2UVHA

Structure of a periplasmic oligogalacturonide binding protein from yersinia enterocolitica in complex with saturated digalacturonic acid
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
404
structure length
404
Chain Sequence
EVNLRMSWWGGNGRHQVTLKALEEFHKQHPNINVKAEYTGWDGHLSRLTTQIAGGTEPDVMQTNWNWLPIFSKDGTGFYNLFSVKEQLDLAQFDPKELQQTTVNGKLNGIPISVTARIFYFNDATWAKAGLEYPKTWDELLAAGKVFKEKLGDQYYPVVLEHQDTLALIRSYMTQKYNIPTIDEANKKFAYSPEQWVEFFTMYKTMVDNHVMPSTKYYASFGKSNMYEMKPWINGEWAGTYMWNSTITKYSDNLTKPAKLVLGPYPMLPGAKDAGLFFKPAQMLSIGKSTKHPQESAMLINFLLNSKEGVEALGLERGVPLSATAVTQLRASGVIKDEDPSVAGLNMALELPHKMTTSPYFDDPQIVSLFGDAIQYIDYGQKTVQETAEYFNKQGDRILKRAMR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Specific Recognition of Saturated and 4,5-Unsaturated Hexuronate Sugars by a Periplasmic Binding Protein Involved in Pectin Catabolism.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Yersinia enterocolitica
molecule keywords ABC TYPE PERIPLASMIC SUGAR-BINDING PROTEIN
total genus 137
structure length 404
sequence length 404
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2uvhA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2uvhA02
4RK9A 1B52A 5DVJA 1B1HA 5AE4A 1ZJLA 5AA2B 2E1SA 3T66A 1TWYA 4U4XA 3H3GA 2O51A 4OMBA 4LQ2A 3UORA 3IOWA 4G77A 1NFTA 3W9VA 1BIYA 4DE8A 2FNCA 1I6AA 3LSLA 4ZEBA 3MWBA 4H1XA 2DSFA 3RPWA 3PV0E 2PMSA 2ONKE 2YPNA 4AQ4A 4F3PA 3OENA 3KOSA 1QJMA 3O29A 3O66A 1DPPA 3TCHA 3B6QA 2GHBA 2RCAA 1POTA 2UVGA 2XD3A 2FA7A 2LAOA 5CRYA 2DOJA 4Q0CA 4OXVA 3K2DA 2R9JA 5L9OA 3N94A 1P1QA 2V93A 2XXXA 4GOTA 4NEDA 1LAGE 4MF3A 1IITA 1Q35A 5B70A 1ELJA 3E4RA 3VV5A 1FQAA 3KN7A 4PP0A 1FTMA 4F18A 5EHSA 2Q2AA 1PB7A 2Z23A 1SVXB 1AMFA 5I57B 3MW0A 5DEXB 2O69A 5BUUA 3A3CA 1IIWA 1MPDA 1B05A 3VLWA 1US5A 2G29A 1URSA 5DYHA 2Z8EA 2F35A 1LB9A 1VE4A 2A5SA 3MZBA 5I57A 2O6AA 4PETA 1MY4A 4H67A 2R71A 5DEXA 4YKJA 1GGGA 1UIUA 4P0IA 1MXWA 1S50A 3FVNA 3MVWA 4Q30B 1UTHB 3CFXA 2XXUA 1O63A 1A8FA 4I9DA 4XKPA 4X1BA 5KCJA 3M3FA 1Y4TA 1SYHA 3TODA 3V83A 1B6HA 3OO6A 5CI5A 3G3HA 1UTHA 3PPQA 2ALUA 2DWIA 1TFAA 