2UVJA

Structure of a periplasmic oligogalacturonide binding protein from yersinia enterocolitica in complex with trigalacturonic acid
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
404
structure length
404
Chain Sequence
EVNLRMSWWGGNGRHQVTLKALEEFHKQHPNINVKAEYTGWDGHLSRLTTQIAGGTEPDVMQTNWNWLPIFSKDGTGFYNLFSVKEQLDLAQFDPKELQQTTVNGKLNGIPISVTARIFYFNDATWAKAGLEYPKTWDELLAAGKVFKEKLGDQYYPVVLEHQDTLALIRSYMTQKYNIPTIDEANKKFAYSPEQWVEFFTMYKTMVDNHVMPSTKYYASFGKSNMYEMKPWINGEWAGTYMWNSTITKYSDNLTKPAKLVLGPYPMLPGAKDAGLFFKPAQMLSIGKSTKHPQESAMLINFLLNSKEGVEALGLERGVPLSATAVTQLRASGVIKDEDPSVAGLNMALELPHKMTTSPYFDDPQIVSLFGDAIQYIDYGQKTVQETAEYFNKQGDRILKRAMR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Specific Recognition of Saturated and 4,5-Unsaturated Hexuronate Sugars by a Periplasmic Binding Protein Involved in Pectin Catabolism.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Yersinia enterocolitica
molecule keywords ABC TYPE PERIPLASMIC SUGAR-BINDING PROTEIN
total genus 137
structure length 404
sequence length 404
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2uvjA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2uvjA02
3TKDA 1N3XA 3O97A 1BKAA 2Q2CA 5DVFA 1ANFA 1N84A 4JBZA 3FVOA 4IY5A 3I5OA 4F22A 2R6GE 2E1SA 3EHTA 4EDPA 4Q30B 3TDJA 1OIBA 1UTHB 5BUUA 4FATA 1WDNA 2O6AA 4O3CA 2XHDA 3CI8A 3PPRA 2ANJA 3C34A 3KEIA 4OFLA 3V83A 4F3PA 1Y3PA 5IKBA 1T0KA 4AB6A 4MBPA 3OO7A 1OLCA 4ZE9A 1H3DA 2H99A 3K1MA 5H8HB 4IGTA 2HAVA 3R26A 1LBCA 5CM6A 4BDRA 2W7YA 1AIVA 1B40A 5DVIA 4F19A 2PX1A 3EHUA 4TLMB 1USYE 3HO7A 2GRVA 5J1DA 4R9FA 1QULA 1LBBA 2Y84A 1N04A 1MM6A 1RYXA 4GL8A 1Z7NE 4JB7A 4UA8A 4EXLA 2Q88A 1UIUA 3SEVA 3JZJA 3LBSA 2OWSA 1TT1A 3TELA 3L6GA 2PBWA 3OO9A 5I58A 4O3BA 3RTFB 4K3FA 5ITPA 3A09A 2OLBA 4U4XA 5DT6A 1L5TA 1H43A 1QKBA 5DYHA 3SETA 2Q2AA 1QKAA 3KJ7A 1MH4A 1B4HA 1R9QA 1USYH 2UYFA 3KN7A 5I56B 3QIMA 1FQEA 2V25A 2Z22A 4GRKA 1PBQA 3TPAA 3LSXA 1A8FA 2M8CA 3RLFE 1NNKA 1B5JA 4R74A 2DYXA 1JW5A 4DCYA 4TOZA 1B5IA 3FZVA 2RCBA 2I6EA 3T93B 4GOTA 2Q8JA 4OZ9A 5I2KA 1TWYA 5KDTB 2D5WA 2UXAA 