3GXAA

Crystal structure of gna1946
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
239
structure length
239
Chain Sequence
KEIVFGTTVGDFGDMVKEQIQPELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALAEGELDINVFQHKPYLDDFKKEHNLDITEVFQVPTAPLGLYPGKLKSLEEVKDGSTVSAPNDPSNFARVLVMLDELGWIKLKDGINPLTASKADIAENLKNIKIVELEAAQLPRSRADVDFAVVNGNYAISSGMKLTEALFQEPSFAYVNWSAVKTADKDSQWLKDVTEAYNSDAFKAYAHKRFEGYKSPAAW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of lipoprotein GNA1946 from Neisseria meningitidis
pubmed doi rcsb
molecule keywords Outer membrane lipoprotein GNA1946
molecule tags Protein binding
source organism Neisseria meningitidis
total genus 71
structure length 239
sequence length 239
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3gxaA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3gxaA01
3SKPA 2NOOA 3O6HA 3SETA 3JYRA 5JEIA 4HS7A 3BBRA 5TP9A 1MY1A 4G8NA 3HV1A 5I59B 4PFUA 3VXCA 1NH8A 4ZE9A 1Y9UA 3FVNA 3IOVA 4GWOA 3KN3A 2X7QA 2GRVA 4X48A 4OEVA 3FVGA 1MY3A 3OOAA 3WAEA 4NMYA 3THIA 2REJA 2DE4A 4EF1A 3OEMA 3OO6A 1MPDA 4F3PA 2IA4A 4RNSA 1B0LA 3MP8A 2GH9A 3VFJA 4XIGQ 4N07A 3P7IA 1AOVA 3G7WA 2O7UA 5CMBA 1LFIA 1IIWA 3C34A 3JV9A 2HAVA 4ZEBA 4F3BA 4DDDA 3TODA 3T22A 4H65A 4NEDA 4Z7EA 5AA2D 1MY2A 4G2ZA 2DXRA 1A8EA 2DYXA 3Q29A 1Q35A 1MS7A 2A5TB 3K1NA 4G8MA 1XOCA 3OMBA 3S9MC 2ONRA 3RN8A 2Z8EA 5L9MA 5AE4A 3F11A 3RT6B 2D21A 3FZVA 4H1XA 3K6UA 2DSFA 3PUZE 4RA1A 3HN0A 3MVZA 4OMBA 3UIFA 3K1PA 5IAIA 3E3KA 2UXAA 3EHSA 3QK6A 4QFLA 2D3IA 4N6PA 3SEYA 3TFLA 3W9VA 3H7MA 2AYSA 4OENA 4PE5B 4GXAA 3UK4A 3K6XA 5ITOA 2DWIA 3TEPA 4GD5A 4LQ5A 1FTKA 3MQ9A 4TLMB 5L8DA 4KR5A 2XXXA 2Z8FA 1JEUA 3Q27A 2F78A 4ZECA 1IZ1A 3IJOB 2QSXA 3M8UA 2ESNA 2LAOA 2B3FA 2UVJA 1URSA 2AL4A 4Q5TA 1MXVA 1M5FA 5KCJA 1L5TA 3FVOA 4OTEA 4YZZA 