3G3IA

Crystal structure of the glur6 ligand binding domain dimer i442h k494e i749l q753k mutant with glutamate and nacl at 1.37 angstrom resolution
Total Genus 84

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
256
structure length
255
Chain Sequence
NRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLELSTHLGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREEVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITLAILKLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCP

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
EMPTYS1 (6-10)TVIII2 (81-84)S3 (32-33)TVIa1 (13-16)3H1 (28-31)AH1 (35-47)S4 (51-55)TI1 (56-59)S9 (134-138)AH2 (73-80)AH3 (94-98)AH5 (142-149)TIV2 (65-68)TI2 (66-69)S13 (215-222)S5 (85-92)O3 (203-257)AH9 (226-241)S6 (100-102)TIV3 (105-108)S11 (186-191)S7 (107-109)S12 (205-208)S8 (111-116)TI3 (202-205)AH7 (174-183)AH4 (124-129)TVIII3 (131-134)AH6 (153-169)O2 (184-186)AH10 (243-252)AH8 (192-200)TIV4 (200-203)TII2 (222-225)S2 (18-19)TII1 (138-141)S10 (170-171)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
publication title Stability of ligand-binding domain dimer assembly controls kainate receptor desensitization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 2
total genus 84
structure length 255
sequence length 256
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3g3iA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3g3iA02
2Q8JA 3H6UA 3A3UA 3VVFA 4H5GA 4IY5A 2I58A 3OEKA 3FJ7A 3N6TA 4EDPA 2DP8A 3FVGA 1MQJA 4FECA 4ZEFA 4I8CA 3OEMA 1B7HA 1Y1MA 2XXYA 3M8UA 3EQ1A 3K1PA 1B7ZA 4IGTA 2UVIA 3CSBA 2P2AA 1MXZA 1MXVA 1AIVA 2ESNA 1JEUA 4F1YA 4GVOA 1LSTA 2IA4A 1TFDA 3IX1A 2H99A 2REGA 1B40A 3BBRA 4R9GA 2XX7A 4Q5TA 3IAZA 5DEXA 4HCWA 3S4UA 5I56A 1NH7A 2I6EA 4R6KA 1ZTYA 4YKIA 1LAGE 3C32A 3C4MA 2CMOA 3UA8A 2H4IA 1F9BA 1J1NA 4QFLA 4PE5B 2AIXA 1N3WA 2V3TA 4EUOA 3MVZA 3CI8A 5I2KB 1P1QA 3PMXA 1AH5A 5CMMA 5AA2B 5HM4B 5HBCA 3LSLA 2F5XA 2RC7A 1B58A 1YCJA 2Z8EA 3FGSA 4EQ7A 1B3HA 1QKAA 4OWDA 1M5EA 3V8XB 3EPEA 1EZPA 5L9SA 4GL0A 3O97A 3FVOA 2Q9TA 3C35A 5JTYB 3OENA 4RYAA 3OMBA 2GRVA 