2Z8FA

The galacto-n-biose-/lacto-n-biose i-binding protein (gl-bp) of the abc transporter from bifidobacterium longum in complex with lacto-n-tetraose
Total Genus 146
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
146
sequence length
401
structure length
401
Chain Sequence
DDGGVVNITYMHRLPDSEGMTLVNDIVAKWNKQHPDIQVKATKFDGKASDMIKKLETDVKSGEAPDLAQVGYAELPEVFTKGLLQDVTQYAEQYKNDFASGPYSLVQVGGKAYGLPQDTGPLVYFYNKAEFEKLGITEIPQTADEFIAAAKTAAAAGKYIMSYQPDEAGNMISGLAGASGGWYKVKGDSWVVNTETDGSKATADFYQQLLDAKAATTNPRWDPSFDASIKDGSLIGTVAAAWEAPLFMTSSGGTGSGEWQVAQLGDWFGNAGKTGPDGGSAVAVLKNSKHPKEAMEFLDWFNTQVPDLVSQGLVPAATTEDAETPSEWSTFFGGQDIMKEFKTANNNMGDFTYMPGFSAVAAKMNETAAKATDGSGKVADIFSDAQTTSVDTLKNFGLSVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic analyses of solute-binding Protein from Bifidobacterium longum specific for core 1 disaccharide and lacto-N-biose I.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Bifidobacterium longum
molecule keywords Galacto-N-biose/lacto-N-biose I transporter substrate-bindin
total genus 146
structure length 401
sequence length 401
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-09-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8fA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2z8fA02
1RYOA 2Z8DA 1US5A 1NFTA 4F3SA 4ZS9A 1US4A 2PT2A 2ANJA 5AA4B 3KSXA 1Q1KA 3VXBA 5FHMA 4F3BA 3F11A 1AH5A 2ALUA 4QSEA 5DT6A 3K6WA 3O9PA 2Y7IA 4LZ8A 1GR2A 2A5TA 1Y3PA 3H6TA 3DM0A 4FATA 3K6VA 4JDFA 2ZYMA 1I6AA 4NF6B 1B46A 4G2ZA 1LFGA 2O69A 2ZYNA 4YKKA 1O63A 3IORA 3O28A 2G29A 3C31A 2HXWA 3IK6B 3ODBA 1DTGA 1UTBB 5JK4A 1JNFA 4GXAA 4M4GA 5F1QA 1A55A 3KBRA 1II5A 1A8EA 1M5BA 1MH4A 1OIBA 3MP1A 2PX1A 1JVXA 3FATA 3LSLA 5ITPA 4GF8A 3BFTA 4XKNA 1QULA 4KHZE 4RJZA 3MPKA 1D4NA 4QF9A 5BUUA 4OMBA 1JEVA 5HPQA 1H76A 2RC7A 1N0TA 2QJEA 4GLIA 2YPNA 2GH9A 4TLLB 4F3PA 3TQWA 1OVTA 3MZ9A 4YZZA 