2Y7KA

Dntr inducer binding domain in complex with salicylate. monoclinic crystal form
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
DPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFTELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of Dntr Inducer Binding Domains in Complex with Salicylate Offer Insights Into the Activation of Lysr-Type Transcriptional Regulators.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Burkholderia sp. dnt
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
total genus 69
structure length 211
sequence length 211
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7kA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7kA02
3LBSA 2RC8A 1R9LA 4LP2B 3U8QA 2ABHA 3RN8A 2AL5A 1H44A 1IEJA 1D4NA 1MQGA 2F7BA 3N26A 1MXYA 3MVYA 2DWJA 2QMWA 2XXVA 3MPLA 2OLBA 2RINA 4R73A 3RT6B 1QW0A 1N04A 1AIVA 3KJ7A 3FUZA 1JEUA 4YB7A 4HW8A 3HHFA 4JB7A 3GLBA 5H8HB 1MM7A 5B7DA 2F78A 3MVXA 4IY5A 1MH3A 2ANJA 3EHSA 3B7DA 3FVNA 3MPKA 3IOWA 3EHTA 1QUIA 2XXUA 3T9VA 1OLCA 4GL0A 2ZYMA 4MFIA 3TMGA 1NKXA 5I84A 3TCGA 3RUMA 3U94A 1OVBA 4AB6A 3T9UA 2Z8FA 1DSNA 1B5HA 4U21A 3PPRA 1P1OA 5JTYA 1NNPA 2RC7A 5FHNA 4YB5A 3SEUA 2PYYA 3LR1A 4KQPA 2XX9A 1B3EA 3U72A 2O7IA 3PUWE 2V25A 3RY3A 2Z8DA 1LAHE 3IB1A 2ONSA 1R6ZA 1H45A 3TCHA 5A5XB 3LSWA 3TDJA 1FTKA 3GXAA 1PB9A 1DMBA 5DTBA 3KEIA 1OVTA 1A54A 1Q35A 3KGCA 3OEMA 4F3BA 2R71A 2P2AA 1LAXA 2XXRA 3I3VA 1UTBA 4OVJA 5TP9A 3O97A 3S9LC 1RYOA 1B7UA 4AQ4A 2XD2A 4Q0CA 4R74A 3K0VA 5H8NB 1CB6A 1KWHA 3OD7A 5CMCA 1MPCA 4OHNA 4JWOA 1YAEA 2DWAA 3SEYA 3VLVA 1NNFA 4N07A 4POXA 1DPEA 2I0BA 1LFGA 4TLLB 1XT8A 5TPAB 4QSDA 4NEDA 2H4IA 4XXUA 5ITPA 2XXTA 4XKPA 4MLQA 5BWJA 1LCTA 3TKDA 4ECFA 4FATA 1Z7NE 1D9YA 3O66A 3RLFE 3UORA 5I59A 1H43A 4XIGQ 