4FEBA 2ZYKA 1R6ZA 1DSNA 1VFDA 3R26A 4ESXA 3K0VA 2F36A 3D4CA 4BDRA 1ELJA 3USDA 3KBRA 4HCYA 3PD9A 4F29A 3DELB 1LFHA 3CFLA 1QUKA 3HHGA 4YKKA 4YB5A 3MVYA 3GBAA 3H6VA 3K1MA 3U92A 1LAHE 2I4BA 1MS7A 3K6XA 3G3JA 5I57B 3KGCA 3GXAA 2QS2A 3DP6A 3S9LC 2QS3A 5IAIA 1MPDA 4RPNA 3TCHA 1FW0A 4U22A 2I3WA 2F8DA 3VVEA 3EHUA 1PEBA 3B6WA 1MDQA 3TUSA 2UYFA 1Z7NE 2XXHA 4OQOA 3ECRA 4OFLA 3MZBA 2DWIA 2Z8DA 1P1OA 3CFZA 3H3GA 1VFEA 4X9TA 2ABHA 4GLIA 3B6QA 5I59A 4OMBA 4P0IA 4F3GA 2ZXTA 4EXLA 4U4SA 3U93A 2V84A 3L6HA 3CFXA 4U2RA 1MRPA 4NE4A 2F34A 3EHSA 5TPAB 2UVGA 1Q35A 5KCJB 4F18A 2DWHA 1II5A 1IEJA 3IOVA 3U94A 1B1XA 1FTLA 4GXSB 3TTKA 2Y7IA 4PFYA 2QL3A 3F11A 1LB9A 2Z8FA 3I3VA 1JNFA 5CRYA 4LZ8A 3QYTA 4F3BA 4FEDA 1TWYA 2QS1A 4I1DA 3TPAA 1WODA 2F7BA 3MVWA 1IZ1A 1MQDA 4R6HA 3PV0E 2ZNTA 4RA1A 3SDFA 3U72A 4H5FA 3QIMA 4AB6A 4XKNA 4GL8A 3Q26A 1FQCA 1MG1A 4R72A 1MXYA 1SI0A 3C31A 3SERA 1VE4A 1LFGA 1B4HA 5I58B 1A7LA 2HZLA 1LB8A 3OO9A 1DTZA 5CMBA 4E0XA 1PBPA 4MFIA 3OXNA 2D21A 3IB0A 3VLVA 1FTMA 1ZU0A 4KPTA 2BJJX 4QFKA 3SEXA 5CMKA 2Y7RA 1I6BA 2PMSA 1IUDA 1OLAA 4POXA 1PBQA 4YAHX 5H8QA 2O6AA 4R2BA 3KN3A 4H0WA 3V89B 3IORA 3W15C 4AB5A 4H6DA 4ELOA 1GR2A 1GGGA 1UTHB 3CR9A 3VLWA 5F7VA 4NF5A 1LCFA 4Q0CA 3Q25A 3OOAA 2B3FA 2XD3A 2Y7KA 4NF6B 1USYH 1GTKA 2ZMBA 2P1SA 2QPQA 2XD2A 2I0CA 3TTRA 4KQPA 1B52A 5AA2D 3MP1A 1FTOA 2YLNA 3RTWB 2O68A 1Y4CA 5JK4A 4JSOA 1S50A 4QSCA 1M5CA 2OWTA 5ISUA 1B5JA 1R9LA 2V93A 3OO6A 1R1NA 1TXFA 3MZ1A 4ONYA 2DOJA 3MC2A 1OQGA 5AE4A 3UGWA 4HS7A 3G3IA 1O63A 2O7IA 5K2YA 2DWJA 1N7XA 1QUIA 1FQBA 4LA9A 4QF9A 5JEIA 3MAMA 3PUZE 1US5A 4DCXA 2VOZA 3SESA 2I48A 3T9UA 2DXRA 4H65A 4MBPA 3E4RA 2I0BA 2I4CA 4X48A 3PPPA 3IR1A 3MUQA 3K2DA 5CBSA 3VDFA 5A5XA 4YMAA 1PB9A 4OVJA 5H8FB 3B7DA 5TP9B 1MPCA 3IL1B 4JXIA 1CB6A 1WDNA 4WXJA 3QSLA 4DIGA 1D3KA 3G7WA 4N13A 4R9FA 4GIZA 2VP1A 4XIGQ 3PPRA 4BLAA 3IOUA 1ZMGA 2OCUA 4RNSA 4NF8A 3UN6A 1EZ9A 2REJA 1Y9UA 3Q28A 4G4PA 3S2VA 2DE2A 1Z7ME 2OK2A 3W9VA 2RF1A 5I2KA 5AA2A 3R6UA 1UTBB 3ZKKA 3BKIB 4QFNA 3RTFB 4TLMB 3PPQA 1JVXA 4DXBA 3HN0A 4Z7EA 4LQ2A 4O3AA 4Z0IA 2R71A 1S7YA 3E9XA 4XXUA 4FJPA 4E0WA 3QXMA 3VLUA 2ALUA 1SW4A 1NNTA 5BUUA 1B5HA 