1MXYA 1M5BA 3DM0A 1URDA 3ILUB 1B52A 2XXQA 3MW0A 4DXUA 1TFDA 2Y7KA 4XKQA 3TKDA 1ZKBA 4GL0A 1SI0A 2IEEA 1B5IA 4HW8A 1JW4A 2OWSA 3T9HB 4POWA 4JWYA 5I58A 5BUUA 1ZIUA 1H43A 1JVXA 1SW5A 4QSDA 2QMWA 1MXXA 1FW0A 1QW0A 3U94A 4KCCA 5FHMA 1TFAA 4LZ8A 4LVQA 4NE4A 5IKBA 1MH4A 3TYHA 4N13A 3CI8A 4IO3A 3LSFB 1N0TA 2V3QA 3PPQA 2HEUA 4NF8A 3MVWA 1IXIA 4RXLA 1SDXA 3LUYA 2GHBA 2OBGA 1A54A 5A5XB 3G3FA 1R9LA 4YB5A 1P1WA 1R6ZA 1PB9A 1B3HA 3LC8A 2Y7PA 3K6WA 3BFTA 4ONYA 3PUYE 4GRKA 1Y3QA 2NUVA 3GLBA 3OO7A 3ZKLA 4MBPA 4F1UA 5ICQA 5AA2A 4R6KA 3K02A 1M5DA 4IB2A 3PU5A 2RF1A 2YLNA 1XHYA 3JZJA 4IO4A 5TPAA 4F3SA 3G3IA 3TQLA 4KHZE 3MP6A 3C32A 1A40A 4ZE8A 1QUIA 1B0HA 2O1LA 4Z0IA 2I48A 2Z8DA 4QFKA 1JNFA 1LB8A 4P0IA 4YKJA 4EQ9A 3LSLA 3FXRA 2DVZA 3S9NC 4OXVA 2HAUA 1B7HA 1JW1A 3K6VA 3RPWA 5B70A 1DPPA 1J1NA 5I84A 4F2OA 1AL3A 3H06B 5H8HA 1NH7A 2HCAA 4F1VA 1QVSA 1AIVA 1FTOA 4F29A 4DCXA 3MBPA 3K1MA 3VDFA 4OFLA 4OWDA 3G3KA 3FJGA 1B7UA 4JSDA 2O84X 2O6AA 3EF7A 1N7XA 2HFBA 2CMOA 3R7XA 1ZLQA 2RC9A 1PC3A 4H5FA 1D3KA 2XXYA 2FYIA 3N6UA 4YKIA 2XX9A 1PBQA 2FNCA 3IB0A 1AH5A 3B7DA 2NXOA 3UA8A 4U22A 3KJTA 3FATA 4ELPA 4NF5B 3PUVE 3L6HA 4QFPA 2XXHA 3DP6A 3VLWA 1YCJA 3KBRA 3MZBA 3GZGA 1QUKA 3GBBA 1N3XA 4PFWA 1MXUA 3SEVA 1A8FA 3C35A 1LFGA 1IXCA 1QUJA 1TWYA 3FASA 4RYAA 5I2NA 2GHAA 5HPQA 3HHGA 2CZLA 4ZZAA 1IEJA 1VFDA 4WEDA 2QJEA 4DZ1A 4G68C 4P11A 3FJMA 3H6VA 4EQBA 1MQIA 1S7YA 4BDNA 3FV1A 4QSEA 3KN8A 2H98A 5LOMA 1S50A 4KYSA 3B6QA 2I4CA 1NNFA 1B32A 2F34A 2P2AA 3UGWA 2OCUA 1RKMA 3RT8A 3VE1B 1H76A 3SEXA 2I58A 4YU0A 2I49A 1SW1A 3IO6A 4HCYA 1UQWA 2Z23A 4RJZA 1O63A 4C1UA 5I2KA 2XD2A 3V83A 4PP0A 1Z7ME 3IB2A 2ALUA 3TMGA 3S2VA 1YPNA 5H8QB 1I6QA 3GBAA 2ONKE 1B7ZA 3PMWA 2VOZA 3K0VA 5AA1A 1IUDA 2PVUA 1DTZA 4DCYA 3KG2A 3PV0E 1O64A 3S4UA 3USDA 4U21A 2HQ0A 2YJPA 3PD8A 