2ZYMA

Crystal structure of cyclo/maltodextrin-binding protein complexed with alpha-cyclodextrin
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
381
structure length
381
Chain Sequence
KPDKLVVWENADDGVQLNNTKKWAGEFTKKTGIQVEVVPVALLKQQEKLTLDGPAGKGADLVTWPHDRLGEAVTKGLLQPIQVDNSVKNQFDDVAMKALTYGGKLYGLPKAIESVALIYNKKLMGQVPATYDELFQYAKANNKPDEQKYGVLFEANNFYYTYFLFAAKGAAVFKEQDGTLDPNEIGLNSPEAVQGMNEVQKWFTEARLPQSLKADTVNGLFKSGKVAAVINGPWAIKDYQAAGINVGVAPLPKIDGKDAQTFIGVKGWYLSAYSKYPKYATELMQFLTSKEALASRFKETGEIPPQKELLNDPMIKNNPVVNGFAKQASKGVPMPSIPEMGVVWEPINNAHTFVAQGKQTPEQALNDAVKIMKEKIQTMKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of open and closed forms of cyclo/maltodextrin-binding protein
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermoactinomyces vulgaris
molecule keywords Solute-binding protein
total genus 116
structure length 381
sequence length 381
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zymA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zymA02
1MY3A 1AL3A 1LAHE 4KR5A 2Y7WA 4C1UA 1Y4CA 1N84A 3BFTA 1IEJA 1MDP1 4LUBA 5TPAA 2F6GA 5TPAB 2VP1A 4H5GA 4H0WA 1IIWA 2XXPA 1DPEA 2HFBA 3C36A 2UYEA 3QIMA 2GH9A 4E0WA 3IL1B 4F31B 3IO6A 3LSLA 4JSDA 4OTEA 1DOTA 1SQYA 3IR1A 1HSLA 1MY0A 3OO7A 3IB0A 1BP5A 1FW0A 2I3VA 3K6UA 4N13A 1A7LA 3N5LA 4JSOA 3S9MC 4Q0CA 2D21A 4G77A 1H44A 1JW5A 2I4CA 4H1XA 2ONRA 4QFNA 3OEKA 3I6VA 2V3QA 2AL4A 4H6DA 4PP0A 3ILUB 5H8HA 5HBCA 2NWJA 5H8HB 4PE5B 3QXMA 4G4PA 2DS9A 4NEDA 1OQGA 1B4HA 3K02A 4OMBA 3PMVA 4BLAA 2R71A 4F18A 4NE4A 2CZLA 1BKAA 2ZNUA 1A54A 1PB7A 3OOAA 2ABHA 4JDFA 4EQBA 5BWJA 2UVIA 2I0CA 1N76A 4X1BA 4XKRA 5CMCA 4WXJA 1IXCA 1QKBA 2H98A 5AA1A 2YJPA 3Q28A 3OO6A 4U22A 4XKPA 3H3GA 2H5YA 5EYFA 1D9VA 3K0VA 3RN8A 3KEIA 4KQPA 2UXAA 3SERA 2ZYOA 3RUMA 3UK4A 4BDLA 4ELPA 4DLDA 4RK9A 1I6QA 4YU0A 3EF7A 5TP9B 4EF2A 1O64A 1B58A 1LBCA 3VVDA 4MBPA 3MUQA 2O68A 4GL8A 3OD7A 1B5HA 3OO9A 5FHMA 4P11A 2H4IA 3SKPA 5H8SA 3MBPA 2YLNA 3C9HA 5DVFA 3FASA 3C35A 1SW2A 3MZ1A 3KJ7A 1H43A 5CM6A 3LUYA 4OEUA 4MLQA 4LZ5A 1N04A 1LGBC 