3GBBA

X-ray strucutre of iglur5 ligand-binding core (s1s2) in complex with msviii-19 at 2.10a resolution
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
255
structure length
255
Chain Sequence
NRTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Full Domain Closure of the Ligand-binding Core of the Ionotropic Glutamate Receptor iGluR5 Induced by the High Affinity Agonist Dysiherbaine and the Functional Antagonist 8,9-Dideoxyneodysiherbaine
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
total genus 81
structure length 255
sequence length 255
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-19
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3gbbA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3gbbA02
5AA2A 4EXLA 2DVCA 4U1ZA 4DXUA 4PQJA 1FQAA 5TU0A 3T93B 3TYHA 2ZXTA 5CMBA 4R6KA 4AB6A 4WKMA 4EQ7A 3H06B 1OQHA 1UQWA 2DE4A 1SW4A 2XXTA 3VVEA 1A54A 3IB1A 5ICTA 3FVKA 1MPCA 1IXGA 3GZGA 5KZTA 2QPQA 2I4CA 2YPNA 4POWA 2ABHA 3SEXA 3K1MA 3MPKA 3RY3A 4DZ1A 3RN8A 2B3FA 2FYIA 1Y3QA 4QSDA 3B6TA 3E13X 2RF1A 3S9LC 3K6WA 3O9PA 3KGCA 1A8EA 3VXCA 3K4UA 2XXWA 5AA3A 2H99A 4Q8RA 1H44A 1ZJLA 1JW4A 4FAJA 1SYHA 5DT6A 1KWHA 3PMVA 4YKPA 1O64A 4H8JA 4IY6A 3I3VA 1UTHA 4RNSA 4OFOA 3MVWA 1SDXA 2PVUA 1P1WA 1PBPA 1P1QA 4FEBA 3LUYA 3K01A 1LAXA 3TQWA 1A7LA 1HSLA 2QMXA 2WKYA 4XIGQ 1BP5A 4RY1A 2R6GE 1Y4CA 4E0XA 5AA2B 1HSEA 3H6WA 2Y7IA 2O6AA 2F7CA 3IORA 3PU5A 1MDQA 3KN7A 1B5JA 4R74A 4IB2A 3RGYA 2XX7A 2VP1A 1A99A 1SD3A 4GXAA 3RNNA 3QAXA 2ZYNA 5JTYA 4KD5A 2GFEA 1LCTA 3CFZA 2ONRA 2I49A 5DVIA 4U4SA 5CMMA 4QHQA 3I6VA 1II5A 4F1UA 1PB9A 4P0IA 4OFLA 2H25A 3U94A 2ONSA 2Y7WA 3ODBA 3HV1A 2H9BA 5B7DA 3A3CA 3KBRA 2Y84A 2F7AA 3T96B 4NMYA 4BDQA 2VD3A 3K0VA 3MZ9A 3QUFA 5KCJA 2F5XA 3B6QA 4R2BA 2D5WA 3PPQA 