3C9HA

Crystal structure of the substrate binding protein of the abc transporter from agrobacterium tumefaciens
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
339
structure length
334
Chain Sequence
PALAQVAVFPALSGQTLVVYSSLDEPLATPMIEGFQKANPDIAVHYEDMLTGEIYDRIVKETDAGKKTADFAFSSAMDLQVKLSNDGYAQRSDLAMSARWPAWANWRNTAYALTFEPAVFVYHKPSFTTEKPPATRAEFVDYLERHAKEVHGRIATYDIERGVGFLFMSRDQEQFGDIWSVIKAMGAAGVKVYSTSSAILERVSDGRFVLGYNILGSYAADWASRHPDVGIVLPKDYTVVMSRIGLVPEAAANPELGRRYLEFFMSKEGQTIMARQLQIPAVSPEVAGENTANTMQAIHGAQLRPVPVSPGLMVYLDQVKRSRLIERWNEALRS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of the substrate binding protein of the ABC transporter from Agrobacterium tumefaciens.
rcsb
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens str.
total genus 117
structure length 334
sequence length 339
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3c9hA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3c9hA01
1MXUA 4NE4A 4RNSA 3TYHA 3HHGA 4P0IA 3BKIB 1RKMA 3B7DA 1FW0A 4M1VA 1LBCA 1P1UA 4EQBA 3K02A 4NF5A 1B1XA 1QUIA 5K2YA 2A5SA 3JZJA 3PMWA 3MZBA 2A5TA 2XX8A 4QFLA 4LATA 4OEUA 1GTKA 1AOVA 1XVYA 4TLLB 2AIXA 2OJTA 3RTWB 2I0CA 3FJGA 1SI0A 3UA8A 1EU8A 2I3VA 4RA1A 2HAVA 1XOCA 1BTJA 1UIVA 4GXSB 2HZLA 1Y1MA 1QJMA 4WXJA 3KJTA 4BDLA 1MDP1 1US5A 2Q89A 1LCTA 3C4MA 1MY1A 2B3FA 1GV8A 3U8QA 3LSLA 3O97A 1A99A 1H3DA 2LAOA 3HHFA 4Q30B 2DWIA 3MPKA 3Q25A 1B3EA 2FA7A 1YCJA 4TOZA 1H45A 3UN6A 3RNNA 4ZE8A 4QRZA 4MF3A 4OETA 5H8FB 3PUYE 2OLBA 4ZECA 3OO7A 2V93A 1XVXA 3TCGA 2GRVA 4R6KA 2OCUA 3OO6A 1DPPA 4C1UA 3TELA 2XXXA 4BDQA 4OTEA 3FXRA 4RPOA 3MVWA 2PMSA 1USYE 4X1DA 5TU0A 1DMBA 2D21A 4U1ZA 2REJA 3C9HA 4BDMA 3G3GA 1XC1A 3R7XA 1S7YA 3K1PA 3U72A 3KOSA 1TFAA 5H8FA 4IY5A 2CZLA 2I49A 3OENA 4UA8A 1N3WA 3MVXA 1H44A 4GL8A 3M3LA 2ZXTA 2F35A 4ZEBA 1WDNA 