3HO7A

Crystal structure of oxyr from porphyromonas gingivalis
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
TGRLNIAVLPTIAPYLLPRVFPIWKKELAGLEIHVSEMQTSRCLASLLSGEIDMAIIASKAETEGLEDDLLYYEEFLGYVSRCEPLFEQDVIRTTEVNPHRLWLLDEGHCFRDQLVRFCQMKGLHERQTAYSGGSMEAFMRLVESGQGITFIPQLTVEQLSPSQKELVRPFGMPRPVREVRLAVRQDYSRRKLREQLIGLLRSAVPSDMHKLQTGQHLAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the Porphyromonas gingivalis OxyR regulatory domain explain differences in expression of the OxyR regulon in Escherichia coli and P. gingivalis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OxyR
molecule tags Transcription
source organism Porphyromonas gingivalis
total genus 69
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ho7A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ho7A02
2HEUA 2I0CA 4H5GA 2ZYMA 3PUYE 2XD2A 2H9BA 1B6HA 3H03A 3VVDA 4DCXA 5I58B 3EHUA 3S9MC 1LCFA 2H25A 1FQCA 3UGWA 1M5EA 2O7IA 4KYSA 2R9JA 1USYH 4PFWA 2XXVA 2XX7A 5I2NA 3E13X 4JSOA 1SW1A 3RNNA 5CMMA 1LGBC 1GV8A 3VFJA 5FHNA 3B6TA 1IXGA 4GQOA 4WEDA 1B3LA 2FYIA 3H3GA 3FV1A 2I6EA 3H6TA 3SEYA 5LOMA 1D4NA 1O64A 1IEJA 4G68B 1JEUA 4ZZEA 3TUSA 1RYOA 4LZ7A 3UIFA 3RY3A 2QS3A 2E0SA 4GOTA 3T66A 5KZTA 4HCYA 4ZE8A 4FE8A 1B1XA 3U1OA 2ANJA 2Q89A 1FTLA 4OEUA 1P1OA 2DWIA 1A54A 2OCUA 4H6DA 4X1BA 2DYXA 4EQ7A 4QHQA 4H8IA 3PU5A 3L6HA 1IITA 5F7VA 5H8HA 5L8DA 4ONYA 1MM7A 4U1ZA 3TCHA 3CRBA 3PUVE 2VOZA 2G93A 1VE4A 2F97A 2Q8JA 4YB6A 3O66A 2Y7WA 2XXIA 3TMGA 4LONB 2UXAA 3GBAA 4RA1A 5ITOA 4LQ2A 4KCDA 4RYAA 3G3HA 1XT8A 1H44A 3PV0E 3SDFA 3IJXB 3OENA 1JEVA 2ABHA 1FQDA 1S50A 3KSXA 3OSRA 1NH7A 2I58A 1AH5A 1A99A 3FUZA 1DTZA 2D21A 3ECRA 1A8EA 1Q1KA 1BKAA 2F7BA 1TWYA 3DLNA 1MPCA 2F6PA 4F3PA 3O28A 5I2NB 2RKMA 3N6UA 1H3DA 5ICTA 4FECA 1B05A 1POTA 4DDDA 3G3KA 