2ZYNA

Crystal structure of cyclo/maltodextrin-binding protein complexed with beta-cyclodextrin
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
383
structure length
383
Chain Sequence
EGKPDKLVVWENADDGVQLNNTKKWAGEFTKKTGIQVEVVPVALLKQQEKLTLDGPAGKGADLVTWPHDRLGEAVTKGLLQPIQVDNSVKNQFDDVAMKALTYGGKLYGLPKAIESVALIYNKKLMGQVPATYDELFQYAKANNKPDEQKYGVLFEANNFYYTYFLFAAKGAAVFKEQDGTLDPNEIGLNSPEAVQGMNEVQKWFTEARLPQSLKADTVNGLFKSGKVAAVINGPWAIKDYQAAGINVGVAPLPKIDGKDAQTFIGVKGWYLSAYSKYPKYATELMQFLTSKEALASRFKETGEIPPQKELLNDPMIKNNPVVNGFAKQASKGVPMPSIPEMGVVWEPINNAHTFVAQGKQTPEQALNDAVKIMKEKIQTMKQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of open and closed forms of cyclo/maltodextrin-binding protein
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Thermoactinomyces vulgaris
molecule keywords Solute-binding protein
total genus 121
structure length 383
sequence length 383
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-01-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zynA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 2zynA02
1ZMGA 3ODBA 3CG3A 1XVYA 1YTVA 1QULA 1D9YA 4NF4B 1VSOA 4TLMB 4GVOA 5L9OA 1FTLA 1HSEA 1O7TA 4GWOA 2V3UA 3MP1A 1FW0A 3T9HB 4LZ8A 3H6WA 1GGGA 4N07A 1MPBA 2AIXA 2M8CA 2ONRA 4P0GA 4PFYA 3G3HA 1MDP1 1O63A 5AA4A 3W9VA 2QL3A 2Z8DA 1Z7NE 3VLUA 5AA3A 4F2OA 1TXFA 3V89B 3DLNA 4H65A 4XKNA 2NXOA 1BKAA 1FQAA 3SEVA 1QJMA 3RUMA 3EPEA 5I57A 1OLCA 3O6HA 4G2ZA 2I49A 1B3FA 4Q0CA 5CI5A 1SW4A 3FXUA 3IO6A 3IOUA 1SYHA 2F35A 3TZAA 5IKBA 2NOOA 1M5BA 4LUBA 4I9DA 5F7VA 1MH4A 3QSLA 1BIYA 3I3VA 1MXXA 3KFMA 1H76A 1BLFA 3PGFA 1MPDA 2F8DA 3G7WA 1JEVA 1ZIUA 4ZE9A 4QF9A 4TQUQ 4FEDA 2CMOA 4GL0A 3E4RA 3ONMA 2YLNA 1US5A 2V3TA 2THIA 2Y7IA 1ZLQA 1Z7ME 4NWCA 1MXVA 3HV1A 3TDJA 5KCJB 1ZBMA 1A7LA 1R9QA 3TQWA 1B7UA 1N7WA 1IXCA 2GRVA 1VFDA 2Z8FA 2ZMBA 1MQIA 3KGCA 3FATA 4DXCA 1I6BA 2ANJA 3KJTA 1JW5A 4OENA 3UA8A 5H8FA 3LBSA 4G8NA 3DP4A 5I59B 2DOJA 2V84A 4OESA 2XXVA 3KSXA 4M4GA 5CMBA 5H8NA 2RC8A 4X1DA 1Y20A 3BBRA 4F1VA 1XT8A 3KBRA 5I58A 1SD3A 4DXBA 1SDXA 1IXGA 1IIWA 5KZTA 