3VXCA 2X7QA 1JETA 4F1VA 4DDDA 2FA7A 2R71A 2HAVA 1DOTA 3H03A 2PVUA 1JW4A 3K6UA 3OSQA 1VSOA 4G68C 1OVBA 3VLUA 4IO5A 4ZZEA 3L6GA 3FUZA 2M8CA 3QIMA 3TCGA 2XXTA 2F78A 2DYXA 4GQOA 2UVHA 2NOOA 1IIWA 1VR5A 3QUJA 5B70A 4TLMB 3GZGA 4PFUA 1BP5A 5L9MA 1L5TA 5CMBA 5CRYA 3B6TA 3VLVA 2OWSA 1OLCA 4ND9A 3OO9A 4KCDA 4IO2A 2ZXTA 3V89B 1EZ9A 1SBPA 4LZ7A 3B6WA 3UP9A 1FQEA 1FTLA 3DP8A 3U1OA 3MZBA 1J1NA 4QSCA 4PP0A 1B40A 3T9XB 2UXAA 1LB9A 3H6VA 3MP8A 3K00A 4F39A 5BWJA 4RK2A 3IOVA 1T0KA 1YTVA 5AA2A 3HHGA 4M1VA 4FIMA 2VHAA 3T9HB 5CC2A 3SETA 3IOWA 3HV1A 3QAXA 1WDNA 1NKXA 4NWCA 3USDA 1TT1A 3FVGA 1SD3A 1S7YA 3ZKLA 4F18A 5CMMA 1Y1MA 4N6PA 5J1DA 2ZYKA 1B6HA 3KJ7A 4MFIA 3PUXE 1SW2A 2DE2A 1B51A 1SI1A 5AA1A 3PD9A 5KCJB 4U2RA 4GD5A 4BLAA 5I2KA 3MUQA 4ZEDA 3CFLA 2IA4A 1MQHA 2FYIA 3T22A 2Q88A 5KDTB 3CG3A 1ZTYA 5CMCA 1FTMA 4F2QA 2X7PA 1MDQA 5A5XB 3KN7A 3T93B 1H3DA 4NF5B 4P0GA 3PPPA 3O29A 3FVNA 5K2XA 3IO4A 4R2BA 2I0BA 3TEPA 2HAUA 5DEXA 2QS4A 2ONRA 1TXFA 5B7DA 2CZLA 1USYE 1VE4A 1B58A 4H6DA 4R6HA 1P1OA 2B3BA 4U4XA 5I57A 2I3WA 4FEDA 1USYH 5I56B 4G8HA 1NNPA 3CI8A 4RXLA 4GXSB 4F1UA 4X1BA 4R9GA 4POWA 4G4PA 4F3GA 2Z8EA 2Z22A 1VFDA 2B65A 4KI0E 3MBPA 1BIYA 3KOTA 2RCBA 3S4UA 1OQHA 4OZ9A 1B0LA 2OLBA 3H3GA 1B05A 3ILTB 2I4CA 2E1SA 4XKRA 1B52A 2Q9TA 3QXMA 3GXAA 3U72A 5DYHA 1P1UA 4R9FA 4X48A 1URGA 4NF8B 1ZU0A 3T96B 2ESNA 3PMXA 4PFTA 1B3FA 3KZGA 1B5IA 5H8NB 4JB7A 2Y7WA 4O3BA 4ELQA 2HZKA 1AMFA 4WEDA 3TTRA 4LA9A 3CFXA 2F97A 3KOSA 3MAMA 4THIA 1HSLA 3W9VA 3OD7A 3LSXA 1S50A 4X9TA 1FTOA 4P11A 1QVSA 4E0WA 1N3WA 2Z23A 3DP6A 1B2HA 5H8NA 3R6UA 2DWHA 3VV5A 3IL1B 3TAJA 2Y84A 4DZ1A 3LSWA 3FGSA 3KJTA 1JW5A 3BKIB 2XX8A 1B5JA 5HM4B 1B3HA 4MLQA 1H44A 1LAXA 3H6UA 2REGA 3IR1A 1FTJA 1MQJA 3UGWA 2NWJA 2F6PA 3G3HA 4EXKA 2VOZA 4U21A 2QS1A 4IY6A 5H8SA 1A99A 3O97A 4RY1A 4H5GA 4KYEA 3G3FA 4DCYA 3N6UA 3O6HA 3TTLA 3Q26A 4IO6A 3U92A 5LOMA 2RINA 4ELRA 1JVYA 