3DELB

The structure of ct381, the arginine binding protein from the periplasm chlamydia trachomatis
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
232
structure length
232
Chain Sequence
EKFIVGTNATYPPFEFVDKRGEVVGFDIDLAREISNKLGKTLDVREFSFDALILNLKQHRIDAVITGMSITPSRLKEILMIPYYGEEIKHLVLVFKGENKHPLPLTQYRSVAVQTGTYQEAYLQSLSEVHIRSFDSTLEVLMEVMHGKSPVAVLEPSIAQVVLKDFPALSTATIDLPEDQWVLGYGIGVASDRPALALKIEAAVQEIRKEGVLAELEQKWGLNNLEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Exploiting antigenic diversity for vaccine design: the Chlamydia ArtJ paradigm.
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein binding, transport protein
source organism Chlamydia trachomatis
molecule keywords Arginine Binding Protein
total genus 65
structure length 232
sequence length 232
chains with identical sequence C, D, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3delB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3delB02
2Q9TA 4G8MA 3R26A 3KN3A 2D21A 1B40A 1MM7A 4MLVA 1A54A 3EF7A 5FTIA 3V89B 2UVGA 1OIBA 3PUYE 4U22A 4G2ZA 3OELA 4KYDA 4H8JA 1R9QA 5L8DA 4EF1A 1AOVA 1YCJA 2ESNA 3TODA 1QKBA 5DVJA 1N7WA 1M5CA 3UN6A 2ZNSA 3U72A 2R6GE 3KOTA 1D4NA 4ZEIA 3ZSFA 2F7CA 3LBSA 3SEXA 1XC1A 4YAHX 2GHBA 1B0HA 3V5AA 2P0SA 3DP4A 4U23A 3G3HA 4K3FA 1IZ1A 3GLBA 1OLAA 3MBPA 2DWHA 3TCGA 4U21A 1FQAA 3TZAA 3EPEA 1MRPA 1H76A 3H3GA 3OO7A 1FTKA 3JV9A 4YB5A 1OVBA 3C34A 1LAFE 4YU0A 5JTYA 4XKPA 1B51A 4IO6A 1B32A 4GXAA 3UORA 4KCCA 4N07A 4ELPA 1JW5A 3TDJA 4IGTA 3KFMA 1MY1A 1R9LA 3HN0A 3K6VA 4NWCA 1UTBA 4NF6A 1NNKA 4GOTA 4NMYA 1GGGA 3MP1A 2XXVA 1TXFA 1ATGA 2E0SA 3CG3A 3SKPA 4C1UA 2O68A 1AL3A 1ZJLA 5I57B 4YICA 3H7MA 3GXAA 4ZS9A 4Q0CA 3PPPA 2XXYA 4LP2B 4QFOA 2A5TA 1MH3A 4GL0A 4YZZA 2XXXA 5ICTA 3S9LC 1EH3A 3TTNA 4EUOA 1JNFA 2XD3A 1YPNA 2F6GA 4Z0IA 4QRZA 3UA8A 