2DXRA 1FQAA 3VVEA 3CFXA 4H8JA 1B05A 5H8NA 3PGFA 3UGWA 2ABHA 3B6QA 5EYFA 5H8QA 2R9JA 4G8NA 1GVCA 3H6UA 4YAHX 1IUDA 1DPEA 1LCTA 1AL3A 2ZMBA 4JWYA 4OMBA 2ONRA 4NF6B 4R73A 1VFEA 2RKMA 4F2QA 4F2OA 1VFDA 4FEDA 1ZTYA 1MPBA 1MXUA 4PFWA 1B46A 3BFTA 1MPDA 1B7HA 4XKQA 1OQGA 5TPAA 3O29A 4LP2B 1S9TA 3QSLA 4R75A 3MVYA 4LZ5A 2Y7WA 4OFOA 3M3KA 2ALUA 3FJMA 2HZKA 2HFBA 4I9DA 4PFYA 2AL4A 3DLNA 1TFDA 2V3UA 1MXVA 5JK4A 1WODA 2Z8FA 4QRZA 2H9BA 4OERA 4OWDA 1EZPA 3Q26A 1N7XA 3FVGA 4QF9A 3CRBA 4F1UA 2F34A 4DCXA 4ELQA 1LFIA 5HM4B 4IO6A 4YB6A 4JXIA 4PFUA 3K2DA 1B58A 3K6WA 1B3LA 5H8FA 4U2RA 4QHQA 2P2AA 3MVXA 4H8IA 1OLAA 5CRYA 4ELOA 1TXFA 4ZE8A 2O69A 1A55A 4NEDA 1FW0A 3C36A 3PD9A 3PUYE 4F39A 1M5BA 2OJTA 4XKPA 3UORA 4E0XA 1M5DA 2YPNA 3FV1A 5I59A 2X7QA 3PUXE 4MFIA 2XXXA 1M5EA 1NL5A 1SW4A 4GQOA 3CIJA 4DXBA 1EU8A 3V89B 1IXGA 4ZEKA 3ZKLA 3MPKA 1H45A 2I58A 3CVGA 3OENA 3WAEA 1P1UA 3KJTA 4DXUA 3GZGA 5AA2B 1MQIA 3N94A 2A5TB 5CC2A 1F9BA 3RT6B 4QFPA 1H44A 2QRYA 1IEJA 1JQFA 4BDNA 1A8EA 1IIWA 2OBGA 3S9LC 4H0WA 5H8NB 2DE3A 5H8QB 3K6XA 2XXTA 1QJMA 2B65A 4OQOA 3P7IA 2O7UA 3PPPA 2VOZA 1XS5A 4O3AA 1B1XA 2DP8A 3FASA 3O6GA 4IY6A 4ZECA 3EF7A 1B1HA 2DE2A 3LSWA 3TCHA 2HEUA 4G68B 1MQGA 3SDFA 4NF5A 4GLIA 3TAJA 4I1DA 1ELJA 2O1MA 4GXAA 3QXMA 4Q0CA 5AE4A 4U1OA 4BDOA 3HV1A 1B9JA 4H1XA 5L9MA 3E4RA 2DWHA 2O84X 2DOJA 1P1QA 1R9LA 4FE8A 4PP0A 4YKJA 1AOVA 2THIA 1R6ZA 4KPTA 1Y1ZA 4YB7A 1QUJA 1B3HA 2NXOA 4YU0A 4F1YA 4DLDA 4KQPA 4EQBA 3MP8A 3OO8A 1JVYA 3MWBA 2F8DA 2ESNA 4JSDA 3KOTA 2IEEA 4H5GA 1ZKBA 4NF8A 2UVHA 2VD2A 3VLVA 5CMCA 4HCWA 3TCGA 4JWXA 5H8FB 3U94A 3BKIB 1LAHE 3OMBA 2H5YA 1MDP1 1O63A 4KCCA 3D4GA 5ICQA 3GXAA 2OK2A 3DELB 4HW8A 2Q89A 1VE4A 1IXIA 1HSJA 3TODA 2REJA 3OD7A 5L9OA 5AA3A 4XTCQ 5AA2D 1SI0A 4C1UA 3G3KA 5I2NA 5I59B 2GHAA 3ILUB 3PPQA 3DP4A 1LFGA 4MH5A 4X1BA 3K02A 2PYYA 4MF3A 1FTMA 3RN8A 5ICTA 1JNFA 1M5FA 3U1OA 2F6GA 4OYVA 5F1QA 1Y4TA 1JEVA 1QW0A 2F36A 5TU0A 1MQDA 2REGA 4FEBA 3S2VA 1MXYA 3DP6A 3T96B 3KN3A 3RNNA 3UA8A 3O66A 3FJGA 5L9SA 3Q29A 2NWJA 1HSEA 3H6TA 4GVOA 4RK9A 5FHNA 1B3EA 4ELRA 3FXUA 3N26A 3M8UA 1O64A 3IOVA 