2V3QA

Serendipitous discovery and x-ray structure of a human phosphate binding apolipoprotein
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
376
structure length
376
Chain Sequence
DINGGGATLPQKLYLTPDVLTAGFAPYIGVGSGKGKIAFLENKYNQFGTDTTKNVHWAGSDSKLTATELATYAADKEPGWGKLIQVPSVATSVAIPFRKAGANAVDLSVKELCGVFSGRIADWSGITGAGRSGPIQVVYRAESSGTTELFTRFLNAKCTTEPGTFAVTTTFANSYSLGLTPLAGAVAATGSDGVMAALNDTTVAEGRITYISPDFAAPTLAGLDDATKVARVGKGVVNGVAVEGKSPAAANVSAAISVVPLPAAADRGNPDVWVPVFGATTGGGVVAYPDSGYPILGFTNLIFSQCYANATQTGQVRDFFTKHYGTSANNDAAIEANAFVPLPSNWKAAVRASFLTASNALSIGNTNVCNGKGRPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Tandem Use of X-Ray Crystallography and Mass Spectrometry to Obtain Ab Initio the Complete and Exact Amino Acids Sequence of Hpbp, a Human 38kDa Apolipoprotein
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
molecule keywords HUMAN PHOSPHATE BINDING PROTEIN
total genus 116
structure length 376
sequence length 376
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF12849 PBP_like_2 PBP superfamily domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2v3qA02
3.40.190.260 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 2v3qA01
4H6DA 4XKQA 2UVHA 3OMBA 3FASA 1L5TA 2RC7A 3OSQA 1HSLA 3EHSA 4X48A 1A54A 3RGYA 1H45A 4OERA 1A40A 3RPWA 2O68A 2O84X 3IJOB 3PGFA 3R6UA 3T96B 4KYEA 3TDJA 1MY2A 1EZ9A 1US5A 3T9HB 2VGQA 1A8FA 4QHQA 5CMMA 3W9WA 4OWDA 4H5FA 1B7HA 3KSJA 3TCGA 1QUKA 4H1XA 4QFKA 3OO7A 3OO6A 3BFUA 3SEUA 4BDRA 4RK2A 1NNPA 2GH9A 1Q1KA 3DLNA 3TFLA 3LUYA 2A5SA 3GBBA 1B3LA 1NNTA 5H8NB 1VFDA 2ABHA 3LSWA 1ZKBA 2AIXA 1SW5A 3FXUA 4U23A 1RYXA 4X1DA 2YLNA 3K0VA 4R6KA 3SDFA 1ZBMA 2ESNA 3OENA 2F36A 1PEBA 1TFDA 4HS7A 1Y3PA 5B70A 4QSDA 5CI5A 4ZEFA 3TTKA 3CVGA 4IO7A 5ISUA 4GWOA 2LAOA 1KWHA 4Z7EA 4RPNA 3MZ1A 3CRBA 4F3GA 1RKMA 4I62A 2H99A 4H8IA 4OESA 3C32A 4F3SA 1QULA 3PUWE 3DM0A 2HXWA 5FHOA 3VV5A 3W9VA 3S9MC 4Z0IA 1P1QA 4XKRA 4NF8A 3QIMA 5JEIA 1T0KA 3KGCA 3M3LA 1UIVA 1DTGA 1EZOA 3IOVA 3TYHA 4RPOA 4YKKA 2DP8A 1AOVA 3U1OA 3QYTA 1LSTA 5FHMA 4OXVA 4YB5A 1JVXA 2UXAA 3LC8A 3UN6A 