3HCQA

Structural analysis of the choline binding protein chox in a semi-closed and ligand-free conformation
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
288
structure length
288
Chain Sequence
ESCGTVRFSDVGWTDITATTATATTILEALGYETDVKVLSVPVTYTSLKNKDIDVFLGNWMPTMEADIAPYREDKSVETVRENLAGAKYTLATNAKGAELGIKDFKDIAAHKDELDGKIYGIEPGNDGNRLIIDMVEKGTFDLKGFEVVESSEQGMLAQVARAEKSGDPIVFLGWEPHPMNANFKLTYLSGGDDVFGPNYGGATVHTNVRAGYTTECPNVDKLLQNLSFSLQMENEIMGKILNDGEDPEKAAAAWLKDNPQSIEPWLSGVATKDGGDGLAAVKAALGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Choline-binding protein
source organism Sinorhizobium meliloti
publication title Structural analysis of the choline-binding protein ChoX in a semi-closed and ligand-free conformation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative choline ABC transporter, periplasmic solute-binding
total genus 32
structure length 288
sequence length 288
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hcqA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 3hcqA02
3OOAA 3SERA 4ZEBA 4F3SA 4EUOA 4RPOA 3QYTA 5DVFA 2I4CA 3UK4A 4OEUA 3FV2A 1MQIA 3VE1B 1SYHA 4DZ1A 4F39A 3DLNA 4R73A 1Y4CA 4KYSA 3W9VA 3RN8A 3S9NC 3KFMA 1PB8A 1B52A 4GD5A 3S9EA 3W15C 1MRPA 3F11A 4FEDA 4R74A 5ITPA 4O3AA 4DXCA 3IB1A 4H6DA 3UGWA 4H8IA 1LB8A 2V93A 2DSFA 1MM6A 4AQ4A 1XC1A 1R1NA 3S9LC 3U94A 4EF2A 3FVNA 4DXBA 4Q5TA 3V89B 1AH5A 3Q27A 4RY1A 1IXGA 1UIVA 5B7DA 1MY1A 4YB5A 3RTFB 1S9TA 1B3HA 4GIZA 2R71A 5H8QA 3CFLA 3PMXA 1YTVA 1M5CA 3C36A 5JK4A 2VGQA 4PFUA 4MLVA 3IOTA 2RCAA 1UQWA 5H8HB 4XKNA 2HAVA 2ONRA 3FXUA 1CE2A 3H03A 1MXVA 5I2NB 3DP4A 1MXZA 1IQ7A 3G3HA 3DP6A 4F3BA 3TCFA 2XXQA 3KSXA 3K6VA 5FHOA 2FA7A 3FGSA 4O3BA 2X7QA 1P1QA 2CZLA 4Q8RA 2NWJA 2RCBA 1RYOA 4R75A 5I58B 1B5IA 5CMMA 3FATA 5AE4A 2NXOA 4G8HA 1A55A 1Y4TA 4TLLB 1FW0A 3H06B 1BP5A 2O1LA 1ZJLA 4OVJA 4QF9A 3B6QA 2B3FA 4G68B 5TP9A 1LGBC 5I57B 1SW2A 4NWCA 5FHNA 4LONB 2ZYOA 1A8EA 1JNFA 1B2HA 2GH9A 2WKYA 1LLSA 3IO6A 3PV0E 4GXSB 2F7CA 1EZ9A 1SQYA 4MFIA 2I0BA 3PUYE 4ELPA 4DCXA 3PGFA 4WEDA 1USYH 