3CFZA 5EHMA 3I5OA 3MAMA 2Y84A 1MM7A 1JQFA 4F19A 5CI5A 2QRYA 1ZTYA 3KSXA 5CMKA 2PT2A 5CMCA 1POY1 5DTBA 4E0XA 5I57A 4R9GA 2WKYA 5KDTA 1MXWA 3M3KA 1SI1A 3N5LA 1PB8A 4ISUA 1GVCA 5I56B 1D9YA 5FHNA 4DIGA 3FD3A 4R2BA 3UORA 4KCDA 3O29A 4AB5A 2I0BA 4F39A 1N76A 1NNPA 3OD7A 3IOWA 5DEXA 2F97A 1CE2A 5ELVA 4H5GA 1MY4A 3VV5A 5CBSA 1EH3A 5M2VA 1B3FA 4OZ9A 1FQCA 4DXCA 5AA4A 2O51A 3T9VA 2H9BA 1TT1A 1QKBA 3CVGA 1IQ7A 2H4IA 4ECFA 3EPEA 3H03A 1B1HA 3H6WA 4OEUA 2DWHA 2XXPA 1MPBA 2I6EA 3CFLA 4FECA 4BDOA 4IY5A 3TCFA 3QUFA 3TAJA 1H45A 5H8FB 4G68B 4IO5A 4X9TA 3U93A 4BDRA 1BKAA 2F7CA 4YMBA 1NFTA 1P1OA 1NMUA 5HBCA 3C31A 3HHFA 4ZEDA 2I0CA 2UVIA 4U2RA 1USYH 3SEUA 4I9DA 3MPLA 3EHUA 3H3GA 1VR5A 2R9JA 1JETA 2RC7A 4PFYA 2OK2A 1POTA 4QHQA 4F3GA 2Q88A 5I59A 3MZ1A 4X1BA 4LP2B 5CM6A 1SD3A 4THIA 1HSJA 3RNNA 2G29A 5EHSA 3K00A 4GQOA 4FORA 4O3CA 2OZZA 3PPOA 2Z22A 2XXTA 3IOUA 1LSTA 4RK2A 5ICTA 2DXYA 5H8NB 1LCFA 1B2HA 1B3LA 2VGQA 5K2YA 3QYTA 2P1SA 3DP4A 4U1OA 3B6TA 1B4HA 3GXAA 4KYEA 2UYEA 3T9XB 4QF9A 2NWJA 4LZ5A 5JTYB 4ZEFA 2A5TA 3RUMA 4GL8A 4R2FA 1OVBA 3TZAA 3TCHA 1LGBC 3VLVA 3RQTA 1GGGA 3RLFE 3MJNA 1Y1ZA 4EDPA 4X1DA 1Y1MA 1FQDA 3HPIA 4AB6A 2PYYA 3TQWA 3IJXB 2X7PA 5H8SA 4ZS9A 2R71A 4R6YA 1A55A 4NF4B 3S9LC 3V8XB 4DE8A 2XD3A 4EQ7A 1XVYA 3K4UA 1PDAA 2D5WA 4WXJA 3O66A 3A3CA 5CRYA 4ELRA 1OQHA 5BWJA 4GOTA 4GIZA 3O2AA 1UTBB 3H6UA 5KZTA 2F7BA 3AXFA 3IK6B 3PPRA 1MXZA 1P1QA 4F22A 1Y4TA 2V3UA 4YKKA 4XKRA 5CMMA 3E4RA 1OMPA 4KPTA 1PEBA 1I6AA 4DLDA 3MZ9A 2PMSA 4GF8A 3ONMA 2ONSA 3MP1A 4JDFA 2ABHA 3ZKKA 3TDJA 1ATGA 2ZYNA 3R26A 3ILTB 4U23A 3L6GA 1UTHB 3O6IA 4FIMA 2HZKA 1HSEA 3U8QA 4R6HA 4FAJA 3FJ7A 1RYOA 3C9HA 1QKAA 2OLBA 1GTKA 3TTMA 3IX1A 3VVFA 4NF6B 1FTLA 4LA9A 4OETA 4IO6A 1R1NA 2F35A 1HSLA 3O9PA 5DVFA 1FQFA 4H0WA 3ECRA 3S9EA 1B5HA 3QIMA 1MPCA 1GR2A 