2PT2A 1MPDA 3BKIB 3LSXA 2FA7A 2PT1A 3ILTB 3DLNA 1UTHB 3DP6A 1M5FA 1GV8A 2OLBA 4NEDA 3PUZE 4PFTA 1MM7A 5J1DA 4F1YA 3MW0A 3FUZA 3MBPA 3FIRA 4ELRA 1MS7A 4YU0A 3SETA 4F18A 4R73A 4WEDA 3V8XB 3R7XA 1B5IA 3BBRA 4PFWA 2QJEA 3TDJA 1M5CA 1D4NA 2A5SA 4ELQA 3B6WA 4FEDA 4ELOA 5DEXA 5H8FA 1R9QA 1B40A 2O69A 3MVZA 4BDMA 1MXZA 1B3LA 3H6TA 5JTYB 2VOZA 3U8QA 1FTJA 2QS2A 4YKIA 3EPEA 1Q1KA 3OSRA 4X48A 3THIA 4EQ9A 5L8DA 5CM6A 4NWDA 2CMOA 2F8DA 1AIVA 1MXWA 4NF5B 4G8MA 3O66A 4LATA 1XS5A 2H5YA 3SEUA 3VVDA 4EQBA 3UP9A 2Z23A 1US5A 3T9XB 4IO7A 5M2VA 2I3VA 1TT1A 4MH5A 4GQOA 2V3TA 1IEJA 5I59A 1BTJA 5KCJB 2CZLA 4YB5A 3MWBA 3C35A 2DXYA 3VV5A 4MLVA 4ND9A 4OHNA 1T0KA 3DELB 1IIWA 2G93A 3VVFA 4O3CA 3T9UA 4EDPA 5EHMA 1IQ7A 2GH9A 3OSQA 4DIGA 1VSOA 3PMXA 3MUQA 3K6UA 1Z7NE 1USYE 3PUXE 1BIYA 4GFRA 5I2KB 3IOWA 4LQ5A 2DWIA 1N76A 1O7TA 2O7IA 3N94A 3U93A 1MG1A 4DDDA 1D3KA 2XXPA 4Q5TA 4BLAA 4F22A 3MZ1A 4GWOA 4Z0IA 5LOMA 4EUOA 3PMWA 1LCFA 4F31B 3QXMA 3LSWA 3G3IA 4P0GA 3GLBA 3KSXA 5H8HA 1FW0A 3TTKA 1N84A 5DEXB 5H8FB 1EZPA 2E1SA 4OQOA 2ZNTA 2V84A 1MH3A 1PDAA 4IO4A 2OBGA 3H3GA 3PPPA 4GD5A 2YLNA 3OENA 2DE3A 4HTGA 2W7YA 4MBPA 3UORA 1SW2A 3Q26A 1DOTA 1S50A 4YKJA 3CFXA 1FQBA 3MZBA 1Y20A 2QL3A 3EF7A 2RCAA 4OTEA 3A09A 5I58A 5FHOA 1DMBA 2DP8A 3ONMA 1IZ1A 2QRYA 3IB0A 5FTHA 3ZKKA 1AL3A 3PUVE 3MVXA 3IJOB 1H76A 5I59B 3H6UA 1CB6A 1RYOA 2Y7PA 4IO3A 1LAHE 1R9LA 1JEUA 1B58A 1WVJA 2GRVA 1XOCA 2OK2A 3FJGA 3CI8A 4RJZA 3EHTA 1LBBA 1SYIA 1URSA 1PB8A 4BDNA 2DWJA 1VFEA 4ZE8A 4GOTA 1B46A 2OWSA 4QFNA 2AIXA 3OO8A 3K1PA 1XHYA 2QS3A 2XXHA 4OETA 5ITOA 1QUKA 5AA2D 4ZEBA 1QULA 3S9MC 4JDFA 4YMBA 3FXRA 4G2ZA 3F11A 4R9GA 1JW5A 2VD2A 3K1NA 3N6UA 4GF8A 3EHUA 3TQLA 3KJ7A 4YKKA 3Q29A 4G8NA 5I84A 3FJMA 3CSBA 3KN3A 4H5GA 3O6HA 4NWCA 1JEVA 3QYTA 3RUMA 3JZJA 5H8HB 3MJNA 