1JW1A 2QJEA 1P99A 1R9QA 3OD7A 4YKJA 3PPRA 1O7TA 2OK2A 4NF8A 2PBWA 3PPPA 2QL3A 1JVYA 1FQCA 1NKXA 5ICTA 1B3LA 3ONMA 2ANJA 5KCJA 5KDTA 1SI0A 2X7PA 4ESWA 3VDFA 3FJGA 4N13A 3R26A 2Y7KA 4PETA 3IR1A 3HV1A 3LUYA 2NVUB 2UVIA 4BDQA 1FTKA 1UTBB 1FQAA 3MVYA 1IEJA 1ATGA 2HAUA 3TUSA 4QSDA 3EQ1A 3MAMA 4H65A 1NFTA 1VFDA 3K01A 3G3FA 4E0WA 3L6GA 1DMBA 1B7ZA 5AA3A 1A99A 4POXA 3FZVA 4THIA 3OSQA 1QKAA 4U1OA 4ZE8A 4M1VA 5EHSA 1FTJA 3PUZE 1B7UA 1NMUA 2XXIA 1NH8A 1B9JA 2HCAA 4AB5A 3RT6B 2XD3A 3S2VA 4R72A 5AA4A 4RK9A 3HSTA 3K6WA 3TKDA 1TFAA 3T9XB 1N04A 2DXRA 4YMBA 3N94A 1B51A 1DTZA 4IO7A 5I59A 3H7MA 3KN8A 3G3GA 1GR2A 1MY3A 4R9GA 1FCKA 1MQDA 4F18A 1EZPA 1MXXA 4ONYA 2ZYMA 3CFZA 2XX7A 3LC8A 4GOTA 3W9WA 1MXUA 1Y1MA 1LCFA 4H67A 2GRVA 5AA2D 5HBCA 5TPAA 3T9VA 3TELA 1OQHA 1I6QA 3FD3A 3H3GA 3QUJA 2V25A 4U4XA 3KOTA 3FXQA 2O7IA 1QKBA 1SW5A 4IO6A 2V3QA 2D21A 2E1SA 3KZGA 3G7WA 2W7YA 5JTYB 4NF4A 1HSLA 1D9YA 5HPQA 2DWJA 5CBRA 5AA2B 3DP8A 3HHGA 3P7IA 1I6BA 3Q26A 3A3UA 3D4GA 4BDNA 3TAJA 1M5BA 4YZZA 1OVTA 3QAXA 4OETA 3TTNA 4DXUA 3MZ1A 4LATA 2O69A 4P11A 4YMAA 4H1XA 1MPBA 3N5LA 4G2ZA 4QSEA 3GLBA 3TPAA 3RT8A 1QW0A 2I48A 3EHSA 2AIXA 4KPTA 4R9FA 2H4IA 1P1WA 3T93B 2F6GA 1L5TA 5CI5A 3V8XB 4ELRA 1R6ZA 2OLBA 1Q1KA 3V5AA 4NF6A 4ZECA 3H6TA 5H8FA 2ZXTA 4GFRA 1II5A 5DVJA 4X1BA 4BDOA 4ECFA 2DE4A 1AL3A 1JW5A 3VVEA 3RQTA 1TWYA 1MPDA 1N7WA 2QMXA 3SDFA 3MW0A 4F2QA 4DDDA 4PE5B 1UTHA 2Q9TA 2O68A 3RNNA 1Z7NE 1M5FA 3H6WA 4FAJA 4RXLA 3DM0A 3RTWB 4EXLA 1ELJA 1D4NA 2ZMBA 3C33A 2XXWA 3QIMA 4RPNA 3PPQA 5JEIA 2PYYA 2UVGA 3OENA 4LZ8A 4KCDA 3MP6A 1XOCA 1HSJA 5CRYA 4QFKA 2ZNUA 1POTA 3GBAA 4Z7EA 2Q8JA 4UACA 1NL5A 2ZYKA 4XKQA 5FHMA 1US5A 1MDP1 2UYEA 4L17A 1FTOA 1N7XA 5CC2A 4LA9A 4JWYA 1IUDA 1BLFA 3OELA 1N3XA 1PC3A 3SKPA 3K1MA 4HW8A 2I6EA 4MH5A 3MPLA 1IZ1A 1LFIA 4C1TA 5H8NB 3QUFA 4H8JA 1MY4A 4I62A 1MM7A 1Y20A 4R6YA 3IJXB 3T9UA 1MDQA 3GBBA 5A5XA 1F9BA 3SEUA 2F5XA 1JW4A 1PBPA 4DE8A 3PD8A 5K2YA 3SEWA 1URGA 2HQ0A 4ELQA 3R7XA 3QSLA 4IY6A 1O64A 3SEVA 3T66A 3GXAA 1UIUA 2XXHA 3VVDA 1NH7A 5I2KA 1P1OA 1SW1A 3K02A 3MC2A 