4C0RA 4AQ4A 4MH5A 4LVQA 4EQ7A 4FE8A 5FTIA 3TEPA 1N0TA 1FTMA 4KCCA 2X26A 1TWYA 1D9YA 1J1NA 1SW1A 2ZXTA 2ONKE 2XXXA 3B6QA 3V8XB 5DVFA 5L9SA 3DELB 3H4ZA 1EU8A 3TAJA 4IB2A 2V84A 1ZMGA 2Q2AA 1B3HA 2I0BA 5CMCA 1GR2A 4RNSA 1MQHA 2DE4A 5I59A 1H44A 2O69A 4ELQA 4QFLA 4OETA 1JW5A 2O1MA 2Q9TA 1N3XA 1SDXA 1NMUA 1BP5A 4L17A 1B4HA 2Q8JA 3K2DA 4YKPA 2Y84A 4G77A 3EF7A 3IK6B 4U4SA 1IZ1A 2ZNTA 4ZE9A 2OCUA 1GVCA 1AH5A 4ZEDA 4N07A 1BKAA 4XKNA 3N94A 3DP8A 5H8FA 1MG1A 1FQEA 2UYEA 1MY1A 2P2AA 4IO6A 3TCHA 2OLBA 5ITPA 2REGA 4RY1A 2F7BA 4U22A 3VDFA 4F2QA 3L6HA 3THIA 5I2KA 5I84A 1DPEA 3H7MA 1ELJA 2PBWA 4NTLA 1I6QA 5BWJA 1N76A 1Y4CA 2XXWA 1LAHE 3A3UA 4OTEA 4Q5TA 4P11A 2XXRA 2HZKA 4RJZA 3EN3A 1B32A 4LATA 3HV1A 3FXQA 5KDTA 2H9BA 3HHFA 3M8UA 4ZE8A 3FVGA 4WXJA 1B58A 3HCQA 2QPQA 2Q88A 4YZZA 1P1NA 5DVJA 3VVFA 4LUBA 5JTYA 4OENA 4ONYA 3ONMA 3UK4A 1IUDA 1D4NA 1Z7NE 2F35A 2RCBA 1MDQA 1PB7A 5I57A 2OWTA 1IITA 4NF5B 2Y7RA 4YICA 1OMPA 2A5TB 2M8CA 3FVKA 3T9VA 1MQJA 2RC9A 1EZPA 2PX1A 3Q26A 3SETA 3N26A 4RK9A 2I4BA 2QRYA 2REJA 2I3VA 3TODA 3C34A 4U1OA 4G8MA 1SYHA 1B5JA 3Q27A 3Q28A 4G2ZA 4EF2A 1B40A 4YB7A 4GD5A 3CIJA 2XHDA 5FHNA 3VLWA 2HZLA 4NF4B 1SQYA 1SI1A 3GXAA 1Y3QA 3D4GA 4U2RA 1LFGA 3VLUA 2O6AA 4JBZA 1JW1A 1FQBA 4P0IA 2Z8EA 4ZECA 1MY4A 3PUXE 3ZKLA 2GHBA 3EHUA 1N3WA 4YKJA 3A3CA 4M1VA 4IO4A 4XXUA 1POY1 2F7CA 1N84A 3ILTB 3KOTA 2QMWA 3QUJA 5B7DA 4TLLB 1UTBA 4R9GA 5EHMA 3HPIA 3C36A 4MLVA 4WEPA 1NFTA 2RKMA 2DE3A 5H8HA 2PT1A 2I58A 3E13X 2XXQA 3B6WA 3TQLA 4F39A 3TTLA 4OHNA 1P1OA 2Y7KA 3KN7A 1M5FA 1WDNA 5A5XA 2NWJA 1PC3A 3ECRA 1A7LA 2H4IA 3D4CA 3PMVA 4XIGQ 3PPQA 2O7IA 2OZZA 3T9UA 3QUFA 3M3FA 2YPNA 1B6HA 3GLBA 3HO7A 3JYRA 1S7YA 2QL3A 3C31A 4HCWA 4ZDMA 3MP1A 3SESA 4ELOA 4E0WA 1JW4A 3UP9A 3FZVA 5LOMA 2ANJA 4C1UA 4JDFA 3C35A 4TOZA 3L6GA 3QK6A 4KYSA 4BDOA 4G68A 2OJTA 1HSJA 1NKXA 3UA8A 1R1NA 3KZGA 1M5DA 2AYSA 1MS7A 5AA4B 2I6EA 1JQFA 1Y9UA 2Y7IA 3K1MA 1OIBA 4ND9A 4LZ8A 3G7WA 1VR5A 4LQ2A 3BFTA 3T93B 3G3HA 1SW2A 4PFTA 4LP2B 3LSLA 4DXBA 2ONRA 3RLFE 3RTWB 2OK2A 3S9NC 3MBPA 2HFBA 3VXCA 3K02A 4JSDA 4MF3A 2B3BA 2VP1A 4QSEA 1IXIA 