3HCQA

Structural analysis of the choline binding protein chox in a semi-closed and ligand-free conformation
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
288
structure length
288
Chain Sequence
ESCGTVRFSDVGWTDITATTATATTILEALGYETDVKVLSVPVTYTSLKNKDIDVFLGNWMPTMEADIAPYREDKSVETVRENLAGAKYTLATNAKGAELGIKDFKDIAAHKDELDGKIYGIEPGNDGNRLIIDMVEKGTFDLKGFEVVESSEQGMLAQVARAEKSGDPIVFLGWEPHPMNANFKLTYLSGGDDVFGPNYGGATVHTNVRAGYTTECPNVDKLLQNLSFSLQMENEIMGKILNDGEDPEKAAAAWLKDNPQSIEPWLSGVATKDGGDGLAAVKAALGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural analysis of the choline-binding protein ChoX in a semi-closed and ligand-free conformation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Choline-binding protein
source organism Sinorhizobium meliloti
molecule keywords Putative choline ABC transporter, periplasmic solute-binding
total genus 32
structure length 288
sequence length 288
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hcqA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 3hcqA02
4OETA 4JDFA 5I2NA 1UTBB 3CG3A 4ZZAA 2H4IA 5I59B 1ELJA 5CBRA 3IJOB 2Y7PA 1EU8A 1URSA 4H0WA 4BDQA 3QYTA 5H8NA 3KN7A 1OMPA 2V3UA 4F18A 4RNSA 4Z0IA 1NH7A 1BIYA 5F7VA 3EHTA 4DE8A 1IQ7A 2V25A 4JB7A 3A3CA 4OERA 4G4PA 3UIFA 4G8NA 5AA2D 3G3KA 2ZYNA 3MW0A 5AA3A 1FTKA 4F19A 2YPNA 1D9YA 3TYHA 1LGBC 2Q89A 3C32A 2HQ0A 4O3AA 4EUOA 1SW5A 4F22A 2D21A 4DXBA 4U1ZA 1B3HA 3CFZA 3K4UA 4DCXA 4GXSB 1I69A 4G2ZA 2DS9A 3R6UA 3KOTA 2E0SA 2X26A 1YTVA 3T9HB 2XXHA 4UA8A 3BBRA 3PMWA 4YKKA 2PYYA 4I8CA 2XXIA 2ABHA 2PVUA 2REGA 5EYFA 5I2KB 1P1UA 1RKMA 3I6VA 4ZE8A 3BKIB 3PPRA 4FATA 4ECFA 3RTFB 3LUYA 1SBPA 4E0XA 3VDFA 1LAFE 1TWYA 3MUQA 2P1SA 4ZEKA 3W9WA 4F1YA 3SEXA 4DCYA 4P0GA 4R73A 2HCAA 4NF6A 1MQGA 3EQ1A 3G7WA 3WAFA 3BFUA 3TUSA 1GR2A 1Y4CA 2R71A 3U72A 4ZEFA 2DXRA 4IO4A 2OK2A 