3A3UA

Crystal structure of mqnd (ttha1568), a menaquinone biosynthetic enzyme from thermus thermophilus hb8
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
270
structure length
270
Chain Sequence
ALRLGFSPCPNDTFIFYALVHGRVESPVPLEPVLEDVETLNRWALEGRLPLTKLSYAAYAQVRDRYVALRSGGALGRGVGPLVVARGPLQALEGLRVAVPGRHTTAYFLLSLYAQGFVPVEVRYDRILPMVAQGEVEAGLIIHESRFTYPRYGLVQVVDLGAWWEERTGLPLPLGAILARRDLGEGLIRALDEAVRRSVAYALAHPEEALDYMRAHAQELSDEVIWAHVHTYVNAFSLDVGEEGERAVARLFAEAEARGLAAPSPRPLFV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of MqnD (TTHA1568), a menaquinone biosynthetic enzyme from Thermus thermophilus HB8.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Menaquinone biosynthetic enzyme
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Thermus thermophilus
total genus 95
structure length 270
sequence length 270
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02621 VitK2_biosynth Menaquinone biosynthesis
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3a3uA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3a3uA02
4WEPA 5DVFA 2Q2AA 1Z7ME 2THIA 1BIYA 4F39A 3P7IA 4YKIA 4ZEIA 1SDXA 4F3GA 4Z7EA 3H03A 2XHDA 1DPEA 3OO8A 4YB6A 4FORA 2QMWA 1MG1A 2NWJA 1B7HA 2GHBA 2M8CA 1MY4A 4AQ4A 1Y3QA 2UVIA 5CMKA 3EQ1A 3O97A 2PVUA 4U4XA 1SI0A 1NNPA 4G68A 5CMMA 2PYYA 4GQOA 3VLUA 1VSOA 2KLFA 3TFLA 1VE4A 4EXKA 1N3WA 4F19A 5DEXB 1R9QA 4ELPA 3MZ1A 1GVCA 2PX1A 2VGQA 2F34A 4G8HA 2I6EA 3DP8A 4DE8A 5FHNA 3H6UA 2PMSA 4JXIA 2I0BA 3TUSA 1MDP1 4I62A 5I2NB 5DEXA 4H5FA 3N26A 4ZDMA 4FATA 4XKPA 1O7TA 4QSCA 3E4RA 2VD3A 4H8IA 1UTBB 4AB5A 3S9MC 2REGA 3MPKA 4TOZA 5B70A 1QW0A 3FXUA 4LZ5A 3OO9A 4KR5A 4LZ7A 1A7LA 4E0WA 3CIJA 2ZYOA 4KD5A 1MH4A 5H8SA 3FJ7A 1UTBA 3TQLA 2NVUB 4FE8A 4G2ZA 3KOTA 5JEIA 3EN3A 4NWCA 1QJMA 3IJXB 3C36A 4ONYA 3T96B 3TPAA 4PP0A 1LB9A 1AH5A 2PT2A 2F7CA 