3HO7A

Crystal structure of oxyr from porphyromonas gingivalis
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
TGRLNIAVLPTIAPYLLPRVFPIWKKELAGLEIHVSEMQTSRCLASLLSGEIDMAIIASKAETEGLEDDLLYYEEFLGYVSRCEPLFEQDVIRTTEVNPHRLWLLDEGHCFRDQLVRFCQMKGLHERQTAYSGGSMEAFMRLVESGQGITFIPQLTVEQLSPSQKELVRPFGMPRPVREVRLAVRQDYSRRKLREQLIGLLRSAVPSDMHKLQTGQHLAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the Porphyromonas gingivalis OxyR regulatory domain explain differences in expression of the OxyR regulon in Escherichia coli and P. gingivalis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Porphyromonas gingivalis
molecule keywords OxyR
total genus 69
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ho7A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ho7A02
2XX9A 3WAEA 4IO7A 4U1OA 3C31A 3N6TA 4OEVA 3I6VA 2YJPA 4KPTA 4HCYA 3KBRA 4QFNA 3VVEA 3AXFA 3O9PA 3R7XA 1SW1A 4RNSA 4YB5A 1SW4A 4LZ7A 5CBSA 4R75A 3CSGA 3DM0A 4F18A 3KJTA 3C4MA 1PB8A 4F1UA 1OVTA 1BIYA 5TPAB 4PQJA 4Z0IA 4JBZA 2OCUA 1SDXA 3THIA 4M4GA 1ZMGA 1QW0A 4LP2B 2B3FA 1B7ZA 4I62A 4ELRA 3GBAA 2ZXTA 5H8QA 4GOTA 1DOTA 1RYOA 1UTBA 3MPKA 1D4NA 3H7MA 1L5TA 2H9BA 3K1MA 3HV1A 3QAXA 1TFAA 1IITA 1JEUA 3MQ9A 4QFKA 3S2VA 3G3FA 1PDAA 1VE4A 4OWDA 4U2RA 4NWDA 3SDFA 2HZKA 4YB7A 3HPIA 1QVSA 5I56A 3LSLA 4LONB 3PUXE 2R71A 5BWJA 3IK6B 4E0WA 3ONMA 1LFGA 3SEYA 2AYSA 3B6TA 1B1XA 1MM7A 5I59B 4KYEA 3T96B 4FIMA 1T0KA 5CMBA 3MJNA 3EQ1A 3PPQA 4F3GA 3ZSFA 3VVDA 2O69A 4DCXA 5H8FB 4OXVA 1RYXA 2UVHA 2F36A 4G68B 3Q25A 2QMXA 3ECRA 2Q2CA 3G3KA 3OENA 2W7YA 1US5A 1VFEA 4ZEDA 3EHSA 1GGGA 4GQOA 3KN8A 3FXUA 4TLMB 1EZOA 3TTRA 2ABHA 2Y7PA 3A3CA 4FJPA 2GRVA 1QJMA 3TPAA 4R9FA 3R6UA 2F7AA 3TYHA 3IR1A 4ZE9A 1UIVA 2V84A 2UYFA 4H1XA 3KOTA 5L8DA 3KSXA 1D9VA 1H43A 1P1WA 4DXCA 4GL8A 