3EPEA

Crystal structure of the glur4 ligand-binding domain in complex with glutamate
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
TVVVTTIMESPYVMYKKNHEMFEGNDKYEGYCVDLASEIAKHIGIKYKIAIVPDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKAEIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLAKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVYEKMWTYMRSAEPSVFTRTTAEGVARVRKSKGKFAFLLESTMNEYTEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGVATPKGSSLRTPVNLAVLKLSEAGVLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Correlating AMPA receptor activation and cleft closure across subunits: crystal structures of the GluR4 ligand-binding domain in complex with full and partial agonists
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor 4,Glutamate receptor
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 80
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-09-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3epeA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3epeA02
5TP9B 3M3KA 3PMXA 4C1UA 4EXKA 1USYH 1YCJA 2R6GE 3SEUA 3SEYA 5F1QA 3B6WA 1SW4A 2HAVA 3OEMA 5K2XA 3W15C 1Y1MA 4FIMA 3U93A 3CG3A 3VLUA 3FVNA 4N13A 3UN6A 1LGBC 3VVEA 4OERA 4GL0A 3I6VA 1Y4TA 1NNTA 1A54A 1SW2A 3EHUA 1QW0A 1J1NA 2I3VA 5AA2D 2OLBA 3GXAA 2FA7A 3K6XA 2V25A 1I6AA 3TQLA 1MY3A 2F7BA 4TOZA 5CMKA 3BFUA 1B5IA 1GTKA 4F2OA 4ZZAA 4UA8A 3CIJA 2AIXA 1N7WA 4EQ9A 3EHSA 1ATGA 2RINA 5FTHA 3TTNA 1MY0A 3PUVE 2DOJA 3JYRA 2HCAA 3Q29A 3N6TA 3AXFA 1NNPA 3KOTA 4EXLA 1O7TA 4BLAA 4GXAA 2I48A 3L6HA 4DXBA 3Q26A 1LSTA 3HHGA 3PD8A 1EZPA 3K6VA 4GLIA 5H8NA 4YKKA 2E1SA 1RYOA 3LSLA 2RC9A 4GD5A 1B3HA 1JETA 4NMYA 5DEXA 1M5FA 1MY2A 1UTBA 5CMMA 2Z8FA 1MQGA 1M5BA 4R6KA 3KEIA 2AYSA 2VGQA 4TQUQ 4XKNA 4KPTA 1TFDA 4FATA 2W7YA 3V89B 3OENA 4E0XA 5L9MA 2HQ0A 3TELA 1JEVA 