2Z8EA

The galacto-n-biose-/lacto-n-biose i-binding protein (gl-bp) of the abc transporter from bifidobacterium longum in complex with galacto-n-biose
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
401
structure length
401
Chain Sequence
DDGGVVNITYMHRLPDSEGMTLVNDIVAKWNKQHPDIQVKATKFDGKASDMIKKLETDVKSGEAPDLAQVGYAELPEVFTKGLLQDVTQYAEQYKNDFASGPYSLVQVGGKAYGLPQDTGPLVYFYNKAEFEKLGITEIPQTADEFIAAAKTAAAAGKYIMSYQPDEAGNMISGLAGASGGWYKVKGDSWVVNTETDGSKATADFYQQLLDAKAATTNPRWDPSFDASIKDGSLIGTVAAAWEAPLFMTSSGGTGSGEWQVAQLGDWFGNAGKTGPDGGSAVAVLKNSKHPKEAMEFLDWFNTQVPDLVSQGLVPAATTEDAETPSEWSTFFGGQDIMKEFKTANNNMGDFTYMPGFSAVAAKMNETAAKATDGSGKVADIFSDAQTTSVDTLKNFGLSVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analyses of solute-binding Protein from Bifidobacterium longum specific for core 1 disaccharide and lacto-N-biose I.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Bifidobacterium longum
molecule keywords Galacto-N-biose/lacto-N-biose I transporter substrate-bindin
total genus 142
structure length 401
sequence length 401
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8eA02
3D4GA 5I57B 5AA2A 1MDQA 1AOVA 2DE3A 4ZDMA 1S50A 3FVNA 5CC2A 3L6HA 1BIYA 3TQWA 1S9TA 3MAMA 2LAOA 5F1QA 3KZGA 3PD9A 1OVTA 1OQGA 3QSLA 3PUYE 3BBRA 2RF1A 4LATA 2HEUA 2ONSA 4G8MA 4NF5B 2XXQA 3VLVA 3MUQA 4ZE8A 4H6DA 4R75A 3VLUA 3H6VA 2QJEA 4R6KA 1D9YA 3WAFA 2I49A 1O7TA 2F35A 1FTMA 3T96B 1A7LA 2YLNA 1B0LA 5I58A 5DVJA 2XHDA 1SYHA 3ZKLA 5EYFA 3H6TA 2F6GA 4TOZA 2GHBA 5ICTA 2QMXA 4C1UA 4M4GA 3B6QA 2QSXA 3W9WA 5ISUA 4HCYA 4MBPA 1LFGA 2ALUA 2F7CA 3DLNA 3DP6A 2R6GE 4ZZEA 2WKYA 3IOWA 1XVXA 3G3FA 2F8DA 2XXXA 1LAHE 1FTKA 4R72A 3K6XA 4NE4A 2HZKA 3C33A 2OZZA 1A55A 1LSTA 4R6YA 4DLDA 4DZ1A 1L5TA 4Z0IA 2O6AA 1OMPA 4OXVA 1N0TA 2XX9A 3SEWA 1QUJA 3TMGA 4QFLA 1IXCA 5DVIA 3I6VA 5A5XB 1B3EA 3MZBA 3H7MA 4JB7A 