3C9HA

Crystal structure of the substrate binding protein of the abc transporter from agrobacterium tumefaciens
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
339
structure length
334
Chain Sequence
PALAQVAVFPALSGQTLVVYSSLDEPLATPMIEGFQKANPDIAVHYEDMLTGEIYDRIVKETDAGKKTADFAFSSAMDLQVKLSNDGYAQRSDLAMSARWPAWANWRNTAYALTFEPAVFVYHKPSFTTEKPPATRAEFVDYLERHAKEVHGRIATYDIERGVGFLFMSRDQEQFGDIWSVIKAMGAAGVKVYSTSSAILERVSDGRFVLGYNILGSYAADWASRHPDVGIVLPKDYTVVMSRIGLVPEAAANPELGRRYLEFFMSKEGQTIMARQLQIPAVSPEVAGENTANTMQAIHGAQLRPVPVSPGLMVYLDQVKRSRLIERWNEALRS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens str.
publication title The crystal structure of the substrate binding protein of the ABC transporter from Agrobacterium tumefaciens.
rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein
total genus 117
structure length 334
sequence length 339
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3c9hA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3c9hA01
1MY4A 1MXXA 3MWBA 1URSA 4QFNA 2GHBA 5L9SA 4MFIA 1N7WA 2W7YA 2GH9A 4H67A 4GOTA 4OYVA 4KPTA 4QF9A 2H9BA 1QW0A 3O2AA 2FYIA 1SYHA 3H3GA 2QRYA 1H3DA 1GVCA 4F3PA 3KN3A 2O84X 1Q1KA 2XXTA 1MY1A 2CMOA 3LR1A 1DSNA 4GIZA 1Z7ME 4F22A 2KLFA 2DWIA 4GFRA 3T22A 4C1UA 2AL5A 1US5A 2NXOA 4IO2A 2Y7PA 2GHAA 2OLBA 4IO4A 1ZKBA 3U93A 1UTHB 1LBBA 2O69A 1MQJA 5EHMA 2OWTA 5DVIA 2CZLA 1XHYA 3RTWB 1NFTA 2UYEA 2LAOA 3ILUB 1SDXA 2DE2A 2O1MA 3TELA 4P0IA 2XXIA 4KCDA 5FTHA 4XKRA 1LGBC 3SEUA 4RNSA 4N07A 2IEEA 2F6PA 3IO4A 4QFKA 1ZIUA 5ISUA 4YB6A 3EHUA 1A55A 1B1HA 1LCFA 2Q2CA 1TWYA 4R9FA 4OERA 3UN6A 2DP8A 2ZXTA 4G4PA 3QIMA 1JW5A 3V83A 3K1MA 2Y84A 4JWOA 2X26A 4NE4A 4OXVA 3VDFA 4ZZEA 1Y1ZA 3IOWA 3OO9A 3ILTB 1UTHA 3AXFA 1T0KA 3HHGA 1GR2A 1R1NA 4R2FA 1MM7A 4EF2A 1ZMGA 3HN0A 3CG1A 1N3XA 4R9GA 3LSLA 2Q88A 1POY1 3I6VA 3HPIA 3W9VA 1MPDA 1HSLA 2REGA 3I5OA 2F7BA 2DE3A 1S50A 3S4UA 3IB2A 1FQBA 1M5DA 2F7CA 1OQHA 3R6UA 5K2YA 3MW0A 3RT8A 4G68A 4MLVA 3MP1A 3IOUA 4HTGA 5CMBA 1DPPA 3OXNA 3KN7A 3EQ1A 1B1XA 2Y7WA 3EPEA 1BKAA 2DVCA 4OFOA 