2BJJX 1DMBA 2OZZA 4R2BA 4WEDA 3TTMA 3S9MC 2AIXA 2GHBA 5A5XA 4PQJA 4LZ8A 1PBPA 3U92A 3HSTA 5M2VA 3TQWA 1Y3NA 5EHSA 2OCUA 5CI5A 4POWA 1MXXA 3H7MA 3HN0A 4BLAA 2G29A 1MRPA 4DXCA 3IO6A 4LZ7A 3IB1A 1POTA 2VP1A 4H67A 4HCYA 3B6WA 1MH3A 1XVXA 1IZ1A 3OSQA 4M1VA 4FECA 1MM7A 1LB9A 4U22A 2QS3A 3BFUA 1HSLA 2A5SA 5I57B 3LR1A 3G7WA 1B51A 4ND9A 2UVGA 4P0IA 3MVWA 4X48A 3QK6A 4YKKA 2DVZA 3PUZE 1B2HA 5CMBA 4NF4B 2XX8A 4R6KA 4UACA 5FHMA 4LONB 1MS7A 2X7PA 1GTKA 2YJPA 3S4UA 5I2NB 2HXWA 4P11A 1PB9A 4U21A 1FQFA 3H03A 4MLQA 1N7WA 5DEXA 4QFNA 5KCJA 3VLUA 2Z8EA 3PMXA 1JETA 2NUVA 3ONMA 3K1PA 3JYRA 3CSGA 2O68A 3RQTA 4YMAA 3KOSA 4N07A 1YAEA 3K4UA 2HQ0A 2XXUA 2XXPA 4KYDA 1UQWA 1YTVA 1S50A 2H25A 4IO5A 3TYHA 4PETA 2UVJA 5AA4A 4P0GA 3SKPA 2QL3A 1EH3A 4OEVA 4I8CA 3K0VA 1LAFE 1ZU0A 1PB8A 2B3FA 5ELVA 1PB7A 1MXWA 1J1NA 1I6AA 4F3BA 1Y3QA 1XC1A 5F7VA 4YZZA 4IB2A 1DPPA 1XHYA 2P0SA 2RC9A 1LCFA 1NNFA 2ZNSA 3T9XB 4F1VA 1LGBC 2DSFA 5L8DA 4IO3A 3IORA 4R72A 4R6HA 3U8QA 2RINA 1NFTA 1D9YA 5I84A 1CE2A 2DWAA 1FTOA 2F35A 3R7XA 2QSXA 3PPNA 3IO4A 4AQ4A 5CMMA 5I58B 1B6HA 3RY3A 4Q8RA 4YKIA 3L6HA 3TMGA 3FD3A 3H6WA 2O1LA 1JW1A 5FTIA 3Q27A 4ELPA 4EUOA 4GFRA 1NNPA 4G4PA 1DTGA 3TTRA 1D4NA 3HCQA 1EZ9A 1Y20A 3TFLA 1LLSA 4GD5A 2E0SA 5JTYA 3IJOB 2F78A 4RA1A 3TEPA 4EXKA 2VHAA 3MC2A 3A3UA 1PDAA 3C35A 3H6VA 3ODBA 3B6TA 5K2XA 4KI0E 4H6DA 5FTHA 3W15C 3K1NA 3UK4A 4R2FA 2V3TA 5I2KB 4ISUA 1EZOA 5DTBA 3KGCA 5DEXB 3C32A 5KCJB 2OWTA 4XXUA 3IAZA 1MDQA 4JDFA 2O51A 2LAOA 3CG1A 3MW0A 3IL1B 1DOTA 3Q25A 1R1NA 3Q28A 1NKXA 1Q35A 1PC3A 3TTNA 3QAXA 1UTHA 2FYIA 4G77A 1BLFA 1SDXA 3IX1A 1CB6A 1QVSA 3PU5A 2F7CA 3MPLA 1II5A 5AA4B 4OFJA 5TPAB 1M5CA 2HAUA 3KFMA 4I62A 3T9UA 4N6PA 5H8HA 4WKMA 4THIA 1FCKA 1OMPA 4ZEIA 1B0LA 3V5AA 4FAJA 3DM0A 4HTGA 1SW1A 3QUJA 1FQDA 1SYHA 3SEYA 3WAFA 3I6VA 1S7YA 4QFKA 4G8MA 3DP8A 1BTJA 3MP1A 3KSXA 4QFLA 2ZXTA 4ZEBA 4XKRA 3EN3A 4ESXA 4HS7A 1I6QA 2QMXA 1GR2A 4LUBA 3UIFA 2I3WA 1OVTA 4KR5A 5LOMA 4ONYA 1RYOA 2XXVA 5ITOA 4NMYA 1OVBA 2XXRA 1D3KA 2XXIA 1N3WA 2KLFA 1Q1KA 2CMOA 4GL0A 4KCDA 4YB5A 4YMBA 5DVJA 3S9EA 3HPIA 4ZZAA 3ZSFA 1YPNA 