4F1VA 1O64A 3H6TA 1B5HA 4UA8A 3ZKKA 5AA2A 4GL0A 3SEVA 3SEYA 5M2VA 2DYXA 4QFNA 2NOOA 4X9TA 1UTHB 2IEEA 1IXGA 2ZYMA 4R2BA 3SKPA 1DOTA 5I56A 3IOWA 2ZNSA 3K1NA 2V3UA 1ANFA 3MPLA 4JWXA 3G3IA 1B9JA 1D3KA 1WODA 1LCFA 4HW8A 1MPDA 4Q0CA 3ZSFA 4GRKA 4EXLA 1IQ7A 2DQVA 2PT2A 4JXIA 3VE1B 3RN8A 1MXVA 4I9DA 2R6GE 3OXNA 3I6VA 2FYIA 1ZLQA 4K3FA 2CMOA 5H8FB 1DTZA 2F8DA 1QJMA 4QRZA 1B1HA 1LCTA 4GF8A 3EPEA 3U94A 1JETA 1MXXA 3QSLA 4WKMA 4FEBA 1R6ZA 4PFYA 2XX7A 2V93A 2X7PA 2I3WA 2E0SA 2R9JA 2XD3A 3BKIB 4M4GA 5I58B 3TZAA 1BIYA 1YTVA 1QVSA 1CE2A 2DE2A 3LSFB 4OFLA 5CC2A 5DYHA 3PUYE 4N13A 3PPRA 1VE4A 1Y1MA 1ZTYA 4YMAA 4RXLA 2KLFA 3S9EA 5KCJA 5BUUA 1AMFA 3OD7A 5H8NA 1BLFA 1POTA 5JTYB 4G8HA 4BDLA 5TP9A 5J1DA 2D5WA 3RT6B 4YMBA 2DSFA 2F5XA 1AIVA 4F31B 1AL3A 5DVIA 5I57B 4R74A 3HHGA 4DIGA 3K6UA 3TQWA 5AA3A 1D9VA 3IOUA 1ZU0A 1MM6A 4I1DA 3MW0A 4EF1A 4R73A 3Q29A 5K2XA 1LFIA 1FQFA 4XKPA 4OYVA 2OWSA 4EQBA 2NUVA 2HEUA 4F18A 4H67A 1EH3A 5DEXA 1Y20A 1UQWA 4ZEIA 1Y3NA 4KFQA 4ELRA 4YU0A 1B52A 1DMBA 4KI0E 2ZNUA 3N5LA 4DZ1A 2GRVA 1JVYA 1N7XA 3O29A 5EHSA 4NWDA 3RUMA 3O28A 2P1SA 5JK4A 1SD3A 4DXCA 2VOZA 2O51A 2I48A 3O66A 1M5BA 3H6UA 3MPKA 5HPQA 2FA7A 1OVTA 3MVYA 2HCAA 2AL4A 3KBRA 3CSBA 3ILUB 1MPBA 4OVJA 5L8DA 4FEDA 1DSNA 4IO5A 4E0XA 3SEWA 3CG1A 2AL5A 4UACA 1QUIA 2RINA 4FIMA 3KN3A 1UTBB 4QFPA 1B51A 2QS1A 1FQCA 3VVEA 2QSXA 3E9XA 4G4PA 4ISUA 4OZ9A 4DXUA 2D3IA 2ZYKA 2VD2A 3WAFA 4AB6A 1A55A 4FORA 4FECA 3WAEA 3R26A 2D21A 3TCFA 4NWCA 3EQ1A 5A5XB 1USYE 5I2NA 4F29A 1ATGA 4KD5A 3UGWA 4H8JA 3T9XB 2V3TA 3PPPA 1B0HA 3E4RA 3FD3A 4JWOA 3RY3A 1MQDA 4DCXA 2UVJA 1CB6A 4DCYA 1LFHA 1F9BA 1I6BA 1SW4A 3B7DA 3O6IA 5HM4B 2F7AA 2QS2A 4C1TA 2XXTA 1XT8A 1RYOA 1TXFA 3KJ7A 2HAVA 3H06B 3PD9A 4EQ9A 3SEXA 4TLMB 4F3BA 4H65A 3PV0E 1SYIA 1MRPA 5CMBA 2RCAA 4U1ZA 4O3CA 3PD8A 4IO2A 3N6TA 4QSCA 2XX9A 1LAFE 1N04A 2DWJA 3IAZA 1XVYA 4R6HA 3UORA 5TPAA 4KPTA 1LBCA 1NH7A 3ZS6A 1MXWA 3IO6A 4DLDA 1B3FA 4YAHX 5AA2D 2I49A 3O9PA 5H8QA 4NE4A 4FJPA 1B5IA 1QKAA 5L9MA 3OEKA 2WKYA 3O6GA 3PPNA 4N6PA 2UYFA 2W7YA 4IGRA 1LAXA 3DP6A 3F11A 1O7TA 2NXOA 4O3BA 4HTGA 3O6HA 1FTJA 