1BP5A 1MXZA 3LSXA 3CFXA 1SW5A 5BUUA 4NF4B 3VV5A 1NH8A 1Y4CA 2NUVA 4KHZE 2ZNSA 4EXKA 1LFIA 3G3FA 3QYTA 2OK2A 3SEXA 1OIBA 4IO7A 5DEXB 1A8FA 3O6IA 1UIUA 1II5A 3G3HA 4YB6A 5L9MA 3K00A 2UYEA 2VP1A 3S9MC 2DS9A 1B3GA 4ELOA 3QXMA 3CRBA 5CBSA 3TUSA 4RJZA 1H3DA 4RA1A 3V8XB 4UACA 3VE1B 2F5XA 1UTBB 4OZ9A 4C1UA 4R2BA 4YKJA 3DP8A 4OESA 3QIMA 1MPBA 1TWYA 4NF8B 3KFMA 5L9SA 3M3LA 4ZDMA 4RXLA 3THIA 5KDTB 4OEVA 3MP1A 5KCJB 4PFWA 5F7VA 2Q8JA 5LOMA 3C9HA 4C1TA 5AA2B 3ZS6A 4DZ1A 3N6UA 2HXWA 2I3VA 1TFAA 4GWOA 3ZKKA 3HSTA 3ECRA 3B6QA 2FA7A 3GZGA 4ZE8A 2G29A 3IX1A 3TODA 2ESNA 2YLNA 3MC2A 1LB8A 3GBBA 3U1OA 3I6VA 4NTLA 2F8DA 4RY1A 1LGBC 1MRPA 4OETA 3BFTA 4Z0IA 2XXPA 3Q28A 3SESA 3UA8A 4DCXA 4PFYA 3EHUA 1MY2A 1EZPA 2P0SA 1ANFA 2QSXA 1YCJA 2XXIA 4BDMA 2OJTA 4GRKA 4FJPA 4XTCQ 3UN6A 1GTKA 2XXYA 3CFZA 4EQ7A 1WDNA 3V5AA 1TXFA 2QL3A 2F7AA 3MVZA 4DDDA 2XXXA 2VHAA 4JXIA 4DIGA 4OFLA 5HM4B 4YICA 1JNFA 2OZZA 4G8HA 3JYRA 3OELA 4QFKA 2H5YA 1PBQA 2NOOA 1N0TA 2V84A 3PMWA 3IK6B 4BDNA 2E1SA 2XX8A 2F36A 3O6HA 3PD9A 1B0LA 3UIFA 1UIVA 4QFNA 3IJOB 4RK2A 4H6DA 3MQ9A 2ZYOA 2H9BA 2I4BA 3IO4A 2DVZA 2I48A 3C31A 3OO7A 4R9GA 1A55A 4F1VA 4RNSA 4R6YA 4ELRA 5CRYA 1MXXA 3B6TA 1M5CA 3P7IA 1Z7ME 1JW4A 4DXBA 1B46A 1BLFA 1SDXA 5H8HA 1S9TA 3FD3A 1B2HA 4JSDA 4HCYA 4Q30B 4Q8RA 4F3SA 5DYHA 3K2DA 1R1NA 2QS4A 4WEDA 4POWA 2DE3A 5K2XA 2HFBA 1B0HA 3PUXE 4OEUA 2Q2AA 4GXSB 1SI0A 2I58A 3TPAA 2O7UA 1MQJA 3W15C 4P0GA 5H8QB 2PX1A 3H3GA 3D4GA 4JSOA 2HZLA 2O1LA 5ISUA 3IORA 1N3XA 1IIWA 3MP8A 1Y9UA 3HO7A 3KOTA 3DP6A 3VVDA 1N76A 3FXRA 1D3KA 1FTJA 2DWHA 4QFPA 3L6GA 1XVXA 1OMPA 3HPIA 5A5XA 4EF2A 4NF5B 1OLAA 3K6UA 1SW4A 1BKAA 4M4GA 4R72A 4PFTA 3LSLA 3OO9A 2RCBA 1NMUA 4ZEBA 2HEUA 4H1XA 2I6EA 4HCWA 4OENA 3H06B 5H8NA 2DSFA 4P0IA 3IB2A 2QS1A 1ZMGA 4XKRA 3WAFA 