N0TA 4G68B 1LBCA 4YMBA 1B4HA 4YZZA 3SKPA 3QYTA 5ICTA 2H25A 3H06B 1FTMA 2ZXTA 2RC9A 4R6HA 1DTZA 3FASA 4H8JA 4EXLA 3H7MA 1N04A 3HN0A 2PYYA 1AMFA 3SEUA 3QIMA 3M3KA 3MQ9A 3FXQA 2VP1A 4GXAA 1B3FA 4LQ5A 4YICA 4PFUA 5AA1A 4OETA 4OZ9A 3OSRA 5I58B 4GL0A 3MVYA 3CRBA 4GLIA 1P99A 3MJNA 3KGCA 3K2DA 1JW4A 1LCFA 1AIVA 4F2QA 3DP8A 5KZTA 3G7WA 3FATA 2RCBA 1AL3A 2I4BA 1TT1A 4QFKA 2HXWA 3CFZA 2ZNSA 1PB8A 4NF5A 2A5TB 1BP5A 1SYIA 2F34A 2NOOA 3SERA 1GVCA 1QJMA 4C0RA 4N6PA 3V83A 1DPPA 3HHFA 4RK2A 4DZ1A 1A54A 2Z22A 4G8HA 1P1QA 4DDDA 3U72A 3UGWA 2OJTA 2XX8A 3PMVA 2D5WA 3PUZE 2F6PA 3PUXE 4ELPA 2DWHA 1L5TA 3W9WA 1WVJA 3C34A 4XKNA 4YU0A 4ELQA 2RINA 1FQAA 4FECA 2ZYMA 1SW2A 3K6UA 3MZ1A 1OLAA 4Q30B 1D4NA 3Q25A 2F7BA 4R6KA 3QUFA 4KYDA 1UQWA 5DEXA 1VE4A 4UACA 1BIYA 4NF5B 4P0IA 4DLDA 1DTGA 3E13X 3TPAA 1MQJA 3DP6A 2XXVA 4OEVA 1SVXB 1B40A 4F1UA 3PPQA 5JK4A 4KR5A 2Y84A 3U8QA 3VV5A 1D9VA 4PFTA 3CFLA 3MBPA 2G29A 3THIA 2GRVA 2OBGA 4U23A 5HM4B 2Z8DA 4JSDA 5H8SA 3HSTA 3QK6A 1QKBA 2HZKA 1IITA 1OMPA 2OWTA 4PFYA 3LBSA 4PQJA 1JNFA 3FUZA 2Y7WA 3I5OA 4NWCA 1MXZA 2WKYA 5DEXB 1SW4A 3PPPA 4F1YA 4KD5A 4ONYA 3FIRA 3V89B 4O3AA 1RYXA 2XD3A 4JWXA 2O6AA 3N26A 1A8FA 4ZZEA 1OLCA 1A99A 3VFJA 3N5LA 3TZAA 3VLUA 1SD3A 3TTKA 1MY4A 4XKQA 3C36A 3D4GA 4KPTA 1YTVA 3V5AA 3BFTA 3FZVA 1JEUA 1LFIA 1B05A 2QPQA 3IOTA 4OXVA 3GZGA 1DOTA 1B5IA 1MRPA 4TQUQ 3PPRA 5FHOA 5TP9A 1QUJA 1LLSA 3USDA 4I9DA 3DP4A 3O6IA 4MFIA 2ZYOA 3G3GA 4LQ2A 1URDA 1MXUA 1A7LA 1DMBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MXYA 1R6ZA 4F29A 2GHAA 1HSEA 2WBBA 2XXHA 4JVIA 4JDFA 3KG2A 1ELJA 3GXAA 3TTNA 3OD7A 4GIZA 2REJA 3IFAA 1NV5A 2ZZXA 1P1UA 5I2NA 5FTIA 4Q0CA 1GR2A 1N84A 1BLFA 4HCWA 3TODA 3K6XA 5F1QA 5J1DA 1FPKA 4QRZA 2HHMA 5I5PA 4PF8A 3VLVA 4NWDA 4F3GA 2PT1A 5F24A 4IGRA 5K2XA 1NKXA 3IJOB 3K6VA 3ODBA 4GWXA 3RTFB 3T9HB 2PT2A 1Y3QA 4MX6A 3PTYA 3T66A 5CMKA 4O8MA 4NAPA 4F3SA 2XXKA 1LB8A 3EHUA 5CMBA 4M4GA 3KBZA 3M8UA 5B7DA 2GFEA 1G0IA 2DWJA 3FVNA 3KSJA 5I56B 3ILTB 1P1OA 3H6TA 5EQAA 4ZEBA 4HE0A 1FBFA 1I6AA 1M5BA 5ET5A 1LBBA 3OO6A 1NUXA 3CI8A 5DVIA 2VT5A 1B3GA 5ELVA 4F39A 1DCUA 1VDWA 1XVXA 4U1ZA 1NFTA 2O84X 2OWSA 3SEVA 3PUWE 5LDZA 3FXRA 4F3BA 4EDPA 1FTLA 2E1SA 1EYIA 2BJJX 1A55A 1IUDA 2QMXA 2KLFA 3HPIA 4C1TA 1MY2A 4MBPA 1ATGA 3MZ9A 4YKPA 4DE8A 3BFUA 5BWJA 3MWBA 4NMYA 3E4RA 1LAFE 5ET6A 4L17A 2QJEA 4OFOA 4O3BA 3MAMA 2XXRA 2QS4A 1XOCA 1N76A 4R73A 3IO4A 4N13A 4N91A 4F31B 4N6KA 3VXCA 3FJGA 1MQDA 1LGBC 4LUBA 4KHZE 4IGTA 3TAJA 3R7XA 5IKBA 3LC8A 4HS7A 3FXBA 2QVVA 2Z8EA 3PV0E 4RA1A 5ITOA 2D21A 3R6UA 2O1MA 3V8XB 3QSLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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