1D9YA 1MG1A 5F7VA 4OEVA 1L5TA 1BKAA 1TWYA 1KWHA 4EQ7A 2FNCA 3ZKLA 1FQEA 1QKAA 5I2KA 3RN8A 3OO6A 2F8DA 3MVZA 4F39A 1USYE 3K6UA 3IOWA 3H6TA 4R75A 4FEDA 4OHNA 1OLCA 3E4RA 2V84A 3QUFA 3FASA 2Q89A 4R74A 1VR5A 5H8HB 4BDRA 3FD3A 3QYTA 1O63A 3USDA 3UA8A 3SEXA 3CFXA 3GBAA 4GFRA 3WAFA 4H8JA 2XXTA 4AB5A 3OMBA 3H7MA 1FTOA 5FHMA 3MZBA 4IO2A 1LFGA 4LQ2A 2PMSA 1IQ7A 2GH9A 4R6HA 1MPDA 3S2VA 3G3GA 2QMXA 4OFJA 1LBCA 3CFZA 4F3BA 2F5XA 3CG1A 1SI1A 4U23A 4EDPA 3T9XB 4XKQA 4NF8A 5DEXB 3SESA 3OEKA 4RY1A 1DSNA 1UTBB 4H0WA 2Y7RA 3MPKA 2I0CA 3O97A 1BTJA 3N94A 4H65A 3UP9A 4QFKA 1D9VA 2F7AA 1JNFA 3FXRA 2DE4A 1XVYA 3FVKA 3BFTA 1A40A 4PFTA 2F78A 1XC1A 2REJA 2B3FA 2ZMBA 4M1VA 4GVOA 2OBGA 3IO6A 2QL3A 5H8FA 4F22A 2Z8DA 2F6PA 4R2FA 2RCAA 2PX1A 1MXXA 3T9UA 1BP5A 4MF3A 2CZLA 3OOAA 4QFNA 4E0WA 4IO6A 3OELA 1PB8A 1I6QA 5M2VA 3EN3A 5AA1A 5I2KB 4X9TA 3U72A 4ELOA 3HV1A 3KZGA 4I62A 3O6GA 1IXIA 2Z22A 2P0SA 5I56A 3C4MA 4Q8RA 2HEUA 1MH3A 2ONRA 5H8QA 4G68B 2YJPA 4MLQA 1LBBA 4NF5B 3DM0A 3RUMA 1PBQA 1LCTA 1FQFA 5ITPA 1H76A 1NFTA 3FJGA 3U1OA 2F36A 1H45A 4O3CA 1H43A 1NMUA 3TCHA 4OZ9A 2Q8JA 4DCYA 3LR1A 4YICA 4QFOA 3RGYA 2QRYA 3TCFA 1B51A 1B7UA 2ABHA 4Q5TA 3C36A 3MW0A 4GQOA 1SBPA 5J1DA 2ALUA 1JEUA 4BDLA 1MXZA 4U4XA 1DTGA 1B1HA 4OQOA 4H8IA 2V3TA 1MXYA 4G8MA 4F1UA 3ODBA 5TP9A 4PFYA 5I58A 3FV2A 3S9MC 4ESWA 3RT6B 3H6VA 3A3UA 1A99A 1N0TA 3SDFA 1MS7A 2R71A 1PB7A 4HW8A 1LB9A 2XXQA 3DP4A 5H8FB 1NKXA 3B6TA 3Q25A 3KJ7A 4H6DA 2P2AA 3TKDA 1IIWA 2X7PA 2F6GA 1B58A 1M5DA 2V3QA 2VOZA 5ISUA 4UACA 5TPAB 5CBSA 4U1ZA 4HCWA 4GF8A 2RC8A 3GBBA 1LFIA 2DWAA 1SVXB 3TFLA 3V5AA 1UQWA 1B40A 4RNSA 3MZ1A 4P0IA 1BIYA 2DE2A 4R6YA 1N84A 2XXIA 1MXUA 3TDJA 2I49A 2REGA 1RYXA 1NH7A 3IJOB 2NWJA 1R6ZA 1P1NA 3QIMA 2OK2A 2DYXA 3H03A 5KZTA 1B0HA 4ND9A 4QHQA 4F19A 1ANFA 3VVFA 4ZEKA 4KYSA 5DVIA 3H3GA 2AL4A 2O51A 2H98A 4ELQA 3BBRA 