1I69A 3PU5A 3FVNA 4OQOA 3LBSA 2DWAA 1B0LA 3K1PA 5DT6A 2VD3A 1Q35A 2I4CA 2Z22A 3TKDA 4JWYA 3RQTA 1MXUA 4NMYA 4Q8RA 2B3FA 1MDP1 1B46A 4NF5A 4NF8B 2A5TA 2P0SA 3IB1A 1OLAA 4KHZE 5EYFA 2H5YA 4BDNA 4BLAA 4YB6A 4QFOA 5CM6A 5CBRA 1XOCA 1YPNA 4EXKA 4LZ7A 1UIUA 3TELA 1B4ZA 3H6VA 2R71A 1TFAA 5ICTA 1Y1ZA 3KSXA 3G3FA 5IAIA 3CR9A 3T66A 3IJXB 4ECFA 1FQAA 1A99A 3IO4A 2ONSA 1URDA 3DP4A 4NF4A 2F6PA 3OEMA 1B7UA 1XC1A 2F97A 1LB8A 3OO9A 4THIA 1B2HA 2CZLA 2HAUA 3C33A 1M5EA 3LR1A 4F2OA 2V25A 3MAMA 1N7WA 3N6UA 4GIZA 2PMSA 4U21A 3FUZA 1NL5A 3O97A 3V89B 1I6AA 3QAXA 3TUSA 3H3GA 1DPPA 3CFLA 3MUQA 3PUVE 3I3VA 2XXUA 1S9TA 2H98A 1II5A 5I59B 3KEIA 2QMXA 1OQHA 2PVUA 3U72A 3B6TA 1SI0A 5KCJB 1QKBA 3MP6A 3PMXA 2GHAA 5DTBA 3MJNA 5TP9B 4R2FA 3G3JA 4ZZEA 4POXA 4ZS9A 3KOSA 5CBSA 3CI8A 1FW0A 3MQ9A 4F1UA 1FTKA 2G29A 3I5OA 3TPAA 3MVWA 1LLSA 3RTFB 4NF6A 4IO3A 1FQDA 3S9LC 4FATA 3HSTA 2UVIA 3E3KA 4ESWA 2G93A 3HN0A 5H8SA 1MXYA 3AXFA 3G3KA 4RYAA 4NEDA 1PBPA 2DOJA 3K6WA 3MVZA 4G68C 3FV2A 1B05A 1B7ZA 5ITOA 3O2AA 3OSRA 3RT8A 1IEJA 1NNKA 3TTRA 5DEXB 5HBCA 3OO8A 4H0WA 2IA4A 3QXMA 5I2KB 3CFZA 4PQJA 5CRYA 4HCYA 5AA4A 3GBAA 4R72A 4X1BA 1MH4A 2F78A 4PFUA 3S2VA 4WEDA 3PUZE 1LBBA 4EDPA 4F3PA 2ZYNA 3GZGA 2Q89A 1H43A 1US4A 3USDA 2DVCA 4OEVA 5CMKA 1H3DA 1VSOA 5KDTB 4IGTA 1OVBA 1SBPA 2XXPA 2PYYA 3W15C 3FGSA 4LA9A 4Q30B 4TQUQ 3IORA 3FV1A 3PPOA 3U92A 3IB2A 4O3AA 1VFEA 4BDQA 1PB8A 2Y7PA 4GXAA 2Z8FA 1QW0A 1Z7ME 4R75A 1GTKA 1NNFA 4OFJA 4OFOA 2O7UA 4GQOA 4R9FA 5I2NB 4DE8A 4LZ5A 3T22A 3UIFA 1UTHA 1Y4TA 3FATA 3FXRA 3KJTA 2ALUA 4KCDA 5F7VA 4MFIA 4KYDA 1WVJA 4PFWA 4R6YA 3IL1B 1B1XA 3KG2A 3G3GA 2XXIA 3IX1A 4GLIA 1URSA 2QS4A 1A8EA 3FIRA 3PMWA 1MPCA 2OBGA 3FVOA 1YAEA 3TMGA 1R9LA 1URGA 5TU0A 2XX8A 2BJJX 4F22A 4U4XA 1GV8A 2DWHA 3K6XA 1QUJA 4MBPA 2I0CA 3IB0A 2FNCA 1TT1A 4GL8A 4P0GA 1MQIA 5TPAB 3EHTA 3RNNA 3TTNA 1PBQA 5ELVA 3VVDA 4POWA 1GGGA 4F1YA 1USYH 5H8QB 1YCJA 3TTMA 2VHAA 5KZTA 3IOTA 3IR1A 1B3EA 4JB7A 2DXYA 4JSOA 2XXVA 5I58A 2HQ0A 3P7IA 5H8HB 3K01A 5IKBA 1MY3A 2DWIA 3KN8A 1O63A 4IY6A 3FJGA 4MLQA 1MM7A 1LGBC 2Q2CA 1BTJA 1H76A 2QJEA 3ODBA 