3HCQA

Structural analysis of the choline binding protein chox in a semi-closed and ligand-free conformation
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
288
structure length
288
Chain Sequence
ESCGTVRFSDVGWTDITATTATATTILEALGYETDVKVLSVPVTYTSLKNKDIDVFLGNWMPTMEADIAPYREDKSVETVRENLAGAKYTLATNAKGAELGIKDFKDIAAHKDELDGKIYGIEPGNDGNRLIIDMVEKGTFDLKGFEVVESSEQGMLAQVARAEKSGDPIVFLGWEPHPMNANFKLTYLSGGDDVFGPNYGGATVHTNVRAGYTTECPNVDKLLQNLSFSLQMENEIMGKILNDGEDPEKAAAAWLKDNPQSIEPWLSGVATKDGGDGLAAVKAALGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural analysis of the choline-binding protein ChoX in a semi-closed and ligand-free conformation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Choline-binding protein
source organism Sinorhizobium meliloti
molecule keywords Putative choline ABC transporter, periplasmic solute-binding
total genus 32
structure length 288
sequence length 288
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hcqA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 3hcqA02
3T9HB 4DXBA 3FV1A 1A40A 2PT1A 2GFEA 3H03A 1ANFA 1MXYA 4MF3A 5TPAA 4YAHX 3ZSFA 1LFIA 5TU0A 3N26A 4RPOA 5TP9A 4FAJA 2DXYA 2P2AA 3K1PA 4EQ9A 4G68B 1IQ7A 4UA8A 4GFRA 3EN3A 3ILUB 2XHDA 3OEMA 2OZZA 1EH3A 4ZS9A 5BWJA 4OQOA 1H44A 3A3UA 4MBPA 4RNSA 1NNFA 2XXPA 2XD2A 5J1DA 5CMBA 1O63A 4M1VA 5AA1A 1MS7A 3CVGA 3VFJA 1B3HA 3V83A 3BKIB 3G3JA 1QJMA 4NWDA 1NFTA 3PPQA 2F34A 1B5HA 5DTBA 4F3PA 3FVOA 3IAZA 1B6HA 5CMCA 3TDJA 2RC9A 4M4GA 2V3TA 1Z7NE 2PMSA 3GBBA 4TLLB 2GH9A 5DEXA 2ONKE 3T93B 4I8CA 4OZ9A 1PEBA 4X48A 3QSLA 3W9WA 1WODA 1P1NA 2I6EA 5I2NB 2F35A 4RK9A 4WEDA 5L8DA 1RKMA 1EZPA 1B3LA 3BFTA 2M8CA 1FTMA 4I1DA 4G8NA 3ECRA 4DCYA 4NF6B 4QHQA 5H8FA 4N07A 3WAFA 4R2BA 5CMKA 4F29A 1HSJA 3FXQA 3GZGA 3VLVA 2I3VA 3O97A 4JWOA 3TFLA 1MY4A 4O3CA 3QK6A 2V3UA 3MP8A 4F19A 3Q26A 2ZMBA 3TELA 1OQHA 4LQ5A 1B0HA 4NF5A 3DP4A 4BDRA 3O6GA 2Y7PA 4H0WA 2RINA 2X7QA 1Q35A 4PETA 2O1LA 1SQYA 3KG2A 4BDMA 1P99A 3C36A 3TTRA 2AIXA 1B2HA 4YKIA 5HM4B 1Y3QA 3FATA 3GLBA 5ICQA 3G3FA 2O1MA 1LBCA 1I6BA 