3N6TA 5I57B 3MP1A 1XVXA 3Q29A 3R6UA 3SEUA 4C0RA 3G3IA 1IXGA 3OO8A 4GWOA 3V8XB 1ATGA 4YICA 2Y7RA 4GQOA 3PMXA 1SYIA 2XXIA 3MP6A 3IO4A 1MXUA 4GXSB 1B32A 1NH7A 1ZJLA 2F7AA 3RT8A 3PD9A 3DP8A 2QS2A 4PFTA 1MG1A 3TCFA 3TPAA 1IXHA 4BDMA 3E4RA 2QS4A 3VE1B 4R9FA 3WAFA 4Q30B 3MWBA 3FVNA 1FQEA 3SEXA 3T22A 3T93B 3WAEA 4RPNA 3KN3A 2XXYA 1ZTYA 4YAHX 3T9UA 2REJA 1H45A 3H6UA 1FQFA 2O6AA 3TUSA 2QS1A 2HZLA 3KSXA 4YZZA 1MQGA 4WEPA 3H4ZA 4ESWA 4BDNA 4OERA 1LAFE 5F1QA 3EHUA 3PGFA 3VXCA 4DCXA 4OFJA 1P99A 4UA8A 1J1NA 4EQ7A 4GXAA 5JK4A 1H3DA 3B7DA 1A8FA 4TLMB 4G68A 1LBBA 4G68B 1QW0A 3SDFA 1MY1A 2HQ0A 1ZMGA 3GZGA 4QFLA 3LC8A 4LVQA 4BDQA 2P2AA 3FXQA 1VE4A 4YKKA 3RQTA 3HHGA 4GRKA 4KYSA 4WKMA 2H9BA 4R6YA 1YPNA 1NMUA 3E9XA 2OJTA 1EZPA 1MPBA 2D5WA 4G2ZA 4OYVA 2NXOA 1GGGA 5F7VA 1DTGA 3V5AA 5AA2A 3MPKA 5FTIA 5AA2B 3O97A 1SYHA 1TT1A 1OVTA 4DDDA 3H6VA 2F7BA 3R7XA 4KCCA 5AE4A 4G8NA 2OWTA 2PVUA 5KDTA 2KLFA 2M8CA 5KDTB 4O3CA 5H8FA 2VOZA 2AIXA 4JWYA 5H8FB 3EQ1A 4O3AA 4JXIA 4NTLA 2ESNA 4KI0E 2OK2A 3S2VA 4JWXA 1CE2A 4QHQA 1BLFA 3G3KA 3LBSA 2DE2A 3KOSA 3TFLA 2ONSA 5L8DA 3PV0E 4ZZAA 2DWAA 2RCBA 4R6KA 4P0GA 1MQJA 4KYDA 3K1NA 1IITA 3B6WA 3PUXE 3ZKKA 3EHSA 3Q25A 2NVUB 2A5TA 3H7MA 3CIJA 3S4UA 2XXRA 1FQDA 2A5TB 4ND9A 1P1UA 4NWDA 3L6HA 3MP8A 4P0IA 1B46A 1MXZA 4QFOA 1B7ZA 1Y1ZA 3RLFE 4POXA 3H06B 5I58A 5I58B 2XD2A 3V83A 4KD5A 3TTLA 3JYRA 3IAZA 4PETA 4EQ9A 5CRYA 5A5XB 2O51A 2XXHA 2DYXA 4G8HA 4ECFA 1Z7NE 2Y7KA 4X48A 2ZYNA 1JQFA 1A99A 2E0SA 1II5A 1MXWA 3FXRA 3IOVA 4AB5A 1Z7ME 1R9LA 3JZJA 3P7IA 1B3EA 1M5EA 2RC7A 4ZE9A 2ALUA 4LQ5A 3VLWA 4IY5A 5DEXA 4OFOA 3GXAA 4YKIA 1L5TA 1ZLQA 5DEXB 3O9PA 2F8DA 3PPNA 1VR5A 2P0SA 1LLSA 1MRPA 3K6VA 1MH3A 4LZ8A 2O84X 3QAXA 4TOZA 2AL5A 3BKIB 2QS3A 3OENA 2Q9TA 3G3GA 1DMBA 4F3BA 4R6HA 4ZEIA 1M5FA 4OETA 2I48A 3G3FA 4GL0A 2V84A 4ELQA 5K2XA 3S9NC 4R74A 4JWOA 4ELOA 1JW4A 3KGCA 2LAOA 3HCQA 3RT6B 4BDRA 2VHAA 3HN0A 4YKJA 2V3UA 5L9SA 4WEDA 1KWHA 1N7XA 1TXFA 1AH5A 2O7IA 4JB7A 4IO7A 5ICQA 2IA4A 4H67A 1PBPA 4I9DA 4N07A 5EHSA 2RINA 2CMOA 5CMBA 1LAXA 2QMWA 1P1OA 1LB8A 