3HO7A

Crystal structure of oxyr from porphyromonas gingivalis
Total Genus 69
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
69
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
TGRLNIAVLPTIAPYLLPRVFPIWKKELAGLEIHVSEMQTSRCLASLLSGEIDMAIIASKAETEGLEDDLLYYEEFLGYVSRCEPLFEQDVIRTTEVNPHRLWLLDEGHCFRDQLVRFCQMKGLHERQTAYSGGSMEAFMRLVESGQGITFIPQLTVEQLSPSQKELVRPFGMPRPVREVRLAVRQDYSRRKLREQLIGLLRSAVPSDMHKLQTGQHLAH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of the Porphyromonas gingivalis OxyR regulatory domain explain differences in expression of the OxyR regulon in Escherichia coli and P. gingivalis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Porphyromonas gingivalis
molecule keywords OxyR
total genus 69
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ho7A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ho7A02
3KGCA 3FXUA 3H7MA 5L9OA 1XOCA 3O6IA 3SEYA 4I8CA 1JEVA 1B3EA 1EZPA 1LB9A 3PGFA 3G7WA 2ZYMA 3FJMA 4P0GA 4R6YA 1DTGA 4R72A 4YAHX 1S9TA 3PUXE 1N84A 4JBZA 1FTKA 2QS3A 3CFLA 2XX7A 5AA4B 1PC3A 1IXGA 4BDLA 2Z22A 3C36A 4KHZE 5EYFA 3QUJA 3EHSA 1SW1A 2B3BA 2ZYKA 1UQWA 1MXYA 1GTKA 1URSA 4NF4A 1ZIUA 3C35A 2F7AA 5H8SA 2XHDA 1MQGA 4Z7EA 5BUUA 2XD2A 2Y7IA 1TT1A 3MZ9A 1WDNA 1SQYA 3N26A 2XXXA 1N04A 1CE2A 4QSEA 4TLMB 3MJNA 3SESA 4YU0A 4ELOA 3GBBA 3ZKLA 5AE4A 3VVEA 3RPWA 5H8NB 3PUVE 1B9JA 4I1DA 5DTBA 1I6QA 4MFIA 4YKPA 3KJ7A 3CIJA 3CSGA 3CVGA 3RNNA 4OENA 4EQBA 3C9HA 4MLVA 4KCCA 1SYIA 5J1DA 2F8DA 2XXHA 1US5A 5I56B 3IB1A 1SD3A 3S9NC 2AIXA 3C32A 1OMPA 1PB9A 1JNFA 2ZNUA 4LP2B 3TTMA 2REJA 4N13A 1P1OA 5AA3A 2PBWA 2OK2A 3PPPA 3PUYE 4OEVA 3U8QA 3EHUA 1DTZA 3H3GA 4F18A 1B3GA 2HCAA 1XVYA 4GRKA 4HS7A 2RC9A 1EZ9A 4OFOA 5I57B 2A5SA 1RKMA 4EF1A 1ZU0A 4NTLA 2PMSA 1Y4TA 1SVXB 3UN6A 2I3VA 4KFQA 1A8EA 3CR9A 4QFNA 