3IO6A 2UYEA 3CG1A 4BDNA 1OLAA 1MQIA 1FQCA 2ABHA 1R9LA 1M5FA 2HQ0A 3A3UA 4NTLA 3TUSA 2A5TB 4FAJA 4ZEKA 1QJMA 4ZE9A 2XX7A 1PB7A 1P1QA 4ZEFA 1A40A 4OYVA 4EXLA 1D9VA 4JBZA 1DPEA 4R72A 2VGQA 3OOAA 1FQAA 2F7CA 4KYDA 2OK2A 1B0HA 5ITOA 3M3KA 3HCQA 1LBCA 3TCFA 4OTEA 4ONYA 3RPWA 2D5WA 1LFHA 3E9XA 5DTBA 1HSJA 4DXUA 5H8HA 1D9YA 4DXBA 1EZOA 1ZMGA 3N94A 4LQ2A 3TCHA 4HCWA 3MVWA 1SVXB 2PYYA 3QUFA 4Z7EA 3FXRA 2O1LA 1PC3A 2DP8A 4H0WA 4GL8A 4QFLA 3IX1A 3EHTA 3KFMA 4Q5TA 1MPBA 1B1XA 1FQBA 3K1MA 2XX9A 4DE8A 1Y3QA 1NH8A 3TQLA 1FCKA 4FE8A 4IGTA 4OERA 3FJ7A 4E0XA 1POY1 4AB5A 1O7TA 1LLSA 4PETA 4LQ5A 4G77A 1XT8A 2XXRA 4IGRA 4AB6A 3AXFA 3IB2A 4PQJA 3EHUA 1UIUA 1B3EA 3T9VA 2Y7PA 4MF3A 4Z0IA 4POXA 2ONKE 4FEBA 3V8XB 2HEUA 1IITA 3OEMA 1M5CA 1FTKA 2H9BA 4OFJA 2DSFA 4I1DA 4O3CA 1R1NA 5TPAA 5H8FB 4P0IA 4NE4A 1A54A 3IOTA 1B4HA 4RA1A 4G8NA 1S9TA 3RQTA 2Q2CA 2A5SA 3H7MA 3QK6A 3JYRA 3PU5A 4EQBA 4EUOA 3W9WA 5H8FA 3TODA 3C32A 5I59A 5K2YA 2F36A 4HCYA 2DOJA 3MJNA 1LFIA 2BJJX 2XXPA 2YJPA 1B9JA 2OBGA 5KZTA 5CM6A 3IAZA 4LP2B 3FJGA 1MY2A 2F6GA 5AA2B 4TQUQ 4NWDA 4FJPA 3EHSA 3RTFB 1PDAA 3KSJA 2O1MA 2XXWA 3G7WA 3OEKA 1Q35A 3D4GA 4JWYA 4OWDA 1MXZA 4QFNA 1O64A 1N04A 3IB0A 2XXIA 4LZ5A 5AA3A 4ZEBA 2VD3A 1LAGE 4RK9A 4BDOA 2OWTA 2QS2A 2REJA 3K02A 2O6AA 1A8FA 1POTA 2DXRA 3U8QA 2XXHA 5I2KB 3OSRA 1YPNA 1B7UA 1SYIA 3S9EA 2PMSA 1IZ1A 3ZSFA 2RCAA 3KGCA 3SEWA 4H8JA 3PD8A 5FHOA 2DE3A 1GGGA 4RYAA 2HCAA 1R9QA 2F5XA 2F8DA 3PUZE 5DEXB 3G3IA 3M8UA 4HW8A 1B3LA 3HN0A 3IOUA 4EQ7A 2DWAA 1A7LA 5I57B 3BBRA 4YKPA 2VP1A 4GL0A 1PB9A 2UYFA 3C33A 3C4MA 3PUWE 1UIVA 4XTCQ 4R6YA 2ZNSA 2Q89A 1TWYA 2GRVA 1MG1A 1B7HA 3O2AA 2O84X 2V3UA 3VVFA 1MXVA 5EHMA 3ONMA 1NMUA 4LATA 1SI0A 1QKBA 1Y3NA 2KLFA 3UIFA 2DWJA 1CB6A 5DVIA 5CMKA 3RUMA 1MXYA 4R6KA 4H8IA 4XKQA 3EPEA 2QMXA 5ICTA 1Z7ME 4GOTA 2QS3A 4C1TA 4X1DA 2DWIA 4F1YA 1PB8A 3FV2A 3P7IA 2DE4A 1RYXA 3VE1B 1D3KA 2QSXA 