4F1VA 5ITPA 1CB6A 1JVYA 3ODBA 3PUVE 3W9WA 4G4PA 3E13X 4NF6A 1A99A 3MJNA 5H8NB 4YKKA 1JVXA 4R2BA 4RK2A 5CMMA 2Y7RA 4PE5B 4BDRA 5TPAB 1LGBC 2THIA 4IGTA 4HTGA 4XIGQ 3WAEA 2I4CA 4EQBA 4ZEDA 1JW4A 3U93A 5CBSA 4GXAA 2XXYA 5CC2A 2ONSA 5H8NA 4ELQA 3H6TA 1DTGA 2PVUA 5TPAA 4R73A 3TCGA 4AB6A 3B6WA 4YICA 2WKYA 1RYOA 4IO5A 4F19A 1RKMA 3TQLA 3GBAA 2R6GE 4Z0IA 3SEYA 4E0WA 1YPNA 3K02A 3RTFB 3PD8A 3CG3A 3PD9A 1DTZA 1M5CA 2YLNA 1N0TA 4LUBA 4PQJA 1MXYA 2Y7WA 3DP8A 2OCUA 3C35A 1B2HA 1XC1A 3DP4A 3HCQA 3MAMA 2XX7A 4OFOA 3C34A 4XTCQ 2AIXA 5TP9B 1P1OA 1Q1KA 3H6WA 3OXNA 5JK4A 1P1UA 3LBSA 3JYRA 2O68A 2X26A 2XXTA 2RF1A 3C31A 4HCWA 1T0KA 3IO4A 2ZYOA 3D4GA 2XXRA 4KCCA 3QK6A 1A54A 2F5XA 1I6QA 3N5LA 3TZAA 1EU8A 2I0BA 4ZZAA 3U72A 5FHMA 4YB7A 1JW5A 2BJJX 5M2VA 4U2RA 3IJXB 2OZZA 3FIRA 1NL5A 2H98A 3HHGA 4KCDA 5H8HB 1FTJA 1FQBA 1Y9UA 5ICQA 3H03A 5LOMA 5FHNA 5F7VA 4MBPA 1ZBMA 2XXVA 3PPOA 3K6XA 4LQ5A 1MY3A 2RC7A 4N6PA 3O6GA 4H6DA 1AOVA 4PFUA 3K01A 3KEIA 3ILUB 5H8HA 4G2ZA 2Q2CA 5DVIA 3HN0A 3VLVA 4WKMA 2GHAA 1FQCA 2REGA 1MXVA 4GVOA 3KOTA 4OWDA 2XXPA 1S9TA 5AA1A 3CIJA 3KN8A 2B3BA 4LONB 3RQTA 4I8CA 1SQYA 1QUKA 2DQVA 1JQFA 4G8NA 3TUSA 2VGQA 1TXFA 4XKRA 3TTRA 3UGWA 4KD5A 4H8IA 4EXLA 1H43A 4EQ9A 1OMPA 1SW2A 1US4A 5JTYB 3O97A 2RC9A 1MM6A 4GL0A 1VFEA 5CMCA 4F29A 2ZXTA 1UTBB 1EH3A 3OEMA 2H99A 3BFUA 3C9HA 1YAEA 2M8CA 3Q25A 3QIMA 3QYTA 4H8JA 4G68A 3O6HA 5I2KA 5JTYA 3GBBA 3K4UA 5B7DA 4O3AA 1MQJA 2Y84A 1LFGA 1FTKA 4U1ZA 1UTBA 4H5GA 3OO9A 1FTLA 4ESXA 3PMWA 2ZNSA 4R6YA 2RCBA 2W7YA 3PUXE 1B7UA 3KZGA 3MZ9A 3B7DA 1PB9A 1YCJA 2D5WA 3MZ1A 1MXZA 1MY0A 4NWDA 4DXBA 3FXQA 4TQUQ 1N3XA 3G3FA 4DDDA 1BP5A 4Z7EA 4PFWA 1D4NA 2I4BA 4ZS9A 4AB5A 3G7WA 3MUQA 1YTVA 3SEVA 3K00A 3PUZE 3IO6A 3ONMA 1HSLA 2Z8DA 4RPNA 1FQDA 3K1MA 4TOZA 1Y4CA 4YB5A 3RT6B 2G93A 1FQFA 3L6GA 1N76A 4NTLA 3FJMA 1P99A 5CM6A 2XXWA 3IJOB 3U1OA 1LCFA 4OEVA 2OJTA 2RINA 4KYEA 3RN8A 4EF2A 3G3IA 4F2QA 5L8DA 5EHMA 5J1DA 3LR1A 3PMVA 2A5TB 2I6EA 3EN3A 3TTKA 1JNFA 3MVXA 4O3CA 1MQIA 5CBRA 1B32A 3M3KA 3HO7A 4IO7A 5CMBA 1B0HA 4EDPA 3FXRA 2DWJA 4H65A 1AIVA 3OMBA 1IEJA 2F6GA 2A5TA 