4PFUA 2DVCA 1B9JA 1B3FA 4NF4B 5CC2A 5JTYA 4YB7A 3JZJA 1JVYA 3FVNA 5DVIA 4MLVA 5AA3A 3UP9A 3KSJA 2CZLA 4O3BA 3V83A 1FQDA 1N0TA 1DTGA 3BFTA 1UIVA 4JWXA 2PYYA 1L5TA 2F7CA 2A5SA 3MJNA 3FXUA 4G8HA 3K02A 1PB7A 3C34A 4THIA 3CIJA 4LP2B 3IK6B 1MXUA 3L6GA 3GBBA 3VE1B 5I57A 4OXVA 2ZNSA 5H8HA 3EHTA 5I2NB 4OEVA 2RC9A 2B65A 4LQ5A 1YPNA 1LBBA 1AOVA 1BTJA 4EQ9A 4KCCA 1TT1A 1FQEA 3C36A 5LOMA 2RCAA 3D4GA 4QSDA 4RJZA 2AL5A 4EXKA 2RINA 3K6VA 4U1ZA 4ZZAA 1JW5A 1P1NA 1OMPA 3KJTA 4BDLA 3MP8A 2O1MA 4IO5A 5H8NB 2DYXA 3KEIA 2X26A 3OELA 3W9WA 2DWAA 3K6UA 4ISUA 3THIA 4FIMA 1FCKA 3GZGA 3RPWA 3T96B 4F19A 3WAFA 1JETA 3K00A 2F97A 3N6UA 4EQBA 1DOTA 2Y84A 4N6PA 1AMFA 1IITA 1UIUA 3PD8A 2QMXA 3FXQA 1CE2A 1Y4TA 1B05A 5TPAA 1H3DA 3C33A 4KHZE 1N76A 3MBPA 1M5FA 1A54A 1NMUA 1MM7A 1MQHA 4F31B 2A5TA 2VD3A 1IXIA 1B0HA 2XXVA 1I6QA 4F3SA 3FVKA 4GRKA 3PUVE 2F6GA 1MY3A 4OENA 4TLLB 1D4NA 3O9PA 4K3FA 3RT6B 3IOWA 1LAXA 2W7YA 3R7XA 5B70A 4U23A 2UVHA 1M5BA 2V25A 4IO4A 3TCGA 1MY4A 2RKMA 3H4ZA 5AA4A 3G3FA 4FORA 4G68A 2DS9A 5M2VA 2HQ0A 4Q30B 4IB2A 1XOCA 2GFEA 2F7AA 3IB2A 1A8EA 3TYHA 3G3GA 1Y3PA 5I58A 3TCFA 1HSLA 1H76A 3H6TA 2E0SA 3PUWE 1SW1A 4NMYA 3QUFA 3FIRA 1B4ZA 3FJMA 3LBSA 1LBCA 4H8IA 2F6PA 3O6GA 3ZS6A 3KZGA 3ONMA 3FUZA 2R6GE 1D9VA 1QVSA 4PFTA 1QKBA 1FTJA 3JYRA 4UA8A 4ZEIA 3TZAA 4RY1A 3HV1A 3LR1A 4WKMA 4ZS9A 1N84A 1OVTA 2O69A 3LUYA 1UTHA 4ELQA 2XX8A 4PQJA 3HO7A 1FTKA 3A3CA 4XTCQ 1QULA 5EHMA 2H25A 4JSDA 1Q1KA 1MH4A 3DLNA 3LSXA 4NF6A 3FZVA 1URDA 3KSXA 3QUJA 4IO7A 3DM0A 4QHQA 1DPEA 4GXAA 4N07A 2XX9A 1MM6A 3H7MA 1B5IA 3SETA 4DCYA 4BDOA 2NOOA 2XXUA 4DLDA 3K01A 5ELVA 2KLFA 5DT6A 1IIWA 2ONRA 2Q89A 1DMBA 4KR5A 3TFLA 1PDAA 1D9YA 1JQFA 4NTLA 1MXXA 1NNPA 4YB6A 4OERA 1QJMA 4R73A 4HW8A 2Z23A 4ZEBA 2O51A 1OQHA 1MXWA 3PMWA 1RKMA 3T9XB 5H8SA 3I6VA 4TQUQ 2FYIA 1YAEA 5ITOA 1MQIA 4ZZEA 3ZKLA 5DTBA 4G8NA 1RYXA 1A99A 3PUXE 3CSGA 1B51A 2XXRA 3VV5A 2ZNUA 4PETA 1POY1 3OO7A 1YTVA 4G2ZA 3FJGA 4PFWA 4R2FA 4F2OA 2QRYA 1LFIA 2O84X 2O7UA 2PVUA 5HPQA 2ANJA 5H8FA 5TP9A 4ESWA 4QFOA 3ILTB 2Q88A 4GF8A 1I69A 3VXCA 3OD7A 4RXLA 3HSTA 3KOTA 3OO8A 2V3UA 4X1BA 3O6IA 3H6WA 5CI5A 3Q27A 3QAXA 1Y20A 1XHYA 3TTLA 