3CR9A

Crystal structure of the complex of lactoferrin with 6-(hydroxymethyl)oxane-2,3,4,5-tetrol at 3.49 a resolution
Total Genus 204
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
204
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKSVRWCTISPAEAAKCAKFQRNMKKVRGPSVSCIRKTSSFECIQAIAANKADAVTLDGGLVYEAGLHPYKLRPVAAEVYQTRGKPQTRYYAVAVVKKGSGFQLNQLQGVKSCHTGLGRSAGWNIPIGTLRPYLNWTGPPEPLQKAVANFFSASCVPCADGKQYPNLCRLCAGTEADKCACSSQEPYFGYSGAFKCLENGAGDVAFVKDSTVFENLPDEAERDKYELLCPDNTRKPVDAFKECHLARVPSHAVVARSVDGREDLIWKLLHRAQEEFGRNKSSAFQLFGSTPGEQDLLFKDSALGFVRIPSQIDSGLYLGANYLTATQNLRETAAEVAARRERVVWCAVGPEEERKCKQWSDVSNRKVACASASTTEECIALVLKGEADALNLDGGFIYVAGKCGLVPVLAENQKSQNSNAPDCVHRPPEGYLAVAVVRKSDADLTWNSLSGKKSCHTGVGRTAAWNIPMGLLFNQTGSCKFDKFFSQSCAPGADPQSSLCALCVGNNENENKCMPNSEERYYGYTGAFRCLAEKAGDVAFVKDVTVLQNTDGKNSEPWAKDLKQEDFELLCLDGTRKPVAEAESCHLARAPNHAVVSQSDRAQHLKKVLFLQQDQFGGNGPDCPGKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAELQGKTTYEQYLGSEYVTSITNLRRCSSSPLLEACAFLRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Antibiotic
publication title Crystal structure of the complex of Lactoferrin with 6-(Hydroxymethyl)oxane-2,3,4,5-tetrol at 3.49 A resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 204
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2008-04-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3cr9A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3cr9A04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3cr9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3cr9A03
3UA8A 3G7WA 2V93A 5H8QB 1B3GA 5TP9A 4PQJA 2P2AA 4Q30B 1LCFA 1NNPA 1UIVA 4R73A 1MXXA 4F19A 2XXQA 1MY2A 3T66A 2Q2CA 1SW4A 4GFRA 3O2AA 3K1MA 4KYEA 2DWAA 4C0RA 3O9PA 2DQVA 4RPNA 4WEDA 1PDAA 1P1NA 4DZ1A 4LZ5A 4OZ9A 4YB7A 4LUBA 4KPTA 3F11A 4M4GA 1I6BA 3OO9A 1YTVA 2ZNSA 1Y9UA 4GL0A 2OWSA 2HFBA 5ELVA 4YKJA 1CB6A 3UIFA 3VLUA 2W7YA 3UGWA 3C35A 5CC2A 1USYE 4QSDA 