4H6DA 4KD5A 2HZLA 1VFEA 3K6UA 4YMBA 4XKQA 4KPTA 2V84A 4BDMA 2AYSA 3T96B 5JEIA 1PBPA 5H8HB 3UORA 2VD2A 4R6HA 1UQWA 1MY3A 3OSQA 1IXCA 2Q9TA 5DVIA 1Y20A 3KJTA 3TODA 3LR1A 1IITA 3FVKA 3MAMA 2GH9A 4R74A 5B7DA 3KFMA 3M3LA 3TTRA 2V3QA 1S50A 3MQ9A 4G68A 3FASA 5KCJA 1NKXA 2Z8DA 4IY6A 4NWCA 3R7XA 3I5OA 1DTGA 3OEMA 5A5XA 4F2QA 1Y1ZA 2ONSA 2RCBA 3K02A 1MY0A 5FHMA 5I58A 1EH3A 3RT6B 1US4A 1SW4A 4JWOA 3K1PA 2DWIA 3OO9A 4OEUA 1B3FA 3KBRA 4NTLA 1LBBA 4PFWA 3TTKA 4GRKA 3VVEA 2QS1A 1LAGE 1AMFA 4EF2A 1LB8A 1FCKA 4R72A 4ELPA 4AQ4A 2Q2CA 3V5AA 3T66A 1CE2A 5H8FA 2DQVA 3IOUA 4LVQA 3S9MC 5HBCA 2ONRA 3LC8A 1DTZA 3R26A 3DM0A 5AE4A 2Z22A 2RC8A 2Y7KA 3FXQA 1UIUA 4OESA 4RA1A 1MXWA 4ZE9A 1S7YA 1QKAA 4QFOA 4ZEDA 4OYVA 4PFYA 4ZDMA 1JNFA 2QRYA 3FIRA 4R9GA 5KDTA 2I58A 3W9VA 4M4GA 1FW0A 4I9DA 3T9VA 1TT1A 2RC9A 1URDA 1KWHA 1B32A 3IJXB 2YJPA 4QF9A 4JSOA 5I57A 3O2AA 2O1MA 2GRVA 3ZS6A 4WXJA 5DEXB 4FECA 3HSTA 2X7QA 3K2DA 4KQPA 4OQOA 5L9OA 3HO7A 3PMVA 3Q26A 1PB8A 4NF8B 5H8SA 2B3BA 4BDLA 2ONKE 3ZKKA 3DP6A 3SEVA 1VR5A 3VXBA 4QRZA 1VE4A 3OSRA 2F78A 3SKPA 4U2RA 2VOZA 4XKNA 3TKDA 2V93A 1ZBMA 3Q29A 2RINA 4U1OA 2DE3A 1VFDA 3QXMA 4H8JA 4OTEA 3U93A 1IIWA 3N94A 4PP0A 1LAXA 1OQGA 4DZ1A 4K3FA 4O3BA 1UTHA 1LFGA 3CG1A 4YKJA 4BDOA 1FTLA 3H03A 2XXTA 2HXWA 1L5TA 3S4UA 4KFQA 1SYIA 3VLUA 1P1QA 1CB6A 3DP4A 1DMBA 2H99A 3IB0A 1R6ZA 2ZNSA 3S9EA 4Z7EA 3KG2A 4LA9A 3MPKA 4LQ5A 4JWYA 3HHGA 2XXPA 3LSLA 1B51A 4R6KA 5FHOA 5CMKA 4F39A 1BLFA 2PMSA 3OXNA 1MY1A 3U92A 1QJMA 1OVBA 4GD5A 1IXIA 2VP1A 5TPAA 3HHFA 2Q8JA 2A5TA 1Y3NA 1Y4TA 2Y7WA 2I49A 3E13X 4HW8A 2HAUA 4EQBA 3PPQA 3MC2A 1B2HA 1ZIUA 4DXUA 2PBWA 2ZNUA 3GXAA 3KOSA 2ZNTA 4G68C 1WODA 4L17A 5BUUA 3G3FA 2XXVA 1QW0A 3O6IA 2HFBA 4I1DA 5DTBA 1P1WA 2XXRA 3N6TA 3B6QA 2DOJA 1SVXB 1AL3A 4DDDA 5LOMA 1UTBA 2F7BA 5I59A 1Z7ME 5CMCA 2XXQA 4JWXA 3L6GA 2O1LA 5CRYA 3PUXE 