2I49A 3H6WA 3C9HA 1UTHA 2VHAA 1O63A 1OQGA 3RT8A 3LR1A 5CI5A 4R73A 3TQWA 2E0SA 3FJ7A 3MUQA 3PD8A 2F35A 3TCFA 2Z23A 1Y3PA 1B1HA 3VLWA 4JWYA 3OO7A 5TP9A 2X7PA 1GVCA 3SESA 2R9JA 4JDFA 2A5SA 2DWHA 4YKJA 2DWJA 4HS7A 2DOJA 5KDTA 3T93B 4EXLA 1OVBA 3E3KA 2ALUA 1URSA 4IB2A 3UP9A 1A55A 4ISUA 4GVOA 1PC3A 4KHZE 4XKRA 5ITOA 2THIA 2XXHA 4GRKA 4ESXA 4I8CA 5F7VA 3LSFB 3N26A 4EQ7A 2H99A 1OLAA 4NF6B 2UVIA 3IL1B 2ZNUA 1MDQA 3C32A 3O2AA 4F29A 2Q88A 3IO6A 3RPWA 3VXBA 2Y7IA 1MXXA 5IAIA 3PPOA 5AA3A 2DQVA 3QYTA 1ATGA 4R74A 4GXSB 2VGQA 5TPAA 3KG2A 3TODA 3ZKLA 4ZEFA 1TXFA 3VE1B 1A8EA 1OMPA 2I6EA 2QS2A 5DVIA 3QUJA 2DWAA 2PX1A 3E9XA 1B6HA 2GHBA 2AL5A 1LCFA 1LAXA 1GTKA 1H76A 5DTBA 3V89B 4RXLA 2BJJX 3MW0A 4OETA 3D4CA 4EF2A 2ZYOA 4OENA 3TELA 3OO8A 2E1SA 3R26A 4IY5A 2PT2A 1B7UA 2XD2A 1SW5A 3IX1A 3CRBA 1LGBC 1B9JA 3G3HA 4FE8A 3FV1A 3VVFA 3LBSA 2H4IA 1N7WA 5BUUA 2GH9A 4QF9A 2P2AA 3SKPA 4JWOA 3H4ZA 3B6WA 3TCGA 1B2HA 2DYXA 2XX7A 1S50A 2VOZA 1NL5A 5I59A 4MLVA 3RUMA 3MWBA 3QXMA 2CMOA 2DP8A 4KCDA 4QFOA 3LSWA 4EF1A 1LLSA 5ICQA 1GR2A 4E0XA 3HHFA 1A54A 5H8FA 5AA1A 1URDA 1Y4CA 2QPQA 2DE2A 4NF4B 2UVGA 4R72A 3CI8A 4G68A 2O1LA 4IO4A 1MH3A 3TZAA 4RK9A 4OTEA 3FIRA 2NXOA 3MVZA 3BFUA 3T9XB 4LZ8A 3PPPA 3RTWB 3LSXA 2IA4A 1XVXA 4ELPA 3KJ7A 4ECFA 5LOMA 1DMBA 3GXAA 2GFEA 3P7IA 1B5IA 5AE4A 4YB6A 3DLNA 5AA4B 1SVXB 2Z22A 2I0CA 1AH5A 4H65A 4F1YA 3TCHA 4F39A 2XXWA 4AQ4A 2YPNA 3H6VA 2HEUA 1MPBA 4WXJA 4TQUQ 3S4UA 3KOSA 3KN7A 4GWOA 3W9WA 1HSLA 1P99A 3FASA 1MPCA 4H6DA 3ODBA 5H8SA 1Q1KA 1N7XA 1B4ZA 5FHOA 3JYRA 2DE3A 2F97A 3L6GA 2ONSA 2HXWA 3G3GA 3H3GA 1B0LA 1JW4A 2DXYA 4OERA 3EHTA 3PUWE 3TDJA 4KR5A 2Z8DA 1EU8A 3TTMA 3SETA 4R2BA 1SYIA 4RPNA 3IB1A 4KD5A 4BDOA 5HM4B 1Y9UA 3HN0A 4HTGA 1BLFA 2ONKE 5M2VA 1H3DA 2O7UA 2UYEA 4LZ5A 2I48A 2V3QA 4R2FA 1MY1A 