2ZYKA

Crystal structure of cyclo/maltodextrin-binding protein complexed with gamma-cyclodextrin
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
KPDKLVVWENADDGVQLNNTKKWAGEFTKKTGIQVEVVPVALLKQQEKLTLDGPAGKGADLVTWPHDRLGEAVTKGLLQPIQVDNSVKNQFDDVAMKALTYGGKLYGLPKAIESVALIYNKKLMGQVPATYDELFQYAKANNKPDEQKYGVLFEANNFYYTYFLFAAKGAAVFKEQDGTLDPNEIGLNSPEAVQGMNEVQKWFTEARLPQSLKADTVNGLFKSGKVAAVINGPWAIKDYQAAGINVGVAPLPKIDGKDAQTFIGVKGWYLSAYSKYPKYATELMQFLTSKEALASRFKETGEIPPQKELLNDPMIKNNPVVNGFAKQASKGVPMPSIPEMGVVWEPINNAHTFVAQGKQTPEQALNDAVKIMKEKIQTMKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for cyclodextrin recognition by Thermoactinomyces vulgaris cyclo/maltodextrin-binding protein
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermoactinomyces vulgaris
molecule keywords Solute-binding protein
total genus 109
structure length 381
sequence length 381
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zykA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zykA02
1B52A 1MM7A 4ZEDA 1H45A 3FJGA 1JVYA 2DWAA 4OQOA 1O63A 4F2OA 2H98A 1UTBB 1DMBA 2UVIA 3EHSA 5ICTA 4NF6B 1Y3PA 2DWIA 1PB9A 1OLAA 1CE2A 4G68A 2ONKE 2Y7PA 5DVFA 4DDDA 3IJXB 4YAHX 4O3CA 1LFHA 4FEDA 3TELA 2QJEA 3C31A 1JW1A 3FVKA 4KHZE 2V25A 4XTCQ 3LSLA 4RPNA 2F7AA 2I3WA 4JWXA 2UVJA 2ZYNA 2Q89A 2HFBA 1MY1A 3L6GA 2G93A 3O97A 3H6WA 3FJ7A 1BIYA 4NF5A 3K2DA 2AL4A 2I3VA 2DXRA 3PGFA 1FQAA 3B7DA 3RQTA 1PDAA 3VLUA 2VP1A 4JB7A 1PB8A 4ZEIA 5A5XA 4OEVA 1LLSA 2O51A 2UVGA 3FJMA 4BDQA 4H65A 2O7UA 4KCCA 4O3BA 3UN6A 3PMXA 2P2AA 2OWTA 5I2KB 4GVOA 4RK9A 3WAEA 1S9TA 3O29A 3D4CA 2R9JA 2REJA 3OENA 3SEXA 1FQCA 4MLQA 3O9PA 3Q25A 1OVBA 4OFJA 4M1VA 4HTGA 4HCYA 2P0SA 3OO7A 4OEUA 1MDQA 5CI5A 1QVSA 4KFQA 5L9MA 1B5IA 2WKYA 3Q29A 3U94A 2XXPA 1ZJLA 3O6GA 4DCYA 3BFTA 4G2ZA 1NH8A 1QKBA 3KJTA 1FQEA 3MQ9A 1VR5A 3CG1A 1BKAA 3VVEA 3M3FA 4EF1A 4DXBA 4FE8A 4OESA 3R6UA 4N6PA 4YB6A 4PFYA 3TAJA 3QK6A 3RTWB 2X7QA 3CIJA 4Z7EA 2D3IA 1CB6A 2V93A 2XXHA 1EZ9A 2ONSA 4OVJA 3T9VA 4ZS9A 5M2VA 3PMWA 4QFPA 4XKQA 4QRZA 1QJMA 3H7MA 5K2XA 