3DP8A 1FTJA 3T22A 1MPDA 3PPPA 1IUDA 1RYOA 2WKYA 3OELA 2UYEA 2O51A 1FQFA 4RYAA 1ZJLA 1P1NA 5I56A 3B6TA 3RY3A 2Y7IA 4OWDA 5CBSA 4GL8A 3IOWA 2F36A 2XX9A 3UN6A 1URGA 4X1BA 3IOVA 1LCTA 1MY2A 1JW5A 2F6PA 1US5A 1ZKBA 2BJJX 3S9LC 3TCHA 3BFTA 1ATGA 4Q30B 5ICTA 4U23A 2DVZA 1YCJA 4IO3A 1SI0A 2DWJA 2UYFA 4BDNA 5ISUA 5ICQA 3CSBA 4FAJA 3RN8A 4TQUQ 4RK2A 3B7DA 3FV1A 5BWJA 4NF5B 1MQHA 1JEVA 1B0LA 5AA2B 5I2KA 4HS7A 4TLLB 3VVFA 1OLCA 2A5SA 2F6GA 1IEJA 2ZMBA 1H45A 3QUJA 3KGCA 1Q1KA 2GFEA 4H5GA 1PB9A 3DELB 1B0HA 4XIGQ 4GFRA 1LSTA 3IL1B 1NNPA 2GHAA 3FD3A 1NNKA 4ONYA 3TZAA 3MP8A 1OLAA 1B7ZA 2UVHA 2H98A 1TFAA 1QULA 3PUYE 4RPNA 3MVXA 1IXHA 3OO6A 2Y7RA 3USDA 5B70A 4H1XA 1B5IA 3I3VA 4C1UA 2Y84A 3IO4A 1B4ZA 3H4ZA 4EXKA 1N84A 3MZBA 2QS4A 2XXYA 4RPOA 3RUMA 4MLQA 4OFJA 3N6UA 5H8HA 5TU0A 1JQFA 2G29A 1M5DA 2I0CA 3C31A 4OFLA 5FHNA 4H65A 4X48A 1SQYA 2E1SA 1Y3PA 1XVYA 1MH3A 1FQEA 3K01A 1FQBA 4Q5TA 2D3IA 1LBCA 1Q35A 4MH5A 1POTA 4YMAA 4ZZEA 5IKBA 4NEDA 1BKAA 2CMOA 3TDJA 3JYRA 1MQJA 4IB2A 3HV1A 1Y3QA 3ONMA 2QS3A 1YPNA 1MQIA 4NMYA 2VD3A 3SEYA 3LSXA 3E9XA 5H8QB 1AH5A 1ANFA 2YLNA 2OCUA 3MWBA 3WAEA 5JTYB 1MY4A 4AB6A 2ZYKA 4NF4B 1O7TA 1N0TA 3FXUA 2UXAA 1MXUA 4YU0A 3M8UA 4G8HA 1MM7A 1A7LA 1NL5A 3C35A 3PU5A 2HAVA 4E0WA 1N7WA 1MRPA 2I3WA 3RQTA 4YAHX 2XXUA 3CI8A 3OMBA 5FTIA 4GF8A 3U1OA 1PEBA 1POY1 3O28A 3KN3A 4GQOA 2PX1A 3K1NA 2FYIA 1AIVA 2R6GE 4LQ2A 4TOZA 3MVWA 2LAOA 4H8IA 3CFLA 3C4MA 1BTJA 2F5XA 4JBZA 3V83A 2OZZA 4LZ8A 3VFJA 3PD8A 3UP9A 5DYHA 2P2AA 2O6AA 3KSJA 3AXFA 2OWTA 1B7UA 2Z23A 1PB7A 3VVDA 4RXLA 2OBGA 3PUWE 5AA4A 2ZYMA 3TTNA 2QJEA 3ILTB 1I6AA 1B6HA 3D4CA 4X1DA 4G68B 3IR1A 4DXCA 5DEXA 1O63A 2VGQA 1MPBA 4UACA 1QVSA 2IA4A 4NF8A 3K6WA 3O29A 3IORA 4FEBA 3PGFA 5J1DA 4QFKA 2FA7A 3FZVA 3QUFA 1PDAA 1NNTA 2H5YA 4I62A 3ZKLA 5DVFA 1JETA 1JW1A 2NUVA 2F35A 2HZKA 3Q27A 3D4GA 1MDQA 