2O51A 4JWOA 4KQPA 2OLBA 4QRZA 1QKAA 3MQ9A 3O97A 5TPAB 4BDMA 3AXFA 1ZKBA 3T22A 3GBAA 2O69A 1LFHA 2Y7PA 1MY2A 3TTNA 4ZECA 3UN6A 1JEUA 5I56A 2V3QA 3PD9A 3O6IA 3Q25A 3E3KA 4OEUA 3N26A 4OXVA 4KHZE 1A8EA 3SEWA 2Q2CA 2VD3A 2F36A 1MH3A 3CRBA 4R9GA 4L17A 3MZ1A 3RNNA 1EZ9A 1M5DA 2WKYA 2V93A 4I62A 4RPNA 2XHDA 1GV8A 3PPNA 3WAEA 4LATA 1KWHA 5LOMA 4OFLA 1MQGA 3EHTA 2XXTA 1B5HA 2IEEA 4FIMA 5DVIA 4GRKA 1MXZA 4RYAA 5CMCA 4TOZA 3IB2A 3VVFA 1FTJA 3MPLA 1TT1A 1OQHA 3S9EA 1B32A 3DM0A 3O2AA 3RT8A 3TTKA 1B58A 4X48A 3SEYA 3C33A 4F3GA 3PV0E 3QYTA 4Z7EA 1B6HA 3H4ZA 1OMPA 2HXWA 5K2YA 4ZEFA 4EF2A 3T66A 2O1LA 2QRYA 1B05A 1MXWA 1ANFA 1Q35A 3KOTA 1Y3PA 3IOTA 5H8QA 2O6AA 3K02A 3A3UA 2H5YA 2E0SA 1SYIA 2XXXA 4RY1A 2V25A 3TYHA 5I84A 4ZS9A 4XTCQ 3MP8A 2QJEA 4DZ1A 2Q89A 1RYXA 3FV2A 2VHAA 3GXAA 2QS3A 4QSEA 2XXPA 3KOSA 1FQEA 2BJJX 1YAEA 2XD2A 3G3KA 1YPNA 3K6UA 1S50A 3ECRA 2QSXA 3MZ9A 4NF6B 1LAGE 4R2BA 3N5LA 1N76A 2OK2A 2H25A 3PUVE 3LSLA 4EXLA 3ZSFA 4NTLA 2I0CA 3C34A 1QUIA 3H6VA 3PU5A 4JWYA 4ZEKA 2ZNTA 1R6ZA 3JZJA 1A54A 3MVXA 3PMVA 2I0BA 3K1PA 1LLSA 4KYEA 1B1XA 3W15C 2Y7WA 3K4UA 3S9NC 4ND9A 4PFWA 5ITOA 1DSNA 4RXLA 2I3WA 2QMXA 4R6HA 1I6QA 4YMAA 4F3BA 2VP1A 4R2FA 3MBPA 1A8FA 4YKPA 4G8MA 5AA2D 4OERA 3K2DA 2Q88A 1P1NA 2DS9A 3BFUA 4R6KA 1B4HA 3O28A 4NE4A 3L6GA 3FJMA 1POTA 2PBWA 3K00A 2I58A 2NWJA 2E1SA 3C32A 3L6HA 4NF8A 5DT6A 2F34A 4LA9A 1OLAA 5AA4B 2I4CA 4ZEBA 5ISUA 4FATA 1B46A 3I5OA 1ZJLA 1USYH 5I57B 2UVHA 4KR5A 3FXRA 1FQCA 4JDFA 3OO9A 1XHYA 4IO4A 2ALUA 2DVZA 3KG2A 4Z0IA 2PT1A 5CRYA 3CIJA 3U93A 3DELB 1JW1A 3T9XB 4E0XA 3T93B 2QMWA 2G93A 4R74A 2RF1A 1SQYA 3JV9A 1LBCA 2X26A 4KCCA 2DXRA 2ZYNA 4ECFA 2A5TA 1DTGA 2RCAA 4QFOA 3IAZA 5FHNA 2O68A 4YB6A 1PC3A 2RINA 2DYXA 3G3FA 1H44A 4R75A 3IB0A 1D9VA 2DWHA 3FZVA 1Y3QA 4O3AA 4U2RA 1P1OA 1MQDA 2H9BA 3M3FA 3RTFB 4OFOA 2Y7RA 3A09A 4P11A 3CFXA 4TLLB 2F97A 3U72A 3UP9A 4NF5B 3FASA 1P99A 3IL1B 5KDTA 4U4SA 5H8SA 1I69A 3F11A 4ZDMA 2H4IA 1FTMA 3RQTA 3MPKA 5H8FB 1B7ZA 4X9TA 4GXAA 4OFJA 1RKMA 2UVGA 5L8DA 3K6XA 2XXUA 5J1DA 3HSTA 2G29A 5H8NB 4LQ2A 4YMBA 4RK2A 