2Y7PA

Dntr inducer binding domain in complex with salicylate. trigonal crystal form
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
MDPFASTRTFNLAMTDIGEMYFMPPLMEALAQRAPHIQISTLRPNAGNLKEDMESGAVDLALGLLPELQTGFFQRRLFRHRYVCMFRKDHPSAKSPMSLKQFTELEHVGVVALNTGHGEVDGLLERAGIKRRMRLVVPHFIAIGPILHSTDLIATVPQRFAVRCEVPFGLTTSPHPAKLPDIAINLFWHAKYNRDPGNMWLRQLFVELFSEAHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal Structures of Dntr Inducer Binding Domains in Complex with Salicylate Offer Insights Into the Activation of Lysr-Type Transcriptional Regulators.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription regulator
source organism Burkholderia sp.
molecule keywords LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
total genus 67
structure length 215
sequence length 215
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-02-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7pA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2y7pA02
3TUSA 3CFLA 1ANFA 1Y3PA 4LVQA 1NNKA 4LUBA 4ESWA 3R6UA 2AL5A 2XD3A 1UIVA 4U4SA 2DP8A 2R6GE 4IGRA 4TLMB 1URGA 2Q2AA 1MY4A 3TTKA 4EQBA 1B5HA 4DDDA 4ISUA 3EQ1A 3TCFA 4PFUA 1JEVA 2OCUA 3PV0E 3C4MA 1QUKA 4YMBA 1N3XA 3K6XA 1XS5A 2RF1A 3N6TA 1JNFA 4XKQA 1S7YA 1RKMA 1B3HA 4LZ7A 2H25A 4OERA 5KDTA 2AIXA 2ZYNA 1OVBA 3QAXA 2F34A 4C0RA 3EN3A 5AA2D 2QS2A 1MM7A 4F3SA 2I58A 3GXAA 3R26A 1DMBA 3CG1A 3T9XB 3TTLA 1H3DA 1S50A 3A3CA 1LFGA 2Q2CA 4DCXA 3SDFA 3A3UA 3LSFB 1NMUA 4GOTA 4HW8A 4ZEBA 3FD3A 3KN7A 5H8QB 1SVXB 3G3JA 3K1PA 1POY1 4PQJA 2YJPA 1JW4A 1UTHA 1B46A 1R9QA 4POXA 1TXFA 4U2RA 4OESA 2Z22A 1A8EA 3S9NC 4OFOA 2D21A 1M5DA 1A54A 4YKIA 4P11A 3PPOA 4FORA 1FQFA 5CRYA 3G7WA 5I57B 4LA9A 2O51A 4WEDA 4M4GA 1LB8A 1OVTA 3T96B 3F11A 2CZLA 5FHMA 4X48A 1PB7A 5KCJB 4F1UA 1XT8A 1ZU0A 4XKNA 3IK6B 5CBRA 4EF1A 3DM0A 