4JSDA 1WVJA 4MBPA 1FTKA 4H0WA 1JEUA 3L6HA 3SERA 1KWHA 2ABHA 3OO6A 4LATA 4QFNA 1ATGA 4Q8RA 1GTKA 3KN3A 3S9NC 3CSBA 5ELVA 1XC1A 2CMOA 1PEBA 1ELJA 3MC2A 3TCFA 3IO6A 4YMAA 1URGA 3PU5A 3ZSFA 3ECRA 1USYE 3K6UA 4DZ1A 3OEKA 4MLQA 4IO3A 2W7YA 3G3HA 2OZZA 4PFUA 3HHFA 2QRYA 3QSLA 2PT1A 3G3JA 2WKYA 4PFWA 1RYXA 3SEYA 1LSTA 1MY2A 2XXVA 1TFAA 1CE2A 3V83A 2H98A 3A3UA 2Z8FA 5KDTA 5H8FB 3G3IA 4WEDA 3HPIA 4DCXA 4IGRA 2ALUA 3T9UA 1VFEA 3CG1A 4RPNA 5H8FA 3MPLA 1TFDA 4QFLA 2ZNTA 2UYFA 1IXHA 1H3DA 3H6VA 4OWDA 5HM4B 5H8HB 3DP6A 3E9XA 5BWJA 3N6TA 1AMFA 1OLAA 3VXCA 2YLNA 3SESA 2F97A 3DP4A 4JWXA 4OQOA 3UIFA 2XD3A 2ZNUA 3ZS6A 5H8HA 2I58A 3RLFE 2UVGA 5I57B 3BBRA 5ICQA 3H4ZA 2ONSA 1P1UA 4THIA 2DVZA 3TTMA 2UYEA 1I69A 1S9TA 4O3AA 1N7XA 1LB8A 1A54A 3BFTA 3VVEA 4NTLA 3IB0A 2UVJA 3UK4A 3PUVE 3KBRA 4YB7A 3PPRA 1FQAA 1UIVA 3AXFA 3EHTA 1A8FA 2RKMA 1LAGE 4YAHX 3PMXA 2QJEA 1XVXA 3S9EA 1SBPA 1LBBA 1MH3A 3LC8A 4F29A 4OENA 3K1MA 2QS4A 1IITA 1JNFA 4EQ9A 2AIXA 2P0SA 1OLCA 3Q28A 3H06B 3K01A 1IEJA 3FUZA 4ESWA 1N3XA 1ZBMA 4OFOA 4R2FA 3GZGA 4H6DA 1YAEA 4R6HA 2F7BA 1JW1A 1D4NA 1QUJA 4ZS9A 4GXSB 4DCYA 5I84A 1SYHA 2V3QA 5DT6A 2Q9TA 4LQ2A 2DWHA 1MS7A 1AOVA 1UTHB 4KFQA 3KJTA 4JWOA 3V89B 3K4UA 2XXTA 4FAJA 3TYHA 1MXXA 4ISUA 4R9GA 1JQFA 1UTHA 3TAJA 4IGTA 3HHGA 2AL5A 3IB1A 4YZZA 3O6HA 2FA7A 1QVSA 2E0SA 3E13X 4ZZEA 3O6IA 1IIWA 3I6VA 4R6KA 3KOSA 2O7IA 3KN8A 1LAHE 1LCFA 3IOTA 1MM7A 3ZKKA 3CSGA 4Q0CA 3KSJA 1B2HA 1TXFA 2RC8A 3EF7A 2LAOA 2XXYA 4PFTA 4EUOA 2P2AA 3MUQA 2ESNA 1OVTA 4X1DA 4RA1A 3PPQA 4GRKA 4H5GA 3VVDA 4QFKA 4RPOA 3WAEA 2QPQA 3MVXA 1P1OA 2QSXA 5LOMA 3KJ7A 1M5EA 3MZBA 5CRYA 1D3KA 5BUUA 3PMVA 1LGBC 1D9YA 4OETA 2PBWA 2I3VA 2DE3A 4OEUA 2I4CA 4LQ5A 1FQCA 3UORA 2O1MA 4WXJA 5IAIA 4C1UA 1P1NA 4DXBA 3MP1A 3CFXA 2DS9A 3U93A 2H9BA 2I0CA 4FEBA 1B6HA 2Z8DA 1EZPA 4EQBA 1FQBA 2D3IA 4KHZE 3RN8A 1M5CA 