2Z8DA

The galacto-n-biose-/lacto-n-biose i-binding protein (gl-bp) of the abc transporter from bifidobacterium longum in complex with lacto-n-biose
Total Genus 145
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
145
sequence length
401
structure length
401
Chain Sequence
DDGGVVNITYMHRLPDSEGMTLVNDIVAKWNKQHPDIQVKATKFDGKASDMIKKLETDVKSGEAPDLAQVGYAELPEVFTKGLLQDVTQYAEQYKNDFASGPYSLVQVGGKAYGLPQDTGPLVYFYNKAEFEKLGITEIPQTADEFIAAAKTAAAAGKYIMSYQPDEAGNMISGLAGASGGWYKVKGDSWVVNTETDGSKATADFYQQLLDAKAATTNPRWDPSFDASIKDGSLIGTVAAAWEAPLFMTSSGGTGSGEWQVAQLGDWFGNAGKTGPDGGSAVAVLKNSKHPKEAMEFLDWFNTQVPDLVSQGLVPAATTEDAETPSEWSTFFGGQDIMKEFKTANNNMGDFTYMPGFSAVAAKMNETAAKATDGSGKVADIFSDAQTTSVDTLKNFGLSVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analyses of solute-binding Protein from Bifidobacterium longum specific for core 1 disaccharide and lacto-N-biose I.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Bifidobacterium longum
molecule keywords Galacto-N-biose/lacto-N-biose I transporter substrate-bindin
total genus 145
structure length 401
sequence length 401
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8dA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8dA02
1ANFA 3TZAA 3S2VA 2OJTA 3T9XB 2XXVA 4EDPA 1MY3A 4ND9A 4ELQA 1R9LA 4G2ZA 2DOJA 1MXWA 1ZTYA 2BJJX 1LCTA 2XXUA 4F31B 2H99A 3TKDA 4YKPA 4ZE9A 5H8HB 2Q8JA 1TT1A 1A55A 4JDFA 5TPAB 2XX9A 3PGFA 1XHYA 1QKBA 4E0WA 3PV0E 2REJA 3PD8A 4NWDA 2XHDA 4MH5A 1LAGE 1M5DA 3TTMA 4EXLA 3MVWA 1EU8A 3MAMA 1MM7A 1WODA 3KN3A 4Q0CA 4FATA 2I3WA 4R9FA 3FD3A 3TELA 3OENA 4G77A 1JEVA 2QS2A 5KCJB 3IJOB 4Q30B 4ZDMA 3N6TA 1FTLA 3KZGA 1Y4CA 5H8HA 3KBRA 2Y84A 1LB9A 3KFMA 5TPAA 2XXWA 1H45A 1EZ9A 3IOTA 1B6HA 4OFJA 1Y20A 2F5XA 4H5GA 4QSEA 4X1DA 5CBRA 1MXUA 1R9QA 2QMWA 1NNPA 3T22A 2OBGA 1SDXA 2F7CA 3FASA 1KWHA 5KCJA 1MQDA 1M5BA 3O6GA 5DEXB 3S4UA 1QW0A 