4G68C 5KZTA 3PUWE 3S2VA 4PQJA 2XXUA 3TEPA 3M8UA 3T9UA 2XXIA 3SDFA 3RTFB 1P1QA 3C32A 2DS9A 2G29A 3P7IA 1SI1A 1XC1A 3RLFE 4FECA 2F7AA 2QS3A 2CZLA 2ZNUA 4GXSB 3S4UA 2I4CA 4OEVA 4IGTA 4BDNA 1POY1 3QYTA 4OTEA 3RT6B 1IXHA 4F22A 4YB7A 4U1OA 1Q1KA 1Y4CA 4KR5A 3VVEA 2ALUA 3F11A 3RQTA 1LB9A 2IEEA 1NKXA 4ZEBA 3MAMA 3IB2A 3OENA 3TTLA 2F97A 1OLAA 1SYHA 5TPAB 3M3LA 3MC2A 4Q0CA 3SKPA 2BJJX 1MXUA 4BDQA 3FXRA 4ZE9A 1N84A 5TP9B 3FUZA 1JETA 1MM6A 4LVQA 1HSEA 2I49A 4PFWA 3THIA 1B3GA 4YICA 1FQDA 3PPNA 4ELPA 4GIZA 4H6DA 1GVCA 3CFXA 1LCFA 2Q2CA 3PPRA 3SESA 5ISUA 1EU8A 2RC7A 5DVFA 1DMBA 4RA1A 2HFBA 4G68A 3MVWA 4JB7A 2E0SA 4DE8A 3MQ9A 3IJXB 2QPQA 3TCFA 2R6GE 2Q89A 3JYRA 3Q29A 4LONB 2B3FA 3ILTB 4LQ2A 3U94A 4OFJA 3IOTA 1IXIA 1TWYA 5H8HA 4XKRA 5A5XA 3LSWA 4F39A 5B7DA 1JEUA 4XKPA 4FATA 3SERA 4R6HA 2ZNSA 2XXXA 3T9XB 5L9SA 1N7WA 2ANJA 2V25A 3PUXE 5DYHA 3LSFB 1I69A 3WAEA 3EPEA 2UVJA 4OETA 5CRYA 3H6WA 4KYEA 5DEXB 3KZGA 1CB6A 1GR2A 5H8QA 4IO5A 4Q8RA 3N6TA 1B46A 1OVBA 3MUQA 1JW4A 4DIGA 4ELOA 3MPKA 5JTYB 3SEVA 4OENA 4LUBA 5H8FB 3PV0E 3KN3A 3O29A 1MXWA 1PB9A 5CBRA 1ZJLA 4R6YA 4G8HA 4YKJA 2I58A 4PFYA 2OBGA 1DPPA 3PUZE 1FW0A 3G3HA 4DXUA 3MZ9A 1MRPA 4Z0IA 1NH7A 4LZ7A 3G3KA 1ATGA 2H4IA 2ZYNA 4OMBA 3A09A 3V8XB 4BDOA 5K2XA 1MPBA 3K2DA 4F2OA 4NF5B 1GV8A 4GQOA 4EXLA 3CI8A 2PYYA 1T0KA 2Q8JA 2VGQA 4IO3A 1QKBA 2WKYA 4OWDA 3UA8A 3QXMA 2OWTA 3IB0A 2Z8DA 4QFOA 3ZKKA 2ABHA 2V93A 1O7TA 2HQ0A 3JV9A 4HCWA 4OFLA 2GHBA 4OXVA 4DLDA 4F1YA 2R71A 3V89B 3HN0A 3OO7A 4R73A 2CMOA 4XKQA 1MDP1 2NXOA 4R72A 1NH8A 3UK4A 1A55A 1FTKA 3TODA 3IJOB 3H4ZA 4U1ZA 1FTLA 3FVKA 3ZKLA 1ZMGA 1SYIA 1B1HA 1OMPA 2GRVA 2XXHA 2PBWA 2Z23A 5L9MA 3VXCA 2DVZA 3VXBA 1I6AA 1MDQA 2F7BA 3K01A 4MLQA 4LATA 1JEVA 5I56A 4EF1A 1H43A 2UYFA 1IUDA 3OEKA 4F18A 3KJTA 1DPEA 3K4UA 1D4NA 2OWSA 4EXKA 4OHNA 2P0SA 3TCGA 1OLCA 1O64A 4R74A 3EHTA 1UTBA 4GD5A 4FJPA 1MY0A 4AB6A 3U72A 3OOAA 4DZ1A 1A8FA 1Y4TA 4U22A 1SDXA 2PX1A 3LC8A 4H67A 4ESWA 1SBPA 3DLNA 3K02A 3HHGA 4Z7EA 3TUSA 1R9QA 1HSLA 5KCJA 3ODBA 1MQDA 3OMBA 3GXAA 3W9VA 4U2RA 1XS5A 3O66A 3B7DA 3DP6A 