4NF6A 5FTHA 3KJTA 4NF8B 4KI0E 1M5BA 2P1SA 4GLIA 1PBQA 3SEWA 1FTLA 2I0BA 5K2YA 2DVCA 5CI5A 1MRPA 4YAHX 3TAJA 5CMBA 3Q29A 2V3TA 4AQ4A 4X9TA 3S2VA 2RC9A 1VR5A 3CVGA 3VV5A 5CC2A 3FVNA 4OFLA 1DTGA 1I6AA 2UVJA 3LSXA 4U4XA 5DT6A 3ZKLA 3VLWA 2NOOA 2O1LA 4RPOA 5TPAA 2THIA 4TOZA 2H99A 3H3GA 2YLNA 2QS4A 4BDLA 4EUOA 3HV1A 1NNPA 1SW4A 3U94A 1OLCA 1HSLA 2VOZA 3K00A 3CSGA 1EU8A 1LFHA 4F39A 2O84X 4RXLA 5I2NA 1PBPA 2XX8A 3GBBA 1BP5A 3RT6B 2ZXTA 4BDQA 4HCYA 3SEXA 5BWJA 1US5A 1B7HA 4OYVA 4KYSA 2FNCA 1SW1A 3WAFA 2Z8DA 3RY3A 1B0LA 3MP8A 2QS1A 4F3PA 2XXWA 2DS9A 2D3IA 1LAGE 4G8MA 4AB6A 2DQVA 3HO7A 4U22A 1DPEA 2P0SA 4UACA 4XXUA 5DEXA 1US4A 5CMKA 1Y9UA 3H6VA 5JTYB 1CE2A 5H8FA 1LAHE 2Y7IA 4G2ZA 3SEYA 2Z8EA 3IJOB 4QHQA 3IOTA 4ELQA 2B65A 3SKPA 2HZLA 4F2QA 2DWIA 2Z8FA 1B1HA 3FXUA 4H1XA 3SETA 4ELOA 3FATA 4MLVA 1OLAA 1P1UA 1BTJA 3HPIA 3PMWA 4ONYA 3VFJA 3ZS6A 4H8JA 3C32A 2GHAA 1FCKA 2Y84A 5H8HA 3FIRA 3CFXA 2I4BA 5I58B 4R6YA 2V25A 2Y7KA 2I6EA 1A7LA 5A5XB 4FEBA 3VXBA 3HHFA 1LBCA 5ISUA 4U23A 4DXUA 3OENA 1B2HA 1FQBA 4E0XA 1SYHA 4G4PA 3PGFA 4NF5A 3S4UA 3UORA 1B3FA 4NF4A 4GD5A 1Q1KA 1O7TA 3OMBA 4IO6A 4R74A 3T9VA 2X7QA 4YB5A 4JB7A 1MH3A 2VGQA 4QSCA 1LLSA 5AA2B 1QVSA 1FTOA 4XKPA 1UIUA 2I48A 3MVZA 1BIYA 1ZLQA 2ALUA 3TZAA 2HAUA 2V84A 3K1NA 4I9DA 4EXLA 3OEMA 3LUYA 3PUZE 4XKRA 4ECFA 3DP8A 5I2KB 1I6QA 2RKMA 1A99A 4DLDA 3MBPA 1CB6A 4U1OA 4HCWA 1MPBA 4NTLA 3VVEA 3FXRA 4PE5B 2HQ0A 3TCGA 3FJGA 1MXZA 4NWCA 4H0WA 4IY5A 1B7UA 1PB9A 4DXCA 4RYAA 1R1NA 3IB1A 4KQPA 3MVXA 4IB2A 1B4ZA 3OO9A 4RNSA 5K2XA 2NVUB 3GBAA 1LAXA 3K02A 1IIWA 3PPQA 3IO4A 1SI1A 1NNFA 2ZYKA 2FYIA 2VD2A 5I59B 5LOMA 5DVJA 4KD5A 1O63A 3H6WA 4IO4A 3JYRA 3TQLA 1J1NA 4KPTA 4RK9A 4EF2A 1TWYA 3PUXE 3QSLA 3CFZA 1Y3NA 2B3BA 4QF9A 3MQ9A 5H8NB 4O3BA 4U21A 2V3QA 1B3LA 3VDFA 1OIBA 4G68A 3QUJA 4LQ2A 3MPKA 2REJA 4FATA 2DVZA 