2Y7IA

Structural basis for high arginine specificity in salmonella typhimurium periplasmic binding protein stm4351.
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
228
structure length
228
Chain Sequence
ASVSARTLHFGTSATYAPYEFVDADNKIVGFDIDVANAVCKEMQAECSFTNQSFDSLIPSLRFKKFDAVIAGMDMTPKREQQVSFSQPYYEGLSAVVVTRKGAYHTFADLKGKKVGLENGTTHQRYLQDKQQAITPVAYDSYLNAFTDLKNNRLEGVFGDVAAIGKWLKNNPDYAIMDERASDPDYYGKGLGIAVRKDNDALLQEINAALDKVKASPEYAQMQEKWFT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic and Microcalorimetric Analyses Reveal the Structural Basis for High Arginine Specificity in the Salmonella Enterica Serovar Typhimurium Periplasmic Binding Protein Stm4351.
pubmed doi rcsb
molecule tags Arginine-binding protein
source organism Salmonella enterica subsp. enterica
molecule keywords STM4351
total genus 83
structure length 228
sequence length 228
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7iA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7iA02
4PETA 3SEXA 1ZIUA 2H5YA 1TFDA 3IJXB 2FYIA 4OHNA 4DXCA 2LAOA 3D4CA 4RK9A 1Y4TA 3QIMA 5AA2B 1B6HA 3M3LA 3KBRA 1B32A 1Q35A 2FNCA 1MDP1 5DEXA 1MXYA 3HN0A 4IO2A 3A09A 3G3FA 5ITOA 3E3KA 3UA8A 5CM6A 4GQOA 5B70A 1NH7A 1MQIA 3CVGA 3PPPA 3LSLA 4I9DA 4F1YA 3SERA 2DXRA 1MH3A 5I2KB 4HCYA 1MY0A 4F3GA 1XS5A 1SQYA 3C32A 2DWAA 3I3VA 3PUXE 4JB7A 4KQPA 3C31A 1B9JA 1L5TA 4E0XA 4OQOA 2O1LA 3M3KA 1A7LA 5H8HB 1A99A 5FTIA 3U94A 2DWJA 3A3UA 5JEIA 4JWOA 1MRPA 1HSEA 3CR9A 1NH8A 3MVZA 1XT8A 4KPTA 1B46A 5HM4B 4ZEFA 4F39A 4R6HA 2NUVA 1GVCA 5KDTB 4FEBA 3SKPA 1B5JA 3K1PA 4XKNA 2R6GE 1LFHA 1SD3A 1R6ZA 4C1UA 4AB5A 4ESWA 1MY4A 4BLAA 2XXVA 3V83A 3CI8A 2O7UA 5FHNA 3R26A 3N6TA 3ZKKA 3VE1B 1PBQA 3LSXA 2I6EA 3ZS6A 4F18A 4EUOA 3O2AA 3VV5A 2Q8JA 2ESNA 1MY2A 3H6TA 3G3GA 1LAXA 3HPIA 4R2BA 1S9TA 4L17A 1IXHA 1NNPA 3TODA 4JSDA 5CMBA 4EXKA 4DE8A 3K00A 2XX7A 2HZLA 1AH5A 1POTA 3S2VA 3OD7A 2AL5A 2B65A 1EU8A 4EF2A 2CZLA 1R1NA 3SDFA 2ZYMA 3M3FA 1B0LA 2I3VA 4EXLA 5DVIA 1FQBA 1MQGA 1M5FA 3TAJA 3VVDA 3FVOA 1UTBB 4Z7EA 4RXLA 5CBSA 