4X9TA 3IJXB 5EHMA 3MUQA 4EF2A 2I49A 1MXZA 2H4IA 4IGRA 4C0RA 3E3KA 3G3FA 4Z7EA 5IAIA 3ECRA 3CSBA 1QUIA 4C1TA 3VVFA 5KDTA 3RT8A 1PEBA 1ZBMA 1OQHA 4RY1A 1MPCA 1NNTA 2ZYKA 2I0BA 1MQJA 3MJNA 4XKNA 3THIA 1IXCA 1SW2A 4GF8A 3FXQA 3KN8A 4TQUQ 1NH8A 1URSA 3O28A 4QFOA 2AL5A 2YLNA 1ZLQA 3IR1A 4NF6A 3S9NC 3GBBA 3T9HB 4EQ7A 2NVUB 3ZKKA 4GWOA 1P99A 4OXVA 4IO7A 1MY1A 3UP9A 3OO6A 1B32A 4NF5B 5BWJA 1IQ7A 1FTLA 4GXSB 3K6UA 4MLVA 4ESWA 3VFJA 3MAMA 5HBCA 3FGSA 3FJ7A 3M3FA 4EF1A 2ONKE 1MY4A 3ILTB 4DZ1A 3MP6A 1GGGA 3KG2A 4F29A 3VLWA 2XXWA 3AXFA 1LAGE 1MY2A 4ZEDA 3SEUA 3PMVA 3K00A 2GH9A 3VV5A 4BDLA 2Z8DA 2ZNTA 2F7BA 1SBPA 4RNSA 1B0HA 4OTEA 2RCAA 1LB8A 2B3BA 3H06B 1Y4CA 3SESA 1TFAA 4NF8B 2HZLA 4G68C 2I4BA 1Y1MA 2H98A 3BBRA 3TZAA 3LSFB 1XOCA 3SEXA 4R6YA 5ISUA 3R6UA 1N76A 5JEIA 3D4CA 4ZDMA 2ONSA 3E9XA 5CBSA 4XIGQ 2RC8A 1P1WA 4PFTA 1JW4A 1I69A 4Z0IA 3CFLA 4R9GA 2R71A 2DVCA 4X1DA 3V8XB 3OELA 4DIGA 4IO2A 4OHNA 1US4A 2ZNUA 3G3HA 2XXYA 1US5A 3T9VA 4L17A 1FQBA 3W9WA 3TCFA 2QS2A 3GLBA 5AA2A 2RC7A 3VVDA 2D21A 2A5TA 2I0CA 4OENA 2VGQA 3C9HA 5B7DA 3C31A 2QMWA 5FHOA 1SYIA 5HPQA 4LQ5A 5TP9A 1VSOA 3PUWE 4ZEFA 3G3JA 3MVZA 4BDQA 2DWIA 3RGYA 3GBAA 3B7DA 1FTKA 2QS4A 1B3FA 1A7LA 4JWOA 1AMFA 4G68A 2VD3A 3W9VA 5CBRA 4G8HA 5A5XB 4LATA 4M4GA 3F11A 2UYEA 1B7UA 2DS9A 3CR9A 3H3GA 3FIRA 2PVUA 3G3GA 3HHGA 2G93A 4YKPA 2GFEA 2F7AA 2AYSA 4KHZE 4RPNA 4E0WA 4LA9A 5K2YA 4H5FA 1P1OA 1B4ZA 1KWHA 4QSEA 3E13X 3MZ9A 4QSCA 2Y7KA 4DE8A 4DDDA 2FNCA 4N13A 3IOTA 3I3VA 1NMUA 2XXQA 3LC8A 1A40A 2CZLA 1B5HA 2F6PA 1N0TA 3OOAA 3JV9A 4RPOA 1XVYA 3KZGA 3RTWB 3QYTA 2I4CA 1FTJA 2Y7RA 4BDMA 3IB0A 1NH7A 2V93A 2QS1A 3LUYA 1RKMA 3KBRA 4FORA 2WKYA 3FXRA 1LFHA 3QUFA 2XXHA 3FV2A 3IB2A 1UTBA 4NWCA 3C33A 1URDA 4ZS9A 1MY0A 3IK6B 3U72A 5CMKA 2D3IA 5H8SA 2I3VA 1XT8A 3FUZA 3CFZA 1A99A 2F97A 1B7ZA 3IOUA 4ZZEA 3LSLA 4EQ9A 5KZTA 4JSOA 3A3CA 3N6TA 2Z23A 3MZBA 1URGA 1H76A 2F5XA 4KFQA 3G3IA 4NTLA 4Q5TA 1MQHA 3TUSA 3VXCA 1Z7ME 3VXBA 3USDA 3C4MA 4IO4A 2X26A 2NOOA 3O6HA 3SEWA 3RPWA 2DE4A 4ECFA 2PMSA 3HHFA 3OEKA 1GV8A 1JVXA 1I6BA 3O9PA 4GIZA 4LVQA 4YICA 4F3SA 