2P0SA 4GL8A 2DXYA 4IGRA 1A8EA 1B58A 2DWHA 2ZYKA 4R74A 1LSTA 3IOVA 4EQ7A 3KFMA 4EUOA 1A7LA 4HW8A 3ZKKA 1BLFA 2Z22A 3Q28A 4YZZA 3TTMA 3SETA 1SW1A 3Q27A 3TQWA 4F39A 3HSTA 1J1NA 2H4IA 1XHYA 2NOOA 1AL3A 3EPEA 4HS7A 1VSOA 4IY5A 4OYVA 2O84X 1D9YA 2V25A 4R6HA 3U94A 5KCJB 1GTKA 2OBGA 3LSWA 3O6IA 1SBPA 3L6HA 2PT2A 3TELA 4X9TA 3FV2A 3IX1A 1NH8A 1OLCA 2VHAA 1B3LA 1MG1A 4FORA 2FYIA 2QJEA 3PPRA 2UYFA 3FVGA 4M4GA 4JB7A 2CZLA 4IO2A 4NF6B 4ZDMA 1HSJA 3FZVA 3G3JA 2GRVA 5H8QB 2HZKA 2VD2A 3T22A 5H8SA 2OWTA 5I2NA 1JW1A 3K0VA 3PPPA 1PB8A 1ZLQA 4RJZA 1OVBA 1FW0A 1R9LA 2DP8A 2I0CA 2GH9A 4POXA 4UA8A 2V3QA 4F3SA 1SI0A 1DMBA 3WAFA 2QMWA 2VD3A 5H8QA 4ONYA 2F36A 1B0LA 4R9FA 2QS1A 3SERA 1SDXA 1WVJA 4GRKA 3VVDA 1EZPA 2HAVA 1LFHA 3V8XB 3EQ1A 4OESA 1LBCA 3RY3A 3GZGA 4KYSA 3P7IA 4EXKA 2RKMA 4IY6A 3FVOA 1IXCA 1H76A 1PC3A 1MH3A 1VFDA 1MY1A 3R7XA 3FJGA 1M5DA 2XX9A 2UVJA 3QAXA 5HPQA 2F78A 4GFRA 1R9QA 3CFLA 3OELA 1B4HA 2HCAA 4JWOA 5L9SA 1HSEA 1B4ZA 1F9BA 4ISUA 3TCFA 1QKBA 3IR1A 1B3EA 4Q5TA 4H5FA 4ESWA 1MRPA 3RNNA 3K6VA 1PBPA 3VXBA 3QUJA 1BKAA 3OSRA 1M5EA 2B65A 4XKNA 1Y3PA 2PT1A 2Z8FA 1S7YA 3VFJA 3PUWE 4ELPA 4C1UA 4YKIA 3T9VA 1URGA 5FHOA 4THIA 3EF7A 3OD7A 4NWCA 4QSCA 3QXMA 4EF1A 1MH4A 3MP8A 2O7IA 3C36A 4P11A 4KPTA 2B3FA 1GV8A 2XXIA 3TTLA 2V3UA 3KG2A 4R72A 1MQHA 2X7PA 2H25A 1XVYA 3Q29A 4KR5A 1N84A 4GXSB 1Y20A 1R6ZA 4K3FA 4RPOA 1TFDA 3V5AA 4M1VA 4XKQA 1NH7A 4RY1A 3QSLA 4OHNA 2OK2A 1B3GA 1POY1 3C4MA 3IB2A 3K1NA 3FUZA 2ESNA 4U22A 3GLBA 1QUIA 3UA8A 4IB2A 4DXCA 4LATA 2I49A 3OSQA 1IXIA 3OEKA 5DTBA 3O9PA 5ISUA 4KI0E 1I69A 3UK4A 1OVTA 2X7QA 2F7CA 3KGCA 1NMUA 2H9BA 3UIFA 3I3VA 1B5HA 1ANFA 2QPQA 5KDTA 5IKBA 1MDP1 4ZZEA 1GR2A 1MXXA 3H4ZA 2REJA 1RYXA 1A40A 2NVUB 1IUDA 4OETA 4G68B 2AL5A 2Y7IA 5I2KB 3KJTA 3GXAA 2ANJA 3EHSA 5ELVA 3U8QA 3FXUA 1GVCA 3RT8A 4ND9A 2DS9A 3CG1A 1O7TA 1MY2A 1A55A 3TMGA 2ZNTA 1OIBA 3BBRA 4LZ5A 1QKAA 3G3KA 4G8MA 3T9UA 3VE1B 1H45A 3LC8A 4QFNA 5HBCA 4ECFA 3TPAA 4LVQA 1P1NA 2UVIA 3T96B 3CSBA 2HQ0A 1EZOA 4JWYA 3MVYA 4OFJA 3S9EA 3VVFA 5I59A 3OO8A 4FJPA 2NWJA 1B7HA 4BDQA 2O1MA 1MM7A 1M5BA 2ZYMA 1B51A 