5I58B 1NFTA 1B3GA 3QUFA 3HO7A 3VE1B 2Z22A 4YKIA 4G4PA 3TKDA 4KCDA 3Q26A 4K3FA 2ABHA 3O66A 2FNCA 3S2VA 1JW4A 3HPIA 1CB6A 4F1UA 3PPRA 5I56B 2F7CA 1Y3NA 2DWJA 3VLVA 2UYFA 4F29A 3TMGA 1O64A 2PMSA 3O6GA 1Y1MA 3B6TA 4NF5A 1EZOA 3O9PA 4LZ5A 1VR5A 3TCHA 4OHNA 3MVWA 3KN8A 1DTZA 3PD8A 3FJ7A 1NMUA 4KI0E 4LONB 3RTWB 1FQBA 1MPCA 3FD3A 4I8CA 5BUUA 2O7UA 1WODA 3TTMA 2OWSA 3TPAA 3PMXA 3CVGA 3PUYE 3P7IA 4P0IA 4PETA 1ATGA 4OWDA 4FAJA 4ESXA 5HM4B 2R9JA 2XXRA 3ILTB 1HSLA 1FTKA 4IY6A 3RGYA 1IQ7A 1MDQA 2A5SA 1PB8A 1GR2A 2X7QA 5H8QB 4FEBA 2Z8EA 1JVYA 3G3GA 2Q9TA 1AOVA 4GOTA 2ZYMA 2OCUA 5CBRA 1SI1A 3M8UA 2GH9A 5BWJA 1SW5A 4IGRA 3TTLA 1SBPA 3EN3A 3KJ7A 4R9FA 4C1UA 3D4CA 2RC7A 2XX7A 5AE4A 3VXBA 2H99A 1XC1A 3OEMA 4IB2A 3WAFA 3OXNA 1MS7A 3IORA 3H3GA 3N6UA 1DOTA 1URDA 4HW8A 1AIVA 3TAJA 3C4MA 3IJXB 3VLWA 2XXIA 3VDFA 3TELA 2XXQA 4WKMA 5EHSA 4QHQA 2HZLA 3S9LC 5DEXB 1RYOA 1URSA 2XD3A 1N84A 4ZZAA 3TTRA 4RK9A 3MJNA 1P1UA 2XXYA 3Q27A 1MG1A 5EHMA 4QFKA 2YPNA 1YCJA 3DP6A 4HS7A 4F3PA 1MXYA 4YU0A 4FE8A 1ELJA 3FVKA 5FTHA 3C9HA 3OMBA 2D3IA 4JXIA 3TUSA 3W9WA 1A40A 1JQFA 1GTKA 1B9JA 2AL4A 4N13A 1LGBC 3FVNA 2DWIA 4O3CA 3Q29A 4ELOA 3THIA 2D5WA 4DCXA 1B5JA 2DVCA 3IOVA 3RN8A 4PP0A 3UIFA 1NNKA 1P1QA 3MUQA 2RCBA 2F6PA 3I6VA 2IA4A 1M5EA 2CZLA 5CC2A 2GFEA 3FVOA 2F7BA 4NF8B 2DP8A 1NKXA 5DEXA 3IJOB 3H7MA 3IR1A 1N3WA 4G68A 4FORA 2HZKA 1AMFA 5L9MA 2OWTA 2XXHA 1UTHA 4GXSB 4JSDA 1WDNA 3KN3A 1OVBA 5M2VA 4LP2B 4LQ5A 3IK6B 1URGA 1LB8A 3SEXA 4BDQA 3TEPA 5DTBA 4IO7A 3OD7A 3CI8A 2ESNA 3H6TA 3Q28A 4U1ZA 2DE4A 4BDOA 1B7HA 1Y4CA 3PUWE 3UORA 5ELVA 2UXAA 1LCFA 4AB5A 1SW1A 2A5TB 5CM6A 5I2KB 2ZYKA 1SI0A 3LR1A 3MAMA 4GL8A 4U23A 4IO3A 1IEJA 2HAVA 4N6PA 3VFJA 3FXQA 3TODA 4EDPA 4F22A 2YJPA 4U21A 1DPPA 1P1WA 3TCGA 4RA1A 3U8QA 4ELQA 3CFLA 3RLFE 3OO7A 4IO6A 3IX1A 4JSOA 2DE2A 4KD5A 3RPWA 3K0VA 2Q2AA 3CFZA 2OZZA 5KDTB 1MXUA 1F9BA 1JETA 2XX8A 4BLAA 3G3IA 4QSCA 4NEDA 5DVFA 3USDA 1B1HA 1HSJA 1ZU0A 5FHMA 5A5XA 1IZ1A 4PFUA 2FA7A 4HCWA 1CE2A 3LUYA 1SW2A 3S4UA 5CMKA 1POY1 3SEUA 3PPQA 3K6WA 3ZS6A 4KYDA 4C0RA 3SETA 4FECA 3SESA 3LSWA 