1NNTA 3TELA 3VVFA 2XXQA 4KI0E 3CG1A 3H7MA 4WEPA 2DXYA 4LQ5A 1MXUA 1LBCA 3C32A 3IJXB 5TPAA 5CI5A 2Y7WA 3O29A 1WODA 4ZZEA 3U93A 5ITOA 4YAHX 3E9XA 5I56B 3UK4A 5AA4A 1VFEA 3LSFB 1QKAA 5AA2D 4IO6A 2F35A 4G77A 4BDLA 4ESWA 4NF4A 1IXGA 2O6AA 1MY0A 1Y4TA 3TAJA 4LUBA 5DEXA 4I8CA 2VGQA 1LCFA 2AIXA 3V83A 3OO6A 3TTKA 4YKPA 3M8UA 2Q88A 5K2YA 2IA4A 3TCFA 2WKYA 3W9WA 2ZXTA 2A5TB 2YJPA 4DXUA 2REJA 3LC8A 1O64A 3M3KA 3T9HB 5AE4A 2QPQA 4JWXA 5EHMA 4NF8A 2REGA 4KYEA 3IOVA 3FIRA 5B70A 1IXIA 5KDTA 3S9EA 3G3KA 3V89B 5EHSA 5KCJA 3FZVA 2H98A 5L8DA 1DPPA 5AA2A 4PE5B 4KD5A 5CMKA 1QJMA 3MVWA 4N6PA 5JK4A 3FJMA 2A5SA 1UTHB 4IGRA 4KYDA 4ESXA 3H6TA 3RT8A 1SI1A 3C34A 4G68B 5HBCA 2QJEA 3OOAA 1Y1ZA 1HSJA 2RF1A 4X9TA 3TQLA 4JDFA 3L6HA 3W9VA 2Y7IA 4U4SA 5I2NB 4YKIA 4H5FA 3K6XA 5H8FB 4LZ8A 1IXCA 5AA4B 1LFHA 5CBRA 4MLVA 3KN7A 1PBPA 1TFDA 3N94A 4R2FA 4QHQA 3M3FA 3H03A 3CVGA 3C33A 1GGGA 2Q2CA 5AA1A 3Q25A 4R6HA 3DELB 4THIA 2Q89A 5ICQA 1D9VA 1B05A 1RYXA 3PU5A 4H8IA 3OSRA 4YMAA 4BDQA 1LBBA 4QSEA 3TZAA 2DWIA 1B3FA 3K6WA 2NWJA 1M5FA 3R7XA 3C4MA 1MQDA 4KYSA 1PEBA 2AL4A 1I69A 1GVCA 4RPOA 3DM0A 3T9XB 4XKQA 4X1BA 1ZLQA 2XXHA 4U1ZA 4KCDA 4UA8A 2D5WA 3TQWA 3VVEA 4C0RA 3RNNA 5I58B 4R75A 1IUDA 3PV0E 2UYFA 1IITA 1FTMA 1B9JA 2Z22A 4RPNA 4F3GA 4O3AA 1FQAA 3FXQA 3ILUB 1P1NA 1PC3A 3K4UA 4QFOA 4G2ZA 3KSJA 2PVUA 4H5GA 2B3FA 2LAOA 2GHBA 4Z7EA 1JETA 3HV1A 2I0CA 4ZEIA 2CMOA 1VFDA 4EF1A 5HPQA 1SVXB 2UVHA 2GH9A 3IAZA 3EF7A 1YTVA 2V3UA 3VFJA 1R9QA 1ZTYA 3T93B 4DLDA 2P1SA 1RKMA 4EDPA 4KFQA 1B52A 3QAXA 1O63A 3K1NA 3T22A 3O6GA 3CR9A 4DE8A 2D3IA 2Q9TA 4F29A 1FTOA 2DOJA 2Y84A 3SEVA 4U22A 3FJ7A 1ZJLA 4FEDA 1DTZA 2DE2A 1JQFA 3A3CA 4E0XA 3R26A 5H8QA 4ELPA 1FQCA 1ZU0A 3B6WA 5FTIA 1QKBA 1JVYA 1JVXA 4JWYA 4ELQA 1N3WA 5JEIA 3ONMA 1IXHA 3ZSFA 2NXOA 