1N7XA 3EHTA 3K02A 3G7WA 4H5FA 3GBBA 4BDMA 4IB2A 4F19A 1LAHE 2Y7WA 4H0WA 4GVOA 5CI5A 2R9JA 1MQHA 1QUIA 3TQLA 1NL5A 1DOTA 2QMXA 1PEBA 2VP1A 2Z22A 3OENA 4HTGA 1FQAA 2H4IA 3MWBA 3F11A 4JXIA 4PQJA 4GIZA 5AA2D 2E0SA 4LZ5A 2V3QA 1FW0A 1VFEA 3TCHA 3PD9A 1DPPA 1BIYA 5CMMA 1POY1 4RK2A 1SW5A 1Y20A 1O64A 1S50A 1B3GA 3UP9A 2F97A 3CFZA 3JZJA 1B58A 4OMBA 1JW5A 1MXWA 1TT1A 1CE2A 3C9HA 1FTOA 4KI0E 4EF1A 4OENA 3PU5A 2DP8A 3G3IA 5H8NB 2XX8A 1B1HA 3O28A 1Y3PA 5M2VA 4U4SA 3C33A 1ZKBA 3RLFE 3FV1A 3IJOB 2Y7PA 1M5EA 3RTWB 4ZDMA 1H43A 1LCTA 1URGA 3W9VA 4U1ZA 3PUVE 4BDNA 4OZ9A 1BTJA 2ZXTA 5DEXB 1QVSA 2RINA 1JVXA 4H5GA 3FVNA 1P1QA 5JTYB 1RYXA 2YJPA 3IAZA 1QJMA 4ZZAA 4GLIA 1LFIA 1Z7NE 2RCAA 1SW1A 3TTNA 2E1SA 4XXUA 1LFGA 3K4UA 3PMVA 2QPQA 5FHOA 4LA9A 2ANJA 2F78A 1QW0A 5TPAA 3IORA 3LSWA 2P1SA 4IO7A 4FORA 3TTKA 3T9UA 4F1VA 4G8NA 4BDRA 3UGWA 3PPNA 5AE4A 3BBRA 4LONB 4FATA 5KCJA 3PMWA 3MQ9A 1N7WA 2F36A 4POXA 2ALUA 1PB7A 3OMBA 1XOCA 2XXQA 3OXNA 1OLCA 2F6PA 2I0CA 1FCKA 2G29A 3MZBA 1GGGA 4KYDA 3EF7A 1O63A 2RC9A 2IEEA 4OERA 2THIA 4FAJA 1LGBC 3N6UA 1P1OA 1OQHA 2VOZA 2OK2A 3WAFA 4RY1A 4DDDA 3QYTA 4FEDA 5KZTA 4OFLA 4I8CA 1VSOA 3BFTA 2Q2CA 4QFPA 4H1XA 5J1DA 3CG3A 4IO5A 5AA4A 2I3WA 2REGA 3UK4A 4FJPA 1JW1A 3ILUB 3TKDA 1MS7A 4NF4A 3TZAA 2DVCA 5I58B 3MP8A 3JV9A 1XVYA 2O51A 1B5IA 5I56A 4NE4A 4XKQA 3N94A 4MF3A 3O6IA 4KYSA 3HHGA 4H8IA 2RC7A 1FTMA 3FVGA 3KOSA 5K2YA 1D4NA 2B3FA 2QSXA 3U93A 2NWJA 2WKYA 4QSDA 4P11A 5BUUA 3KZGA 1P1UA 3T9VA 4M1VA 3FGSA 3MUQA 4QRZA 3OO8A 2V25A 3IB2A 3IO4A 1HSLA 4EQBA 3PPQA 1Y3QA 4GRKA 2PVUA 4F31B 4U1OA 5I59A 1SW4A 5H8NA 1R9LA 1MG1A 4F3PA 4U2RA 2F34A 3ILTB 3N26A 2I49A 3L6HA 3LUYA 4MH5A 3N5LA 5H8SA 4THIA 4H6DA 5ICQA 5DVFA 2QS3A 5BWJA 2D21A 3UN6A 3QXMA 1B7UA 2DWHA 3BKIB 1A8EA 3R7XA 3RUMA 4YB5A 1VR5A 1AOVA 3R6UA 4R75A 3S4UA 5JTYA 1JW4A 1NFTA 2VHAA 3DLNA 4NF5A 4WKMA 1NNFA 4ESXA 3PUWE 5L9OA 1HSJA 3G3JA 3IO6A 4ZECA 3V5AA 4PFWA 2H98A 1UIVA 3KSXA 3DP4A 1P1NA 2GFEA 2UYEA 1GTKA 2DS9A 3K6XA 3MJNA 2X26A 3JYRA 1ELJA 4TOZA 3PPOA 2F7BA 4E0WA 2P2AA 2YPNA 2DSFA 1N84A 