1LAFE 1LLSA 4OFOA 2OWSA 2UXAA 3C9HA 1S9TA 3JV9A 3SEUA 1BIYA 1IXGA 1SI1A 3MPLA 4FE8A 1SBPA 2H5YA 3ZSFA 3O28A 5DVJA 4IGRA 1UTBA 4QRZA 3H06B 3TTNA 2HCAA 1UQWA 2OLBA 3FXRA 3T66A 1QUJA 4MH5A 1B6HA 2LAOA 5DVFA 4BDMA 2XXQA 1B46A 3QK6A 2QSXA 2HAUA 2THIA 4IO6A 3EN3A 5TU0A 1H44A 2RC8A 1B0LA 1MY0A 4NF4A 5F1QA 2F78A 1B2HA 4IY6A 3S9NC 1Y3NA 2NUVA 3N26A 3HCQA 3PMVA 1P1WA 1EH3A 1NFTA 2D3IA 5AA1A 1NNFA 2Q2AA 1XS5A 5ICQA 2DQVA 5EHSA 5KDTB 3S9MC 3OSQA 4H8JA 2XXIA 2OZZA 3IB1A 3VVDA 3WAEA 1US4A 1B3EA 3RUMA 3TQLA 3G3HA 4LZ7A 1URSA 3KN8A 1H43A 1JW1A 4OTEA 1A55A 5I2NA 3Q29A 3VFJA 4R6YA 4ECFA 2GHBA 3RN8A 4NEDA 2OJTA 2I49A 3IJXB 1OLCA 4ZEKA 3O66A 4KFQA 4KYEA 4I62A 1USYE 3SKPA 3I5OA 5B7DA 5KZTA 4I9DA 5H8NA 1Y1ZA 3M3LA 2FNCA 1SD3A 3N94A 1B1HA 3HHFA 4FAJA 1RYOA 4OFJA 1GV8A 1HSEA 1ZKBA 2DSFA 1PC3A 3KG2A 2O1LA 4XKQA 5CM6A 4G77A 1P1UA 4YKJA 5A5XB 4RK2A 4DXUA 2YJPA 4UACA 4YZZA 3K1NA 4MF3A 3A09A 2HEUA 1XC1A 4MLQA 3LSFB 1SW2A 1XT8A 3MW0A 4HTGA 4GQOA 3TMGA 5IKBA 1N7WA 4PP0A 2GHAA 4JWOA 3S9EA 2Y7PA 2WKYA 2QMWA 4F1VA 4NF8B 1EU8A 1JW4A 1Y3QA 1P99A 1EZOA 1POTA 1FQFA 3PGFA 1N04A 4KYSA 5J1DA 4GWOA 1OVBA 4ND9A 3FV2A 2XXXA 1O7TA 5L8DA 4BDQA 3BFUA 4OESA 3CG3A 3TDJA 3FASA 4P0GA 2VGQA 2AYSA 3AXFA 1N3XA 2HZKA 4GOTA 4XKPA 4Q8RA 1NNKA 4L17A 3TELA 2PX1A 2Z22A 4C0RA 3RT8A 2QS4A 4LONB 4TOZA 1IXCA 2P0SA 5KCJA 3MQ9A 4DE8A 5CMCA 3UK4A 5DEXB 3KOSA 3OSRA 5I56B 3T93B 1WVJA 2R9JA 1VSOA 3ODBA 3IO4A 3H03A 1MPBA 3T22A 1MDP1 1M5DA 2G29A 3T9VA 3TKDA 4RPOA 2QJEA 2D5WA 4M1VA 1BKAA 4YKPA 5H8HB 2AL4A 2ZYNA 4OETA 4P11A 3PPNA 4QFPA 4OYVA 1T0KA 3LSWA 3DP8A 3T9HB 4U1OA 3RLFE 5CBRA 3KN7A 1HSJA 3RGYA 1XVXA 4OHNA 1QW0A 4YU0A 3E13X 4EF2A 3TEPA 1IXHA 3O2AA 3TTMA 3CG1A 3ILUB 3TAJA 4AQ4A 4XKRA 2DVZA 1A40A 1PB8A 2ZYMA 3FV1A 5BWJA 4O3CA 3K4UA 3VXBA 4X1DA 3U1OA 2VHAA 2HXWA 4DZ1A 4ELRA 3O6HA 3MPKA 4POWA 3HPIA 3KFMA 4IO2A 2VD2A 2GH9A 2OBGA 3M3FA 2E1SA 1A8FA 2ZYOA 5K2XA 4LATA 2ONSA 2PBWA 3TQWA 4DXCA 4KCDA 1NKXA 4LVQA 5ITPA 1SVXB 1BP5A 4KI0E 3PPOA 4ELPA 2I3VA 4R75A 3P7IA 2NXOA 2X7QA 2A5TB 4EF1A 4GD5A 5I84A 4KD5A 1VR5A 1GVCA 4JBZA 3SEVA 1MH3A 1SQYA 3UORA 2FA7A 5FTHA 4G8MA 3PUYE 4OZ9A 2RCBA 3V5AA 