3PUZE 2FA7A 2B65A 4POXA 3CSBA 2O68A 2A5TA 4FORA 4GD5A 1BLFA 2OLBA 3CFZA 1MQIA 2QPQA 1ZJLA 2H4IA 3GXAA 4P0IA 3E9XA 3O2AA 2DXYA 3OO7A 3G3IA 3HCQA 3IB1A 4UA8A 2BJJX 3GLBA 2RC9A 1B7UA 1SD3A 3IB0A 4LATA 4ZZAA 3PGFA 2PYYA 3TTKA 3M3KA 3I5OA 3FJMA 3EQ1A 3G3GA 5H8HB 3K01A 1ZBMA 3CI8A 1VFDA 4OENA 4F31B 2GHBA 4OFLA 1OIBA 3IK6B 3E4RA 3ZSFA 4NTLA 3MW0A 1GTKA 2O51A 3K1PA 4PFYA 5I2KB 3I6VA 4UACA 2Z8DA 2V3QA 2G29A 4QFKA 4IY5A 2CZLA 1QULA 4RK2A 1MS7A 1M5DA 3QK6A 4HCWA 3IAZA 2O69A 5ITPA 3IORA 4RJZA 4TQUQ 3A09A 4EUOA 1PB8A 5CRYA 3UP9A 2PVUA 4ISUA 5H8QA 1P1QA 4PETA 1CE2A 3TPAA 1PB9A 1QKAA 1UTHA 4C1TA 4YAHX 1JW5A 3O6GA 4F1VA 3PPRA 1OQHA 1P1UA 3KBRA 1H76A 3UORA 4G8MA 3TZAA 3EHTA 2DSFA 1S7YA 3IOUA 2OWSA 2P2AA 3TTMA 3VLWA 3K1MA 3LC8A 4OVJA 3DP6A 3H6VA 4JDFA 4X1DA 1WODA 3FIRA 3HPIA 3RQTA 1B4HA 1B46A 3CSGA 1B52A 2B3FA 2VP1A 4JXIA 1FQFA 3RT6B 3BFTA 1F9BA 1VSOA 4G68C 2QJEA 3K2DA 1LFGA 5H8FA 3MP6A 4OESA 1Y3QA 1DTGA 2PT2A 1JVYA 4G8NA 4QFNA 4QFOA 1MXWA 3B7DA 4G8HA 4WXJA 4ZEFA 3USDA 4U23A 2GH9A 3TYHA 1QUIA 3TEPA 4Z0IA 4AQ4A 2HFBA 3PPOA 3QXMA 4KFQA 4FEBA 3T9HB 1AOVA 3KSJA 3UK4A 2HCAA 2Q2AA 3FZVA 1SDXA 4F2QA 1N7WA 2NUVA 2I48A 5FHOA 3PPQA 3U93A 4C1UA 1LFIA 2H5YA 5H8QB 3Q28A 3PMXA 2X26A 1YCJA 3OO6A 4F1YA 1Y9UA 2YJPA 3H4ZA 1IUDA 5K2XA 4IO7A 1KWHA 4X48A 4F3GA 2OBGA 5ELVA 5FHMA 4NWDA 4O3AA 4NWCA 3MVWA 3WAFA 2RCAA 2YPNA 1ZU0A 1SI0A 1LAHE 3Q25A 3VE1B 3OO9A 2QRYA 3DP4A 1MXUA 4F1UA 3M3LA 4R9GA 2ZMBA 1QUJA 1B5JA 2H99A 1WDNA 3LSLA 2PMSA 5CMCA 3PUWE 5EHSA 4R2BA 3MQ9A 3FXUA 3OO8A 5I59A 2THIA 4KQPA 2HZKA 4NF8A 1MXVA 4JWXA 4OYVA 3AXFA 4QFLA 2HAUA 4TOZA 3VXBA 5KDTA 3FJ7A 3O6HA 3OD7A 1LCTA 3EHSA 1FTKA 4G77A 1NNFA 4F3BA 3RLFE 5DVFA 2M8CA 3OSQA 2Y84A 4N6PA 1L5TA 2ZNSA 3OEMA 4ZEIA 1B51A 1POY1 1Y20A 1JNFA 4F19A 2F34A 2O6AA 1QKBA 4BDRA 3FASA 3TAJA 