3TQWA 3LC8A 1OVTA 1QJMA 1URDA 3KGCA 1MDP1 1R9LA 4OETA 4YZZA 1NNTA 1NH8A 1NMUA 2P1SA 4BDLA 5CI5A 3BFTA 2QSXA 1MH3A 4DLDA 1LAFE 2O6AA 3ZKKA 3MC2A 3H06B 4KD5A 3FGSA 4RPOA 5CMKA 3K00A 2DWHA 3QSLA 2OWTA 4GOTA 3OO8A 1MH4A 2PX1A 3N6UA 2YPNA 2H5YA 3RTWB 1FTKA 4TLLB 1B0HA 3QK6A 1HSJA 1B3EA 3GLBA 3QIMA 1POTA 4G68A 4NTLA 2XD3A 5H8NA 3AXFA 4TQUQ 3RQTA 1II5A 1D4NA 2XXPA 4F31B 1DPEA 3H7MA 5I2KA 1IZ1A 4BDRA 5I57B 3G3HA 3OSQA 3A3UA 3VVFA 2HZKA 1IXGA 1MPBA 4IO5A 4NWDA 4TLMB 1N3WA 4ESXA 4I62A 4PP0A 4E0XA 2QS1A 4HCYA 1N04A 2ZMBA 3LR1A 5KCJA 2DE4A 3IAZA 2UVIA 3M3KA 1MRPA 3KSXA 1IIWA 3E4RA 1EZOA 1TWYA 3D4GA 4U1ZA 2R71A 1H44A 2O1LA 3A09A 4KCCA 3QAXA 3KFMA 4PFWA 4O3BA 1Y1MA 5HM4B 4F18A 5CBSA 1ZU0A 3R6UA 3MVZA 4IGRA 3MP1A 2PVUA 2UYFA 3K2DA 2XX8A 1B0LA 4PFYA 4XKNA 3EF7A 3FXQA 3RTFB 1IXCA 3ZKLA 4OFLA 4RA1A 3VXBA 1SI1A 2I49A 3TTLA 2OCUA 2B3BA 5L9OA 3FVOA 4XKRA 5CBRA 3TCHA 1US5A 2DWJA 1VR5A 3CR9A 2FYIA 1A55A 3N26A 4GQOA 3U92A 4POXA 1D3KA 2FA7A 4C1UA 3RNNA 4YICA 4XKQA 1R1NA 3MVYA 4QHQA 1EU8A 1H3DA 1PC3A 5FHOA 4OEVA 4UA8A 3JZJA 1B1HA 3O28A 2F8DA 3KG2A 1JQFA 2Y84A 3KOTA 2RKMA 4L17A 4XXUA 4WXJA 3THIA 3PUYE 4KCDA 3ILTB 1DMBA 1MXVA 4NEDA 3PU5A 3M3FA 3MVWA 3PMXA 3WAEA 2YJPA 4EQ7A 1XS5A 3QXMA 1OVBA 1TFAA 1B7HA 3ILUB 4G8HA 4R6KA 3C36A 2O69A 3VE1B 1MXWA 2WKYA 3K6XA 3PD9A 4F3GA 3C9HA 1H45A 3HPIA 1B7UA 1B32A 1LAHE 4MF3A 5FTHA 4ZEDA 3Q25A 3K6VA 1JNFA 3TQLA 5ITOA 4FEBA 3QUJA 1O7TA 2OJTA 1MG1A 3FASA 1Q35A 4QFLA 4EQ9A 4Z7EA 1D9VA 2Z23A 1P1UA 4EXKA 1FTJA 2V3UA 3UN6A 1B40A 5AE4A 3PUXE 3S4UA 1XVYA 2LAOA 1XOCA 3W9WA 1NH7A 3B6QA 3E9XA 5KDTB 4FATA 3V89B 1DTZA 4GIZA 1LB9A 1D9YA 1MY0A 3OSRA 3IB0A 5AA4B 2R6GE 1NL5A 3ONMA 4YKPA 1NFTA 5ITPA 1YAEA 4JWXA 1T0KA 2X26A 4R6YA 1FTMA 2AIXA 4H0WA 4OENA 1ZJLA 3FIRA 4P0GA 1BLFA 4FECA 5EHMA 5M2VA 2QMXA 5ISUA 5H8FA 2HAUA 4JDFA 4U22A 1BTJA 1B9JA 4O3AA 4R75A 3SEWA 3Q28A 1QUKA 3CG3A 1R9QA 5K2YA 3M8UA 5DVIA 4IO3A 2NOOA 2DVZA 4KQPA 2O84X 1EZ9A 4R9GA 