1B52A 2AIXA 3KZGA 4I1DA 2FNCA 3CI8A 1A99A 1XOCA 5CM6A 3PMXA 1JETA 1MDP1 5LOMA 2ZYNA 3RT6B 5I2KB 4NF8A 2O7UA 4YAHX 1SQYA 1P99A 3FASA 1AL3A 1Y20A 5HBCA 3SKPA 1VSOA 1NNTA 5AA2D 1NNFA 1A54A 4ECFA 1IQ7A 4GVOA 1N04A 1B0LA 4QFOA 4FJPA 1H43A 3GLBA 3E9XA 3V5AA 1FTLA 3UGWA 4F1UA 2V3UA 3MJNA 1EH3A 1B7ZA 1FTOA 1MPCA 2OJTA 2XXXA 1IUDA 3H6TA 4GXAA 2VD3A 4H0WA 3K0VA 3MAMA 2E0SA 4OFLA 1SVXB 2XX9A 5TP9A 1SBPA 2I58A 4ELPA 1P1OA 4JWXA 2F5XA 2DXYA 4R2BA 1IIWA 3PUXE 1ZBMA 3OD7A 2XX8A 3O9PA 1ZU0A 4GF8A 2XXUA 4F19A 1ANFA 4RPNA 3HO7A 4UACA 3C31A 4MH5A 1B3EA 3M3KA 5ITOA 4KHZE 3GXAA 3HSTA 4ELOA 2I49A 2XXVA 3E4RA 4I8CA 1EU8A 4RYAA 3SDFA 2THIA 1LB8A 3K6VA 4F31B 4THIA 3RN8A 4JDFA 1USYE 5DT6A 1R6ZA 3P7IA 5I57B 1NNKA 2D21A 2PMSA 3C32A 4U4SA 3OMBA 1BP5A 4X9TA 4PETA 4LATA 3UIFA 4ZE9A 3LUYA 4YU0A 1S9TA 1M5CA 1LCTA 4X1DA 4ONYA 3VXBA 3FZVA 3MVWA 4OMBA 2I0BA 4WEDA 3PPOA 2XXRA 2P1SA 3O28A 5H8SA 4KQPA 3K1NA 1S7YA 5CRYA 1FTMA 1H76A 3KJ7A 1AH5A 3DELB 2HFBA 3R26A 1N84A 4AQ4A 4PE5B 4BDNA 4XKPA 3CVGA 4R6KA 4TLLB 1IXHA 2RC8A 3DLNA 3JYRA 4KR5A 4H8IA 1B05A 3K01A 4EF1A 1UIUA 1B7HA 1JVYA 2F78A 2DS9A 5EYFA 1LAXA 4Q0CA 1FTKA 4O3CA 1J1NA 5AA1A 2F97A 3Q27A 2HAVA 3D4CA 1BTJA 3I3VA 1P1QA 1QKBA 4EXLA 1QUKA 2ZMBA 3TMGA 4NMYA 3VVFA 3VLVA 3CSGA 5CC2A 3FXUA 3CIJA 1IZ1A 5K2XA 3RLFE 5I56B 2X7QA 3BFUA 1ATGA 2P2AA 4G77A 3T9VA 2AYSA 1MXYA 2V84A 3FV2A 4DZ1A 4R75A 3CRBA 1MY2A 1Y3NA 1YCJA 4JSDA 3RTFB 2ESNA 3VE1B 2OK2A 3RPWA 1OVBA 3S2VA 2DOJA 2I4BA 1ZJLA 3N6TA 3U72A 4QSEA 5KCJB 2QSXA 3VV5A 3C34A 4F29A 4WKMA 3OEKA 4Q8RA 1MXUA 3OO8A 3BBRA 1B3FA 1MXVA 3UA8A 1MH4A 2D5WA 1PB8A 4X48A 3IORA 1LAGE 2QS4A 4Q5TA 5I56A 2DVZA 2HZKA 1Y3QA 2RF1A 4DXCA 1FQFA 3C4MA 2ONSA 4LP2B 4P0GA 4E0XA 4FATA 4TLMB 2UVJA 2O1LA 4KCCA 5F1QA 1H44A 3KSJA 3JZJA 4LQ5A 5ICQA 4QFPA 1SI1A 5KDTA 2HQ0A 5KCJA 4NTLA 3ZKLA 1FQDA 4G8MA 1UQWA 3OSQA 3N94A 4BDMA 1MG1A 1EZPA 5AA3A 3SERA 5CMCA 4YICA 1YTVA 4O3BA 2QL3A 3DP8A 1FCKA 3KSXA 1M5BA 1B2HA 4ZEIA 3FVNA 5DVJA 3G3GA 2PYYA 1Q35A 4I62A 4GL0A 1YAEA 3V89B 3Q28A 4ZZAA 5AA4A 3MZ9A 3VLWA 3MQ9A 1Y1MA 