5I57A 2DWAA 3OEKA 3O6HA 4JB7A 2V3TA 3PU5A 3HO7A 4ZZEA 5F7VA 4ZDMA 3FASA 2F97A 2VD2A 1SBPA 1BKAA 4IO5A 5I56A 3MJNA 2DWIA 3CG1A 4U22A 2QSXA 4NTLA 2F7BA 2VOZA 2DE3A 4TOZA 3M3FA 2O7UA 2YPNA 3K1NA 3RPWA 2A5TB 4OFJA 2VHAA 1IXIA 3CI8A 4E0XA 4FATA 5B70A 5DTBA 1NNFA 2QS1A 1VFEA 4F1UA 3ODBA 2R9JA 3C32A 4XIGQ 3MVWA 1A40A 2AYSA 3EPEA 2H99A 5I84A 2F7AA 1TT1A 1B0HA 3VFJA 1AMFA 2F6PA 4YU0A 5L8DA 3T96B 4OERA 3CFXA 3AXFA 3IB0A 4LZ5A 1B46A 5H8QB 1ZKBA 2Q88A 5J1DA 1B4ZA 3OO7A 3PUWE 1XS5A 2HFBA 2ONKE 2OZZA 4NE4A 4F1YA 4EF1A 2REGA 4RNSA 2PMSA 4HS7A 1JQFA 1Q35A 4ZEIA 3USDA 2YJPA 3G3JA 4PFWA 3HCQA 3FV1A 2Z8EA 2ESNA 1TXFA 3IX1A 2DVCA 4JDFA 3IB2A 2H25A 4PFTA 1XT8A 2VP1A 3FUZA 5DEXA 2UYFA 1OIBA 4F19A 3BKIB 3ILTB 4X1DA 3H4ZA 3PPOA 1OQGA 2AL4A 1MS7A 3BFUA 3OO9A 2Y7WA 1IXCA 1EH3A 1YPNA 2P0SA 4U1ZA 4WXJA 3VLWA 4C1UA 4KYDA 1FQBA 4ZS9A 3KGCA 3C4MA 5ISUA 1BTJA 4LUBA 2FYIA 3I3VA 3SESA 4JSOA 2DS9A 1OLAA 2PT2A 2XX8A 1Y3PA 3MUQA 4FJPA 4EQ9A 5TP9B 2HZKA 3IK6B 1LAGE 3N26A 3IL1B 4R2FA 4N07A 4ESXA 5IKBA 4G68C 1VR5A 4NF5A 4PQJA 2Y7IA 4QHQA 4ZEDA 4PFYA 4OWDA 3O2AA 2G93A 2RC7A 5BUUA 3VLUA 3CVGA 4OQOA 3Q28A 3OMBA 4YB7A 4EDPA 1ZTYA 2PVUA 1BIYA 1JEVA 5CM6A 4NEDA 4NF8B 3LSLA 4F2OA 2XXTA 2ZNSA 2XXYA 3O29A 4X48A 2F36A 4KR5A 5EHMA 3K6XA 2I3WA 3FVOA 4QSCA 5KCJB 2CMOA 4BDMA 2BJJX 1MPCA 5LOMA 4I1DA 3IJOB 2O1MA 1H76A 3HPIA 3FJMA 1MXWA 2OCUA 1MG1A 4OXVA 2F8DA 1IITA 2RC8A 5CMKA 3T22A 1QUIA 4XKRA 3TQLA 4DCYA 3PUVE 3E3KA 1QUKA 1ZBMA 2Y7PA 3TTMA 1B7HA 1XHYA 4GRKA 1J1NA 4MBPA 1N84A 3G3IA 1D3KA 3FVGA 3K2DA 2O51A 4C0RA 2DXYA 3TTLA 1CB6A 4F22A 1GV8A 3WAEA 1LFGA 1H3DA 3TODA 4GVOA 3MPKA 1H43A 2QMWA 3FVKA 2M8CA 3ILUB 3PPNA 2ZNTA 4UA8A 3N6TA 3U8QA 1AOVA 3A09A 1B40A 5I59B 1GGGA 3KSJA 1EZOA 5ITOA 3MVZA 3HN0A 3SEXA 5FTHA 1LBBA 3VXBA 3UN6A 3CSGA 4ELOA 3O9PA 2UXAA 3U1OA 1ANFA 2F34A 4F31B 1Y3NA 3K4UA 2NUVA 2OWSA 4JXIA 1S50A 4GL8A 4LVQA 1AIVA 2OJTA 1T0KA 3OXNA 5DVIA 4OTEA 3H6UA 1US4A 4KD5A 4N6PA 3KJ7A 3TMGA 2H5YA 1USYE 2HZLA 4X9TA 2P1SA 4H0WA 3B6WA 3L6HA 1GTKA 1B1HA 3LR1A 1OLCA 3MVXA 4FE8A 3PMVA 3VV5A 4OEVA 2GHAA 