1WVJA 1M5CA 1DSNA 2ZYNA 1N76A 2ONKE 3K6WA 3PMXA 2UXAA 2ABHA 1TWYA 4YKPA 1IXGA 1RYOA 5L9MA 1US4A 2DE2A 2H99A 2XXRA 2Z8DA 1N0TA 3L6GA 5DTBA 2XXTA 1JEUA 3MP1A 5I2NB 3SEYA 2A5TA 2DQVA 4EDPA 2XXIA 4UACA 5TPAB 4MBPA 4GXSB 4F3SA 1Y3NA 2QS4A 2OWSA 3K6UA 3CSBA 4N13A 2I4CA 4JWYA 1WDNA 4NF6A 4X1BA 1J1NA 1MXZA 1OMPA 5KCJB 3FJGA 5ISUA 4AB6A 4R9GA 4QFNA 2DYXA 3SEWA 3FUZA 5I58A 1FQCA 4PP0A 1IQ7A 4AQ4A 4ELQA 4WXJA 5A5XA 2H9BA 4IO4A 2XXWA 5ITPA 2I4BA 1YCJA 3DELB 3O9PA 2KLFA 1DPEA 1MPCA 4KHZE 4X48A 3O97A 3GXAA 3PPRA 1ANFA 3RTFB 1S7YA 2YLNA 1ZBMA 3IOWA 4GOTA 2B3BA 2H25A 2ZYOA 4XKPA 2XXYA 5AA4B 3U8QA 4KD5A 2HAVA 1A54A 1CB6A 4NF4B 3VVEA 3RT6B 1N3WA 3Q28A 3C35A 5I56B 3IK6B 5HBCA 4UA8A 3S9LC 1MPBA 2RF1A 4R2FA 5F1QA 3RQTA 4NWCA 1GR2A 3TTLA 1ZTYA 3Q26A 4YMAA 3GLBA 1LBCA 3C4MA 3B6WA 3U1OA 4OETA 3H6VA 4HW8A 1XVXA 1RKMA 5FHMA 1MM6A 4C0RA 4XIGQ 1PC3A 1I6BA 1BKAA 1NNTA 3W9WA 1T0KA 5I59B 1USYH 3FASA 3VXBA 4Z0IA 4KFQA 3RPWA 2GRVA 3LSFB 3VDFA 5L8DA 4OEVA 1NKXA 3FZVA 4R9FA 4ONYA 1LCFA 4O3BA 4NEDA 3DP6A 3FXRA 3SEVA 4MFIA 3IL1B 2BJJX 1B52A 1EZPA 3I5OA 3G3HA 3FVKA 2HEUA 3KJ7A 1B51A 4OTEA 2O69A 4OVJA 3Q27A 1MXUA 4NF5B 3K01A 4HCWA 1URDA 1DTZA 2PBWA 2VD2A 3OO7A 4KYEA 1US5A 4IY5A 5I57A 2F7AA 5I2NA 2I0BA 1A40A 3AXFA 1IEJA 2PMSA 1H45A 1PB8A 3EHUA 4QF9A 3RT8A 2V3TA 5CRYA 1I6AA 2Y7KA 1B7HA 2X7PA 3E9XA 1MM7A 3FIRA 4I62A 5ELVA 4ELPA 1OVTA 1MY1A 4Q8RA 1WODA 4BDOA 4N6PA 2W7YA 3H6UA 3ECRA 3S9NC 1R9QA 4ZEIA 4N07A 4IO6A 3BFUA 5H8FB 3CG1A 3IB0A 4TQUQ 1URSA 1FQEA 1QULA 3HV1A 1EH3A 4OEUA 2GHBA 1SDXA 1B3EA 4YKJA 3ODBA 4H8JA 3K0VA 4PE5B 2A5TB 4R72A 3MPLA 5EHMA 1UIUA 3G3KA 1OLAA 4EQ7A 4FE8A 3E4RA 3KSJA 2XXPA 4GL0A 1SYHA 4LATA 4DLDA 2CMOA 1EZ9A 1YPNA 4TLMB 3SESA 4NF6B 1B2HA 4R6KA 5F7VA 4TLLB 4GFRA 4U23A 3PD8A 1B7ZA 4FIMA 4ECFA 4OWDA 3A3CA 4DIGA 3KJTA 4ELOA 4G4PA 4LZ7A 4QSCA 1FTKA 2GH9A 1P99A 4BDLA 2V93A 1A55A 2Y7RA 1II5A 3H06B 1SYIA 5A5XB 4DCXA 2OLBA 2FA7A 2NVUB 3T96B 5CMCA 3UORA 3MW0A 2PX1A 1SVXB 1B05A 2RKMA 1IXCA 1VFDA 3VFJA 3HSTA 5B7DA 1MY3A 3T93B 4QFKA 3EN3A 1IZ1A 2UYFA 1LLSA 4DZ1A 