3OD7A 1QJMA 3S4UA 4WXJA 4RPOA 1XVXA 1MXUA 4QFOA 2OZZA 4F3GA 4H0WA 1ZBMA 5JEIA 2DS9A 4KFQA 2UVIA 2Z8FA 3CRBA 1SBPA 1S9TA 1EU8A 3OXNA 2UVGA 1LB9A 5I58B 3GBBA 1NH8A 4H6DA 3IO6A 3UA8A 4X1DA 1B5HA 1LFIA 4ZEIA 4F1VA 1MXYA 5K2XA 3RPWA 2NUVA 4OEVA 3TODA 2E0SA 3CR9A 1JQFA 2GHAA 1IXHA 1Y4TA 2RINA 4OESA 4RPNA 1UIUA 3IOTA 4M1VA 1B7HA 1B4HA 3GXAA 1OLAA 1NNFA 3R6UA 2ZNUA 1YTVA 3MPLA 3S9NC 1GVCA 1OIBA 1PEBA 4TLMB 1XVYA 1OVTA 3LSFB 1EZ9A 5DVJA 3EQ1A 1NMUA 4F29A 1H43A 1EZOA 5FTIA 1NL5A 3A3UA 2HZKA 2Q89A 3KEIA 3G3FA 4UA8A 2HAUA 2IA4A 2REGA 2UYFA 3TFLA 2V25A 3V5AA 2B65A 4ZZEA 3FVNA 1B7ZA 1I6AA 2Q8JA 1TFAA 5FHMA 4U4XA 4R75A 3MP1A 1PC3A 2XXIA 1URDA 1NH7A 5BUUA 4ZECA 1SI1A 2ONKE 3P7IA 3KSJA 2XX8A 1LLSA 3LC8A 2XXYA 3FV2A 2HEUA 3IOVA 1LB8A 1OMPA 2Z8EA 4DE8A 4AB5A 2Y7RA 2I6EA 4HS7A 4YAHX 4FE8A 4THIA 1Y1MA 3ILUB 3S9EA 3IJXB 3VLWA 2I0CA 1I69A 4R6HA 3KOTA 5DYHA 3IO4A 5CBSA 3ECRA 2DQVA 4XKQA 3RTWB 1UTBA 1M5EA 3FXUA 4R72A 2QS1A 5HBCA 3C4MA 5F7VA 3HO7A 5CBRA 4OZ9A 1TWYA 2X7PA 4BDRA 1FCKA 2XX9A 2HFBA 3OO9A 4I9DA 4DLDA 5HPQA 4JBZA 4EF1A 2M8CA 3LBSA 4E0WA 3FZVA 4JB7A 1B32A 1GR2A 2QMWA 2O1MA 2D21A 5I56A 4LVQA 1EH3A 4RXLA 3KOSA 4OENA 3PGFA 4XXUA 2YJPA 5JK4A 3TMGA 5H8NA 4LA9A 1B7UA 3B7DA 4QSCA 4RK2A 5DTBA 4X1BA 5IKBA 2AYSA 4FJPA 2DE2A 1L5TA 2DSFA 1B3EA 1WODA 3E3KA 1ZTYA 3TUSA 3IR1A 3FVOA 2XXQA 3O97A 3TCGA 2AL4A 4YMAA 1MPBA 1B9JA 4LZ8A 1LGBC 1RYXA 1MXXA 1CE2A 4IY5A 1JNFA 4ZEDA 3SDFA 1N7WA 4G68A 3PPOA 3O6IA 3H03A 1JW1A 1D9VA 1N04A 3K6VA 2HZLA 2UVJA 2HXWA 4JSOA 1NNTA 2XD2A 1NFTA 2NVUB 1B05A 1NNPA 5BWJA 2PYYA 4XKPA 2F97A 5F1QA 4U2RA 3D4CA 2PX1A 3FD3A 4GVOA 2V3UA 4FORA 3MC2A 3TKDA 3RTFB 4MLQA 3ZSFA 2Q2CA 3HHGA 1B1HA 1B3HA 2HCAA 5I56B 3U72A 4F3PA 5L9OA 2F78A 4HW8A 1QKAA 3I5OA 4U1OA 2P1SA 4U21A 4ZS9A 5H8NB 3FASA 3BFUA 