4EF1A 3EPEA 3JZJA 1LCFA 3RTWB 1GVCA 5I58B 1VE4A 4ZEDA 2I4CA 2WKYA 3ZS6A 4POWA 3FGSA 5HBCA 4OENA 3ZKKA 5KDTB 2I3WA 3FJMA 3S9LC 3PV0E 2DSFA 4G68C 3MAMA 2DE3A 4NTLA 4RK2A 3A09A 1N04A 1HSJA 1LAXA 2Y7WA 5CI5A 3KG2A 3OO9A 2Z23A 4LVQA 5EHMA 1DPPA 4JSDA 4NF6B 4F3PA 1MRPA 1DMBA 2Z8EA 2THIA 5KCJA 1SDXA 1D3KA 3N26A 2ESNA 4RYAA 2XX8A 3EF7A 4R9FA 4XIGQ 5H8HA 2ANJA 3RT8A 1PEBA 2V3UA 3A3CA 3VE1B 4DXUA 5JTYA 4G8NA 4ZEFA 2XXUA 5AA4A 1LB8A 1S7YA 3PD9A 3GZGA 1MPCA 5TU0A 4KYEA 1FQAA 1LAFE 4KQPA 1PB9A 1Q35A 3EHTA 2XXPA 2CMOA 2DQVA 4RK9A 3IOUA 1MDQA 4BDMA 2P1SA 1CB6A 1XVXA 1NNFA 3QUJA 1S50A 5HPQA 1F9BA 4OVJA 2DS9A 1N3WA 4OEUA 2Y7PA 4GRKA 3IO4A 1N76A 3LUYA 3Q28A 1MQHA 2XXWA 2RKMA 5CMCA 4WEDA 4OYVA 5LOMA 2ZXTA 1POY1 1B46A 2Q2AA 3D4CA 3T9HB 2UVJA 3ZSFA 1QUKA 4F29A 1AL3A 1MM6A 4DXCA 3QSLA 2QS2A 2E0SA 3KFMA 3LC8A 3IAZA 4XXUA 2XD2A 3T9VA 3H6WA 1Y3PA 2UVHA 4F3GA 1SW1A 1WDNA 3QK6A 1P99A 4R9GA 3H4ZA 3WAEA 5KCJB 2O84X 1VFDA 1H44A 3THIA 3K01A 3QAXA 4OXVA 1B0LA 4KCDA 2I0BA 4G68A 3MBPA 4NF5A 1IXHA 3VLWA 1B2HA 5JTYB 4IO5A 2ZNSA 3CVGA 5AA4B 4LA9A 1XHYA 3TQWA 1ZLQA 1IEJA 2XXRA 1A55A 1B3EA 1LLSA 5DVJA 4PQJA 1QKBA 4ECFA 3KN8A 1B7ZA 4JB7A 3KSXA 2OZZA 2Q2CA 4LONB 4MH5A 3G3HA 1FW0A 4JXIA 4NWDA 3LBSA 3K02A 3UK4A 3E13X 4U4SA 3TCGA 3TEPA 4U21A 3S9NC 2O6AA 3O66A 2B65A 2F7CA 4KI0E 4F1VA 5L8DA 4PFWA 1NNKA 4R73A 1WODA 3MVXA 3D4GA 3FIRA 1D4NA 2QS1A 4JDFA 4NWCA 3RTFB 1ELJA 4GWOA 2O1LA 3MZ9A 3C31A 1JW5A 4WEPA 1FTMA 1FCKA 2GHAA 1TXFA 1XOCA 4YKJA 2YPNA 2Q9TA 5JEIA 2PVUA 3KOSA 4IB2A 4GOTA 2ZNUA 2OWTA 2IEEA 5HM4B 1TT1A 3C9HA 3W9VA 1Y4CA 1FTLA 3TTKA 4DCXA 1R1NA 5TPAA 3HHFA 3VFJA 1B32A 1JW1A 2LAOA 1B7HA 4AB6A 3TMGA 2O7IA 3C34A 2VP1A 1Y3NA 1O64A 4IO4A 4PFUA 4ZZEA 3MQ9A 3PUYE 4FJPA 5AE4A 3R26A 4FEBA 4KHZE 3CRBA 3T22A 4ONYA 3IL1B 4GXSB 2QPQA 1OMPA 2PBWA 4IGTA 4IGRA 1P1UA 3MVYA 4EF2A 1GR2A 4LUBA 