3ZKLA 4IB2A 4JSOA 5L9SA 3K01A 3ONMA 2DE2A 3L6HA 3TUSA 5ICQA 3UIFA 3IB2A 2Q88A 1NKXA 4K3FA 4HCYA 5ITOA 1B51A 2YPNA 3ILUB 2QMXA 4ZEKA 2F7AA 5JTYB 3RY3A 1LAGE 3E3KA 2E1SA 2F6GA 4AB5A 4GD5A 3HO7A 1XHYA 1MH4A 3N6TA 1B5JA 1AH5A 3IB0A 3H6TA 3IJOB 3V5AA 4DDDA 4F19A 4H5GA 1Y4TA 4HTGA 5I57B 2DOJA 4JWYA 5EYFA 2NVUB 1JETA 1IXCA 2DP8A 1NH7A 3QAXA 2I6EA 1PB7A 1A7LA 5B70A 4KYSA 1SD3A 1IUDA 1GR2A 5KDTB 2FYIA 1FCKA 1XT8A 3EN3A 4F22A 4OESA 3EQ1A 3KSXA 1OQGA 4P0GA 4OQOA 3IORA 4LZ7A 3N6UA 5FTHA 1MPBA 2Q9TA 4QFNA 4XKNA 3KOTA 2H25A 4ELPA 1M5EA 3TODA 3KG2A 4POWA 2UVJA 2UXAA 1PDAA 4MLQA 4QFOA 3O6HA 4YB6A 3GLBA 1VFEA 3MUQA 4I1DA 2QJEA 1JW5A 2O1LA 4ZEIA 1CE2A 1IIWA 4N13A 1XS5A 5KDTA 3ODBA 4PFYA 1SBPA 2PYYA 2W7YA 2OWSA 1MXXA 3FVKA 2QRYA 3C31A 3W15C 3S2VA 3FV1A 1B3LA 4U4XA 4WEPA 1M5FA 4R72A 3PD9A 1BP5A 3TZAA 3FASA 3EF7A 4BDOA 3VXCA 1URSA 4QHQA 5ELVA 4F2OA 3A3UA 3PUZE 3O66A 4PFWA 3UK4A 2IEEA 1M5BA 2DE4A 3T66A 3DLNA 4H6DA 2RC7A 5I59B 4LA9A 2REGA 4GXAA 1RYOA 4BDNA 4ISUA 1RYXA 4RY1A 4EF2A 3MPLA 3MZ1A 1MY0A 3MVYA 5HM4B 3EHTA 4C0RA 1MPCA 3CR9A 4U2RA 3Q26A 3W9WA 4O3CA 3O9PA 1OIBA 3IR1A 3TMGA 1KWHA 4LQ2A 1SW4A 3H6UA 1B4ZA 5I59A 4KHZE 2GFEA 1ZBMA 4YKIA 3PU5A 2VGQA 2ZYMA 5K2XA 3PMXA 1JEVA 4OVJA 3THIA 2V25A 3ZSFA 3OMBA 4DZ1A 4G8NA 1B3HA 1MM6A 1MS7A 4PQJA 4KYDA 1NH8A 5AA1A 1AL3A 1JNFA 4FATA 1CB6A 4NF4A 1M5DA 1HSJA 1Y4CA 2RF1A 3M8UA 3OD7A 3S9NC 3A09A 2UVHA 3FIRA 1N0TA 4F39A 1LB9A 3O29A 3KFMA 4PFUA 1JW4A 4F1YA 4O3AA 1OQHA 4JBZA 3Q29A 2VD2A 4ZEFA 4F29A 1MY4A 4YZZA 5EHMA 4F3BA 1MQIA 4ECFA 2O7UA 5CM6A 4HCWA 1B9JA 2HZKA 4MLVA 2ZYNA 4R73A 5JEIA 1DOTA 1SI1A 3KGCA 2QS3A 5HPQA 1MY2A 4EUOA 4FJPA 3UGWA 1B3FA 3VDFA 2YJPA 1A8EA 4AQ4A 2PX1A 3KN3A 5L9MA 2XXTA 5CBSA 4OEVA 3H6VA 2Z22A 4F3PA 2RINA 4AB6A 1R6ZA 2I3WA 1EH3A 2XX9A 3IX1A 5FHNA 4GL0A 2DXYA 2ZYKA 2Y84A 4XXUA 