3RGYA 2UVIA 4RNSA 1NNKA 1B1XA 4ZZEA 3W15C 2RC8A 3FJMA 2QRYA 4YAHX 4IGRA 4JDFA 2HFBA 1TFAA 2ZNTA 3HO7A 3S9EA 3LC8A 4R74A 1H3DA 1UTHA 4U21A 2Q9TA 4OFJA 3TQWA 3FV2A 3O6HA 2M8CA 4HS7A 4QSEA 3KFMA 1Q1KA 1FTJA 3O6GA 4YU0A 1MXVA 3VLVA 1LBBA 2HZKA 2NOOA 3FXQA 3EQ1A 2AL4A 2UVGA 2DOJA 3DM0A 4DXUA 1M5BA 4KR5A 3QUJA 4U4XA 3SETA 4G68B 1LAFE 3TDJA 2G93A 3S9MC 4H67A 3QUFA 3VXCA 3IB1A 1DTGA 3GZGA 2F7CA 2REJA 3E13X 5K2XA 2GHAA 3MVWA 2OWTA 1FQDA 2OJTA 5AA1A 3CFXA 4M4GA 1BLFA 1Y1MA 1GV8A 4YB6A 3V89B 4G8MA 5H8QB 4DXBA 1AL3A 3VVFA 4F2QA 4F22A 1Y4CA 2I48A 4G68C 3QSLA 4H65A 3H4ZA 3FXUA 2UVHA 3TMGA 3FJ7A 1PDAA 3T9HB 3PV0E 2OCUA 5DYHA 2DVZA 2V3UA 1ZLQA 4F2OA 5DT6A 3TTRA 2ZMBA 5ICTA 4JWXA 3H6WA 3MZ1A 1LB8A 3CFLA 3MC2A 3KGCA 5H8FA 4X1DA 2XXXA 1F9BA 2F6GA 1MPDA 4LQ2A 3IX1A 4GWOA 1KWHA 5I57B 1A8FA 1AIVA 2X7QA 1B3FA 3IOTA 4O3CA 3VLWA 4ISUA 4P0GA 3CRBA 1H44A 3K1MA 1P1WA 4O3AA 3USDA 4R6YA 1SW2A 1QUJA 4NTLA 1LB9A 5IKBA 3C34A 3UIFA 4YICA 3Q25A 4PFTA 3OSQA 3OELA 4NWDA 4NF8A 1AMFA 4GF8A 3OOAA 1I69A 2HAUA 4F3BA 4PFUA 1PBPA 3O29A 3I6VA 2D3IA 3TEPA 1D3KA 4MLQA 3MP6A 2IA4A 3ZSFA 4QFOA 3PGFA 1EZOA 2ZNSA 2Y7IA 1IIWA 3T66A 5IAIA 3K6VA 3EPEA 4Q0CA 2A5SA 3H03A 3M8UA 4ZEKA 3TCFA 2Z23A 4K3FA 3B7DA 4OYVA 3TCGA 2XXHA 1DMBA 3K2DA 3RNNA 5I84A 3KN8A 1FTLA 1B4HA 4R73A 3VLUA 3O66A 3GBAA 1MQJA 4GL8A 3OO6A 3MPKA 2Y84A 4P0IA 2XHDA 4RYAA 2AYSA 2PT1A 4KCCA 1QKBA 4WEPA 4XTCQ 2QJEA 3EHSA 4IY6A 2P0SA 4GXAA 3TTMA 1NMUA 1SBPA 1MXXA 4YKIA 3CSGA 4RPNA 3H3GA 5TP9A 1VE4A 3TFLA 1I6QA 2OBGA 4G68A 3KG2A 2DE4A 4JBZA 5JK4A 2O68A 2Z8FA 4F1UA 1OIBA 2DE3A 4RPOA 2I58A 5AA2A 3RN8A 2O7IA 4WEDA 4ZEBA 4G2ZA 3MZ9A 5HPQA 4YKKA 4Q30B 4NMYA 1JQFA 4ZS9A 1UQWA 1UTHB 3MVYA 2ZYKA 2F5XA 1XHYA 2O84X 3DP8A 4LZ8A 2XD2A 5H8QA 2DXYA 4LQ5A 2QS2A 4YMBA 5I2KA 2QL3A 3WAEA 2VGQA 3KOTA 4LVQA 5TU0A 3B6QA 1JEVA 5CMKA 4OESA 1TXFA 3U72A 1B4ZA 5FTHA 3ONMA 5EHSA 4OFOA 3THIA 3D4GA 2ONSA 1PB9A 4C1TA 3TELA 1QUKA 5H8HA 1B3LA 1B0HA 4IGTA 1MH4A 3ZKLA 2AIXA 3QK6A 4YB7A 3OEMA 4QHQA 4DCYA 2HQ0A 1YAEA 3HHFA 3QAXA 1Y1ZA 1JVYA 3PUYE 3B6TA 1IXIA 5KDTA 