1MXWA 4THIA 5FHNA 3SESA 5HPQA 2QPQA 1RKMA 1SQYA 3Q25A 2QS4A 1FQFA 4YKKA 5AA2B 3BFUA 2CZLA 4R6KA 3E4RA 4BDLA 2OLBA 4NTLA 2IA4A 4I8CA 1PB7A 2Z22A 1NFTA 3OEKA 3MZ9A 2H99A 2LAOA 3G3GA 4BLAA 4NF5B 4R2FA 2BJJX 2RINA 1EZPA 2XX9A 1URSA 3IR1A 3UGWA 3FVOA 4ZEFA 2XXUA 3RQTA 4DCXA 2Y7KA 2REJA 4PP0A 4M1VA 1RYXA 5H8HB 1IEJA 4KPTA 1ZIUA 4OEVA 4MFIA 1TFDA 1B2HA 2B3BA 1LB9A 2OK2A 4NF4B 3UK4A 2RC9A 2Z23A 2DVCA 4N13A 2F5XA 1B1XA 2XXTA 3VV5A 2F8DA 2UVJA 1B5HA 5H8NB 2QJEA 3OO9A 4WKMA 4XXUA 3SERA 2ANJA 3EHUA 4OXVA 5I57A 2DWAA 3TQWA 3VVDA 5I59B 3PPOA 3I6VA 3S4UA 3TQLA 1DTGA 1XOCA 4ZDMA 5KDTB 2DE4A 3L6HA 4WXJA 3LC8A 4WEDA 1CE2A 1MPDA 3KG2A 1ZLQA 3K2DA 5TP9B 3EQ1A 2ONRA 2RC7A 4L17A 5I2NB 3FVKA 3K1MA 3HHFA 2XD2A 1DTZA 1PDAA 4GWOA 2ZNUA 3FGSA 2NXOA 4EF2A 1XS5A 4KQPA 4OHNA 1GTKA 3OSQA 1HSJA 1QJMA 4ZE8A 2RCBA 4LATA 3TTLA 4ELOA 1VE4A 2F36A 4QF9A 5AA2A 3PMXA 3TTRA 4H0WA 4OQOA 2QS2A 1I6BA 1JW4A 3C32A 3RGYA 3IOWA 4IB2A 3FASA 3FXRA 4TLLB 2ZYNA 5KZTA 4F3PA 4P0GA 4OMBA 1QW0A 1R6ZA 5AA3A 4FEDA 3G3JA 2PVUA 1H45A 3PU5A 4Z7EA 2PYYA 3GBAA 3S9EA 4P0IA 5CM6A 4NF4A 3MQ9A 3VFJA 3DELB 3T9VA 4YKIA 3IB2A 2G93A 2ABHA 2XHDA 1T0KA 3VVFA 4U4SA 1EU8A 1PEBA 2ZYKA 5H8NA 3T22A 4OETA 2V3UA 2V3TA 1P1UA 3CIJA 3IK6B 1MPBA 1MQIA 4YB7A 1N76A 2I4BA 4PFUA 2GFEA 3FIRA 5B70A 5CC2A 3IJOB 4JBZA 1NNTA 3LSWA 4DXCA 5TP9A 4IGRA 3MUQA 1TT1A 4F3BA 5IAIA 4GRKA 5I56B 5I2NA 1JEUA 3H6TA 1WDNA 1DPEA 2Q2AA 4RYAA 4DXBA 3VLWA 5JK4A 4F1YA 3MPKA 2HZLA 1Y3PA 3T9HB 3B6WA 4WEPA 4H65A 2AL4A 3PMVA 1TFAA 4G8HA 2V84A 3CRBA 5AA2D 3C36A 3FXUA 3TKDA 4QFKA 4LZ8A 2RF1A 5ELVA 5AA4B 1L5TA 2H9BA 4FIMA 1IIWA 3ILUB 2HQ0A 3ILTB 5EYFA 1FTLA 1YAEA 4R9GA 1UIUA 3M8UA 4JB7A 4YMBA 2O69A 1KWHA 4QSDA 2VD2A 4F18A 4F19A 3FUZA 3C9HA 1B1HA 2I48A 2VHAA 4XKNA 3O9PA 4YKPA 1SYHA 3RN8A 3OO8A 4TOZA 3MWBA 2AL5A 1PBQA 3O6IA 4JSOA 3MVWA 