5I58B 4G68B 4IO3A 1TFDA 2ALUA 4NEDA 2Q89A 3G3JA 3S9EA 1N0TA 1SW2A 2Z8FA 3CFXA 3USDA 1HSEA 3K6WA 3S9LC 3KG2A 4H5FA 3O29A 4ZEBA 4PFUA 3BFTA 2XXHA 2YLNA 3G3FA 3OELA 1VR5A 1B3HA 3TKDA 1AMFA 4IGTA 1B4HA 3H03A 1DMBA 3IOVA 3M8UA 4QHQA 3M3LA 5J1DA 1A40A 4ZEDA 1DTGA 4NF8B 1MRPA 1MY3A 3QUJA 2F6GA 5AE4A 1JW4A 2UVIA 1RYXA 4ND9A 2ZYKA 5AA2A 2I4CA 3VLUA 1DPEA 3VVDA 3IL1B 5I58A 5L9MA 4LVQA 3TCGA 2DE4A 3B7DA 3FD3A 1Y4CA 4YKPA 3HHFA 3H6VA 1P1WA 4Z7EA 1MXWA 5FHOA 4FIMA 1R9LA 2Q2AA 1XVYA 1D9VA 2Z22A 3MPKA 2HAUA 1JW1A 2D3IA 4HW8A 4KI0E 3DP6A 3T9XB 5H8HA 4OZ9A 4ZEKA 1IITA 3N5LA 3CSBA 3L6HA 1MQIA 2REJA 3H6WA 5CMKA 2QJEA 3PPPA 5TP9B 1OQGA 4NWCA 3MC2A 4OWDA 3PMWA 1I6AA 5DVFA 3PU5A 5IKBA 1EZOA 1B6HA 3C9HA 4F3BA 5FHNA 4IO6A 4NF4B 2OCUA 1NKXA 5KZTA 2HXWA 4HCYA 4U22A 2Y7RA 3MP6A 1SW1A 1SI0A 3QSLA 4EUOA 1MPBA 3IAZA 3MVYA 2V3TA 4YMBA 4FORA 5ELVA 1B5IA 5DTBA 4LUBA 4I9DA 2XXPA 4R72A 4MLQA 3PUVE 4IO7A 3RQTA 1JEUA 1WDNA 4WXJA 3K4UA 4BDQA 2G29A 3LSWA 1FW0A 3N26A 5ICTA 4E0WA 3OENA 1UIVA 3B6WA 4H65A 1QUIA 4Z0IA 3TTNA 1MM6A 4X1BA 4KYSA 4NF4A 3IR1A 3K1PA 1A8FA 1B5JA 3TQWA 2ZYOA 1LFIA 4YKJA 4RK2A 4UA8A 4PQJA 3U92A 2Q9TA 1D3KA 3RUMA 3LSXA 4XKNA 1XT8A 1F9BA 5JK4A 3TYHA 4G8HA 4KYDA 3A09A 3RGYA 3G3KA 4GD5A 1LLSA 4ELRA 3SEXA 2BJJX 2B65A 1B4ZA 3Q25A 4LZ5A 2DQVA 3ONMA 1XVXA 5TPAA 4ESWA 1Z7NE 3SEVA 2H99A 4LONB 3KGCA 3QXMA 2R71A 2V93A 2F34A 3K6UA 4U1OA 3H6UA 3H7MA 4H1XA 1KWHA 4JWYA 4EQ9A 1DTZA 1Y3PA 2I0CA 3QK6A 4OVJA 3FJGA 3HV1A 1NMUA 3IOTA 1URGA 3G7WA 5CMMA 1UTBB 1IXGA 1QJMA 1MS7A 1IXIA 3Q26A 1OVTA 3FVKA 3UORA 4DCYA 4FEBA 3C35A 3Q29A 1LAFE 2DWAA 2XXWA 4F1YA 1O7TA 3MUQA 2NUVA 3CR9A 3VFJA 1MH3A 5H8FB 5B7DA 4OHNA 2R9JA 1LFGA 4NWDA 1II5A 2XXYA 4F2QA 1SW4A 4BDRA 4KD5A 2H4IA 3SETA 2F35A 3DM0A 4GQOA 2PT2A 4N6PA 5FTIA 2XX7A 4OEUA 5TU0A 1PB7A 4GRKA 1URDA 3A3CA 3GZGA 1PBPA 4Q30B 3PPNA 2XHDA 1B40A 1UTBA 2AL4A 4M1VA 4RXLA 4H5GA 1GTKA 1Y9UA 4DDDA 4IGRA 4GL8A 4R6HA 5I84A 1M5FA 3H4ZA 3KBRA 4P11A 4DIGA 2ZNSA 2DWJA 3PD9A 1NH8A 3PPQA 1USYH 1I69A 3OO7A 4XIGQ 3TZAA 4ZECA 3THIA 1GV8A 5H8FA 2QS1A 