4YKPA 4DDDA 3C33A 1QULA 2QRYA 3FD3A 1P1OA 1EZOA 4IO4A 1BLFA 4ZDMA 2F7CA 5H8HB 5A5XB 1URDA 2XXVA 3O2AA 2OJTA 4C0RA 3IX1A 2O51A 5CBSA 2NOOA 2QL3A 3IB1A 3FXUA 1US4A 4F1UA 5HBCA 4QFLA 5H8QB 1B5JA 5L9OA 4O3AA 5CC2A 2H9BA 4U4SA 1MY3A 5M2VA 4MFIA 1MG1A 3CFZA 2DVCA 2FA7A 3K6UA 5JTYA 2Q9TA 3DELB 4K3FA 2OCUA 1Y3NA 1XVYA 2R9JA 2DP8A 5IAIA 4H5GA 4AB5A 3FVNA 2H99A 5ITPA 2Y7WA 3IOWA 1Y3PA 3PGFA 2ZYKA 4XKNA 3RT8A 4G4PA 4WKMA 3EHUA 1A8EA 1MY1A 1B9JA 3VDFA 3OSQA 2OLBA 1F9BA 1VFEA 1YAEA 2Q2AA 3TTKA 3RY3A 1MH4A 3T66A 3Q27A 2KLFA 4HTGA 2VOZA 3VVDA 3G3GA 1VE4A 2DWAA 3D4GA 4EUOA 1JNFA 5I59A 3O28A 2Z8EA 1BKAA 1S9TA 1MQHA 3KOTA 3H6UA 5AE4A 1LAGE 3LSXA 3OO9A 4IY6A 2XXQA 3K6WA 4GXAA 4OEUA 5FHOA 4ECFA 1BIYA 5B70A 4LP2B 1VSOA 3FV2A 3KGCA 1PBQA 5F1QA 5AA4A 2H98A 4UACA 1MPCA 1FQFA 1IXGA 2YLNA 1VFDA 4IO7A 1QUJA 1B3EA 2NVUB 2PT2A 2V84A 3K1MA 2HAUA 2NUVA 2Y7IA 5ICTA 4ZEDA 3OSRA 1DTGA 4JXIA 2P1SA 3SETA 1DSNA 2NWJA 3Q25A 1LFGA 4F3BA 2DE3A 4YKKA 3H3GA 3N6UA 5I56B 1LB8A 1YCJA 4YMAA 4NF8B 3HO7A 1JVYA 1LAXA 3SEYA 3BBRA 4ZECA 3EF7A 4THIA 2XX7A 4GL0A 3PD9A 1DTZA 1ZKBA 3U92A 1UTBB 4XIGQ 3FIRA 3S9EA 4EQBA 4TQUQ 2ONRA 3C31A 1OVTA 2D21A 4JSDA 4C1TA 1ZLQA 4X9TA 1LBBA 3S9NC 2ZYOA 3MWBA 2DE4A 3CSBA 2XD3A 3RTWB 4LZ5A 1FTJA 2O7UA 3KJ7A 3KEIA 3PMWA 5CM6A 2A5TA 2XX8A 4ELRA 1WDNA 2HAVA 5KCJB 1FQEA 1FCKA 4P11A 3VLUA 3CSGA 3IORA 1YPNA 1RYOA 1Z7ME 2VD2A 3PUYE 1QUIA 4QRZA 3UIFA 4HW8A 4Q5TA 3HCQA 4EQ7A 4G8MA 3T9VA 1FQAA 3S9LC 2I3WA 1PBPA 4QFPA 1QVSA 2HXWA 1B51A 4H8JA 4C1UA 4POWA 4GF8A 1ELJA 1LFHA 1YTVA 5EHMA 5FTIA 2H25A 1PC3A 2XXYA 2RCAA 2DSFA 2DXRA 4JSOA 3PPPA 4IB2A 2QSXA 1MPDA 1LAHE 2W7YA 4KCDA 1BP5A 3DM0A 4ND9A 1IZ1A 3A3CA 4BDLA 2F36A 3PU5A 4OFOA 4R9GA 3FJGA 3O9PA 1A54A 2D3IA 5AA2A 1B4ZA 4FEBA 4QSEA 1N76A 1H76A 3VE1B 1IXCA 3T96B 3H06B 5AA2D 4PFUA 4KPTA 4GRKA 1XVXA 4WXJA 4E0WA 3UN6A 2DWJA 5I58B 1US5A 4ZEFA 3OXNA 3QUFA 4NTLA 3KBRA 3E13X 1P1UA 2GHAA 1M5CA 5H8NB 2G93A 3QIMA 1RYXA 4KI0E 5DVJA 4JBZA 4BLAA 2UVHA 2HZLA 1Y9UA 3L6GA 3KN8A 5I57A 5I59B 2B3BA 1D9VA 3UP9A 1ZU0A 1IIWA 1WVJA 3U8QA 2ZYMA 