5FTIA 3Q27A 3VE1B 3IB2A 5TU0A 1Q35A 4NF8B 4H67A 3MBPA 1Y4CA 1Y1ZA 2Z8DA 1YCJA 1MM7A 5CI5A 3E13X 1N04A 3FXUA 1Z7ME 3QXMA 4DIGA 2THIA 1B05A 3TKDA 3HPIA 3MWBA 1B3LA 5IAIA 3RGYA 2REGA 3QUJA 4MLQA 2OWTA 1MXXA 3OO8A 1PBPA 4LA9A 3C35A 1HSLA 2YPNA 4F31B 3UORA 2F6PA 3KJ7A 1B2HA 4U23A 1MM6A 3MP8A 1TWYA 2AYSA 2QS2A 2RC7A 3C36A 4HCWA 2I0CA 4JWXA 3O9PA 3G7WA 3PUXE 1ANFA 2D3IA 3TDJA 1MDP1 4U22A 3UA8A 1QULA 5A5XA 1SYIA 2XXHA 2HXWA 4QHQA 2V3UA 3CFZA 4H8JA 4JWYA 1QW0A 1Y20A 1LB9A 2O1LA 3K00A 1VFDA 3KOSA 5LOMA 2B3BA 4PE5B 2Q88A 5I56A 5KZTA 3UP9A 4H8IA 2P1SA 3ILUB 3K1NA 4KFQA 2RCAA 2I58A 5L9SA 3FV2A 3E4RA 3JZJA 3V83A 2A5TB 1MXZA 3FV1A 1PEBA 3KJTA 1RYOA 3C31A 3FJMA 2ZYKA 4QSCA 3PPPA 3I5OA 2G93A 1P1NA 4N07A 3B6WA 3GXAA 3C32A 4RA1A 3K01A 3FJGA 3C34A 5CMMA 3U72A 3EPEA 2XD3A 1LBCA 2ESNA 3SETA 4DXCA 1M5EA 4QSEA 1B4ZA 1UIUA 2P0SA 3M3LA 3UK4A 3PGFA 1P1WA 3L6GA 4WEDA 4QFKA 5H8HB 2OK2A 2Z8FA 1ZTYA 4GVOA 3O2AA 5BUUA 1B40A 1RKMA 3K1PA 4BDLA 2DS9A 4DE8A 4G77A 3T9VA 1Y3PA 4F1UA 1MPBA 3FGSA 4OVJA 2VP1A 4H5GA 4PETA 3Q26A 2OCUA 5I59B 3C9HA 4PQJA 3RT6B 4F22A 3OEMA 3S9EA 3RY3A 1B7HA 4MLVA 2O51A 1MG1A 4UA8A 2DVZA 4Z7EA 4BLAA 1NNFA 1KWHA 1JEUA 3V5AA 1DTGA 1T0KA 3PMXA 2VOZA 4QRZA 1MPCA 4U4SA 1B3FA 2D21A 2Y7KA 5KCJA 1MY1A 4MF3A 4OERA 1R9LA 2R71A 4I62A 5KDTA 1N3XA 2Y7RA 4KR5A 5H8SA 2Z8EA 3N5LA 4IO5A 4DXBA 1UTHA 4F18A 2NOOA 4BDNA 2I6EA 3USDA 4E0WA 2R9JA 2QS1A 3LUYA 2DXRA 3M8UA 4ESXA 3IOTA 3QUFA 3OEKA 1MPDA 4PFWA 4JDFA 3O97A 3SERA 5I59A 4LUBA 4XKPA 3MVWA 3CFLA 1JVYA 4KD5A 3UN6A 2ONRA 1LB8A 1A8EA 3FATA 4KHZE 4WEPA 1R1NA 4GL0A 4ZEIA 1H45A 4MH5A 3MQ9A 2A5SA 1B58A 4OESA 1H3DA 3ONMA 3BFUA 3PUZE 4LZ8A 2Q2CA 3TTKA 3BFTA 2ONKE 3SEUA 3FASA 3CRBA 3GLBA 3U8QA 2Y7IA 3ILTB 1B52A 3QIMA 1LAFE 3T22A 2RC9A 2W7YA 3H4ZA 1M5FA 3C4MA 3MPLA 1EZOA 3VVEA 4YU0A 4YICA 3MPKA 5CMCA 2F36A 4U4XA 1BP5A 3KG2A 3PPNA 2ZNTA 