1QVSA 5KDTB 1FQAA 4MBPA 2OZZA 2ZNTA 3QAXA 5ITPA 1CE2A 1NL5A 2GFEA 1BIYA 1N76A 4FECA 2XD3A 4DE8A 2G93A 3TDJA 3LC8A 2OBGA 4IO5A 3TODA 4C1TA 2Z8EA 3FJ7A 3KEIA 1VE4A 2IA4A 3U1OA 3OSRA 2VGQA 1US4A 3PPRA 4YZZA 4OQOA 4QSDA 2QS2A 2I48A 3MP8A 1B51A 2VOZA 1JQFA 1PDAA 3TTRA 3A3UA 2VHAA 1MQHA 1M5EA 4F39A 3S9NC 3U8QA 5DYHA 3V8XB 3UP9A 3D4GA 3FUZA 5AA4B 3TTMA 1B3LA 2I6EA 4G2ZA 1OLAA 2Q8JA 5JTYA 5M2VA 2V25A 4WEPA 4RJZA 3T96B 3N6UA 4NF5B 2QMXA 4U21A 3PUWE 4DCXA 1O64A 3G3IA 2PT1A 1XS5A 1YPNA 4OFJA 4HCWA 2XD2A 2NOOA 1FQEA 4RA1A 1AOVA 1L5TA 3PUYE 4R74A 1MQGA 1FTJA 3IB1A 2XXQA 4R6YA 3KOTA 4IY5A 5H8NA 2B3BA 4IB2A 4ZEFA 4YMAA 4POXA 5AA2B 3FXRA 2QS3A 2PX1A 5L9OA 4JSOA 4U23A 1VFEA 3FATA 1PEBA 4F1VA 3O6HA 4G68C 4OENA 4NF5A 3RY3A 2H5YA 5BWJA 3JV9A 1MQDA 2ONKE 5H8HB 3DP4A 1Y4TA 2F8DA 3K6XA 3FGSA 3O6GA 2R6GE 4PFTA 4RPOA 4TQUQ 2WKYA 4ZE8A 3VVEA 3IK6B 3LBSA 3EHSA 4OESA 3MPLA 1R9QA 4GWOA 4KYEA 4R73A 3K2DA 4XKQA 4YB5A 3KJTA 4MF3A 1H45A 3L6GA 1N7XA 2PBWA 4H6DA 3FVOA 3ZSFA 1BLFA 3MBPA 4M4GA 4IY6A 3U94A 3ZS6A 3G3HA 2H25A 1OLCA 5A5XB 3TEPA 3LSFB 4AB5A 5BUUA 3RNNA 4XXUA 2RINA 4YB7A 2ABHA 3IJXB 3VXCA 2OWSA 2QPQA 4RY1A 2PVUA 2B3FA 2NWJA 1ELJA 1O63A 3ODBA 3W9WA 1LB9A 1PB9A 3E13X 2X7PA 3EF7A 1IXCA 3F11A 2ANJA 4PFYA 4TOZA 4EDPA 5B70A 1I6QA 2UVHA 4F2OA 2A5SA 1GGGA 3WAEA 3S9MC 2RKMA 4GXSB 2HCAA 2DWHA 5F7VA 3T9HB 1B9JA 5A5XA 2UVGA 5I59B 1B46A 3PD8A 2GRVA 1ZLQA 3FJMA 3TUSA 4H8JA 4XTCQ 5TPAB 4O3AA 4F18A 1B32A 5FHMA 3PUZE 4ZDMA 4JB7A 1P1UA 3QUFA 1B7UA 3TFLA 3EHTA 3MZ1A 1A8EA 1POTA 5I2NB 3MVZA 2NVUB 4RK9A 3KFMA 4U2RA 2E1SA 1WVJA 3FXQA 5I2KA 2ZYMA 2Y7IA 3SESA 3W15C 4DLDA 3UK4A 3M3FA 2I3VA 2O51A 3E3KA 1DOTA 1JNFA 3GBBA 3OEMA 2Z8DA 5I59A 1IEJA 2VP1A 2DSFA 4NF6B 1NH7A 2O68A 1LSTA 4HS7A 4QRZA 4U4XA 2YJPA 4DXUA 3K00A 3PV0E 1VFDA 1QULA 1SD3A 1XC1A 3GBAA 1SYIA 2UXAA 4BLAA 4POWA 4YKIA 5HPQA 5CBRA 4EXKA 1NNPA 2YPNA 1TFAA 3IJOB 1D9YA 4EQ7A 3T93B 3FV1A 1OIBA 2F7AA 5DEXB 1WODA 3KN8A 5I2NA 3FIRA 2Y7KA 3CFLA 4ELQA 3B6QA 2HZLA 4QSCA 2RCBA 2M8CA 4KFQA 5L8DA 3O6IA 4FEDA 4FAJA 1PC3A 5CBSA 2VD2A 