4LQ5A 1UIUA 4X48A 2UYEA 4MFIA 3TAJA 4C0RA 3IJXB 3OSQA 4ZE8A 3O2AA 4I8CA 1MH4A 4NF4B 3RLFE 4GL8A 4BDOA 4ZE9A 4R2BA 2PYYA 1SYHA 2F34A 2NVUB 3KN7A 3K4UA 4I1DA 4ELRA 2DWIA 3MWBA 1Z7ME 3G3FA 3MP8A 3FUZA 3PMVA 1MXWA 4O3AA 3U92A 1URGA 1CE2A 2I4BA 2UYFA 5I2NA 4YB5A 3S9EA 1URDA 4QF9A 3K2DA 5KDTA 5CM6A 3G3JA 1IXGA 3CFLA 1I6BA 1VSOA 1FQDA 3LSWA 3PPRA 4H5FA 4G4PA 2H4IA 2NOOA 3MJNA 3M3FA 1OLAA 3C32A 3VXBA 4O3BA 1B5JA 4NF6A 1ZJLA 3SKPA 1S9TA 1FTKA 3S4UA 2GFEA 1ZBMA 1B4HA 1LFHA 3K1MA 4F3SA 4OMBA 4RXLA 4MLVA 4WKMA 1B3FA 2DWJA 3U8QA 3R7XA 2QS4A 1YTVA 2B3BA 4RJZA 4C1TA 2QMWA 3H6UA 2HZKA 5L9OA 1B05A 4Q0CA 2H99A 1GV8A 3PMWA 3PUXE 5AA2B 4ZEIA 4M4GA 3TODA 1EZ9A 1ZU0A 2XHDA 3DP8A 3TZAA 3IB0A 1GGGA 1Y1ZA 3O9PA 3RY3A 1A8EA 4K3FA 5L9SA 2PT2A 1OQHA 2R9JA 1Y20A 1P1QA 2A5TB 3SEVA 4IY6A 4ZS9A 4AQ4A 3K1NA 1N7XA 2D21A 3B7DA 2VD3A 2O7UA 5I57B 4ZEBA 5FHNA 2D3IA 4ZECA 5I2NB 5IKBA 4LZ5A 3K1PA 3ECRA 3IK6B 4QFLA 5A5XB 2XXVA 4EUOA 2XXHA 3IB2A 4U1OA 3BKIB 4YAHX 3IX1A 2Y7IA 1FTJA 1JVYA 3V83A 1JQFA 1XT8A 4RA1A 3K0VA 2NUVA 3CI8A 3P7IA 5ICQA 4YB6A 2VHAA 3T93B 5K2YA 1DOTA 3M3LA 3VLVA 4LZ7A 5FHOA 3N5LA 1SQYA 3HSTA 1NH8A 2DWHA 5DT6A 5I84A 1R9QA 4KCCA 4ELPA 3IOTA 2Y84A 2DVZA 3VXCA 3TTRA 5DTBA 3PPPA 3C35A 4WXJA 3PPQA 1Y9UA 3DLNA 2ZNTA 3FVGA 4FAJA 3H06B 4F18A 3RNNA 3FATA 4JBZA 4N07A 3O6HA 3TYHA 2O68A 4KD5A 1MY1A 4PP0A 3UGWA 4YMAA 2F97A 1AH5A 1Y3QA 1B3GA 4QRZA 3O28A 3HO7A 4YB7A 4L17A 5ITOA 1ZIUA 1EZOA 5CC2A 1MXVA 5EYFA 3DELB 1P1OA 2HAUA 2UVIA 4R72A 2X26A 4U2RA 2KLFA 3G3KA 4LP2B 3E3KA 2AL5A 4OFLA 4IO7A 3T96B 4X1BA 3FZVA 1MQJA 1FQBA 2BJJX 1NL5A 2PT1A 3IOVA 3TTMA 3ONMA 3MP1A 4JWXA 2O1MA 4YU0A 3GLBA 4KFQA 1YAEA 1IXCA 5DVFA 1UIVA 1Z7NE 2HXWA 3M8UA 3UIFA 4BDNA 4IY5A 1UTHA 2ONSA 1JVXA 2OCUA 1DTZA 1FQCA 4G2ZA 1RKMA 4LZ8A 5I59A 2RC7A 4DE8A 1OIBA 3IORA 5CRYA 2QJEA 1OVBA 3KN3A 2HFBA 1T0KA 