4LONB 4HTGA 1XOCA 3S9LC 2V3TA 3PUZE 4R75A 3D4GA 2X7QA 1B1XA 3FJGA 1QUIA 5CBRA 4NF8A 3KZGA 1M5DA 3KFMA 3M8UA 1Y3PA 4U4SA 3DP4A 1MH4A 4MF3A 4ONYA 1ZBMA 4QRZA 4YB5A 4KYEA 1SDXA 2XXTA 3F11A 1GR2A 3IB2A 5H8QA 4RJZA 5H8QB 4Z7EA 3VDFA 1POY1 3FUZA 1Y4TA 5K2YA 3CSGA 4FEBA 2HXWA 2I58A 3K6WA 1POTA 2I6EA 2THIA 3SEYA 2DQVA 3FVKA 4F19A 4LQ2A 4PFUA 1MPDA 3U94A 5HPQA 4Z0IA 4EDPA 1JVXA 1XHYA 2FYIA 1MQIA 2RCAA 1XT8A 1JVYA 1I6BA 3TDJA 3DP6A 4QFKA 2E1SA 1Y20A 1FTJA 4XTCQ 3EHTA 1Y9UA 1IXIA 3IORA 2A5SA 4XXUA 1EU8A 4UACA 1MS7A 3EN3A 4E0XA 3PU5A 3E13X 4U2RA 2REGA 3KN7A 4F2OA 5KZTA 5ITPA 2HEUA 1R1NA 3CFZA 4ZECA 4H65A 1AOVA 2UVJA 3CG3A 5ISUA 3FV1A 1YCJA 1FQAA 3PD8A 3U93A 5J1DA 2Q89A 3QK6A 3W15C 3KN8A 2GFEA 4AB6A 4F39A 1YAEA 5CI5A 1O63A 4K3FA 3USDA 3MQ9A 3O6IA 3LSWA 4XKNA 1DSNA 3VVFA 1YTVA 2X26A 2DE3A 2X7PA 1SD3A 1B4ZA 4XIGQ 3W9VA 1FQCA 1N0TA 3SETA 3TKDA 5CC2A 1M5CA 3IJOB 3GBBA 3HSTA 4FEDA 4RPOA 3HV1A 3O66A 2DE4A 3TCGA 2DWJA 2ZNTA 4NWCA 2DOJA 4C1TA 3CG1A 3C33A 4ZEFA 3IOUA 3IK6B 1PC3A 1URDA 2HCAA 3S9EA 2UVGA 3ZS6A 4TQUQ 3HO7A 4L17A 3HHFA 5I2KA 4F3SA 1P1NA 5I2KB 4GVOA 2PT2A 1B7HA 4NF5A 4F1VA 3B6TA 3LSXA 4YB6A 2Z22A 3PMWA 1B2HA 3MVXA 4M4GA 1H76A 4MLVA 5CBSA 1PB9A 4GLIA 1NNPA 5DT6A 1D3KA 4ZDMA 5AA3A 2O7UA 1MQHA 2F78A 3QUFA 2NUVA 4RA1A 3TODA 2DSFA 4EF1A 4QSEA 1RKMA 2YPNA 1US4A 3RTWB 4DIGA 1ZIUA 2ONKE 3T9XB 1JEUA 4NF6A 4NF6B 2PMSA 2UVHA 3U72A 3ILTB 1OMPA 1QKAA 3D4CA 3DM0A 5I56A 5DVIA 5I56B 1MY2A 3MVWA 5L9OA 1MM6A 5AA4A 4OHNA 2XXUA 1A55A 3O6GA 5AA4B 4F3PA 2V93A 3MAMA 3A3UA 1B0HA 3Q26A 3L6GA 4R2BA 5L9MA 1B5JA 4AQ4A 4PFWA 3UGWA 1Y3QA 2QL3A 3FV2A 4ISUA 1MQDA 1FTKA 3G3HA 1LFHA 3N94A 1NL5A 1PB8A 1Y3NA 2PBWA 5FTHA 2Y7IA 3N6UA 3E3KA 4I8CA 4BDOA 4XKQA 1S7YA 4LP2B 1UQWA 4GOTA 4NMYA 3W9WA 5B7DA 1I6AA 1SBPA 3IB1A 3BBRA 3FXUA 1VFEA 4POWA 2AYSA 4KHZE 4KFQA 4U23A 3U8QA 3CFLA 3CI8A 3UA8A 4IGTA 2Q88A 1US5A 4RNSA 2XHDA 1TWYA 2HAVA 1Q35A 1GV8A 1PDAA 3LR1A 1B52A 2IEEA 1OQHA 2F35A 3U1OA 2XX8A 2DVZA 3TMGA 1SW1A 1NNFA 3M3KA 4FJPA 2GHBA 4R2FA 4Q8RA 2G93A 4KCDA 2QJEA 3FGSA 5DVJA 2FA7A 3OELA 