5CMMA 1MY4A 2V93A 3KJTA 4OXVA 1EU8A 2HAUA 4F2OA 1F9BA 5I57B 2UVIA 3JZJA 4ZEDA 2OWSA 1AMFA 3MP6A 3BBRA 4NF5A 1B4HA 4F1YA 1MXVA 1J1NA 4YKKA 3KZGA 3O28A 4I1DA 2THIA 3K1PA 5DVFA 3T96B 1ZBMA 3MUQA 3K02A 4GOTA 3WAEA 4WXJA 2H25A 3DLNA 2O69A 1LAGE 2OCUA 4TOZA 3N5LA 4ZE9A 1Y3PA 4QRZA 3SKPA 4JBZA 3CI8A 4R9FA 2RCAA 1T0KA 3CFLA 5CC2A 3O2AA 4BDRA 3PMVA 3RTFB 4Q5TA 3SERA 3TFLA 1B1XA 4NF6B 3VXCA 2X7QA 3CSBA 3OO8A 3PPQA 4EQ9A 1B51A 4ZECA 1MS7A 4YZZA 2F6GA 4GF8A 5IAIA 5I56A 3PUZE 1GR2A 1NH7A 2Y7RA 1QULA 1M5EA 1PB8A 2BJJX 2I3WA 5DVJA 2Y7KA 1MPDA 1SW1A 1JEVA 4DCYA 3G3JA 1USYE 5I2KB 4KCCA 4ZS9A 3H6VA 1UQWA 2HAVA 1LSTA 1DOTA 3IO6A 4IGTA 1N7WA 3T66A 1HSEA 1B7HA 2DYXA 4NE4A 1Q1KA 3FV2A 3FASA 4WKMA 2A5TA 1GV8A 2O84X 3FV1A 4MF3A 3FVOA 4GD5A 5EYFA 4YU0A 4M1VA 1B7ZA 1TT1A 4HTGA 3N6TA 3RQTA 3QSLA 4O3BA 3SEWA 1B4ZA 3EQ1A 3QUJA 3MWBA 5CMBA 1XC1A 2DXRA 4EUOA 3FVKA 3RTWB 2OWTA 2Z8EA 1OQHA 1UTHA 2B65A 3Q29A 1B58A 1EZ9A 1DTGA 4G68A 5FTHA 4OQOA 1FTLA 3USDA 2HCAA 1SD3A 3SDFA 2R6GE 5I2NA 4OMBA 2F97A 2PBWA 4PETA 5H8FA 4U23A 1URSA 2VD2A 3VDFA 1QUKA 1MY3A 3VLWA 4KR5A 1ATGA 5CM6A 2NVUB 1AL3A 4ZEKA 1NL5A 2ONRA 4NWCA 2ZYNA 3ZKLA 1B5JA 4OFJA 5DT6A 4TQUQ 4GXAA 4IO4A 4U1OA 5H8SA 3TTMA 1Y3NA 1B3HA 1MXWA 4OYVA 2ZMBA 2CZLA 1B6HA 4U2RA 3MW0A 1SBPA 1PDAA 3KBRA 1B5IA 2M8CA 4IO5A 3A09A 3U92A 3VXBA 3GBAA 1A40A 4AB5A 3MZ9A 3D4CA 3OXNA 3PPNA 1URGA 3ILTB 5IKBA 2UVJA 4E0WA 1L5TA 4OFOA 1FCKA 3FVGA 2XXWA 3LUYA 3S4UA 5I58A 2E0SA 3IB0A 4F39A 2HQ0A 2KLFA 1URDA 3RGYA 2DVCA 1IQ7A 1WVJA 4OTEA 4U4XA 1IZ1A 3IR1A 3E3KA 3KG2A 2Z23A 4GLIA 4FEBA 4PP0A 1USYH 2RKMA 1SYIA 2VD3A 2XHDA 4N13A 1B40A 1POY1 4H65A 3PGFA 1XOCA 3OEKA 3CG3A 1FQFA 4LONB 1Y1MA 2DE4A 3PPOA 4X1DA 4OERA 2FYIA 2I4CA 3S2VA 3FJGA 3C35A 1PB7A 4IB2A 5FHMA 2UVGA 2IEEA 3BKIB 1MQHA 