2PVUA 3TDJA 3O9PA 1MQJA 1H76A 3CFXA 2W7YA 5B70A 3T9XB 1B7ZA 5AA2A 4Q30B 3HO7A 4ZEDA 3IR1A 2R9JA 2HZKA 1B4ZA 1D3KA 3KN8A 3N5LA 4R6HA 3S4UA 4GF8A 4RA1A 5TPAA 1M5BA 3OMBA 3IOTA 5TP9A 3JZJA 3G3HA 1FW0A 3TTNA 4RPOA 3HHFA 2QS1A 2PYYA 5L8DA 1ANFA 4FJPA 1B2HA 4ONYA 2VD2A 2ONSA 3I5OA 3O97A 1B46A 4EUOA 5H8QA 3UORA 2VHAA 2XXPA 5JEIA 1JW4A 2R71A 2Q9TA 1MXXA 1MS7A 3RQTA 1A99A 4R2BA 4PFTA 4FIMA 3MUQA 3PU5A 2DE3A 4QFOA 2QL3A 1US4A 3K6WA 4EXKA 4U2RA 5CC2A 5HPQA 2RCAA 4ECFA 5H8HA 4JSDA 3K6UA 4KPTA 4LONB 3M3KA 3TQLA 4OETA 3OO9A 2F78A 4RXLA 1D9VA 1MM6A 4PQJA 5ELVA 1WODA 1Y3QA 3TYHA 3L6GA 4R75A 4QSDA 3MZBA 1PDAA 4F22A 1O64A 4BDQA 1JEUA 1QUJA 4L17A 1D9YA 2ZYOA 1H43A 1UIUA 2HZLA 1HSLA 1NNPA 1VFDA 5I84A 3Q26A 1B5IA 1ZLQA 1QW0A 1GR2A 5FHOA 3K1MA 3TCGA 4DIGA 2AYSA 2GRVA 3N6UA 2F36A 2KLFA 4LUBA 2RCBA 3HCQA 1JW1A 3ONMA 2QSXA 3KZGA 2HQ0A 3TMGA 3O2AA 2I6EA 1OQGA 3IO4A 5I2NB 1B1XA 5I58B 2FYIA 1O63A 4Q5TA 3S9MC 5AA4A 4ZZAA 5AA2D 3GBAA 5FHMA 4LVQA 3QIMA 2I48A 4OTEA 4JWYA 1QUIA 1USYE 2ONRA 1T0KA 1UTHB 3IB2A 1IZ1A 4WKMA 4NF8B 1GVCA 4KYEA 4NMYA 3SDFA 2Y84A 2H25A 4R73A 2AL5A 1KWHA 2DP8A 5A5XB 2QPQA 1LCTA 3U1OA 1DMBA 3FATA 5H8NA 3I6VA 5F1QA 4EQ7A 2CZLA 1QKAA 5H8FB 3K6VA 3ZS6A 4H8JA 1FTLA 3TEPA 1OVTA 3O66A 3OO7A 4G77A 1ATGA 3FXQA 5I56A 5DT6A 4H67A 1LLSA 2HEUA 2E0SA 3SEVA 1MY2A 3T9VA 4C1UA 1MQDA 3PV0E 3RTFB 3UGWA 3HN0A 3DELB 4FEBA 3TTKA 4U4XA 3SKPA 3PMWA 3H03A 2ONKE 2DWAA 2XXQA 4PFWA 4IB2A 3Q27A 2B3FA 1UIVA 4P11A 3KBRA 2F97A 1HSJA 3OEKA 4C1TA 3R26A 5I57A 1MPBA 2ABHA 3UK4A 5L9MA 1VFEA 3RLFE 3CSBA 1SDXA 2Q2CA 1ZTYA 5ICTA 2H9BA 1S50A 3E13X 3K00A 3WAEA 1MM7A 4BDMA 4ESWA 1B3FA 1OVBA 3F11A 1HSEA 3JV9A 5CMCA 1OLCA 2OJTA 1B32A 4PFUA 4NF5B 1AH5A 2DSFA 4FORA 4FEDA 1B0HA 5ICQA 2ZNSA 1B3LA 2V93A 1NH7A 2DXYA 1MY0A 4GQOA 4DZ1A 4PETA 2O51A 3L6HA 1A40A 