1BIYA 4IY6A 3HCQA 4F2QA 2DWAA 4JBZA 4OESA 5A5XA 1EZPA 3TTNA 4OFJA 2ZYMA 3T66A 3HSTA 1ZBMA 2OJTA 1NKXA 3SDFA 4FE8A 3E13X 5TP9B 3IB1A 4NF4A 3EHTA 4ELQA 1US4A 1WVJA 1B5JA 1KWHA 2W7YA 4YB6A 2QS2A 3D4GA 5AA3A 4R74A 2BJJX 2UVGA 1Y20A 5B7DA 4EF2A 3BFUA 3FXUA 1ZJLA 2F6PA 2REGA 4YKPA 4LUBA 4F18A 2XXRA 4MFIA 4FATA 4JSOA 3C4MA 3CG3A 4I1DA 1B40A 1MDP1 4ND9A 3H6TA 2AL5A 4KD5A 3TTRA 4NWCA 1MM6A 3PD9A 3FXQA 3PPPA 4PETA 2QMXA 4WEPA 5JK4A 3CR9A 1YAEA 4IGTA 2I4BA 4R72A 3Q26A 2F5XA 5DVJA 4OQOA 1A99A 4TOZA 4GXSB 1XVXA 4TLLB 1LB9A 3CG1A 4QFNA 1LAHE 1LBCA 1IITA 1P99A 2XHDA 4MF3A 2B65A 1H3DA 4H6DA 5ITPA 1MDQA 3VXBA 2V25A 4QFOA 2FA7A 4C1TA 1LBBA 3G3HA 2VHAA 2O7IA 2DVCA 1XT8A 2V3TA 4IGRA 4KFQA 1NNTA 1IXGA 3TTLA 4OHNA 1B3GA 3DP8A 3D4CA 4PFTA 3FV2A 1MY0A 4R73A 1P1NA 3O6GA 1RYXA 4M4GA 1MG1A 1DMBA 5CC2A 1Y3PA 4O3AA 4IO7A 1LCTA 5TU0A 4NF5A 1VSOA 1PB7A 3PMXA 5L9OA 4KQPA 1QULA 1XS5A 2Q8JA 5KCJB 2Q2AA 3W9WA 2P0SA 3OENA 1WODA 4XKPA 2F8DA 1S9TA 2DOJA 3FVKA 4YMAA 1URGA 5I58B 1FTJA 5DYHA 3DLNA 1SW4A 3KOSA 3FIRA 2ZNSA 1H44A 3C33A 4U1ZA 4UA8A 3CFXA 1D9VA 1P1UA 2YPNA 1OIBA 4M1VA 4LZ7A 4JXIA 4Q0CA 1WDNA 1QJMA 4ZDMA 4QRZA 4RPOA 1SVXB 3QSLA 3ZSFA 1DSNA 4NF8B 1JEVA 1II5A 3FGSA 3VVDA 2XXWA 1BP5A 1N04A 3K01A 4XXUA 3LBSA 2XX7A 3TELA 3RTWB 2PX1A 3MVYA 5H8QA 4BDLA 3V89B 3TTKA 3IAZA 2O1MA 5F1QA 3SEWA 1SBPA 3KZGA 4H8IA 4Q8RA 2Y7RA 4ZEIA 4I8CA 3N26A 1B1XA 2B3BA 1EZ9A 4ESWA 1FCKA 3A3UA 3OO8A 1SW2A 2H99A 4U4XA 3UP9A 2M8CA 4F31B 5AA2B 1US5A 1MQGA 3T96B 4YAHX 3IOTA 1R9QA 3W15C 3OELA 2A5SA 4MLVA 4NTLA 5TPAB 5FTHA 4ZEKA 4R9FA 4XTCQ 1N3WA 2O69A 2RCAA 3RY3A 4EXKA 5ISUA 4OERA 4BDMA 2GFEA 3N6TA 2UVHA 3EQ1A 5I56A 1Y4CA 4XKNA 3MVXA 1XC1A 1PBPA 4GLIA 3PGFA 3KN7A 4AQ4A 3C36A 1O7TA 3OSQA 5FTIA 2E0SA 1FQAA 1CB6A 4L17A 3M3LA 3G3GA 3MPKA 5H8HB 4OYVA 3KEIA 1F9BA 