3V5AA 4F3PA 1AIVA 1MXUA 3DP8A 3TTLA 2XD3A 4OFOA 4ONYA 4IO6A 2G93A 1Y3QA 5AA2D 3HCQA 4EXKA 2NWJA 4N6PA 3K01A 4F22A 1QUIA 5CRYA 4H8IA 2HAVA 5I2KB 4I9DA 3MP1A 4U1ZA 4MFIA 3PU5A 3PUVE 3O6IA 5H8NB 1FW0A 2F8DA 5CM6A 2ZMBA 3MVXA 2ONRA 5CC2A 1QUJA 3L6HA 1LCTA 4QFPA 2OWTA 2QMWA 4NF6A 2ESNA 2HZLA 1USYH 3FVNA 1XC1A 4LVQA 4F3SA 1Z7NE 4PFWA 4IO5A 1I69A 5FHNA 2NUVA 4OZ9A 1FQDA 1D3KA 4DE8A 5AA2B 2DVZA 3QUFA 2XHDA 4AB6A 4POWA 4YMAA 1VFDA 4BLAA 3U1OA 4OFJA 2XXXA 5I2NB 2NVUB 4F2OA 4GIZA 4PE5B 2O6AA 1LBBA 2FYIA 1FTLA 4YKPA 3OO6A 4YU0A 1B05A 2R6GE 1TFDA 4OEUA 1TT1A 4NF8B 4NEDA 1NNKA 2DS9A 2RINA 3DP4A 3VLVA 3K00A 3H6TA 3OMBA 4PETA 4KYDA 1MPDA 1VSOA 2Q2AA 1MQHA 1MY3A 1AL3A 2KLFA 2I3WA 1EH3A 1H44A 4NF5B 1N76A 2DXRA 3O6HA 2Q89A 3VDFA 2Y7KA 2B3BA 2UVJA 3U94A 2OJTA 2V3UA 3GLBA 2RC8A 1IXGA 3U72A 4WEPA 4K3FA 4BDQA 3RN8A 3SERA 1LAHE 2F6PA 3EN3A 2F5XA 3VV5A 2LAOA 1NNPA 4QSDA 4R6KA 1FQEA 3SEUA 1VR5A 4C0RA 4I1DA 3CG1A 4IO2A 4NF4A 1FQCA 3C34A 1IIWA 2XXYA 2Z8FA 1OLCA 1SQYA 1PB7A 1N04A 3N5LA 1B52A 4OMBA 5JEIA 1LFHA 1MQJA 4U4XA 4F19A 2I4CA 1IZ1A 3W9VA 2AL4A 1H45A 1I6AA 1P1NA 3IOUA 1YCJA 4POXA 2Z8EA 4ND9A 3B7DA 3KN3A 1ZIUA 4FECA 4ZEIA 3G3JA 1KWHA 1EZ9A 4UA8A 5AA4A 1QKAA 4OESA 5FTIA 4THIA 1NMUA 2OK2A 1UQWA 4QSEA 3MP6A 4P11A 1D9YA 1PEBA 2B65A 2RCAA 1B5JA 4LUBA 3FATA 1XS5A 3OELA 3K0VA 1SW2A 3LUYA 4R6HA 3OSRA 4Q5TA 3FVKA 3IO4A 2FNCA 1RKMA 3HHGA 2REGA 1JW1A 3FD3A 1URGA 3BBRA 2XXUA 4MBPA 1B5HA 1P1OA 2VD3A 4XIGQ 2H5YA 4IO3A 4F3BA 2OLBA 4N07A 2I4BA 3VLUA 4G2ZA 1B46A 3K6VA 3U92A 4G8HA 3C35A 3FVGA 3Q26A 4WEDA 3HO7A 1P1QA 3PD9A 1J1NA 1B4HA 5DVJA 5CMKA 3QSLA 3TEPA 1R9QA 1NNTA 3O66A 1MS7A 3CSBA 1LB9A 3GZGA 4DXBA 1QKBA 3TFLA 4XKPA 3M8UA 1NH8A 2QS1A 2V3TA 2IEEA 2GHAA 2HCAA 3OSQA 2ZYMA 3FGSA 1JQFA 1Q35A 3DELB 5ICTA 1MXZA 1NFTA 3CFLA 5I2KA 