1IUDA 2F7BA 5DVIA 1BTJA 2GHBA 4N13A 2I49A 3TTLA 2I4BA 4O3BA 2RF1A 4I1DA 1UTBB 1QUJA 2HAVA 1MXVA 3K1NA 4DE8A 3KGCA 4KD5A 3V83A 2OZZA 3KOSA 4H67A 4DCXA 3WAFA 1NMUA 1B3EA 1EZPA 2IEEA 1N7XA 4GL8A 4NE4A 1R6ZA 2DE2A 2QMXA 3MW0A 3EPEA 2FA7A 3TFLA 1F9BA 1VE4A 1SW2A 3VLWA 4H1XA 3JYRA 3T9VA 4BDOA 2ZYOA 5H8SA 1OMPA 4U23A 1NFTA 1TFDA 3UA8A 3OO7A 3VV5A 4BDLA 2CMOA 4EUOA 4PFYA 4TOZA 1B51A 1TFAA 2X26A 1MY2A 2D5WA 3IO4A 1B5IA 4LP2B 3VDFA 3BFTA 3K6UA 5FHOA 4F1VA 5I57B 1DTZA 1TXFA 3U1OA 2UVJA 1IZ1A 1N04A 3O97A 1JETA 2G93A 3CFLA 5AA2B 3PMVA 5HBCA 1SYHA 4EQ7A 3S9LC 4HCYA 3KJTA 5AA1A 3M3KA 3SERA 3H03A 4R72A 3FXRA 1H3DA 1US4A 3B7DA 2Y7IA 5FTIA 2WKYA 1MM6A 2DXRA 3O6HA 3SEVA 2DWJA 2F78A 3TYHA 3G3FA 1B5JA 3UK4A 3ILTB 1US5A 1GGGA 1R1NA 4RPOA 3K01A 3TPAA 1BIYA 2QJEA 4LZ5A 2UYEA 1OQGA 2Z8FA 2A5SA 1A40A 2GRVA 4G68B 3SDFA 1LBBA 1POTA 2P0SA 5CMKA 3TCGA 5K2XA 3C34A 4MFIA 1QUKA 3FXUA 4F2OA 4RK2A 5M2VA 1Y4TA 4F19A 2HXWA 4NTLA 3H3GA 1AL3A 3MP8A 1IXIA 4U4XA 4OERA 4OEVA 2YLNA 4LQ5A 5DVFA 3IL1B 1IXHA 1AOVA 1YPNA 4G68A 3I3VA 2AYSA 3TUSA 4YZZA 1NKXA 3FJGA 4F3PA 1FW0A 3QIMA 4NMYA 3PUWE 1TWYA 3RT6B 3G3JA 1QULA 1BP5A 4KYSA 2RC7A 2DYXA 3FJ7A 4RXLA 4NF8B 2QS1A 1ZIUA 5CI5A 3DP6A 4DCYA 5AE4A 4U1ZA 4Q8RA 3TQWA 3T9UA 3Q27A 2Y7KA 4PP0A 2E0SA 2F8DA 5F1QA 5DYHA 3U72A 1LGBC 4JSDA 5EHSA 1GV8A 4OESA 4NF8A 4E0XA 2RC9A 1XC1A 2W7YA 1Y1ZA 1SW1A 1LCFA 4YMAA 1MXZA 3FV1A 1URGA 1MQIA 2AL5A 3VVDA 4ESWA 3K4UA 3SKPA 3CG1A 4G8HA 3PMXA 4NEDA 5JTYB 4LVQA 4QFPA 1HSJA 4DXBA 1ZU0A 4DDDA 1Z7NE 3U93A 4ONYA 1OVTA 1MPBA 3F11A 1DPEA 3IO6A 2PYYA 3MC2A 3UIFA 1XOCA 4H8JA 3DLNA 1DPPA 4IO2A 2B65A 4U2RA 4OENA 4QF9A 3H6WA 3IJXB 1H43A 4FJPA 3IOWA 1NNFA 5JTYA 3N94A 4ELRA 4ZEBA 4FECA 3ZKKA 3GBAA 2I4CA 2ONSA 2XX7A 5F7VA 1M5FA 3PUYE 1MH3A 2OWTA 5BUUA 1LSTA 1BLFA 4THIA 1B32A 3H4ZA 1AMFA 5EHMA 5ITOA 5TP9B 3A09A 4P0IA 4LQ2A 3PUVE 5H8FB 3R26A 2O7UA 4XKQA 