4MFIA 2QSXA 2F34A 4GF8A 4ZE9A 3QUFA 1DOTA 4G68C 3F11A 2QRYA 1MQDA 4KYDA 1OLAA 1WDNA 3H06B 3Q26A 1LLSA 4BDMA 2P1SA 4BDNA 3IOTA 2XD2A 3JV9A 3EHTA 2NXOA 1USYE 4FE8A 2XXQA 2DXRA 1MXUA 2HZLA 4FEBA 3I5OA 3S9MC 3RGYA 1XS5A 1Y3QA 2QS4A 4LZ7A 3K6WA 1ATGA 3HHFA 3M3LA 2HEUA 3M8UA 3SDFA 3KN3A 4ZEIA 2HFBA 3D4CA 3VVEA 4ELRA 4F3GA 3HPIA 4IO3A 1Y1ZA 4NF8A 3DM0A 1IXGA 2F8DA 4X48A 1NKXA 4YAHX 3RTWB 1QUJA 1XOCA 4OEUA 1IQ7A 4DLDA 4QSEA 3JZJA 2I48A 3KSXA 4JDFA 1B7ZA 3FJ7A 3H7MA 5AA2A 1SW5A 2V84A 3DLNA 1B40A 5H8FB 3H6UA 1VR5A 1B3FA 4C1TA 1P1WA 1L5TA 4QFLA 2PBWA 2OWSA 3TEPA 2PYYA 1JEUA 4WEPA 1SW4A 4FECA 2DE3A 2H5YA 3PUYE 4GQOA 1UQWA 3MC2A 5H8FA 4WXJA 2Q89A 2QS3A 3K1PA 3IB0A 4YKPA 2DVCA 3HV1A 1UIVA 4QFPA 4JWXA 1N7WA 5DVFA 2KLFA 1MDQA 2V3TA 5AA3A 1QULA 4KFQA 3MPKA 3IORA 4RYAA 1LAXA 3VXCA 4LP2B 4YMBA 5I58B 2I3WA 2F97A 5IAIA 4LA9A 5K2YA 3OO7A 1ZMGA 4F22A 4FEDA 1N7XA 4HCYA 2O7UA 5I2NB 1SYIA 1JETA 4FIMA 1FQEA 3LUYA 3S9NC 3LSXA 3VDFA 3KSJA 4MLQA 5I58A 1MPCA 3TKDA 2QMXA 4F3BA 3UP9A 4OENA 2QL3A 5AA4B 1H3DA 4R9GA 3G3GA 3ILTB 1B9JA 2NUVA 1USYH 3S9LC 5K2XA 3O28A 4E0XA 4KHZE 1WODA 5BWJA 4JSDA 3CSGA 3IAZA 1SI1A 4JBZA 3RUMA 5AA4A 3BFTA 3PU5A 1ZIUA 3K6UA 4QHQA 4U23A 1PBQA 4F1YA 4QFKA 3DELB 5ICTA 1BTJA 4MH5A 4R6KA 3PMXA 4FAJA 3THIA 2XX8A 3R26A 4X1DA 1LAHE 4H0WA 3FD3A 3PGFA 1URDA 4OQOA 4PFYA 1B5JA 1R1NA 1LAFE 3SKPA 4R75A 3MVZA 1B1XA 2ZNUA 1D3KA 4P0GA 1DPEA 4R2FA 4I62A 4DCXA 1B46A 4POWA 2D21A 2UXAA 5DT6A 4N07A 2UVHA 4TLMB 2QS2A 1LBBA 3ZKLA 2VP1A 3C33A 2I58A 3TDJA 1FTOA 1FCKA 3DP6A 4L17A 1Y3NA 4IO6A 2CMOA 3E3KA 4QRZA 3BKIB 1Z7NE 4GWOA 4YB6A 2AL4A 1XVXA 3VLUA 2ONRA 3FGSA 4DIGA 4ZE8A 4DZ1A 4RXLA 2AYSA 3A09A 1NNKA 4I1DA 3CVGA 2IEEA 3MP6A 3EHUA 1II5A 1OQHA 4U21A 5KZTA 1CE2A 1ZU0A 3CI8A 3TTNA 5HM4B 3IB1A 3TFLA 4BLAA 3U92A 3KJ7A 4ZEFA 5TP9A 4DCYA 3FV1A 3I6VA 2Q9TA 1XT8A 3PPNA 2DVZA 4NF5B 1B3HA 4TLLB 1M5FA 3SEUA 3O2AA 1O64A 5FTHA 1MPBA 4OTEA 1ZKBA 5TU0A 1LCTA 1JEVA 4YU0A 2HAUA 3SEXA 2YJPA 5KDTB 3SEWA 4UACA 2ZMBA 1D9VA 4YMAA 3LSFB 3H6VA 3OOAA 5I56B 1H44A 2Y7KA 3ECRA 4NF5A 5FTIA 4OZ9A 4C0RA 2OLBA 5I84A 3MPLA 4WEDA 