3OO9A 1B40A 4KCDA 4LUBA 1B5HA 4GD5A 1Y9UA 4G8HA 4U22A 5EYFA 2Q89A 4I1DA 1N04A 1FQFA 2PT2A 3Q29A 2O6AA 4RJZA 4LP2B 1ZJLA 4MLVA 4IO3A 3SEUA 3OEKA 3OSRA 1OVBA 3KEIA 1JETA 3H7MA 4ZE9A 5CC2A 2D5WA 4EQ9A 2HXWA 3MBPA 3U92A 4ZEDA 2DWIA 2R71A 3T9XB 4OXVA 4F29A 1OQGA 2XXUA 1LSTA 3IOVA 2NXOA 1SI1A 1UTBA 2QMWA 2F8DA 4XKRA 4Q5TA 1M5DA 2O1MA 4NF8B 4BDQA 3LBSA 3P7IA 4G77A 1H76A 1QKAA 2F35A 4PFYA 3RY3A 1MDQA 1SI0A 3KN7A 2Q2AA 2Q88A 2XX9A 2Z8EA 4ND9A 5CBRA 3PUZE 2VD3A 3KN3A 4YZZA 4QFLA 1USYE 1ZMGA 3MAMA 2RCBA 2OZZA 1Z7ME 2QS1A 3T22A 3HCQA 1O7TA 4ELRA 2ONRA 4RA1A 1XC1A 1IITA 5L9SA 1ZU0A 2V84A 3K1NA 2PYYA 2ZNUA 3MVXA 3IR1A 4X9TA 3FATA 3TYHA 3TPAA 3FD3A 1D9YA 3V8XB 2HCAA 1D9VA 1BP5A 5DVJA 1MQDA 2UVJA 1N3XA 3C36A 4JSOA 1JNFA 1B3HA 2XD3A 1IUDA 4ZE8A 4FECA 4POWA 3CIJA 1LAGE 5LOMA 3TUSA 5AA3A 3IOUA 1YTVA 1ATGA 5TP9B 3LR1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MSTA 4I3EA 4PETA 3SEXA 1ZIUA 2H5YA 4PGPA 1TFDA 3IJXB 2FYIA 4OHNA 4DXCA 2LAOA 3D4CA 4RK9A 1Y4TA 3QIMA 4N8GA 5AA2B 1B6HA 3M3LA 3KBRA 1B32A 1Q35A 2FNCA 1MDP1 5DEXA 3ROJA 1MXYA 3HN0A 3RPLB 4IO2A 3A09A 3G3FA 5ITOA 3E3KA 5IZZA 4GBVA 3UA8A 5CM6A 4GQOA 1FBEA 5B70A 4QBAA 4HE0A 1NH7A 1MQIA 3CVGA 3PPPA 3LSLA 4I9DA 4F1YA 3SERA 2PFZA 2DXRA 1MH3A 5I2KB 4HCYA 1MY0A 1FBPA 4F3GA 1XS5A 1SQYA 3C32A 2DWAA 3I3VA 1VDWA 2CZIA 3PUXE 4JB7A 4KQPA 1K9YA 3C31A 1B9JA 1L5TA 4E0XA 2XWKA 4OQOA 2O1LA 3M3KA 1A7LA 5H8HB 4PFIA 1A99A 5FTIA 2Q74A 3U94A 2DWJA 3A3UA 5JEIA 4JWOA 1MRPA 4NG7A 1HSEA 3CR9A 1NH8A 3MVZA 1XT8A 4KPTA 1B46A 5HM4B 4ZEFA 4F39A 1YZ0A 1FPKA 4R6HA 2NUVA 1GVCA 5KDTB 4FEBA 3SKPA 1B5JA 3K1PA 4XKNA 2R6GE 1LFHA 1SD3A 1R6ZA 4C1UA 2XA5A 4AB5A 4ESWA 1MY4A 1KZ8A 4BLAA 2XXVA 3V83A 3CI8A 4MAGA 5FBPA 2O7UA 5FHNA 3R26A 3N6TA 3ZKKA 5LDZA 3VE1B 1PBQA 3LSXA 2I6EA 3ZS6A 2QVVA 4F18A 1Q9DA 4EUOA 3O2AA 3VV5A 2Q8JA 2ESNA 1MY2A 3H6TA 3G3GA 1LAXA 3HPIA 4R2BA 1S9TA 4L17A 1IXHA 1NNPA 3TODA 4JSDA 5CMBA 4EXKA 4DE8A 3K00A 2XX7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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