1JQFA 1Y1MA 3FVNA 5EHSA 1B05A 4U1OA 2AIXA 4YMAA 1SI1A 3LSFB 1PB8A 4DCYA 3BFTA 3F11A 4RXLA 3R7XA 1I69A 3SEYA 3K6UA 1UTHA 2HAUA 4H5GA 3I3VA 1MDQA 2I4CA 1N84A 4POXA 3RUMA 3SETA 1JEVA 3VE1B 3TTKA 5A5XB 3TPAA 4FE8A 1SW5A 2DXYA 5H8SA 1LBBA 1P99A 1M5BA 4KR5A 4HTGA 4GVOA 2QS3A 2DP8A 3CFXA 2O51A 1EZOA 5HM4B 4PE5B 4R72A 3RTWB 1QKAA 3P7IA 1B46A 4BDQA 2Y7IA 3T93B 1GR2A 4F2OA 3SEWA 3IO4A 2UXAA 1MQJA 3Q26A 2ZMBA 1MQDA 3U1OA 3Q29A 4KYSA 2IEEA 2PT2A 2PX1A 3EHSA 1B6HA 4F2QA 4KCDA 5AA4A 1A8EA 1LAHE 3WAFA 3O66A 4MLQA 3K00A 3LR1A 3FJ7A 3MPLA 2QMXA 5FHOA 1A99A 1VFEA 1LAGE 1MXXA 4QHQA 2RC8A 3IB0A 3JZJA 4R75A 2DXRA 1D9YA 1B52A 2VOZA 3L6GA 4KYEA 3V8XB 5AE4A 2QSXA 4G68B 2B65A 1EZ9A 3MVXA 4PFTA 1VR5A 1XVXA 1B7HA 4RJZA 3RPWA 1B3LA 2F34A 1SW4A 3PMWA 1MH4A 1FTOA 3QUJA 4GF8A 2QMWA 3KOSA 3MW0A 1HSLA 4O3AA 1US4A 3JYRA 2UYEA 3A3UA 5BUUA 3KN8A 4POWA 1Y1ZA 4LZ5A 5L9SA 1Y4CA 2ONKE 3MJNA 4JXIA 3FJMA 4R9FA 3RLFE 1B58A 3K6XA 3ZS6A 4G77A 2I3VA 1LFGA 1SBPA 5FHMA 3TELA 1A55A 4UACA 1FQDA 3OMBA 4C1TA 2X26A 3E9XA 4F39A 2DE2A 2CMOA 4MH5A 1Z7NE 4EQ9A 4EQBA 4ELRA 1Y9UA 1S7YA 5CMMA 4F29A 4JWOA 4F31B 4MBPA 3U92A 1YTVA 2ALUA 4C0RA 2Z8FA 3G3KA 5AA1A 2O6AA 4HCWA 4IO5A 3M3LA 5CRYA 4ZEBA 2P2AA 1J1NA 2HAVA 3K01A 3MZBA 4Q5TA 3OEMA 3IORA 3H4ZA 1FQBA 1OMPA 1MY3A 3QK6A 2I0CA 1ZBMA 1DOTA 1PC3A 2I0BA 4F3GA 4ESXA 2M8CA 5DEXB 2VD3A 1Q35A 4ZE9A 3LSLA 3MC2A 1JVXA 4NF8B 3IX1A 4RPNA 3SEVA 1Y4TA 2ONSA 1NMUA 2RCAA 1N3WA 2W7YA 3CSBA 3BKIB 1MPCA 4R73A 2NOOA 3KN7A 3W9VA 2PMSA 3QUFA 1R1NA 1ZTYA 3U93A 1II5A 5TPAB 4RK9A 5HBCA 2O84X 3H06B 4PETA 4DDDA 2THIA 1B3HA 3PD9A 4X1DA 4FJPA 4QSCA 3K02A 3PUZE 2GH9A 3FV1A 1MXYA 1N3XA 1BIYA 3TMGA 4BDNA 2DYXA 1IXIA 4NE4A 1SYIA 2O7IA 3C31A 1VFDA 5KCJB 1B9JA 3CG1A 1XHYA 2E1SA 3U94A 4GD5A 2FYIA 1ANFA 1SW2A 1POY1 4E0WA 5H8QB 4LVQA 1IXGA 1B3EA 2WKYA 2XXIA 4R6YA 