3CSBA 5I2NA 1ZBMA 1B46A 1QUIA 2REJA 2GFEA 3O66A 2I4BA 3RPWA 4GLIA 1AMFA 3WAEA 2IA4A 4H0WA 2O84X 4FEBA 5FHNA 1GV8A 3GBBA 1I6QA 4GFRA 1HSEA 2E1SA 3TCHA 1R6ZA 3CSGA 5AA4B 5I2KB 1D9VA 2PYYA 5DVFA 1FTLA 4JXIA 1M5CA 3U94A 1SBPA 2UVIA 1A54A 1UTBB 4H65A 5TPAB 5EHSA 4P0IA 3KEIA 4ZS9A 1MY4A 1XOCA 4F3PA 4DCYA 3MVXA 3B7DA 1O63A 2UYFA 1B51A 4R9GA 1B5HA 4P0GA 3V8XB 5JK4A 1TFAA 3IAZA 1B7UA 4R6HA 2H25A 1BLFA 4Q30B 2HAVA 1Y3NA 3K1MA 3SEXA 4OTEA 3IO4A 1N84A 5ITOA 1FW0A 2PVUA 4POWA 4NWDA 4BDMA 1OLCA 3PPRA 4GD5A 5I57A 1NNKA 3IX1A 1ZKBA 3MJNA 2I48A 4AQ4A 1P1OA 5CMKA 3G3JA 4ZEFA 1IITA 3QAXA 1P1QA 3EF7A 3G3GA 4OFOA 4LQ5A 2H99A 5FHOA 3KSXA 4NF5A 3G3IA 1DPEA 3ECRA 1DTZA 1GTKA 4GIZA 3T9XB 3TZAA 1SI0A 1VR5A 1NKXA 2QPQA 5JEIA 3G3KA 1EZ9A 1IQ7A 4F2OA 4LVQA 3KFMA 3JV9A 1LBBA 4ONYA 3GZGA 4AB5A 3H03A 4R9FA 3JYRA 3VLWA 3PMWA 4FECA 4YB7A 3R7XA 3FXQA 1OVBA 1OQHA 3HO7A 4RYAA 2AIXA 3RQTA 3IK6B 3OO7A 4Q5TA 1EZPA 3FVKA 4IGRA 4ZZAA 4AB6A 3MW0A 3K6WA 3S4UA 1PB7A 4IY5A 5HPQA 5EHMA 4IY6A 4GF8A 4MFIA 3TTLA 2O7IA 3U93A 2DWHA 2QL3A 4U1OA 4XKNA 3IORA 4EDPA 1YPNA 4KCCA 3HN0A 2DOJA 2HCAA 1Q1KA 3RUMA 3K2DA 4NF8A 5AE4A 1NNPA 1DMBA 3KN8A 2BJJX 2CMOA 5J1DA 1IEJA 1B7ZA 1QKAA 1PC3A 4G68B 1FCKA 4PFTA 3KBRA 2XXRA 4F29A 1NL5A 2QS3A 3I3VA 2DSFA 3OO9A 4F19A 1MXVA 1IXGA 2PMSA 4GWOA 4BDOA 1OLAA 4NMYA 2HAUA 3FVGA 1H44A 2DQVA 1IIWA 4GRKA 1VSOA 4QFOA 5ELVA 4ZE9A 1B4HA 1M5DA 4IB2A 2XX8A 3H6WA 1Y3QA 2DYXA 3OD7A 4R2FA 2XX7A 3RTWB 2ZYMA 5HBCA 3O6HA 1FQCA 3RTFB 4FE8A 3FVOA 1O64A 4C1TA 4IO2A 2QRYA 3M3KA 3K6VA 1MXUA 1FTJA 3DP4A 4O3AA 1CB6A 4FEDA 3R26A 1B3HA 3O6GA 1UIVA 1LCFA 1F9BA 4KYDA 4G2ZA 5HM4B 1POTA 2O68A 2Q89A 1PB8A 4X9TA 4LQ2A 3VVDA 2V84A 1XS5A 4X48A 2F5XA 4UACA 1BKAA 3A3CA 3B6TA 1IUDA 5L9MA 2DE2A 4O3CA 5BWJA 4ND9A 3OENA 1AH5A 3HCQA 3W15C 4OENA 1DPPA 1NH8A 4NF6B 4U21A 5H8FB 3N6TA 1XC1A 1EH3A 2A5TA 3CI8A 3ZKKA 