1LGBC 2H98A 2F35A 3M3KA 5EYFA 3IO6A 4F39A 2DXYA 1FQAA 5L9OA 1I6AA 4NWDA 4C1TA 5AA4B 2XXPA 4G68B 1ZJLA 3FD3A 3N5LA 2PT1A 3K6WA 4C1UA 4F22A 4U21A 2HFBA 5I59B 1IQ7A 4ZE9A 1O64A 1KWHA 4OEUA 4YMBA 3RY3A 4WEDA 4YICA 1URGA 4BDNA 1OIBA 4JDFA 3B6TA 3O29A 4KYDA 4RK9A 2X7PA 4GFRA 1R9QA 1MY2A 3UIFA 2YPNA 5ICTA 1LCTA 3KJ7A 1SYHA 1BLFA 2DE4A 2Y7WA 3U8QA 1SW5A 5DYHA 3LC8A 4QSEA 4JWYA 4NWCA 2NWJA 3SEYA 1B3GA 4ZECA 2M8CA 1MQGA 1B32A 2NVUB 2IEEA 1XVYA 3RNNA 1DPPA 4R74A 5FTIA 5KDTA 2UYEA 2G93A 3IJOB 3MZ9A 3DP4A 1ZLQA 4DDDA 1NL5A 4F3PA 3TODA 3MWBA 3PU5A 4F1UA 1ANFA 3CRBA 2XXTA 1ZBMA 4ZE8A 1NH8A 3MP6A 2HAVA 4G68C 2Q2CA 5H8QB 3GLBA 2B3BA 2UVJA 2V3QA 4ZDMA 5FHMA 5FHNA 4H1XA 4LUBA 4NF5B 4IO3A 3FATA 4FATA 4WEPA 4LZ5A 5L9MA 2DE3A 4JB7A 1ATGA 3SEWA 4ZEDA 2PT2A 3EF7A 1SYIA 1JEVA 1AL3A 3G3KA 3MVXA 1B7UA 1TFAA 1ZIUA 1MY1A 3RQTA 2XXWA 1H45A 3IOTA 1SDXA 5FHOA 2XHDA 4F2QA 2H9BA 3E3KA 3CVGA 2ONKE 4U4XA 1B3LA 4M4GA 4H67A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2Q8JA 3H6UA 4PTKA 3A3UA 2CZHA 3VVFA 4H5GA 4IY5A 2CZIA 2I58A 3OEKA 3FJ7A 3N6TA 4EDPA 2DP8A 3FVGA 1MQJA 4FECA 4ZEFA 3RPLA 4I8CA 3OEMA 1B7HA 1Y1MA 2XXYA 3M8UA 4GX3A 3EQ1A 3K1PA 1B7ZA 4IGTA 2UVIA 3CSBA 2P2AA 1MXZA 1MXVA 1AIVA 2ESNA 1YXIA 3ROJA 1JEUA 4F1YA 2FBPA 4GVOA 1LSTA 2IA4A 1TFDA 3IX1A 2H99A 2REGA 1B40A 3BBRA 4R9GA 2XX7A 4Q5TA 3IAZA 5DEXA 4HCWA 3S4UA 2F3BA 3D1RA 5I56A 1NH7A 2I6EA 4R6KA 1ZTYA 4YKIA 1LAGE 2WBBA 3C32A 3C4MA 2CMOA 3UA8A 2H4IA 1F9BA 2OWZA 1J1NA 1INPA 4QFLA 4PE5B 2AIXA 1N3WA 2V3TA 4EUOA 4N6DA 5EQ7A 4PFIA 3MVZA 3CI8A 5I2KB 1P1QA 3PMXA 1AH5A 5CMMA 5AA2B 5HM4B 5HBCA 3LSLA 2F5XA 2RC7A 1B58A 1YCJA 2Z8EA 3FGSA 4EQ7A 1B3HA 2CZKA 1QKAA 4OWDA 1M5EA 3KC0A 3V8XB 3EPEA 2XXKA 1EZPA 3EKIA 4GWYA 4PCDA 5L9SA 4GL0A 3O97A 3FVOA 1FTAA 2Q9TA 3C35A 5JTYB 3OENA 4RYAA 3OMBA 2GRVA 4FEBA 2ZYKA 1R6ZA 1DSNA 1VFDA 3R26A 4ESXA 3K0VA 2F36A 3D4CA 4BDRA 1ELJA 3USDA 3KBRA 4HCYA 4XEQA 3PD9A 4F29A 3DELB 1LFHA 3CFLA 1QUKA 3HHGA 4YKKA 4YB5A 3MVYA 3GBAA 3H6VA 3K1MA 3U92A 5J16A 1LAHE 2I4BA 1MS7A 3K6XA 3G3JA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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