4ZE8A 3FV1A 4RXLA 1LB8A 4K3FA 4BDNA 3UGWA 2Z23A 3SESA 3T9HB 1NL5A 1UTHB 1SDXA 5CMKA 1OLCA 3B6WA 3O28A 2DE4A 4QHQA 4HW8A 2RKMA 1B3FA 3OD7A 3TYHA 1YTVA 4NF8A 5L9OA 3PUZE 3A09A 3N5LA 3W9VA 3DLNA 5DYHA 3VVFA 1NMUA 1XS5A 1IIWA 4FORA 3OXNA 3VLWA 3R26A 2P1SA 3FXRA 5EHMA 2DXYA 4ZE9A 5JK4A 1ZTYA 4I8CA 3FV2A 1D3KA 2H4IA 3QIMA 1R1NA 1N3WA 4MFIA 3OOAA 1H3DA 3EN3A 4ZEBA 5ISUA 3FUZA 2ANJA 1XVXA 2PYYA 1LBBA 1B40A 3CFZA 2RF1A 2O7IA 3C35A 1LFGA 4H6DA 1ELJA 1UIVA 4FATA 4G8HA 4POWA 3CSGA 2YJPA 4PFUA 4PFTA 2V3TA 1M5DA 2GHAA 4IY5A 3MVWA 3OMBA 4U22A 3TEPA 4GF8A 3R7XA 4F19A 1AL3A 3VVDA 3HSTA 4F1YA 2QS3A 1SI0A 2ZNTA 1URSA 5AE4A 4Q8RA 1OQGA 3KBRA 1M5FA 3TTNA 2Y84A 4LATA 2XX9A 3PPNA 1NNKA 3MWBA 4MLVA 3SERA 1ZKBA 2R6GE 1LAGE 2CZLA 1M5CA 5JTYA 1MPBA 3TDJA 5L9SA 3KZGA 1M5BA 1JVXA 3K4UA 2Z8EA 1B9JA 4E0WA 2F35A 3GBBA 4H8IA 2A5TA 2H5YA 2Q2CA 3H6VA 4PE5B 3TTLA 3UIFA 1HSLA 3BKIB 3MAMA 4YMAA 3IAZA 2RC7A 4KQPA 4OXVA 1MXXA 2RC8A 1N04A 1SI1A 3MVXA 2F5XA 3CRBA 1B5HA 1FQDA 3MJNA 1SD3A 4LZ8A 2HAVA 3RN8A 2ZYKA 1JW5A 2PT1A 2QMWA 5ELVA 1RYOA 2Q88A 3UA8A 4H5GA 2REGA 3T66A 2RC9A 1JEVA 1P1OA 3KJ7A 1Y4TA 1GR2A 1FTKA 1IXCA 1P99A 4P0IA 2QS4A 1MDP1 2XHDA 1OVTA 2O84X 1FW0A 4Q0CA 2QMXA 2DSFA 2XXIA 3B6TA 4F31B 4U23A 2ZMBA 4JWOA 2AL5A 1POTA 3M3KA 1B58A 1SQYA 3TCGA 4LQ2A 1ZBMA 3KSJA 2DQVA 2G29A 4X1BA 4JDFA 3TTMA 1B2HA 1POY1 1PB7A 2QL3A 4F2QA 1TWYA 3SEWA 2H9BA 1XT8A 4R9FA 3K01A 1A99A 5AA1A 4OYVA 4LZ7A 4LVQA 2F7BA 3VXCA 5DTBA 4AB6A 3V5AA 2HCAA 4OWDA 3IO6A 3IOVA 1B3HA 3Q26A 4ISUA 3SDFA 4DXCA 1T0KA 3KFMA 4LA9A 4GD5A 1BLFA 3GXAA 4LUBA 2O6AA 3GZGA 5F1QA 2DWJA 1OMPA 1USYH 2I58A 1NNPA 3N26A 1NFTA 4Q30B 5AA4A 3ZSFA 5ICQA 1MY2A 3S2VA 5H8FA 2NUVA 3FD3A 3LBSA 4RA1A 3IJOB 1Q35A 5KDTA 3N94A 3EHUA 5DEXA 2B3FA 4DXUA 1B4HA 1MQHA 3ZS6A 1LGBC 1SW5A 4F3SA 1D9VA 2O68A 3P7IA 1Y1ZA 1R6ZA 3LR1A 5H8HB 2Y7WA 3VXBA 3GLBA 3C32A 3TPAA 2Z8DA 2DOJA 2HXWA 2NWJA 1DTGA 3V89B 3JZJA 5KCJB 3T9XB 3TMGA 2AIXA 1MQDA 1I6BA 1M5EA 2GRVA 3MBPA 5I2NB 1DPEA 2ZNSA 3S9NC 4YKIA 3K6WA 3H3GA 2XD2A 3PPQA 2NOOA 5H8QB 1AIVA 4GRKA 1IXGA 