2ZMBA 4BDRA 4KQPA 4JDFA 4NF6B 3PGFA 3N26A 1I6QA 3MP1A 1B3GA 1MRPA 4ZDMA 1R1NA 3FV2A 2HQ0A 3FGSA 3OSRA 2ZNTA 4XKPA 4I62A 5CMBA 2QS4A 2XX7A 4ELQA 1ZLQA 3IOVA 5M2VA 3G3IA 2H9BA 1FTJA 3HV1A 3IOTA 4NF6A 2DVCA 1MQGA 4ZE9A 1MM7A 1TWYA 3VV5A 3TAJA 4YAHX 1AIVA 4G68C 1F9BA 2VHAA 2R9JA 3HSTA 2NUVA 1VE4A 3K1NA 3S9LC 4G2ZA 2F36A 1HSEA 4F18A 3WAFA 1Y3PA 1N84A 2GH9A 4KCDA 1JW1A 3OXNA 2UYFA 4OFLA 3C33A 2DVZA 3VFJA 4F3GA 1Y3NA 2HCAA 4MBPA 2Q2AA 3GXAA 3RGYA 5AA2B 1LAXA 4QSCA 3TFLA 2RC8A 4QSDA 1ZIUA 5I84A 4QSEA 4U4SA 1DSNA 1Z7ME 4OERA 1MDQA 2O51A 2ZNSA 3GBAA 5DVFA 3TTMA 3TCHA 3MC2A 1GVCA 1FQFA 3Q27A 4WEDA 5LOMA 4GF8A 4LVQA 3I3VA 5FTIA 4OXVA 3VLWA 5AA2A 4EF1A 3SEYA 2V3TA 3MAMA 1O7TA 2UVGA 1NNPA 3FVGA 4IO5A 4EDPA 2H5YA 2PVUA 4U22A 1FQCA 1MG1A 2O7IA 4BLAA 1A8FA 4LP2B 4FE8A 1L5TA 4QFPA 4F1VA 1R9QA 5JK4A 3G3JA 2ALUA 3TCFA 1UTHB 3CI8A 2VP1A 3RN8A 5TPAB 2X7QA 4OFJA 3SDFA 4F31B 1QKBA 2QMWA 1P1QA 1NNKA 1B7UA 4THIA 3CSGA 4ELRA 2QS2A 5I58A 3CRBA 5HBCA 3IJXB 2XXRA 3QUJA 1N7WA 1B58A 2Q2CA 3K0VA 2QPQA 4NWDA 1ATGA 3C36A 1MQDA 3FVOA 1UTHA 2F34A 3IOWA 3ILTB 1US4A 1JVXA 4NEDA 5TPAA 3TTKA 1LB8A 5CC2A 3MZ9A 2VOZA 4DXUA 2G29A 3TQWA 3LSFB 2ONRA 2Y7RA 4JB7A 4IO2A 4LQ5A 3O2AA 3I5OA 1D9VA 3PD8A 1YAEA 3QIMA 3CFXA 1URGA 5L8DA 3B6TA 1FQAA 3AXFA 3K2DA 1TFDA 4KI0E 3TKDA 3SEUA 3PPPA 3O6GA 2DWJA 3L6GA 5TP9B 4IO4A 3HPIA 4H8JA 1B32A 5F1QA 5KZTA 5AE4A 4QFKA 5BUUA 4ESWA 2F78A 1PBPA 1B4HA 1QKAA 4TLMB 2QL3A 4DXCA 3K4UA 1ELJA 5L9OA 5F7VA 1URDA 4JSDA 3U93A 3VVEA 4NF8B 1UQWA 1QUJA 5H8SA 4ZEDA 4G8MA 5TP9A 1N3XA 1B5IA 5CI5A 2ONKE 4Q8RA 3USDA 4OENA 4OYVA 2B3BA 3R26A 2XXUA 1LFIA 1IQ7A 2RCAA 2DYXA 3M3KA 1Y9UA 3OO8A 3VLVA 4KR5A 3BBRA 3K6VA 1QUKA 5DEXB 1TT1A 4NF8A 1OLAA 3EHUA 4C1TA 2AL4A 2G93A 4PFTA 3E4RA 1OLCA 3SEVA 3T9VA 4KYEA 5BWJA 3QK6A 2F7BA 1H76A 4FORA 3V83A 1HSLA 5DEXA 4JXIA 