1JETA 1Y1ZA 4BDLA 1Y3NA 4EF2A 3LSLA 3IX1A 1OLCA 3SEYA 4LZ7A 3C36A 5AA4A 1YAEA 2RCBA 3N5LA 3WAFA 3FV1A 3IOUA 1P99A 1SQYA 1QUIA 2D3IA 2GHBA 3TTNA 3L6HA 4QSEA 2XHDA 1QVSA 4OXVA 2XXRA 4LONB 1OQGA 4IGTA 1MRPA 2O68A 1J1NA 1VR5A 4KCDA 1YCJA 5DVFA 3C34A 3W9WA 2OCUA 3G3KA 4ONYA 4YB7A 1P1NA 1FQDA 1LBCA 4KCCA 3U1OA 4ZE9A 3TPAA 3PUYE 4H67A 1RKMA 5AA1A 2OJTA 2V93A 1MH4A 3IK6B 2P0SA 4G4PA 4FIMA 4TQUQ 3V89B 1B0LA 4C1TA 4HCYA 3BFTA 2Z8DA 3E9XA 2RC7A 4FATA 3MQ9A 4BDOA 3HCQA 2O51A 4OEUA 1ZMGA 3IAZA 4JWXA 4TLLB 4OVJA 1DPPA 3OO7A 4LQ2A 1JVYA 3PD8A 4I8CA 5CMKA 2F6GA 3M3LA 4H65A 1POTA 3Q25A 5H8SA 1SW1A 1A40A 3LR1A 1I6QA 3ZS6A 4OMBA 4OERA 1FTMA 1B52A 5AA4B 3PV0E 1GGGA 4R6YA 4DXCA 4F2OA 4QFKA 3VFJA 3OMBA 4JWYA 1ZU0A 4M4GA 2I3WA 1IXIA 3RLFE 3KZGA 3T22A 3UIFA 2REJA 1ZIUA 2HAVA 3OO6A 2UYEA 4YICA 4P11A 2ANJA 3M3KA 3FGSA 2ZYKA 3K6XA 4Q0CA 3VE1B 4KYSA 1MQHA 4U23A 1MM6A 1DTZA 3N6TA 4G68C 3QUJA 2ZYMA 2H4IA 2O84X 3QSLA 4OWDA 3G3JA 4X9TA 1VFDA 4PE5B 2Q9TA 4POXA 3MP8A 3E4RA 2I0BA 3QIMA 4C1UA 3C31A 1N3WA 3L6GA 3T9HB 1F9BA 3OEKA 1FQCA 1QUJA 1A55A 3G3HA 1LAFE 3VLUA 5ICQA 1AH5A 2F35A 5KDTA 2A5TA 1FTLA 4DCYA 3JYRA 3EN3A 4F39A 1TFDA 5L9SA 2Z22A 2F36A 3KJTA 3CFLA 1MY0A 4AQ4A 3JV9A 3D4GA 1AOVA 1FQFA 1MY2A 4PFUA 4QRZA 2NWJA 1LFGA 4GIZA 1IUDA 2DVZA 4LUBA 1Y9UA 2V3QA 2ZYOA 4GXSB 4F3BA 5AE4A 5CRYA 3SEWA 2F7BA 4IO2A 3QK6A 3GBAA 4DXBA 4GLIA 1PBQA 1IXCA 2XXXA 4QF9A 3K2DA 5TPAA 3W9VA 3ZKLA 3R26A 3C32A 3SKPA 3AXFA 4H8IA 2RC8A 1FTKA 3T66A 2ALUA 1B51A 1US4A 3CIJA 4GRKA 3DM0A 4NF8A 4NF6A 1JVXA 3UK4A 4F3SA 3KFMA 1DSNA 4PP0A 3VDFA 1LAGE 2DOJA 4H1XA 5ELVA 3H7MA 3PD9A 3C9HA 4Q30B 3IB2A 1R6ZA 4PETA 4XKNA 1UIVA 3TTLA 4KQPA 1DPEA 5KDTB 2A5TB 4NF5A 2OWTA 3DP4A 5EHSA 1TXFA 1B3FA 3V83A 5CC2A 3CVGA 1B1XA 1B6HA 1SVXB 1HSJA 1YPNA 4RK9A 1ELJA 4WEPA 