1R9LA 5L8DA 3K02A 4NWDA 4ELPA 2DE3A 2VGQA 2HZLA 1FTMA 3KOSA 3OO8A 1DPPA 1QULA 4R6HA 5FHOA 5I59A 4BDMA 1A55A 3TTRA 3QAXA 3B6QA 3SEVA 4H67A 3TTKA 1MY4A 4JSOA 3H6UA 1ANFA 2I49A 3IL1B 3DP8A 4IO6A 4EXLA 4EXKA 2RINA 3FGSA 4QFKA 4I1DA 2E1SA 4H0WA 3LSXA 1D9YA 1US4A 1Y4CA 3G3KA 2DYXA 3ZKKA 3GBAA 1B7HA 5I56B 2DVZA 5TP9B 3IORA 4U4XA 2AYSA 1MH4A 1XOCA 3MZ1A 3S9EA 1EZPA 4DZ1A 3ECRA 4EUOA 3PUXE 1A8EA 2X7PA 5AA2B 1XHYA 3CSBA 4GWOA 1I69A 3QSLA 5AA3A 4IO2A 3KN7A 3FVOA 4LZ5A 5I58B 1USYE 3IOUA 1R9QA 1PEBA 2DWHA 4F1UA 3USDA 2I0CA 4F3BA 1YAEA 4H1XA 3KGCA 1JQFA 3PPOA 4OZ9A 1B4ZA 4BLAA 4ESXA 4AQ4A 1TFAA 4JSDA 1O7TA 2B3BA 4QSEA 4FIMA 1KWHA 3K1PA 3CFXA 4EQ7A 2W7YA 3H03A 4TQUQ 2OBGA 4RNSA 4NMYA 1PBPA 4DCXA 1XC1A 3BBRA 4RYAA 4R74A 4UACA 1BP5A 1GGGA 1VSOA 3PU5A 3OSRA 3K6VA 3IX1A 4QFNA 5CBRA 1FCKA 1EZOA 4X1DA 1MXVA 3C4MA 1SW1A 4ZDMA 4YMBA 4JWYA 1TT1A 1H76A 1A8FA 2OWSA 5TPAA 2B65A 4OMBA 4G68B 4OHNA 1MY0A 2VHAA 3KN3A 1OIBA 1IQ7A 3C9HA 4OETA 3G3FA 3U92A 3ONMA 1SVXB 3TZAA 3IOWA 3RLFE 4I9DA 1IXHA 4NF4A 4Q5TA 4IO4A 3K1NA 4QSCA 1FTOA 3A3CA 4H5FA 3S9LC 3MVYA 4NF5B 5AA2D 3MP8A 4U1OA 3TCFA 3H06B 4PP0A 3VLVA 2LAOA 2PMSA 3MPLA 3O2AA 1IEJA 4HCWA 1LAXA 1B46A 2RCBA 3TKDA 2VD3A 3I5OA 5A5XB 4HS7A 1FTLA 3PUYE 1SYIA 3UORA 3EF7A 2YLNA 5CMBA 5B70A 4F3PA 1IZ1A 4ZEKA 4EQBA 5H8NA 5ITPA 3TFLA 3G3JA 2R71A 4R2BA 2ONRA 1B7ZA 3ODBA 1Q1KA 4FEBA 4R2FA 3KSXA 5B7DA 4WEPA 5I57A 4UA8A 4ELQA 1XVYA 3AXFA 3IB0A 4F3GA 5DT6A 3MP1A 4RK2A 4I62A 1MPCA 4JXIA 1N0TA 1RKMA 1ATGA 3C36A 1S7YA 2XXVA 2KLFA 1QUIA 3K1MA 5J1DA 2XXTA 3VFJA 3DP6A 3OEMA 2V3QA 3E4RA 2XXRA 4RY1A 1SW4A 1MXYA 4IO7A 4YU0A 1GVCA 1MY3A 1N84A 2UVHA 1MQGA 1UTBA 5CRYA 4OFLA 1PC3A 3DELB 4KYSA 4NF6A 5CBSA 5CMCA 4KI0E 3FATA 4NEDA 4ECFA 3OELA 4GOTA 4NE4A 4P11A 1LCFA 3LC8A 1URDA 4U2RA 4GQOA 3M8UA 2V84A 4NF8B 3PPPA 2GHBA 4EF2A 2XX8A 4FJPA 2D5WA 2I4BA 4X9TA 5TU0A 2O69A 3ZKLA 3E13X 1NKXA 4GFRA 1B0LA 4GLIA 3IR1A 3CFLA 3RTFB 1MQIA 5IKBA 4ZZAA 3OSQA 2F8DA 4M4GA 4YKPA 4ZZEA 5CM6A 2HEUA 1FQBA 3MUQA 3K00A 3LSWA 1YCJA 4QSDA 1MXWA 4KD5A 2OZZA 1LFIA 1S50A 4G68C 