3K00A 4TQUQ 3SEWA 2Y84A 4NF6B 1MQHA 1NFTA 4KYEA 4BDQA 1B58A 1FQEA 4HS7A 4DDDA 3HSTA 3WAFA 2Q8JA 2XX9A 4NF6A 2DXYA 1MPBA 5J1DA 1NKXA 3OELA 5AA2B 3R26A 1QULA 3S9LC 3FJMA 3W15C 4GVOA 3FXRA 3GLBA 3UP9A 3PPPA 3LSWA 5AA2A 1AIVA 5L9OA 3CVGA 4MH5A 3JZJA 3EPEA 4BDRA 1LFHA 3K02A 4NMYA 3SEUA 2FNCA 1B46A 5I56B 1J1NA 1IUDA 3OD7A 1XVYA 4LP2B 3T22A 1ZMGA 4DXUA 5F1QA 5CI5A 2HZKA 2HEUA 4LONB 2DWAA 1Y20A 4YU0A 4H67A 5DTBA 2DWJA 1ZU0A 2H4IA 2VP1A 3MW0A 1B7ZA 1B5HA 1MXZA 2IEEA 2DOJA 2QS3A 4R73A 2O6AA 1QKBA 5I2NA 2H25A 2GHAA 4QSDA 3QK6A 3GBBA 2X7PA 2DYXA 4H1XA 4JBZA 1FQDA 3IOWA 4JB7A 2Y7RA 1R9LA 1TWYA 2ZMBA 4OVJA 2XXXA 2H5YA 2ONKE 2XX8A 4XKQA 2Y7PA 2F6GA 4GWOA 4XTCQ 1HSJA 1VR5A 3ILTB 1URSA 3G3FA 2P1SA 3IL1B 1FTLA 1B40A 3PUYE 4XKRA 3S4UA 1MXYA 1NH8A 4P0IA 4LUBA 3BKIB 3B6QA 2X7QA 2HZLA 5ISUA 3ILUB 4OZ9A 2Y7IA 3RT6B 4OFJA 3O29A 1JETA 1XOCA 2I48A 4MLVA 3HCQA 2I49A 3TCGA 3G3KA 4RK2A 1B1HA 3U94A 2DSFA 4I8CA 4RJZA 4JWYA 3MBPA 4FJPA 3OSQA 4F3PA 2RCAA 4U1ZA 2Z23A 3JV9A 5M2VA 3IK6B 3K6XA 4L17A 3K1NA 4X9TA 5AA4B 3TZAA 5TPAB 1B3FA 2XXUA 1B3GA 1BTJA 1F9BA 4G68C 3SEVA 2O68A 1JW4A 1SW5A 4RXLA 3K0VA 1UQWA 4G77A 1GR2A 1LAFE 5AA4A 1NH7A 2NUVA 5TPAA 2O84X 1DMBA 4N07A 4DLDA 1MDQA 5DVJA 2E1SA 3FASA 4QFOA 1MXVA 2A5SA 1B32A 4IO7A 3IO4A 2NXOA 3MWBA 1PC3A 4OHNA 3QIMA 3QUJA 5HPQA 4N13A 3HN0A 2NOOA 4OMBA 3IR1A 4U1OA 3TDJA 3U92A 4F2QA 5L9SA 1JVYA 4X48A 1MY1A 4BDMA 3IOUA 4QFPA 1ZIUA 1XT8A 2DE4A 2Q89A 4I9DA 2B3FA 2A5TB 3TEPA 3MJNA 3N6UA 3K6WA 2YJPA 4NF8B 5CBRA 4O3BA 4NE4A 5I57A 4U23A 1B3LA 2F7AA 2A5TA 1D9VA 4KI0E 4NF8A 4ZZAA 1LAXA 1LFGA 3OEMA 1FTOA 3U1OA 1O64A 3O6GA 1SW1A 1HSEA 2Y7KA 3VV5A 4BDNA 5CM6A 3UN6A 4QHQA 4KCDA 1POTA 1LBCA 5HBCA 3OXNA 1DTGA 4NF5B 4U22A 5CBSA 4U21A 1B4HA 4C1TA 3K2DA 4O3CA 1QKAA 1NNKA 3Q29A 2RF1A 4XXUA 4ELRA 1OVBA 2QS2A 3R6UA 4Q5TA 1P1WA 4NF5A 3VXBA 4HW8A 1N7WA 1Y4CA 