3IOVA 1LB8A 3UA8A 1A40A 3ZS6A 1A99A 4PP0A 3IJXB 3FJMA 5H8NA 4YZZA 1A7LA 4MLQA 4ZE8A 4R6YA 2DSFA 4G4PA 3UN6A 2I0BA 4OVJA 4DDDA 1GV8A 4TOZA 4G77A 1OQHA 4FAJA 3PMXA 4RJZA 3SEXA 1IUDA 1S9TA 3OEKA 5AA2A 3N6UA 3G3IA 4ZDMA 3K2DA 4JWXA 3PPRA 5I2NA 2D21A 2XXRA 1FQBA 3U8QA 4BDLA 4C1TA 1R9LA 2QJEA 5H8HB 1F9BA 3CFXA 4NF8A 2QS4A 4H5FA 4IGTA 3UORA 3CG3A 1B3FA 5I58B 1B7HA 3CFZA 4DCYA 3H6UA 1Y3NA 5CBRA 4R9GA 3PPNA 2F34A 1M5BA 1QULA 3WAFA 4ELQA 4NF5A 4LATA 3A09A 5DYHA 4DXUA 4O3CA 4OFLA 5L9OA 3KGCA 3MZ1A 5ISUA 1Y20A 4GD5A 1MXVA 3MBPA 1YPNA 2ZNTA 5HPQA 5L9SA 3BFTA 2NOOA 1LBCA 3FXQA 2D5WA 3ILTB 1SI1A 3M3KA 3MP8A 4KYSA 4BDNA 1US4A 5L9MA 1IQ7A 2QL3A 3RNNA 4O3AA 4LQ2A 2PVUA 3F11A 3K02A 1WODA 3TKDA 5K2YA 4TLLB 3EHUA 2Y7WA 1FTOA 3RQTA 3SEVA 4ZEBA 3GBBA 1MY4A 4H5GA 2YLNA 2REJA 5EHSA 3RT6B 4F2QA 4RA1A 3BKIB 4DIGA 5EYFA 1O64A 3Q28A 4KCCA 1B3EA 1M5DA 1MY0A 3O6GA 1IXIA 5KCJB 4U21A 1M5CA 1PBQA 3KSJA 1ELJA 4EQBA 1WVJA 3T9VA 4NWCA 4KFQA 1NH7A 1B58A 3TMGA 2RCBA 3K4UA 2G29A 4GFRA 1DPEA 1ZJLA 5B7DA 3MC2A 3OOAA 3PUYE 1XOCA 4HW8A 3IAZA 4YAHX 1B40A 2D3IA 3IJOB 2DWIA 2O51A 1R6ZA 1SBPA 3KEIA 3TUSA 4X1DA 5B70A 4L17A 3K1NA 4G8MA 4ZZAA 1LFIA 5EHMA 3MAMA 4QRZA 4IGRA 3IOWA 4U22A 2F78A 2QS3A 4RY1A 1R1NA 4EUOA 3T66A 3FXRA 5DT6A 2V93A 3VFJA 2A5TB 5I84A 5J1DA 1JW5A 4H67A 4PFYA 3Q27A 4ZECA 3IORA 5DEXB 4H8JA 1WDNA 3VXCA 4F31B 3S9EA 1AOVA 3DP6A 4ESWA 4P0GA 2O68A 4YICA 1B3HA 1ANFA 3K6WA 3MVWA 1II5A 3KZGA 1Y1ZA 3TTNA 1EZPA 4Q30B 2V25A 5F1QA 3U93A 4X1BA 1ZTYA 1XHYA 4QHQA 1ZLQA 4NE4A 1FTMA 1LAFE 1N3XA 2ZYKA 4PFUA 5JTYB 4BDMA 3SEWA 3V83A 3PMWA 3H03A 3OO9A 1M5FA 5I57B 1JNFA 5A5XB 2ANJA 5H8HA 4OQOA 4BDRA 5I58A 4LA9A 1LAGE 3TTKA 3S9LC 1BKAA 1S7YA 1N0TA 3USDA 3JV9A 2I58A 3CIJA 5TU0A 1A8FA 2O1MA 1ZKBA 2Q8JA 1SD3A 1SI0A 5ITPA 4HCWA 3RTFB 4F1VA 