2NOOA 1R6ZA 3VXBA 2I3WA 1FTOA 1WDNA 3DELB 4FIMA 3TQWA 3RY3A 2F34A 4HW8A 4H8IA 2WKYA 1WODA 3TAJA 3THIA 3PPPA 2DWIA 1JW1A 3IJXB 5IAIA 2XXWA 5ITOA 1ELJA 3QSLA 3M3FA 1MDQA 3T96B 3FVOA 2Z8DA 2VD2A 3IOTA 4GIZA 3IX1A 1B3FA 2H25A 2OWSA 4ESXA 3VFJA 5IKBA 1PBQA 4U1ZA 4RYAA 3V89B 4IB2A 3C32A 4ZZEA 5BUUA 5I84A 3FZVA 4QSDA 4X9TA 3FIRA 3GBAA 1OVBA 3RPWA 1N3WA 2ANJA 1HSJA 4FE8A 3T9VA 2O1LA 4U4XA 1B6HA 3Q27A 1LFGA 1M5BA 3T66A 3UIFA 4DCYA 4F29A 1A40A 1MY4A 1Q1KA 3FVGA 3H6TA 4H5FA 4EXLA 1FCKA 3ZKLA 4OFLA 3G7WA 2F6PA 3K2DA 3K1MA 2ZYKA 4F3GA 5TU0A 1UTHA 4GD5A 5H8NA 1UTHB 5H8NB 4F1YA 2UYFA 4NF8B 1NFTA 3K1PA 1EH3A 1B5IA 3A09A 3B6QA 3JV9A 3C34A 1JNFA 5HM4B 2OCUA 2Q2CA 3KJTA 4Q5TA 1UIVA 4U1OA 4IO5A 3KG2A 4NF4A 1O7TA 1AMFA 3ODBA 3M3LA 4NF4B 3MVYA 3OSQA 3UORA 3UN6A 4IO3A 4FORA 1B3GA 1BTJA 4R9GA 4G8MA 3I5OA 4IO2A 3BFUA 4LA9A 4ZEBA 4N6PA 5JTYA 4X1DA 5JTYB 3MVZA 3RTFB 1EZ9A 4F2QA 1LCTA 3ECRA 4GF8A 5TP9A 3K01A 1QUJA 2B65A 2Z8FA 4O3BA 1MXYA 3FATA 3EPEA 3IOWA 2DWHA 2FNCA 2DXYA 3O2AA 1Y1MA 1EZOA 3ZSFA 2Q8JA 1NNKA 4OXVA 4IGRA 1FTLA 3SESA 2PYYA 4U21A 3CFXA 1B7UA 5I59A 1XS5A 5I59B 1S50A 1URGA 3A3CA 3MJNA 1PEBA 2ZXTA 1VSOA 5KCJA 2I0BA 1UTBA 5I57A 1R9QA 1QULA 5M2VA 1UTBB 5KCJB 1TFAA 5B70A 4RY1A 2PX1A 2ZNSA 1QUKA 4KPTA 3MPLA 3R26A 3QYTA 1N3XA 1OLCA 1MPCA 4OVJA 3U92A 1B1HA 2VGQA 4DE8A 3SEWA 4QF9A 4FATA 2XXVA 3DLNA 2D3IA 1RYOA 2XXXA 3C4MA 1XC1A 3O29A 2Z23A 1LFIA 2W7YA 2F97A 1AIVA 1B3HA 4IY6A 4LATA 4NF5B 4MH5A 4PQJA 3MC2A 1P1QA 2XXQA 3TTMA 1MXXA 4IO6A 5ELVA 2V25A 1UIUA 1RYXA 4TLLB 4QFPA 3UP9A 1MXVA 5FHNA 1QJMA 1F9BA 3CVGA 2ZYMA 4RXLA 3C31A 3MZBA 4OZ9A 1SW4A 5CMMA 5DTBA 1JETA 2F36A 4I1DA 4M1VA 3TYHA 1LSTA 4FAJA 3VLUA 1CB6A 3TTKA 2B3FA 3CR9A 4YKPA 3KSJA 3AXFA 4FECA 3GLBA 2F7CA 1WVJA 1FTMA 2RF1A 3VVEA 1B3LA 4DZ1A 1IQ7A 2GHAA 1S9TA 3TEPA 3N26A 1USYH 3CRBA 3OMBA 1B9JA 4QSCA 3TELA 2G29A 2PT1A 4I62A 1ZKBA 2QPQA 2Z8EA 3HPIA 2QRYA 1B05A 3H6WA 4OQOA 3PUWE 2DVCA 5FHOA 4HS7A 5DYHA 2DXRA 2HAUA 5ICTA 1BIYA 2XX7A 4EUOA 4DXBA 3FJMA 3PPOA 4G68C 3G3JA 1A8EA 2GRVA 2VD3A 3K4UA 3TZAA 5CMKA 