5AA1A 4YKIA 3MC2A 4QF9A 1FCKA 4KQPA 4IY5A 1P1UA 3K00A 4GFRA 1PB9A 2RC8A 4LQ5A 3VXBA 3KFMA 4LONB 2XXHA 2GFEA 2X7QA 3CG3A 4OEUA 2DVZA 4H5GA 1P99A 3R7XA 1M5CA 5L9OA 4XTCQ 1XVXA 3MVXA 3M3KA 3K4UA 1OQGA 3S4UA 4ZEBA 4ZEKA 4GVOA 3MP8A 1SVXB 5F1QA 1HSEA 3OOAA 4G68B 2XXYA 2THIA 1ZJLA 1B3GA 2F6GA 4G8NA 2Z23A 3LSXA 2NVUB 3MWBA 1FTLA 1JEUA 3K6VA 1JNFA 2Z8DA 3MZBA 3Q25A 4KR5A 1MY0A 1R9QA 3H03A 2YJPA 1IXHA 3JZJA 3U93A 2DXRA 2B65A 1PDAA 1MH3A 3FJ7A 5ICQA 1XS5A 3OELA 4GOTA 2UVGA 4AB5A 2Y7WA 2ZYOA 1FTOA 4GXSB 3V5AA 3H6WA 1IIWA 4PETA 3A09A 3V83A 1JEVA 4ESXA 2E1SA 1LAGE 1MQGA 2V3QA 3CFXA 1P1WA 3VFJA 2XD2A 4ELPA 3CSGA 2O1LA 1MXZA 4DDDA 5AA2B 2H25A 3C9HA 1LB9A 4OMBA 3FJMA 3U8QA 4F19A 5FTHA 4PP0A 2QS3A 2ZMBA 3SERA 2DS9A 1XHYA 4FAJA 5I56B 4EUOA 4RA1A 1S50A 5AE4A 3MZ9A 4BDMA 3BBRA 3VLVA 5K2YA 2RF1A 4PE5B 3JV9A 2F34A 1OLCA 4NF6B 1ZIUA 4ZZAA 3C4MA 4I8CA 1IXCA 1NH8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H6DA 4XKQA 2UVHA 1LBZA 3OMBA 3FASA 1L5TA 2RC7A 3OSQA 1HSLA 3EHSA 4X48A 2CEYA 1A54A 3RGYA 2FIXA 1H45A 4OERA 1A40A 3RPWA 2VPNA 2O68A 3E78A 2O84X 3RPLB 3IJOB 3PGFA 3R6UA 5A5LA 3T96B 4KYEA 3TDJA 1MY2A 1EZ9A 1US5A 3T9HB 2F3DA 4G61A 2VGQA 1A8FA 4QHQA 2Q74A 5CMMA 3W9WA 1FPFA 4OWDA 4H5FA 1B7HA 3KSJA 3TCGA 1QUKA 4H1XA 4QFKA 3OO7A 4PGPA 4N4UA 1NUYA 3OO6A 3BFUA 3SEUA 4BDRA 4RK2A 1NNPA 1LBWA 2GH9A 1Q1KA 3DLNA 3TFLA 3LUYA 2A5SA 3GBBA 1B3LA 1NNTA 5H8NB 1VFDA 2ABHA 1FBHA 3LSWA 4GX6A 1EYIA 1ZKBA 2AIXA 1SW5A 3FXUA 4U23A 1RYXA 4X1DA 2YLNA 3K0VA 4R6KA 3SDFA 1ZBMA 4P56A 2ESNA 3OENA 2F36A 1PEBA 2XWVA 1TFDA 5IZ1A 1YYZA 4HS7A 4XF5A 1Y3PA 5B70A 4QSDA 4GWZA 5CI5A 4ZEFA 3TTKA 3CVGA 4IO7A 5ISUA 2B4MA 5EQAA 4GWOA 2V4CA 2LAOA 1KWHA 4Z7EA 4RPNA 3MZ1A 3CRBA 4F3GA 1RKMA 4I62A 2H99A 4H8IA 4OESA 3C32A 4F3SA 1QULA 2CZKA 3PUWE 3DM0A 1RDXA 2HXWA 5FHOA 3VV5A 3W9VA 3S9MC 4Z0IA 4MCOA 1P1QA 4XKRA 4NF8A 3QIMA 4GBWA 5JEIA 1T0KA 3KGCA 2GQ1A 3M3LA 1UIVA 1DTGA 1EZOA 4DI3D 3IOVA 3TYHA 4RPOA 4YKKA 2DP8A 1AOVA 3U1OA 3QYTA 1LSTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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