5JEIA 4QF9A 4NF4A 2RC8A 4ZZAA 5FHNA 3SEUA 4ZE8A 1USYE 5AA4B 1R9LA 3CR9A 1PB8A 1N7XA 1FQBA 3LBSA 1NMUA 1FQCA 1POTA 4FIMA 4KYSA 4H8IA 1JVXA 4FORA 4MH5A 3MVYA 4YU0A 4ZEKA 4RYAA 1QKAA 4F31B 5DVIA 2O7IA 3MVXA 5KDTA 1URGA 4KQPA 2F6GA 2DWIA 4H5FA 1B4HA 2RCBA 4NF8A 1AL3A 3B6QA 2I4BA 4HS7A 2UXAA 4XTCQ 1GTKA 4WEPA 4R2FA 2ZXTA 1LGBC 3MVZA 2QJEA 2ONSA 3C9HA 3TYHA 3USDA 2A5TB 4N13A 3FJMA 3TAJA 3CG3A 3I6VA 4E0XA 4FE8A 2QMXA 1TT1A 1B5IA 3C4MA 2I0CA 4I9DA 4QFNA 1UIVA 1SI0A 5IKBA 3EQ1A 3H6VA 3I5OA 1SW1A 4F2QA 4U4XA 4IO2A 4G77A 4R75A 4X1DA 3TMGA 4KD5A 4NE4A 5CMMA 2XXRA 4LZ8A 3FGSA 3EHSA 3M3FA 3K1NA 5LOMA 1S50A 2HCAA 4RXLA 1LCTA 3N94A 5FHMA 3R6UA 1Y1MA 2QS1A 2QS2A 4KYDA 1MY2A 3GBAA 3T22A 3AXFA 3KSXA 1OIBA 1MM7A 1MQGA 2H5YA 2OK2A 3OELA 3IOUA 3FASA 2FNCA 3FZVA 4Q30B 3C34A 4TLMB 3OO8A 3DP8A 1XT8A 3R26A 4PE5B 4EDPA 5FTHA 2DOJA 3MZ1A 5AA2B 2I48A 3ZS6A 1A7LA 1B05A 4YB5A 4NEDA 2DQVA 4TOZA 1H3DA 4U21A 1S7YA 4IGRA 1LLSA 3LR1A 1SW2A 1AIVA 1VR5A 1EZ9A 3OD7A 2B65A 2REJA 5DT6A 4QSCA 3MP1A 3OO6A 1TXFA 5I58A 4H65A 3KSJA 4F3SA 5I2KA 1XOCA 2XXWA 3HV1A 1NNTA 3W15C 3D4CA 1DOTA 5H8NA 1D9YA 4ZZEA 3RN8A 1LSTA 3CG1A 2E1SA 3MP6A 5I57B 3U93A 1UIUA 4N6PA 3KOSA 1MQIA 3LUYA 1MQJA 1L5TA 3R7XA 4GWOA 1JQFA 4NF4B 2Y7RA 1MXZA 3CRBA 3B6TA 2UYEA 4JDFA 3TKDA 2Y84A 4RY1A 4JWYA 1N04A 3BFUA 3H6TA 1AOVA 2Z8FA 3N5LA 1M5FA 3HPIA 1ZTYA 2O6AA 3IR1A 4POXA 3HHFA 4G2ZA 4KCCA 4QFKA 4NWCA 4FEDA 2FYIA 4F1VA 5KDTB 4RJZA 1M5DA 1PB7A 1SW5A 4RPNA 1GGGA 4RK2A 2AL4A 4HCYA 3KFMA 2ESNA 2AL5A 1H45A 3PPOA 4OVJA 4OESA 3H7MA 2PVUA 2Q88A 3G3IA 1II5A 2IA4A 3K00A 1R6ZA 1KWHA 3B6WA 3MJNA 3PMXA 5H8SA 1UTHA 3Q28A 4DCXA 1NL5A 3MBPA 3RPWA 1OQGA 4R9FA 2VP1A 3RUMA 3RNNA 5F7VA 2LAOA 2QMWA 3RGYA 3IO6A 1B0LA 2YPNA 4ONYA 3CIJA 3U1OA 3K0VA 4EF2A 1JW5A 4P0IA 2RKMA 3ONMA 2X26A 2Y7KA 3MW0A 1B58A 2I0BA 3KN7A 4GL8A 4PP0A 5K2YA 4O3BA 1FTOA 2Z22A 3M3KA 4GVOA 3TTNA 1LAFE 1NNKA 4IY5A 3IK6B 4AQ4A 1IITA 3I3VA 4KHZE 2O69A 3UGWA 3FVGA 3MPLA 3TZAA 3PD8A 2F6PA 4L17A 1SD3A 2REGA 2HEUA 1PDAA 2XXTA 1NNPA 1J1NA 5EYFA 4X1BA 2VD3A 3O6IA 4U23A 1MH3A 