4ISUA 3A3CA 1NL5A 1UQWA 1VE4A 1H45A 3KN7A 4POWA 4Q30B 3IO4A 4H8JA 3B6WA 3H03A 1PDAA 1Y4TA 1USYE 3FJGA 5ICTA 4U22A 1Y9UA 3FGSA 2HEUA 4ZZEA 1UIUA 3LSXA 2P0SA 1XOCA 5I2KA 4YB5A 4G68C 1XS5A 1B3HA 4MH5A 4H0WA 3MWBA 1LB9A 2HFBA 1FQFA 2ONKE 5TU0A 4F39A 2DSFA 2I3VA 1Y1ZA 5DYHA 3EHUA 2XX9A 5K2XA 3K01A 3PPPA 1MQHA 5IAIA 3EQ1A 1NNFA 2P2AA 1DPEA 4WEPA 1MY0A 1N04A 3BFTA 3JYRA 4H67A 4YICA 4EUOA 1AL3A 4H6DA 1PEBA 4U1OA 1EU8A 2PX1A 1QVSA 3EF7A 1M5FA 1N7XA 1DMBA 2DXYA 1IXIA 2LAOA 5AA1A 2Z23A 2X7PA 3QIMA 3FV1A 2HAUA 4IO5A 4OYVA 3OEKA 2W7YA 5JTYA 4RJZA 1D4NA 3MC2A 4RNSA 4ELRA 4JBZA 3H6UA 3SDFA 4JWXA 1QKBA 3LC8A 3T96B 3HHGA 4OZ9A 4UACA 3OO6A 1OQGA 2RC9A 3OENA 4MF3A 3N94A 2F78A 4U4XA 1IUDA 4POXA 2QPQA 3RT6B 2AYSA 4F1YA 5JK4A 1UTBA 4H1XA 1BP5A 1QUKA 3B7DA 4NF4A 4OEVA 4KFQA 5TP9B 3VVEA 4KYSA 2HCAA 3MW0A 4LVQA 4XIGQ 5AA2B 4H5GA 1B4ZA 5L9SA 1N0TA 2F5XA 2Y84A 4ELPA 5F1QA 4IY5A 1B2HA 4X1BA 1NNPA 4XKPA 3OSRA 1B3EA 3OOAA 2B3BA 3ILUB 3B6QA 3K1NA 1B52A 1B0HA 5B7DA 4ONYA 3ZKKA 2QS1A 4QFPA 4PE5B 4O3BA 4R73A 2B3FA 4F31B 2PYYA 1S9TA 2HQ0A 1PB9A 4BDLA 2DQVA 2GHBA 2PVUA 2O7IA 3EHSA 1L5TA 1PBPA 4ESWA 5CMMA 1MQJA 2AL5A 1B51A 4PQJA 4QSDA 1D3KA 1B3LA 2QS2A 3R6UA 2ZNSA 1LAHE 5JEIA 1MM6A 3U94A 1NH7A 4FJPA 2NVUB 5ITPA 3UGWA 1LFGA 4EF1A 5TP9A 1H3DA 4YZZA 2REGA 2VOZA 4WEDA 4DLDA 4G8HA 4EQ9A 5KCJA 3VVDA 5AA2A 4OQOA 3QAXA 1LAXA 1M5CA 1N3XA 4MLQA 1B5IA 2VD2A 4GIZA 1FCKA 3N6TA 4G77A 1GVCA 3U92A 1EH3A 5I2NB 3PUZE 1A55A 2F6GA 1B0LA 3R7XA 1OVTA 3MVZA 1TFDA 3K1MA 3TCFA 1US4A 3PUXE 3LSFB 1T0KA 5HPQA 5I59A 4G68B 3FUZA 3CG1A 1UTHB 3C36A 3OELA 3OO8A 4QFNA 1JVXA 3C35A 4Q5TA 4R72A 4AB6A 4DE8A 1IXHA 4NMYA 1MRPA 3MP6A 2DE3A 4BDNA 3O29A 4EXKA 3FVGA 4Q8RA 5TPAA 1PB7A 3PPOA 2Q8JA 4OVJA 2UYEA 1JNFA 1J1NA 4DCYA 1WVJA 5FHOA 1SVXB 3CR9A 3RY3A 2F7AA 5H8HB 1AH5A 3DP8A 1LFIA 2ZNUA 2D21A 4H8IA 2OBGA 1TFAA 4ZEIA 1LSTA 4EQ7A 1PBQA 1R1NA 4DDDA 2UVJA 4DXUA 4AQ4A 4F3SA 3GLBA 4PFTA 3T9VA 1B40A 4IO2A 3VV5A 1II5A 2GHAA 1MY3A 3KEIA 3M3LA 3FIRA 3ZKLA 1MM7A 2ZYOA 5I2NA 1NH8A 5ICQA 1MY4A 3QUJA 3QK6A 4XXUA 1XVXA 1IITA 2R71A 