2ABHA 4KQPA 1EZ9A 3USDA 4OERA 1QW0A 2DE2A 3KBRA 1TT1A 2E0SA 2ZYNA 4NMYA 4OVJA 2XHDA 5CMKA 3MBPA 3TYHA 4NF4B 5I56A 2P2AA 3CR9A 2VOZA 2RC8A 3CFZA 5F1QA 1N3WA 2Q88A 1MQGA 4JXIA 4F31B 2Q8JA 4DXUA 4PFTA 3V89B 4F2OA 2DYXA 4GD5A 3A3UA 3AXFA 3S2VA 3TAJA 1MS7A 2F7AA 4FATA 4NF4A 2O1LA 3N6TA 1LB8A 2Y7PA 1KWHA 3MP1A 2GFEA 4G8HA 1SD3A 1NNFA 5I59B 1IZ1A 1PDAA 1ZTYA 1N04A 3FASA 5JEIA 4ELOA 3E9XA 4XXUA 4RA1A 1IXHA 3R6UA 2UYEA 5A5XB 2I3VA 4O3BA 3MQ9A 1B5IA 2XXHA 4RNSA 1NNTA 3IK6B 5ITOA 3W15C 3RLFE 4BDLA 4QFOA 2DWAA 2F6PA 3IL1B 5AA2D 5A5XA 4ZEKA 1PEBA 5L9MA 3T9HB 3B6TA 1DSNA 4ZECA 4MLVA 4U4SA 4NE4A 4BDOA 3UN6A 3N6UA 1NNPA 2PX1A 4F1UA 4QF9A 1I6BA 4GIZA 2D3IA 3SESA 1AH5A 4GLIA 2DE4A 4JSOA 1Y1MA 4NF8B 3ZS6A 1Z7ME 4Q8RA 3FVKA 4LZ8A 4IO4A 3N26A 2IA4A 1LFIA 3IOUA 4N13A 1QVSA 1OQGA 3C32A 3FATA 3CRBA 3T9XB 2HXWA 3T93B 4QSDA 2F7BA 5EYFA 4U1OA 3ZSFA 4OFLA 3S4UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4RK9A 1B52A 3EKIA 1B1HA 5DVJA 1ZJLA 5AE4A 5AA2B 2E1SA 3T66A 1TWYA 4U4XA 3H3GA 2O51A 4I3EA 4OMBA 4LQ2A 3UORA 3IOWA 4G77A 4X8RA 2Q74A 1NFTA 3W9VA 1BIYA 4P47A 4DE8A 2FNCA 1I6AA 3LSLA 2V4CA 1DK4A 4ZEBA 3MWBA 4H1XA 2DSFA 3RPWA 3PV0E 2PMSA 2ONKE 2YPNA 4AQ4A 4F3PA 3OENA 3KOSA 3IFAA 1QJMA 3O29A 2QFLA 3O66A 1DPPA 3TCHA 3B6QA 2GHBA 2RCAA 1POTA 4GX6A 2UVGA 2XD3A 2FA7A 3KC1A 2LAOA 5CRYA 2DOJA 4Q0CA 4OXVA 3K2DA 2R9JA 5L9OA 3N94A 1P1QA 2V93A 2XXXA 4GOTA 4MJOA 4NEDA 1LAGE 4MF3A 1IITA 1Q35A 5B70A 1ELJA 3E4RA 3VV5A 1FQAA 3KN7A 4PP0A 1FTMA 4F18A 5EHSA 2Q2AA 1PB7A 4GWSA 2Z23A 1SVXB 1AMFA 3PTYA 5I57B 3MW0A 2CEXA 5DEXB 2O69A 5BUUA 3A3CA 1IIWA 1MPDA 1B05A 3VLWA 1US5A 2G29A 1URSA 4OVTA 5DYHA 1FPLA 2Z8EA 2B4MA 2F35A 4JVIA 1LB9A 1VE4A 2A5SA 3MZBA 3SZPA 5I57A 2O6AA 4PETA 1MY4A 4H67A 2R71A 5DEXA 4YKJA 1GGGA 1UIUA 1IMBA 2P3NA 4P0IA 1MXWA 1S50A 3FVNA 2ZZWA 3MVWA 1G0IA 1UTHB 4Q30B 3CFXA 2XXUA 1O63A 1A8FA 4I9DA 2DDKA 4XKPA 4MHFA 4X1BA 5KCJA 3M3FA 4N4UA 3RYDA 1Y4TA 1SYHA 3TODA 3V83A 1B6HA 3OO6A 5CI5A 3G3HA 1UTHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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