3CVGA 5FHMA 1MM6A 3QK6A 4XKQA 3MPLA 1QUKA 4UACA 1FTKA 2QRYA 3UIFA 4RYAA 3M3FA 3MVYA 3FZVA 1BTJA 1MQIA 1POY1 5CMCA 2RF1A 1UIUA 5HBCA 2PMSA 1FTJA 1SYHA 3E4RA 3ILUB 4ELOA 1Y1MA 2H98A 4XKNA 2RC9A 2WKYA 1NNFA 2OZZA 1DTZA 2XXPA 3T9HB 5K2XA 2PT1A 3C36A 3C33A 5IKBA 1FQFA 4EQ9A 5CMMA 2I3VA 2RKMA 4FEDA 5KCJA 1FQAA 3TAJA 4QFLA 3UGWA 3LC8A 2ZYNA 2P0SA 1MQDA 2Q9TA 3PV0E 4OYVA 2XX8A 4X48A 1MXYA 4RPOA 4U4SA 4QSCA 1OIBA 4YKKA 4GLIA 5ELVA 5FTHA 4FORA 5H8QB 2P1SA 3S9MC 1UTBB 1DPPA 3EPEA 1AMFA 1N84A 4X9TA 4P0IA 4GXAA 4Z7EA 1FCKA 2VD2A 4IY6A 3RLFE 4NMYA 2ZNSA 3QIMA 3O29A 5I56B 1YTVA 2AIXA 3FV2A 3IOTA 4MH5A 1POTA 1O7TA 4ZEKA 1TWYA 3MZ9A 1I6QA 3T9UA 3O97A 3RY3A 2XXVA 1N3WA 2F6GA 3FUZA 1XT8A 5KZTA 1XVYA 3K6UA 1MH4A 4JSOA 4DZ1A 3MZBA 5DVFA 5JK4A 4FEBA 3K6XA 3JZJA 1BP5A 2A5TA 2RC7A 4EDPA 4O3BA 1IEJA 2OBGA 5DEXA 1B32A 3KFMA 3Q29A 4DLDA 4C1UA 3V8XB 1B3LA 3W15C 3D4GA 1JVYA 2M8CA 1YAEA 1PBPA 1JETA 3G7WA 4MF3A 4YMBA 5JTYA 4JXIA 4M1VA 4JSDA 2X26A 4XXUA 3RGYA 2Y84A 4AB5A 1JEVA 3M3LA 1MXWA 1MG1A 1JVXA 4GF8A 1MQGA 3S9NC 3IB0A 1HSEA 1B3GA 2PBWA 2UXAA 1ZU0A 2X7QA 5I57A 3N94A 1CB6A 1PB9A 1IXCA 1HSJA 1UTHB 4Q0CA 5A5XA 3K1PA 3HSTA 3I3VA 3CR9A 3E13X 3T22A 1MDP1 3PUZE 2F7CA 2HFBA 3A3UA 4Q8RA 2HAUA 2F7BA 2DE4A 1Z7ME 4G8NA 1MY2A 2FA7A 4G68C 4H0WA 3IB2A 4WKMA 4GL0A 4NTLA 1USYE 3EF7A 4RK2A 4KQPA 1P1UA 5TP9B 4XTCQ 3FJGA 1I6BA 3ZKKA 2XXTA 4N13A 3FVOA 3PMVA 2Y7RA 1B0HA 3PGFA 1NKXA 4ZS9A 2H25A 2OWSA 1M5EA 1DSNA 1LSTA 3O28A 1B51A 4OHNA 4U23A 3I5OA 1ZBMA 3OD7A 5KDTB 3OEMA 2CZLA 2O84X 4FATA 2XXQA 2QSXA 1MRPA 3TQLA 2DVCA 3OXNA 4KI0E 4ZZEA 2PYYA 2VP1A 4YKIA 4JB7A 2HQ0A 1Y4TA 2O7IA 2XXIA 3H06B 1CE2A 4PFTA 3UK4A 3B6QA 1IXHA 1DTGA 4LQ5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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