2H98A 2B65A 2Y7KA 3BKIB 3TQLA 4YB7A 3CSBA 3M3KA 2ZXTA 4F19A 1QW0A 4C1TA 1R9LA 5A5XB 2NUVA 3VXCA 3CSGA 3SKPA 4WXJA 2I48A 4GLIA 4R6YA 3V5AA 4H5FA 1QUJA 3S9MC 1NNTA 4MFIA 1S7YA 1OIBA 4XKQA 1I6AA 3UK4A 5H8HA 1BTJA 5FTIA 3KZGA 3T9UA 3U1OA 1TWYA 2P1SA 1MY1A 4ZE8A 2FYIA 3QXMA 4M1VA 2QS4A 3OSQA 1ZTYA 4KPTA 4YAHX 1Q1KA 4OETA 1H43A 4HTGA 2OJTA 1UIVA 2UVIA 2I4BA 3C31A 5B70A 1VFEA 4NWDA 4XKRA 1FTOA 3IB1A 4RPOA 2O1MA 2O84X 2RKMA 3HHFA 4YKJA 1LCTA 4NF6A 2ONSA 4HCYA 4YKKA 2REJA 3MZBA 4GFRA 2XXWA 4GQOA 2KLFA 3G3JA 4MBPA 4OTEA 4THIA 3V8XB 4JB7A 3K6VA 3SERA 4GD5A 1LAFE 1EZPA 4BDRA 1FQDA 2I6EA 3R26A 4LZ7A 5DVJA 3V83A 1LBBA 4EQBA 2R6GE 4DIGA 2DWAA 3GZGA 4UA8A 3PMWA 3E13X 5JTYB 3KSJA 2VGQA 3E9XA 5HBCA 4IGTA 4GF8A 4I1DA 4E0WA 5EYFA 1A99A 3IOWA 2PT2A 5CBSA 4QFLA 3D4GA 4OMBA 3H06B 3GBBA 3HCQA 4MLVA 4F18A 4ZEDA 4F2QA 3MVYA 3HN0A 1UTBB 3TFLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZMGA 3ODBA 3CG3A 1XVYA 1YTVA 1QULA 1D9YA 4NF4B 1VSOA 4TLMB 4GVOA 5L9OA 1FTLA 1HSEA 1O7TA 3SZPA 4GWOA 2V3UA 3MP1A 1FW0A 3T9HB 5IM2A 4LZ8A 3H6WA 5IZ1A 1GGGA 4N07A 1MPBA 2AIXA 2M8CA 2ONRA 4P0GA 4PFYA 3G3HA 1MDP1 1O63A 5AA4A 3W9VA 2QL3A 5EYHA 2Z8DA 4O7MA 1Z7NE 3VLUA 5AA3A 4F2OA 4JVIA 1TXFA 3V89B 3DLNA 4H65A 4XKNA 2NXOA 1BKAA 1FQAA 4N6KA 3SEVA 1QJMA 3RUMA 5ET8A 1FBCA 1NV6A 3EPEA 5I57A 1OLCA 3O6HA 4G2ZA 2I49A 1B3FA 4Q0CA 5CI5A 1SW4A 3FXUA 3IO6A 3IOUA 1SYHA 2F35A 3TZAA 5IKBA 2NOOA 1M5BA 4LUBA 2Y5LA 5EQAA 4I9DA 5F7VA 4GWWA 1MH4A 4PDHA 4FBPA 3QSLA 1NV7A 1BIYA 3I3VA 1MXXA 3KFMA 5I3SA 1H76A 1BLFA 3PGFA 1MPDA 2F8DA 3G7WA 1JEVA 5I5PA 1ZIUA 4ZE9A 4GX4A 4QF9A 4TQUQ 4FEDA 2FVZA 2CMOA 4GL0A 3E4RA 1NUWA 3ONMA 2YLNA 1US5A 2V3TA 2THIA 1FPDA 2Y7IA 1ZLQA 1Z7ME 4NWCA 1MXVA 3HV1A 3TDJA 5KCJB 4HXVA 1ZBMA 1A7LA 1FBFA 2B4LA 1R9QA 3TQWA 1B7UA 4N81A 1N7WA 1IXCA 2GRVA 1VFDA 2ZZWA 2Z8FA 2ZMBA 4GWSA 1MQIA 3KGCA 3FATA 4DXCA 1I6BA 1IMCA 2ANJA 3KJTA 1JW5A 4OENA 5T3JA 3UA8A 5H8FA 3LBSA 4G8NA 3DP4A 4NGUA 5I59B 2GQ1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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