2ABHA 1DTGA 3C35A 2H98A 1B6HA 1KWHA 1IXHA 4YKIA 3U93A 3TFLA 1QUJA 1ZMGA 2Z8DA 1GVCA 1MY2A 3UIFA 4ND9A 2R6GE 2GFEA 2XX9A 1LBCA 3EHUA 3OO6A 4U4SA 1PB7A 5CMCA 1B0LA 5L9OA 4I9DA 1SYIA 2DWHA 3N6UA 3IORA 3K1PA 1ZIUA 2DYXA 2FNCA 3O97A 2HXWA 4JBZA 3JV9A 1XVXA 2XXRA 4TLMB 3HHFA 1I69A 1QULA 2AL5A 3CR9A 4BLAA 3TDJA 4MLQA 3LSXA 5H8HA 2QS2A 3KN7A 1ZLQA 1HSEA 3LSWA 4NF6B 1Y3QA 2I58A 5H8FB 1P1UA 1WVJA 4NWDA 5I2NA 3EF7A 3OO8A 3ZKKA 3D4CA 3EHTA 5ICQA 1IIWA 2QPQA 1N0TA 2Z22A 2UVHA 5I58A 3KN3A 2DVZA 1B58A 3SEYA 2ZYNA 4IY5A 1VSOA 2A5TA 4HTGA 1FTMA 1UTHB 1S7YA 4RJZA 4F3PA 2XHDA 4QFNA 2QS4A 1NNTA 1JVXA 4MF3A 5FTIA 1B4HA 4RYAA 2XXVA 5HM4B 3RGYA 4ZE9A 2RF1A 1I6AA 3PMWA 4NMYA 4Z0IA 1TFDA 4U23A 2REJA 1WDNA 2KLFA 4G68A 4R2BA 2DOJA 3M8UA 3O28A 4ZZAA 3Q29A 3CRBA 4YICA 3THIA 4P0IA 2D5WA 2XXPA 3I6VA 4WEPA 1LSTA 3CIJA 2H9BA 2RINA 3KBRA 3G3KA 3TQWA 3S4UA 3OEMA 2XXUA 3MP1A 4XKPA 4WKMA 1LAFE 4EQ7A 3RLFE 3ZS6A 2ONSA 5TU0A 1LAHE 2XXXA 4R6KA 2I4BA 3H6VA 4YAHX 3U92A 3BBRA 1N76A 1URSA 1B05A 2LAOA 1XVYA 4AB6A 4H5FA 2I3VA 1DOTA 2PX1A 3T9HB 1YAEA 2Q2AA 1LB9A 4QFOA 5A5XB 3UP9A 1UTBA 1PB9A 4F29A 3ZSFA 1QJMA 3LBSA 4ZEFA 1LFHA 3C9HA 1SD3A 4GF8A 3M3LA 4IO2A 5F1QA 1Z7ME 2O6AA 3K6UA 4LQ5A 4QFPA 4RK2A 3BFTA 5I2KB 3SETA 4TQUQ 1M5EA 3PD9A 2IA4A 3E4RA 5H8SA 3VXCA 4G4PA 3B7DA 3IO4A 1ZU0A 5M2VA 3MP8A 5I56B 5ELVA 2OWTA 4F3GA 2B65A 3MZBA 1MH3A 4KHZE 2QS3A 4O3CA 1B5JA 4DLDA 3FIRA 3KJTA 1FTLA 1B3EA 3UA8A 2ALUA 2HEUA 4GWOA 4RA1A 4FORA 1B3FA 2OBGA 4FECA 1FQFA 1H44A 1MQHA 4YKPA 3ECRA 3I5OA 1N3WA 3TZAA 4I8CA 3TCHA 5EYFA 2X26A 1OMPA 4HCWA 4HCYA 2DQVA 2NOOA 4LQ2A 1RYXA 2DE2A 3QXMA 3MWBA 2RC9A 1DSNA 4BDRA 1B1XA 4QRZA 4OZ9A 1MY0A 1MH4A 5DYHA 1A7LA 4EXKA 1PBQA 1M5DA 3K0VA 3C34A 4KI0E 3TEPA 1JEUA 4IO3A 3V83A 1Y9UA 1O63A 4KYEA 2YLNA 4BDLA 1P1NA 2I0CA 2F78A 3QK6A 3RUMA 4XXUA 2Z23A 5JTYA 1SI1A 5KZTA 5AA2A 3A3CA 5DEXB 3C31A 1VE4A 3UORA 5KDTB 3O66A 2V84A 4YB6A 2UVJA 1NNKA 1QVSA 2D3IA 3FJ7A 4GL0A 1WODA 4Q30B 1LAXA 4JWOA 4K3FA 4LP2B 1YCJA 4GLIA 2QRYA 4QFLA 3O6GA 4G8MA 1PEBA 3Q25A 3B6TA 4GXAA 1DPPA 3M3KA 3E13X 