3M8UA 2P0SA 3H7MA 3IB2A 1QJMA 4YKKA 1II5A 4YB7A 3MZ9A 4R2FA 1UIUA 4GWOA 3OEKA 4YKJA 1VR5A 2F6GA 4YU0A 1P99A 4ESWA 1PBPA 1IXCA 4RXLA 3O6IA 4QSCA 1UIVA 5BWJA 3IR1A 4FEDA 4ECFA 5I57A 4Z7EA 3PPPA 3ZS6A 3ILUB 4NF5A 2F8DA 3GZGA 3G3FA 4IO4A 1ZKBA 3TTNA 5F1QA 3DM0A 1PC3A 2I0BA 1M5BA 5EHMA 2P1SA 2D3IA 1FQBA 3PMWA 1N3WA 1NNPA 5CBSA 1B3EA 1SI1A 3K4UA 2R6GE 5H8NA 3SEWA 3E3KA 1SW2A 2IEEA 1Q35A 1OQGA 5FTIA 4JWOA 1MY0A 4Q30B 1B3GA 5ICQA 3KZGA 5KDTB 4KHZE 4PP0A 3LSXA 4OMBA 3PPNA 1PB7A 1SBPA 4MBPA 4YICA 4LVQA 1MXXA 3FV2A 1DMBA 1NKXA 1EZ9A 2QMWA 2O1LA 3G7WA 4LUBA 4POWA 4ZEKA 1BTJA 3VLUA 3C4MA 1B0HA 5DYHA 1MY4A 3HO7A 2QSXA 1MY2A 5AA2D 2XXHA 3KOSA 4NF6A 4NF4A 1MQDA 1DPEA 4FATA 1LSTA 3LBSA 3U72A 4U1OA 1MDP1 5CMBA 2A5SA 1ZMGA 3SEXA 3MVYA 2ZNUA 1XOCA 2GHAA 4GLIA 4OXVA 1ZLQA 3FATA 3MP8A 4XIGQ 1EU8A 1RKMA 4QFPA 4TLLB 1R6ZA 1RYXA 3MBPA 1TXFA 4EQBA 2VD2A 2XHDA 1UQWA 4DE8A 2DVZA 4F29A 4XKRA 4H65A 5TP9A 4BDMA 1ZTYA 4PE5B 4ZE9A 1XVXA 3R26A 1MH3A 3RUMA 1HSEA 4LZ8A 3IX1A 4BLAA 4KYEA 4KPTA 3H6UA 4IGTA 5H8NB 4OEVA 4I8CA 4RK9A 4EF1A 4YKIA 4IO6A 4GXAA 3MVXA 4OWDA 4H0WA 1I6BA 4OQOA 3OOAA 4KR5A 3QUJA 3GBBA 3KOTA 4U22A 5HBCA 4OETA 2F7AA 2RCBA 1GR2A 5DTBA 5KCJA 1OVBA 3UN6A 3S4UA 3SERA 4OERA 3CG3A 2GRVA 3IJOB 1MRPA 2Y7RA 1R1NA 1URSA 1QVSA 5JTYA 2NXOA 5DEXA 1H43A 1HSLA 4X9TA 3EPEA 3EN3A 3W15C 4RPOA 3PMVA 4ELOA 4IGRA 2Z8FA 1A40A 3WAEA 2Q2CA 2V25A 1MY1A 2XD3A 1M5FA 3ONMA 4O3CA 2Z22A 2A5TB 2AL5A 2ZYNA 1MQHA 1ATGA 3TQWA 3ZKLA 2REGA 2DVCA 3V83A 3BBRA 1B5HA 1MH4A 3PD8A 1TFDA 2X7QA 4YMAA 3QUFA 2XX9A 4DZ1A 2OZZA 3OXNA 2V84A 4ELRA 3B6QA 5TP9B 3O9PA 1AIVA 4R6YA 3JYRA 1NNTA 5K2YA 2B3BA 4MLVA 1LAXA 4MLQA 4ZECA 1B3FA 5JEIA 3M3FA 5I84A 2ZXTA 5CMKA 4ND9A 3U94A 3S9EA 5H8SA 1B3HA 1B5IA 3DELB 1UTBA 2Y7KA 4U4SA 1D9VA 1MQJA 4PFTA 1YTVA 4N13A 2QMXA 