2DWIA 4OERA 4F3SA 4OENA 4EQ7A 4YB6A 4AB5A 1OQGA 4IO2A 1M5DA 4G68C 2V3QA 4DZ1A 1UQWA 4NF5A 1M5EA 3D4GA 4HCYA 4EXLA 4I62A 1BP5A 4Q30B 1ZMGA 3S2VA 3WAEA 3RT6B 3TYHA 3PPRA 5TU0A 5H8HA 2F97A 3ZKLA 1IUDA 1AH5A 3GBBA 3CFZA 3QSLA 2VGQA 4NF8A 4GFRA 2OBGA 5H8FB 1LGBC 1UIVA 4IO4A 3ODBA 3IOUA 1LB8A 3OSRA 2HFBA 4OVJA 5CMCA 3QYTA 4M4GA 3PUWE 4OFOA 1LFIA 1IXHA 2OJTA 1MG1A 5I59A 1B7UA 1DSNA 1DPPA 2XX8A 3OO6A 3IJXB 3TCHA 2PBWA 5KDTA 1MY0A 4JSDA 3HSTA 3B6QA 3QAXA 3IO6A 2I49A 4R74A 4GIZA 2ZYOA 4U4XA 3VDFA 4P11A 4JWXA 3FATA 3H6VA 4ZZAA 1FW0A 2YPNA 1SI0A 4EXKA 4GXSB 3PUXE 3OXNA 4OESA 5DT6A 4FAJA 4H67A 1IXCA 4NWDA 3IAZA 5H8QA 3SDFA 4FEBA 3A09A 1B4ZA 3O28A 3MVZA 3QXMA 2V93A 4U2RA 1MY4A 3MP8A 3QIMA 3HV1A 2X7QA 1FTMA 3C4MA 3GZGA 3B6TA 4RK2A 4F1UA 2UYFA 2D5WA 3HHGA 4QSEA 4ECFA 5DTBA 5CMKA 1QVSA 2Y7PA 3M3KA 5CMBA 4EDPA 3O97A 2F78A 2XXRA 4BDRA 3LUYA 1SW1A 1AIVA 5JTYB 4F22A 4N6PA 3HCQA 3T66A 1MXZA 1B3FA 2FNCA 4GL8A 3KSXA 5H8FA 4IO3A 3CSGA 1LBCA 4LZ7A 2YLNA 4IY6A 3MAMA 3KBRA 5DVFA 4I1DA 1UTBB 4NF6B 1O63A 2A5SA 4H5FA 1N0TA 3VXBA 1A7LA 2XXQA 3FZVA 3FXQA 5L9OA 3PD8A 3K6WA 2KLFA 1SD3A 3B7DA 2HZKA 1OLCA 4O3BA 5ISUA 2A5TB 4ZZEA 5F7VA 2I6EA 5I56A 4G4PA 1FTJA 5K2XA 1USYH 5M2VA 1I6QA 4XKRA 1LFHA 1B3GA 3FV2A 4X1BA 4TQUQ 1NNFA 3VLVA 4QFPA 1N04A 2ZYMA 1WODA 3CFLA 3PGFA 3DM0A 3H6UA 3UIFA 1Z7ME 3FD3A 2I3WA 3RT8A 1P1QA 1S50A 2ZNTA 5B7DA 4G8NA 3BBRA 2H25A 4LQ2A 1D3KA 1FQCA 4XTCQ 1LLSA 1M5FA 2HEUA 3IB1A 3FVGA 2B3FA 1TWYA 4YKJA 1JETA 4HW8A 3ZKKA 3FJGA 4AQ4A 4LONB 4H6DA 4U1ZA 1IQ7A 3N6TA 4HS7A 4BDOA 2ZXTA 2NVUB 4ESWA 3TCFA 2D3IA 3C35A 4OFLA 4FATA 3OENA 4RNSA 3H6WA 1POTA 4LA9A 3N26A 1H43A 1OQHA 1MQHA 3SEUA 1FCKA 2HCAA 1B7ZA 2GHAA 3HO7A 3A3CA 5BWJA 4DXUA 5A5XA 4PFYA 1SVXB 2H98A 2DE3A 3Q28A 1RYOA 1SDXA 1XVYA 1BKAA 3PPQA 4UA8A 2VP1A 2PT1A 5ITOA 2O1LA 1VSOA 2DOJA 