2HAVA 5CMBA 4Q0CA 2UYEA 2F6GA 2XXIA 2A5SA 4JWOA 5IKBA 1GR2A 4AB6A 5H8SA 3CG1A 3S9LC 4F2OA 1B1XA 3IJXB 1B3LA 4GD5A 1LBCA 1WVJA 4NWCA 4GF8A 3TTRA 3U8QA 2PYYA 4BDNA 3TUSA 4OEUA 4M1VA 1Z7NE 2XX7A 3V5AA 1MY4A 1OLCA 4QSEA 4GL8A 3DM0A 2RCAA 3CI8A 3SEXA 2F36A 4N07A 1TXFA 2I4BA 4ZEIA 4QFKA 2D21A 1URGA 1ZTYA 1B5HA 3LUYA 3MUQA 4OYVA 3ZSFA 3LSXA 2XXUA 3JV9A 5AA1A 4YU0A 3TMGA 5CMMA 3K6UA 3MBPA 3T93B 5JTYB 1KWHA 1MXYA 1JVXA 1QUIA 1SW2A 2GHAA 3G3FA 3VLWA 3VFJA 1A7LA 4OMBA 3S9MC 3EQ1A 3FV2A 3FV1A 4Z0IA 1HSLA 3LSFB 3IOTA 1MM6A 2A5TA 4ZZEA 3USDA 4P0IA 1A40A 4KR5A 1EZPA 2QPQA 3RN8A 4EDPA 2DXRA 2OZZA 1OIBA 1NNKA 3PPOA 1FQDA 2PMSA 3MAMA 3KEIA 3DELB 1DOTA 3TKDA 4OFJA 4YB6A 5F7VA 4F1VA 4RXLA 4ZEKA 2QS3A 4H1XA 5I84A 1XHYA 3FXRA 1O63A 3CFZA 5FHMA 5FHNA 5TPAA 5I58A 3P7IA 2GRVA 2B65A 3H6TA 4XKPA 4R2FA 3U94A 2H9BA 1O64A 5I56B 3MZ9A 3PPPA 1MXZA 2ZXTA 1A99A 2I48A 2VGQA 2V84A 3PPRA 3EPEA 4I1DA 4LZ7A 1VE4A 4YKKA 1JW1A 5CM6A 3CFXA 4G8MA 1Q1KA 3MZ1A 2ONKE 3PD8A 4LVQA 4PFTA 4YMAA 1JETA 3ODBA 4RY1A 3GZGA 1LSTA 2PT2A 1B4HA 3T22A 1P1QA 1IXIA 1UTBA 4NF4A 3QYTA 4NMYA 1FQBA 3TFLA 3TCFA 2F35A 2H98A 3FXUA 3CIJA 4IO6A 2ONRA 3G3KA 1YPNA 1M5EA 2GFEA 1S9TA 2REJA 3MPLA 4U23A 4UACA 5H8QA 3MQ9A 2E0SA 3ECRA 3K6WA 4MLVA 4U4SA 3KBRA 1I6QA 4NF6B 4NF8B 1SYIA 2GH9A 2Y7IA 4LATA 2RF1A 2IA4A 1MPDA 4LP2B 1LB8A 5AA2B 1JEVA 3I5OA 1AL3A 1DSNA 3VVEA 5L9MA 1TFDA 1RYOA 3E13X 1M5BA 5LOMA 1A8FA 1FW0A 1JW4A 4YKIA 3I6VA 2O51A 1XC1A 4LQ2A 1IEJA 3U72A 1QW0A 3O6GA 4GRKA 2QJEA 1RYXA 2I0BA 1LFGA 2CZLA 4YAHX 1SI0A 3LSWA 1N7WA 3IJOB 2D5WA 4QSCA 3L6HA 4LZ8A 1FQCA 1IUDA 2P0SA 3UORA 2B3FA 4IO2A 1GV8A 1ATGA 1JW5A 4JSOA 4OTEA 1UTHB 3FVNA 5ICQA 1ZBMA 1M5CA 4FORA 3IX1A 1AH5A 2Z8FA 1B4ZA 1JEUA 1US4A 4QFOA 3RLFE 1YCJA 3E3KA 3LSLA 5CMCA 4RK2A 2OBGA 3TDJA 4GXSB 3R7XA 5DT6A 1PB7A 2QS4A 1CE2A 5B70A 2DE2A 4ZS9A 1QUJA 4TOZA 3TTMA 2VOZA 3LBSA 1OQHA 3V83A 1Y4TA 1PEBA 2ZYNA 2FNCA 2GHBA 3C32A 1ZMGA 3HV1A 3SEUA 3DP4A 5AA2D 