4DXCA 1N0TA 1I6QA 1IEJA 5ITOA 3K6XA 5I84A 3LSLA 2O84X 1Y1ZA 3C35A 3JZJA 1B40A 1B1XA 1XHYA 2F8DA 2HZKA 1SVXB 1N3XA 4P0GA 4ESXA 1USYH 3VLWA 3O6HA 3TQLA 3TQWA 3HSTA 1B52A 3TPAA 2F78A 1TFAA 4QSDA 3E9XA 5AA3A 1M5EA 2UVGA 2O68A 2DE2A 5I2NA 5EHSA 4MLVA 1ZIUA 1B32A 2YJPA 4LA9A 4NMYA 1Y20A 4NF6A 3PMVA 1D3KA 2V3QA 4YB6A 5BUUA 3E4RA 3G7WA 1QUKA 1R1NA 5I2KB 2DWHA 1MXXA 4ISUA 1UQWA 3IL1B 3K6VA 4I62A 3QUJA 3CFLA 1B7UA 2VHAA 1P1WA 3MZBA 2RF1A 5HPQA 4KFQA 3UORA 4OYVA 3S9MC 4ELQA 3VV5A 3IO4A 1BTJA 1ZBMA 3V5AA 3IOVA 1AH5A 2AYSA 1B7ZA 2F5XA 1MXVA 2THIA 3L6HA 3E3KA 4ZEIA 2QS4A 4IO6A 2A5SA 1A99A 1N3WA 3PUVE 3SEXA 4YZZA 4YMBA 4GOTA 3SEWA 4H1XA 4F3GA 2D5WA 3TTMA 1CE2A 2DYXA 2XX9A 1QW0A 2X7PA 2UVIA 4GLIA 4OERA 2ZNTA 1URSA 1SW4A 3QAXA 5ELVA 1B3FA 5CI5A 4XXUA 3FJ7A 3VVFA 3TCHA 1UTHB 1JW1A 4R6KA 1M5BA 1B7HA 5JK4A 4JWXA 4PFTA 1AMFA 1TFDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2JJKA 3T9HB 4GBWA 4DXBA 4I40A 3FV1A 1A40A 2PT1A 2GFEA 3H03A 1ANFA 2QVVA 1MXYA 4MF3A 5TPAA 4NGUA 4YAHX 3ZSFA 1LFIA 5TU0A 3N26A 4RPOA 1NV5A 5TP9A 4FBPA 4GX3A 3E78A 2WX9A 4HE1A 4FAJA 2DXYA 2P2AA 1K9ZA 3K1PA 4EQ9A 4G68B 1IQ7A 4UA8A 1NUXA 4OVTA 4X8RA 4XFEA 4GFRA 1K9YA 1LBZA 3EN3A 3ILUB 2XHDA 3OEMA 2OZZA 1EH3A 4ZS9A 5BWJA 4OQOA 1H44A 3A3UA 4H46A 4MBPA 4RNSA 1NNFA 2XXPA 2XD2A 5J1DA 4N15A 5CMBA 1O63A 4M1VA 5AA1A 1MS7A 3CVGA 3VFJA 4PTKA 4N8YA 1B3HA 3V83A 3BKIB 3G3JA 1QJMA 4GWUA 4NWDA 1NFTA 3PPQA 2F34A 2GQ1A 1B5HA 5DTBA 2WBDA 4F3PA 3FVOA 3IAZA 1B6HA 5CMCA 1FPKA 3TDJA 2RC9A 4M4GA 2PFZA 2V3TA 1Z7NE 2PMSA 3GBBA 4TLLB 2GH9A 5DEXA 2ONKE 3T93B 4I8CA 4OZ9A 1PEBA 4X48A 3QSLA 3W9WA 1WODA 1P1NA 2I6EA 4OVSA 5I2NB 2F35A 4RK9A 4WEDA 5L8DA 1RKMA 1EZPA 1B3LA 3BFTA 2M8CA 1FTMA 2VPOA 4I1DA 4G8NA 3ECRA 4GWSA 4DCYA 4JVIA 4NF6B 4QHQA 5H8FA 4N07A 3WAFA 4R2BA 2B4LA 1NV3A 5CMKA 4F29A 1HSJA 3FXQA 3GZGA 3VLVA 2I3VA 3O97A 4JWOA 3TFLA 1MY4A 4QXDA 4O3CA 3QK6A 2V3UA 1QGXA 3MP8A 4F19A 3Q26A 2ZMBA 4P1LA 3TELA 1OQHA 2MKZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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