4RA1A 1ZTYA 4O3CA 4WXJA 2A5TA 4IO5A 5FHOA 5AA4B 3LR1A 3K01A 1XC1A 4JSOA 4DZ1A 3O66A 5B7DA 3N26A 3TQWA 1MXYA 2QL3A 1SD3A 3RUMA 3THIA 2RC7A 5KCJA 2F36A 4XTCQ 3V83A 1B52A 3W9VA 1XHYA 4G8HA 1MQHA 4NF8A 1JEUA 4GL8A 4KR5A 2M8CA 5FTIA 4Q30B 4ZE8A 1EH3A 4N07A 2OZZA 5JK4A 1B05A 1SQYA 1A8FA 1MH4A 3PUYE 2G29A 3RN8A 3E4RA 2XXHA 2XX9A 3E13X 2F8DA 2NXOA 4KYDA 2D5WA 4KYEA 2PVUA 2VHAA 2I3VA 3QK6A 1XVXA 3UGWA 4QFNA 1N76A 1B1XA 3IL1B 2ZYOA 5HPQA 5CMCA 1EZOA 5DYHA 2QJEA 3D4GA 2WKYA 3I6VA 4MBPA 2F7AA 1P1OA 1AL3A 2Y7RA 3OO6A 3C34A 3N94A 4F3BA 2ZNSA 3C35A 2HXWA 2VP1A 3Q28A 2HZKA 5TP9B 1SYIA 1FQEA 2O69A 4YICA 4FEDA 4ELPA 3MPLA 2REGA 4BDRA 3QYTA 2PMSA 5JTYA 1FQCA 1H43A 2UVIA 4H5FA 3TTNA 4G68C 1LAFE 3H4ZA 1R6ZA 3VXCA 3TODA 4R75A 3BKIB 4YB7A 3UA8A 3WAEA 4R2FA 1VFDA 4R9GA 3T93B 4G77A 4JWYA 4AB5A 2F6PA 3C9HA 1H76A 1IITA 4X1DA 1MY0A 3ZKKA 3MP6A 3W9WA 2XXUA 2I4CA 2RINA 3U8QA 3HCQA 3ODBA 1TT1A 1QULA 3E3KA 5DVFA 1MY2A 2HCAA 5A5XA 3KSXA 4R73A 3OSRA 2XXVA 3CSBA 4R72A 4OTEA 4R6HA 2XXPA 1N7WA 1QKAA 4NEDA 1TFDA 5CMMA 1MXXA 1ATGA 2DSFA 2PX1A 1VFEA 1L5TA 1FW0A 3ECRA 1MQDA 2Q89A 4GF8A 5KDTB 3GZGA 1VE4A 3RT8A 4ZE9A 5ICTA 3K6VA 1Z7ME 4ESXA 4H8IA 4THIA 4Z0IA 4F19A 4ELRA 3H7MA 2BJJX 3PMXA 1TFAA 3VLUA 1PB8A 2XXXA 1P99A 3H03A 1IXHA 2XXIA 1Y1ZA 4H65A 3P7IA 1FQAA 1B40A 1NFTA 3L6GA 3PD9A 2RC8A 4MF3A 4IGTA 3MW0A 2Z23A 2ONSA 4Q5TA 4BLAA 1NL5A 3O6HA 1AIVA 2FA7A 5I2KA 1R9LA 2DWHA 5EHMA 2X7PA 4OXVA 3MVYA 3O6GA 2GHBA 3PMVA 3PUVE 4EXKA 3FVOA 3BBRA 4EQ7A 1RYXA 3FZVA 2RCBA 4DE8A 4WEPA 4ZEIA 4WKMA 3T22A 3OO8A 2H9BA 4GXAA 1HSEA 3KOTA 2ZYMA 3U93A 4F31B 4LP2B 1ELJA 1B3GA 2HEUA 1MDQA 3O6IA 2HAVA 2O6AA 3TYHA 1SW2A 3K6UA 2F6GA 4NF6B 3JV9A 2XXYA 5I59A 3D4CA 3KOSA 1NNTA 2XXQA 4POWA 3KBRA 4MH5A 4O3AA 2UVGA 5CBSA 3G3HA 5TU0A 1WDNA 3FASA 1Y20A 1B6HA 3K0VA 3VVFA 3FVGA 5F7VA 3MAMA 1N3WA 3I5OA 