2XXTA 1P1NA 2FA7A 3MP6A 1MY4A 3G3IA 1FCKA 4H65A 4ZZEA 4I9DA 5CBSA 4BDNA 2DE4A 4N6PA 2ANJA 3HHGA 3QSLA 1M5DA 3OEMA 1I69A 3IOWA 3ECRA 3OOAA 3CFZA 4LQ5A 2Y7KA 4OXVA 4G8NA 3KJTA 3FUZA 4AQ4A 1YAEA 3VVDA 3T93B 1MDP1 5CI5A 2HAVA 4F31B 1NNKA 3G3KA 3B6WA 3BFTA 2IA4A 5CM6A 3FASA 1TWYA 1FTJA 3IORA 4H6DA 1LGBC 5CMKA 3TTLA 3MW0A 5ISUA 3FV1A 4LZ8A 3VLVA 5K2XA 2Q89A 1B5HA 3C34A 4NF6B 3JYRA 3W15C 3IJOB 4LA9A 3CG3A 1BKAA 3KSJA 1DPEA 2F6GA 2VP1A 2WKYA 4XTCQ 4IO3A 2DE2A 2V3UA 1SI0A 4YZZA 2ZYNA 4KYDA 2NVUB 5M2VA 1B05A 1P1UA 4RJZA 3ILTB 4GWOA 4P0IA 4H8IA 2F34A 1MH4A 2IEEA 1FQBA 3IK6B 3C31A 4OFLA 5I2NA 5I58A 1R1NA 2XXIA 1QKBA 5HM4B 2PT1A 4ELRA 3E4RA 2GHBA 4YKJA 2GFEA 1AMFA 3RT6B 4ZEBA 4QHQA 1MH3A 1SYHA 4NWCA 1IITA 3PUWE 3ODBA 1R9LA 4OFJA 1H45A 5L9SA 1FQEA 1UTHA 4NF8A 3P7IA 3OELA 2DWIA 4EDPA 3EQ1A 1P1QA 2V84A 4DE8A 3FVNA 4KYSA 1PB7A 4QFKA 1II5A 2D21A 4RY1A 5A5XA 4LATA 2DWJA 2I3WA 4YKKA 3PUZE 3VFJA 2ZMBA 3MVYA 4FATA 4ND9A 3TQWA 1ZMGA 2UVJA 3CG1A 1MXVA 3MPKA 1N7WA 4GXAA 1NNTA 2GH9A 5H8FA 3T22A 3KEIA 4LZ7A 3IAZA 4GXSB 2X7QA 4IGRA 3FXRA 1GGGA 4HW8A 3IX1A 4PE5B 2Y7WA 1A7LA 3KG2A 5BWJA 3M3LA 1SW4A 1Y3PA 3IJXB 4KCDA 2ALUA 3A09A 4C0RA 1B52A 2G93A 2H4IA 4Q8RA 4U1OA 1MDQA 3C4MA 4ESXA 1GV8A 5IAIA 2NUVA 3EPEA 1H44A 3GZGA 1Y1MA 1QULA 1AIVA 3TCFA 2XX8A 5FHNA 3DP6A 4YICA 4THIA 4ZDMA 3Q28A 3QYTA 3W9VA 1MY3A 3V89B 1FTMA 1LSTA 1M5CA 4ZE8A 1M5EA 2HXWA 2OCUA 3O28A 3MP8A 3E9XA 1BIYA 4HCYA 3MBPA 1PEBA 2A5TB 3D4CA 3T9UA 3ZSFA 4IY5A 4OQOA 4ZEKA 2RINA 4XKPA 1LAHE 5DEXB 3RY3A 5IKBA 3A3UA 1BLFA 3MC2A 3U94A 3BBRA 4DCXA 3S9EA 4O3AA 1AOVA 3IOUA 3GXAA 3B6QA 4NF5A 3CRBA 1R6ZA 4AB6A 4DLDA 2XX9A 4GVOA 4NWDA 4OEUA 1ZJLA 3K0VA 4BDOA 1MG1A 1B1HA 3A3CA 2Q8JA 2OLBA 4U4SA 2O1LA 3U93A 1IXCA 3PD8A 1B7UA 1MXUA 2RKMA 3TUSA 1EU8A 2F5XA 3G3FA 1URGA 2XXVA 2H99A 4XKNA 