2XXYA 4NF5B 4H67A 3UK4A 2I3VA 3H03A 1Y20A 1N3XA 4DXCA 1VFEA 3R26A 5I57A 3PMVA 3DP6A 2ZYOA 4U21A 3IB1A 4N6PA 2CMOA 5DEXB 2QMWA 1NKXA 3MP6A 1Z7ME 1MXUA 4PETA 4FJPA 3S9NC 5B7DA 4JWYA 3HHFA 3H3GA 4ELQA 3T96B 2AL5A 3TYHA 4N13A 2F97A 5TP9B 1QVSA 1N84A 5H8HB 3G3IA 2UVGA 4NF8A 4EF2A 1LBBA 3PGFA 1B7ZA 5DVFA 3V8XB 5AA3A 4ZE9A 1JVYA 3IOUA 4G8NA 2G93A 4GXAA 4YB5A 4F2QA 4ZDMA 3PV0E 3Q26A 2ALUA 2DOJA 3N94A 3KZGA 5BUUA 1M5FA 1B51A 2ZNTA 3OD7A 1MM7A 3C34A 3DP8A 1HSEA 4BLAA 3RT6B 4EUOA 3T9VA 4ISUA 2ZYMA 5JK4A 2AYSA 1LCTA 3CRBA 1A8EA 2VD3A 1ELJA 1IQ7A 3JYRA 2Q88A 3O66A 3BBRA 3Q27A 3HCQA 4ELRA 3QUFA 3IB2A 4OWDA 4LA9A 2F5XA 4FAJA 4GVOA 1DTGA 1FQEA 3VDFA 3SKPA 4F29A 2VP1A 3MPKA 4P11A 4OXVA 3KN3A 4WKMA 1XVXA 5JEIA 1IITA 2V3QA 3VV5A 4IO7A 2E1SA 4OHNA 3SERA 4AB5A 1UIUA 4G2ZA 1N76A 3TAJA 2AL4A 1N0TA 3FJMA 4RJZA 2Y7PA 3HO7A 4R74A 2G29A 5DTBA 1Y4CA 3DLNA 4EQBA 4ND9A 1MQIA 3RGYA 1B6HA 2F78A 1EH3A 1LFHA 3VLVA 4RYAA 4G68B 2D3IA 4YMBA 5H8NB 3OEMA 4Q8RA 2X7QA 3GBAA 4BDOA 3O97A 2XXWA 4O3CA 4LQ5A 4OESA 5EYFA 5I2KB 3SEVA 2NWJA 4RK9A 1LFIA 3I3VA 3SDFA 3KN8A 3EHUA 3BKIB 3RPWA 2BJJX 4ESWA 1MY1A 1MQHA 3H4ZA 4ZE8A 1DPPA 2HQ0A 3FJGA 4IY6A 3FJ7A 3T9XB 5K2XA 2O7UA 2F7CA 4KYDA 5KCJB 2DXYA 1SDXA 1SYHA 5H8HA 1SD3A 2H4IA 3IO4A 1J1NA 3MWBA 4KHZE 1USYH 5HPQA 4U4XA 2XXVA 1POY1 3TPAA 3KOSA 1AIVA 5KDTA 2THIA 1WODA 1XT8A 1P1OA 2NVUB 5AA4A 1I69A 4U2RA 3W9VA 1MS7A 4QFNA 1B46A 3IO6A 3O6HA 2XHDA 3FUZA 2XD2A 4OVJA 5IAIA 3SEYA 3D4CA 4JXIA 2KLFA 2HCAA 3FZVA 1LLSA 1PBPA 3C4MA 3U1OA 1B3FA 3CSGA 4QRZA 3VVDA 1ZIUA 3RUMA 1NNFA 1QKAA 2UVHA 2H99A 4F39A 1A54A 2RC9A 1BKAA 3TTNA 4H8IA 4HTGA 3W15C 4BDQA 3IOVA 2Q89A 4ZZAA 1ANFA 4ELOA 3K02A 1PB9A 2DP8A 2YLNA 1RKMA 3EHSA 2ZNUA 1BP5A 3OELA 4C1TA 2PBWA 4AQ4A 1SBPA 1VSOA 3G3JA 4XIGQ 2VD2A 4PE5B 1B5JA 3U93A 3PUZE 4ZEFA 2NUVA 5HBCA 1LAXA 4G77A 3H6VA 3CVGA 1FTOA 1FCKA 4F3SA 2DS9A 1Y3NA 5JTYA 4OFOA 4JBZA 4X48A 3SESA 1N7XA 2NXOA 3S2VA 1LAGE 4X1DA 3S9EA 3FD3A 