2F6GA 5FHOA 3IL1B 4ELOA 3MUQA 1ELJA 2XX8A 4BDQA 1MQHA 3K2DA 1B6HA 4G77A 4NWDA 2THIA 3U92A 1M5CA 3I6VA 4FEDA 1EZOA 1A7LA 2QS3A 5H8FA 3PMVA 1MQJA 2ANJA 2V93A 3OSRA 3UN6A 2I3VA 4G68A 2PT1A 2VD2A 1YTVA 4O3BA 4OVJA 2ZNUA 3TUSA 3T9UA 2QS1A 4GFRA 1EU8A 2ZYKA 4QSCA 3OXNA 3IO4A 3CRBA 3IR1A 3Q28A 3RGYA 2QL3A 1B51A 1BLFA 1M5EA 2OWTA 5I2NB 1OLCA 1LAFE 4RPNA 5DVIA 4C0RA 3VVEA 2XXUA 4LATA 1Z7NE 4FJPA 1I6BA 1LAXA 3HO7A 3DELB 1LFHA 2DQVA 4LQ2A 2H5YA 1I69A 4KYDA 2Y7IA 3KFMA 1VE4A 4OFOA 1JW5A 2RC8A 4EUOA 3U1OA 3A09A 2ZXTA 1FQEA 1Y3NA 4FEBA 2DE3A 3TPAA 5H8NA 1MQDA 1ZU0A 2HXWA 2DS9A 3KJ7A 4F1YA 4R75A 2VD3A 4EXLA 1N84A 3I3VA 4JWOA 5I2KB 2QPQA 1AMFA 2VP1A 1DOTA 2KLFA 3LR1A 3IORA 3KOTA 4JWXA 4GVOA 5DT6A 5JTYA 3CIJA 1TXFA 3B6WA 4KI0E 1OVTA 1B3EA 3RTFB 2UYFA 2DP8A 1UIUA 1VFEA 4YB7A 2RCBA 4WKMA 1NNKA 1UIVA 4DXBA 2I3WA 3MC2A 3WAFA 3VLUA 1ZMGA 3N94A 3KSJA 3CSGA 4P0GA 4PQJA 3QUJA 3SESA 1OQGA 1MRPA 1IXHA 2E1SA 2R6GE 1OLAA 1SQYA 3PPNA 1FTMA 2RINA 3PUXE 3OEKA 2Q9TA 3ZS6A 1SYIA 4JB7A 3G3JA 5I57B 1UTBA 3FUZA 3QAXA 1NL5A 2AIXA 2X26A 5KDTB 3TCGA 3O97A 3Q25A 2ZYOA 3M3FA 3H4ZA 3LSXA 3MWBA 4H67A 1DTGA 3LSWA 2H25A 1B46A 2F36A 1Q1KA 2Q89A 1T0KA 4HCWA 2NVUB 1ANFA 2RKMA 1B05A 5DEXB 3U72A 1JVYA 2ZMBA 1FQBA 1USYE 1SYHA 4K3FA 4MLQA 2DWJA 1MH3A 1LLSA 1DPEA 1UTHA 2Y7WA 3PUWE 5AA4B 1D4NA 3OO9A 4POXA 2DE2A 4G8HA 4UACA 3EN3A 2G93A 5HM4B 1B4ZA 4Q30B 4NF6A 1GV8A 1BTJA 3E9XA 3ODBA 4LONB 2QS4A 4I62A 2XXIA 2Q2CA 3QXMA 4IO2A 4E0WA 3R6UA 4U4SA 4RY1A 5F7VA 5CBRA 5L9SA 1B9JA 3V5AA 5K2XA 5J1DA 5EYFA 4MH5A 2V84A 4H8JA 2O68A 4G4PA 4YICA 3KGCA 2F7AA 4BLAA 3SERA 4TQUQ 3O28A 1B58A 1N7WA 2PBWA 2XXVA 3T93B 4RK9A 1LAGE 4ZZEA 3CSBA 2ZNTA 4HTGA 3BKIB 2HZLA 4ESXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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