3UIFA 2CMOA 2Y7RA 2UYEA 4F3PA 1B0LA 5AA1A 1UTBB 3T66A 3PPRA 2LAOA 3U72A 4ZEIA 4X48A 2XXYA 4F2QA 1MY1A 4OERA 4I62A 4YB7A 5DYHA 1N3XA 3RT8A 2YPNA 4OVJA 4OESA 4OYVA 2QMXA 3OO6A 2O69A 5KDTB 4GOTA 1FQFA 1CB6A 3M3FA 1LFHA 1Q35A 4ZS9A 2DVCA 3FIRA 3UP9A 4RYAA 4IO2A 2XXWA 1I6BA 1Y20A 1BTJA 4R9GA 4NF6A 3THIA 2ZXTA 2O84X 3MPLA 1YCJA 4G68B 1FTOA 4XKRA 1URDA 1QJMA 1JVXA 2M8CA 1JW5A 1SI1A 2RC7A 5I2KB 1MQHA 1O7TA 4FE8A 3LR1A 4WEDA 3OSQA 1A8FA 1Y1ZA 2Y7PA 5LOMA 3B6TA 4FAJA 4DCYA 3FVGA 2E1SA 4NE4A 1XC1A 4TLLB 4N07A 3U92A 2V25A 3E3KA 1LB8A 3KN7A 2HAUA 5DVFA 2Z8DA 2O1MA 3CI8A 1DSNA 5EHMA 3K02A 3N6TA 3H6WA 1D4NA 2HFBA 1LCFA 3MP1A 4OMBA 3K1PA 3IOVA 3B7DA 1XS5A 3FVOA 4MBPA 3RGYA 3TFLA 3QXMA 1YPNA 1VSOA 4YB6A 1I6AA 2Z8FA 1POY1 1Y9UA 2F7BA 2DOJA 2O68A 4KQPA 3FV2A 1IXHA 5JK4A 1DOTA 4H5FA 3IB0A 3VXBA 2YLNA 1S7YA 5EHSA 3T9HB 2OBGA 1TXFA 1J1NA 2P0SA 4OWDA 5KZTA 1SW2A 4OZ9A 4UA8A 4F39A 1LBCA 4JXIA 1N7XA 3PD9A 2Z23A 1FQCA 3LSFB 3LC8A 5JTYB 3BFUA 4F19A 1NH8A 2UVGA 4O3CA 5B7DA 4YKIA 1EZOA 4GL8A 1RYOA 4F3BA 3K01A 1ZKBA 3H6TA 3DLNA 2QRYA 3OENA 1R9QA 4Q0CA 1ELJA 4ZECA 2A5TA 2V3TA 3R7XA 5I59B 1LBBA 4MH5A 3RUMA 4RK2A 1QVSA 5CBRA 5DEXA 1M5FA 1B51A 1B6HA 1OQHA 4IO7A 2G29A 2P2AA 3MVXA 3KSXA 3QK6A 1P1WA 4R6KA 3DP4A 4H0WA 3V8XB 5ITOA 1F9BA 3MWBA 3TCHA 3H6VA 3LSXA 3PMVA 4QF9A 2RF1A 1DPPA 2I0CA 3FVKA 1N0TA 3MVZA 5TU0A 2O7UA 1A54A 3PMXA 3HPIA 4X9TA 4EQ9A 3VV5A 4QRZA 4IO4A 4M1VA 2QMWA 4FECA 4PFYA 3FGSA 1Z7NE 4KD5A 3OXNA 3LSLA 3K4UA 3LUYA 1SBPA 1Y4CA 3OO8A 4H5GA 4O3BA 4F2OA 3S9LC 4EXLA 1NFTA 2D5WA 4PP0A 3IL1B 3UA8A 2PT2A 2THIA 2VD3A 2GHAA 1MPCA 2DS9A 5KCJB 2UXAA 4G8MA 4Z0IA 2OWSA 4JB7A 1UTBA 4F1UA 4H1XA 1NNFA 3DM0A 2I0BA 3K2DA 3VDFA 3TAJA 4YMBA 4GIZA 1OLAA 2OWTA 4XIGQ 2Q2AA 1NL5A 3G3GA 4JDFA 4WXJA 2XD3A 4G4PA 3FJ7A 2I4BA 3V83A 3OD7A 1L5TA 3H6UA 