3IOVA 3O2AA 3VVEA 1GVCA 2DWJA 4RA1A 2Y7RA 2R71A 4TLMB 4AB6A 4QFLA 3O6HA 5I2KB 4MF3A 3OD7A 3TAJA 3OOAA 3D4CA 3USDA 1LCTA 3RY3A 3TUSA 3O29A 3TTMA 3HPIA 4H8IA 1FQEA 4X48A 4RPOA 1I6AA 1ZKBA 3S9MC 3K1NA 1QUKA 3T9XB 4I9DA 1NH7A 3EN3A 2Z8EA 4KD5A 3H03A 3DLNA 5IKBA 2OWTA 3TEPA 4DLDA 4ISUA 1QULA 2Q89A 1DMBA 1H44A 2NWJA 4G68A 4FECA 5DYHA 2O1MA 3T9UA 3G7WA 4O3CA 1Y20A 2F7BA 3DP6A 4X9TA 2F6PA 2P1SA 4PQJA 3IOTA 1P1OA 1NL5A 3VXCA 3K1PA 1AMFA 3E3KA 1H3DA 4OTEA 1B5IA 3U8QA 1GV8A 2H5YA 3THIA 3KGCA 3PUVE 2XX7A 2REGA 5LOMA 1IITA 1BTJA 1URDA 1LSTA 1O7TA 1JW1A 3N94A 3T96B 4JDFA 3MZ1A 4F1VA 4ZECA 4R2BA 3MVYA 3CVGA 1Y3NA 3AXFA 3O6GA 1MS7A 2OZZA 2QS1A 4ZEKA 2FA7A 1MDP1 2DVZA 1O64A 4IO7A 3CR9A 4PFWA 1PB9A 1US5A 1NKXA 5I2KA 3W15C 4DE8A 3M3FA 5K2YA 4OYVA 1QUJA 4E0XA 3KZGA 1B5JA 2Y84A 3V83A 2Q88A 3KSJA 2G29A 5CBRA 5FTHA 1MQGA 3Q27A 2QL3A 1A40A 5I58B 1B4HA 1LAXA 2Y7WA 5J1DA 5ITPA 2QRYA 3C33A 1MM6A 3R6UA 3LSXA 2R9JA 1A8FA 1QUIA 4ELQA 3K0VA 1NNPA 2AYSA 5DVIA 2Z8DA 2UVHA 4KHZE 5ICQA 1OVTA 4H1XA 5DEXA 1D9VA 3N6UA 1MY2A 1F9BA 2GRVA 2H4IA 3CI8A 2DS9A 2XXPA 2F7AA 4KFQA 5TPAA 4XKQA 3PV0E 3K4UA 1P1WA 3EHTA 5F1QA 4RY1A 1NH8A 1UTHB 4DIGA 3RTFB 3S9NC 1MXVA 1USYE 2DQVA 4OWDA 3W9WA 4QFNA 4FORA 1P1NA 3KJTA 1ELJA 4XIGQ 4BDMA 2NUVA 5CI5A 1S9TA 5KCJA 3IL1B 4LQ5A 3E13X 1ZU0A 1B0LA 3MP6A 4OZ9A 3DP8A 1URGA 4ONYA 3KJ7A 2YJPA 1N7XA 5JEIA 5CBSA 5I84A 3PPNA 2OCUA 4GQOA 2HXWA 3TFLA 3G3FA 3I5OA 4JWYA 3ONMA 5L9MA 1PBPA 1BLFA 1CB6A 4Q8RA 4OEUA 1Y3QA 2V25A 3ECRA 1LCFA 3G3IA 1WVJA 1JVYA 3KEIA 5I58A 4NEDA 1Q1KA 5EHMA 2XXHA 1MXUA 4R6HA 1HSEA 3VLUA 2DSFA 4IY5A 4ZEDA 2X7PA 4KI0E 2OWSA 2I58A 3N5LA 2Q8JA 2F35A 2RKMA 3RNNA 2Q2CA 2XXWA 4LUBA 2O7UA 3UP9A 4ND9A 1XT8A 4OFJA 4GLIA 2UVIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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