1A40A 3ZS6A 1FTLA 3H7MA 4R74A 3B6QA 1Y3QA 3ZKKA 4DCXA 3PPOA 2D5WA 1S9TA 1D9YA 4RYAA 3OOAA 2NXOA 4F1UA 4X1BA 2I48A 2RC9A 3RLFE 1MY3A 2DSFA 4UACA 5DVJA 4YU0A 4NF4B 3E13X 3Q28A 4NMYA 1BIYA 1O64A 3PMVA 2XXYA 2XD2A 2AL5A 4R9FA 4FECA 4LZ8A 3BFUA 5H8NB 3TTLA 3GBBA 1Y1ZA 3T9HB 4JWOA 1II5A 3SESA 2ESNA 3CFZA 2UYEA 4X48A 1FTOA 4GWOA 1T0KA 3MWBA 1B05A 3LC8A 4KPTA 4G77A 2XXVA 4OHNA 4EQ9A 4I8CA 3BFTA 3D4GA 1ZU0A 4OMBA 4YICA 4ELOA 5H8NA 3E9XA 1VFDA 3VVDA 3C34A 2D3IA 1NMUA 3H06B 1R9LA 3SETA 3R6UA 3FXUA 3G7WA 4DCYA 2XD3A 5I2KB 1P1WA 3C32A 2THIA 2RKMA 3KJ7A 3M3FA 2O84X 4L17A 3OO9A 3U94A 1YPNA 5H8QA 5CRYA 3DP8A 1B46A 3G3HA 3DM0A 1LLSA 4F2QA 1SQYA 2I4CA 1VSOA 3MP6A 4F3SA 2O1MA 5FHMA 4ESXA 3KN8A 3WAEA 4NWCA 4YMAA 2AYSA 4H0WA 3PPQA 5CMMA 3FZVA 4OZ9A 2X26A 2QSXA 3EHSA 4N6PA 2DE3A 4YB5A 5I2KA 3IO4A 1B1HA 1NNFA 1YTVA 1M5CA 4IGTA 4R6HA 4H5FA 4N07A 3RT6B 2GHBA 2UVIA 3FVNA 1IEJA 1SYIA 4LONB 3SKPA 2OZZA 4ZZEA 3SEXA 3OEKA 3RTFB 3KSJA 1D4NA 2OBGA 1WODA 1SYHA 4FEDA 4R75A 2PT2A 3RUMA 1Y20A 3IOUA 2B65A 4M4GA 2F7CA 1PC3A 3PUWE 4R2FA 2H99A 1NNTA 3OEMA 2ABHA 4XKRA 4GLIA 2ZYOA 3RQTA 1Q35A 1PBQA 1QULA 3I6VA 1SDXA 1MPDA 3LR1A 2DS9A 3S9MC 2IA4A 1WVJA 1LFGA 3V8XB 3QSLA 3PPNA 3IO6A 4IGRA 4PE5B 2R71A 2F5XA 1JQFA 2F6PA 5CMCA 3IB1A 4H1XA 3HCQA 2WKYA 2NWJA 3U92A 4KFQA 5DYHA 4EXLA 1VR5A 5IAIA 3PUVE 3N94A 1UTBB 5CMKA 5ITPA 3VXBA 3N5LA 5AA4B 1MQJA 1S50A 3ECRA 1POY1 3IK6B 1QW0A 5I58B 4FEBA 4WKMA 4FAJA 3P7IA 4LZ5A 1LGBC 1OMPA 2R6GE 3S9EA 2KLFA 3MBPA 1P99A 2Y7WA 3JYRA 1J1NA 4H8IA 3EPEA 1UTBA 5DTBA 3VE1B 2ANJA 2XXWA 5AA4A 3DP4A 1B0LA 3VVFA 1FTKA 1SVXB 3C35A 3SERA 4GIZA 4ZS9A 4G68B 4Q0CA 2Z23A 1B52A 3QYTA 2XXPA 4RJZA 3LUYA 5H8HB 2P2AA 2DWHA 3CG3A 4U23A 1ZTYA 4EXKA 5AA2D 1NFTA 2DQVA 2Y7KA 3O28A 2O68A 1JEUA 1SW2A 2V3QA 4G8HA 1FQBA 1P1OA 4YB7A 2PT1A 1FQEA 3PPRA 2Y7PA 4PP0A 