1VFDA 3PPQA 3PUVE 4ZE8A 2Q2AA 1D9YA 1NNTA 2QSXA 3K6XA 2H99A 5AA2D 2OZZA 1MM7A 2OLBA 5EHMA 1QVSA 3RNNA 1FQBA 4IO4A 4R72A 1DTZA 1P1WA 3TTRA 2RKMA 4DXUA 4YMBA 2RC9A 4OESA 4THIA 5LOMA 2R9JA 2QMXA 4OEVA 3SEVA 3KOTA 1OLAA 3RGYA 1OIBA 1D4NA 1ZU0A 1SI0A 4ZEKA 4YMAA 2R6GE 4DXCA 3K00A 1JEVA 3OSRA 2Y84A 3PPRA 3ONMA 4LZ7A 1B51A 4EXKA 4JBZA 1LAGE 3KBRA 4F22A 4ZEDA 3PUYE 4OWDA 4HCYA 4MFIA 3MW0A 1I69A 3T9HB 3OXNA 3I3VA 1B0LA 3TQLA 3MZ9A 1HSEA 1IUDA 2XD3A 1URSA 4YB7A 4PFYA 3VLVA 3OEMA 5I2NA 1T0KA 5A5XA 5I2NB 3LSFB 1GTKA 4RK2A 1NKXA 1GVCA 1ANFA 4HCWA 3QUJA 2ZMBA 1B40A 1TFDA 3VV5A 5JEIA 1LCFA 2P1SA 1DPPA 1LB9A 3O28A 4ZS9A 1SI1A 1IZ1A 4F1UA 2I49A 3FD3A 2F5XA 1SVXB 2OBGA 1NH8A 1N7WA 2XX9A 1XVYA 4H8JA 1SW5A 3H03A 2B3BA 3FJ7A 2BJJX 3TCHA 3TTNA 4R73A 2HZKA 2I4BA 2DP8A 1USYE 3CSBA 4ELRA 3O6HA 2O1MA 2RC8A 4GFRA 4OENA 2O69A 2Y7PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MY3A 1AL3A 1LAHE 4KR5A 2Y7WA 2PFYA 4PF6A 4C1UA 1Y4CA 1N84A 3BFTA 1IEJA 1MDP1 4LUBA 5TPAA 2F6GA 5I5PA 5TPAB 2VP1A 3B50A 4H5GA 4H0WA 1IIWA 2XXPA 5ET8A 4I40A 1DPEA 2HFBA 3C36A 2UYEA 3QIMA 2GH9A 4E0WA 3IL1B 4F31B 3IO6A 3LSLA 4JSDA 4OTEA 1DOTA 1SQYA 3IR1A 2B4LA 1HSLA 4OVPA 1MY0A 3OO7A 3IB0A 1BP5A 4MAGA 1FW0A 2I3VA 3K6UA 4N13A 1A7LA 3N5LA 4JSOA 3S9MC 4Q0CA 4OANA 2D21A 4G77A 1H44A 1JW5A 2I4CA 4H1XA 2ONRA 4QFNA 4XEQA 3OEKA 3I6VA 2V3QA 2AL4A 4H6DA 4PP0A 3ILUB 5H8HA 5HBCA 3FXBA 2NWJA 5H8HB 4PE5B 3GYYA 3QXMA 4G4PA 2DS9A 4NEDA 1OQGA 1B4HA 2FHYA 3K02A 4OMBA 2B4MA 3PMVA 4BLAA 2R71A 4F18A 4NE4A 2CZLA 1BKAA 2ZNUA 1A54A 1PB7A 3OOAA 2ABHA 4JDFA 4PE3A 4EQBA 5BWJA 2UVIA 2I0CA 1N76A 4X1BA 4XKRA 1FJ9A 5CMCA 1EYKA 4WXJA 1IXCA 4HE2A 1QKBA 4P1EA 2H98A 3IFAA 5AA1A 2YJPA 3Q28A 3OO6A 4U22A 4XKPA 3H3GA 2H5YA 5EYFA 1D9VA 3K0VA 3RN8A 3KEIA 4KQPA 2FBPA 2UXAA 3SERA 2ZYOA 3RUMA 3UK4A 4BDLA 1NV5A 4ELPA 4DLDA 4RK9A 3PTYA 4MEVA 1I6QA 2P3NA 4YU0A 3EF7A 5TP9B 1DCUA 4EF2A 1O64A 1B58A 1LBCA 3VVDA 3D1RA 4X8RA 4MBPA 3MUQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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