1MH3A 5I2KA 1F9BA 4LONB 4LQ5A 3MW0A 1Y3NA 4R6YA 2THIA 3IOTA 2Y7RA 4U1ZA 3CI8A 3V8XB 4OERA 4L17A 4ELOA 3PUWE 4BDRA 3MP6A 2IEEA 4WKMA 3Q27A 3O6IA 2ZYOA 3QYTA 4IB2A 1Z7ME 3U1OA 4TLMB 5EYFA 3N6UA 3PMVA 2GH9A 2ZNUA 2XX7A 4DLDA 1SW2A 4TOZA 3W9WA 2Y7KA 1YPNA 4EDPA 4OENA 2QS2A 5DVIA 4ZECA 4R6KA 3PD9A 5JTYB 1SBPA 1AOVA 4MH5A 3OEKA 2Z8FA 2ABHA 3G7WA 3KN8A 3V83A 2F36A 1HSJA 2XXXA 2DVCA 3EHTA 2A5TB 4N07A 1B7UA 2I4CA 4C0RA 4R72A 2FNCA 4G8NA 3HPIA 3HV1A 1B3EA 3S9MC 2Z22A 3KOTA 4MF3A 4F18A 4IGRA 1UTHA 3E3KA 2A5SA 4KYEA 3KG2A 2X26A 1US5A 4F39A 4QF9A 3QUFA 4NWCA 3IK6B 3SEUA 3MC2A 5FTIA 1Y20A 1GV8A 1Z7NE 1D4NA 3H4ZA 5F7VA 4GL8A 1Y1MA 3K6UA 4U4SA 5FHMA 3TCHA 5H8SA 4JBZA 2FA7A 1HSEA 2XXQA 1JW4A 1FTJA 4F29A 5CMMA 3L6HA 2HQ0A 3T93B 1TXFA 2OK2A 1PBQA 3T96B 1MS7A 3G3GA 1JETA 3SKPA 3S4UA 3C33A 4P0GA 1I6AA 2UYFA 4KR5A 2D21A 5ITOA 2F34A 4U21A 4C1TA 2XXUA 5FHNA 3F11A 3E9XA 1MPDA 1B5JA 3TUSA 2Y7IA 2I48A 4Z0IA 4TLLB 4BDOA 4GIZA 1ZMGA 4E0XA 1WDNA 1Y9UA 3RY3A 1N3XA 3K0VA 2QS1A 2DS9A 2XXYA 1RYXA 2HZKA 1VE4A 1JEUA 3N6TA 4XKPA 3CG3A 4POXA 4G8MA 2FYIA 2ZXTA 2V3UA 4YZZA 3OO9A 1DSNA 3RT6B 4H8JA 3Q28A 3MZBA 2VOZA 4ONYA 4PETA 1TFDA 3RGYA 2DP8A 3CVGA 2E0SA 4KPTA 4THIA 3PUVE 4R75A 5IAIA 2F7CA 3I6VA 1H44A 1B0HA 5AA4B 5FTHA 1O64A 3HN0A 5JEIA 3TQWA 5H8FB 4WEDA 4XXUA 1EH3A 1I6QA 2GFEA 3IB1A 5KDTB 5DEXB 2OCUA 3SEYA 3HHGA 1ZU0A 5CC2A 4IO5A 3G3HA 3A3UA 3VV5A 3JYRA 2HAUA 4C1UA 1MG1A 1DOTA 3EQ1A 4WXJA 4G77A 3RT8A 3M3LA 3WAFA 2YPNA 4NTLA 1N76A 3JV9A 4ESWA 3MZ9A 4YB5A 4AB5A 3O6HA 3U8QA 2UYEA 1MXUA 1LBCA 1P1WA 1BTJA 1P1QA 3VDFA 5BWJA 3PV0E 4GXSB 4YKKA 1B3LA 4GL0A 1MM6A 3QUJA 1LSTA 4R9GA 4RPOA 4FECA 1IXIA 3HO7A 5I59B 3ILUB 1LCTA 1H43A 1P1UA 3SETA 1ZLQA 2H99A 2XXWA 3K6XA 1VFEA 1WVJA 4RJZA 3UK4A 2NVUB 2Q9TA 3FIRA 1L5TA 1UQWA 2XD3A 3H6TA 3RPWA 3IO4A 3THIA 3FASA 2OLBA 4MBPA 3FXQA 2F6PA 1NNTA 5KZTA 2CMOA 1VFDA 3MPKA 3PD8A 4ZEFA 4X48A 5HBCA 2F6GA 3QXMA 1QKAA 2Q2AA 4KYDA 3TQLA 1UIUA 3VE1B 3HHFA 2UXAA 2VD2A 2M8CA 4DE8A 1B51A 2BJJX 3LUYA 4LP2B 4PQJA 1B05A 4YB7A 4N13A 2IA4A 1B1XA 1AH5A 1B6HA 