4POXA 3PD9A 3RQTA 4GOTA 4N6PA 3OSRA 2DXRA 3GBAA 2UVHA 3VFJA 3MP8A 3PPOA 1SYIA 3PUWE 2OLBA 1T0KA 3A09A 1I6AA 2GRVA 2XX7A 1MXWA 4HCYA 1EZ9A 1Y3PA 4ZE9A 1DSNA 3C35A 3KSXA 3TKDA 3O2AA 4ND9A 4HCWA 2I4BA 1SW2A 3PD8A 1WODA 5K2YA 5ICTA 1IZ1A 5DVIA 3M3LA 4JDFA 4IB2A 4G8NA 3FVGA 3B7DA 3FVNA 3TTKA 2B65A 1JVXA 2DWIA 3T66A 5FTIA 3T9VA 3MP6A 1B4ZA 2XXWA 1MQJA 1R6ZA 4IY5A 2BJJX 4YICA 4UA8A 3VE1B 1A8EA 2V25A 2HQ0A 3MQ9A 2XXQA 2Z22A 3VLVA 1SD3A 2OCUA 4H8JA 1SI1A 3RUMA 1B52A 3DM0A 1MRPA 3CRBA 2V3TA 3FV1A 3PMWA 4M1VA 3PUXE 4ZEBA 3OMBA 1NL5A 3S2VA 1ZTYA 1BLFA 1FW0A 2F78A 2ANJA 1TT1A 1M5DA 2Y7WA 4TLMB 4G8MA 3RPWA 3FIRA 1VFDA 4EXLA 4KCCA 3H7MA 3B6WA 5JTYB 1RKMA 2OK2A 1IQ7A 1S50A 3O66A 4P11A 4ESXA 1PBQA 2GFEA 4GLIA 3IJOB 4FIMA 4R9FA 4OXVA 4QSEA 3LBSA 4WKMA 2ZYKA 2R9JA 1USYH 1Y1ZA 5JTYA 1IXIA 2HFBA 1LCTA 3L6GA 4PFYA 4R75A 1B51A 3TELA 3TTNA 2O51A 2RINA 4TLLB 3TTRA 1BP5A 4BDOA 4Q30B 2XXRA 3PV0E 4H65A 1B0HA 3USDA 1MY0A 3IORA 3T9XB 5AA1A 3N5LA 5I2KB 1PDAA 4F1YA 4IY6A 4GL0A 4ZE8A 1B0LA 1Y1MA 1GV8A 1B5IA 1QUKA 2V3UA 5F7VA 1H44A 1FTJA 3CR9A 2Q88A 3K6VA 5I2KA 4XKNA 1OQHA 3U8QA 3Q25A 4MFIA 3KFMA 2G29A 4F1VA 1PB9A 5ITOA 4F2OA 4KQPA 4C0RA 3V8XB 3QXMA 1S7YA 1EH3A 2Q2CA 4G68B 2F6PA 1Y9UA 4ZEFA 1MQGA 2YPNA 4POWA 3A3CA 4KPTA 1NNTA 1I6BA 2V93A 4R2BA 3UA8A 4BDLA 5CMCA 4ELOA 2XXIA 1FTMA 5H8NB 1NMUA 3M3KA 1GGGA 3FZVA 2G93A 2X26A 1POY1 5I56A 3FV2A 5FHMA 4KYDA 3CG3A 4YKKA 3TMGA 4U2RA 5H8NA 4NWDA 4OFLA 4LA9A 3N94A 1SQYA 4YMBA 1XHYA 4LVQA 4UACA 1YCJA 1MQIA 1B3EA 4F18A 2O1LA 5EHMA 4EQ7A 2ZYNA 4GIZA 2FYIA 1R1NA 4RNSA 4M4GA 4RK9A 2XXPA 5DYHA 1IXGA 2AYSA 2R71A 3SDFA 1BKAA 3RT8A 4JSOA 2RC9A 5H8QB 2QMXA 5TP9B 2H99A 4MF3A 4YKJA 4LZ8A 2OWSA 2CZLA 4AB6A 3GXAA 3FATA 3OENA 5H8QA 4EF2A 5FHOA 3IOVA 5TP9A 2F36A 3TCHA 4FEDA 1PB7A 3C31A 2REJA 3SKPA 4ZECA 2OJTA 4QRZA 4OTEA 2GH9A 2DP8A 3R7XA 3EHSA 3SETA 