5I56A 3OEKA 5TPAB 2ONKE 3N6UA 4ZECA 1YTVA 4UA8A 4F1YA 3B7DA 1DTZA 1D3KA 3C36A 2ANJA 4IO7A 5L9MA 3BFTA 2UXAA 1SBPA 3SEVA 5I84A 3FUZA 4I62A 4OMBA 4LATA 1NH7A 3SEUA 3MZ1A 3FJ7A 3JZJA 2XX7A 3H6TA 1B32A 4JBZA 3U72A 4PETA 2UVHA 4GL0A 1NH8A 1LGBC 3C33A 3Q25A 3CIJA 1JQFA 2F7CA 2DE4A 2XHDA 4QFKA 4FAJA 1YAEA 3BFUA 1Y1MA 3TTMA 1M5FA 1VSOA 4Q8RA 1H45A 2F7BA 2OWTA 4OQOA 1P1QA 1IXIA 1BKAA 3KFMA 3MJNA 3S9LC 3M8UA 1IZ1A 1MPDA 3T66A 4PFWA 3DLNA 1JW1A 1AOVA 1MQIA 4P0GA 4F3GA 1D9YA 4JXIA 1XOCA 3PUWE 5B70A 1OQHA 1Q35A 1B7ZA 3N5LA 4GQOA 4IO2A 1WVJA 3B6TA 3DELB 4GWOA 5H8QA 1SW5A 1POTA 3CR9A 3V8XB 3SESA 3OELA 2ZNTA 5HM4B 1N7XA 3MC2A 4NF5B 2UYFA 4NF4B 1UTBB 4U1ZA 5TP9A 3IOWA 3I3VA 4GFRA 2H5YA 2DOJA 2XXTA 4N6PA 2ONRA 5L8DA 3O9PA 3FGSA 3FV1A 4LZ8A 1MXUA 4OFJA 1II5A 5I57A 3LBSA 3CI8A 3E9XA 1MS7A 4R2BA 4P0IA 5DVIA 4ZS9A 2PT2A 3FV2A 3IJXB 4GXSB 1LCFA 1GTKA 1JVYA 2O7IA 2F97A 1QUJA 1WODA 4HS7A 3USDA 3OD7A 3M3LA 5L9SA 3RGYA 3KEIA 3PPPA 1D4NA 4IY6A 3IOVA 1N0TA 2DWAA 1P1NA 1Y4CA 2QS3A 4BDMA 2DWJA 3KN8A 4Z7EA 2F5XA 1B51A 1PEBA 2NWJA 2Q88A 3O2AA 4KCDA 3TPAA 4PP0A 2E0SA 4JSDA 3Q26A 3RTWB 2R71A 3T9UA 3M3FA 4KFQA 4X1BA 1SI0A 3DP4A 4F1VA 4N13A 4DXBA 1EZ9A 1M5EA 3B6WA 3FJMA 4H6DA 2YPNA 3DP6A 2P2AA 3OO7A 1LFIA 4FIMA 3Q27A 3KGCA 3L6HA 4QSDA 3RTFB 1IQ7A 1A40A 2OBGA 4OETA 3H06B 4I8CA 3PU5A 1LBBA 4G68B 4NWDA 2V93A 1MDP1 3C31A 2QPQA 3V5AA 1B58A 4QFPA 2Q8JA 3OSQA 1B3EA 3VE1B 3EHTA 5HBCA 1I69A 2R9JA 2B3FA 4TLLB 1GGGA 2IA4A 3K1MA 5IKBA 4YKPA 4GVOA 4F2OA 4MLQA 3UIFA 2A5TB 4JDFA 4OEUA 3KSJA 1XVYA 1T0KA 2ESNA 3G3KA 4HTGA 1I6BA 2I49A 4GRKA 4QFOA 3KZGA 2IEEA 3FXQA 3RLFE 4TQUQ 3IB2A 4ZZEA 4QRZA 2XD2A 4JWXA 4NMYA 3MUQA 1FTJA 1P1WA 1USYE 3R7XA 2DYXA 1ZIUA 1JETA 2QMXA 2H4IA 3OXNA 4DIGA 3ILTB 1EZPA 2OLBA 4XIGQ 5I58A 5ICQA 2DE2A 2KLFA 1QUIA 4YMAA 2I0CA 3TELA 5F1QA 1DOTA 4C1UA 