5H8QA 4O3BA 4IO5A 4I1DA 5I57A 2KLFA 1A8FA 4O3AA 3K00A 1M5BA 1N0TA 1S7YA 1POY1 2FNCA 2X26A 4N07A 3Q27A 3H4ZA 4ESWA 3VXBA 3MVYA 3USDA 3FXQA 5TPAB 5I2KA 2DYXA 3FJ7A 1QKBA 1MQGA 4R9FA 4F2QA 2UVHA 3OEMA 3Q28A 3FVGA 3O29A 2Q88A 5I2NA 4NF8B 3SESA 4NF6B 2R9JA 2I48A 3SERA 3PPNA 4YB6A 4F19A 1ZKBA 2RC9A 1R1NA 1WDNA 4LP2B 1URGA 1XC1A 4NTLA 3TTMA 4ELPA 4N6PA 4K3FA 4ECFA 2F34A 3HHFA 2XD3A 1Z7ME 3FATA 5ITPA 2AL5A 2DXRA 2Y7KA 3U92A 3K02A 1MDP1 1ANFA 1B2HA 4RA1A 3TTRA 3UN6A 1H3DA 2O1LA 4NE4A 3OELA 3EHSA 4HCWA 4ZZAA 3VLVA 5H8QB 2R71A 3UGWA 2QSXA 1UTBB 2LAOA 1I6BA 4Z7EA 2PMSA 1LFHA 3DP8A 5I57B 1SW5A 1N3XA 1FQEA 1B3GA 1MY1A 4U22A 3G7WA 4H5FA 1MQDA 4QFPA 1MY4A 1B0HA 5IAIA 3HSTA 1NKXA 3TELA 2G29A 5B70A 4JWOA 3H6VA 2P2AA 4G8HA 4TOZA 3SEVA 3N26A 4G77A 1PB7A 3T9VA 2BJJX 4DCXA 4ZDMA 1Q35A 4KI0E 1D9YA 4IGRA 5CI5A 5L9MA 2XXUA 4JXIA 2HQ0A 5A5XA 1IITA 2O7UA 4I62A 5I2NB 4JSDA 3C33A 4KYDA 2DWHA 1SI0A 4NF4A 3RQTA 3MP6A 1ZLQA 1DTGA 1M5DA 2NOOA 2X7QA 3OOAA 4MF3A 2VGQA 2H98A 1BKAA 3S2VA 3PPRA 4KYEA 5TP9A 4G68B 3TAJA 1GTKA 1H45A 3O6GA 4FECA 3TCHA 3HPIA 2Q2AA 3TCFA 3RT6B 4IO6A 4ISUA 3IL1B 3CG1A 4MFIA 2DWAA 2RKMA 2XXVA 3MAMA 1AMFA 5CMCA 5ISUA 5HM4B 3W15C 2IEEA 4YZZA 4R2FA 1LSTA 3CSGA 4ESXA 1P1UA 2THIA 1Y3PA 1P1OA 3O28A 4KHZE 1B4ZA 3TZAA 5FHNA 1VE4A 4ZEFA 3KN8A 3PUWE 3HN0A 1QW0A 5EYFA 5K2YA 1MQJA 1XT8A 4KR5A 1MY3A 4XKRA 1BLFA 3TEPA 4GL0A 4KPTA 3G3GA 4N13A 2I58A 1MQIA 2F6PA 4RYAA 1MXVA 4QFLA 3O2AA 4OFJA 5A5XB 3M8UA 1N7XA 2PBWA 4OYVA 1USYH 1ATGA 4GL8A 3RT8A 4ZEKA 4LZ5A 1NNKA 2I4BA 2UXAA 4NF4B 2ZMBA 4EXKA 4L17A 2QS4A 3KG2A 4XTCQ 2ZNSA 3WAEA 1OVBA 4UACA 4PFYA 1FTOA 2ESNA 2NXOA 5TP9B 4C0RA 1O63A 2B3BA 3M3FA 2VHAA 3CG3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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