1M5EA 1GGGA 4C1TA 1B3GA 3SEWA 4ZEBA 3TQLA 3UK4A 1B58A 3VLWA 2I4CA 3Q25A 1B05A 3OD7A 1SI1A 4HTGA 3IOTA 1JVXA 4F3BA 3PPOA 4HCWA 3OOAA 1JW4A 1R9QA 2ZXTA 4MFIA 4P11A 5CMMA 3TEPA 2FNCA 2DP8A 3OO7A 2QMXA 4R75A 2Z8EA 1N7XA 2I6EA 4FEDA 4QSDA 4WKMA 2DWHA 1R1NA 3HCQA 3JV9A 4OVJA 3TCFA 1XOCA 4GOTA 4FJPA 1XVXA 4ZEIA 1LCFA 3CVGA 3SEUA 3TAJA 4KCDA 1PBQA 3OEKA 3LSWA 1IXGA 4LUBA 4F3PA 1MM6A 1QKBA 3O6HA 3MPLA 1ZLQA 4GL0A 4OEVA 1DOTA 2Q2AA 3T9UA 3GBBA 4OFOA 4YKPA 1RYXA 2QPQA 3IK6B 4KYEA 2O69A 5FTHA 3FJGA 2XXWA 3FJ7A 3TMGA 1HSJA 5ELVA 4MF3A 3FUZA 2F8DA 4KR5A 1WDNA 2DVCA 4PE5B 1MXYA 1MPCA 3TQWA 1FTOA 4XKPA 5CI5A 3PMXA 2I3VA 1B3EA 4H5FA 1LAHE 3OO8A 1SD3A 1D9VA 1IZ1A 3GZGA 3CIJA 4YB5A 1QUIA 1B9JA 1GTKA 1FTMA 3EF7A 1XT8A 4H67A 3VLVA 5EHSA 1ZMGA 4YZZA 2QMWA 1HSLA 4ELOA 1M5FA 4POWA 5DT6A 4JSDA 4GLIA 4QFNA 1TXFA 4U4SA 2NXOA 2ALUA 2UVGA 1A8FA 4JXIA 5HPQA 4QSCA 1FQDA 4N6PA 4F1VA 3EHSA 5DVJA 1MQDA 2QS2A 3GLBA 4AB5A 2ESNA 3JZJA 4NF5A 3C9HA 1ZU0A 4RJZA 3SERA 1MXVA 5AA2A 3M3KA 4ELRA 5M2VA 2I4BA 1LFHA 3FGSA 3E4RA 3UGWA 1SDXA 4U22A 4HCYA 1S9TA 2Z8FA 3PD9A 4EQ9A 3S2VA 4F2OA 3V8XB 1A55A 1NFTA 4OMBA 1Y9UA 3HPIA 3IAZA 5HM4B 3RNNA 1A54A 3C36A 1JEUA 5TP9B 4OHNA 1SW2A 4QFPA 2O84X 3ILUB 4OXVA 3V89B 2VHAA 4IO6A 1WVJA 1NH8A 5AA1A 4F29A 3N26A 3G3GA 5I56B 2DE4A 4Q8RA 1TFDA 4FE8A 3Q28A 2AIXA 1B7HA 3MBPA 4THIA 2RF1A 4ZECA 3DLNA 4PETA 5I2NB 4KI0E 4IO5A 4GXAA 1ZTYA 4EXLA 2ZYOA 3F11A 4Q0CA 2UVIA 3MVZA 1I6BA 5K2YA 2F7CA 5H8NB 4QHQA 2NWJA 3UA8A 4XXUA 3QIMA 4BDRA 4QFLA 3KJ7A 1JVYA 1AOVA 3PPNA 1R9LA 1B4HA 5CM6A 3SETA 1EZPA 3W15C 4IGTA 1UIVA 3FVNA 4N13A 4PFTA 4YICA 2H25A 3ODBA 3RTWB 1NNFA 3O6GA 5IAIA 2CZLA 5H8QA 2RC7A 3MZ1A 1H3DA 2AL4A 1QUJA 3L6HA 4G77A 1MS7A 2XD2A 5JTYA 4XKRA 4NF4A 4KYSA 1J1NA 3T9XB 1B3LA 4NE4A 1HSEA 3G3HA 1B1HA 4R2FA 4RK9A 3K0VA 3K00A 4XTCQ 2X7PA 2OJTA 2HEUA 1H76A 4YKIA 