1NMUA 4IO3A 2VGQA 3HHFA 4IGTA 1US5A 4OEVA 1SI1A 1ZJLA 1H43A 3LBSA 3Q28A 4H1XA 4RK9A 2E0SA 1H76A 1NH7A 2X7PA 1UQWA 5B70A 1JW4A 4ELQA 4IO4A 1TT1A 3W9VA 1IXHA 1JEVA 4YAHX 3SKPA 3U1OA 4FIMA 1JW5A 3OOAA 2X7QA 3KGCA 4IO6A 4GXAA 3CR9A 3OMBA 3PU5A 5H8HA 2Q8JA 1US4A 5H8QB 3BKIB 1A8FA 1B32A 1USYH 2RINA 3TTMA 1ATGA 1LCTA 3V89B 1LAXA 4ELPA 4OMBA 4FAJA 3ODBA 3CG3A 3H6UA 1NFTA 3Q25A 3IJOB 4OYVA 2XXUA 3QK6A 2ZXTA 1P99A 2F97A 2OBGA 4PFUA 1BTJA 1WDNA 3UGWA 4LONB 5L8DA 2I3WA 1PDAA 4OHNA 4M1VA 1N76A 1WVJA 2DXYA 1B6HA 2DP8A 3T9HB 2PX1A 3EHTA 4OZ9A 4EQ7A 3RLFE 3KN3A 2I0BA 4ZEKA 1YTVA 1FQAA 1LAGE 2HZLA 1NNTA 3VXCA 3LR1A 3MP6A 5JTYB 5H8QA 2DWJA 1A40A 2FA7A 2Z22A 1M5BA 1TXFA 4JSDA 2DVCA 3KSJA 1JETA 2OLBA 4KCDA 3LC8A 3EHSA 3S9NC 3EN3A 1CE2A 2DWIA 3VVFA 2OJTA 5DEXB 2H98A 4YKKA 4OETA 4NWCA 2VD3A 3UIFA 4HW8A 4GXSB 4NEDA 2NXOA 4YKJA 3E9XA 3K02A 4C0RA 1MXYA 4OQOA 3K4UA 4RK2A 3LSLA 4HS7A 4KYSA 4NF4B 2NUVA 2NVUB 2PT1A 2X26A 2XXTA 3Q29A 1S7YA 3VXBA 4EQ9A 3TODA 1MY3A 4HTGA 1ELJA 3LSXA 1GR2A 3N6UA 4N13A 3PD8A 1XHYA 2O1MA 4N6PA 2V25A 1D4NA 1GGGA 4EXLA 2UXAA 1DOTA 1ZU0A 4OFJA 1VFEA 2O7UA 3FJ7A 4RXLA 3RNNA 1VE4A 1MQJA 2CZLA 3S9LC 4X1DA 4GOTA 3S2VA 1WODA 2H9BA 5DEXA 3PV0E 1SW2A 1EU8A 4QF9A 2HQ0A 3DM0A 1B0HA 3MZ9A 3O29A 2GH9A 4H5FA 5CMBA 4OWDA 4R73A 5F7VA 2UVJA 4RPOA 3TUSA 4PFYA 3VDFA 2O69A 3FD3A 4JWOA 1B3GA 3G3HA 4NF4A 4WKMA 1MH4A 2F7AA 1HSJA 4P11A 2ZNUA 5AA4A 1PBQA 5I2KA 2XXPA 1TFDA 2UYEA 3AXFA 2V3QA 2QS4A 4ZECA 1UTBA 2XXVA 2B65A 3F11A 5TPAA 4EF1A 4DDDA 2XXYA 2Q2AA 4QFNA 1N3WA 3IL1B 3PUVE 1SQYA 2XXIA 4NTLA 3OXNA 4YB6A 3PUWE 1IXIA 2ZYOA 4GQOA 4FJPA 4QFPA 4F3SA 3CIJA 3O6IA 2PT2A 2NWJA 3THIA 4I8CA 5AA1A 3FZVA 2RCBA 3SEYA 1P1UA 4RNSA 2UVGA 2ANJA 2QMWA 3TAJA 1PB9A 1AL3A 3IR1A 3T9UA 2P2AA 4F3BA 3PPOA 4ECFA 3TPAA 1B1HA 4YZZA 1FTOA 5CRYA 2Y84A 2YJPA 2Q9TA 3K0VA 3CG1A 1JVXA 1Z7NE 4G8NA 4G68C 