4RY1A 4K3FA 2RCAA 2QRYA 1O64A 1OMPA 3O28A 1NKXA 4I1DA 1PC3A 2AL4A 4YKJA 3TCHA 4FJPA 2VD3A 1HSJA 3B6QA 1MQGA 3TMGA 4QSEA 4ZZAA 5AA2A 3MP1A 3TFLA 3UN6A 5ITPA 3UP9A 1MG1A 2QMWA 5L9OA 4OWDA 3M3KA 4H5GA 3MWBA 3K2DA 3O29A 1QW0A 4OZ9A 1H44A 3V89B 1S9TA 3IOUA 2O7UA 4EQ9A 1PDAA 4ZEFA 2ABHA 4MFIA 1UTHB 3RNNA 1FQDA 4F22A 3RQTA 2UYEA 3MVWA 4QFLA 3A09A 1N04A 2ZMBA 1BLFA 3HHGA 3VVDA 2O1MA 1USYH 4RK2A 3SERA 3QUFA 3ILUB 4E0WA 3LSWA 4ZDMA 3MZ9A 2W7YA 2A5SA 3IX1A 3H6UA 5ELVA 1ZJLA 4C1TA 2Y7PA 4L17A 4ZEDA 1AH5A 1Y4TA 3UK4A 4YKKA 3IORA 5EHSA 3RPWA 2PBWA 1LCTA 1B0HA 4PFTA 2I3WA 3PPNA 2Y7WA 1ZKBA 4R9FA 2F35A 1DSNA 5H8SA 2DXRA 2GRVA 2QSXA 4RPNA 2O68A 4NE4A 4EDPA 4OEVA 2ZNUA 1KWHA 1B9JA 3VLVA 2G93A 5AA3A 2DXYA 1F9BA 5DTBA 3TTRA 1RYOA 3HSTA 5H8NA 4JWOA 4OHNA 2H98A 4BDOA 1LSTA 3LSLA 2PYYA 4G8NA 4M1VA 3S9EA 1A55A 3TEPA 3MZBA 2XXRA 1ZBMA 2LAOA 5FHNA 1JVXA 1UTBA 3IAZA 4BDNA 1IXGA 1B5IA 2HFBA 3W15C 2GFEA 3LC8A 4F29A 4YU0A 1MY1A 5AA4A 2F78A 3FVKA 1Z7NE 2V3UA 3ZSFA 5CM6A 5I2NB 5IAIA 3G3GA 1MY3A 3T9HB 1GVCA 3IR1A 1ZMGA 3ONMA 1URSA 1IEJA 2GH9A 5EYFA 1LB9A 4FECA 3EHUA 2OJTA 5DEXB 4ZEKA 1M5CA 5H8FB 4OVJA 5ITOA 1GR2A 3KN3A 3S9MC 1IXCA 2E1SA 3G3IA 1FTMA 1JW5A 4H67A 4RJZA 1Y3QA 2X26A 1OQGA 3PPRA 4FE8A 2DE3A 3K6WA 3QXMA 5AA1A 1B4HA 1N84A 3CG3A 3IO6A 4OENA 1AMFA 1QKBA 4PFYA 1GV8A 4R6KA 1MXWA 2OK2A 3U1OA 5AE4A 3AXFA 3EHSA 5J1DA 2CMOA 1MPCA 2Q9TA 3G3FA 5H8HB 4LONB 1QJMA 4Q0CA 3KJ7A 3CRBA 1MXVA 3TDJA 2OWSA 4LQ5A 1D9VA 1UQWA 3OOAA 4YB6A 5BUUA 1YCJA 4GIZA 5M2VA 1SDXA 3O97A 3KG2A 3EF7A 1MM6A 4F18A 1DPPA 5I56B 3QIMA 3PD8A 4ND9A 1URDA 3K4UA 1B5JA 4DCYA 4YZZA 4KHZE 3U92A 3TKDA 3HN0A 4KCCA 3GLBA 2AYSA 2PT1A 1FTKA 3EPEA 4IO3A 5KZTA 3IB0A 5JEIA 4LZ5A 1IUDA 1YPNA 2NUVA 1MQJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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