1P1NA 2ZYMA 2ALUA 1GTKA 1J1NA 1JNFA 1A54A 1SYHA 1IITA 1B1HA 5H8HA 3RUMA 1MXZA 4QFOA 1QW0A 5HM4B 1II5A 5DVJA 3HCQA 3RNNA 3BFUA 4XIGQ 3C34A 5KCJA 3I3VA 3MVZA 1EU8A 3FVNA 4F1VA 2PBWA 5I2NA 2RCAA 1LB9A 1IUDA 1DTZA 5LOMA 3FZVA 2NXOA 4IO3A 3TODA 1QUJA 4ELRA 4EQ9A 3CR9A 5H8QA 5TPAB 3T9UA 1ZIUA 3U72A 2DE2A 1AMFA 1URGA 4O3AA 4GXAA 2F78A 4YKJA 2F97A 2I6EA 4KCDA 1B3GA 1NNFA 4XKNA 5BUUA 2QPQA 4F22A 3OO6A 4NF4B 4IY6A 1WODA 4R73A 1NH7A 1MRPA 4XKRA 3O66A 3U93A 2QRYA 2ESNA 3EPEA 3ILTB 4BDLA 2I0BA 5I56A 4DIGA 5TP9A 2PX1A 1OQHA 3T22A 2H25A 5K2YA 3LSFB 3IB2A 4QFLA 5AA2A 3PPRA 3FVGA 4IGTA 5H8NB 3DP4A 1A40A 4ND9A 1N7XA 5I58A 4FAJA 5I84A 2O1LA 3G3IA 5I57B 2PT2A 1QUKA 1LAFE 4G4PA 2Q8JA 1Y3QA 1B32A 3D4GA 1A7LA 4OFOA 2PVUA 3UP9A 3FXUA 2O1MA 5EHSA 3W15C 3DM0A 2QSXA 1N7WA 2OJTA 4YICA 1LAHE 4OTEA 1MQJA 4PFWA 3KEIA 1FQFA 5HPQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NUYA 1B52A 1MM7A 4ZEDA 1H45A 3FJGA 1JVYA 2DWAA 4OQOA 1O63A 4F2OA 2H98A 1UTBB 1DMBA 2UVIA 3EHSA 5ICTA 4NF6B 1Y3PA 2DWIA 1PB9A 1OLAA 1CE2A 4G68A 2ONKE 4N6DA 2Y7PA 5DVFA 4DDDA 3IJXB 4YAHX 4O3CA 1LFHA 4FEDA 4XFEA 3TELA 2QJEA 3C31A 1JW1A 3FVKA 4KHZE 2V25A 4XTCQ 3LSLA 4RPNA 2F7AA 2I3WA 4JWXA 2DDKA 2UVJA 2ZYNA 2Q89A 2HFBA 1MY1A 3L6GA 2G93A 3O97A 3H6WA 1NV5A 3FJ7A 1BIYA 4NF5A 3K2DA 2AL4A 2I3VA 2DXRA 3PGFA 1FQAA 3B7DA 3RQTA 1RDXA 1PDAA 3VLUA 2VP1A 4JB7A 1PB8A 4ZEIA 5A5XA 4OEVA 1LLSA 2O51A 2UVGA 3FJMA 4BDQA 4H65A 2O7UA 4KCCA 4O3BA 3UN6A 3PMXA 5LTCA 2P2AA 2OWTA 5T3JA 5I2KB 4GVOA 4RK9A 3WAEA 1FPDA 1S9TA 3O29A 3D4CA 2R9JA 2REJA 1FRPA 3OENA 3SEXA 5EQ9A 1FQCA 4MLQA 3O9PA 3Q25A 1OVBA 4OFJA 4M1VA 4HTGA 4HCYA 1LBVA 2P0SA 3OO7A 4OEUA 1DK4A 1MDQA 5CI5A 1QVSA 4O7MA 4KFQA 5L9MA 1B5IA 2WKYA 3Q29A 3U94A 2XXPA 1ZJLA 3QMFA 3O6GA 4DCYA 3BFTA 4G2ZA 1NH8A 1QKBA 2OX3A 1NUWA 3KJTA 1FQEA 3MQ9A 1VR5A 3CG1A 1BKAA 3VVEA 3M3FA 4EF1A 4DXBA 3RPLB 4FE8A 2Y5LA 4OESA 3R6UA 4N6PA 4YB6A 4PFYA 4GWWA 3ROJA 3TAJA 3QK6A 3RTWB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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