2ESNA 1PBQA 3USDA 1FQDA 1H3DA 5KDTA 1SW5A 4F29A 4HCWA 4OHNA 3O6HA 4JSOA 4X1BA 1LFGA 2YJPA 1B7HA 4AB5A 1EH3A 3C33A 3I3VA 3FJGA 3Q29A 1JVYA 3K6XA 3O29A 4BDRA 3SEUA 2AL4A 1WVJA 4RNSA 2QS2A 4IO6A 2F6PA 3PPQA 3V5AA 4NF4B 3PPOA 1Z7ME 3HV1A 3SEWA 5DVJA 1A55A 4YB5A 4QSCA 4BLAA 4G68A 2QJEA 4POWA 2VOZA 4WEPA 5CRYA 2XXRA 2Z8EA 4K3FA 4IY6A 3EHTA 4G68C 5I2KA 4MLQA 3KOSA 1N76A 2OZZA 1XHYA 4JWXA 4ZE9A 5HBCA 1IUDA 2DVZA 3AXFA 4LQ2A 1LAGE 3TPAA 2D3IA 1TFDA 3HSTA 3S2VA 3LSWA 4UACA 4XXUA 3EF7A 1BP5A 5K2YA 2F35A 2QS4A 3TODA 3T96B 4F1YA 1MQIA 5DVIA 1MXZA 4KR5A 1MRPA 2X26A 2DQVA 1NKXA 3G3JA 3MZ1A 2I4CA 3ZKKA 1IEJA 1QUKA 3VLUA 1PB8A 3OSRA 5F7VA 2H5YA 3BKIB 1B5JA 4GD5A 4DXCA 2UYFA 3TTRA 1OIBA 2RC8A 5CMBA 2BJJX 2DXRA 3H4ZA 4ZEFA 1Y3NA 4JWOA 4GLIA 4YMAA 4IGTA 3SERA 2Q88A 2I49A 1P99A 4G8HA 4EF2A 1AL3A 4LZ5A 4E0XA 5ITPA 2B65A 1B4HA 2I58A 4F3SA 3O6GA 2O6AA 1JQFA 2X7PA 4DDDA 4G2ZA 4RPNA 4POXA 3H06B 3TKDA 3QAXA 2DWHA 2H98A 2VGQA 4R74A 3WAFA 2FNCA 4KI0E 3LBSA 2UVIA 4ISUA 3MAMA 1XVXA 3ILUB 2NOOA 3DP8A 2PX1A 2V3QA 2P1SA 2NWJA 3KFMA 2NXOA 5AA2B 1IXIA 4X1DA 5JTYA 3IO6A 1XT8A 1TFAA 1VR5A 1FQAA 4F3GA 4QFLA 4DXBA 5TPAB 1IIWA 3MQ9A 1YTVA 3R6UA 5TP9B 3MVWA 1LAXA 3M8UA 4GFRA 1RYXA 3QUFA 5CMMA 3FZVA 2REGA 1ZBMA 4TOZA 3PPNA 3SEXA 2R6GE 3GLBA 4M4GA 3K1NA 4GL0A 4DXUA 5I59A 1POTA 3VVFA 3KOTA 5H8QB 4IO5A 1JETA 5FTHA 3VXCA 1LAFE 2O7IA 3N94A 2UVHA 2F7CA 1MPDA 4TQUQ 1B58A 1LFIA 4ELPA 3EN3A 3RN8A 2XXUA 3RTWB 4NEDA 3TZAA 5H8HB 4U23A 1N3WA 3D4GA 4E0WA 4MF3A 1IQ7A 2ZNTA 4R2FA 1USYH 4QFPA 3W9WA 1B3HA 2DYXA 4XKQA 4U1ZA 4R9FA 4F1VA 3VLWA 1PBPA 1NMUA 3KN3A 5FTIA 3TELA 3VE1B 4U21A 4RK9A 4U22A 1Q1KA 3FD3A 1MXWA 3SETA 1B40A 5KCJA 4HTGA 1VE4A 4ELQA 3Q25A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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