1MPDA 2V93A 3H4ZA 4MLVA 1BKAA 1MH3A 4KYSA 1N7XA 1XVYA 3UORA 4R73A 2Z8FA 1F9BA 4WXJA 3CRBA 3V83A 4QSDA 5AE4A 4ELOA 4KPTA 3HHFA 4JSDA 4OVJA 4UA8A 3MVYA 2IEEA 2I4BA 1NNKA 3M3LA 4YAHX 2QMWA 1MY1A 1QUKA 3MVZA 4OENA 5HBCA 3T66A 3PPQA 2RC8A 3I3VA 2NUVA 1AIVA 3OO6A 3E3KA 1NL5A 5FHNA 4I9DA 1IUDA 3FV1A 3TFLA 1Y4TA 3MQ9A 4ISUA 2Q8JA 2P1SA 2PBWA 3RY3A 4ZECA 1UTHA 1DSNA 2ZMBA 2H4IA 1PBQA 2XD2A 1DPPA 3N5LA 3K1NA 1ZLQA 3SERA 1N84A 1I69A 1P99A 4EF2A 1IQ7A 1SYHA 3U94A 3IJOB 5EHSA 1EH3A 3C9HA 3H6WA 3PPOA 2D21A 4FECA 4OQOA 3EF7A 4QFKA 3KG2A 2Q2AA 3FZVA 3MPLA 3OO7A 5AA2D 4JWOA 1QUJA 3ILUB 3OELA 2XHDA 3T9UA 4FORA 3G3KA 1GVCA 2O7IA 2NVUB 3RN8A 1B5HA 1RKMA 2VD2A 4BDQA 3GBAA 4YU0A 2R6GE 2O51A 3IB1A 3SDFA 2PT1A 4U22A 5FTHA 5DVFA 5JTYB 3W15C 4DCXA 4UACA 4EQ9A 4KD5A 2RC9A 4NMYA 4ZEIA 3FD3A 4YMBA 1UQWA 4KCCA 5H8HB 3ECRA 4MBPA 4JXIA 2B3FA 3KEIA 2ZNUA 5JTYA 2P0SA 5F7VA 5ICQA 1I6QA 5CI5A 4ESWA 3K6XA 3C35A 3VDFA 2GHAA 3OENA 5TP9A 5L9OA 4ECFA 2HFBA 4RPNA 4GRKA 3E13X 2H25A 4EF1A 4YICA 1MXUA 1ZKBA 3VLWA 1VFEA 2V3TA 1NNTA 3O6GA 5M2VA 4XIGQ 1WVJA 3B7DA 4I62A 1P1WA 3S9LC 3Q27A 1URSA 3RTWB 1SW1A 1IXIA 3L6HA 2V25A 4R75A 4IO4A 5I84A 1ELJA 1JEUA 2W7YA 5AA4A 5FTIA 5H8QB 3TTKA 4OESA 2DVCA 1EU8A 3CIJA 3RT8A 4C0RA 3K0VA 4H1XA 3K4UA 4R74A 3HSTA 1ZIUA 2RKMA 3D4CA 1LCFA 2FNCA 4NF6A 5TPAB 3O66A 4OHNA 3MC2A 1LAFE 1IXHA 3S9NC 5H8QA 1M5DA 2R9JA 1P1NA 1H45A 1MXXA 2D3IA 3MVXA 1IXGA 2I6EA 4Q30B 1UTBA 2ONSA 3C36A 4JSOA 1KWHA 2ZYOA 2RF1A 3G3GA 3CFZA 1B7ZA 4ESXA 2QRYA 2H98A 2V3QA 5I59B 3VFJA 2THIA 3RT6B 4O3AA 5L8DA 5IAIA 1SDXA 2I49A 3RLFE 3SEUA 3TZAA 4I8CA 4OEVA 4IY5A 3FIRA 3SEVA 2E0SA 1URDA 4IB2A 1QKAA 2DXYA 3N6TA 1I6BA 1IEJA 3TELA 1B32A 4OFLA 4F31B 3TDJA 4KR5A 4LUBA 4GIZA 3HPIA 4GVOA 2DQVA 5IKBA 1MRPA 3UA8A 4YKIA 3K01A 2CMOA 3CR9A 3K1PA 3TPAA 1EZPA 3PGFA 4N13A 4U4SA 4F19A 1Y4CA 2O7UA 1Y1ZA 4ZE8A 3FVKA 2H99A 4G68B 2O68A 4N07A 1TFDA 