4ELOA 1B05A 1PB9A 3MUQA 3OMBA 5I58B 3UGWA 1S50A 3FV2A 5FHMA 2VD2A 4PETA 1MQHA 3USDA 4RY1A 5CMCA 2GFEA 4KHZE 2QPQA 2QRYA 1IXGA 2V3QA 1XT8A 5TP9A 1MQJA 5DTBA 1B1HA 3VLVA 4EF1A 4YU0A 5H8FA 4KQPA 5B7DA 1NL5A 3CFXA 3KJ7A 5I58A 5IAIA 5LOMA 1ZKBA 4IGTA 5AA2D 3PPQA 1GTKA 1PC3A 4X48A 1DMBA 2VHAA 2I3VA 1XVXA 4KCCA 5JEIA 1VSOA 3W9VA 2I0CA 4BDQA 2O1MA 5CRYA 5ICQA 1XS5A 1B3LA 3MZ1A 4IY5A 2V3UA 1MXYA 1VFEA 1UTHB 1VR5A 2OWSA 1A8FA 5ICTA 3IK6B 1DOTA 3D4CA 3C9HA 2NWJA 3RTFB 1RKMA 3LUYA 2A5TB 4OZ9A 3B6TA 1O63A 3IOVA 1JNFA 3VLUA 5ELVA 3THIA 2Q2AA 1SYIA 1M5EA 2F7AA 1UTHA 2XXXA 2H9BA 4C0RA 2DE4A 3LBSA 1J1NA 3BFUA 4XIGQ 3RT8A 1WDNA 4ZZEA 2M8CA 3TODA 4PFUA 5KDTB 1UIUA 2A5TA 1GVCA 1YCJA 4WKMA 4F3GA 4IO3A 1S7YA 3UORA 2OK2A 1RYXA 1N84A 2XXTA 3RPWA 3HV1A 3PPNA 4I62A 4KI0E 2OCUA 4RPNA 3HO7A 1HSEA 4OWDA 1S9TA 2H25A 5KDTA 1NNKA 3IB0A 1N76A 5CMMA 3HHFA 4RNSA 4RA1A 4DXCA 4QFKA 5FHNA 4R2FA 2RKMA 1OIBA 1QKAA 4IB2A 4F29A 5IKBA 3K1PA 1Q35A 5TU0A 1ZJLA 2F35A 1D3KA 4YB7A 3QXMA 1PB7A 4GXSB 3IORA 1P1OA 3PUXE 2ZXTA 3TTNA 1N7WA 3R7XA 1B4ZA 1T0KA 1JW4A 3ZS6A 5ISUA 2DXYA 2F97A 2QSXA 3RQTA 2I6EA 2OLBA 5A5XB 1YAEA 1LFGA 4KYDA 5AA3A 3OEMA 4YKKA 4ECFA 4XTCQ 3DM0A 3ECRA 4RK9A 4BLAA 4GOTA 4MF3A 3S9EA 3FATA 4RJZA 3U8QA 1LAFE 1FQEA 4OHNA 1FQDA 4QSCA 3FIRA 3FUZA 4MLQA 3UP9A 2YPNA 2PX1A 3CR9A 1D9YA 2HEUA 3E13X 2PT2A 5A5XA 4NF5A 3Q26A 3MVXA 4OTEA 1O7TA 3L6GA 4Q5TA 2UVGA 2ZYKA 4QHQA 3RY3A 2B3BA 2VD3A 5I84A 4GIZA 3VXCA 3B6WA 5I2KA 2Y7WA 2IA4A 2VGQA 3M3LA 5K2YA 1UQWA 3G7WA 1JVXA 4EQBA 1AH5A 4RYAA 3K1MA 5L9SA 4OMBA 1HSLA 3VE1B 2Z23A 3RGYA 4ZEKA 3EQ1A 3MVYA 1YTVA 4GFRA 4BDNA 1FTKA 5H8QB 3SEYA 4R6YA 3T66A 5AA4B 4JSOA 3PMWA 1IQ7A 2LAOA 2RC8A 3RNNA 1N3WA 3T93B 3JV9A 4EQ9A 3TTRA 1Y3NA 4OFOA 1PEBA 3N26A 2Q9TA 1H44A 2HQ0A 1Y9UA 2ZNTA 5L9MA 2YJPA 3MP1A 1LAXA 3IB2A 4DLDA 1MDQA 3C33A 5H8QA 3MJNA 3O9PA 1OQHA 5AA4A 3G3IA 4JWYA 1QVSA 