2V3TA 3DP8A 2ONRA 3MZBA 3T22A 4F3SA 2Y7IA 4HS7A 4MF3A 4KCCA 2UVJA 4U21A 3SEVA 4XXUA 5KCJB 1SW4A 1FQAA 3RT8A 2UVGA 3D4CA 2XXWA 1B32A 2PT1A 4QRZA 5AA1A 1IIWA 3C31A 3FXQA 2O7UA 4P11A 4BDOA 5A5XA 3KN7A 3LSFB 3K6VA 2I49A 5CM6A 4NE4A 4FJPA 3K6XA 1J1NA 3CVGA 2F78A 4HW8A 3W9VA 1OLAA 2Z8EA 5I58A 3B6WA 1I69A 4HTGA 1JW1A 2I3WA 1IQ7A 1UTHB 2OWTA 5TPAA 1B2HA 2ALUA 4ZEDA 3V89B 1D3KA 1Y3PA 3FVOA 1O7TA 5I56A 1CB6A 3BFUA 1YPNA 1OMPA 2XXRA 2NWJA 1LBCA 3MUQA 4G2ZA 3N26A 3FXRA 4G68A 4O3BA 3FJGA 3D4GA 3A3UA 1GVCA 3BKIB 3FVGA 1N7XA 1Y4TA 1Y1MA 1FCKA 5IKBA 1US5A 2I3VA 2RC7A 4EF2A 1ELJA 3V5AA 3TTRA 5CC2A 3QYTA 3C36A 1Y4CA 2E1SA 1UTBB 3H06B 1MQGA 5H8FB 1LB9A 4RPNA 3C35A 4WEPA 3HHFA 3VVFA 2O84X 1S9TA 3KN3A 1M5CA 3RGYA 3KG2A 4R9FA 3LSWA 3H6WA 4H1XA 3ZKKA 2CMOA 4THIA 1JETA 4XKNA 3N94A 4DXUA 5EYFA 4EQ9A 3ODBA 2I4CA 3LUYA 1SQYA 5A5XB 1URGA 1XS5A 2XXXA 2DWJA 1SVXB 3R6UA 1BIYA 1URDA 1A8FA 1WVJA 4IO2A 4RNSA 3G3JA 2V3UA 3A3CA 4F39A 3MJNA 1PDAA 2ESNA 5TPAB 1Y3NA 4XKQA 2AIXA 1T0KA 2REJA 5I56B 2UVHA 4GF8A 4ELPA 1D9YA 4Q5TA 1MM6A 3TODA 4JSDA 4R74A 1OLCA 3JZJA 2VGQA 3PD9A 3TFLA 1P1WA 3IOWA 5AA2A 3SKPA 3Q27A 3IOTA 1N04A 1H45A 5I59B 4IY6A 3O29A 1MPBA 1NNKA 2QS4A 3CFLA 1I6QA 4NF8B 4I1DA 2H98A 4GL8A 2OK2A 4IO5A 1P1NA 1PBQA 2UYEA 3KFMA 1ANFA 2XXPA 5TU0A 5ISUA 1MXZA 1B58A 3TDJA 1DPPA 3KJ7A 3TTLA 2F7CA 3PUXE 2HQ0A 3RTFB 4MH5A 4C0RA 3LR1A 5IAIA 4YB5A 1SW5A 5M2VA 4PQJA 4P0GA 4FIMA 2D5WA 3MC2A 5I2KA 4R6KA 1TT1A 1FTJA 4DXCA 4YMBA 5HPQA 2O1MA 4DIGA 2W7YA 3K6UA 1AL3A 1B9JA 4KD5A 1DSNA 1TFAA 3MPKA 1XC1A 3I3VA 3K02A 1B7HA 2HXWA 2RC8A 3T9XB 2ONKE 1N84A 1Z7ME 4I62A 4AB6A 2RINA 3VDFA 3S9NC 4H8JA 1Y1ZA 4KI0E 4L17A 5JK4A 2Y7PA 2GFEA 3R7XA 4OTEA 5L9SA 4Q0CA 2XXTA 1B40A 3N6TA 1A7LA 5I57B 3Q29A 2UYFA 4MFIA 3MP1A 4QSEA 1FTMA 5CI5A 4NF5B 3HSTA 3IL1B 