1MQJA 4MFIA 4DXUA 2ZYKA 4RNSA 2HXWA 4DCYA 3FATA 3A3CA 1QULA 5KZTA 1Y3PA 3PPNA 5CRYA 1P99A 5I59B 5DYHA 2XXRA 1P1WA 3M3LA 1GVCA 1Y3QA 1M5DA 1VFDA 4DXBA 2DYXA 4U1OA 3EHTA 3H6WA 1IXHA 3EN3A 3GBBA 1OMPA 4H6DA 4FEDA 1H76A 3PMWA 2Z8DA 3T9UA 1B3HA 2Y7KA 1FQFA 5L8DA 4KFQA 4POWA 2I0CA 2M8CA 4OQOA 3OOAA 5H8FB 3KJ7A 2DSFA 4H5FA 2XXHA 4X1BA 3MW0A 4XTCQ 2Q2AA 2V3TA 1AOVA 3IR1A 5ICTA 1F9BA 4G68C 3PUWE 1LGBC 4QF9A 3O29A 4IO4A 2F7AA 2O1MA 2HZLA 1SVXB 1MQDA 3KSJA 3TZAA 2HEUA 4ZEBA 3Q29A 5I56A 2RC8A 2PT1A 3K1NA 2O68A 1MPCA 5I2NB 3OENA 4FIMA 3OO7A 4PFUA 4OERA 4H8JA 4I8CA 4LONB 4KI0E 1B52A 2F7BA 3K4UA 4MBPA 1B58A 1SW1A 3SETA 2ANJA 4MLQA 3TODA 3PUVE 1S50A 2QRYA 2QS2A 2OLBA 3IL1B 3B6TA 1FTLA 1MDQA 1MY3A 2RC7A 4HS7A 5A5XB 3TEPA 1WDNA 1B05A 2Q9TA 3MJNA 2XXTA 3MP8A 2DE3A 4FE8A 2UXAA 4F3BA 4JSDA 4NF6A 1SW5A 4R2BA 2V25A 4EXLA 4DCXA 4R6HA 3K1PA 4DIGA 1Y1ZA 5AA2A 2OK2A 4WEPA 2Z8EA 4H5GA 1AMFA 2QL3A 3IK6B 4IY5A 5BWJA 3VXCA 2RCBA 4I9DA 1MQGA 4ELPA 1PBQA 1OQGA 4JB7A 2ESNA 4IB2A 3BFUA 3K0VA 2I4CA 3CSBA 3OO6A 3CFLA 2UVJA 3UP9A 4ZECA 2O7IA 2A5TB 1L5TA 2Q8JA 5I59A 4K3FA 4IGTA 3TELA 4GWOA 3OEKA 3B6WA 1QKBA 4F22A 4X9TA 3ZS6A 1UQWA 4THIA 1R6ZA 4QFPA 2I58A 4R72A 4F3PA 2ONSA 3KJTA 1BIYA 2F6PA 5EHSA 1TT1A 2ABHA 2Y7WA 3C31A 1OLAA 1UTHA 2DVCA 3TTKA 4MH5A 1SQYA 4NE4A 2Y7RA 3RT8A 3OMBA 2REGA 4F1UA 1ZLQA 3K01A 3PPQA 2RINA 4G4PA 1B2HA 3H6UA 5TPAB 1S7YA 5I58B 5FTIA 3C33A 4DDDA 3N5LA 4HW8A 4HCWA 3RY3A 3T9HB 4F1YA 3FVGA 4DE8A 3B7DA 3OXNA 4ONYA 5TU0A 2I6EA 2VHAA 3GXAA 2XXXA 2H25A 3IOWA 3HN0A 5J1DA 3MZBA 1URSA 3HSTA 2F34A 4EF1A 3TCGA 5I2NA 3L6GA 1GGGA 2XX9A 4NF5A 3KN7A 1PB8A 5L9SA 3O6IA 4H65A 3N6TA 4R9FA 4Q5TA 2DWIA 4E0WA 2IEEA 3FVKA 3G3GA 1UTBB 1ZKBA 4NF4B 5F1QA 4BDMA 1I6AA 5DEXA 2X7PA 3IORA 3WAFA 2I3WA 2Z22A 1B5IA 1H43A 4KYSA 5DVJA 1GTKA 2R9JA 1FQAA 3HHGA 5A5XA 4ECFA 4GLIA 3MVXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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