2V84A 2XXYA 4YMBA 1D4NA 1PBPA 1D9VA 3QK6A 1LAHE 4P0GA 2O7IA 3LSWA 2HZLA 3K6WA 4I9DA 4QRZA 2AL4A 2HFBA 4FEDA 4F18A 3BBRA 4KR5A 4XKNA 4F2QA 4ZECA 2D21A 4R6HA 1B0HA 3QAXA 2ESNA 4C1TA 2Z8DA 1FQFA 2O6AA 2O1LA 3FVNA 1P1UA 2NVUB 3ZSFA 4IO7A 3V8XB 1MPDA 1I6AA 2ABHA 3PUZE 4YB5A 4LZ8A 2O69A 2RCAA 4F3SA 1JW1A 1MQGA 3KG2A 2Y7PA 3RN8A 1Y3QA 2H5YA 4MLVA 2G29A 2PVUA 1IIWA 1ELJA 2V3TA 3QSLA 1B58A 1A7LA 3O66A 4ZEFA 1USYE 2XXRA 1B2HA 1P1NA 3E4RA 3P7IA 4F22A 4DIGA 2V93A 4ZEIA 4EF2A 1N3XA 1FTMA 1M5CA 1FTJA 4LONB 3GXAA 4F1UA 2H98A 2O51A 4ELPA 4GXAA 4FAJA 3FZVA 3IX1A 4GF8A 5BWJA 4XXUA 2Z22A 2UYFA 4PFWA 1I6BA 3I6VA 5HM4B 4G8NA 3JZJA 4G68C 2Z8EA 2O68A 1MY1A 2REGA 4DXUA 3O29A 4FORA 3CSGA 4ISUA 2Y7RA 2XXHA 3IB1A 3H6UA 4H6DA 3QUFA 5JK4A 3CRBA 1JQFA 4GVOA 3KOTA 4F3BA 3PPPA 4O3AA 4ZZAA 1FCKA 2DWIA 2HCAA 3TCFA 4IO4A 4DZ1A 4OXVA 3OSRA 3H6TA 3C36A 1N0TA 3V5AA 4OEUA 3HN0A 5EYFA 1FQBA 3C35A 3ONMA 1B52A 4YB6A 3FVOA 4TQUQ 4GQOA 4KPTA 2F34A 3KN8A 1GR2A 2XD3A 1QJMA 1A99A 1LB8A 4JWOA 1A54A 4LUBA 2R6GE 1ZBMA 5L9OA 3E9XA 3S9NC 3VVFA 4OYVA 1FTOA 1SQYA 3MPKA 3O2AA 2XX8A 3R6UA 4AB5A 4Z0IA 2H4IA 1ZMGA 2FNCA 3PU5A 3KSXA 2VP1A 2AIXA 4PE5B 1P1QA 3N6UA 3MP6A 2E1SA 3FVKA 4R6KA 1NNTA 3C31A 4Z7EA 3M8UA 1B3FA 1L5TA 1QUIA 4POWA 3G3GA 1MY4A 2XD2A 3U94A 1A8EA 1NH8A 4BDRA 3H06B 1ZLQA 1B7ZA 3G3HA 2Q2CA 2VOZA 3O28A 5I56B 3Q25A 3MBPA 4NF6B 4H0WA 2ONKE 1FQCA 3FVGA 3OSQA 1FQAA 4ZE8A 4MBPA 3ILUB 1Y1MA 3CIJA 3EHUA 2DE3A 3ZKLA 3OO8A 5J1DA 5H8NB 4M4GA 1B9JA 3KSJA 3HPIA 3LSXA 2UVHA 1B40A 3C4MA 4PQJA 3T9HB 2RINA 3HSTA 3V89B 5I56A 1USYH 3EF7A 4N07A 3RTWB 3QYTA 4HCWA 5L8DA 1B1XA 4NF6A 3L6HA 4U4SA 3EN3A 1CB6A 3TDJA 3OD7A 4O3CA 5H8NA 2QL3A 1SW4A 4YKIA 3CVGA 4ZS9A 3H6VA 3K02A 2GHAA 1B3HA 5DEXA 4JXIA 5CM6A 1I69A 1Q1KA 3B6QA 2DS9A 3GLBA 4NF4B 1B7HA 3H7MA 2RCBA 3KN7A 4AB6A 1MXXA 4QSDA 2XXIA 3MPLA 1UTBA 4G8MA 3SETA 4NF5B 4PFTA 4KFQA 4QFOA 