4QF9A 2R71A 3MPLA 4GL0A 4KYDA 1I6AA 3P7IA 5AA2B 3EF7A 2Q9TA 4PFUA 3QAXA 4Q8RA 4OZ9A 2VHAA 1USYE 4R75A 1NL5A 3JV9A 1EH3A 1B1HA 2AYSA 3MAMA 3HV1A 2LAOA 2QS2A 4N07A 4F22A 1JQFA 1PEBA 3F11A 4OHNA 4F18A 2OJTA 1JW4A 1LLSA 1IXHA 3TELA 1VFEA 4M1VA 3RN8A 2ZNTA 4EXLA 3K00A 3S9LC 3T93B 2V93A 2WKYA 3CIJA 2XXYA 1AMFA 2QL3A 2XXQA 1DOTA 3KGCA 3SETA 3FD3A 4JB7A 2HZLA 3C32A 4DLDA 1O63A 4NF6B 4NF4B 5AA4A 4YZZA 1B7ZA 3TKDA 1FTOA 3MWBA 2NOOA 4GVOA 5HM4B 1MDQA 1IXIA 4E0WA 2DOJA 1N0TA 4OFJA 1LFHA 2DQVA 3K6WA 3O97A 3L6GA 3OELA 1EZOA 4IB2A 1QUKA 2DWHA 1HSJA 4EDPA 3KN8A 4XTCQ 4F2OA 4R72A 1B0LA 1IZ1A 2YLNA 3TQLA 3QSLA 2I4BA 1MXYA 3SESA 3THIA 2AL4A 1XHYA 4GIZA 3Q26A 5AA3A 3T96B 3FVNA 3VV5A 4NEDA 4H67A 1XVYA 3HHGA 2KLFA 2IA4A 4LP2B 1MPDA 5CBRA 4YKPA 1SYIA 1JVXA 3FVKA 1NH8A 1NMUA 3ILTB 2DE2A 3FGSA 1GGGA 2HAVA 2NVUB 2F5XA 4E0XA 3T9VA 4GXSB 4ZDMA 4I9DA 3CFXA 3U8QA 4K3FA 1N76A 3MVZA 5B7DA 2FNCA 3HN0A 5B70A 3VVEA 3CR9A 4H5FA 4DCYA 4TLMB 4JBZA 1FQEA 1MY3A 1BP5A 2RF1A 3IO6A 4LZ5A 4U4XA 2UVIA 3IO4A 4GFRA 1YAEA 5AE4A 2VD3A 2PBWA 4OFOA 5JTYB 1LAGE 2ONSA 3V8XB 2QS1A 4LQ5A 5DEXB 4WKMA 5DVJA 3CG1A 3IOVA 5AA4B 3S2VA 1EZPA 4IO3A 3C33A 3KJTA 4JWYA 4EXKA 3TCFA 1SYHA 1OVTA 4RY1A 1NFTA 3MZ1A 2DE3A 4FAJA 4QSDA 2PX1A 3RTWB 1Z7NE 5DVIA 3OMBA 1A55A 4NMYA 4G4PA 1US4A 1N3XA 4LA9A 3KEIA 4R6HA 3N5LA 3VXCA 4ESXA 2ZYKA 2F36A 2DP8A 4DXBA 4M4GA 3T9UA 3TCGA 1B4ZA 2Q88A 2F35A 1LBBA 3C9HA 3SEUA 4R73A 4ZS9A 3VLVA 3K0VA 1MG1A 3C34A 4BDNA 1ZIUA 2Z23A 5J1DA 1QW0A 1FW0A 3QIMA 2XXUA 4XKPA 3K1NA 1LB8A 2DWAA 2DXRA 3W9WA 1R9LA 5DT6A 3UA8A 1R9QA 5BUUA 5FTHA 2DS9A 4BDLA 3U92A 2ZYOA 1LAFE 2X7PA 4ZEBA 5L9OA 4GRKA 2DE4A 4ELQA 5L9MA 4BDQA 2XX8A 4U2RA 3RPWA 4AB5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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