1FQCA 4NF6A 1MDQA 2QMWA 3T9UA 2ONRA 4JBZA 2P0SA 3TTKA 1JEVA 4ISUA 1OMPA 2DYXA 1SW5A 4LZ7A 3TAJA 4K3FA 3B6TA 4ZS9A 5H8QB 3MVXA 1RYOA 2FA7A 2O6AA 3TQLA 2A5TB 1CB6A 4EQBA 3MZBA 1RKMA 5DEXA 1B0HA 3K02A 4BDOA 1LFHA 5I57A 1JVXA 1QKAA 1LAHE 4QFLA 3TTLA 3HCQA 4FE8A 4AB6A 4U1ZA 2I3WA 3ZKKA 3T66A 4JXIA 1PBQA 4G8NA 1D4NA 3TCHA 2Z23A 5JEIA 2V3QA 4LA9A 4LQ2A 3SEWA 4F3GA 4L17A 1TT1A 2RCAA 1B3GA 3OOAA 3R7XA 2O7IA 1N3WA 4PFWA 3IB0A 3TPAA 2ZNUA 3CFZA 3O66A 4LZ8A 1B58A 4GLIA 3BKIB 3O97A 2F36A 5IAIA 3IX1A 2RC7A 5H8QA 3PMVA 1HSJA 3IO6A 2DXRA 2RC9A 3ECRA 1QUJA 2UYFA 3WAFA 2A5TA 4PP0A 3OO6A 5JTYB 4ESXA 5EHSA 3H06B 4OTEA 4YKKA 1AIVA 3TCFA 4C0RA 3C36A 1A7LA 4F3SA 3EN3A 3SEYA 1P1NA 4DXBA 1I6BA 5HM4B 4OEVA 1B5HA 1MXZA 3CG3A 3KOSA 3FVGA 1EZ9A 1TXFA 2HEUA 2H98A 3QYTA 1ZTYA 4BDLA 4N13A 3PGFA 5CI5A 1LBCA 1MY0A 4OETA 3C33A 5H8NB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MY4A 1MXXA 3MWBA 1URSA 4QFNA 2GHBA 5L9SA 4MFIA 1N7WA 5LDZA 2W7YA 4NQ8A 2GH9A 4H67A 2WBBA 5EQAA 4GOTA 4OYVA 4KPTA 4QF9A 2H9BA 3T0JA 1QW0A 3O2AA 2FYIA 1FTAA 1SYHA 3H3GA 2QRYA 1H3DA 1GVCA 4F3PA 3KN3A 2O84X 1Q1KA 2XXTA 1MY1A 2CMOA 3LR1A 1DSNA 4GIZA 1Z7ME 4F22A 2KLFA 4NGUA 2DWIA 4GFRA 4P9KA 3T22A 4C1UA 2AL5A 1US5A 2NXOA 4IO2A 2Y7PA 2GHAA 2OLBA 4IO4A 1ZKBA 3U93A 1UTHB 1LBBA 2O69A 1MQJA 5EHMA 4N8GA 2OWTA 5DVIA 1K9ZA 2CZLA 1XHYA 3RTWB 1NFTA 2UYEA 1DBZA 2LAOA 3ILUB 4GWSA 4OVSA 1SDXA 2DE2A 2O1MA 1IMFA 4P0IA 3TELA 2XXIA 4KCDA 1FBCA 5FTHA 4XKRA 1LGBC 4NN3A 3SEUA 4RNSA 4N07A 1LBXA 2IEEA 2F6PA 3IO4A 4QFKA 1ZIUA 5ISUA 4YB6A 3EHUA 1A55A 1B1HA 4AS4A 1LCFA 2Q2CA 3D1RA 1TWYA 4R9FA 4OERA 3UN6A 1YZ0A 2DP8A 2ZXTA 4G4PA 2KQZA 3QIMA 1JW5A 3V83A 3K1MA 2Y84A 4JWOA 2X26A 4NE4A 4OXVA 3VDFA 4ZZEA 1Y1ZA 3IOWA 3OO9A 3ILTB 1UTHA 3AXFA 1T0KA 4PBHA 3HHGA 1GR2A 1R1NA 4R2FA 1MM7A 4EF2A 1ZMGA 3HN0A 5I7IA 3CG1A 1N3XA 4R9GA 3LSLA 2Q88A 1POY1 3I6VA 2WX9A 3HPIA 3W9VA 1MPDA 2VPNA 1HSLA 4JVIA 2REGA 3I5OA 2F7BA 2DE3A 1S50A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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