1OQGA 1YAEA 2F34A 3G3JA 1MM6A 1MQDA 3RGYA 3K2DA 4OFOA 4OXVA 4C1UA 3GLBA 1Y20A 4H5FA 2I48A 2I0CA 3THIA 1XC1A 4PE5B 2F7AA 2UVJA 1XOCA 3CSGA 4YMAA 4IO3A 2AL5A 4BDMA 1B1HA 1MXWA 3PUYE 2V84A 4G68A 4GFRA 3OXNA 1GV8A 3SKPA 2HZLA 2NXOA 3TKDA 3DP4A 3A09A 2H5YA 4PFWA 1FQDA 2QPQA 2OCUA 2XXVA 1FW0A 1DTZA 1NNFA 1BLFA 3SESA 1PEBA 1CE2A 5CBRA 1PBPA 1R6ZA 3HO7A 3BFUA 3WAEA 4YB6A 4AQ4A 1NH7A 1SQYA 2XD3A 3PPNA 3TTMA 2DVZA 4YB5A 2AL4A 2QL3A 1YCJA 5CBSA 3DELB 2AIXA 4H67A 5TU0A 3IJXB 1ZJLA 2YLNA 1QW0A 1SW5A 4YKJA 3TMGA 1LSTA 4KQPA 4LONB 3ZKKA 4GWOA 4ELPA 1AOVA 4WEPA 2AYSA 4K3FA 4QFOA 3LC8A 3U93A 1MY4A 4JWXA 3Q25A 4F2OA 3FJMA 2X26A 3LBSA 2I3VA 4EDPA 5KCJA 3UN6A 3S9MC 1LCTA 4QHQA 2GFEA 2XXXA 3MWBA 5KDTA 1MY0A 4XXUA 2UVIA 5A5XA 3N26A 1H43A 4L17A 2LAOA 4NF5A 3E4RA 4DLDA 1MDP1 4H65A 3MP6A 3WAFA 4WKMA 4U23A 2WKYA 3TTNA 3QSLA 1AL3A 1MQGA 3PUVE 4RNSA 4F29A 1XHYA 3JZJA 4HTGA 4YB7A 1B3GA 5I56A 3VVDA 5I58B 3EQ1A 4U1OA 1FQFA 3A3CA 4OEUA 3FXQA 1UTHB 3PPRA 1MY3A 3GBBA 3I5OA 3O6IA 3S2VA 1MM7A 1N76A 1DMBA 1XVXA 2DS9A 3KN8A 1SW4A 1ANFA 2XXYA 3DLNA 3Q29A 5DVJA 3M3FA 3SEXA 1JQFA 1ZBMA 4QFPA 3SEYA 3FASA 3FXUA 3MW0A 2XXQA 2UVGA 3ZS6A 1IXCA 1WODA 3R7XA 3PMWA 3UK4A 3C34A 1ATGA 3EN3A 5I58A 4QRZA 3KN3A 1QUIA 4KFQA 3TYHA 2P2AA 2F35A 1LB8A 3B6QA 1LBBA 3CVGA 3QYTA 1Z7NE 1BTJA 3MZ1A 2GHBA 1M5EA 4NF8A 4Q8RA 2F7BA 2XXUA 3RNNA 3JV9A 3LUYA 3I6VA 2OZZA 5I2NB 5ISUA 3LR1A 4Q0CA 3PMVA 1Y9UA 1MPCA 1N7WA 4NF4B 3H06B 4BDLA 4NEDA 4U1ZA 1JW1A 1XS5A 1HSEA 2I58A 4HS7A 2OJTA 5I2NA 4IO7A 4DXCA 4R2FA 3V5AA 3PV0E 3FVOA 3Q28A 1B4ZA 5L9SA 4XKPA 4OETA 4LVQA 4MH5A 5TP9B 4NF4A 3CSBA 4BDRA 3OO8A 4RPOA 5ELVA 1N3XA 1GTKA 3R26A 4DIGA 4PFYA 2ZNTA 5JEIA 4ZDMA 1MS7A 2G93A 4TOZA 1LGBC 2Y7RA 4F22A 1OMPA 1TFAA 1LAHE 3OMBA 3VVEA 4G8MA 3LSFB 5EYFA 4ZZAA 2Y7KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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