1II5A 1URDA 4IO5A 4F31B 1Q1KA 2UXAA 4OEVA 5I58B 4OESA 1WDNA 1PB8A 4NEDA 3MZ9A 4U4SA 3HO7A 3TTLA 2OWTA 2VOZA 1B5JA 1US5A 2B3BA 4DIGA 1RYOA 5I58A 1PBPA 4YB5A 1P1QA 3KN7A 3VDFA 3RGYA 5AA2D 2ONRA 4KYSA 4PE5B 2RC7A 2Z8EA 5KDTB 3OO7A 4IO4A 3O9PA 1XS5A 2HAUA 2D21A 3ODBA 2F8DA 3MVZA 4OYVA 2HAVA 3LSXA 3D4CA 1ANFA 3HV1A 3I3VA 3K1PA 3G3GA 3OOAA 5EYFA 4F22A 3RNNA 1Z7NE 4HTGA 2I3WA 1Y4TA 4R6YA 2QL3A 3C34A 1MQDA 1FQFA 1MPCA 1N84A 3C32A 2AL4A 4ECFA 5ITPA 3Q27A 4R72A 4I1DA 3CFZA 1OMPA 1OIBA 1OQGA 5K2XA 1FCKA 1L5TA 5KZTA 4GXAA 4GD5A 1M5BA 1NNFA 3H6TA 3MVWA 3KEIA 4YKPA 1AL3A 4RY1A 4ELQA 5AA3A 3FVOA 2D5WA 3FVKA 3H3GA 3RTFB 2V84A 4RYAA 3T93B 1DPPA 3QUFA 2DVCA 1H43A 1B7UA 2ZNSA 2ZXTA 1P99A 1DTZA 3ONMA 1LFIA 3G7WA 3TODA 1N0TA 3KZGA 3E3KA 5EHSA 3V5AA 1H76A 3RY3A 2XD2A 1UIUA 1A55A 4GF8A 1N76A 3TQWA 2DE2A 3O28A 5AE4A 3LUYA 4F1UA 3IAZA 3CFLA 3T9HB 5CMBA 2RCBA 1B9JA 3THIA 1A40A 1YTVA 4QF9A 3KG2A 3H6WA 3RTWB 5TU0A 4IO2A 4F3SA 1ZKBA 5CC2A 2IA4A 3PPNA 1Q35A 4PETA 3EHUA 3JYRA 4GFRA 4EDPA 3KGCA 3Q26A 3MAMA 2DQVA 5L9MA 2ZYMA 3QYTA 5KCJB 3FJGA 4EF1A 1EZOA 3BFUA 5B7DA 1MXUA 3LSFB 5KCJA 1SW4A 3VVFA 1B3HA 2HCAA 1MM6A 1H45A 2F35A 1JW5A 1SVXB 4F3BA 2HXWA 3W9VA 3U72A 3FGSA 3FXQA 3C4MA 4DXCA 1I6QA 3CI8A 5IKBA 3FD3A 1HSLA 1Y3NA 2VHAA 2VD2A 1JEVA 5I59B 4PQJA 5L8DA 3ZKLA 1B05A 1QUIA 3C9HA 3LSLA 4GL8A 1N04A 5I59A 3MVYA 4BLAA 4R74A 2XXHA 4G4PA 3C33A 3M3FA 3UGWA 4NF4B 4ZEDA 2R6GE 2QS1A 1CB6A 3PUZE 4E0XA 1A99A 1ZLQA 1YPNA 3DLNA 1EU8A 5A5XB 3D4GA 4IO6A 4NF4A 3VLWA 4Z0IA 5FTHA 1B1XA 4P0GA 3IB2A 1ZJLA 4OERA 2O7UA 5A5XA 3W9WA 1MPDA 1IXCA 1O63A 2F5XA 4XIGQ 1DOTA 1M5FA 3PGFA 3LR1A 3IX1A 3I5OA 2O69A 3F11A 3SEXA 3B6TA 1LLSA 4X1BA 1MY3A 4ZEKA 3DELB 3M8UA 2OBGA 4K3FA 3QAXA 4FECA 5JK4A 1US4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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