1N04A 1DPEA 4GQOA 4G68A 4NTLA 3FD3A 2HEUA 5DVIA 5J1DA 2OK2A 5H8HA 1SW1A 2XXHA 1PB8A 1ZKBA 2PBWA 4R6YA 3PV0E 1JVYA 3GZGA 3MW0A 5A5XB 2FNCA 2I58A 2Z8DA 5JTYA 3FUZA 4MH5A 4GRKA 2OWTA 4OWDA 5AA3A 3CVGA 5B7DA 2V3UA 3FATA 1P1NA 5ISUA 3RPWA 1MH3A 2NOOA 2Z8EA 5I2NB 1BKAA 1Q1KA 1ZMGA 2BJJX 3O6IA 5I57A 1LAFE 5A5XA 3LBSA 1EZOA 1I6AA 1DTZA 1ANFA 3MQ9A 2DWAA 1IXIA 1PB9A 2V84A 3A3CA 3UORA 4RPNA 2YLNA 2DXRA 1EZPA 5KCJB 3B6WA 3PUXE 2HFBA 5I56B 3MJNA 1MXVA 5I2NA 4EQ7A 3T22A 3K6WA 3TEPA 3SEWA 1B0HA 4ZZAA 4R2BA 4POXA 1LBBA 1OVTA 4X9TA 3T93B 3U1OA 1I69A 4RXLA 1I6BA 5CBRA 1LAHE 1FTMA 1FQDA 1B5HA 4JWXA 3K6UA 2Q8JA 4GVOA 2E0SA 4H67A 3FXQA 4G4PA 4E0XA 3TDJA 3W9VA 5KCJA 5I56A 4RK2A 2P1SA 3H03A 4IY6A 2H4IA 1SW5A 2QS1A 4U21A 4DIGA 1BLFA 1MXYA 3JV9A 5IKBA 1IZ1A 4Z0IA 1IITA 3HN0A 5EHSA 3LSXA 1B2HA 2XXQA 3TPAA 4ONYA 1LCFA 1ZJLA 2ONSA 3G3KA 1A55A 1PEBA 2I4BA 1Z7NE 3T9UA 4XTCQ 3T96B 1B40A 1OVBA 4DE8A 3CFLA 2P0SA 4LUBA 3MP8A 2ZNUA 3TQLA 1MQHA 2VD3A 4YKKA 1MXWA 1DTGA 1AMFA 3D4CA 4DXBA 3KN7A 3KEIA 2CMOA 2F8DA 3TTNA 2O69A 3T9XB 1NL5A 4H65A 2GHAA 1N76A 2HAUA 3S4UA 4R9GA 4Z7EA 3K6XA 4E0WA 4DLDA 1QVSA 3DP6A 4KCCA 3G3FA 4ND9A 4PETA 2I0BA 3H4ZA 5H8QB 5DT6A 1N7XA 3CIJA 4RK9A 4IO3A 4U1OA 3IL1B 4TQUQ 3QXMA 4HS7A 3F11A 3DELB 2RCBA 1A54A 3K00A 3KBRA 2M8CA 3RT8A 5FHOA 4IO7A 4IO6A 3UP9A 3TTRA 4KD5A 1POTA 2XHDA 3IAZA 4YMBA 4YKJA 4YKPA 1B7HA 1UIUA 1O63A 4OFOA 3OSQA 3K1MA 1TXFA 1LSTA 4GFRA 1B7ZA 4HW8A 2Y7IA 1LFHA 1B6HA 3OELA 4FIMA 4MFIA 3V89B 2Z8FA 3CG1A 4XKQA 1GGGA 3KZGA 1H43A 4Q5TA 2O6AA 4O3BA 4QF9A 3FJMA 1EZ9A 4NF5B 4XIGQ 1IXGA 3QUFA 2H98A 3VLUA 3FJ7A 3MVZA 2X7PA 1USYH 4GOTA 2A5TB 1D3KA 2HXWA 3H3GA 2F97A 3CSBA 3H6WA 4P11A 4I9DA 3LSWA 2XXIA 1MXZA 1IXHA 5ICTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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