3HCQA 3QXMA 3KJTA 4POXA 2HZLA 2DXRA 3TTLA 3IB1A 2RCBA 3FXUA 5ELVA 1EH3A 1P1WA 4LATA 3FVOA 3B6QA 2FYIA 3FXQA 3LSFB 1IITA 4U22A 1B4ZA 3K00A 3HPIA 1LAGE 4KYDA 1SW5A 4PE5B 4NF4A 4G77A 4F31B 3O6IA 3VVDA 2I58A 3TUSA 1MM7A 3E9XA 4QSEA 1WVJA 5H8NB 2IA4A 3O29A 2Y7KA 2RF1A 1QVSA 1EU8A 4Q30B 1ZMGA 4FE8A 4ZDMA 5DYHA 4H1XA 3CSBA 1H3DA 4P0GA 1BLFA 2V93A 5B70A 5CMBA 3VV5A 1QULA 3U94A 4H5GA 2X7QA 4JWOA 1M5EA 1A8FA 3MVWA 4KR5A 4ESXA 5AA3A 4PETA 2DVCA 1IUDA 4X1DA 1UTHB 4MBPA 5IAIA 1ZTYA 4FECA 4EQBA 2G29A 5I59B 4XKRA 4HTGA 1AIVA 3MP6A 1B52A 4YMBA 2XX9A 2F35A 3PUWE 3OO7A 2ZYNA 4N6PA 2Q88A 3C33A 2YLNA 4TLMB 2ZYMA 3LSXA 3EQ1A 5BUUA 2ZYOA 3SEWA 1XS5A 1OVTA 2XD3A 4G8HA 5AA2A 3R6UA 4OWDA 4RPOA 2M8CA 1TFAA 3PGFA 1B3LA 1M5CA 2GHBA 4GIZA 5B7DA 2GRVA 3PPNA 2UXAA 4H67A 3MC2A 3VDFA 1SYIA 1VFEA 3L6GA 2ZYKA 4XKPA 3HN0A 3OD7A 2ONKE 5JK4A 1QJMA 3KSJA 4OTEA 2D5WA 3SETA 3SERA 1MDP1 5EHSA 4Z7EA 3T66A 1AOVA 1HSEA 2A5TA 1URSA 4F2QA 4Z0IA 2XXYA 3MPLA 2QSXA 3UORA 5I57A 3Q27A 1QUIA 1B6HA 5CBRA 4NF8B 4DZ1A 3ILUB 3OO8A 3G7WA 3OSRA 1I69A 5A5XA 5BWJA 4YKIA 5ICTA 2VD2A 3PUZE 2QS3A 3JV9A 3I5OA 2G93A 2H9BA 3MUQA 2XX7A 1US5A 1II5A 4HCYA 1IZ1A 3FV1A 4JWYA 3CR9A 2NXOA 4YZZA 1B1XA 1PBPA 4DIGA 1N3XA 3G3IA 1R9LA 4QFPA 4F1YA 1YPNA 4QSDA 1PC3A 5FTIA 5H8SA 4IO3A 4YKPA 4P11A 4FORA 4THIA 4OETA 4XTCQ 3V8XB 3N6UA 1QUJA 2O69A 4DLDA 5I56B 2DXYA 2DP8A 3OXNA 3DP6A 4RPNA 3W9WA 1DPEA 3PPOA 5H8QB 4DDDA 4I9DA 3FJ7A 1POTA 2A5SA 3I3VA 1MQIA 3CSGA 3ILTB 3PU5A 1HSLA 2OJTA 3IR1A 4QSCA 1LAHE 3F11A 1PDAA 1Q1KA 2I6EA 1OQGA 1JW4A 3RPWA 1SI0A 4NE4A 4BDQA 1B5HA 3KBRA 4JSOA 4OESA 1MQDA 1B9JA 1MPBA 4ISUA 2H5YA 1A7LA 3KGCA 2H25A 4TLLB 4OFOA 1ZKBA 2UVGA 1MY4A 1SD3A 3K6WA 1AMFA 1US4A 3TPAA 2OWSA 4NEDA 3RQTA 2XXXA 4HS7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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