1P1WA 5CC2A 2FYIA 2THIA 4R75A 2ANJA 3U92A 5I2NB 1URSA 3GZGA 2PT1A 4L17A 2F6PA 4IY6A 3O6IA 4F1YA 3IAZA 4NF4A 5I2KB 1SVXB 2R9JA 3BKIB 2Q89A 2I0BA 5DVJA 3D4GA 1EZOA 4KCDA 2UVIA 4K3FA 4YKJA 1POY1 4HTGA 3A3UA 2I48A 2GH9A 3IR1A 5I2NA 3SEWA 4GD5A 5CBSA 3QUJA 3I5OA 4QFLA 2F36A 2XXPA 3OO6A 3HCQA 3TQLA 3E3KA 1NH7A 3MWBA 5I57A 1PBQA 2CZLA 1IITA 2DP8A 1SD3A 2DVCA 2NUVA 2ONRA 3FGSA 3K6VA 4M1VA 2NOOA 4U21A 5AA2A 4JWXA 1IXCA 1SBPA 3LR1A 3CFZA 3VFJA 4OETA 1OLAA 3Q28A 1MG1A 4UACA 4AQ4A 1B7UA 1LBCA 5KZTA 1DTGA 4F39A 1OLCA 4YAHX 4HS7A 3VXBA 4H65A 4OVJA 4OQOA 1EH3A 4QFNA 3SEXA 2ZMBA 4UA8A 3MZBA 3WAEA 1SI0A 3A3CA 3PD9A 4P11A 4H5FA 4JBZA 1B3GA 3SESA 3RLFE 3N5LA 4G4PA 4WXJA 1II5A 3IOUA 3OXNA 1B4HA 4TLLB 3MVZA 3LC8A 5HPQA 2NXOA 1BKAA 3OO9A 2ZYNA 4U22A 4FE8A 3TAJA 3EHSA 5FTHA 4POXA 3HHGA 4OFLA 4R9GA 3K6XA 4FEBA 1B5HA 2QS3A 3AXFA 4YICA 2DWHA 2R71A 2DWAA 2X7PA 3TTKA 3Q29A 3PPOA 4I8CA 3G3KA 1ATGA 2KLFA 2XXQA 5ITPA 3M3FA 4EXKA 1SW5A 2ZNSA 4BDMA 1IEJA 4XKPA 4GRKA 3GBBA 3S9MC 3OOAA 1WVJA 3UN6A 1MH4A 3SEUA 4HW8A 1VFDA 2DSFA 4ESXA 4H8IA 3DP4A 3LSFB 3LSLA 3T96B 3CSBA 4GL0A 1MRPA 3TEPA 4LATA 3DP8A 3TMGA 1Y3PA 5I59B 3K2DA 1JEUA 2PBWA 3CG3A 1LFHA 5CMBA 4TLMB 1DSNA 3K00A 1PB8A 1LLSA 2Q88A 2DVZA 1LFIA 3FJMA 4R74A 3C32A 2O84X 4R2BA 2UXAA 1RYOA 4XKRA 3EHTA 1Z7ME 4U1OA 2ZYMA 3W15C 3OELA 4FIMA 4NWCA 3ODBA 5I59A 3OEKA 1JW5A 1JVYA 3MZ9A 4IO5A 1H76A 5B70A 1CE2A 1XVYA 2P1SA 4JB7A 4C1UA 1MY0A 3W9WA 4IO6A 4KYEA 2QS4A 2D3IA 3MQ9A 2F6GA 2X7QA 3DELB 1I6QA 3K0VA 1UIVA 4LZ7A 1MS7A 1SI1A 2P2AA 4WEPA 3VVEA 4ZEDA 4X9TA 3CI8A 2ZNUA 4LA9A 3PPRA 2PMSA 1MDP1 1URDA 4IGRA 2HZKA 2V25A 4X1BA 2ALUA 2DQVA 3RUMA 5DT6A 1B0LA 4GLIA 1AIVA 3FXQA 2I58A 1O64A 1B46A 1P99A 4WEDA 1OVBA 1MPCA 4N6PA 4R73A 1PDAA 3KEIA 2HAUA 3TCHA 2B3FA 4GWOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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