1MQGA 3KEIA 4JSDA 3CSBA 4POWA 1SW4A 2Y7RA 3GZGA 3IOWA 4NF5B 4OHNA 1DPEA 3IOUA 4IO4A 3MZ9A 2VD3A 4H5GA 5AA4B 3KG2A 3JYRA 4F1VA 5L9MA 1H45A 2GHBA 2A5SA 5IAIA 4IGTA 3TTKA 4G8NA 4DIGA 1Y1ZA 3DELB 2G29A 5BWJA 2Z8FA 5L9SA 4OENA 4KQPA 3E9XA 4ZEKA 4KFQA 1URDA 2V3UA 2F35A 2B3BA 1D9VA 3K00A 4YKKA 3O6IA 2DP8A 3WAFA 3S9MC 1MXYA 3MQ9A 3KOSA 3PUXE 1B5HA 2PT1A 4U2RA 3ZKLA 3IAZA 3VVFA 1RKMA 3IOVA 2XD2A 2O84X 3FXRA 5DT6A 4OESA 5CMBA 2THIA 4U21A 4EQBA 3EN3A 4OYVA 3TTRA 3MBPA 5TPAB 2RKMA 4IGRA 2Q2CA 4GQOA 4FIMA 1POY1 2Y84A 2IEEA 1A8FA 3JZJA 3R6UA 4G77A 1B32A 3TCGA 2I49A 4Q0CA 1EU8A 4R6HA 4OFOA 4ISUA 3TYHA 4FEBA 3U72A 1SVXB 4NF4B 4PP0A 3OSRA 4M4GA 1B3GA 5K2XA 2P2AA 1A54A 1MQJA 1NNPA 4OFLA 1OVBA 1R9LA 4KCCA 3VLVA 5CBSA 5AA1A 1LCTA 3CG3A 5H8NA 4XTCQ 2Q89A 1JETA 2E0SA 4JWXA 4LZ7A 1FQDA 4IB2A 1PDAA 1SDXA 4OMBA 1FQEA 3RY3A 3LSFB 4P0GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OOAA 3SERA 4ZEBA 4F3SA 2PFYA 4EUOA 4MMPA 4RPOA 3QYTA 5DVFA 2I4CA 3UK4A 4OEUA 3FV2A 1MQIA 3VE1B 5EQAA 1SYHA 4DZ1A 2F3BA 5IZ1A 3DLNA 4F39A 4R73A 1Y4CA 4UABA 4KYSA 4OA4A 3W9VA 2ZZWA 3RN8A 3S9NC 3KFMA 1PB8A 1B52A 4GD5A 3S9EA 3W15C 1MRPA 3F11A 4FEDA 4R74A 5ITPA 4O3AA 4HE2A 2V4CA 4DXCA 3IB1A 4H6DA 3CHGA 3UGWA 4MCOA 4H8IA 2VT5A 1LB8A 4PFIA 2V93A 2DSFA 1MM6A 4X04A 4AQ4A 2XXKA 1XC1A 1R1NA 3S9LC 3U94A 4EF2A 4N17A 3FVNA 4DXBA 4Q5TA 3V89B 1AH5A 3Q27A 4RY1A 1IXGA 1UIVA 5B7DA 1MY1A 4YB5A 3RTFB 1S9TA 1B3HA 4GIZA 2R71A 2R8TA 1FBEA 5H8QA 3CFLA 3PMXA 1YTVA 1M5CA 3MYUA 3C36A 5JK4A 2P3VA 2VGQA 2HHMA 4PFUA 4MLVA 3IOTA 2RCAA 1UQWA 5H8HB 1FBHA 4XKNA 2HAVA 2ONRA 3FXUA 1CE2A 3H03A 1MXVA 5I2NB 3DP4A 1MXZA 1IQ7A 4GWUA 3G3HA 3DP6A 4F3BA 3TCFA 2XXQA 3KSXA 3K6VA 5FHOA 2FA7A 3FGSA 4O3BA 2X7QA 1P1QA 2CZLA 4Q8RA 2NWJA 2RCBA 1FJ6A 1RYOA 4R75A 5I58B 1B5IA 2CEYA 2FVZA 2WX9A 4PGPA 1K9ZA 5CMMA 3FATA 5AE4A 2NXOA 4G8HA 1A55A 1Y4TA 4NF0A 2FBPA 4PAKA 4TLLB 1FW0A 3H06B 1NV2A 1BP5A 2O1LA 1ZJLA 4OVJA 4QF9A 3B6QA 2B3FA 5I3SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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