2P1SA 5TP9B 1SVXB 3T22A 1Y9UA 3MQ9A 3PMWA 1LSTA 4OESA 2Y7PA 3FVNA 4OETA 1ZJLA 2DQVA 1LAXA 2ZYMA 4POXA 4OEUA 3FVKA 3VE1B 2ZYNA 2FA7A 2ZYOA 5B70A 3O2AA 2Q9TA 1ATGA 3ZS6A 1A54A 4WEPA 1SI1A 3CG3A 4RXLA 3KSJA 1UIVA 3N6UA 1YCJA 4RK2A 4F18A 4H65A 2O7IA 2DXYA 4U1ZA 5AA1A 2XX9A 3FATA 1WVJA 3K01A 2XX7A 1P1NA 1QUKA 3EQ1A 1SD3A 3EPEA 3OSRA 2DWJA 4TLLB 2QPQA 3RUMA 4RYAA 2QJEA 1IITA 4NWDA 3M3LA 4G2ZA 1IXHA 3TQLA 3PUVE 4WXJA 2HCAA 1MY3A 3K6VA 1BIYA 1DSNA 1VR5A 5I57A 2V3QA 3H4ZA 4F31B 4QSDA 3SERA 1SW5A 3PV0E 1JEUA 1ZIUA 3TTLA 1SQYA 4LQ2A 3MZ1A 3IOWA 5I56A 2RF1A 4KYSA 4RJZA 4OVJA 1B3GA 2Y7IA 1DTZA 2XD3A 3O6IA 3OXNA 3VDFA 1UTBB 4NE4A 1MG1A 4NF4A 4FIMA 3PD8A 3EHSA 5JTYB 4KD5A 4PE5B 2PT2A 2UVIA 1FQCA 4AB5A 4U4SA 1O7TA 3OEMA 2PT1A 2I48A 3TTKA 3PPOA 1POY1 3UN6A 1ZMGA 4KYEA 3N5LA 1AH5A 4FJPA 2V84A 4F3GA 4U23A 2IA4A 3T66A 1BP5A 2XD2A 3U93A 1B52A 1D9VA 3MBPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TKDA 1N3XA 3O97A 4GX3A 1BKAA 2Q2CA 2Q74A 5DVFA 1ANFA 1N84A 4JBZA 3FVOA 4IY5A 3I5OA 4F22A 2R6GE 2E1SA 3EHTA 4EDPA 4Q30B 3TDJA 1OIBA 1UTHB 5BUUA 4FATA 1WDNA 2O6AA 4O3CA 2XHDA 3CI8A 3PPRA 2ANJA 3C34A 3KEIA 4OFLA 3V83A 1DBZA 1LEVA 4F3PA 1Y3PA 5IKBA 1T0KA 4AB6A 4MBPA 3OO7A 1OLCA 2WBBA 5FBPA 4ZE9A 1H3DA 2H99A 3K1MA 5H8HB 4MHFA 4IGTA 2HAVA 3R26A 1LBCA 5CM6A 4BDRA 4PBQA 1NV4A 2W7YA 1AIVA 1B40A 5DVIA 4F19A 2CZIA 2PX1A 3EHUA 4TLMB 2XWIA 2XA5A 1USYE 3HO7A 2GRVA 5J1DA 4R9FA 1QULA 1LBBA 2Y84A 1N04A 4P1EA 1MM6A 1DCUA 1RYXA 1FPLA 4GL8A 1Z7NE 4JB7A 4UA8A 4OANA 4EXLA 2Q88A 1UIUA 5ET7A 3SEVA 3JZJA 3LBSA 2OWSA 1TT1A 3TELA 3L6GA 2PBWA 3OO9A 5A5LA 5I58A 4O3BA 3RTFB 2B4MA 4K3FA 5ITPA 3A09A 2OLBA 4U4XA 4N6KA 5DT6A 1L5TA 1H43A 1QKBA 4NF0A 5DYHA 3SETA 2Q2AA 1QKAA 3KJ7A 1MH4A 4GWYA 5DW8A 1B4HA 1R9QA 1USYH 2UYFA 2MKZA 3KN7A 5I56B 3QIMA 1FQEA 2OX3A 2V25A 1FBDA 2Z22A 4GRKA 1PBQA 1RDXA 3TPAA 3LSXA 1A8FA 4JVIA 2M8CA 3RLFE 1NNKA 1B5JA 4R74A 2DYXA 1JW5A 4DCYA 4TOZA 1B5IA 3FZVA 1IMFA 2RCBA 2I6EA 3T93B 4GOTA 2Q8JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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