5JTYB 3HHGA 3QK6A 1Y20A 1FW0A 3K01A 3F11A 3H6UA 1H76A 2GFEA 3TTRA 1FQEA 2ZNTA 4QSCA 2R9JA 3VLUA 3H6WA 1NNKA 3QUFA 4HS7A 3PUYE 4F3PA 1QVSA 1A8EA 4LQ2A 1VSOA 2PMSA 2G93A 4GIZA 1EZOA 2D21A 3FGSA 4GL8A 1JW5A 1N84A 3AXFA 4MBPA 4F18A 2QMXA 1O7TA 5TP9B 5I57A 4FECA 2XD3A 1M5BA 1B32A 4I9DA 4X48A 4YMBA 3TTNA 4FIMA 4LZ7A 4FORA 2RC9A 3KN3A 4LZ5A 3MBPA 3H4ZA 4F1UA 5FHOA 1AOVA 2FNCA 2GHAA 4RYAA 4P11A 5M2VA 1VR5A 4BDOA 4IY6A 1S7YA 4LVQA 3G3IA 1MG1A 2X7PA 3K6VA 1LLSA 1CE2A 3EPEA 3KSXA 3TEPA 3DP4A 3OENA 1B3LA 1SQYA 2XX7A 5TU0A 2H99A 4FAJA 3R6UA 4ONYA 3MAMA 1MDQA 2Y7PA 3OMBA 3HN0A 3MZ1A 2OBGA 1LAFE 2F6PA 3CSGA 4RK9A 3Q26A 1P99A 5I59B 4MH5A 1NFTA 1Y3QA 3ODBA 1N7XA 3Q27A 4GVOA 1POTA 1ZKBA 3FATA 2HZKA 1YPNA 4TLMB 1LB9A 1QUJA 4NF6A 2DP8A 1S50A 3MZBA 1FQBA 1XS5A 1XHYA 4O3CA 2ZYKA 3IOUA 3A3UA 2DQVA 4GQOA 2O1MA 3S9NC 3OSQA 1JW1A 5I2KA 1MDP1 4F31B 3G7WA 3HCQA 3UP9A 1OQGA 5J1DA 1A99A 3UGWA 2F7CA 4ND9A 3EN3A 1I6AA 2QS2A 3C36A 4G8MA 1MH4A 1BIYA 2V3TA 1MQIA 2ONKE 1P1QA 2VOZA 2UXAA 3MJNA 4NWDA 4K3FA 2YPNA 4IO2A 1XVYA 2QS3A 4H8JA 1M5DA 2W7YA 3PPPA 4GFRA 3CIJA 5ELVA 2ALUA 1EH3A 3BFUA 4G4PA 5L9OA 1BTJA 1ZIUA 3JV9A 4ISUA 3SETA 3IOTA 4ZZAA 4G68C 1SW2A 2ZNUA 4FE8A 1B1HA 3FXUA 1FQDA 1P1WA 4L17A 5F1QA 3PUVE 4IO3A 2O68A 4H0WA 3IL1B 4KPTA 4PQJA 3I5OA 3TTLA 4H67A 3KOSA 1A7LA 4QF9A 2AYSA 1SYHA 2I49A 4PFUA 4DXCA 2O51A 4EQBA 1I6QA 1MY1A 1HSLA 4F19A 1I6BA 1ELJA 3KN8A 1AH5A 4F22A 4XKNA 1MM6A 4G8NA 3E13X 3RPWA 4LA9A 5DVIA 4F2QA 5AA3A 3PMXA 4OWDA 3K1MA 1US5A 4R6KA 2F34A 5ICTA 3G3GA 2PT2A 4QFLA 4I62A 4ZEFA 2X26A 2B3BA 1US4A 3TYHA 2V3QA 2QRYA 3E4RA 3O9PA 4NMYA 1VE4A 5KZTA 2GRVA 4LATA 4EXLA 2PT1A 4BLAA 3PD8A 1P1UA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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