1QKBA 2VD2A 1LLSA 5I56B 3OELA 4F3GA 4ISUA 3TELA 2V93A 1MY2A 3K6UA 3M3FA 5I84A 3MZ1A 4YMBA 4KPTA 5CBRA 3TTRA 5FTHA 2H4IA 2HFBA 5B7DA 2H5YA 4Q0CA 2PBWA 1Y9UA 3IOVA 3LSWA 3GBAA 2M8CA 4F2QA 3MP1A 3A3UA 4ELRA 3TFLA 2V3TA 1LFHA 3FUZA 1MXWA 3T66A 3CFXA 3PPQA 4RY1A 1R9QA 4U2RA 3FXRA 3A09A 1SW5A 3N94A 4PP0A 1Y4TA 4IO7A 4GL8A 3IO6A 3D4CA 2IEEA 2RC8A 1MQHA 3PMVA 4ZEBA 5IKBA 5AA2D 1MQDA 1A99A 1MS7A 3O28A 1N7WA 2F34A 3SESA 1OIBA 3TEPA 3TQLA 2DE4A 4L17A 1J1NA 3EHUA 1USYE 2UVHA 3IJXB 3H3GA 1Y1MA 4BDQA 1B9JA 4FATA 3FIRA 5AA3A 4LP2B 3ZS6A 4YMAA 1FQEA 3RT8A 3TCFA 1JQFA 4DCXA 2Y7WA 3VV5A 1LGBC 4DXUA 2ZNSA 1XT8A 1MQGA 3IB1A 3HHGA 1FQDA 3ZSFA 2I3VA 5KCJB 4G68A 1ZIUA 5ITPA 3CVGA 5KDTB 5K2XA 3TCGA 1ZLQA 2ABHA 2AL5A 4LZ5A 1URSA 4F39A 1B5IA 1GVCA 5H8NB 1UTHB 1QJMA 4QSDA 4I1DA 5CBSA 4BDRA 1LFIA 4OEUA 4TQUQ 1SW1A 4XKQA 4G8HA 5L9OA 4EQBA 2ZMBA 1AIVA 2RKMA 3U92A 1I6AA 4R2BA 2Z23A 3H06B 3VFJA 3T93B 4OFLA 2VHAA 3S9MC 3IOUA 4F1YA 1YAEA 3E3KA 1B5JA 4JBZA 4U1ZA 4RPNA 2DWAA 2OWSA 5M2VA 4F1VA 4JSOA 1JNFA 3EQ1A 4LZ7A 1I6BA 5K2YA 4NF6A 3TTNA 3R6UA 5H8NA 4XKRA 4EXKA 5H8FA 2F78A 1SDXA 3OSQA 4G4PA 2KLFA 2G29A 4YB5A 5CM6A 3HV1A 2FNCA 5TP9B 1N7XA 2GHAA 1JW1A 2GRVA 5DT6A 3SEVA 2I4CA 4ESWA 4ZEDA 1II5A 3DELB 4KYEA 5I2NB 1MH3A 1MQIA 1QVSA 1SW4A 2AL4A 4K3FA 1ZMGA 4THIA 4YKIA 4KQPA 3OO6A 4Q8RA 1RYXA 4TLMB 1D3KA 4RJZA 3OSRA 2XD2A 3QYTA 3LSFB 4R74A 5AA2B 4XXUA 4FORA 4YKPA 1SD3A 3KOTA 3MC2A 4EF2A 4ELOA 4XIGQ 1FQFA 1DSNA 1I69A 1FQBA 1URDA 1QUKA 1B1XA 3RN8A 2D5WA 4TLLB 4POXA 4X1BA 1XVYA 1POY1 3MVYA 3KN7A 4I9DA 1URGA 4XTCQ 4O3BA 1IZ1A 2FYIA 2Y7PA 5DYHA 5TP9A 5FHMA 3HSTA 4WXJA 2XXWA 1MY0A 3DP8A 5DTBA 2B3FA 3N26A 4E0XA 4EUOA 5I58B 1SVXB 2F7BA 2ZYNA 3P7IA 4KI0E 3IB0A 3TYHA 5JTYA 3MVZA 1MRPA 3SDFA 5ICQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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