2P0SA 3FVGA 5ITOA 1B5HA 4TLMB 4IGRA 5KZTA 3MP1A 3ZSFA 1DPEA 1F9BA 1B1XA 1MG1A 5I84A 3RLFE 4G8MA 4ESXA 2NVUB 3U94A 4NWDA 2PT2A 3MVYA 1OVTA 1M5BA 3TTLA 3MJNA 3H6WA 3VE1B 3H6TA 4YB7A 4LATA 4X9TA 4FIMA 1XC1A 4C0RA 1Z7NE 3B6WA 2I48A 1A8EA 2DWAA 4IO2A 2THIA 5CMBA 3EN3A 4NF6B 2V3TA 3K6VA 2O7UA 3VV5A 3IB1A 3KEIA 3O97A 4LP2B 2F34A 3M3FA 1B5JA 4LZ7A 2DE2A 3N5LA 3K6XA 4F3GA 2B65A 3CRBA 3TPAA 2AL5A 2RKMA 1XHYA 2RCAA 1FQAA 3CR9A 1USYH 1B40A 3FXRA 3C34A 4ISUA 3FV2A 2GHBA 2W7YA 5KCJB 3SDFA 1SYHA 4O3CA 3RPWA 2DYXA 1D4NA 3KN8A 5A5XB 2QL3A 3H7MA 3TFLA 3HN0A 3RGYA 1EZ9A 1MH4A 3GBAA 4DLDA 3H06B 3VXCA 3CSGA 5I58B 4ND9A 1USYE 4GWOA 3TTMA 2Q88A 1VSOA 4KHZE 1BP5A 1MDP1 1PC3A 4R6YA 4WEDA 4KYDA 4FORA 4U4XA 3U8QA 1OQHA 5H8FB 4R2BA 4DIGA 1SW1A 3PUZE 5AA4B 3OENA 3QAXA 1XS5A 3FVOA 1II5A 2D5WA 1DSNA 4ELQA 3KSXA 5CC2A 1B46A 4OENA 4WEPA 4BLAA 2XD3A 1QUKA 3EHUA 4F1UA 3RT8A 1N04A 1GV8A 1H44A 4LZ5A 4EF1A 3A3UA 3ECRA 3MP6A 2REJA 4U21A 2OWSA 2O68A 5KDTB 2KLFA 4IO7A 1OIBA 3IO6A 3G3IA 2H9BA 4IY5A 2B3FA 3QSLA 1T0KA 5I57B 3LBSA 1FQCA 4ESWA 4M1VA 2R9JA 4YB6A 3FATA 4QSEA 1MXZA 3PV0E 2DXYA 4MLVA 3CFXA 1DPPA 1YAEA 4N07A 4LONB 3S9NC 2XX8A 2QSXA 3H3GA 1A99A 2UVJA 3K1MA 2XHDA 4ZS9A 5L9MA 2DSFA 2XXXA 3SESA 2ANJA 2OLBA 3PUVE 4POXA 5L9SA 4GVOA 3MZ9A 3H6UA 1H43A 1Y1MA 1M5CA 1LLSA 3O9PA 3TCGA 3EPEA 2F7AA 1UTHB 4KCCA 3FJMA 4GIZA 3O66A 1MXXA 2XX7A 1N3WA 3QK6A 4EDPA 3IX1A 5EHMA 2I0BA 3A09A 3KZGA 3IB2A 3E3KA 1P1OA 3TELA 4MBPA 4RY1A 2F97A 1A40A 1N3XA 4PFUA 3THIA 4EQ7A 1LB9A 2IEEA 1EZOA 4R9FA 2G93A 3C33A 3LSFB 4P0IA 1GVCA 5ITPA 5L8DA 3T93B 5F1QA 1N76A 5TP9A 5TPAB 2A5TB 3H6VA 4OZ9A 1LFIA 4PQJA 1I6QA 5JK4A 1P99A 2PT1A 2NOOA 1NMUA 3P7IA 4F31B 2O7IA 1B52A 1D3KA 1O64A 4F3SA 2M8CA 3G3JA 5K2XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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